research centers


Search results: Found 12

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Plasmid role in agar utilization by Pseudomonas sp. HK1
دور البلازميدات في أستهلاك الا&#64404;ار من قبل بكترياPseudomonas sp. HK1

Author: Abdul Kareem A . Al-kazaz عبد الكريم عبد الرزاق القزاز
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2007 Volume: 4 Issue: 1 Pages: 41-46
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Forty different samples (water and soil) were collected from different places in Iraq and Syria. Only (6) isolates showed the ability to grow and utilize agar as a sole source of carbon and energy. Morphological, cultural characterization and biochemical tests confirmed that These isolates belonging to genus Pseudomonas (HK1-HK6) .Plasmid profiles results showed that these isolates were harbored (2 -3) small Plasmids . HK1 isolate was selected because of its efficiency and ability to grow in high density on agar media for transformation and curing experiments, these were checked by transformation experiments after their expression in E. coli MM294. The genes responsible for agar utilization were located on these plasmids . These results were confirmed by data obtained from curing experiments.

جمعت( 40) عينة (ماء وتربة ) من مناطق مختلفة من العــــراق و سوريـــا . أ ظــهرت ( 6 )عزلات قابليتها على النمو على وسط الأﮔار واستهــلاكه كمصــدر وحيد للكاربون والطــاقة .أكدت الصفات المظهرية والفحوصات الكيموحيوية عائديتها للجنـس Pseudomonas ((HK6-HK1 .درس النسق البلازميدي للعزلات لمعرفة دور البلازميدات في اظهار صفة استهـــلاك الاﮔار وا ظهرت نتائج الترحيل الكهربائي أحتواء العزلات على (3 – 2 ) حزم بلازميدية أختيرت العزلـــة HK1 وذلـك لكفاءتها وقابليتها للنمو بكثافة على وســط الأﮔار الانتقائي لأ جراء تجارب النقل و ا لتحييد . أظـــهرت نتائج تجــارب التحــول ان بلازميد العزلة HK1 له ا لقدرة علــى التعبير ا لمظـــــهري في بكتريا E. coli MM294. ,أي انها ذات مدى مضيفي واسع , وان الجينات الوراثية المسؤولة عن اظهار صفة أستهلاك الأﮔار كانت بلازميدية الموقع وهذا ما اكدته تجارب التحييد .

Keywords


Article
Molecular detection of Chlamydia trachomatis infection among males with abnormal semen

Authors: Mays H. Ali --- Abdul Kareem A. Al-Kazaz
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2018 Volume: 59 Issue: 4B Pages: 2005-2011
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Many studies revealed that Chlamydia trachomatis is the most prevalent bacteria “that cause sexually transmitted infections in the world.. Most of these infections are asymptomatic and there is a remarkable relationship between CT infections and male infertility. Therefore, “the present study is established to determine the effect of Chlamydia trachomatis infection on seminal fluid quality in males suffering from infertility compared with fertile males.. “Semen samples were collected from 63 infertile male and 13 fertile male as control group, attending the clinical laboratory for routine seminal fluid analysis. Seminal fluid was analyzed according to World Health Organization guidelines, the whole genomic DNA was extracted for molecular study. Real time PCR technique was used to specifically detect the presence of CT DNA in semen samples.” C. trachomatis was demonstrated in the semen samples of 11 (17.4%) infertile male and all control samples were negative. Infertile, infected males had semen samples that showed statistically significant differences in the mean of total sperm count, motility and morphology as compared with fertile uninfected control samples. These differences indicate that chlamydial infection of genital tract could negatively influence the quality of seminal fluid.”


Article
Single Nucleotide Polymorphism of IL1B Gene (rs16944) in a Sample of Rheumatoid Arthritis Iraqi Patients

Authors: Aseel S. Mahmood --- Abdul-Kareem A. Al-Kazaz --- Ali H. Ad'hiah
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2018 Volume: 59 Issue: 2C Pages: 1041-1045
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Cytokines play a prominent role in etiology and pathogenesis of rheumatoid arthritis (RA), and one of these cytokines is interleukin-1β (IL-1β). The association between IL1B gene single nucleotide polymorphism (SNP: rs16944) and rheumatoid arthritis (RA) in a sample of Iraqi patients was investigated. Fifty-one RA patients (21 males and 30 females) were enrolled and their age range was 20 - 63 years (44.9 ± 1.5 years). In addition to patients, 45 apparently healthy control subjects were also enrolled in the study. They matched patients for ethnicity (Iraqis), gender (14 males and 31 females) and age (41.3 ± 1.3 years). Analysis of Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) in RA patients and controls revealed that the IL1B genotypes were consistent with the equilibrium, and no significant differences (p > 0.05) were observed between the observed and expected genotype frequencies. Inspecting IL1B genotype and allele frequencies in RA patients and controls revealed that there were no significant variations between these frequencies, although a decreased frequency of T allele (67.7 vs. 73.3%) and an increased frequency of C allele (32.3vs. 26.7%) were observed in patients compared to controls. In conclusion, the results are in favor of no association between IL1B gene SNP (rs16944) and RA in Iraqi population


Article
Molecular Genetics Study on Autistic Patients in Iraq
دراسة وراثية جزيئية على مرضى التوحد في العراق

Authors: Basheer K. Karmeet بشير كاظم خرميط --- Abdul Kareem A. Al-Kazaz عبد الكريم القزاز --- Mahdi Saber مهدي صبر
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 1A Pages: 119-124
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study reflected on the relationship between contactin associated protein-like 2 gene (CNTNAP2) and autism spectrum disorders. The study includes forty autistic patients and forty non autistic children as control groups (twenty unaffected sibling and twenty unrelated children). DNA was extracted from Blood samples for molecular detection of CNTNAP2 mutations associated with ASDs by using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique and sequencing analysis. PCR reaction was performed to amplify exon 20 of CNTNAP2 gene. The PCR results revealed that identical bands related to exon 20 of CNTNAP2 gene were present in all samples. Therefore, five samples (four from autistic patients and one from control sibling) were selected for genotype analysis of CNTNAP2 (exon 20) by direct sequencing. Genotype analysis revealed that there were no any variants in CNTNAP2 (exon 20), but it shows that two different mutations were identified in non coding region (introns) of the CNTNAP2 gene (Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs),ID SNP: rs3779032 A/G in 2118282 position and ID SNP: rs3779031 A/C in 2118436 position). rs3779031 A/C are located at intron 19 while SNP rs3779032 A/G are located at intron 21. These mutations were seen only in autistic patients but not present in control sample. The current study showed that two common SNPs (rs3779031 and rs3779032) in CNTNAP2 were strongly associated with ASDs, where the frequencies of these SNPs were relatively high. SNP rs3779032 were identified in two autistic patients while rs3779031 were identified in three autistic patients from four unrelated families with ASDs.

اجريت هذه الدراسة بهدف التعرف على العلاقة بين جين CNTNAP2 واضطراب طيف التوحد. شملت الدراسة اربعين طفل مصاب باضطراب التوحد و اربعون اخرون غير مصابين باضطراب التوحد كمجاميع سيطرة (عشرون طفل من اشقاء المرضى وعشرون اخرون غرباء). تراوح معدل العمر في جميع الاطفال المتوحدين وغير المتوحدين ما بين3- 10 سنة. استخلص الحامض النووي (DNA) وذلك للتحري عن الطفرات المتزامنة مع اضطراب التوحد في جين CNTNAP2 من خلال استخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل ومتابعة تسلسل القواعد النتروجينية. تم اجراء تفاعل البلمرة المتسلسل لتضخيم الاكسون 20 من جين CNTNAP2. اظهرت نتائج تفاعل البلمرة المتسلسل ان الحزم المتماثلة التي تعود لاكسون 20 في جين CNTNAP2 كانت موجودة في كل العينات. لذلك تم اختيار خمس عينات (اربع عينات تعود لاطفال مصابين باضطراب التوحد وعينة واحدة لطفل غير مصاب) لمتابعة تسلسل القواعد النتروجينية في هذا اكسون . من خلال النتائج تبين انه لا يوجد اي تغير في تسلسل القواعد النتروجينية في الاكسون 20، لكن هنالك طفرتان تقع في المنطقة غير المشفرة (Intron) توجد في مرضى التوحد فقط . (SNPs rs3779031 C>A and rs3779032 G>A) اوضحت هذه الدراسة ان SNPs هي شائعة ومتزامنة بشكل قوي مع اضطراب التوحد حيث تملك تردد عالي نسبيا. حيث (SNP rs3779031C>A) ظهرت في ثلاث مرضى بينما (SNPrs3779032C>A) ظهرت في اثنين فقط .


Article
In Silico and in Vitro Evaluation of Real Time PCR Assay for Detection of Staphylococcus aureus

Authors: Al-Shaimaa Muhammed Saeed Al-Rawi --- Abdul Kareem A. Al-Kazaz --- Majeed Arsheed Sabbah --- Mohammed Mahdi Al-Zubaidi
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2017 Volume: 20 Issue: 1 Pages: 126-131
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Many research groups developed real time PCR assays for identification of Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). They designed different primers and probes in their assays. Gene mecA is the target identification of MRSA by PCR assay. The aim of this study is using in silico approach to identify the best primers and probe for real time PCR identification mecA gene. Published primers and probes were analyzed in silico to select the best for real time PCR identification of mecA gene. The selected primers and probe successfully used for real time amplification of twenty MRSA tested. This study reveals the importance of in silico approach for designing diagnostic assays shorten the cost and the time. [DOI: 10.22401/JNUS.20.1.18]


Article
Effect the combination of antibiotics on clinical isolates of Staphylococcus aureus
تأثير الجمع بين مضادات الحياة على بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة سريريأ

Authors: Ali Sadique Mohammed علي صادق محمد --- Abdul Kareem A.AL-Kazaz عبد الكريم عبدالرزاق القزاز --- Issra Ali Zaidan اسراء علي زيدان
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2009 Volume: 6 Issue: 4 Pages: 683-692
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Atotal of 75 different clinical samples were collected from different hospitals in Baghdad Biochemical and morphological characterization tests showed that forty isolates were identified as Staphylococcus aureus Antibiotic susceptibility tests of all isolates towards ten antibiotics were carried out and results showed that many isolates (97.5 %) were resistant to β-lactam antibiotic , 70 % were resistant to Tetracyclinee , 62.5% were resistant to co-trimoxazole , 60 % were resistant to ciprofloxacin , 55% were resistant both of chloramphenicol and erythromycin , 52.5% were resistant to gentamicin , 35% were resistant to rifampicin , 10% were resistant to vancomycin . According to the above results the S.aureus I1 which is isolated from patients with osteomyelitis showed resistant to all ten antibiotics therefore was used in the followed experiments. The minimum inhibitory concentration (MIC) of S.aureus I1 vancomycin, cefotaxim , penicillin G, amoxicillin , ciprofloxacin , co-trimoxazole ,gentamicin, rifampicin was checked.The results showed that isolates had MIC between (390-12500) μg/ml. The combination of different antibiotics with vancomycin showed synergistic effect based on the Fractional inhibitory concentration index (FIC).

تضمنت هذه الدراسة جمع 75 عينة من مصادر سريرية مختلفة توزعت ما بين 50 عينة من مسحات الجروح و 12 عينة من حالات التهاب نخاع العظم و 8 عينات من الادرار و 5 عينات من حالات تجرثم الدم ، جمعت من المستشفيات المختلفة في مدينة بغداد ، وهي كل من مستشفى الكاظمية ، الواسطي ،الكندي اضافة الى مختبر الصحة المركزي ،اظهرت الفحوصات المظهرية والكيموحيوية عائدية 40 عزلة لبكتريا Staphylococcus aureus تمت دراسة حساسية هذه العزلات تجاه 10 انواع مختلفة من مضادات الحياة اذ وجد ان غالبية العزلات تمتلك نمط المقاومة المتعددة ،اذ كانت (97.5%) من العزلات مقاومة لمضادات البيتالاكتام و(70%) مقاومة للتتراسايكلين و (62.5%) مقاومة للمثبريم و (60%) مقاومة للسبروفلوكساسين و (55%) مقاومة لكل من كلورامفينيكول والاريثرومايسين و (52.5%) مقاومة للجنتامايسين و (35%) مقاومة للريفامبسين و (10%) مقاومة للفانكومايسين وعلى ضوء النتائج اعلاه انتخبت العزلةI1 S.aureusوالمعزولة من حالات التهاب نخاع العظم لمقاومتها لجميع المضادات قيد الدراسة لاجل اعتمادها في اجراء التجارب اللاحقة.حددت قيم التركيز المثبط الادنى (MIC) للعزلة المنتخبة تجاه 8 مضادات حيث اظهرت قدرة عالية على مقاومة تراكيز مختلفة منها تراوحت بين (390-12500) مايكروغرام /مليلتر .واظهر العلاج الخلطي باستخدام مضادات مختلفة ومضاد الـفانكومايسين كان ذو تأثيرتاﹶزري عند الرجوع الى القيم القياسية المحددة لذلك FIC)).


Article
Effect of lysostaphin and crude extract of Salvia officinalis on local isolate Staphylococcus aureus I1 resistant to vancomycin
تأثير انزيم اللايسوستافين والمستخلص المائي لنبات الميرامية على العزلة المقاومة لمضاد الفانكومايسين Staphylococcus aureus I1 المحلية

Loading...
Loading...
Abstract

This study included determining the effect of lysostaphin enzyme, and crude extract of Salvia officinalis and the combination of the crude extract of Salvia officinalis with vancomycin, on growth of the S.aureus I1 isolate which is isolated from patients with osteomyelitis and resistant to vancomycin, the results showed that : water crude extract have many active compounds like glycosides, tannins, saponeins, flavonides, resins, volatiles oil, but no alkaloids were detected. The 15.25 mg/ml was the best concentration from crude extract of Salvia officinalis that inhibits growth of the isolate. The crude extract of Salvia officinalis increased in action of vancomycin in 260 times (in presence of 470 μg/ml) crude extract the concentration of lysostaphin 20μg/ml inhibits growth of S.aureus I1

تضمنت هذه الدراسة تحديد تأثير انزيم اللايسوستافين والمستخلص المائي الخام لنبات الميرامية لوحده و مع مضاد الـ vancomycin على نمو العزلةS.aureusI1 المعزولة من حالات التهاب نخاع العظم والمقاومة لمضاد الـ vancomycin ، اذ تــم استخـــلاص اورا ق نبات الميرامية مائيـاﹰ ووجـد انـه يحتوي علــى الكلايكوسيـدات والراتنجــــات والتانينات والصابونينيـات والفلافونات ولا يحتوي عـلى القلويــــدات واظهرت النتائج ان تركيز 15.25 مليغرام /مليلتر (يمثل قيمة الـMIC ) من المستخلص المائـــي الخام لنبات الميرامية قد ثبط نمو هذه العزلة مرئياﹰ ، و ان العلاج الخلطي باستخدام المستخلص الخام لنبات الميرامية ومضادالفانكومايسين ســبب زيادة فعالية مضاد الـفانكومايسيـــــن بمقدار 260 مرة (بوجود 470 مايكروغرام / مليلتر من المستخلص النباتي) ، في حين ان تركيز 20 مايكروغرام / مليلتر من انزيم اللايســـوستافين ثبط نمــو هـــذه العـــزلة .

Keywords


Article
GENETIC DIVERSITY AND RELATIONSHIPS AMONG IRAQI BARLEY CULTIVARS USING RAPD – PCR TECHNIQUE
التنوع و العلاقات الوراثية لأصناف الشعير المزروعة في العراق باستخدام تقنية RAPD – PCR

Loading...
Loading...
Abstract

This experiment is aimed to determine the genetic diversity and relationships among nine local barley varieties (Hordeum vulgare L.) by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. To achieve this, the seeds were sown in a germination cabinet under controlled environment at 20°C and a 16/8 hrs. light/darkness photoperiod. Total genomic DNA of barley plant was extracted from two different sources, from 2-3 g of fresh leaves by using CTAB method, The average yields of DNA were in the range of 1090-8550 μg /g of leaf tissue with purity of 1.5-1.9 , and also from dry seeds by using commercial kit, the DNA yield was 865-1035 μg/ mg of dry seed powder and a purity ranging 1.4-1.6. Eighteen random primers used in this study produced 177 bands across nine varieties. Of these bands, 106 bands or 60% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged 358-4818 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged 25-100%. It was also possible to find the DNA fingerprint of all studied barley varieties through the appearance of a number of bands that were unique to each variety that may be used in the future as cultivar specific marker. the most characteristic banding pattern was for each varieties with primer GB7. Genetic distances ranged from 0.13424 to 0.43789 among barley varieties. Cluster analyses were performed to construct a dendrogram among studied barley varieties. cluster analysis grouped the nine varieties into three main clusters depending on their ancestor and their morphological traits. The information generated from this study can be used in the future for barley breeding and improvement programs.

تهدف هذه التجربة إلى إيجاد التنوع الوراثي والعلاقات الوراثية بين تسعة أصناف من الشعير المزروعة في العراق (Hordeum vulgare ) باستخدام مؤشرات ألدنا في تقنية التضخيم العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة ألدنا. شملت خطوات الدراسة تنمية بذور الشعير في منبتات خاصة و تحت درجة حرارة 20° م و فترة ضوئية تراوحت بين8 / 16 ساعات ضوء ظلام .واستُخلص بعدها ألدنا المجيني Genomic DNA من الأوراق الفتية للبادرات المستنبتة من البذور باستخدام طريقة إل CTAB اذ تراوحت كمية ألدنا المستخلصة منها بين 1090-8550 مايكرو غرام لكل غرام وبنقاوة تراوحت بين 1.9-1.5 وكذلك من البذور الجافة باستخدام عدة العزل الخاصة باستخلاص دنا النباتات إذ تراوحت كمية ألدنا بين 865-1035 مايكرو غرام لكل ملي غرام من مسحوق البذور الجافة وتراوحت نقاوة ألدنا بين 1.6-1.4 . أنتجتْ 18 بادئ عشوائي استخدمت خلال الدراسة الحالية عدد من الحزم بلغ 177 حزمة خلال الأصناف التسع المدروسة و من بين هذه الحزم, 106 حزمة أَو 60 % كَانت متباينة. تراوح حجم الحزم المُضَخَّمة بين 358-4818 زوج قاعدي. أما قيم التباينات الوراثية لكُلّ بادئ فقد تراوحتْ بين 25-100 %. كذلك تم تحديد البصمة الوراثية لجميع أصناف الشعير المدروسة و ذلك من خلال ظهور عدد من الحزم الفريدة (Unique bands) لكل الأصناف. كان النمط الوراثي الأكثر تميزاً لجميع الأصناف مع البادئ GB7. أن قيم البعد الوراثي قد تراوح بين 0.13424 إلى 0.43789 بين أصناف الشعير. استخدمت التحليلات العنقودية لبِناء شجرة التنوع الوراثي بين أصناف الشعيرِ المدروسة. جمّعَ التحليلَ العنقوديَة الأصناف ألتسع في ثلاث مجاميع رئيسيةِ تَعتمدُ على سلفهم و صفاتهم المظهرية. يمكن ان تستخدم المعلومات المستنتجة مِنْ هذه الدراسةِ في برامجِ تربية وتحسين الشعير المستقبلية .

Keywords


Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients
التحري عن الطفرات الوراثية ضمن الجين GABRB3 و المرتبطة بالتوحد في مرضى توحد عراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to detect and identify genetic mutations in γ-aminobutyric acid receptor β3 subunit encoding gene (GABRB3) and its association with autism spectrum disorders. Forty autistic patients and 25 non-autistic as control group (5 unaffected sibling and 20 unrelated) with age range from 3 – 10 years were included in this study. Chromosomal DNA was extracted from blood samples followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of two targeted regions which include: (exon2-intron2-exon3) region and (exon 6) region of GABRB3 for subsequent DNA sequencing. Identical bands related to the targeted regions were present in all samples. A sample of PCR products of patients and controls were sequenced. Sequencing results revealed the presence of four different single nucleotide polymorphism (SNPs) in four autistic patients (one SNP in exon2, two SNPs in intron 1 and one SNP in the beginning of intron 3) while four different autistic samples and three from control group had no mutations along this region. Exon 6 showed 100 % sequence identity in all samples (seven autistic and three from control group). The translation of nucleotides sequences into amino acid sequence revealed that the SNP in exon 2 caused a change of amino acid in the polypeptide sequence by changing the codon (AGA) which codes for arginine to (AAA) which codes for lysine. The online software tool, RaptorX was used for the prediction of the three dimensional structure of the polypeptides in which exon 2 carrying one SNP (30 a.a.) showed that 5 (16%) positions predicted as disordered, while the structure prediction of polypeptide translated from exon 3 was not obtained due to its small length (22 a.a.). Structure prediction of polypeptide of exon 6 (46 a.a.) showed that (0%) positions predicted as disordered, considering its lack of mutations. These results suggest the association of the detected SNPs with autism, especially the SNP located in exon 2 considering that it changed the polypeptide three dimensional structure, thus it could possibly alter its function. All SNPs are reported for the first time in this study except the one in intron 3 (rs755863611) which was previously reported.

اجريت هذه الدراسة بهدف التحري عن الطفرات الوراثية في الجين GABRB3 الذي يشفر للوحدة الثانوية بيتا 3 ضمن مستقبل الحامض كاما- امينوبيوتيريك في مرضى طيف التوحد. شملت الدراسة اربعين طفل مصاب بالتوحد و خمس و عشرون اخرين غير مصابين بالتوحد كمجموعة سيطرة ( خمس منهم من اشقاء الاطفال المصابين بالتوحد و عشرون اخرون غرباء) بمعدل عمر يتراوح بين 3 – 10 سنوات. تم استخلاص الحامض النووي منقوص الاوكسجين DNA من عينات دم المشتركين بالدراسة ، و استعملت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR لتضخيم منطقتين ضمن الجين و هي (exon2-intron2-exon3) و (exon 6) و حدد تسلسل القواعد النتروجينية لهذه المناطق لعدد من العينات و لوحظ ظهور اربع تباينات فردية متعددة الاشكال للنيوكليوتيدة (SNP) في اربع عينات لمرضى التوحد (الاول ضمن المنطقة المشفرة exon 2 و اثنان ضمن المنطقة الغير مشفرة intron 1 و الاخير في المنطقة الغير مشفرة intron 3) في حين لم يلاحظ وجود اي تباين من نوع SNP ضمن هذه المناطق في اربع عينات لمرضى التوحد و ثلاث عينات من مجموعة السيطرة. أما بالنسبة للمنطقة المشفرة exon 6 ، فان تتابع القواعد النتروجينية جاء مطابقا بنسبة 100 % مع قاعدة البيانات NCBI ضمن هذه المناطق و لجميع العينات التي تم تحديد التتابع لها ( 7 عينات مرضى توحد و 3 عينات من مجموعة السيطرة ). كشفت عملية ترجمة تسلسل القواعد النتروجينية للاحماض الامينية المشفرة لها عن ان التباين ضمن منطقة exon 2 قد سبب حدوث تغيير في حامض اميني ضمن سلسلة الببتيد المتعدد حيث تغير الكودون (AGA) و الذي يشفر للحامض الاميني الأرجنين الى الكودون (AAA) و الذي يشفر للحامض الاميني اللايسين. استعمل برنامج RaptorX للتنبؤ بالتركيب الثلاثي الابعاد لسلاسل الببتيد المترجمة من كل من المناطق المشفرة و أظهرت نتائج التنبؤ وجود 5 مواقع (16%) غير منتظمة ضمن منطقة exon 2 والمكونة من 30 حامض اميني ، بينما لم تحتوي منطقة exon 6 و المكونة من 46 حامض اميني على اي مناطق غير منتظمة ضمن التركيب الذي تم التنبؤ به لكونها خالية من التباين او الطفرات، اما بالنسبة للمنطقة exon 3 فلكونها قصيرة السلسلة الببتيدية (22 حتامض اميني ) فانه يصعب الحصول على تنبؤ لتركيبها الثلاثي الابعاد .من خلال هذه النتائج يمكن الإشارة الى وجود ارتباط بين التباينات و مرض التوحد و خصوصا الطفرة ضمن المنطقة المشفرة exon 2 بعد الاخذ بالاعتبار كونها سببت حدوث تغيير في تسلسل الببتيد المتعدد و بالتالي تغيير التركيب ثلاثي الابعاد للبروتين مما قد يؤثر على وظيفته. تم التوصل لهذه التباينات (SNPs) لاول مرة ضمن هذه الدراسة ما عدا التباين (rs755863611) ضمن منطقة intron 3 .

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (12)


Language

English (9)

Arabic (3)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (3)

2017 (1)

2016 (1)

2015 (1)

More...