Fulltext

Sequence Variation and Phylogenetic Relationships Among Ten Iraqi Rice Varieties Using RM171 Marker

العلاقات التطوريه والتغاير التسلسلي لعشرة اصناف من الرز العراقي باستعمال مؤشر الرز الوراثي (RM171)

Abdul Kareem Abdulrazak Al-kazaz عبدالكريم عبدالرزاق القزاز

Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم
ISSN: 00672904 Year: 2014 Volume: 55 Issue: 1 Pages: 145-150
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Abstract

In the present study rice microsatellite marker (RM 171) was used to evaluate the genetic diversity and determining cultivar identity among ten rice varieties (oryza sativa L.) (Seven local and three commercial varieties). PCR technique was performed using two specific primers. The result showed presence of a band (305bp) DNA sequencing was done to PCR product to detect sequence variation between the ten rice varieties. In order to detect the relationship among all varieties, alignment of RM171 marker sequence was carried out for each variety. Amber and Daawat varieties showed the highest similarity with 98% identity, while the difference (2%) consists of two gaps and two transition mutations (T/C) and (C/T). Furthermore, Amber was aligned with mashkhab-1; 6% variation was noticed includes 5% gaps of 16 nucleotides which are not found in Amber that distributed in four different locations. In addition to the gaps, two transversion mutations were identified (G/C) and (G/T). Phylogenetic relationships among varieties were achieved, which showed that genetic distances were ranged from 0.029 to 1.999 among rice varieties. Cluster analyses grouped the ten varieties into five main clusters depending on their geographic origin, their ancestor and their aroma characteristics and this revealed relatedness between aromatic and non -aromatic with few of independent varieties. The result of this study could be helpful in the future for rice breeding programs. استخدمت في الدراسه الحاليه مؤشرات وراثيه لتقييم التنوع الوراثي وتحديد التماثل بين الاصناف العشرة تحت الدراسه (سبعه محليه وثلاثه تجاريه ). تم تضخيم ناتج تفاعل البوليمريز التسلسلي (305 bp(باستخدام زوج من البوادى المتخصصه , بعدها تم اجراء تحديد تتابع الأحماض النووية للناتج وذلك لمعرفة التباين في التسلسلات بين اصناف الرز. اجريت المحاذاة بين تسلسلات RM171 لكل صنف وذلك للكشف عن العلاقه بينهما. اظهرت النتائج ان اعلى نسبة تشابه كانت بين صنفي العنبر والدعوات (98%) حيث ان الفرق (2%) يتضمن فجوتين وطفرتين انتقاليه T/C) ) و C/T)), وعند محاذاة صنف العنبر مع المشخاب 1 لوحظ وجود نسبة تغاير (6%) والذي يتضمن (5%) فجوات ل 16 نيوكليوتيده غير موجوده في صنف العنبر والتي وزعت في اربعة مواقع مختلفه .بالاضافه الى الفجوات تم تحديد طفرتين تبادليه(G/Cو G/T). اتضح من خلال علاقات النشوء والتطور ان البعد الوراثي يتراوح بين (0.029_1.999(. قسمت اصتاف الرز العشره الى خمسة مجاميع رئيسه اعتمادا على الاصل الجغرافي و الاسلاف المنحدره منها وصفاتها العطريه . لوحظ وجود علاقه بين الاصناف العطريه ,غير العطريه والاصناف المستقله .يمكن استخدام النتائج المستحصله من هذه الدراسه في برامج تربية و تحسين الرز المستقبليه.

Keywords

Oryza sativa --- RM171 Marker --- DNA Sequence Alignment --- Phylogenetic Tree.