TY - JOUR ID - TI - Phylogenetic Analysis of MERSCoV in Human and Camels in Iraq التحليل الوراثي لل MERSCoV في الإنسان والجمال في العراق AU - Mohsen A. Alrodhan محسن نعمة الروضان AU - Saba F. Al salihi صبا فلاح الصالحي PY - 2017 VL - 13 IS - 23 SP - 151 EP - 159 JO - Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية SN - 18170153 23127864 AB - The present study was conducted to evaluate the genetic relationship among Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSCoV) of human and camels origin at the period from October 2015 to February 2016.One hundred samples were collected from camel and 100 from human. Nighty four from nasal swabs and six from oropharyngeal swabs Camel samples secerned by immunochromatographic assay (ICA) for detection of viral antigen. The total percentage of ICA positivity was 28%. Human and camel samples subjected to Revers transcription real time- PCR and carried out by RNA extraction by using specific primers and Taq- Man-Probe for detection of nucleocapsid gene 113 bp. The total positive result in camels were 15% ,there was no significant difference between sex and type of samples, in relation to the age group the results showed that age group more than ten years of camel was the heights percent. With significant difference at P<0.05. According to the months of the year October recorded the highest infection rate with significant difference at p<0.05. the result of RT-qPCR according to the regions of study showed that Al-shinafyah in western borders of Iraq-Saudi was the highest infection rate 35% .On the other hand ,100 human 81 nasal swabs and 19 bronchial lavage samples were collected from pilgrims and non-pilgrims. The total positive result was 5%. The pilgrims recorded the highest infection rate. The results of conventional PCR by using specific primers for detection of Nucleocapsid gene (217 bp) of MERSCoV. The results were confirmative. Three human and 11 camel positive samples were used in further sequencing and phylogenetic analysis by extraction and purification of the PCR products. Our clones sequence submitted in GenBank-NCBI for accession number. The phylogenetic tree construction and analysis results showed that most of Iraqi variants of camel and human were located in clade-B in which Saudi Arabia strains were clustered. One of our clones (MERS-Iq.2Huh) of accession number KX150500.1 was located in clade-A in the same branch of Jordanian strain while bat corona virus, SARS corona and neoromica corona virus was out group clustered in separated branch.

أجريت هذه الدراسة لتقييم العلاقة الوراثية بين فيروس كورونا المتلازمة التنفسية في الشرق الأوسط (MERSCoV) من أصل إنسان وجمال في الفترة من أكتوبر 2015 إلى فبراير 2016. تم جمع مائة عينة من الإبل و 100 من الإنسان. أربعة من كل ليلة من مسحات الأنف وستة من مسحات الفم والبلعوم عينات من الإبل المخلل بواسطة الفحص المناعي (ICA) للكشف عن المستضد الفيروسي. وكانت النسبة المئوية لإيجابية ICA 28 ٪. عينات من البشر والجمال تخضع لنسخ Revers في الوقت الحقيقي- PCR ونفذت بواسطة استخراج الحمض النووي الريبي باستخدام بادئات محددة و Taq- Man-Probe للكشف عن الجين النووي النواة 113 bp. بلغت النتيجة الإيجابية الكلية للإبل 15٪ ، ولم يكن هناك فرق كبير بين الجنس ونوع العينات ، فيما يتعلق بالفئة العمرية ، أظهرت النتائج أن الفئة العمرية لأكثر من عشر سنوات من الإبل هي النسبة المئوية المرتفعة. مع اختلاف كبير في P <0.05. وفقًا لأشهر العام ، سجل شهر أكتوبر أعلى معدل إصابة بفارق كبير عند P <0.05. أظهرت نتيجة RT-qPCR وفقًا لمناطق الدراسة أن الشنافية في الحدود الغربية للعراق-السعودية كانت أعلى نسبة إصابة بنسبة 35٪. ومن ناحية أخرى ، تم جمع 100 قطعة بشرية من 81 مسحة للأنف و 19 عينة لغسل الشعب الهوائية من الحجاج وغير الحجاج. وكانت النتيجة الإيجابية الإجمالية 5 ٪. سجل الحجاج أعلى نسبة إصابة. نتائج PCR التقليدية باستخدام الاشعال محددة للكشف عن الجين Nucleocapsid (217 سنة مضت) من MERSCoV. وكانت النتائج مؤكدة. تم استخدام ثلاث عينات إنسانية و 11 عينة من الإبل في تحليل التسلسل والنشوء عن طريق استخلاص وتنقية منتجات PCR. تم إرسال تسلسل النسخ لدينا في GenBank-NCBI لرقم الانضمام.أوضحت نتائج تحليل شجرة التكاثر وتحليلها أن معظم المتغيرات العراقية من الإبل والبشر كانت موجودة في clade-B حيث تم تجميع سلالات المملكة العربية السعودية. يوجد واحد من الحيوانات المستنسخة (MERS-Iq.2Huh) من رقم المدخل KX150500.1 في clade-A في نفس الفرع من السلالة الأردنية بينما كان فيروس الخفافيش corona و SARS corona وفيروس neoromica corona خارج المجموعة في فرع منفصل. ER -