research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Molecular Detection of EGFR Mutation in Lung Cancer Using Bioinformatics Database with PCR Technique
الكشف الجزيئي لطفرة EGFR في سرطان الرئة باستخدام قاعدة بيانات معلومات حيوية مع تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل

Authors: Ayad Mohammed Ali أياد محمد علي --- Kameran Mohammed Ali كامران محمد علي
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2017 Volume: 13 Issue: 2 - part 1 Pages: 226-242
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study was to design a new model of polymerase chain reaction (PCR) based diagnostic method using mouse genome for one rare epidermal growth factor receptor (EGFR) gene mutations with diagnostic and prognostic values in lung cancer (this mutation are not covered by commercial test kits). From the systematic database search, one rare mutations identified which is within the tyrosine kinase (TK) domain of EGFR, with an insertion mutation in exon 20 namely A763_Y764insFQEA. For designing primers to detect the targeted regions surrounding the rare mutations, Primer3 Plus was carried out to design two sets of PCR primers for exon 20 of mouse EGFR gene. UCSC (University of California Santa Cruz) in silico PCR testing along with BLASTN search were used for primer specificity in terms of predicted target location (chromosome 11 for exon 20) and predicted amplicon sizes (276 bp for exon 20). PCR was partially optimised for the exon 20 with the presence of expected amplicon bands, along with unspecific and primer-dimer bands. The amplicon was sequenced and revealed the presence of the mutation. The mutation of interest selected was A763_Y764insFQEA (insertion of phenylalanine, glutamine, glutamic acid and alanine in between codon 763 and 764) in exon 20, the mutation was in the kinase domain of EGFR. The Identification and Analysis for rare mutations via this way is sensitive, simple, accurate and inexpensive technique. It is used as genetic markers for allelic and mutational sequence variation.

هدفت هذه الدراسة هو تصميم نموذج جديد لتقنية التشخيص المعتمد على تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) باستخدام جينوم الفأر لاحد الطفرات الجينية النادرة لمستقبل عامل نمو الادمة (EGFR) مع القيم التشخيصية والنذيرية في سرطان الرئة (هذه الطفرة لم تغطى باستخدام عدد تجارية). من البحث في نظام قاعدة البيانات، حددت واحدة من الطفرات النادرة التي تقع ضمن نطاق انزيم التيروسين كاينيز (TK) من EGFR كطفرة مدرجة في اكسون 20 وهي .A763_Y764insFQEA لتصميم الشعيلة للكشف عن المناطق المستهدفة المحيطة الطفرات النادرة نفذت Primer3 Plus لتصميم مجموعتين من شعيلات لاكسون 20 من جين EGFR للفار. استخدمت تقنية جامعة كاليفورنيا سانت كروز (UCSC) في silico PCR مع البحث BLASTN لخصوصية الشعيلات من حيث تنبأ الموقع المستهدف (الكروموسوم 11 لاكسون 20) وتوقع حجم الامبليكون بـ (276 لاكسون 20) و حسنت جزئيا تقنية PCR للاكسون 20 مع وجود حزم امبليكون متوقعة، جنبا إلى جنب مع الخطوط غير محددة. حيث الامبليكون تسلسل وكشف وجود الطفرة. وكانت الطفرة المهم اختيارها كانتA763_Y764insFQEA المدرج من الفنيل الأنين، الجلوتامين، حمض الجلوتاميك وألالنين بين كودون 763 و 764 في اكسون 20، كانت طفرة في المجال كاينيز من .EGFR ان تحديد وتحليل الطفرات النادرة باستخدام هذه التقنية كانت حساسة وبسيطة ودقيقة و غير مكلفة، وهو يستخدم كدلائل وراثية لمختلف التسلسلات الأليلة والطفرية.


Article
Immunohistochemical expression of HepPar 1 in colorectal cancer
استضهار المعلم المناعي (HepPar 1) في سرطان القولون والمستقيم

Authors: Ameer Dh. Hameedi م. د.امير ظاهر --- Islam A. Jasim د.اسلام اياد جاسم
Journal: Journal of the Faculty of Medicine مجلة كلية الطب ISSN: 00419419 / 24108057 Year: 2017 Volume: 59 Issue: 3 Pages: 254-257
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Colorectal carcinoma is common in Northwest Europe, North America, and other Anglo-Saxon areas, while it decreases in number in Africa, Asia, and some parts of South America,There are many immunohistochemical markers react to colonic tissue, the large majority of colorectal carcinomas are positive for mucin stains. Colorectal adenocarcinomas are invariably positive for cytokeratin (CK), Reactivity for CEA is also the rule; as a matter of fact, failure to detect CEA in an adenocarcinoma of makes a colo-rectal site of origin seems to be unlikely, and many other markers that could claimed in colorectal tumors, a one marker that may has a role in staining colorectal tumors is HepPar-1 which is a monoclonal antibody that reacts to an as yet unidentified cytoplasmic marker of normal and neoplastic hepatocytes, which could be expressed in neoplastic or non-neoplastic colorectal tissue.Objectives: to see the expression of HepPar-1 (cytoplasmic marker of normal and neoplastic hepatocytes) in colorectal cancer.Patients and methods: Fifty-eight cases (49 with colorectal carcinoma, 9 cases on non-malignant colorectal tissues) male and females depending on records, the study is conducted in GIT specialized hospital in medical city / department of histopathology – Baghdad city during period from 1/10/2016 to 1/4/2017.Results: cases were studied, the positivity in our study of the cases was (8.2%), and none of the control "non-neoplastic" cases express this marker. No significant statistical correlation was found between HepPar-1 expression and the tumor grade, site, age or sex, (P values >0.05).Conclusion: HepPar-1 can be expressed in tumors including 8.2% of colorectal carcinoma in this study; HepPar-1 is not expressed in normal colorectal tissue.Keywords: HepPar-1, colonic cancer, rectal cancer, liver secondary tumors

الخلفية: يعتبر سرطان القولون ذو انتشار كثير في مناطق شمال اوربا, واميركا الشمالية وبريطانيا العظمى ولكن بنسب قليلة في افريقيا واسيا واميركا الجنوبية. هنالك الكثير من المعلمات المناعية التي تتفاعل مع انسجة القولون, فان كثير من سرطان القلون والمستقيم يتفاعل مع (mucin), كذلك يتفاعل سرطان القولون والمستقيم مع (cytokeratins) , وايضا مع CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN (CEA).وهناك الكثير من المعلمات الخرى التي يمكن ان تستضهر في القولون والمستقيم , واحدة من المعلمات التي من الممكن له دور في التفاعل مع انسجة اورام القولون والمستقيم هو المعلم المناعي (HepPar 1) , حيث انه جسم مضاد احادي النسخة يتفاعل مع جسم مستضد غير معرف في سايتوبلازم خلايا الكبد الطبيعية والسرطانية وقد يضهر تفاعلا مع انسجة القولون والمستقيم سواء السرطانية او الغير سرطانية.الهدف: لمعرفة مدى استضهار المعلم المناعي (HepPar 1) في سرطان القولون والمستقيم .الاسلوب : ثمان وخمسين حالة (49 منها سرطان القولون والمستقيم و9 منها لنسيج القولون والمستقيم لغير الاورام السرطانية) للاعوام 2014, 2015 و 2016 تشمل الذكور والاناث وتعتمد المستخرجات على السجلات الموجودة , الدراسة اجريت في مستشفى الجهاز الهضمي في مدينة الطب في بغداد قسم النسيج المرضي من تاريخ 1102016 الى تاريخ 142017النتائج : ثمان وخمسون حالة ( تسع واربعون منها سرطان القواون والمستقيم وتسع حالات منها لخزعات للقولون والمستقيم لحالات غير السرطان) تم دراستها , الاستضهار الايجابي كان بنسبة (8.2%) للانسجة السرطانية , بينما كانت الانسجة الغير سرطانية ليس هناك استضهار للمعلم المناعي المذكور , ولا توجد علاقة احصائية بين المعلم المناعي (HepPar-1) وبين درجة التورم وموقع السرطان والعمر والجنس وذلك لان قيمة P اكثر من 0.05.الخلاصة : بالرغم من اعتبار HepPar-1 كملعم اورام للكبد سواء النسيج الطبيعي او السرطاني , الا انه يمكن استضهاره في انسجة سرطانية اخرى ومثالا لها هذه الدراسة التي بينت نسبته في سرطان المستقيم والقولون بنسبة (8.2%) بينما لم يظهر في النسيج الغير سرطاني للمستقيم والقولون.مفاتيح الكلمات: HepPar-1 , سرطان القولون , سرطان المستقيم , سرطان الكبد الثانوي.


Article
Studying The Effects Of Some Oxadiazole Derivatives On Transaminases Activities in Serum and Tissue Homogenate of Hepatocellular Cancer Patients

Author: Gheid H. Alubaidi غيد حسان العبيدي
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2013 Volume: 9 Issue: 2 Pages: 11-28
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

This study conducted to evaluate the effect of some oxadiazole derivatives 1-(4-ethoxy benzylidene amino)-4-(2-n- butyl thio-1,3,4-oxadiazole-5yl) benzene[I] and 1-(4-pentoxy benzylidene amino)-4-(2-n- butyl thio-1,3,4-oxadiazole-5yl) benzene[II], on the activities of alanine transaminase (ALT) and aspartate transaminase (AST) in serum and tissue's homogenate of hepatocellular cancer patients (HCC).The results revealed that compound I and compound II showed activation effect on ALT enzyme in serum of HCC patients, while they were competitive inhibitors on ALT enzyme in the tissue's homogenate of the same patients with Vmax values (105.26)U/L and (102.04)U/L respectively, and Km values (38.76 and 100)mmol/L and (38.46 and 105.26)mmol/L for compounds I and II for uninhibited and inhibited enzyme respectively. The effect of compound I on SAST enzyme was found to be noncompetitive inhibitor with Vmax values (142.86 and 105.26)U/L for uninhibited and inhibited enzyme and Km value (33.33)mmol/L, while it showed activitory effect on the same enzyme in tissue's homogenate of HCC patients.Compound II was found to be competitive inhibitor on SAST enzyme with Vmax value (121.95)U/L and Km values (66.67 and 125)mmol/L for uninhibited and inhibited enzyme, and it was noncompetitive inhibitor on AST in tissue's homogenate of HCC patients with Vmax values (138.9 and 105.26)U/L for uninhibited and inhibited enzyme and Km value (33.9)mmol/L.In conclusion oxadiazole derivatives I and II showed inhibitory and activatory effects on ALP and AST enzymes in serum and tissue's homogenate of HCC patients.

تم في هذا البحث دراسة تأثير بعض مشتقات الاوكساديازل 1-(4-ايثوكسي بنزلدن أمينو)-4-(2-ن-بيوتيل ثايو-1,3,4-اوكساديازول -5-يل) بنزين [I] و1-(4-بنتوكسي بنزلدن أمينو)-4-(2-ن-بيوتيل ثايو-1,3,4-اوكساديازول -5-يل) بنزين [II], على فعالية انزيمي الالنين ترانس أمينيز ALT وأسبارتيت ترانس أمينيز AST في مصل ومجانس نسيج مرضى سرطان الكبد.وقد أشارت النتائج بان المركب I والمركب IIأظهرا تأثيرا منشطا على انزيمALT في أمصال مرضى سرطان الكبد, في حين أظهرا تثبيطا تنافسيا على أنزيم ALT في مجانس نسيج نفس المرضى وكانت قيم Vmax U/L(105.26) و U/L(102.04)وقيم Km mmol/L(100, 38.76) و mmol/L(105.26 ,38.46) للانزيم غير المثبط والمثبط للمركبين Iو II بالتعاقب.وقد وجد تأثير المركب I على انزيم SAST فكان مثبط لاتنافسي مع قيم Vmax U/L(105.26, 142.86) للانزيم غير المثبط والمثبط بالتعاقب وقيمة Km mmol/L(33.33) في حين أظهر تأثيرا منشطا على نفس الانزيم في مجانس مرضى سرطان الكبد.وقد وجد ان المركب IIكان مثبطا تنافسيا على أنزيم SAST مع قيمة Vmax U/L(121.95) وقيم Km mmol/L(125, 66.67) للانزيم غير المثبط والمثبط بالتعاقب, في حين أظهر نفسه تثبيطا لاتنافسيا على أنزيم AST في مجانس نسيج سرطان الكبد مع قيم Vmax U/L(105.26, 138.9) للانزيم غير المثبط والمثبط بالتعاقب, وقيمة Km .mmol/L(33.9)نستنتج من ذلك ان مشتقي الاوكساديازول Iو IIأظهروا تأثيرات مختلفة مثبطة ومنشطة على انزيمي ALT وAST في مصل ومجانس نسيج مرضى سرطان الكبد.

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (3)


Year
From To Submit

2017 (2)

2013 (1)