research centers


Search results: Found 8

Listing 1 - 8 of 8
Sort by

Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis to investigation of genetic diversity, and relationships among a set of clinical Aspergillus fumigatus isolates
استخدام مؤشرات ال RAPD في تشخيص التغايرات الوراثية والعلاقة بين عزلات سريرية من الرشاشيات الدخناء

Loading...
Loading...
Abstract

This study is an attempt to determine the genetic diversity and relationships among fourteen local isolate isolated from patients with Aspergillosis (Aspergillus fumigatus) by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Twelve universal primers used in this study produced 94 bands across fourteen isolates. Of these bands, 67 bands or 71.2% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 100-2000 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 33-100%. In terms of unique banding patterns, determine the finger print for six isolates the most characteristic banding pattern was for the (AFU1, AFU2, AFU3, AFU4, AFU8 and AFU14) with primer (OP F-16 , OP I-06, OP F-16, OP X-01, OP X-01and OP A-06). Genetic distances ranged from 0.12419 to 0.64404 among A. fumigatus isolates. Cluster analyses were performed to construct a dendrogram among studied A. fumigatus isolates. The cluster analysis places most of the A.fumigatus isolates isolated from patient come from yhe same area into a close relation (subcluster) showing a high level of genetic relatedness and were distinct from isolates from another area (the other subcluster). Interestingly, a number of isolates originating from the same sources did form well defined groups, indicating association between the RAPD patterns and the geographic origin of the isolates. The information generated from this study can be used in the future for controlling of Aspergillosis programs.

في هذه الدراسة محاولة لتحديد التغايرات الوراثية والقرابة الوراثية بين 14 عزلة من الرشاشيات الخضراء معزولة من مرضى يعانون من داء الرشاشيات باستخدام مؤشرات مؤشرات التضاعف العشوائي للدنا المتعدد الأشكال وقد استخدم 12 بادئ في هذه الدراسة وانتجت 94 حزمة رئيسية للعزلات الأربعة عشر من هذه الحزم 67 حزمة متباينة ويترواح الوزن الجزيئي للحزم المتضاعفة بين 100-2000 زوج قاعدي قيمة التغايرات الوراثية تراوحت بين 33-100% نمط الحزمة الفريدة استخدم لتحديد بصمة الدنا وفي دراستنا استطعنا تحديد البصمة لستة عزلات والتي تحمل الرمز AFU1,AFU2,AFU3, FU4,AFU8 and AFU14)) وكانت البادئات التي أعطت الأكثر تمييزا هي OP I-06, OP F-16, OP X-01, OP X-01and OP A-06) (OP F-16, . البعد الوراثي تراوح بين 0.12419 - 0.64404 بين عزلات الرشاشيات الدخناء المدروسة وقد تجمعت العزلات الأربعة عشر في المخطط الشجري في ثلاث مجموعات رئيسة،ضمت المجموعة الاولى اعتمادا على مكان سكن المريض الذي تم عزل الفطر منه وقد تجمت العزلات المعزولة من مرضى من مناطق متقارب في مجموعات متقاربة ، المعلومات التي حصلنا عليها في دراستنا ممكن أن تستخدم في السيطرة على المرض .


Article
PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS AMONG (GRAPEVINE) Vitis TAXA BASED ON RANDOM AMPLIFICATION OF POLYMORPHIC DNA (RAPD-PCR) MARKERS
العلاقة الوراثية بين مراتب جنس العنب Vitis اعتماداً على علامات التضاعف العشوائي للدنا

Loading...
Loading...
Abstract

Phylogentic relationships among seven genotypes of Vitis were analyzed by RAPD-PCR markers, DNA of fresh young leaves was extracted from each sample for RAPD analysis. Performed with 20 decamer primers selected six primers that showed clear results. A total sixty eight bands were produced out of which forty eight bands were polymorphic, The dendrogram reveals that grapevine taxa separated to main groups (A and B), the first group includes the most of taxa were Vitis hissarica Vass., V. hissarica subsp. rechingeri, V. sylvestris Fl. Bed., V. vinifera L. (Native), and V. vinifera var. sativa Beck., while group B contains 2 species were V. coignetiae Planch., and V. berlandieri Pulliatt. The taxa V. hissarica and V. hissarica subsp. rechingeri have been recorded closest genetic distance matrix among taxa under study with similarity range 0.11. The results of this study were offered an important data in taxonomy and may be can be a phylogenetic key to isolating the taxa. Moreover it is provide basic information for future genetic studies such as gene expression profiling.

العلاقة الوراثية بين 7 اشكال وراثية لجنس العنب تم تحليلها بواسطة تقنية تفاعل البلمرة التسلسلي العشوائي، واستخلص الدنا من اوراق يانعة طرية لكل عينة لتحليل التضاعفات العشوائية. تم العمل بواسطة 20 بادئات ( ذات عشر قواعد ناتروجينية) منها فقط 6 بوادئ اوضحت نتائج ملموسة. كانت 48 حزمة من اصل 68 حزمة متباينة الاشكال. اظهر الشكل ان مراتب العنب انفصلت الى مجموعتين اساسية (أ و ب) واحتوت المجموعة الاولى اغلب المراتب تحت الدراسة وكانت المراتب هي: Vitis hissarica Vass., V. hissarica subsp. rechingeri, V. sylvestris Fl. Bed., V. vinifera L.(Native), V. vinifera var. sativa Beck., بينما انفردت المجموعة الثانية برتبتين من العنب وهما V. hissarica و V. hissarica subsp. rechingeri. كانت اقرب معدل للعلاقة الوراثية هي 0.11 . وفرت هـذه الدراسة بيانات مهمة للتصنيف ويمكن اعتبارها مفتاح تصنيفي لعزل المراتب النباتية كما انها وفرت معلومات اساسية للدراسات الوراثية المستقبلية للتعبير الجيني.


Article
Analysis of Genetic Diversity in Maize(Zeamays L.)Varieties Using Simple Sequence Repeat(SSR)Markers

Authors: Nidhal AbdulHusseinAl-Badeiry --- Ali Hmood Al-Saadi --- Thamer Khadhair Merza
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 6 Pages: 1768-1779
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 41 alleles were detected among the tested varieties using 10 Simple Sequence Repeat (SSR) loci distributed on 9 chromosomes of maize.The molecular size of bands obtained from amplification of SSR products ranged from 91 to 288 bp. Alleles ranged from one in umc1653 to ten in bnlg1189 loci. The values of heterozygosity for each locus varied from 0.46 for umc1641 and umc1069 loci to 0.88 for bnlg1189 locus with a mean of 0.55. The polymorphic information content (PIC) values for the SSR loci ranged from 0.17 to 0.85, with an average of 0.44. The highest PIC values were observed in primers bnlg1017 (0.85) and umc1038 (0.79) and the lowest PIC values was observed in primer umc1946 (0.17).The study revealed that, the lowest genetic distance was (0.2410) between varieties IPA 5011 (lane 6) and Sarah (lane 8), while, the highest genetic distance was (0.7853) between varieties DKC 6120 (lane 15) and Manlcet (lane 19). The genetic similarity values ranging from (0.2147 to 0.7590) depending upon the genetic distance values that ranging from (0.2410 to 0.7853), which indicate the larger diversity with percentage of (24 to 78%) among the tested varieties. Analysis of the obtained results from genetic distances and Neighbor-joining dendrogram (unrooted tree) revealed that, the 20 tested maize varieties can be grouped into two major groups: one small cluster A containing 4 varieties and a large cluster B containing 16 varieties. The results obtained in this study may assist maize cultivation and in maize breeding programes.

تم الكشف عن 41 من الأليلات بين الأصناف باستعمال 10 من المواقع الوراثية ذات التتابع المتكرر البسيط (SSR) Simple Sequence Repeat والمنتشرة على تسعة من كروموسومات الذرة الصفراء. وتراوح الحجم الجزيئي للحزم الناتجة من تضاعف المواقع الوراثية للـ SSR من 91 إلى 288 زوج قاعدي. وتراوح عدد الأليلات في المواقع الوراثية من أليل واحد في umc1653 إلى عشرة أليلات في الموقع الوراثي bnlg1189. ووجد أن قيم التغاير الزايكوتي heterozygosity لكل موقع تراوح من0.46 في (umc1641) إلى 0.88 في (bnlg1189) وبمعدل قدره 0.55. تراوحت قيم محتوى المعلومات متعددة الأشكال (PIC) polymorphic information content لكل موقع وراثي من0.17 إلى 0.85، وبمعدل قدره 0.44. ولوحظ أن أعلى قيمة للــ PIC كانت للبادئين bnlg1017 (0.85) وumc1038 (0.79) في حين كانت أقل قيمة في البادئ umc1946 (0.17). توصلت الدراسة من خلال هذا المؤشر الجزيئي إلى أن أقل بعد وراثي هو(0.2410) والذي حصل بين الصنفينIPA 5011 (رقم 6) والصنف سارة (رقم 8)، بينما وجدت أكبر بعد وراثي هو (0.7853) بين الصنفين DKC 6120 (رقم 15) و Manlcet (رقم 19). وعلى أساس قيم البعد الوراثي تم إيجاد قيم التشابه الوراثي التي تراوحت من 0.2147 إلى 0.7590، والتي تشير الى التنوع الكبير الذي نسبته (24 إلى 78%) بين الأصناف المدروسة. كشف تحليل النتائج التي تم الحصول عليها من البعد الوراثي وشجرة العلاقة الوراثية Neighbor-joining dendrogram إلى أن كل الأصناف قيد الدراسة توزعت إلى مجموعتين رئيسيتين: مجموعة واحدة صغيرة تدعى A تحتوي على أربعة أصناف، ومجموعة كبيرة تدعى B تحتوي على ستة عشر صنفا. النتائج التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة يمكن أن تساعد في زراعة الذرة الصفراء وبرامج تربيتها.


Article
Genetic Diversity of Some Tomato Lycopersicon esculentum Mill Varieties in Iraq Using Simple Sequence Repeat (SSR) Markers
التنوع الوراثي لبعض أصناف الطماطم اسكولينتوم مطحنة في العراق عن طريق بسيط تسلسل كرر (SSR) علامات

Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2015 Volume: 7 Issue: 1 Pages: 64-80
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to evaluate the genetic diversity among 19 tomato varieties (determinate and indeterminate) cultivated in Iraq using polymerase chain reaction based DNA marker (PCR based DNA markers Simple Sequence Repeats (SSRs). To achieve PCR reactions ,total genomic DNA was isolated from fresh leaves (2 weeks old). The average yields of DNA were in the range of 100-295 ng/μl with a purity ranging between 1.8-1.9.A total of 21 alleles were detected among the tested varieties using 5 SSRs loci distributed on 4 chromosomes of tomato. The molecular size of bands obtained from amplification of SSR products ranged from 121 to 247 bp. Alleles ranged from one in (Tom 8-9, Tom 41-42 and Tom 67-68 loci) to twelve in Tom 49-50 locus. The values of heterozygosity for each locus ranged between 0.63 for Tom 31-32 and 0.89 for Tom 49-50 with a mean value of 0.30. The polymorphic information content (PIC) values for the SSR loci ranged from 0.45 in Tom 31-32 to 0.58 in Tom 49-50 loci with an average of 0.21. Each one of (Tom 8-9, Tom 41-42 and Tom 67-68 loci) produce 0.0 value for both heterozygosity and PIC.The study revealed that, The lowest genetic distance was (0.3244) between varieties Kenanh (lane5) and Warda (lane10), while,the highest genetic distance was (0.9177) between varieties Helam (lane3) and Super marimond (lane 16). The genetic similarity values ranging from (0.0823 to 0.6756) depending upon the genetic distance values that ranging from (0.3244 to 0.9177), indicating the largest diversity with percentage of (32 to 91%) among the tested varieties. The analysis of the obtained results from genetic distances and Neighbor-joining dendrogram (unrooted tree) revealed that, the 19 tested tomato varieties can be grouped into two major groups: first cluster include 9 varieties distributed in two subgroups.The second major cluster include 10 varieties which in turn divided into two subgroups.

أجريت الدراسة الحالية لتقدير التنوع الوراثي ل 19 صنف من اصناف الطماطة ( المحدودة وغير المحدودة النمو) المستزرعة في العراق باستخدام مؤشرات الدنا (DNA Markers) المعتمدة على تفاعلات البلمرة المتسلسلة Polymerase Chain Reaction (PCR ) وهي التكرارات المتسلسلة البسيطة Simple Sequence Repeats (SSRs ). لتنفيذ تفاعلات ال PCR تم عزل دنا المجين (Genomic DNA) من أوراق الطماطة الفتية (بعمر أسبوعين) و الحصول على كمية من الدنا تراوحت بين 100-295 نانوغرام/مايكروليتر وبنقاوة تراوحت بين 1.8-1.9.تم الكشف عن 21 من الأليلات بين الأصناف باستعمال 5 من المواقع الوراثية ذات التتابع المتكرر البسيط (SSR) Simple Sequence Repeat والمنتشرة على اربعة من كروموسومات الطماطة. وتراوح الحجم الجزيئي للحزم الناتجة من تضاعف المواقع الوراثية للـ SSR من 121 إلى 247 زوج قاعدي. وتباين عدد الأليلات في المواقع الوراثية من أليل واحد في كل من (Tom 8-9 , Tom 41-42 ,Tom 67-68) إلى اثني عشرأليل في الموقع الوراثي ( (Tom 49-50. ووجد أن قيم التغاير الزايكوتي heterozygosity لكل موقع تراوح من0.63 في (Tom 31-32) إلى0.89 في (Tom 49-50) وبمعدل قدره 0.30. تراوحت قيم محتوى المعلومات متعددة الأشكال (PIC) polymorphic information content لكل موقع وراثي بين 0.45 في الموقع الوراثي (Tom 31-32) إلى 0.58 في الموقع الوراثي ( (Tom 49-50، وبمعدل قدره 0.21. اعطى كل من المواقع الوراثية (Tom 8-9, Tom 41-42, Tom 67-68) قيمة 00. لكل من قيم التغاير الزايكوتي و محتوى المعلومات متعددة الأشكال.توصلت الدراسة من خلال هذا المؤشر الجزيئي إلى أن أقل بعد وراثي هو(0.3244) بين الصنفين Kenanh (رقم 5) والصنف Warda (رقم 10)، بينما كان اعلى بعد وراثي هو (0.9177) بين الصنفين Helam (رقم 3) و Super marimond (رقم 16). وعلى أساس قيم البعد الوراثي تم إيجاد قيم التشابه الوراثي التي تراوحت من 0.0823 الى 0.6756، والتي تشير الى التنوع الكبير الذي نسبته (32 إلى 91%) بين الأصناف المدروسة. اظهر تحليل النتائج التي تم الحصول عليها من البعد الوراثي وشجرة العلاقة الوراثية Neighbor-joining dendrogram إلى أن كل الأصناف المدروسة توزعت إلى مجموعتين رئيسيتين: المجموعة الاولى ضمت 9 أصناف وقسمت هذه بدورها الى مجموعتين فرعيتين اما المجموعة الرئيسية الثانية فتضمنت 10 أصناف قسمت بدورها الي مجموعتين فرعيتين. أظهر التحليل العام للنتائج أن العلاقات الوراثية بين أصناف الطماطة لا علاقة لها بالصفات المظهرية و المنشأ الأصلي


Article
Genetic Diversity of Some Tomato Lycopersicon esculentum Mill Varieties in Iraq Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers

Authors: Attyaf jameel thamir --- Ali Hmood Al-Saadi --- Muhssin Chilab Abbass
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 9 Pages: 2351-2342
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to evaluate the genetic diversity among 19 tomato varieties (determinate and indeterminate) cultivated in Iraq using polymerase chain reaction based DNA markers (PCR based DNA markers) ; Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) .To achieve PCR reactions ,total genomic DNA was isolated from fresh leaves (2 weeks old).The average yields of DNA were in the range of 100-295 ng/μl with a purity ranging between 1.8-1.9.RAPDs amplifications were performed for varieties fingerprinting by testing 27 Operon primers. DNA polymorphisms among varieties were scored within detectable amplified fragments (their numbers and molecular weight) after agarose gel electrophoresis and staining by ethidium bromide. These 27 primers produced 442 of main bands,out of which 312 were polymorphic bands (70.5%) and 70 were monomorphic (15.8%) across all tested varieties. Each selected primer produced between 60 bands (OPA-14) to 290 bands (OPD-13). DNA amplification products ranged in their size from 250 bp ( OPA-01, OPU-14, OPX-15,OPX-19,OPT-08( to 2755 bp (OPX-18). The highest number of polymorphic bands (21 bands) was produced by primer OPU-03 while, the lowest number of polymorphic bands (3 band) was produced by both primers OPA-14 and OPB-17. The primers varied in their capacity in producing polymorphic amplified profiles among studied tomato varieties which individually reflected variety specific DNA profiles (fingerprints). The most important primers for this purpose were primers that produced more variety specific DNA profiles, such as OPD-13, OPT-08, OPW-04, OPA-04, OPA-15, OPB-18, OPU-03, OPC-09.The highest value of discrimination among varieties in this study was obtained by primer OPU-03 while the lowest discrimination value was produced by both primers OPA-14 and OPB-17.The primer efficiency ranged from 0.13 in (primer OPC-09) to 0.02 in (primer OPB-17). The lowest genetic distance was (0.2294) between varieties Oula and Shadylady, while, the highest genetic distance was (0.9459) between varieties Fotton and Special pack. Cluster analysis (phylogenetic tree) by unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA) based dendrogram revealed that they were two main genetic groups (major clusters). The first small major clusters included four (4 varieties) while the second large major cluster included (15 varieties ). The overall analysis of the results show that RAPDs markers are powerful tool in fingerprinting and revealing the genetic relationships among tomato varieties.The relationship among varieties was not concern to their morphological characters and geographical origins

أجريت الدراسة الحالية لتقدير التنوع الوراثي ل 19 صنف من اصناف الطماطة ( المحدودة وغير المحدودة النمو ) المستزرعة في العراق باستخدام مؤشرات الدنا (DNA Markers) المعتمدة على تفاعلات البلمرة المتسلسلة Polymerase Chain Reaction (PCR ) وهي مؤشرات التفاعل التضاعفي العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة الدنا Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) . لتنفيذ تفاعلات ال PCR تم عزل دنا المجين (Genomic DNA) من أوراق الطماطة الفتية (بعمر أسبوعين) و الحصول على كمية من الدنا تراوحت بين 100-295 نانوغرام/مايكروليتر وبنقاوة تراوحت بين 1.8-1.9.اجريت تفاعلات ال RAPDs للحصول على بصمة للاصناف المدروسة باختبار 27 بادئ والكشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل صنف (أعدادها وأحجامها الجزيئية) بعد تصبيغ و ترحيل نواتج التضاعف للعينات على هلام الأكآروز.أعطى 27 بادئ نواتج تضاعف متباينة بين الأصناف المدروسة بلغت 312 حزمة متباينة 70.5%)Polymorphic bands) و70 حزمة وحيدة الشكل bands monomorphic (15.8%) من أصل2 44 حزمة رئيسية main band. تباينت اعداد الحزم المتضاعفة ما بين 60 حزمة (OPA-14) إلى 290 حزمة (OPD-13). وتراوح حجم النواتج المتضاعفة للدنا بين 250 زوج قاعدي , OPA-01, OPU-14, OPX-15) OPX-19,OPT-08) إلى 2755 زوج قاعدي (OPX-18). أكبر عدد من الحزم المتباينة (21 حزمة) نتجت بواسطة البادئ OPU-03 في حين ظهر أن أقل عدد من الحزم المتباينة (3 حزم) كان للبادئين OPB-17 وOPA-14 . وقد اختلفت البادئات في قدرتها على إيجاد أنواع مختلفة من النسق بين الأصناف المدروسة polymorphic RAPD profile أمكن من خلالها إيجاد البصمة الوراثية للأصناف قيد الدراسة من الطماطة والتي تعكس ملامح متنوعة فردية محددة الحمض النووي (البصمات). والبادئات الأكثر أهمية لهذا الغرض هي تلك التي تنتج المزيد من DNA profiles متنوعة محددة، مثل OPD-13، OPT-08، OPW-04،,OPA-04 ,OPA-15 OPB-18 , OPU-03 و .OPC-09 ووجد في هذه الدراسة بأن البادئ OPU-03 كان له أعلى قيمة في القدرة على التمييز ،بينما اظهر كل من البادئين) OPB-17وOPA-14) اقل قيمة كما و تراوحت كفاءة البوادئ بين 0.13 للبادئ (OPC-09) إلى 0.02 في البادئ (17 OPB-).وكان أقل بعد وراثي هو (0.2294) بين صنفي الطماطة Oula و Shadylady ، بينما اعلى بعد وراثي هو (0.9459) بين الصنفين Fotton و Special packوكشف التحليل التجميعي (شجرة النشوء والتطور) من خلال طريقة unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA ) أي المعتمد على شجرة العلاقات التطورية إلى اثنين من المجموعات الوراثية الرئيسية.الاولى صغيرة ضمت 4 اصناف والثانية كبيرة ضمت 15 صنف .أظهر التحليل العام للنتائج أن كل من المؤشر الوراثي المعروف بال RAPD يعد اداة قوية لتحديد البصمة والكشف عن العلاقات الوراثية بين أصناف الطماطة . لم تظهر العلاقات بين الاصناف المدروسة ارتباطا بالموقع الجغرافي والصفات المظهرية.


Article
Detection of Genetic Diversity through Two Poultry Breeds by using RAPD-PCR Technique

Authors: Israa Ali Fadhil --- Mohammed Hasan Dakheel --- Tamadhur Hani Hussein
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2016 Volume: 24 Issue: 9 Pages: 2661-2668
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Random amplified polymorphic (RAPD) has been used to study phylogenetic relationship among two breeds of chicken like Aseel and Brahma breeds. Particular results for each breed were obtained by these methods. RAPD-PCR of 30 samples of these chicken breeds amplified with 6 primers. The six primers were used to amplify the bands of Aseel breed and Brahma breed respectively. According to this study, a total bands amplified were 24, about 66.9% of these amplified primers (17 bands) were polymorphic within Aseel breed, while a total bands amplified were 28, about 70.95% of these amplified primers (20 bands) were polymorphic within Brahma breed. Therefore, this study explains the utility of DNA testing (RAPD-PCR) in detection of genetic diversity through two poultry breeds

استخدمت تقنية التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة DNA (Randomly amplified polymorphic RAPD) لدراسة علاقة القرابة ما بين افراد سلالتين من الدواجن هما Aseel و Brahma. تم الحصول على نتائج الدراسة بإستخدام التقنية السابقة الذكر. تقنية التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال و التي تعتمد على تقنية ال PCR (Polymerase Chain Reaction) لثلاثين عينه من الدواجن ضخمت بإستخدام ستة بادئات. البادئات السته استخدمت لتضخيم حزم سلالتي ال Aseel و ال Brahma على التوالي. تبعا" لهذه الدراسة، كان مجموع الحزم التي تم تضخيمها 24 من سلالة ال Aseel ، كان عدد التغايرات في نفس السلالة حوالي 17 حزمة و بنسبة 66.9% ، بينما بلغ مجموع الحزم التي تم تضخيمها من سلالة ال Brahma 28 ، كان عدد التغايرات في نفس السلالة حوالي 20 حزمة و بنسبة 70.95% . لذلك فإن الدراسة الحالية وضحت استخدام احدى اختبارات ال DNA و هي تقنية التضخيم العشوائي متعدد الاشكال (Randomly amplified polymorphic RAPD) في تنبأ التنوع الوراثي لسلالتين من الدواجن.


Article
Application of Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Technique to Estimate Genetic Distance among Some Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Different Iraqi Hospitals
تطبيق تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا لتقدير البعد الوراثي بين بعض عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين والمعزولة من مستشفيات عراقية مختلفة

Loading...
Loading...
Abstract

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the principal nosocomial causative agents. This bacterium has the capability to resist wide range of antibiotics and it is responsible for many diseases like skin, nose and wounds infection. In this study, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was applied with ten random primers to examine the molecular diversity among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates in the hospitals and to investigate the genetic distance between them. 90 Isolates were collected from clinical specimens from Iraqi hospitals for a total of 90 isolates. Only 10 strains (11.11%) were found to be MRSA. From these 10 primers, only 9 gave clear amplification products. 91 fragment lines were generated from these primers across all isolates with an average of 10 fragment lines per primer. Of these, 90 (99%) were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 145-2109 bp. The polymorphism percentage for all primers was 100% except OP-X17 primer which gave 86% polymorphism. The genetic distances revealed from Jaccard similarity index was calculated for the 90 RAPD polymorphic fragment lines. The highest genetic distance value 0.959 was between isolate number (1) and (5) and between isolate number (3) and (10), while the lowest genetic distance value 0.218 was between isolate number (6) and (7). This study shows that RAPD-PCR technique assayed with nine primers can be successfully applied to reveal the genetic distances among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates from different hospitals.

تعتبر سلالات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين واحدة من المسببات الرئيسية للإصابات الناتجة عن المستشفيات. هذه البكتيريا لها القدرة على مقاومة مدى واسع من المضادات الحيوية كما انها مسؤولة عن العديد من الامراض مثل اصابات الجلد, الانف والجروح. في هذه الدراسة تم استخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي لسلسلة (RAPD) DNA مع عشرة من البادئات العشوائية لفحص التنوع الجزيئي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وللتحقق من البعد الوراثي بينهم. تم جمع (90) عزلة من عينات سريرية ومن مستشفيات عراقية مختلفة ، ووجد أن (10) سلالات فقط وبنسبة (11.11٪) كانت مقاومة للميثيسيلين. من هذه البادئات العشرة, تسعة فقط قد اعطت نواتج تضاعف واضحة. انتجت هذه البادئات 91 حزمة رئيسية لجميع العزلات وبمعدل (10) حزم رئيسية لكل باديء, كانت من ضمنها (90) حزمة متباينة وبنسبة (99%). تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين (145-2109) زوج قاعدي. النسبة المئوية للتباين الوراثي لكل البادئات كانت بنسبة (100%) ماعدا الباديء OP-X17 الذي اعطى نسبة تباين (86%). تم حساب الابعاد الوراثية بالاعتماد على مؤشر (Jaccard similarity) ل (90) حزمة رئيسية متباينة. اعلى قيمة بعد وراثي(0.959) كانت بين العزلة رقم (1) والعزلة رقم (5) وما بين العزلة رقم (3) والعزلة رقم (10), بينما كانت ادنى قيمة بعد وراثي (0.218) بين العزلة رقم (6) والعزلة رقم (7). هذه الدراسة تظهر ان تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي لسلسلة DNA والتي تم اختبارها مع 9 بادئات يمكن تطبيقها بنجاح للكشف عن الابعاد الوراثية بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين ومن مستشفيات مختلفة.

Listing 1 - 8 of 8
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (8)


Language

English (8)


Year
From To Submit

2018 (1)

2017 (1)

2016 (1)

2015 (1)

2014 (4)