research centers


Search results: Found 5

Listing 1 - 5 of 5
Sort by

Article
Plasmid role in agar utilization by Pseudomonas sp. HK1
دور البلازميدات في أستهلاك الاﮔار من قبل بكترياPseudomonas sp. HK1

Author: Abdul Kareem A . Al-kazaz عبد الكريم عبد الرزاق القزاز
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2007 Volume: 4 Issue: 1 Pages: 41-46
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Forty different samples (water and soil) were collected from different places in Iraq and Syria. Only (6) isolates showed the ability to grow and utilize agar as a sole source of carbon and energy. Morphological, cultural characterization and biochemical tests confirmed that These isolates belonging to genus Pseudomonas (HK1-HK6) .Plasmid profiles results showed that these isolates were harbored (2 -3) small Plasmids . HK1 isolate was selected because of its efficiency and ability to grow in high density on agar media for transformation and curing experiments, these were checked by transformation experiments after their expression in E. coli MM294. The genes responsible for agar utilization were located on these plasmids . These results were confirmed by data obtained from curing experiments.

جمعت( 40) عينة (ماء وتربة ) من مناطق مختلفة من العــــراق و سوريـــا . أ ظــهرت ( 6 )عزلات قابليتها على النمو على وسط الأﮔار واستهــلاكه كمصــدر وحيد للكاربون والطــاقة .أكدت الصفات المظهرية والفحوصات الكيموحيوية عائديتها للجنـس Pseudomonas ((HK6-HK1 .درس النسق البلازميدي للعزلات لمعرفة دور البلازميدات في اظهار صفة استهـــلاك الاﮔار وا ظهرت نتائج الترحيل الكهربائي أحتواء العزلات على (3 – 2 ) حزم بلازميدية أختيرت العزلـــة HK1 وذلـك لكفاءتها وقابليتها للنمو بكثافة على وســط الأﮔار الانتقائي لأ جراء تجارب النقل و ا لتحييد . أظـــهرت نتائج تجــارب التحــول ان بلازميد العزلة HK1 له ا لقدرة علــى التعبير ا لمظـــــهري في بكتريا E. coli MM294. ,أي انها ذات مدى مضيفي واسع , وان الجينات الوراثية المسؤولة عن اظهار صفة أستهلاك الأﮔار كانت بلازميدية الموقع وهذا ما اكدته تجارب التحييد .

Keywords


Article
GENETIC DIVERSITY AND RELATIONSHIPS AMONG IRAQI BARLEY CULTIVARS USING RAPD – PCR TECHNIQUE
التنوع و العلاقات الوراثية لأصناف الشعير المزروعة في العراق باستخدام تقنية RAPD – PCR

Loading...
Loading...
Abstract

This experiment is aimed to determine the genetic diversity and relationships among nine local barley varieties (Hordeum vulgare L.) by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. To achieve this, the seeds were sown in a germination cabinet under controlled environment at 20°C and a 16/8 hrs. light/darkness photoperiod. Total genomic DNA of barley plant was extracted from two different sources, from 2-3 g of fresh leaves by using CTAB method, The average yields of DNA were in the range of 1090-8550 μg /g of leaf tissue with purity of 1.5-1.9 , and also from dry seeds by using commercial kit, the DNA yield was 865-1035 μg/ mg of dry seed powder and a purity ranging 1.4-1.6. Eighteen random primers used in this study produced 177 bands across nine varieties. Of these bands, 106 bands or 60% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged 358-4818 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged 25-100%. It was also possible to find the DNA fingerprint of all studied barley varieties through the appearance of a number of bands that were unique to each variety that may be used in the future as cultivar specific marker. the most characteristic banding pattern was for each varieties with primer GB7. Genetic distances ranged from 0.13424 to 0.43789 among barley varieties. Cluster analyses were performed to construct a dendrogram among studied barley varieties. cluster analysis grouped the nine varieties into three main clusters depending on their ancestor and their morphological traits. The information generated from this study can be used in the future for barley breeding and improvement programs.

تهدف هذه التجربة إلى إيجاد التنوع الوراثي والعلاقات الوراثية بين تسعة أصناف من الشعير المزروعة في العراق (Hordeum vulgare ) باستخدام مؤشرات ألدنا في تقنية التضخيم العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة ألدنا. شملت خطوات الدراسة تنمية بذور الشعير في منبتات خاصة و تحت درجة حرارة 20° م و فترة ضوئية تراوحت بين8 / 16 ساعات ضوء ظلام .واستُخلص بعدها ألدنا المجيني Genomic DNA من الأوراق الفتية للبادرات المستنبتة من البذور باستخدام طريقة إل CTAB اذ تراوحت كمية ألدنا المستخلصة منها بين 1090-8550 مايكرو غرام لكل غرام وبنقاوة تراوحت بين 1.9-1.5 وكذلك من البذور الجافة باستخدام عدة العزل الخاصة باستخلاص دنا النباتات إذ تراوحت كمية ألدنا بين 865-1035 مايكرو غرام لكل ملي غرام من مسحوق البذور الجافة وتراوحت نقاوة ألدنا بين 1.6-1.4 . أنتجتْ 18 بادئ عشوائي استخدمت خلال الدراسة الحالية عدد من الحزم بلغ 177 حزمة خلال الأصناف التسع المدروسة و من بين هذه الحزم, 106 حزمة أَو 60 % كَانت متباينة. تراوح حجم الحزم المُضَخَّمة بين 358-4818 زوج قاعدي. أما قيم التباينات الوراثية لكُلّ بادئ فقد تراوحتْ بين 25-100 %. كذلك تم تحديد البصمة الوراثية لجميع أصناف الشعير المدروسة و ذلك من خلال ظهور عدد من الحزم الفريدة (Unique bands) لكل الأصناف. كان النمط الوراثي الأكثر تميزاً لجميع الأصناف مع البادئ GB7. أن قيم البعد الوراثي قد تراوح بين 0.13424 إلى 0.43789 بين أصناف الشعير. استخدمت التحليلات العنقودية لبِناء شجرة التنوع الوراثي بين أصناف الشعيرِ المدروسة. جمّعَ التحليلَ العنقوديَة الأصناف ألتسع في ثلاث مجاميع رئيسيةِ تَعتمدُ على سلفهم و صفاتهم المظهرية. يمكن ان تستخدم المعلومات المستنتجة مِنْ هذه الدراسةِ في برامجِ تربية وتحسين الشعير المستقبلية .

Keywords


Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients
التحري عن الطفرات الوراثية ضمن الجين GABRB3 و المرتبطة بالتوحد في مرضى توحد عراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to detect and identify genetic mutations in γ-aminobutyric acid receptor β3 subunit encoding gene (GABRB3) and its association with autism spectrum disorders. Forty autistic patients and 25 non-autistic as control group (5 unaffected sibling and 20 unrelated) with age range from 3 – 10 years were included in this study. Chromosomal DNA was extracted from blood samples followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of two targeted regions which include: (exon2-intron2-exon3) region and (exon 6) region of GABRB3 for subsequent DNA sequencing. Identical bands related to the targeted regions were present in all samples. A sample of PCR products of patients and controls were sequenced. Sequencing results revealed the presence of four different single nucleotide polymorphism (SNPs) in four autistic patients (one SNP in exon2, two SNPs in intron 1 and one SNP in the beginning of intron 3) while four different autistic samples and three from control group had no mutations along this region. Exon 6 showed 100 % sequence identity in all samples (seven autistic and three from control group). The translation of nucleotides sequences into amino acid sequence revealed that the SNP in exon 2 caused a change of amino acid in the polypeptide sequence by changing the codon (AGA) which codes for arginine to (AAA) which codes for lysine. The online software tool, RaptorX was used for the prediction of the three dimensional structure of the polypeptides in which exon 2 carrying one SNP (30 a.a.) showed that 5 (16%) positions predicted as disordered, while the structure prediction of polypeptide translated from exon 3 was not obtained due to its small length (22 a.a.). Structure prediction of polypeptide of exon 6 (46 a.a.) showed that (0%) positions predicted as disordered, considering its lack of mutations. These results suggest the association of the detected SNPs with autism, especially the SNP located in exon 2 considering that it changed the polypeptide three dimensional structure, thus it could possibly alter its function. All SNPs are reported for the first time in this study except the one in intron 3 (rs755863611) which was previously reported.

اجريت هذه الدراسة بهدف التحري عن الطفرات الوراثية في الجين GABRB3 الذي يشفر للوحدة الثانوية بيتا 3 ضمن مستقبل الحامض كاما- امينوبيوتيريك في مرضى طيف التوحد. شملت الدراسة اربعين طفل مصاب بالتوحد و خمس و عشرون اخرين غير مصابين بالتوحد كمجموعة سيطرة ( خمس منهم من اشقاء الاطفال المصابين بالتوحد و عشرون اخرون غرباء) بمعدل عمر يتراوح بين 3 – 10 سنوات. تم استخلاص الحامض النووي منقوص الاوكسجين DNA من عينات دم المشتركين بالدراسة ، و استعملت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR لتضخيم منطقتين ضمن الجين و هي (exon2-intron2-exon3) و (exon 6) و حدد تسلسل القواعد النتروجينية لهذه المناطق لعدد من العينات و لوحظ ظهور اربع تباينات فردية متعددة الاشكال للنيوكليوتيدة (SNP) في اربع عينات لمرضى التوحد (الاول ضمن المنطقة المشفرة exon 2 و اثنان ضمن المنطقة الغير مشفرة intron 1 و الاخير في المنطقة الغير مشفرة intron 3) في حين لم يلاحظ وجود اي تباين من نوع SNP ضمن هذه المناطق في اربع عينات لمرضى التوحد و ثلاث عينات من مجموعة السيطرة. أما بالنسبة للمنطقة المشفرة exon 6 ، فان تتابع القواعد النتروجينية جاء مطابقا بنسبة 100 % مع قاعدة البيانات NCBI ضمن هذه المناطق و لجميع العينات التي تم تحديد التتابع لها ( 7 عينات مرضى توحد و 3 عينات من مجموعة السيطرة ). كشفت عملية ترجمة تسلسل القواعد النتروجينية للاحماض الامينية المشفرة لها عن ان التباين ضمن منطقة exon 2 قد سبب حدوث تغيير في حامض اميني ضمن سلسلة الببتيد المتعدد حيث تغير الكودون (AGA) و الذي يشفر للحامض الاميني الأرجنين الى الكودون (AAA) و الذي يشفر للحامض الاميني اللايسين. استعمل برنامج RaptorX للتنبؤ بالتركيب الثلاثي الابعاد لسلاسل الببتيد المترجمة من كل من المناطق المشفرة و أظهرت نتائج التنبؤ وجود 5 مواقع (16%) غير منتظمة ضمن منطقة exon 2 والمكونة من 30 حامض اميني ، بينما لم تحتوي منطقة exon 6 و المكونة من 46 حامض اميني على اي مناطق غير منتظمة ضمن التركيب الذي تم التنبؤ به لكونها خالية من التباين او الطفرات، اما بالنسبة للمنطقة exon 3 فلكونها قصيرة السلسلة الببتيدية (22 حتامض اميني ) فانه يصعب الحصول على تنبؤ لتركيبها الثلاثي الابعاد .من خلال هذه النتائج يمكن الإشارة الى وجود ارتباط بين التباينات و مرض التوحد و خصوصا الطفرة ضمن المنطقة المشفرة exon 2 بعد الاخذ بالاعتبار كونها سببت حدوث تغيير في تسلسل الببتيد المتعدد و بالتالي تغيير التركيب ثلاثي الابعاد للبروتين مما قد يؤثر على وظيفته. تم التوصل لهذه التباينات (SNPs) لاول مرة ضمن هذه الدراسة ما عدا التباين (rs755863611) ضمن منطقة intron 3 .


Article
Gene Expression and Polymorphism of Interleukin-4 in a Sample of Iraqi Rheumatoid Arthritis Patients
التعبير الجيني وتعدد الاشكال الوراثي للبين ابيضاض-4 في عينة من مرضى التهاب المفاصل الرثوي العراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

It was aimed to understand the interleukin-4 (IL-4) role in etio-pathogenesis of rheumatoid arthritis (RA). Two approaches were adopted. In the first one, a quantitative expression of IL4 gene was assessed by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and such findings were correlated with some demographic, clinical and laboratory parameters, which included gender, duration of disease, disease activity score (DAS-28), rheumatoid factors (RFs), C-reactive protein (CRP) and anti-cyclic citrullinated peptide (ACCP) antibodies. In the second approach, a single nucleotide polymorphism (SNP) of IL4 gene (rs2243250) was inspected by DNA sequencing using specific primers. Fifty-one Iraqi RA patients (22 males and 29 females) were enrolled in the study. They were under therapy, which was a single weekly subcutaneous dose of 25 mg of etanercept (Enbrel) for a period of 3-5 years. The results of gene expression (2-ΔΔCt) revealed an increased expression of IL4 mRNA (Mean ± SEM: 8.247 ± 2.442), especially female patients compared to male patients (11.545 ± 3.928 vs. 3.537 ± 1.530; p = 0.03). The expression was also subjected to variations that were related to clinical and laboratory findings. With respect to IL4 gene SNP, allele and genotype frequencies showed no significant differences between RA patients and controls. In addition, the SNP genotypes had no effect on IL4 gene expression. In conclusion, an up-regulation of IL4 gene expression was observed in RA patients, and it was more pronounced in female than male patients by approximately four folds, while no association between the IL4 SNP alleles or genotypes and RA was observed.

كان الهدف بيان دور البين ابيضاض-4 في امراضية التهاب المفاصل الرثوي. اعتمدت طريقتين؛ وتم في الأولى تحديد التعبير الكمي لجين البين ابيضاض-4 بطريقة الاستنساخ المعاكس الكمي-تفاعل انزيم البلمرة المتسلسل, ودرست العلاقة بين هذه النتائج وبعض المعايير الديموغرافية والسريرية والمخبرية والتي تضمنت الجنس ومدة المرض وعامل نشاط المرض والعامل الرثوي والبروتين التفاعلي-سي ومضاد ببتيد السترولينايد الدوري. اما في الطريقة الثانية، فقد تم التحري عن تعدد اشكال النيوكليوتيدة المفرد (SNP) لجين البين ابيضاض-4 (rs2243250) وذلك باستخدام تقنية تسلسل الحامض النووي وباستخدام بوادئ متخصصة. شملت الدراسة 51 مريض من مرضى التهاب المفاصل الرثوي العراقيين (22 ذكور و29 اناث)، والذين كانوا تحت العلاج بواقع حقنة أسبوعية تحت الجلد (25 ملغم) من الدواءEnbrel لفترة 3-5 سنوات. اظهرت نتائج التعبير الجيني 2-ΔΔCt)) زيادة ملحوظة في تعبيرة (المعدل ± الخطأ القياسي: 8.247 ± 2.442) خصوصا في المرضى الاناث مقارنة بالذكور (11.545 ± 3.928 مقابل 3.537 ± 1.530؛ الاحتمالية = 0.03). وخضع هذا التعبير لتغايرات لها علاقة بالمعايير السريرية والمخبرية. اما بخصوص تعدد اشكال النيوكليوتيدة المفردة لجين البين ابيضاض-4، فلم تظهر تكرارات الانماط الاليلية والجينية اختلافات ذات دلالة إحصائية بين مرض داء المفاصل الرثوي والسيطرة. وفضلا عن ذلك، فلم يكن هناك تأثير للانماط الجينية على التعبير الجيني لجين البين ابيضاض-4. وفي الاستنتاج فقد لوحظ زيادة في التنظيم لتعبير جين البين ابيضاض-4 في مرض التهاب المفاصل الرثوي، وكان ذلك اكثر وضوحا في المرضى الاناث مما هو عليه في المرضى الذكور بحوالي اربع مرات، في حين لم تلاحظ مصاحبة بين الانماط الاليلية والجينية لتعدد اشكال النيوكليوتيدة المفردة لجين البين ابيضاض-4 والتهاب المفاصل الرثوي.

Listing 1 - 5 of 5
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (5)


Language

English (4)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2018 (1)

2016 (1)

2014 (1)

2012 (1)

2007 (1)