TY - JOUR ID - TI - Molecular characterization by PCR-ITS technique of Fusarium oxysporum isolated from tomato in Baghdad city التشخيص الجزيئي بتقنية (PCR-ITS) للفطر Fusarium oxysporum المعزول من الطماطم في مدينة بغداد AU - Noor Saad Nahi Al-Adhami نور سعد ناهي الاعظمي AU - Alaa Mohsen Al-Araji علاء محسن الاعرجي PY - 2019 VL - 24 IS - 3 SP - 31 EP - 43 JO - Tikrit Journal of Pure Science مجلة تكريت للعلوم الصرفة SN - 18131662 24151726 AB - The present study aimed to estimate the pathogenesis of Fusarium oxysporum isolates and identify them by molecular technique Polymerase Chain Reaction-Internal Transcript Spacer (PCR-ITS). A total of thirty Fusarium oxysporum isolates were isolated from infected tomato plants and diagnosed depending on 'morphological characteristics. The pathogenicity test was performed for thirty Fusarium oxysporum isolates. So it was proceduresteps that Genomic DNA was extracted from seven F. oxysporum isolates according to pathogenicity test by using'' ZR Fungal/Bacterial DNA'' MiniPrep™ kit. Seven F. oxysporum isolates showed high pathogenicity. The concentration and purity of the DNA extracted from the seven F. oxysporum isolates was (150 – 201) ng/µl and (1.4 -1.9) respectively. ITS gene was amplified by using PCR-ITS The sequencing results of amplified product of ITS gene from Fusarium oxysporum isolates indicated that all the seventh sequenced isolates where from one Formae speciales of Fusarium oxysporum as Fusarium oxysporum f. sp. Lycopersici. These results have been devoted to study genetic variability among the species involved in study. Molecular markers are highly important'' to focus on F. oxysporum isolates below'' the species level therefore, the DNA array containing "genus, species'' and forma specialis specific" detector'' for the detection and identification ''of F. oxysporum. Also, Cluster analysis and phylogenetic tree depending on genetic distance revealed the genetic relationship between the thirteen F. oxysporum isolates and confirmed sequencing analysis.

تهدف هذه الدراسة لتحديد الامراضية للعزلات التي تعود لفطر Fusarium oxysporum والمسبب لمرض الذبول الوعائي لنبات الطماطم ودراسة التشخيص الجزيئي للفطر بتقنية PCR-ITS. حيث تم عزل ثلاثون عينة لفطرFusarium oxysporum من نباتات الطماطم المصابة وتشخيصها بالاعتماد على الخصائص المظهرية. حيث تم اجراء اختبار الامراضية لثلاثين عزلة لفطر Fusarium oxysporum واستخلاص الحمض النووي من سبع عزلات وفقا لاختبار الامراضية باستخدام ZR Fungal/Bacterial DNA'' MiniPrep™ kit واظهرت سبع عزلات لفطر Fusarium oxysporum ارتفاع القدرة الامراضية. حيث كان تركيز ونقاء الحمض النووي المستخرج من عزلات F. oxysporum السبعة (150 - 201) ng / µl و(1.4 -1.9) على التوالي. تم تضخيم عينة الحمض النووي مع كل من البادئات العالمية (ITS-1 و ITS-4) وتم تحديد وجود الجين ITS بحجم bp565 .واشارت نتائج (sequencing ) لعزلات Fusarium oxysporum f. sp. Lycopersiciالى ان جميع العزلات السبعة تعود لنفس Formae speciales وهو Fusarium oxysporum وقد ساعدت هذه النتائج في دراسة التباين الوراثي بين الانواع المستعملة في الدراسة. ER -