Table of content

Iraqi Journal of Biotechnology

المجلة العراقية للتقانات الحياتية

ISSN: 18154794
Publisher: Baghdad University
Faculty: Institute of genetic Engineering and Techno-biology
Language: English

This journal is Open Access

About

Iraqi Journal of Biotechnology was founded in 2001 ,it was first issued in 2002,it is a semi-annual refereed scientific journal issued by the Institute of Genetic Engineering and Biotechnology in Baghdad University in fields of biology, environment, agricultural sciences ,medicine, dentistry, pharmacology, veterinary medicine and researches specialized in bioinformatics

Loading...
Contact info

E-mail:journal@ige.uobaghdad.edu.iq
www.iqjb.net
www.ige.uobaghdad.edu.iq : موقع المعهدعلى شبكة
الإنترنت
TEL:7789300
Baghdad-AL-Jadriyah -p.o.box:12074

Table of content: 2014 volume:13 issue:2-2

Article
Study the Effect of Locally isolated Lactobacillus acidophilus and its components as anticancer in vivo
دراسة تأثير بكتريا Lactobacillus acidophilus المعزولة محلياً ومكوناتها كعامل مضاد للسرطان في داخل الجسم الحي

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study was to investigate the role of Lactobacilli as a probiotic in colon cancer treatment in rats. Accordingly 29 isolates of Lactobacilli was obtained from 11 samples of feces of newborns. As well as isolating and diagnosis one isolate of Lactobacilli from standard yoghurt named (canon) which used as control for acid and bile salt tolerance. Screening of isolate according to its ability of acid resistance, showed that six isolates were able to stand in pH3.5 for 90 min. The number of living cells were 1.73×105 to 6.3×105 CFU/ml. Accordingly the number of living cells of other isolates were significantly decreased after 90 min incubation in MRS broth with pH3.5 . The isolate from standard yoghurt did not revealed high resistances to acidity since the living cells were decreased with a rrange equal about to one logarithmic cycle or more. This behaviors is important from static point of view which indicates no high acidity resistance. The isolates which appear high acidity resistance were selected to test its resistance to bile salts. Lactobacillus acidophilusone of diagnosed isolates, appeared high resistance to bile salts, since it was the most efficient isolate among the selected isolate in its high resistance to bile salts. While for Lactobacillus delbrueckii ssp bulgaricus which was used for comparison with the other isolates, revealed no resistance for bile salts since the number Components of Lactobacillus acidophilus were separated. Colon cancer was induced in rats using Azoxymethane (AOM) at 15mg/Kg (animal body weight) by adding methyl group to guanine (O6- methyl guanine). Two restriction enzymes were used to detect the methylation. The first HpaII which is sensitive to presence of methyl group and the second is MspI which is resistant to methyl group so the samples treated with former will give a clear band of methylated DNA in gel electrophoresis while MspI will give diffused band when the DNA is methylated. The prophylactic effect (pretreatment) and the therapeutic effect (post- treatment) of Lb. acidophilus cells and its separated components was studied in vivo on the molecular level, DNA was extracted from rat colon and treated for methylation. The results revealed that the DNA extracted from treated animal showed smear in gel electrophoresis after digestion with HpaII which means that lactobacillus could modulate the DNA methylation, in contrast to positive control group which had specific DNA methylation band which indicates the presence of methyl group in the DNA of this animals. كان الهدف من الدراسة هو استبيان دور العصيات اللبنية كأحياء علاجية في مجال التعامل مع سرطان القولون في الجرذان المختبرية وقد شملت الدراسة عزل وتشخيص 29 عزلة لبكتريا العصيات اللبنية (Lactobacilli) من 11 عينة لغائط الأطفال الرضع حديثي الولادة، فضلا عن عزل وتشخيص عزلة واحدة لبكتريا العصيات اللبنية من اللبن القياسي (كانون)، التي استخدمت لغرض المقارنة في اختبار تحمل الحموضة وأملاح الصفراء. وقد استخدم نظام API 50 CH لتشخيص العزلات. أظهرت غربلة العزلات على أساس قدرتها على مقاومة الحموضة قابلية ست عزلات على أبداء مقاومة عالية للحموضة اذ تراوحت قيم أعدادها الحية ما بين (1.73 × 105 - 6.3× 105 وحدة تكوين مستعمرات / مللتر) مقارنة بقيم الأعداد الحية لبقية العزلات بعد 90 دقيقة من حضنها في مرق MRS برقم هيدروجيني 3.5 التي انخفضت قيم أعدادها الحية بشكل معنوي ،أما في ما يخص العزلة المعزولة من اللبن القياسي لم تبد مقاومة عالية للحموضة اذ انخفضت أعدادها الحية بمدى يقارب دورة لوغاريتمية واحدة أو أكثر والتي تعد مهمة احصائيا، وبهذا لم تبد مقاومة عالية للحموضة. انتقيت العزلات التي أبدت مقاومة عالية للحموضة لاختبار مقاومتها لأملاح الصفراء، وقد أبدت بكتريا Lactobacillus acidophilus (أحدى العزلات المشخصة) مقاومة عالية لأملاح الصفراء، اذ كانت العزلة الأكفأ من بين العزلات المنتقاة في مقاومتها لأملاح الصفراء، أما بالنسبة لبكتريا Lb.delbrueckii ssp bulgaricus والتي استخدمت لغرض المقارنة مع بقية العزلات لم تبد مقاومة لأملاح الصفراء، اذ انخفضت قيم أعدادها الحية انخفاض شديد (أي أكثر من دورة لوغاريتمية واحدة). تم استحثاث سرطان القولون في الجرذان المختبرية باستخدام مادة (AOM) Azoxymethane بتركيز 15 ملغم / كغم ( وزن الحيوان ) التي تؤدي الى حث سرطان القولون، وذلك بإضافة مجموعة المثيل الى ذرة الاوكسجين السادسة في الكوانين (O6 -methyl guanine ) وقد استخدمت انزيمات القطع الحساسة وغير الحساسة لمجاميع المثيل في الكشف عن حالة المثيلة، فالانزيم HpaII لا يقطع DNAالحاوي على المثيل لذلك يظهر الاخير بشكل حزمة متماسكة، في حين ان الانزيم MspI يقطع جزيئات DNA بغض النظر عن حالة المثيلة مما يؤدي الى انتشار DNA في هلام الترحيل الكهربائي ( يظهر بشكل مسحة متواصلة ) . وقد اجريت دراسة التأثير الوقائي والعلاجي لخلايا ومكونات بكتريا Lb.acidophilus في الأنظمة الحية in vivo قبل الحقن بالمادة المسرطنة Pretreatment) ) وبعد الحقن (Post treatment) على المستوى الجزيئي وقد ظهرت نماذج DNA المستخلصة من قولون الجرذان المختبرية المعاملة بخلايا ومكونات بكتريا Lb.acidophilus بشكل مسحه صغيرة ضمن هلام الترحيل مع انزيم التقيد HpaII وهذا بدوره يعكس قابلية خلايا ومكونات بكتريا Lb.acidophilus في التأثير والتعديل في مثيلة DNA. مقارنة بنماذج DNA الخاصة بمجموعة حيوانات السيطرة الموجبة والتي ظهرت بشكل حزمة ضمن هلام الترحيل عند حضنها مع الانزيم نفسه، مما يدل على وجود مجاميع المثيل في DNA هذه المجموعة من الحيوانات.


Article
Genetic Study of The Etiology of Some Bacterial Pathogens in People with Inflammation of The Eye and to Investigate The Prevalence of The SEA gene
دراسة وراثية لبعض المسببات البكتيرية الممرضة في الأشخاص المصابين بالتهاب العين والتحري عن نسبة انتشار المورث SEA

Loading...
Loading...
Abstract

The current study was conducted to investigate the bacterial causes of eye infection which include inflammation of Conjunctivitis,eye lid infection (Blepharitis) and Dacryosystitis. One handered ninety one swabs were collected from the eyes of infected people who reviewed Al-Hilla teaching hospital and Alnoor child hospital and Babylon maternity and paediatric hospital from November 2011 to May 2012.Culture investigations showed 176 positive bacterial growth from 191,the bacterial isolates include 119 isolates Gram positive and 57 isolates Gram negative,the Gram positive isolates include, S. aureus show high percentage of isolate(38.06%),PCR assay were performed to identify the presence of some genes related to pathogenicity in bacteria responsible from inflammation of the eye. Staphylococcus aureus represented the largest causative agent of inflammation of the eye the study revealed the presence of certain gene in some isolate of bacteria, including the gene SEA that gave large proportions in the study isolates rate 87.5%.أجريت الدراسة الحالية للتحري عن المسببات البكتيرية لآلتهاب العين المتمثلة بالتهاب ملتحمة العين Conjunctivitis)) والتهاب الجفن eye lid infection) (Blepharitis)) والتهاب كيس الدمع Dacryocystitis)) لأعمار مختلفة. جمعت191 مسحة من عيون المصابين الذين راجعوا مستشفى الحلة التعليمي العام ,مستشفى بابل للولادة والأطفال, مستشفى النورللأطفال للفترة من تشرين الثاني 2011- أيار2012 . أظهرت النتائج الزرعية من خلال دراسة الصفات المظهرية وجود 176 عينة موجبة للزرع من اصل 191 عينة مزروعة منها 119 عزلة بكتيرية موجبة لصبغة غرام 57 عزلة بكتيرية سالبة لصبغة غرام, شملت البكتريا الموجبة المكورات العنقودية الذهبية Staphylococcus aureus67 (38.06%). تم اجراء دراسة وراثية لبعض الجينات التي لها علاقة بالامراضية باستخدام تفاعل انزيم البلمرة PCRلبكتريا المكورات العنقودية S .aureus لكونها النسبة الاكبر المسببة لالتهاب العين. وكشفت الدراسة عن وجود الجين Sea الذي أعطي نسباً كبيرة بنسبة (87.5%).


Article
Molecular detection of Proteus mirabilis using PCR technique among urinary tract infection patients
التشخيص الجزيئي لبكتيريا Proteus mirabilis باستخدام تقنية التفاعل السلسلي البلمري بين المرضى المصابين بالتهاب المسالك البولية

Loading...
Loading...
Abstract

The study included isolation and diagnosis of bacteria Proteus mirabilis from patients suffering from urinary tract infection (UTI) with different types (simple and complicated cases) and from clinical urinary tract infected patients. Isolated of bacteria from (UTI) infected patients and from patient urinary tract catheter which was used in complicated cases and from defective urinary tract patients. Three hundred and ten (310) samples from (UTI) patients in different hospitals of Baghdad and Al-Kut. From period 1/1/2013 to 1/8/2013. The results observe (218) positive isolates for bacteriological exam and by the biochemical tests and Api appear Proteus spp (17.88 %) and P. mirabilis ( 92.3%) but P. vulgaris(7.7) %. PCR by used specific primer (16SrRNA) for detected genus Proteus and to differentiate it from other enterobacteria used (UreR) primer to detect the genome which was controlled for urease enzyme production. The results of primer UreR observe 36 isolates were positive. Results of the Nitrogen bases sequence of the PCR technology of the samples in this study revealed consistency reaching up to 98 % with the Nitrogen bases sequence of the UreR gene present in the P. mirabilis strain of the WHO. This study presented high specificity and sensitivity for the diagnosis of P. mirabilis using the PCR technology which is cheaper and faster than the conventional methods currently used in the hospitals and laboratories. تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص لبكتريا Proteus mirabilis من مرضى يعانون من التهابات في المسالك البولية على مختلف انواعها ( البسيطة والمعقدة) ومن انابيب القسطرة البولية التي تستخدم في حالات الالتهابات المعقدة والتشوهات الخلقية في اعضاء الجهاز البولي .تم جمع (310) عينة أدرار لمرضى يعانون من التهابات المسالك البولية من مستشفيات مختلفة لمدينتي بغداد والكوت للمدة من 1-1-2013 الى 1-8-2013 . أظهرت النتائج وجود (218) عزلة كانت موجبة للفحص البكتريولوجي ,وعند اكمال تشخيص العزلات البكتيرية السالبة لصبغة كرام بالطرق الكيموحيوية واستخدام انظمة Api التشخيصية أظهرت بكتريا Proteus spp. نسبة عزل (17.88%) وبلغت نسبة عزل P. mirabilis ( 92,30%) اما نسبة عزل P. vulgaris فكانت ( 7.7% ). استخدم تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) باستعمال بادئات نوعية (specific primer) (16SrRNA) للكشف عن وجود جنس المتقلبات Proteus spp وتمييزها عن باقي البكتريا المعوية وكذلك أستخدام بادئات نوعية متخصصة للكشف عن وجود الجينات (ureR). وأظهر تنتائج التشخيص الوراثي بآستعمال بوادئ متخصصة للجين ureRالخاص بهذه الدراسة عن وجود 36عينة أعطت نتائج موجبة لعينات الأدرار كذلك سجلت نتائج دراسة تسلسل القواعد النتروجينية لنواتج تقنية PCR للعينات قيد الدراسة تطابقاً يصل الــى (% 98) مع تسلسل القواعد النتروجينية لجين ureR الموجودة في عزلة P.mirabilis العائدة لمنظمة الصحة العالميةWHO 9. 3 .


Article
Pigment Epithelium Derived Factor and Vascular Endothelial Growth Factor in Diabetic Retinopathy
العامل المستمد من ظهارة الصباغ وعامل النمو البطاني الوعائي في اعتلال الشبكية السكري

Loading...
Loading...
Abstract

Diabetic retinopathy (DR) is the most common microvascular complication of diabetes mellitus. Vascular endothelial growth factor (VEGF) is a major mediator of vascular permeability and angiogenesis and also an important mediator of retinal ischemia-associated intraocular neovascularization. Pigment epithelium-derived factor (PEDF) is a strong inhibitor of angiogenesis. The objective of this study was to demonstrate the correlation between VEGF and PEDF in DR. A total of 117 subjects (healthy, diabetic without retinopathy and diabetic retinopathy) were studied. Serum VEGF and PEDF were measured. Result revealed a significant positive correlation between PEDF and VEGF (OR=0.820, p<0.01) in all subjects so the concentrations of PEDF and VEGF predict adverse outcomes, and their measurement may facilitate risk estimation, and PEDF-based interventions might be considered.اعتلال الشبكية السكري (DR) هي المضاعفات الأكثر شيوعا للأوعية الدموية الدقيقة في داء السكري. عامل النمو البطاني الوعائي (VEGF) هو الوسيط الرئيسي لنفاذية الأوعية الدموية وأيضا وسيط مهم في شبكية العين المرتبط نقص التروية العين اتساع الأوعية الدموية. عامل المستمدة من ظهارة الصباغ (PEDF) هو المانع القوي لنمو الأوعية الدموية. ان الهدف من هذه الدراسة لإثبات العلاقة بين VEGF وPEDF في DR. تمت دراسة 117 شخصا (اصحاء، المصابون بالسكري مع اعتلال الشبكية وبدون اعتلال الشبكية السكري) وقياس PEDFو VEGF في الدم. وجد ان هناك علاقة إيجابية ذات دلالة إحصائية بين PEDF و VEGF (OR=0.820, p<0.01) . تركيز PEDF وVEGF تتنبأ بالنتائج السلبية، وقياسها قد يسهل تقدير المخاطر، ويمكن الاستفادة من التدخلات الدوائية للـ PEDF.


Article
Molecular Detection to Toxoplasma gondii in Serum Sheep Samples
الكشف الجزيئي عن طفيلي التوكسوبلازما (داء القطط) في عينات مصل الاغنام

Authors: Balkes Fadel Hade
Pages: 58-65
Loading...
Loading...
Abstract

Toxoplasma gondii an obligate intracellular protozoan is one of the most common parasites that infect warm blooded animals including man. Polymerase chain reaction was applied for the detection DNA of the pathogenic protozoan T. gondii based on 35-fold-repetitive gene (the B1 gene) as a target. Blood samples from (66) sheep were taken to extracted serum from it, the result indicated that (51) serum were positive by enzyme linked immune-sorbent assay (ELIZA) and (15) serum apparently healthy as control group, same serum samples were taken to extract DNA from it and to detect the B1 gene if present. The B1 gene was present and conserved in all T. gondii strains and to detect this gene from purified DNA samples, a two-stage of PCR (nested) was conducted employing oligonucleotide specific primers for detected this gene. Results indict that (39) sheep are infected with the parasite. This combination of specificity which detected of the B1 gene based on PCR which is regarded a very useful method for diagnosis of toxoplasmosis in sheep.المقوسات القندية (التوكسوبلازما) هو طفيلي يعيش مجبر داخل الخلايا وهو من الطفيليات الدموية (الأوالي) الذي يصيب الأنسان والحيوان وهو المسبب لداء القطط المتميز بأحداث الأسقاط المتكرر. حاولت هذه الدراسة ان تسلط الضوء على الطرق المصلية المعتمدة على قياس كمية الأضداد في مصل الأغنام ومقارنة النتائج بالفحوصات الجزيئية المعتمدة على تطبيق سلسلة تفاعل البلمرة واستخدام الجين كهدف لوجود الطفيلي التوكسوبلازما على اساس تكرار الجين 35 مرة داخل المادة الوراثية للطفيلي. شملت هذه الدراسة(66) رأس غنم كعينات للاجراء الفحص المصلي (الايلايزا) عليها لكشف وجود الاصابة بالطفيلي اذ اكدت النتائج ان (51) رأس غنم كانت موجبة الاصابة بداء القطط في حين ان (15) راس غنم كانت سليمة من الاصابة (استخدمت كعينة سيطرة). تم اجراء الفحص الجزيئي لنفس العينة بالاعتماد على طريقة سلسلة تفاعل البلمرة للكشف عن وجود الجين الخاص بالطفيلي في عينة المصل, اذ اظهرت النتائج ان (39)راس غنم مصابة بالطفيلي من اصل (51) رأس غنم أكدت اصابتها بداء القطط بواسطة الفحوصات المصلية, بينما أكدت النتائج ان (4) من عينة السيطرة (15) كانت مصابة بالطفيلي لم يتمكن الفحص المصلي كشف الاصابة فيها.

Keywords

Toxoplasma gondii --- sheep --- serum --- PCR.


Article
Evaluation of Some Genetic Factors in Rheumatoid Arthritis patients in Iraq
تقييم بعض العوامل الوراثية في مرضى التهاب المفاصل الرثوي في العراق

Loading...
Loading...
Abstract

Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic, destructive autoimmune disease affecting the joints. With more sophisticated and effective therapies becoming available and with the understanding that early intervention is crucial in preventing irreversible joint damage. The main purpose of this observational study was to evaluate and detects a good genetic factors may be used in early detection of RA. A total of 40 patients with RA who were fulfilled four or more of the 1987 American College of Rheumatology (ACR), 20 patients with joints problems (JP), 20 RA patient relatives (PR) and 10 apparently healthy control individuals were included in this study. Human leukocyte antigen (HLA) genotyping was performed using Mr. Spot SSO system. The distribution of HLA class II genotypes in 20 RA patients and 30 control groups were studied. HLA-DRB1*04 was significantly most common genotypes in the RA patients (70%) compared to control groups (23.3%). While, the frequency of HLA-DRB1*11 was very high among controls (53.3%) compared to RA patients (25.0%), but the difference was not statistically significant. RA susceptibility in most Iraqi patients was associated with the HLA-DRB1*04 genotype. The HLA-DRB1*04 allele contributed significantly to the development of RA .HLA- Therefore, HLA-DRB1*04 allele appears to play an important pathogenic role in all subsets of RA.التهاب المفاصل الرثوي هو من أمراض المناعة الذاتية المزمنة والمدمرة التي تؤثر على المفاصل بالعلاجِ المتطوّرِ والأكثرِ فعّالية الذي أصبح متوفرا وبالفَهْم بأنّ التدخّلِ المبكّرِ حاسمُ في مَنْع الضررِ المشتركِ الغير قابل للعكس فان من المهم والمهم جدا تشخيص التهاب المفاصل الرثوي في مرحلة مبكرة جدا ولتسهيل التشخيص في المراحل المبكرة من المرض، في كثير من الأحيان عندما لم يكن كل الأعراض السريرية واضحة للعيان، إن الغرض الرئيسي لهذه الدراسةِ هذه هو الكشف عن اختبار للعوامل الوراثية يمكن استخدامه في الكشف المبكر عن التهاب المفاصل الرثوي . شملت هذه الدراسة أربعين مريض يعانون من التهاب المفاصل الرثوي لديهم أربعة أو أكثر من العلامات المحددة من قبل الجمعية الأمريكية للروماتزم, 20 مريض يعانون من مشاكل في المفاصل، 20 شخص من أقارب المرضى الذين يعانون من التهاب المفاصل الرثوي و 10 أشخاص أصحاء كمجموعة سيطرة. كما تم استخدم تقنية مستر سبوت نظام SSO (التسلسل المتخصص أحادي النيوكليوتيدات) من أجل الكشف الوراثي عن مستضد كريات الدم البيض البشرية (HLA). تم دراسة التوزيع الوراثي لمستضد كريات الدم البيض البشرية (HLA) الصنف الثاني لعشرين من مرضى التهاب المفاصل الرثوي وثلاثين من مجاميع السيطرة، أثبتت هذه الدراسة أن HLA-DRB1 * 04 كان معنويا وأكثر شيوعا (70٪) بين المرضى بالمقارنة مع مجموعات السيطرة (23.3٪). في حين HLA-DRB1 * 11 كان موجودا في عدد صغير نسبيا من مرضى التهاب المفاصل الرثوي (25٪) بالمقارنة مع مجموعات السيطرة (53.3٪). ومع ذلك، لا توجد هنالك فروق معنوية. وجد ان الحساسية للإصابة بمرض التهاب المفاصل الرثوي في المرضى العراقيين مرتبط بوجود العامل الوراثي HLA-DRB1 04 * و أن أليل 04 * HLA-DRB1 ساهم بشكل كبير في تطوير التهاب المفاصل الرثوي، ولذلك، يبدو أن HLA-DRB1 * 04 أليل تلعب دورا هاما في التهاب المفاصل الرثوي.

Keywords

Rheumatoid arthritis --- HLA.


Article
hsp70-2 Polymorphism in Urinary Bladder Carcinoma
تعدد طرز الجين المشفر لبروتين الصدمة الحرارية hsp70-2في سرطان المثانة البولية

Loading...
Loading...
Abstract

hsp70-2 or (hspa1b) is one of the human HSP70 genes, it was originally found specifically in primary spermatocytes and spermatids, that played an important role in spermatogenesis. Now HSP70-2 has attracted increased interest due to its possible involvement in carcinogenesis of non-testicular tissues. HSP70-2 has been identified as a potential cancer-promoting protein expressed at abnormal levels in a subset of human cancers such as bladder urothelial cancer. So, the present study aimed to study the HSP70-2 polymorphism in 50 blood sample of patients with urinary bladder carcinoma (UBC) and 15 healthy subjects, also study HSP70-2 gene expression in 40 paraffin tissue sections of patients with urinary bladder carcinoma UBC and 10 paraffin tissue section in patients with urinary bladder diseases UBD. A PCR-RFLP test was used to study the HSP70-2 gene polymorphism. r RT-PCR was used to study HSP70-2 gene expression. Genotype distribution and allele frequencies of HSP70-2 polymorphisms showed HSP70-2 P1P2 genotype frequency and HSP70-2 P2 allele were significantly increased in the patients with UBC compare to healthy subjects(p≤0.01).Also, the expression mean of HSP70-2 gene is 39.4 fold higher in UBC than in UBD patients.جين HSP70-2 هو واحد من بروتينات الصدمة الحرارية البشرية نوع 70 والذي يوجد اصلا في خلايا النطف والخلايا النطفية الأولية اذ يلعب دور مهم في عملية تكوين النطف. وبسبب دوره المتداخل مع تكوين السرطان في انسجة أخرى غير الخصى فقد أصبح حاليا مصدر جذب متزايد وعرف بالبروتين المروج لاحتمالية نمو السرطان حيث يفرز بمستويات غير طبيعية في بعض السرطانات الثانوية مثل سرطان المثانة البولي, لــذلك هدفت الدراسة الحالية لدراسة تكرار طرز الجين المشفر لبروتين الصدمة الحرارية HSP70-2 في 50 عينة دم من مرضى سرطان المثانة و15 عينة دم من أشخاص أصحاء باستخدام تقنية PCR-RFLP, ودراسة التعبير الـــجيني للبروتين في 40 عينة نسيجية مطمورة في شمع البرافين لمرضى سرطان المثانة البولية و10 عينات نسيجية لمرضى يعانون من أمراض اضطرابات المثانة البولية غير السرطان باستخــــدام تقنية r RT-PCR. أظهر توزيع النمط الجيني وتكرار الاليل لتشكل بروتين الصدمة الحرارية HSP70-2 فرق معنوي عالي لتكرار النمط الجيني نوع P1P2والاليل نوع P2 في مرضى سرطان المثانة مقارنة بالأشخاص الأصحاء, بنسبة احتمالية (p ≤0.01) . وكان معدل التعبير الجيني أعلى بنسبة (39.4) مرة في مرضى سرطان المثانة مقارنة بمرضى اضطرابات المثانة.


Article
The Association of Maternopaternal Age and Cytomolecular Abnormalities in Iraqi Down Syndrome Children
العلاقة بين عمر الام والاب والفحوصات الخلوية الجزيئية غير الطبيعية في الاطفال العراقيين المصابين بمتلازمة داون

Authors: Haider A. Salman1 Ban A. Majeed 2
Pages: 87-95
Loading...
Loading...
Abstract

Down syndrome is the most commonly seen genetic disease in genetic outpatient units. And a common cause of mental and physical handicap. The study aimed to ascertain the relation of parental ages (maternal and paternal), and the occurrence of Down syndrome. It also aimed to detect the chromosome 21 abnormalities and their paternity origin, depending on polymorphisms using karyotyping as well as to implement the FISH technique in confirming abnormal karyotyping. Fifty six families (56 Ds child, 56 mothers, 56 fathers), were included. Patients were recruited at the genetic unit of the Teaching Laboratories in Medical City who were referred to the unit for genetic consultation. Tow laboratory techniques including Karyotyping and Fluorescent in situ hybridization were used in establishing diagnoses and polymorphisms. The results of these methods were then compared and analyzed statistically. Eighty four percent of cases were of maternal origin and 14 percent were of paternal origin. Fifty two cases of the samples were single in each family. They resulted from additional non disjunctional chromosome. Three cases resulted from translocation. One case revealed an isochromosome. There was no effect of consanguinity on the results of the study. Increasing maternal age led to the increase frequency of Down syndrome, but not the paternal age. Karyotyping had more ability to recognize the source of disease either from mothers or fathers than fluorescent in situ hybridization while the latter had higher ability to diagnose Down syndrome than karyotyping. There is recurrence risk in the families resulting from fixed translocation in mothers.تمثل متلازمة داون الغالبية الشائعة في الامراض الوراثية في وحدات المراجعين الخارجيين والاكثر شيوعاً في المعوقين. هدفت هذه الدراسة لمعرفة علاقة عمر الامهات والاباء مع حصول متلازمة داون وكذلك معرفة دور كروموسوم 21 غير الطبيعي واصله اعتماداً على الفحوصات الخلوية الكروموسومية الاعتيادية وطريقة FISH. استخدم في الدراسة 56 عائلة راجعت الوحدة الوراثية في المختبرات المركزية لمدينة الطب في بغداد وطريقتين في الفحص الكروموسومات وهما طريقة تصبيغ الكروموسومات الاعتيادية وطريقة FISH الفلورنسية. بينت النتائج ان 84% من الحالات تبين ان اصل كروموسوم 21 امومي (من الام) و 14% من اصل ابوي (من الاب). كما بينت الدراسة ان 52 من الحالات كانت مفرده في كل عائلة وناتجة عن وجود زيادة في الكروموسوم 21 وهناك ثلاثة حالات ناتجة عن انتقالات كروموسوميه وحالة واحدة ناتجة عن كروموسوم 21 متناظر الاذرع . وكخلاصة فأن زيادة عمر الام يؤدي الى زيادة احتمالية ظهور متلازمة داون عند الاطفال وليس الاب. وان طريقة صباغة الكروموسومات العادية افضل في تشخيص اصل الكروموسومات في الطريقة الفلورنسية الطريقة الفضلى لتشخيص متلازمة داون في صباغة الكروموسومات العادية وأن هناك خطورة على العوائل من وجود انتقال كروموسومي لدى الامهات.


Article
Cytotoxic Effect of Hot Crude Extract of Fresh aloevera Plant on HepG2 Tumor Cell Line
التأثير السمي للمستخلص الحار لنبات الصبار في خط الخلايا السرطانية HepG2

Loading...
Loading...
Abstract

This work Aimed to study cytotoxic study crude extract of fresh leaves aloe vera plant on HepG2 tumor cell line. To achieve this goal, hot crude extract of fresh leaves Aloe vera plant, the study utilized on in vitro evaluated of cytotoxic effect of hot crude extract on HepG2 tumor cell line at different concentrations and exposure at 72 hour treatment. The hot crude extract concentration ranging (0.3906-50) mg/ml in two fold serial dilution were used to treat HepG2 tumor cell line for 72 hour intervals. The results, appeared tumor cell line showed highest deity toward sensitivity toward the cytotoxic effect of the hot crude extra at concentration 3.125 mg/dl compare with normal cell line showed novel behavior effect, the lowest concentration of treatment give the most significant (P<0.01) inhibitor effect, however, lower inhibitor effect when exposure of 0.3906 mg/dl of hot crude extract. The conclusion is that there is enough evidence to support the claim that Aloevera plant, is chemotherapeutic agent against cancer. هذه العمل يهدف لدراسة السمة الخلوية لمادة الخام المستخلصة من نبات الصبار على خط الخلايا السرطانية HepG2 للوصول الى الهدف تم الاستخلاص باستخدام الطريقة ودراسة سمة المراكب الخام في الزجاج على عالق الخلايا والمتضمنة. سرطان الخلايا السرطانية HepG2في تراكيز مختلفة وزمن التعرض لمدة 72 ساعة من العلاج. وتركيز مستخلص الصبار يتراوح بين ( (50-0.396مايكروغرام / مليلتر سلسلة التخفيف النصفي للعلاج نوعين من الخلايا لفترات من 72 ساعة. واظهرت النتائج, ان تركيز المستخلص 3.125 مايكروغرام/مليلتر كان الافضل في تثبيط نمو الخلايا السرطانية HepG2بالمقارنة مع خط الخلايا الطبيعية وذات فرق معنوي بمقدار (P<0.010) بالمقارنة مع التراكيز الاخرى. بينما كان اقل تأثير على خط الخلايا السرطانية للمستخلص بتركيز 0.3906 مايكروجرام / مليلتر والاستنتاج يدعم الادعاء بان مستخلص الصبار هو العلاج الكيميائي لمكافحة السرطان.


Article
Association of HLA-DRB1, DQB1 with Thyroid Disorders in Sample of Iraqi Patients
ارتباط المؤشرات المناعية HLA-DRB1, DQB باختلالات الغدة الدرقية في عينة من المرضى العراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

This study was carried out to evaluate some immunogenetic parameters of some Iraqi patients with thyroid disorders. Forty patients suffered from thyroid disorders who were admitted to the Department of Radiation, Nuclear Medicine Hospital in Baghdad and 30 healthy control during the period from June to October- 2011. The age of patients and healthy individuals ranged between 13-71 years. The HLA-class II typing was conducted for three groups the first group consisted of patients with hyperthyroidism, hypothyroidism and thyroid non toxic goiter patients, the second group consisted of thyroid cancer patients and the third group consist of healthy individuals. By using molecular methods polymerase chain reaction- sequence specific oligonucleotide (PCR- SSO) for HLA-Typing , the results showed that high frequencies of HLA DRB1*13and HLA-DRB1*10 (P<0.01 and P<0.05 , respectively) in thyroid cancer patients when compared with control group. Whereas the frequency of HLA-DQB1*06 significantly (P<0.05) increased in healthy control group compared to thyroid disorders patient groups. The results suggested that the immunogenetic markers such as HLA-DQB1*06 allele may have a protective effects against the development of thyroid disorders.تعود اختلالات الغدة الدرقية لعدد من الاسباب وقد تبين ان اقتران العوامل الوراثية والبيئية والذاتية ضروري لحدوث هذه الحالة المرضية. تضمنت الدراسة تقييم بعض مؤشرات المناعة الوراثية لدى عينة من المرضى العراقيين المصابين باختلالات الغدة الدرقية. اجريت الدراسة لـ 40 شخصا يعانون من اختلالات الغدة الدرقية من الذين تم فحصهم في قسم الطب النووي لمستشفى الإشعاع والطب الذري في بغداد و 30 شخصا سليماً تم اتخاذهم كمجموعة سيطرة وذلك للفترة من حزيران الى تشرين الاول 2011. تراوحت أعمار المرضى والأصحاء من 13 - 71 سنة. لتنميط مستضد الكرية البيضاء البشري للصنف الثاني ( Class-II- HLA-DRB1 , -DQB1) لدى مرضى اختلالات الغدة الدرقية تم تحليل توزيع هذه الاليلات لثلاثة مجاميع تضمنت المجموعة الاولى المرضى المصابين بقصور الغدة الدرقية, الدراق ومرضى النشاط المفرط للغدة الدرقية ,اما المجموعة الثانية فشملت مرضى سرطان الغدة الدرقية والمجموعة الثالثة تضمنت 30 شخصا سليماً (مجموعة سيطرة) وقد اشتملت الدراسة الجزيئية استخدام تقنية PCR-SSO, أظهرت النتائج بأن هنالك زيادة معنوية في تكرار مستضدات الكرية البشرية البيضاءHLADRB1*10,13 لدى مرضى سرطان الغدة الدرقية مقارنة بمجموعة السيطرة (P<0.05 , P<0.01 , على التوالي)، في حين كان هناك زيادة معنوية (5<0.0 P) في تكرار HLA-DQB1*06 عند مجموعة السيطرة (الاصحاء) مقارنة بمرضى اختلالات الغدة الدرقية. تشير النتائج الى ان المعلم المناعي الجيني كالاليل 06 HLA- DQB1*ممكن ان يساهم في التقليل من خطورة الاصابة باختلالات الغدة الدرقية لدى المواطنين العراقيين.

Keywords

HLA-DRB1 --- DQB1 --- Thyroid disorders --- PCR.


Article
Detection of K-ras Codons (1213 and 61) Genetic Variations in Iraqi
التحري عن التغيرات الوراثية لجين K-rasفي الكودونات 12/13 و 61 لدى مرضى سرطان الثدي العراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

Breast cancer is the most common type of malignancy recorded in the cancer registries of almost all countries within the Eastern Mediterranean Region and most prevalent malignancy in women in Western countries currently accounting for one third of all female cancers. K-ras is proto-oncogene is a Kirsten ras oncogene, K-ras, is a protein that in humans is encoded by the K-ras gene located on the short arm of chromosome 12 (12p12.1). Women who are not carriers of BRCA genes may have a K-ras-variant. Paraffin-Embedded (FFPE) were used to detection of the K-ras genetic aberrations in breast cancer Iraqi patients and their consent were taken, to determine K-ras gene ability to predict prognosis, by extracting the DNA from the samples and amplified the area of interest by using the modern techniques for genetic analysis like HRM (High resolution melting) and Sequencing by using specific designed primers. The aim of this study to assessments of K-ras patients with breast cancer and find the correlation between the K-ras mutations and breast cancer. In this study K-ras gene mutations can be present in breast cancer patients representing somatic mutations. However, they should be confirmed as a germ-line mutation in patients. I recommend establishing K-ras mutations in breast cancer patients as a routine study in specialized centres by amplification and sequencing and detection more variation especially in BRCA negative breast cancer patients.سرطان الثدي من اكثر السرطانات المسجلة في معظم بلدان الشرق الاوسط وكذلك دول الغرب حيث يشكل الثلث بين السرطانات التي تصيب النساء. يشفر لبروتين الـ K-ras في الانسان من قبل جين الـ K-ras والواقع على الكروموسوم 21 الذراع القصير. 2122 (12p12.1) تزداد احتمالية حصول طفرات في الـ K-ras لمرضى سرطان الثدي للمرضى الذين لا يحملون الطفرات في جين الـ BRCA في هذه الدراسة تم عزل ال DNA من البلوكات الشمعية للمرضى حيث تم فحص الـ DNA باستخدام تقنية الـ HRM والهدف هو دراسة الـ K-ras في مرضى سرطان الثدي والطفرات الحاصلة فيه, والتوصية في اعتماد دراسة جين الـ K-ras في المراكز التشخيصية المتخصصة لمرضى سرطان الثدي وخاصة من هم لا يملكون طفرات في جين الـ BRCA.


Article
Detection of Anti-HBc and HBV-DNA in Blood Donors Negative for Hepatitis B Virus Surface Antigen in Mosul Central Blood Bank-Iraq
كشف مضادات دنا HBC و HVB في عينات دم متبرعين غير حاوية على المستضد السطحي لراشح التهاب الكبد B في مصرف الدم المركزي في الموصل

Authors: Mohammad Dawaj Khalid
Pages: 119-127
Loading...
Loading...
Abstract

Though sensitive screening assays for detection of hepatitis B virus surface antigen (HBsAg) are available, occasional cases of post-transfusion hepatitis B virus infection (PTH) still occur. The present study was undertaken to assess the prevalence of anti-hepatitis B core (anti-HBc) positivity and presence of HBV-DNA in serum sample of healthy blood donors negative for both HBsAg and anti-HCV antibody in Mosul Central Blood Bank-Iraq. Since anti-HBc detection is mandatory in Iraq. Two thousands serum samples negative for both HBsAg and anti-HCV collected from healthy blood donors were tested for the presence of anti-HBc antibody. All samples positive for anti-HBc antibody were then investigated for determination of anti-HBc titre, anti-HBs titre, HbeAg and anti-HBe antibody by enzyme immunoassay (EIA). Every sample that tested negative for HBsAg but positive for anti-HBc alone or in with other serological markers was also examined for the presence of HBV-DNA by polymerase chain reaction (PCR). Two thousands samples tested, 20 (1%) blood samples were found to be positive for anti- HBc. HBV DNA was detected among 16 of 20 (80%) anti-HBc positive specimens. The mean level of viral load were 3500 copy/ml. Anti-HBsAg (50%), HBeAg (25%), Anti-HBeAg (30% v) were detected among anti-HBc positive samples. The liver function test results were all in normal range except in 4 of 16 HBV-DNA positive subjects. The mean levels of alanine aminotransferase (ALT) and aspartate aminotransferase (AST) in HBV-PCR positive subjects were 14 IU/l and 23.7 IU/l respectively. Anti-HBc antibody should be tested routinely on volunteers blood donors and if the sample found positive regardless of anti-HBs titre, the blood should be discarded. على الرغم من وجود طرق حساسة للكشف عن المستضدات السطحية لراشح التهاب الكبد B الا انه حصل ان تم تشخيص وجود الراشح بعد التبرع بالدم. الدراسة الحالية هدفت لتقييم ايجابية وجود راشح التهاب الكبد B anti-HBC والمستضد HBV-DNA في حصول متبرعين دم اصحاء سالبين للمستضدات HBsAg و HCV في مصرف الدم المركزي في الموصل. استخدم في هذه الدراسة الفين من عينات المصل المأخوذة من متبرعين دم اصحاء. عزلت العينات الموجبة للمستضد anti-HBC وفحصت من اجل تحديد مستوى المستضدات anti-HBc titer و HBs و HBeAg و anti-HBe باستخدام الطريقة المناعية – الانزيمية (EIA). استخدام تفاعل سلسلة البوليمريز للعينات الموجبة لاي من المستضدات المفحوصة. من جميع العينات المفحوصة وجد بان هناك 20 (1%) فقط موجبة للمستضدات anti-HBc ووجد بان 16 عينة من هذه (80%) كانت موجبة للمستضد anti-HBsAg وقد بلغت نسخ الفايروس في هذه العينات 3500 نسخة/سم3. من ضمن العينات الموجبة للمستضد anti-HBc كان منها 500% موجبة ايضاً للمستضد anti-HBsAg و 25% موجبة للمستضد HBeAg و 30% موجبة للمستضد anti-HBeAg. كما بينت نتائج فحوصات عمل الكبد بانها طبيعية في مجمل الحالات باستثناء 4 عينات من 16 عينة موجبة للمستضد HBv-DNA حيث كان معدل مستوى الانزيم النين امينو ترانسفيريز (ALT) والاسبرتيريت امينو ترانسفيريز (AST) يساوي 14 وحدة عالمية / لتر و 23.7 وحدة عالمية / لتر على التوالي. بينت النتائج بأنه من المفيد استخدام المستضد anti-HBc في فحوصات الدم للمتبرعين من اجل الكشف عن الاصابة براشح التهاب الكبد الفايروسي بالاضافة للمستضدات الاخرى.

Keywords

Hepatitis B virus --- HBsAg --- anti-HBc --- ALT.


Article
Detection of CTX-M-1 gene Among Klebsiella pneumonia Isolates in An Najaf Province
الكشف عن جين CTX-M-1في عزلات Klebsiella pneumonia في محافظة النجف

Authors: Raed Ali Hussein Shabaa
Pages: 128-133
Loading...
Loading...
Abstract

Resistance of Klebsiella pneumoniaes trains to the broad-spectrum antibiotics may be caused by extended-spectrum β-lacta+mases (ESBLs). This study was aimed to determine the antimicrobial resistance patterns and prevalence of extended spectrum beta lactamase gene (CTX-M-1) among isolates of K. pneumoniae.A total of 62 K. pneumoniae isolates were collected from two hospitals in An Najaf -Iraq, during 6-month study (2013-2014). The antimicrobial susceptibility of isolates was determined by disc diffusion method and interpreted according to the clinical and laboratory standards institute (CLSI) recommendations. Production of ESBL was determined by the presence of CTX-M-1gene using PCR technique. Most of the isolates showed high level of resistance: 37 isolates were simultaneously resistant to Amoxicillin-Clavulanic acid, Cefotaxime, Ceftriaxone, Aztreonam, and Ceftazidime (37/62, 59.6%). All were susceptible to Imipenem and Ciprofloxacin. The results of PCR study revealed that 60.1% of the isolates were ESBL positive. This study highlighted the need to establish antimicrobial resistance surveillance networks for K. pneumoniae to determine the appropriate empirical treatment regimensيعود سبب مقاومة سلالات البكتريا Klebsiella pneumoniaeللمضادات واسعة الطيف الى امتلاكها للانزيم extended-spectrum -lactamases (ESBLs). هدفت هذه الدراسة الى تحديد نمط المقاومة الدوائية و وجود الجينCTX-M-1 في عزلات البكتريا. تم جمع 62 عزلة من مستشفيين في محافظة النجف للفترة من تشرين الاول 2013 لغاية نيسان 2014. تم فحص الحساسية الدوائية للعزلات بطريقة الانتشار بالاقراص وقيمت اعتمادا على توجيهات مؤسسة المقاييس المختبرية والسريرية (CLSI) وتم تحديد انتاج انزيم extended-spectrum -lactamases (ESBLs) من خلال الكشف عن وجود الجين CTX-M-1 باستخدام تقنية سلسلة تفاعلات البلمرة (PCR). اظهرت معظم العزلات مستويات عالية من المقاومة: 37 عزلة كانت مقاومة لكل من Amoxicillin- Clavulanic acid ، Cefotaxime، Ceftriaxone، Aztreonam و Ceftazidime (37/62, 59.6%). بينما كانت جميعها حساسة لـ Imipenem و Ciprofloxacin . أظهرت نتائج الـ PCR ان 60.1% من العزلات تمتلك extended-spectrum -lactamases (ESBLs). سلطت هذه الدراسة الضوء على الحاجة الى نظام مراقبة للمقاومة الدوائية لبكتريا Klebsiella pneumoniae و تحديد العلاج الملائم.

Keywords

CTX-M-1 --- K.pneumonia --- PCE Antibiotics --- ESPL.


Article
Evaluation of PIK3CA Status in Breast Cancer and their Correlation with ER, PR, and HER-2 expressions in Iraqi female patients
تقييم حالة PIK3CA في سرطان الثدي وعلاقتها بالتعبير الجيني لـجينات ER ، PR و HER-2 في مريضات عراقيات

Loading...
Loading...
Abstract

The present study revealed that the PIK3CA, catalytic subunit of phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K), is mutated in breast cancer. This study was carried out in the laboratory of molecular biology in the Department of Biology in the College of Science – Kufa University, during the period from July 2013 through March 2014. Paraffin blocks of thirty one patients with breast carcinoma were included in this study. These samples were collected from laboratory of histopathology in Alsader Teaching Hospital in Al-Najaf governorate. Six samples with normal breast tissues were considered as control group for this study. Their ages ranged from 30 to 65 years, with a mean age of 49.9 years. Carcinoma tissue samples were evaluated previously for ER, PR and HER-2 by Immunohistochemical analysis. The diagnosis was under the supervision of pathologist in the hospital. The clinicopathological assessment revealed that 14 (45.16%) were hormone dependent carcinoma: ER+PR+, 3 (9.67 %) and 9 (16.12%) were probably hormone dependent carcinoma: ER+PR-; ER-PR+, and 5 (29.03%) were hormone independent carcinoma: ER-PR-. HER-2 expression was found in 7(22.58%) of cases. Mutational analysis of PIK3CA was done in 31 breast cancers and, finally, 11 (35.48%) mutations were identified in total. The frequency of PIK3CA mutations in ER-positive tumors was significantly (p < 0.05) higher than that in ER- negative tumors , and the frequency of PIK3CA mutations in PR-positive tumors tended to be higher than that in PR-negative tumors. HER2 expression was not significantly associated with PIK3CA mutations. أظهرت الدراسة الحالية ان PIK3CA الوحدة الفرعية المحفزة لـ phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) تكون طافر في حالة سرطان الثدي. اجريت هذه الدراسة في مختبر البايولوجي الجزيئي بقسم علوم الحياةص2348 في كلية العلوم جامعة الكوفة، خلال الفترة من تموز 2013 لغاية آذار 2014. تضمنت هذه الدراسة احدى و ثلاثون قالب شمع البارافين لسرطان الثدي. تم جمع هذه العينات من مختبر الامراض النسيجية في مستشفى الصدر التعليمي في محافظة النجف. ستة عينات انسجة ثدي طبيعية اعتبرت كمجموعة سيطرة لهذه الدراسة. تراوحت اعمارهم من 30 الى 65 سنة، بمتوسط عمري بلغ 49.9 سنة، تم تقييم النسيج المسرطن لـ ER، PR، و HER-2 بواسطة التحليل المناعي النسيجي الكيميائي. تم التشخيص باشراف اخصائي علم الامراض في المستشفى. اظهر التقييم المرضي السريري ان 14(45.16%) كانت سرطان معتمد على الهرمون: ER+PR+ ، 3(9.67%) و 9(29.03) كانت من المحتمل سرطان معتمد على الهرمون: ER+PR- ؛ ER-PR+ ، و 5(16.12%) كانت سرطان غير معتمد على الهرمون: ER-PR-. التعبير الجيني لـ HER-2 وجد في 7(22.58%) من الحالات. اجري تحليل طفرة PIK3CA لاحدى وثلاثون حالة سرطان ثدي، و اخيراً 11(35.48%) طفرة تم تشخيصها اجمالاً. كان تكرار طفرات PIK3CA في اورام ER-positive اعلى معنوياً (p < 0.05) من اورام ER- negative، و تكرار طفرات PIK3CA في اورام PR-psitive اعلى نوعاً ما من اورام PR- negative، لم تكن هنالك علاقة معنوية بين الـHER-2 و طفرات PIK3CA .

Keywords

PIK3CA --- Breast cancer --- HER-2 --- ER


Article
Effect of Environmental Contamination on Cell Division of Chick Embryos
تأثير التلوث البيئي في الانقسامات الخلوية لأجنة الدجاج

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed to use chick embryos as a biological indicator for assessing the genotoxic activity of environmental pollutants and used it as a living test system or a useful tool when a study on the target species is difficult or impracticable. Fertilized eggs were collected from AL-Twietha(contains the Iraqi nuclear reactor)represents a control group . Cytogenetic analysis for chick embryos have been done by studying Blast index (BI), and Mitotic index (MI), Replicative index (RI) and Sister Chromated Exchange (SCE) for embryonic cell in 2-7 days age. Results were compared with those that were held to chick embryos for eggs collected from AL-Kadhimiya and AL-Baya as a control group. Result showed significant increase in MI and RI in embryonic cells for chicks collected from AL-Twietha with age were as embryonic cells for chicks collected from AL-Kadhimiya and AL-Baya that decreased as age increase. SCE values showed a significant increase for eggs collected from AL- Tuwaitha area. These results show a defect in the genetic material and inability of the cell to repair the DNA damage, which resulted in a rise in SCE value. From this study it can be conclude that the possibility of using chick embryos as a biological indicator to detect the effect of pollutants and adoption as an alternative method for in vitro blood cultures for being easy ,accurate, and economic method.تهدف الدراسة استخدام أجنة الدجاج كمؤشر بيولوجي للكشف عن تأثير التلوث البيئي على المادة الوراثية واعتمادها كنظام اختباري حي وطريقة بديلة للنماذج التي يتعذر تجربة تأثير الملوثات عليها. جمع بيض ملقح من منطقة التويثة (تحتوي على المفاعل النووي العراقي). أجريت التحليلات الوراثية الخلوية لأجنة الدجاج بدراسة معامل الأرومة (blast index)(BI) ومعامل الانقسام (mitotic index)(MI) ومعامل التضاعف(replecative index)(RI) ، والتبادل الكروماتيدي الشقيقي (Sister Chromated Exchange)(SCE) للخلايا الجنينية وبعمر 2-7 أيام وقورنت النتائج مع تلك التي أجريت لأجنة دجاج من بيض تم جمعه من منطقتي الكاظمية والبياع كمجموعة سيطرة. وتم حساب معامل الانقسام MI ومعامل التضاعف RI والتبادل الكروماتيدي الشقيقيSCE. بينت النتائج إن هناك ارتفاعا معنويا في معامل الانقسام الخلوي MI ومعامل التضاعف RI في الخلايا الجنينية لأجنة الدجاج لمنطقة التويثة مقارنة بقيمها في الخلايا الجنينية لأجنة الدجاج لمنطقتي الكاظمية والبياع والتي انخفضت فيها قيمة معامل الانقسام MI ومعامل التضاعف RI بتقدم العمر. وتمت دراسة فحص التبادل الكروماتيدي الشقيقي (SCE) ولوحظ زيادة في قيمة (SCE) في أجنة البيض لمنطقة التويثة. توضح النتائج حدوث خلل في المادة الوراثية وعدم قدرة الخلية على إصلاح جزيء ال DNA والذي نتج عنه الارتفاع في قيمة .(SCE) نستنتج من الدراسة إمكانية استخدام أجنة الدواجن كمؤشر بيولوجي للكشف عن تأثير الملوثات واعتمادها كطريقة بديلة لمزارع الدم في الزجاج in vitro لكونها طريقة سهله ودقيقة واقتصادية.


Article
A Study of FLT/ITD Mutations in Cytogenetically Normal Iraqi Acute Myeloid Leukemia Patients
دراسة الطفرات الوراثية في جين FLT/ITD لبعض مرضى ابيضاض الدم الحاد العراقيين ذوي الخلايا الطبيعية

Loading...
Loading...
Abstract

The present study was designed to shed light on the molecular effects caused by acute myeloid leukemia (AML) pathogenesis in three cases before, during and after treatment with chemotherapy (in vitro) in lymphocytes. It was also aimed to investigate FLT3/ITD point mutations in cytogenetically normal-AML region 100-300 bp compared to healthy control. The study comprised of 30 AML Iraqi patients and their ages ranged between 2.5-81 years. It included 12 females and 18 males compared with 26 healthy controls. Results revealed that the extracted DNA from 30 AML patients and amplified by PCR to obtain FLT3/ITD gene from exon 11 to 12 showed larger bands (470 and 460) bp in 2 patients when compared to wild type (330) bp. Among six patients, three of them displayed point mutations of deletion and substitution, while the others were normal since no mutations were detected. The percentages of mutation types were substitution 77.8% and deletion 22.2%. The types of mutations were missense mutations as (55.54%), deletion (22.22%) and nonsense (22.22%).صممت الدراسة الحالية لتسليط الضوء على التأثير الجزيئي في خلايا الدم البيضاء الناتج عن امراضية ابيضاض الدم الحاد قبل واثناء وبعد العلاج الكيميائي. هدفت الدراسة للبحث عن الطفرات الوراثية النقطية للمورث FLT3/ITD في عينات طبيعية خلوياً لمرضى ابيضاض الدم الحاد وعينات من اشخاص اصحاء شملت الدراسة 30 مريضاً تتراوح اعمارهم بين 81-2.5 سنة وشملت 12 انثى و 18 ذكر اضافة الى 26 طبيعياً. بينت النتائج بأن تضخيم الـ DNA المعزول من المرضى بطريقة تفاعل البلمرة التسلسلي للمناطق المشفرة أو الاكسونين 11 و 12 من المورث FLT3/ITD اعطى حزمتين هما 470 و 460 زوج قاعدي لمريضين مقارنة مع حزمة مفردة 330 زوج قاعدي للأصحاء. بينت النتائج ايضاً وجود طفرات وحذوف في ستة من المرضى فقط بينما كانت عينات المرضى الباقين طبيعية مثلت الطفرات الوراثية الاستبدالية نسبة %77.8 واما الحذوف فمثلت 22.2%.

Keywords

AML --- point mutation --- FLT/ITD


Article
Molecular Localization of Epstein Barr Virus and Rb Tumor Suppressor Gene Expression in Tissues from Prostatic Adenocarcinoma and Benign Prostatic Hyperplasia
التموضع الجزيئي للتعبير الجيني لراشح الابشتاين بار والجين الكابت السرطاني Rb في أنسجة البروستات السرطانية والحميدة

Loading...
Loading...
Abstract

Epstein- Barr virus (EBV) is a ubiquitous in that infecting more than 90% of adult population worldwide. Recently, EBV has been linked to the development of variety of human malignancies including prostate tissues that range from benign prostatic hyperplasia (BPH) to prostatic adenocarcinoma (PAC). Somatic point mutations in Rb gene have been detected in prostate cancer and are involved in progression steps of prostate carcinogenesis. To analyze the distribution and impact of concordant Rb expression and latent EBV infection on a group of prostate adenocarcinoma and benign prostatic hyperplasia. Seventy- two formalin-fixed, paraffin- embedded prostatic tissues were obtained in this study; 40 biopsies from prostatic carcinoma and 20 from benign prostate hyperplasia as well as 12 apparently normal prostatic autopsies control group. Detection of EBV-EBERs was done by ultra-sensitive version of in situ hybridization method where as immunohistochemistry detection system was used to demonstrate the expression of Rb gene. Detection of EBV-EBERs -ISH reactions in tissues with PAC was observed in 19 out of 40 (47.5%), while in the tissues from BPH was detected in 10% (2 out of 20). No EBV-EBERs positive – ISH reaction was detected in healthy prostate tissues in the control group. The differences between the percentages of EBERs detection in tissues PAC and each of BPH & control groups were statistically highly significant (p < 0.01). Positive Rb immune histo chemical (IHC) reactions were observed in 19 PAC cases (47.5%) and in 2 BPH cases (10%). Our results indicate that the EBV might contribute to the development of subset of prostate tumors. In addition, the significant percentage of expression of possible Rb gene as well as EBV in prostate adenocarcinoma could indicate for an important role of these molecular and viral factors in prostatic carcinogenesis. ايبشتاين- بار فيروس (EBV) فايروس يتواجد في كل مكان و يصيب أكثر من 90٪ من السكان البالغين في جميع أنحاء العالم. في الآونة الأخيرة تم ربط EBV في تطور مجموعة متنوعة من الأورام الخبيثة للإنسان بما في ذلك أنسجة البروستات التي تتراوح من تضخم البروستات الحميد (BPH) الى سرطان غدية البروستات الخبيث (PAC). تم الكشف عن الطفرات النقطية الجسمية في جينات الريتينوبلاستوماRB في سرطان البروستات والتي تشارك في خطوات تطور سرطان البروستات. الغرض من الدراسة عن الكشف عن علاقة ايبشتاين- بار فيروس (EBV) للإصابات الكامنة وتأثير تعبير جين الريتينوبلاستوماRB على مجموعة من مرضى سرطانات غدية البروستات وتضخم البروستات الحميد. تم الحصول على اثنين وسبعين عينة مريض لأنسجة البروستات المثبتة بالفورمالين، والتي مثلت عينات الدراسة وكالاتي: اربعون خزعه من سرطان غدية البروستات وعشرون خزعه من تضخم البروستات الحميد فيما مثلت اثنا عشر خزعه من انسجة البروستات للاشخاص السليمين كمجموعة سيطرة. تم الكشف عن ايبشتاين- بار فيروس (EBV) بوساطة طريقة التهجين الموقعي ذات الحساسية العالية. بينما تم استخدام تقنية الفحص الكيمائي المناعي النسجي للتدليل على تعبير جينات الريتينوبلاستوماRB . اظهرت نتائج الكشف عن ايبشتاين- بار فيروس (EBV) بوساطة طريقة التهجين الموقعي ذات الحساسية العالية (ISH) في انسجة سرطان غدية البروستات نسبة 47.5٪ (19 من 40 عينه)، بينما في انسجة بروستات الورم الحميد BPH)) كانت نسبة الإصابة 10٪ (2 من 20عينه). لا توجد نتائج موجبة للاصابة ب ايبشتاين- بار فيروس (EBV) في انسجة البروستات للأشخاص السليمين المستخدمين كمجموعة سيطرة. اظهر التحليل الاحصائي للفروق بين النسب المئوية للكشف عن ايبشتاين- بار فيروس (EBV) في انسجة سرطان غدية البروستات PAC وكل من وتضخم البروستات الحميد BPH ومجموعة السيطرة فرقا معنويا عاليا عند (0.01< P). كانت نتائج الفحص الكيمائي المناعي النسجي لسرطان غدية البروستات إيجابية بنسبة 47.5% (19من 40 عينه) وفي تضخم البروستات الحميد بنسبة10٪ (2 من 20 عينه) بينما في مجموعة السيطرة كانت النتائج سلبية. نتائج الدراسة الحالية تشير إلى أن EBV قد تسهم في تطوير فرعية من أورام البروستات. وبالإضافة إلى ذلك، يمكن للنسبة الكبيرة من التعبير الجيني لـ RB لهما دوران مهمان كعوامل فايروسية وجزيئية في تسرطن البروستات.


Article
Evaluation of Micronucleus, Nuclear Division Index and Sister Chromatid Exchanges in Human Lymphocyte for Local Samples of Al-Tuwaitha Region-Iraq
تقييم فحوصات النوى الصغيرة، معامل الانقسام النووي والتبادل الكروماتيدي الشقيقي في الخلايا اللمفاوية لدم الإنسان لعينات محلية من منطقة التويثة-العراق

Loading...
Loading...
Abstract

During the period February 2007 till May 2008. Micronucleus (MN) in binucleated lymphocytes, nuclear division index ( NDI) and sister chromatid exchanges (SCEs) were performed among 183 persons living at Al- Tuwaitha region surrounding previously to the Iraqi Atomic Energy commission .This number included sixty samples from Eshtar village, aged 15 - 50 years, thirty one samples from Al-Wardia region, aged 17-61 years, fifty two samples from Al-Readh region, aged 18-62 years and forty samples from Al-Tameem region, aged 18 - 58 years. Control group, which included 100 samples aged 16 - 68 years from other regions of Baghdad was also studied. The results of the frequencies of MN and SCE were revealed a significant increase (p<0.05) in the males and females of human lymphocyte in these regions of studies as compared with the control group. While the results of the average of NDI were significant decrease (p<0.05) in the males and females of human lymphocyte in these regions of studies as compared with the control group. In addition, the results of MN , NDI and SCE for various ages and genders were compared in the studied groups. In conclusion, the results of our experiment suggest that the accumulation of genetic damage is detectable in peripheral lymphocytes of local samples of Al-Tuwaitha region. As well as, the increase frequencies of MN and SCE indicate the cumulative effect of low-level chronic exposure to radiological and chemical materials. The current results of MN and NDI frequency were within normal values according of the technical report of International Atomic Energy Agency (IAEA) No. 405 , 2001.خلال المدة من شباط 2007 حتى أيار 2008، أجريت فحوصات النوى الصغيرة MN ،معامل الانقسام النووي NDI والتبادل الكروماتيدي الشقيقي في الخلايا اللمفاوية لدم الإنسان لـ 183نموذجا من أشخاص أصحاء طبيعيين يسكنون منطقة التويثة المحيطة بمنظمة الطاقة الذرية العراقية سابقا، وشملت هذه الدراسة 60 نموذجا من قرية عشتار بعمر 15 – 05 سنة ، 31 نموذجا من منطقة الوردية بعمر 17-61 سنة ، 52 نموذجا من منطقة الرياض بعمر 18- 62 سنة و40 نموذجا من منطقة التأميم بعمر 18- 58 سنة، إضافة إلى مجموعة السيطرة والتي شملت 100 نموذجا بعمر 16- 68 سنة من مناطق أخرى من أحياء بغداد. أظهرت النتائج وجود زيادة معنوية (p<0.05) في معدل تردد النوى الصغيرة MN في الخلايا اللمفاوية ثنائية النواة والتبادل الكروماتيدي الشقيقي لذكور وإناث المناطق المدروسة مقارنة مع مجموعة السيطرة. بينما لوحظ انخفاض معنوي (p<0.05) في معامل الانقسام النووي NDI في الذكور والإناث في هذه المناطق مقارنة مع مجموعة السيطرة. إضافة إلى ذلك، قورنت نتائج النوى الصغيرة ومعامل الانقسام النووي والتبادل الكروماتيدي الشقيقي لمختلف الفئات العمرية والجنس في للمجاميع المدروسة.نستدل من نتائج الدراسة وجود ضرر تراكمي في المادة الوراثية في الخلايا اللمفاوية لعينة من الساكنين في منطقة التويثة وقد تشير هذه الزيادة في المؤشرات المدروسة إلى التأثيرات المتراكمة من التعرض لجرع واطئة من المواد المشعة او الكيميائية. علما أن النتائج الحالية بالنسبة إلى تردد النوى الصغيرة ومعامل الانقسام النووي في الخلايا اللمفاوية ضمن المعدلات الطبيعية حسب التقرير الفني للوكالة الدولية للطاقة الذرية المرقم 405 لسنة 2001.


Article
Comparative Study Between Serological and Molecular Diagnosis test for HBV and HCV in Chronic Renal Failure Patients on Hemodialysis in Nineveh Government/Iraq
دراسة مقارنة بين طرق الفحص المصلية والجزيئية من أجل الكشف عن رواشح التهاب الكبد (HBV) و (HCV) في مرضى الفشل الكلوي المزمن في محافظة نينوى – العراق

Authors: Mohammed D. Khalid
Pages: 186-192
Loading...
Loading...
Abstract

Patients under hemodialysis treatment for chronic renal failure (CRF) are among the groups with the highest prevalence of hepatitis B and C viruses due to frequent blood transfusion and nosocomial transmission. A group of CRF patients living in Nineveh governments were tested with serological markers for hepatitis B and C using the ELISA Enzyme linked immunosor bent Assay test and Polymerase Chain Reaction (PCR). The validity parameters for the serological results were measured based on the PCR results. Of the 62 patients on hemodialysis during the study, 13 (21%) were HBsAg positive, 49 (79%) were anti-HBS positive 8 (61.5%) were anti-HBC positive and 16 (25.8%) were anti-HCV positive, the PCR tests results in 13 (21%) HBV-DNA positive, the mean viral load were 78950 copy/ml and 15 (24.1%) were HCV-RNA positive the mean viral load were 125000 copy/ml, the accuracy, sensitivity and specificity of Elisa for HBsAg were 90.6%, 50% and 94.8%, and the same parameters were 92.6%, 87.5% and 92.9% for anti-HCV. Based on the results just the negative predictive value for anti-HCV (98.2%) is reliable test in CRF patients on hemodialysis tests are the indicated methodology to diagnosis HBV and HCV infection in these patients. Serological and/or molecular tests are the indicated methodology to diagnosis HBV and HCV infection in these patients.يعتبر مرضى الفشل الكلوي الذين يعتمدون على غسيل الكلى الأكثر تعرضاً للاصابة براشح التهاب الكبد B و C نتيجة حاجتهم الى نقل الدم واستخدامهم المستمر لأجهزة غسيل الكلى. استخدمت مجموعة من مرضى الفشل الكلوي من أجل الفحوصات المصلية لمؤشرات كشف راشح التهاب الكبد B و C باستعمال طريقة اليزا وكذلك أستخدام فحص تفاعل سلسلة البوليمريز لمعرفة أيهما أنسب في الكشف عن الرواشح الكبدية. من خلال 62 مريضاً أستخدم في الدراسة كان هناك 13 (21%) موجبين للمستضد HBsAg و 49 (79%) موجبين للمستضد anti – HBو 8 (16.5%) مــوجبين للمستضد anti – HBC و 16 (25.8%) مـــوجبين للمستضد anti – HCV ، بينما كانت نتائج تفاعل ال PCR أن هناك 13 (21%) موجبين للمستضد HBV – DNA حيث كان عــــدد النسخ فـــيها 78950 نسخة / سم3 و 15 (24.1) مـــوجبين للمستضدHCV – RNA وعـــدد النسخ 125000 نسخة / سم3. بينت نتائج الفحص المصلي بأن الفحص المصلي بطريقة اليزا بين حساسية الفحص للمستضد HBsAg وبنسبة 90.6% و 50% و 94.8% وللمستضد anti- كانت 92.6% و 87.5% و 92.9% بينما كانت النتائج سلبية (98.2%) للمستضد anti – HCV ، توضح النتائج أن من المهم استعمال الطريقتين في الكشف عن راشح التهاب الكبد B و C في مرضى الفشل الكلوي المعتمدين على أجهزة غسيل الكلى.

Keywords

hepatitis B and C --- ELISA --- PCR --- HBsAg --- HCV-RNA.


Article
Evaluation of p53 and K-ras Gene Mutations Frequency in Iraqi Women with Ovarian Carcinoma
تقييم تردد الطفرات للجينين p53 و K-ras في النساء العراقيات المصابات بسرطان المبيض

Authors: Maisaa Gazi Jumaa
Pages: 193-206
Loading...
Loading...
Abstract

Ovarian cancer represents the fourth most frequent type of cancer among females and is the leading cause of death from gynecological cancer in the western world. More recently, ovarian tumors have been broadly classified into two distinct groups with unique histological, clinical and molecular profiles. Type I tumors in which BRAF and K-ras somatic mutations are relatively common, and type II tumors which display high levels of genomic instability with few common mutations, other than TP53, which is altered in over 90% of the cases. In the present study 58 samples with newly diagnosed ovarian cancer were analyzed for detecting the frequency of p53 and K-ras gene mutations in Iraqi ovarian cancer patients, as well as 15 samples of apparently healthy women used as a control group. The analysis was based on conventional PCR amplification of exons 5 and 7 of the p53 gene and codon 12 of K-ras. For both p53 and K-ras genes, none of healthy control exhibited mutation in those genes. p53 mutations detected in 13(22.4%) of ovarian cancer samples, which was significantly higher in compare with healthy controls (p<0.05). The results showed that out of thirteen mutant ovarian cancer samples, exon-5 mutation was the most frequent and detected in 10 (76.9 %), followed by exon-7 that detected only in 3(23.07%) of cases. Statistically there were no significant differences in mutational rates of p53 gene in patients with age, menopausal state, tumor histological subtypes, and different FIGO stages. K-ras mutation detected in only 3(5.17%) of ovarian cancer samples. There were no significant difference in mutational rates of K-ras gene in patients with age, menopausal state, tumor histological subtypes, and different FIGO stages, but all these three mutant samples with stage I. Out of 58 samples only one patient 1(1.7%) have been identified with mutations in both genes. In conclusion, the present study results show that mutations of the p53 gene are not rare events, and K-ras mutations status is not a prognostic factor in ovarian carcinomas.يمثل سرطان المبيض رابع نوع من بين السرطانات الأكثر شيوعا التي تصيب الإناث، والسبب الرئيسي للوفاة في العالم تم في الآونة الأخيرة تصنيف أورام المبيض على نطاق واسع إلى مجموعتين متميزتين من النواحي النسيجية والسريرية والجزيئية .النوع الأول الأورام التي تكون فيها الطفرات الجسدية للجينات BRAF وK-ras هي الاكثر شيوعا، والتي قد تكون لها آثار علاجية مهمة. النوع الثاني الأورام التي تظهر مستويات عالية من عدم الاستقرار الجيني مع قليل من الطفرات الشائعة، بالاضافة الى P53، الذي يظهر تغاير في أكثر من 90٪ من الحالات. في هذه الدراسة تم تحليل 58 من سرطان المبيض المشخصة حديثا وذلك للكشف عن البروتين وتواتر الطفرات الجينية للجيني p53 وK-ras في مرضى سرطان المبيض، بالاضافة الى15 عينة من النساء الأصحاء تم استخدامها كمجموعة سيطرة. واستند التحليل على التضخيم باستخدام تقنية تفاعلات السلسلة البوليمريةPCR للاكسونات 5 و 7 من الجين P53 وكودون 12 من K-ras . لم تظهر أيا من عينات السيطرة طفرة في تلك الجينات في حين تم الكشف عن الطفرة في جين p53 في 13(22.4%) من عينات سرطان المبيض، الذي اظهر فروقات معنوية مقارنة مع الاصحاء) p<0.05)). أظهرت النتائج أنه من أصل ثلاثة عشر عينة طافرة، كانت الطفرة في اكسون5 هي الاكثر شيوعا الأكثر شيوعا 10(76.9 %) ثم يليها اكسون7- في 3(23.07%) من الحالات. إحصائيا لا توجد فروقات معنوية عالية في معدلات الطفرة للجين p53 مع عمر المرضى، حالة انقطاع الطمث، انواع الورم النسيجية، ومراحل الورم المختلفة، تم الكشف عن الطفرة في جين K-ras في3(5.17%) من عينات سرطان المبيض، إحصائيا لا توجد فروقات معنوية عالية في معدلات الطفرة للجين K-ras مع عمر المرضى، حالة انقطاع الطمث، انواع الورم النسيجية، والمراحل المختلفة للورم، ولكن كانت العينات الثلاثة الطافرة جميعها ضمن المرحلة الأولى للمرض.من أصل 58 عينة اظهرت عينة واحده فقط طفرة في كلا الجينين. تظهر نتائج الدراسة الحالية أن الطفرات في جينP53 ليست من الأحداث النادرة في أورام المبيض، كما وان الطفرة في جينK-ras قد لا يمكن اعتبارها عاملا في التنبوء والتشخيص لسرطان المبيض.

Keywords

Ovarian tumor --- p53 --- K-ras --- mutations


Article
Tumors Associated Macrophages (TAM) Phenotype in Colorectal Cancer Patients
علاقة نوع البلاعم الكبيرة المرتبطة سرطانيا (TAM) في مرضى سرطان القولون

Loading...
Loading...
Abstract

The ability of macrophages to adapt to their environment has led to the identification of two main polarized phenotypes of macrophages. First M1 macrophage (classical) is associated with chronic inflammation, cancer initiation and promotion and the reduction of cancer risk by treatment with anti-inflammatory drugs. Second, M2 macrophage (or alternative), a high density of these tumor-associated macrophages correlates with poor prognosis and show mostly protumoral functions, promoting tumor cell survival, proliferation, and dissemination. The study aimed to detect of the distribution of different subtypes of macrophages clinical specimens of colorectal carcinoma (CRC), and how they are integrated with tumor features. Total of 47 patients with colorectal carcinoma were enrolled in this study, among of these patients 26 (55%) males and 21(45%) females, with a range age from 37 years to 72 years, mean age (54.5 year), with 1:1.2 ratio between female and male. Immunohistochemistry was used to detect nitric oxide synthase 2 (NOS2) as a marker for the M1 macrophage phenotype and the scavenger receptor CD163 as a marker for the M2 macrophage phenotype with CD68 as general marker of detection macrophage in tissue. Results recorded that NOS2 with score 3 appeared high frequency (34.04%) fallowed by 25.53% to score 2. NOS2 showed association with age groups <50 years, gender, right site, poorly differentiated, and mucinous types of cancers. As a markers of TAM1, CD163 recorded, high frequency (44.68%) for score 1 followed by score 2 in 17.02%, and association with gender, in female, left site, poorly differentiation, and mucinous cancers.قدرة البلاعم الكبيرة على التطبع في المحيط الدقيق يؤدي الى تحديد نوعين من البلاعم الكبيرة. النوع الاول التقليدي وله علاقة بالالتهابات المزمنة مع قدرتها على منع وتحديد وتقليل خطر السرطان بواسطة استخدام علاجات مضادات الالتهابات. النوع الثاني او البديل وهذا النوع متعلق ومرتبط بالسرطان وخصوصا قبل السرطان والمأل السيء له حيث تسمح لنمو وتكاثر وانتشار الخلايا السرطانية. وتهدف الدراسة الى تحديد وانتشار الانواع المختلفة من البلاعم الكبيرة في النماذج المأخوذة من مرضى سرطان القولون والمستقيم وعلاقتها مع صفات السرطان الاخرى. تم جمع حوالي 47 نموذج من مرضى مصابين بسرطان القولون والمستقيم وبمعدل اعمار يتراوح بين 37-72 سنه وبمتوسط عمر 54.5 سنه وبنسبه 1:1.2 بين الرجال والنساء. استخدمه تقنية التصبيغ المناعي الكيمونسيجي. واستخدم CD68 كعلامة لتحديد البلاعم الكبيرة في النسيج بصوره عامه. كما استخدم iNOS2 كعلامة للنمط الظاهري الاول وتم تسجيل النتائج اعتمادا على خمسه مستويات من النتائج وكان المستوى الثالث اعلى نتيجة وبنسبه 34.04% ويليه المستوى الثاني وبنسبة 25.53% . واظهرت النتائج وجود علاقة بين النمط الاول للبلاعم الكبيرة ومجموعة الاعمار الاكبر من 50 سنة وكذلك جنس النساء والجهة اليمنى للقولون والتمايز السيء وانتاج الميوسين. وتم استخدام CD163 كعلامة للنمط الظاهري الثاني وتم تسجيل النتائج بنفس الطريقة حيث اظهر المستوى الاول اعلى نتيجة بنسبة 44.68% يليها المستوى الثاني وبنسبه 17.02% مع علاقتها بجنس النساء والجزء الايسر للقولون والتمايز السيء و انتاج الميوسين.

Keywords

CRC --- Immunohistochemistry --- NOS2 --- CD163 --- CD68 .


Article
Comparison Between Traditional and PCR Analysis for Identification of Oral Streptococci with Dental Caries in Iraqi Diabetic Patients
مقارنة بين التحليل التقليدي وتقنية PCRلتشخيص بكتيريا المسبحيات الفموية في مرضى السكري العراقيين المصابين بتسوس الاسنان

Loading...
Loading...
Abstract

The relationship between diabetic and non-diabetic patients were determined according to the dental caries occurrence and its causes by Streptococcus spp. (Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius and Streptococcus oralis(which are isolated from oral cavity, In addition, this study was carried out to study the comparison between the traditional (bacterial culturing) and molecular diagnosis methods. The total number of the studied groups was 95 Iraqi patients ; 45 diabetic dental caries patients (DDCP) and 50 non-diabetic dental caries patients (NDCP) of both genders who their ages ranged from 18-65 years old. The patients, samples including saliva and buccal swabs that randomly collected from DDCP and NDCP who were reviewing Al-Alweyia Centers of Dental Caries and diabetic diseases in Al-Yarmook Hospital in Baghdad city. The results of culturing samples (saliva and buccal swabs) on mitissalivarius bacitracin agar media (MSBA) appeared that out of 95 bacterial cultures, 67 bacterial cultures were grown (32 bacterial cultures for diabetic dental caries patients and 35 bacterial cultures for non diabetic dental caries patients); S. mutans, S. salivarius, and S. oralis species were identified according to the results of microscopic examination, API 20-strep, hemolysis on blood agar, motility test and catalase test. The molecular study focused on the analysis of DNA which extracted directly from saliva, buccal swabs and from the bacterial culture cells of S. mutans, S. salivares and S. oralis from both diabetic dental caries patients and non diabetic dental caries patients. Polymerase chain reaction (PCR) results revealed the presence of the product with 433, 544, and 374 bp which were related to gtfD (S. mutans), gtfK (S. salivarius) and gtfR (S. oralis) respectively in all samples (saliva, buccal swabs and bacterial culture). According to the presence of these three genes, there were high significant differences at (p<0.01) between DDCP and NDCP, while there were no significant differences according to the percentage of presence of each gene between the three species of bacteria. لقد تم تحديد العلاقة بين مرضى السكري و مرضى غير السكري المصابين بتسوس الاسنان اعتمادا على تسوس الاسنان بانواع Streptococcus ( Streptococcus mutansو Streptococcus salivarius وStreptococcus oralis ) المعزولة من تجويف الفم، بالإضافة إلى دراسة العلاقة بين الطرق التقليدية ( التنمية على الاوساط الزرعية) والطرق الجزيئية في تشخيص البكتريا. كان العدد الكلي للمجاميع المدروسة 95 مريض ( 45 مرضى السكري المصابين بتسوس الاسنان DDCP)) و 50 مرضى غير السكري المصابين بتسوس الاسنانNDCP) )) لكلا الجنسين الذين تتراوح أعمارهم بين 18-65 سنة. جمعت العينات من اللعاب ومسحات بطانة الفم الداخلية عشوائيا من مرضى السكري المصابين بتسوس الاسنان وغيرالسكري المصابين بتسوس الاسنان المراجعون لمركز آلعلوية التخصصي لطب الأسنان ومركز أمراض السكري في مستشفى اليرموك في مدينة بغداد.اظهرت نتائج عينات (اللعاب ومسحة بطانة الفم الداخلية) المزروعة على وسط المايتس ساليفارس بـ ari استراسين اكار ((MSBA ان من أصل 95 عينة مزروعة, نمت 67 بكتريا مزروعة ( 32 بكتريا مزروعة لمرضى السكري المصابين بتسوس الاسنان و 35 بكتريا مزروعة لمرضى غير السكري المصابين بتسوس الاسنان) ؛ شخصت الأنواع البكتيرية. mutans .S و S. salivarius وS. oralis اعتمادا على الفحص االمجهري، و اختبار API 20-strep وتحلل الدم على أكار الدم واختبار الكتليز. تركزت الدراسة الجزيئية على تحليل الحمض النووي الذي تم استخلاصه مباشرة من اللعاب ومسحات بطانة الفم الداخلية ومن خلايا البكتريا المزروعة ( S. mutans S. salivariusو S. oralis) من كلا مرضى السكري المصابين بتسوس الاسنان والمرضى غير السكري المصابين بتسوس الاسنان. اظهر تفاعل البلمرة المتسلسل نواتج بحجم 433 و 544 و 374 زوج قاعدي التي تعود لجينات gtfD (S. mutans) وgtfK (S. salivus) و gtfR (S. oralis) على التوالي في جميع العينات (اللعاب ومسحات بطانة الفم الداخلية والزرع). اعتمادا على وجود هذه الجينات الثلاثة كانت هناك فروقات معنوية احصائية عالية (p<0.01) بين مرضى السكري المصابين بتسوس الاسنان مع مرضى غيرالسكري المصابين بتسوس الاسنان، بينما لم تكن هناك فروق معنوية إحصائية وفقا لنسبة وجود كل من الجينات بين الانواع الثلاث من البكتريا.


Article
Methylation Status of p16 gene in Iraqi Colorectal Cancer Patients
مثيلة جين P16 في مرضى اورام القولون والمستقيم العراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

The CDKN2A gene (encode cyclin dependent kinase inhibitor 2A) is considered as a tumour suppressor gene involved in cell-cycle control, and methylation in promoter regions of this gene is a frequent event in CRC patients as it associated with the loss of p16 protein expression in cancer cells leading to gene silence. The methylation status of the p16 gene was examined in 35 samples of Iraqi colorectal cancers (primary carcinomas) and the five samples of Iraqi bowel inflammation patients using Methyl Sensitive High Resolution Melting and the correlation between the methylation status and the clinicopathological findings was evaluated. The results show aberrant methylation of the p16 gene was detected in 17 colorectal tumor samples out of the 35 (48.75% ) primary colorectal carcinomas but there no change in methylation status was found, suggesting that the aberrant methylation of p16 was frequently observed in Iraqi colorectal carcinomas. The clinicopathological data were then correlated with these results. Significant differences were observed with age (p<0.01), tumour location (p<0.01), moderately differentiated (p<0.01) and (T3) lymphatic invasion (p<0.01). This study provides evidence for hypermethylation status p16 gene in CRC patients, which may serve as useful information on CRC cancer progression. يعد جين CDKN2A (الذي يشفر الى مثبط الكاينيز cyclin dependent kinase inhibitor 2A) جين كابح للسرطان والذي تتضمنه السيطرة على الدورة الخلوية, المثيلة بمناطق البادئ غالبا ما تحدث بمرضى اورام القولون والمستقيم وترتبط بفقدان التعبير عن البروتينp16 في الخلايا السرطانية مما يؤدي الى كبت او اخماد الجين. تم التحري عن حالة مثيلة جين p16 في 35 عينة لمرضى اورام القولون والمستقيم العراقيين و5 عينات لمرضى التهاب القولون باستخدام تقنية Methyl Sensitive High Resolution Melting وكذلك تم البحث في علاقة حالة المثيلة والصفات السريرية لهؤلاء المرضى. اظهرت النتائج مثيلة شاذة لجين p16 في 17 من 35 عينة بنسبة48.75% لعينات اورام القولون والمستقيم ولم يلاحظ اي تغيير بحالة المثيلة بعينات مرضى التهاب القولون مما يشير الى ان المثيلة الشاذة غالبا ما تحدث في مرضى اورام القولون والمستقيم العراقيين. بعد ذلك تم البحث بعلاقة الصفات السريرية مع هذه النتائج, وجدت اختلافات معنوية مع العمر(p<0.01) وموقع الورم (p<0.01) و moderately differentiated (p<0.01) وكذلك (T3) الغزو اللمفاوي للورم (p<0.01). هذه الدراسة تعطي ادلة على مثيلة عالية لجين p16 لمرضى اورام القولون والمستقيم العراقيين والتي ربما تفيد كدليل بتطور او تقدم اورام القولون.

Keywords

Methlation --- P16 --- Colorectal CDKN2A.


Article
Evaluation of Oncogene Protein p190/bcr-abl in some Iraqi chronic myelogenous leukemia patients
تقييم بروتين الجين الورمي p190/bcr-abl لدى بعض مرضى سرطان الدم اللمفاوي الحاد العراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

Philadelphia chromosome is the most common specific cytogenetic chromosomal abnormality in human leukemias that is associated with chronic myelogenous leukemia (CML). However, the presence of the Philadelphia (Ph) chromosome is not sufficiently specific to diagnose CML, it is also found in acute lymphoblastic leukemia (ALL) and occasionally in acute myelogenous leukemia (AML). The purpose of this study was to use an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) to detect Philadelphia chromosome in small samples of cells for ALL patients. Sera from 50 ALL Iraqi patients were used for evaluation of Oncogene Protein p190/bcr-abl. Also, Sera from a total of 38 healthy humans were used as negative controls to determine the referral intervals value for ELISA. While the range of oncogene protein p190 / bcr-abl concentration value for healthy control group was 0.111-0.161 ng/ml, the upper limit considered as a referral interval value of the 99% confidence interval (CI). However, ELISA values with concentrations above the assay referral interval of 0.161 ng/ml revealed Ph+ALL. The sera of 9 out of 50 ALL Iraqi patients showed a significantly higher levels than the referral interval (p>0.01). كروموسوم فيلادلفيا شذوذ خلوي محدد في الكروموسومات والأكثر شيوعا في لوكيميا الإنسان والمقترن بابيضاض الدم النقوي المزمن .(CML) ومع ذلك، فإن وجود كروموسوم فيلادلفيا (Ph) لم يعد كافياً CML , حيث انه وجد في سرطان الدم الليمفاوي الحاد (ALL) وأحيانا في ابيضاض الدم النقوي الحاد .(AML) الغرض من هذه الدراسة تقييم بروتين الجين الورمي p190/bcr-abl باستخدام اختبار الإنزيم المرتبط المناعي (ELISA) وهي طريقة للكشف عن كروموسوم فيلادلفيا في عينات صغيرة من خلايا مرضى سرطان الدم الليمفاوي الحاد (ALL) . استخدمت 50 عينة أمصال لمرضى سرطان الدم الليمفاوي الحاد ALL)) العراقيين لتقييم بروتين الجين الورمي p190/bcr-abl . كما أستخدمت 38 عينة من أمصال الأشخاص الأصحاء كضوابط سلبية لتحديد قيمة فترات الإحالة لأختبارELISA . أظهرت النتائج أن قيمة تركيز بروتين الجين الورمي p190/bcr-abl لمجموعة السيطرة الصحية كانت 0.111 - 0.161نانوغرام / مليلتر، والحد الأعلى يعتبر قيمة فترة الإحالة بفاصل الثقة 99 ٪ (CI) . على كل حال قيم ELISA ذات التراكيز الاعلى من قيمة فترة الإحالة لهذا الاختبار والتي هي 0.161 نانوغرام / مليلتر تعتبرعينة موجبة لكروموسوم الفيلادلفيا. Ph+ALL مصل 9 من أصل 50 لمرضى سرطان الدم الليمفاوي الحاد ALL)) العراقيين أظهروا مستويات أعلى بكثير من من قيمة فترة الإحالة (0.01 > p)


Article
Effect of MDR1 Gene Expression Related with C1236T Polymorphism in Iraqi Acute Myeloid Leukemia patients
تأثير تعبير جين المقاومة المتعددة MDR1 وعلاقته مع تعدد طرز الموقع C1236T في مرضى ابيضاض الدم النخاعي الحاد العراقيون

Loading...
Loading...
Abstract

Single nucleotide polymorphism (SNP) in multidrug resistance gene1 (MDR1) could alter the gene expression level and may have effect role in responses to drug therapy and diseases susceptibility. The aim of the present study is to investigate allele frequency in Iraqi healthy and acute myeloid leukemia (AML) patients to detect the susceptibility of C1236T genotype carrier to develop AML. Also the study aimed to correlate the expression level of MDR1 mRNA with MDR1 C1236T polymorphism in newly diagnosed AML patients to predict clinical outcomes at initial diagnosis. The results showed there was a significant difference in genotype and allele frequency with heterozygous CT in AML while appeared significant with CC wild type in healthy control. Both AML and control showed non-significant in allele frequency. In regard with gene expression the healthy control showed significantly high level of MDR1 mRNAs expression in CC genotype at position 1236 compared with CT and TT. Whereas MDR1 heterozygous 1236CT genotype was showed highly significant difference in MDR1 mRNA expression among AML patients. According to the clinical outcome status MDR1 C1236T genotype showed statistically high significant differences with low level of CC genotype compared to CT/TT genotype at initial diagnosis in NR patients, while CR group was showed non-significantly with MDR1 C1236T polymorphism. In conclusion healthy Iraq populations have predominantly CC genotype and appeared a protective genotype, while MDR1 1236CT/TT genotype were indicated affected genotype and associated with poor prognosis in de novo AML patients, while CC appeared good prognosis. ان تعدد طرز النيوكليوتيدة المفردة SNP في جين المقاومة المتعددة MDR1 قد يؤدي الى تغيير تعبير الجين MDR1 مما له تأثير على الاستجابة للعلاج الكيميائي وعلى حساسية المرض. أن هدف هذه الدراسة هو تحديد تكرار اليلات الجين في مرضى ابيضاض الدم النخاعي الحاد العراقيون ولمعرفة حساسية الطراز الوراثي للموقع C1236T وعلاقته بالإصابة بالمرض. كما هدفت الدراسة الى ايجاد العلاقة بين مستوى تعبير جين المقاومة المتعددة و طرزه الوراثية في المرضى المشخصين حديثا للاستفادة منها في التشخيص والتوقع الطبي للمرض. بينت الدراسة بوجود اختلاف معنوي في المظاهر الوراثية و تكرار الاليلات مع الزيجة المغايرة للطراز الوراثي MDR1 C1236CT في المرضى مقارنة مع معنويه في الطراز الوراثي MDR1 C1236CC في الاصحاء. كما بينت النتائج بأن كلا المرضى والاصحاء بينوا عدم معنوية تكرار الاليلات. بينما كان تعبير الجين MDR1 معنوي عالي في طرازه الوراثي MDR1 C1236CC مقارنة مع طرزه الوراثية MDR1 C1236CTوMDR1 C1236TT عند الاصحاء بينما كان المظهر الوراثي مغاير الزيجةMDR1 C1236CT عالي المعنوية عند المرضى. واستنادا للتوقع الطبي للمرض فأن الطراز الوراثي MDR1 C1236CT كان مختلف معنويا وعاليا مع انخفاض الطرز الوراثية MDR1 C1236CC و MDR1 C1236CCTT عند التشخيص الاول للمرض. بينما كانت مجموعة ذات تعدد طرز وراثية غير معنوي. وكخلاصة فأن تكرار الطراز الوراثي MDR1 C1236CC شائع لدى الاصحاء العراقيون ويبدو انه مرتبط مع الحماية بينما تمثل الطرز MDR1 C1236CTTT الطرز المتأثرة والتي ترتبط مع تشخيص ضعيف للمرض مقارنة مع الطرازMDR1 C1236CC الذي يمثل طراز جيد لتشخيص المرض.

Keywords

C1236T --- MDR1 --- AML --- Genotype --- SNP --- Iraq.


Article
Prevalence of Matrix metalloproteinase-9 in Breast Cancer As a Marker of Prognosis
فحص البروتينيز المعدني الحشوي (MMP-9) 9- كمؤشر حيوي في تشخيص سرطان الثدي

Loading...
Loading...
Abstract

Matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) is regarded as important for degradation of the basement membrane and extracellular matrix during cancer invasion and other tissue-remodeling events. the aim of this study is to investigate and compare the expression of MMP-9 in human breast adenocarcinoma with fibroadenoma. In this study we evaluate the prognostic value of MMP-9, by in situ hybridization staining in a series of 30 breast cancer tissues. Both mean percentage of MMP-9 MRNA and scoring of it,s expression in normal and cancer, showing an increased expression of MMP-9 was significantly high in tumor compared with control samples, with extensive score among breast cancer tissues. This study shows that MMP-9 expression in breast cancer is associated with better prognosis.يمثل البروتينيز المعدني الحشوي 9-انزيماً مهما في عملية تحلل الغشاء القاعدي والحشوات بين الخلايا خلال مرحلة انتشار السرطان. هدفت هذه الدراسة لمقارنة مستوى تعبير البروتينيز MMP-9 في سرطان الثدي الغدي والاورام المتليفة وذلك من خلال استخدام تقنية التهجين خارج الخلايا لثلاثين نسيجاً تعود الى عينات من سرطان الثدي وأخرى طبيعية. بينت النتائج بأن مستوى تعبير البروتينيز MMP-9 كان عاليا معنويا في عينات السرطان مقارنة مع العينات الطبيعية مما يجعل هذا البروتين مؤشر حياتي مهم في التشخيص المبكر لسرطان الثدي.


Article
Molecular Study of Insulin Resistance and Polycystic Ovary Syndrome
دراسة جزيئية للترابط ما بين مقاومة الأنسولين ومتلازمة المبايض متعددة الأكياس في نساء بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study explores on the relationship between the polycystic ovary syndrome (PCOS) and insulin resistance which caused by variation in the 5-prime flanking region of the insulin gene, a variable number of tandem repeat (VNTR) regulates transcription of the gene. The study includes 50 Iraqi women with polycystic ovary syndrome (PCOS) and 25 healthy women, Blood samples were collected from the the Medical City hospital, Kamal al-Samarrai Hospital and private medical laboratories (in Baghdad), during the period from November, 2011 to May, 2012. The age of infertile and fertile women was ranged from 16 to 45 years. The molecular study was focused on the 42% of PCOS women with insulin resistance. By sequencing for 50 samples, one separate segment (INS-VNTR) containing nucleotide 360 of insulin gene was amplified by using specific primer..The result of sequencing refers to a number of mutations found in women with PCOS (substitution = 69.86% , deletion =10.95% and insertion =19.17% ) . Some of mutations were repeated in a number of patients with the same type and locations. The results showed 9.52% of patients having deletion in adenine in 388 position (TAC/ T_C) , 9.52% of patients having deletion in adenine in 681 position (CCA/ CC_) , 9.52% of patients having insertion adenine in 638 position (GCT/ GACT) , 9.52% of patients having Missense mutation in 447 position (GAG/ AAG) , 9.52% of patients having Missense mutation in 84 position (CAG/ AAG) and 9.52% of patients having silent mutation in 88 position (GGG/ GGT). The results showed 14.28% of patients having Missense mutation in 455 position (GGG/ AGG) , 14.28% of patients having Missense mutation in 434 position (CCA/ TCA) and 14.28% of patients having silent mutation in 639 position (CGG / CGT) . The results showed 19.04% of patients having insertion in thymine in 94 position (CTG/ CTTG). Also compound mutations have been detected among most of PCOS with insulin resistance. أجريت هذه الدراسة بهدف التعرف على العلاقة مابين متلازمة المبيض متعدد الأكياس ومقاومة الأنسولين الذي سببه التغاير في الطرف ( 5) لمورث الأنسولين والتي تعرف بالتكرارات المترادفة متباينة العدد(VNTR) التي تعمل على تنظيم عملية استنساخ الموروث . شملت الدراسة (50) أمرآه عراقية مصابة بمتلازمة المبيض متعدد الأكياس و( 25) امرأة سليمة كمجموعة سيطرة تراوحت أعمارهن مابين 15 – 45 سنة , جمعت عينات الدم من النساء السليمات والمريضات من مستشفى مدينة الطب , مستشفى كمال السامرائي والمختبرات الطبية الخاصة ( في بغداد ) خلال الفترة مابين شهر تشرين الثاني لعام 2011 ولغاية شهر أيار للعام 2012 . الدراسة الجزيئية ركزت على 42% من النساء المصابات متلازمة المبيض متعدد الأكياس اللواتي يعانين من مقاومة في الأنسولين عن طريق متابعة تسلسل القواعد النتروجينية في 50 عينة . استخدمت تسلسلات من باديء البلمرة مخصصة لمضاعفة التكرارات المترادفة متباينة العدد لمورث الانسولينINS-VNTR) ) والمتضمنة 360 نيوكليوتيدة التي تم تضخيمها بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل(PCR) . ان نتائج متابعة تسلسل القواعد النتروجينية تشير الى وجود عدد من الطفرات الوراثية في النساء المصابات بمتلازمة المبيض متعدد الأكياس ( الاستبدال = 69,86% , الحذف = 10,95 % و الغرس = 19,17 % ). تكررت بعض الطفرات في عدد من المرضى بنفس الموقع وبالنوع نفسه . حيث ان النتائج أشارت إلى ان 9,52 % من المرضى يمتلكون حذف في الأدنين بالموقع 388 (TAC/ T_C) , و ان 9,52 % من المرضى يمتلكون حذف في الأدنين بالموقع 681 (CCA/ CC_) , كما ان 9,52 % من المرضى يمتلكون غرس ( حشر) الأدنين بالموقع 681(GCT/ GACT) و ان 9,52 % من المرضى يمتلكون طفرة تؤدي إلى استبدال حامض أميني بحامض أميني أخر مختلف بالموقع 447 (GAG/ AAG) , ان 9,52 % من المرضى يمتلكون طفرة تؤدي إلى استبدال حامض أميني بحامض أميني أخر مختلف بالموقع 84 (CAG/ AAG) و ان 9,52 % من المرضى يمتلكون طفرة صامته بالموقع 88 (GGG/ GGT) . أشارت النتائج إلى ان 14,28% من المرضى يمتلكون طفرة تؤدي إلى استبدال حامض أميني بحامض أميني أخر مختلف بالموقع 455 (GGG/ AGG) , وان 14,28% من المرضى يمتلكون طفرة تؤدي إلى استبدال حامض أميني بحامض أميني أخر مختلف بالموقع 434 (CCA/ TCA) وان ان 14,28 % من المرضى يمتلكون طفرة صامته بالموقع 639(CGG / CGT) . اشارت النتائج الى ان 19,04% من المرضى يمتلكون غرس ( حشر) الثايمين بالموقع 94 (CTG/ CTTG) .كذلك فأن اغلب الحالات التي سجلت وجد بأنها تحمل طفرات وراثية متعددة في النساء المصابات بمتلازمة المبايض متعددة الاكياس مع مقاومة الانسولين.

Table of content: volume: issue: