research centers


Search results: Found 6

Listing 1 - 6 of 6
Sort by

Article
Tracking of Ceotaneous Leishmaniasis by Parasitological, Molecular and Biochemical Analysis
تعقب الليشمانيا الجلدية بالاختبارات التحليلية الطفيلية والجزيئية والكيموحيوية

Authors: Thikra Abdullah Mahmood --- Muhsin A. Al-Dhalimi --- Baqur A. Sultan --- Sundus Nsaif AL- Hucheimi
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2015 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 65-74
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Background: In areas of endemicity without sufficient laboratory infrastructure, identification of Leishmaniaparasites is useful for control and preventive plan and very important since species differentiation is instrumental in selection of optimal therapy and treatment regimens.Aim: The present study was performed to identify the species and strain of Leishmaniaparasiteisolated from different endemic areas .Materials and Methods: In a consecutive series of 126 patients referred for a suspected CL lesion during October 2010 to December 2012 in five Iraqi provinces, direct smear and culture followed by molecular and biochemical analysis were done using nested-PCR and cellulose acetate electrophoresis. Results: Direct smears revealed that 90 (71%) patients gave positive results under light microscope. Out of 126 cases,83(65%) gave positive growth in modified NNN medium and RPMI-1640 with fetal bovine serum followed by sub-culture in drosophila Schniders media. Out of 83 postive growth culture,only 52 specimens were studied by nested - PCR .It was found that 45(86.5%) cases in the generation of a 560 bp DNA and 7(13.4%)patients displayed a fragment of 750 bp, corresponding to L. major and L. tropica, respectively. Cellulose acetate electrophoresis (CAE) was performed by 4 enzyme systems (glucose phosphate isomerase, leucilphosphate, manose phosphate isomerase and 6phosphogluconate dehydrogenase). The results showed that L.major(LV39) isolate were in 20 mass cultivated cultureConclusion: Nested-PCR and cellulose acetate electrophoresis was an ideal method for discrimination of Leishmania. spp. and variants. Both L. major and L. tropica were the causative agents of cutaneous leishmaniasis but L.major was the main species in study area .Recommendations: As a result of the observations made during the whole study period, nested- PCR is very suitable method, which can be used as a basis for future applications. Opening number of research centres situated in the country offer DNA applications for so-called “parasite tracking.” Such an application is probably more relevant for epidemiological purposes than for diagnosis. (e.g., in outbreak investigations or tracking drug-resistant parasite strains). After collection in the field, samples can be simply transferred to such a centre for further analysis. More experimental studies for effective vaccine are developed for leishmaniasis.

الهدف: تشخيص الأنواع والسلالات والعتر لمسببات الليشمانيا الجلدية لمختلف المناطق الموبوئة المنهجية: أجريت الدراسة الحالية في خمسة محافظات وغطت سبعة مستشفيات كحقل للدراسة من تشرين الأول/2010 الى كانون الأول/2012، وقد أنجز فحص الترحيل الكهربائي لخلات السليلوز( Cellulose acetate electrophoresis ) في معهد (Walter Reed) للبحوث في الولايات المتحدة الأمريكية. الفحص المجهري المباشر تم بثلاثة طرق(السائل المسحوب من القرحة,خزعة الجلد وقطرات الدم المنسابة أثناء الخزعة) . تضمنت الدراسة زراعة العينات على الوسط الزرعي NNNالمحور و RPMI-1640مع مصل العجل الوليد,يتبع بزراعة العينات على الوسط الزرعي Drosophila Schneider. تعرضت هذه الدراسة للتشخيص الدقيق للطفيلي المسبب لليشمانيا الجلدية بواسطة استخدام الفحوصات الجزيئية والكيماحياتية تطرقت تلك الدراسة إلى Isoenzym profil في(20) عينة من مجموع الحالات المرضية التي أظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الأوساط الزرعية وتم مقارنتها مع السلالات والعتر المصدرية باستخدام الترحيل الكهربائي لخلات السليلوز (Cellulose acetate electrophoresis)لأربعة أنزيمات (glucose phosphateisomerase,leucilphosphate,manose phosphate isomerase and 6phosphogluconate dehydrogenase) .النتائج :أظهرت نتائج الدراسة ان 90 (71%)من المرضى أعطوا نتائج موجبة عند الفحص تحت المجهر الضوئي. عند زراعة العينات على الأوساط الزرعية فوجد أن 83(65%) من العينات أعطت نتائج موجبةو بينت الدراسة بأن 52(41%) من مجموع الحالات المرضية التي أظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الاوساط الزرعية درست بواسطة Nested-PCRوبأستخدام نوعين من البادئات لتحديد جنس وسلالة وعترة الطفيلي. أظهرت الدراسة 45(86,5%) من الحالات كانت L.major (560 bp) و7(13,5%) كانت L.tropica (750 bp).Isoenzymprofile في(20) عينة من مجموع الحالات المرضية التي اظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الأوساط الزرعية تم مقارنتها مع السلالات والعتر المصدرية بأستخدام الترحيل الكهربائي حيث أظهرت النتائج أن L.major(LV39)وجدت في كل الحالات.الاستنتاج:يعتبر ال (nested-PCR و CAE طرق مثلى في تمييز وتشخيص أجناس الليشمانيا وأنواعها .كانت (L.major وL.tropica العوامل المسببة لليشمانيا الجلدية في حين L.major كانت النوع السائد في منطقة الدراسة.التوصيات:1-نتيجة لما تم ملاحظته في فترة الدراسة نوصي باستخدام PCR كأساس للتطبيقات المستقبلية.2 -فتح عدد من المراكز البحثية في القطر لما يسمى بتعقب الطفيلي تستخدم للأغراض الوبائية بالإضافة إلى التشخيص.3 -إجراء دراسات تجريبية للحصول على لقاح.

Keywords

Leishmaniasis --- Nested PCR


Article
Genotyping of Cryptosporidium Isolates from Clinical Samples

Author: Thanaa Ismael Jawad
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 3 Pages: 632-637
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Cryptosporidium is an intracellular protozoan that infects the gastrointestinal tract of human and other animals. Two main species of this parasite are known to infect human C. hominis and C. parvum with the latter has a zoonotic transmission. This study aimed to genotype the clinical isolates of Cryptosporidium from children with diarrhea.A total of 64 fecal samples were collected from children with diarrhea. Cryptosporidial infection was detected using modified acid fast stain. DNA of the parasite was extracted from oocysts of positive fecal samples and nested PCR method was used for TRAP-C2 gene amplification. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was applied for genotyping.Four fecal samples from 64 (0.625%) gave positive result for Cryptosporidium. RFLP-PCR suggested that 3 samples of these related to C. parvum and 1 sample of mixed infection with both C. parvum and C. hominis. From these results it can be concluded that most infections in children with cryptosporidiosis are of bovine origin.

Keywords

nested-PCR --- RFLP --- TRAP-C2 --- cryptosporidiosis


Article
Utilization of Molecular and Serological Methods to Investigation Toxoplasma gondii in Healthy Apparently Students in Babylon Province

Author: Hayam Khalis Al-Masoudi
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 4 Pages: 934 -942
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Toxoplasmosis, an infection caused by Toxoplasma gondii, is generally asymptomatic or is associated with mild, non-specific clinical manifestations in immunocompetent patients. The present study consider the first trial in Babylon province to detection of toxoplasmosis among healthy university and secondary students, from February to May 2015, collect 112 blood sample from healthy apparently students. The results of serological test revealed that 57/112 (50.8%) was positive for T. gondii in LAT test, (25%) for university students and (25.8%) for secondary students, there isa significant difference (p≤ 0.05) between male (27.6%) and female (23.2%) in toxoplasmosis infection, where as 21.4% was positive for ELISA in which 13.8% positive for IgG antibodies and 8.0% positive for IgM, while nPCR results showed 19 out of 112(16.9%) was positive to toxoplasmosis. The presence of T. gondii antibodies in the serum regarded as the important criterion for the diagnosis of toxoplasmosis but these methods insufficient to diagnosis, it must be combine with molecular methods such as polymerase chain reaction which detect T. gondii DNA in five or ten parasites are present in blood.


Article
Molecular and Epidemiological Study of Cryptosporidium spp. in Mid-Euphrates Area
دراسة جزيئية و وبائية Cryptosporidium spp في منطقة الفرات الأوسط

Author: Karar Mohammed Abdul-Sada
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2015 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 102-112
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Objectives: the aim of present study was to search for Cryptosporidium spp. in our children and tracking different epidemiological effects.Methodology: Random fecal specimens were collected from 467 of children whom attended to hospitals from four Iraqi governorates, modified Ziehl-Neelson staining for all samples, two advanced PCR techniques (Nested PCR and Real Time PCR) were used for all positive samples to detect species. Data was analyzed by use of Yat’s Chi-square test.Results: Among the 467 examined children, Cryptosporidium Oocysts were found to be excreted in 39 (8.35%) of them. Molecular tests showed that C. parvum and C. hominis found in 72.9% and 24.3% of positive samples respectively, two samples (5.1%) explain mixed species infection, whilst one sample (2.7%) don’t reveal any amplification, that may mean species other than of C. parvum or C. hominis.Conclusions: The present study emphasized the public health importance of Cryptosporidium spp in the study area. It seems that zoonotic species (C. parvum) is the most important cause of infection in the region. According to our knowledge, this report is the first that recorded the species of Cryptosporidium in Iraq.Recommendations: Further studies at different areas and age groups are required to investigate the molecular epidemiology of cryptosporidiosis in our community, and also in the animals to evaluate the role of zoonotic transmission in cryptosporidiosis epidemiology.

الهدف: تهدف الدراسة إلى الاستقصاء عن طفيلي .Cryptosporidium spp في الأطفال والتعرف على المؤثرات الوبائية المختلفة . المنهجية: جمعت النماذج البرازية بشكل عشوائي مِنْ 467 مِنْ الأطفالِ الذين راجعوا مستشفيات مِنْ أربع محافظاتِ عراقيةِ، صبغت المسحات البرازية بصبغة Ziehl-Neelsen المحورة، استخدمت اثنتان من تقنياتِ PCR المتقدّمة (Nested PCR and Real Time PCR) للتحري عن الانوعِ في كافة العينات الموجبة. تم تحليل النتائج إحصائيا بطريقة Yat’s Chi-square.النَتائِج: من بين الأطفالِ المَفْحُوصينِ الـ467،َ تبين وجود أكياس البيض لطفيلي Cryptosporidium في براز 39 (8.35 %) منهم. أظهرت الاختبارات الجزيئيةَ بأنّ الانواع Cryptosporidium parvum و Cryptosporidium hominis وَجدا في 72.9 % و24.3 % مِنْ العيناتِ الإيجابيةِ على التوالي، عينتان (5.1 %) تُوضّحانِ عدوى مُخْتَلَطة بكلى النوعين ، بينما عيّنة واحدة فقط (2.7 %) لم تظهر أيّ تضاعف مخبري للحمض النووي، الذي قَدْ يَعْني نوعَ ما آخر عدا C. parvum أَو C. hominis. وقد تم تحليل النتائج إحصائيا باستخدام طريقة الاستنتاجات: أَكّدتْ الدراسةُ الحاليةُ أهميةُ أنواع طفيلي Cryptosporidium spp في منطقةِ الدراسةَ. بالإضافة لذلك يَبْدو بأنّ النوعَ Cryptosporidium parvum المسببُ الأكثر أهميةً للعدوى في المنطقةِ. طبقاً لمعرفتِنا فان هذه الدراسة هي الأولى التي سجّلَت أنواع Cryptosporidium في العراق.التوصيات: الحاجة إلى دراسات إضافية في مناطق أخرى تشمل كل الأعمار للتعرف عل معلومات أكثر عن الوبائية الجزيئية لداء الابواغ الخبيئة في مجتمعنا، كذاك دراسته في الحيوانات لتقييم دورها في وبائيته.


Article
The Rate of Pulmonary Mycotic Infections with Coccidioidomycosis in An Najaf Province
معدل الاصابات الفطرية الرئوية بمرض الفطار الكرواني في محافظة النجف

Author: Raed Ali Hussein Shabaa رائد علي حسين
Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2015 Volume: 7 Issue: 1 Pages: 8-18
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to evaluate the rate of infections with Coccidioidomycosis in An Najaf province and to demonstrate the importance of molecular diagnoses methods.Ninety three respiratory specimens were obtained from patients with Coccidioidomycosis seen at Al-Sader Teaching Hospital and AL-Hakim general hospital in Al-Najaf, Iraq between January 2014 and June 2014. clinical isolates were examined for Coccidioides immitis and C. posadasii and inoculated onto sabouraud dextrose agar plates. Nested PCR was used to confirm the diagnosis by screening for the presence of proline-rich antigen (PRA) which is a protein located in the spherule cell wall of C. immitis and C. posadasii. Twenty one clinical isolates determined to be Coccidioides spp. by microscopic examination from a total of 93 respiratory specimens, which were coexamined by general fungal culture. Nested PCR results showed a product of 526 bp was obtained from 23 of the 93 strains tested after the first PCR, whereas an expected 342 bp nested PCR product was detected by agarose electrophoresis from 25 strains tested.

هدفت هذه الدراسة لتقييم معدل الاصابات الرئوية بمرض الفطار الكرواني في محافظة النجف و لأظهار اهمية الطرق الجزيئية في تشخيصه.تم الحصول على مائة و ثلاث و اربعين عينة من المرضى المصابين بالفطار الكرواني في مستشفى الصدر التعليمي و مستشفى الحكيم العام في مدينة النجف للفترة ما بين كانون الثاني و حزيران 2014 . فحصت العينات السريرية للبحث عن الفطرين Coccidioides immitis و C. posadasii و لقحت على وسط السابرود دكستروز اكار. اجري اختبار Nested PCR لتاكيد التشخيص من خلال البحث عن بروتين proline-rich antigen (PRA) و هو البرو تين الموجود في جدران الخلايا الكروية لكلا الفطرين اعلاه. حددت احدى و عشرين عزلة من اصل 143 على انها Coccidioides spp. بالفحص المجهري و الزرعي. أظهرت نتائج Nested PCR وجود ناتج البلمرة ذو الطول 526 زوج قاعدي في 23 من مجموع العزلات البالغ 143 بعد مرحلة التضاعف الاولى في حين تم الحصول على ناتج البلمرة ذو الحجم 342 زوج قاعدي في 25 عزلة من مرحلة التضاعف الثانية لاختبار Nested PCR.


Article
Direct Amplification of B1 gene of Toxoplasma gondii DNA using Nested Polymerase Chain Reaction Following Microwave Treatment for Whole Blood Samples
التظخيم المباشر لجين B1 في المادة الوراثية لطفيلي المقوسات الكوندية بأستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل متبوعا بالمعالجة الحرارية بواسطة المايكرويف لعينات الدم

Loading...
Loading...
Abstract

Infection with Toxoplasma gondii is a cause of fetal death since T. gondii can be transmitted to the fetus through the placenta (transplacental) from an infected mother or at vaginal delivery. Blood obtained from women and sheep to confirm their infection with toxoplasmosis by using Enzyme Linked Immunosorbant Assay test (ELISA) to ditective positive specific anti-Toxoplasma (IgM, IgG and IgM, or IgG) antibodies. This study used two methodes to extract DNA (the first one was a standard extraction commercial method (CM-PCR) of genomic DNA using a commercial kit (Promega, USA), and the second one was the direct heat DNA extraction using microwave oven (MW-PCR) for whole blood samples obtained from infected women and sheep. Then nested Polymerase Chain Reaction (n PCR) were used to amplify Toxoplasma B1 gene to detect T. gondii DNA in whole blood samples. The results indecated using of microwave treatment instead of commercial kit to extract DNA is low cost and short time,and complement serology for clinical studies and diagnostic purposes of toxoplasmosis.

أن الأصابة بطفيلي داء المقوسات الكوندية من الأسباب التي تؤدي الى موت الجنين أذ ان الطفيلي له القدرة على الأنتقال منالأم الحامل الى جنينها عن طريق المشيمة والتسبب بلأجهاض أو أنتقال الطفيلي أثناء الولادة. تم سحب عينات الدم من نساء وأغنامأكدت أصابتهم بداء المقوسات الكوندية بأستخدام الفحص المناعي الأليزا وذلك عن طريق تشخيص وجود الأجسام المناعية نوع( (IgM, IgG/IgM, IgG . الهدف من الدراسة هو استخدام طريقتين لأستخلاص المادة الوراثية من عينات دم النساء والأغنامالمؤكد مسبقا اصابتها بطفيلي داء القوسات الكوندية )الأولى هي الطريقة اللأعتيادية بأستخدام عدة تجارية نوع (Promega)الأمريكي أما الطريقة الثانية هي أستخدام الفرن الحراري )المايكرويف(، من ثم استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل نوع المجموعةالمتداخلة لتضخيم الجين (B1) الخاص بطفيلي المقوسات الكوندية لنفس عينات الدم لتشخيص وجود الأصابة بداء المقوساتالكوندية. أكدت النتائج ان بلأمكان استخدام الفرن الحراري المايكرويف بدل العدة التجارية لأستخلاص المادة الوراثية من عيناتالدم، وبهذا يمكننا استخلاص المادة الوراثية بوقت قصير وبتكلفة قليلة جدا مقارنة بالعدة التجارية المكلفة ومكملا لنتائج الفحوصاتالمناعية لغرض دراسة وتشخيص داء المقوسات الكوندية.

Listing 1 - 6 of 6
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (6)


Language

English (3)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2015 (6)