TY - JOUR ID - TI - Identification of Cladosporium sp. Fungi by in- silico RFLP-PCR تشخيص انواع الفطر Cladosporium sp. بواسطة تغاير قطع التقييد لتفاعل البلمرة المتسلسل (RFLP) المحوسب AU - Mohammad Ibrahim Khalil محمد ابراهيم خليل PY - 2020 VL - 17 IS - 1 Supplement SP - 220 EP - 226 JO - Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم SN - 20788665 24117986 AB - Cladosporium sp. plays an important role in human health, it is one of the pathogenic fungi which cause allergy and asthma and most frequently isolated from airborne spores. In this study, a couple of universal PCR primers were designed to identify the pathogenic fungi Cladosporium sp. according to conserved region 5.8S, 18S and 28S subunit ribosomal RNA gene in Cladosporium species. In silico RFLP-PCR were used to identify twenty-four Cladosporium strains. The results showed that the universal primer has the specificity to amplify the conserved region in 24 species as a band in virtual agarose gel. They also showed that the RFLP method is able to identify three Cladosporium species by specific and unique restriction enzymes for each one. These species are Cl. halotorenas by the two unique enzymes BsaXI and MobII, the other species is Cl. colrandse by two enzymes BccI and BtsCI, while the third species is Cl. aciculare by one enzyme BceAI. Each enzyme forms two bands in virtual agarose gel as a results of cutting the DNA by the enzyme, where the rest twenty – two species share more than one restriction enzymes. This method is active and rapid for identifying Cladosporium genus and three species by computational bases methods before applying it in the lab for more accuracy, efficiency, and specificity of designed primer to get good results in a short time.

يلعب الفطر Cladosporium دورا مهما في صحة الانسان فهو احد الفطريات المسببة لامراض الحساسية والربو ومن اكثر الابواغ المحموله في الهواء ، ولاهمية هذه الفطر شملت هذه الدراسة تصميم بادئ عام لتشخيص 25 نوعا تعود للفطر Cladosporium طبقا للمناطق المحفوظة في تسلسل القواعد النتروجينية في مواقع وحدات الرايبوسوم 5.8S و 18S و 28S في هذه الانواع. استخدمت طريقة تغاير قطع التقييد لتفاعل البلمرة المتسلسل RFLP) ) لتشخيص 24 نوعا من انواع الفطر التي تم تشخيصها باستخدام البادئ العام . اجريت جميع التجارب باستخدام برامج البايولوجي الجزيئي على جهاز الحاسوب والتي اظهرت نتائجها فعالية البادئ المصمم في تشخيص 24 نوعا من اصل 25 نوع وايضا امكانية تشخيص والتمييز لثلاثة انواع من الفطريات باستخدام الانزيمات القاطعة المتخصصة على مستوى النوع وهي Cl. halotorenas باستخدام ثلاثة انزيمات متخصصة و Cl. colrandse باستخدام انزيمين و Cl. aciculare بانزيم واحد. توفر هذه التقنية طريقة فعالة في فحص مدى كفاءة البادئات المصصمة والمختارة لاجراء تجارب الـ PCR افتراضيا قبل استخدامها في المختبر وكذلك استخدام طريقة RFLP عن طريق ايجاد الانزيمات القاطعة الخاصة على مستوى النوع لللاجناس المهمة صحيا لاستخدامها في المختبر لاختصار الوقت والجهد ونجاح عمليات تضخيم وتفاعل انزيم البلمرة PCR . ER -