research centers


Search results: Found 1

Listing 1 - 1 of 1
Sort by

Article
Estimation of Genetic Distances Among Some Local Okra Cultivars Using Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers
تقدير الإبعاد الوراثية بين بعض أصناف الباميا المحلية باستعمال مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة الدنا (RAPD)

Authors: Thamer Khudair Merza ثامر خضير مرزة --- Hayder Sadaq Jaafer حيدر صادق جعفر
Journal: Kufa Journal for Agricultural Sciences مجلة الكوفة للعلوم الزراعية ISSN: 20727798 23128186 Year: 2017 Volume: 9 Issue: 4 Pages: 31-46
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

An experiment was conducted in Molecular Biological laboratory in the Faculty of Science / University of Kufa in 2016 to find out genetic distance of six Local okra cultivars using Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Polymorphisms were scored within amplified fragment (their number and molecular sizes) using agarose gel electrophoresis after staining with ethidium bromide. Five primers generated polymorphic patterns and selected among studied cultivars. These primers gave 19 Polymorphic bands from total 41 main bands. The results revealed that, the lowest molecular size to the amplified fragments was generated by UBC-514 reach 276 bp while (1654 bp) was amplified by OPX-18 primer that has the highest molecular size of the amplified fragments. From all of the used primers in the experiment, the primer UBC-210 gave the highest values to the main, amplified and polymorphic band numbers which reached 9, 46 and 14 band compared with the lowest values to these bands which reached 0, 12 and 12 band respectively, produced from primer UBC-620. The highest percentage of polymorphism ratio and the primer efficiency from primer UBC-210 reached %64.3 and %0.2 on sequence while, primer UBC-620 did not reveal give any percenage of the polymorphism ratio and primer efficiency. The results also showed that the highest value of genetic dimes ion (genetic distance) was between the two cultivars: 2 Husinawia Karbala and 5 Husinawia Al-Halle that reached 0.676 comparing with the lowest value to the genetic distance between the two cultivars, 3 Batira Baghdad and 5 Husinawia Al-Halle that reached 0.143. Cluster analysis (phylogenetic tree) revealed two main groups (A and B) with 0.533 distance, Cluster A contained 4 cultivars: Batira Baghdad, Khinyasri Al-Basra, Husinawia Al-Halle and Al-Mawassalia while Cluster B contained 2 cultivars: Husinawia Al-Nasirya and Husinawia Karbala. The results concluded that RAPD parameters were important in revealing polymorphism genetic and its efficiency on the primers number and the genetic distance between the studied cultivars.

أجريت هذه التجربة في مختبر البايولوجي الجزيئي في كلية العلوم / جامعة الكوفة سنة 2016 م، لمعرفة البعد الوراثي لستة أصناف من الباميا المحلية باستعمال مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة الدنا Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). كشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل صنف (إعدادها وأحجامها الجزيئية) بعد ترحيل نواتج التضاعف للعينات على هلام الاكاروز وتصبيغها ببروميد الاثيديوم. اختيرت خمسة بوادئ والتي أظهرت نواتج تضاعف متباينة بين الأصناف قيد الدراسة، إذ أعطت تلك البوادئ 19 حزمة متباينة Polymorphic bands من مجموع 41 حزمة كلية. بينت النتائج أن اقل حجم جزيئي للقطع المتضاعفة كان عند البادئ UBC-514 إذ بلغ 276 زوج قاعدي بينما البادئ OPX-18 امتلك أعلى حجم جزيئي للقطع المتضاعفة وبلغ 1654 زوج قاعدي. وأعطى البادئ UBC-210 أعلى القيم لعدد الحزم الكلية والمتضاعفة والمتباينة بلغت 14 و 46 و 9 حزمة قياسا" بالبادئ UBC-620 الذي أنتج اقل قيما" لتلك الحزم بلغت 2 و 12 و 0 حزمة، على التتابع. أن أعلى نسبة مئوية للتباين الشكلي وكفاءة البادئ بلغت 64.3% و 0.2% على التتابع أعطاها البادئ UBC-210، بينما لم يعط البادئ UBC-620 أي نسبة مئوية للتباين الشكلي ولا كفاءة البادئ. أشارت النتائج إلى أن أعلى قيمة للبعد الوراثي (مسافة وراثية) كانت بين الصنفين حسينـاوية كربلاء 2 وحسيناوية الحلة 5 وبلغت 0.676 مقارنـة باقل قيمة للبعد الوراثـي بين الصنفين بتيرة بغداد 3 وحسيناوية الحلة 5 وبلغت 0.143. فيما كشف التحليل التجميعي (شجرة العلاقة الوراثية) مجموعتين وراثيتين رئيستين (B و A) البعد بينها 0.533، ضمت المجموعة الكبيرة وتدعى A أربعة أصناف هي بتيرة بغداد وخنيصري البصرة وحسيناوية الحلة والموصلية بينما ضمت المجموعة الصغيرة وتدعى B صنفان هما حسيناوية الناصرية وحسيناوية كربلاء. يستنتج من التجربة أن لمؤشرات RAPD أهمية في كشف التغاير الوراثي وتعتمد كفاءتها على عدد البوادئ والتباعد الوراثي بين الأصناف قيد الدراسة.

Listing 1 - 1 of 1
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (1)


Language

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2017 (1)