TY - JOUR ID - TI - Genotyping of Escherichia Coli Isolated From Clinical and Hospitals Environment AU - Rana Abd ALameer AU - Bassam Y. Khudaier AU - Yahya A. Abbas PY - 2015 VL - 5 IS - 3 SP - 3 EP - 12 JO - University of Thi-Qar Journal of Science مجلة علوم ذي قار SN - 19918690 27090256 AB - Pathogenic Escherichia coli (E. coli) strains are known to cause intestinal and extraintestinal infections in human. A wide variety of infectious diseases could be caused by E. coli strains, including urinary tract infection, septicemia, newborn meningitis, central nervous system and respiratory system infections.Several bacterial agents can cause diarrheal and urinary tract infections, among these E.coli strains are detected as an important cause of morbidity and mortality of diarrhoea and UTI throughout the world.A total of 318 samples were collected during the period from September 2012 to march 2013 .All specimens were screened for the presence of E. coli by cultured on MacConkey agar and Eosin-methylene blue agar then identified by biochemical tests and confirmed by API 20E system which revealed that:90/318(28.33%) gave positive growth for E.coli )15 (16.63%) environmental isolates and 75(83.33%) clinical isolates( as fallowing:1/42(2.38%)was obtained from burns,7/25(28%)from High vaginal swabs ,11/41 (26.82%) from Wounds infections,18/33(54.54%)from Diarrheal infections and38/67(56.71 %)from Urinary tract infections, while 15/110 (13.63%) from environmental isolates, The isolated were subjected to molecular identification as E.coli by used the intergenic spacer region primer(ITS). The confirmed isolates were examined to detect the phylogenetic group based on triplex PCR by using a combination of two genes (chuA and yjaA) and an anonymous DNA fragment.Universal primers (ITS) indicated that all isolates 90(100%) gave positive results.The phylogenetic analysis revealed that 90 E.coli isolates belonged to three phylogenetic groups A &D 36(40%)for each, while B2 18 (20%) and no one isolates belong to B1 phylogenetic types .Out of the 16 of antibiotics used, 87(92.22%) isolates were multidrug resistance.All isolates have been found resistant to at least one β-lactam Antibiotics.

السلالات المرضيه للاشريكية القولونية تسبب للإنسان اصابات داخل وخارج الامعاء. وهي مسوؤلة عن طيف واسع من الامراض المعدية منها اصابات المجاري البولية ,تسمم الدم ,التهاب السحايا لحديثي الولادة وكذلك اصابات الجهاز العصبي المركزي و الجهاز التنفسي . من بين العديد من البكتريا المسببة لإصابات الاسهال والمجاري البولية تعد الاشريكية القولونية واحدة من اهم تلك المسببات جمعت حوالي318 عينة خلال الفترة من ايلول 2012 ولغاية اذار 2013. أظهرت نتائج الزرع الأولي على وسط أكار الماكونكي واكار الايوسين مثيلين الازرق بعد التشخيص بالاعتماد على الصفات الزرعية والكيموحيوية وتوكيد التشخيص بأستعمال العدة E120AP .تبين ان 90 عينة من اصل 318 عينة اعطت نمو موجبا لبكتريا الاشريكيه(15عينة بيئية و75عينة سريرية) وكما يلي : 1/42(2.38%)من الحروق,7/25(28%)من المسحات المهبلية,11/41 (26.82%)من حالات الجروح , 18/33(54.54%)من اصابات الاسهال و 38/67(56.71%)من التهابات المجاري البولية في حين جمعت 15 /110(13.63 % )من بيئة المستشفيات. ابدت جميع العينات(90) نتيجه موجبه تجاه التشخيص الجزيئي بأستعمال البادئة (ITS).ثم فحصت بعد ذلك لكشف عن انماطهاالجينية بأستخدام البوادئ) chuA,yjaA,TSP).اذ توزعت العزلات الى ثلاث مجاميع جزيئية المجموعةAوD (40 %)، 2B (20%)بينما لم تنتمي أي من العينات الى المجموعة B1.أظهرت87 (92.22 %)عزلة مقاومةَ متعددة لمضادات الحيويه بعد استخدام 16 نوع من المضادات.كما و اظهرت جميع العزل مقاومه لنوع واحد على الاقل من مضادات البيتا لاكتام. ER -