research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Spectral Properties, Reconstitution and Kinetics of Paracoccous denitrificans Isovaleryl-CoA Dehydrogenase
الصفات الطيفية وأعادة تشكيل وتقدير الثوابت الحركية لأنزيم Isovaleryl-CoA Dehydrogenase من بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222

Authors: Rafid M. Karim رافد محمد كريم --- Abdulkareem Jasim Hashim عبد الكريم جاسم هاشم
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 2A Pages: 886-892
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Isovaleryl CoA dehydrogenase (IVDH) is a flavoprotein that introduce a trans-double bond between C2 and C3 of the isovaleryl CoA substrate, an intermediate in leucine catabolism pathway. Interrogation of the Paracoccus denitrificans Pd1222 genome has identified Pden_3633 gene as a candidate to encode for IVDH. In previous study by Rafid et al (under the publishing), this putative IVDH was expressed in E. coli and purified as N-terminal Strep-tagged protein. In current study, spectral properties of the purified IVDH were conducted and the results showed that the enzyme was obtained as an apoprotein. For this reason, IVDH has been reconstituted by incubation with flavin adenine dinucleotide (FAD) and the experiment showed that the ratio 1: 20% (IVDH: FAD molar excess) was achieved fully reconstitution. Furthermore, kinetic parameters of the reconstituted IVDH were studied and the enzyme exhibited a specific activity for isovaleryl-CoA substrate while Vmax and KM were estimated to be 600 mU mg-1 and 7.13 μM respectively. Finally, gel filtration by using HiLoad 16/60 Superdex 200 column was performed to investigate the quaternary structure of the recombinant IVDH. An apparent molecular weight of 171640 Da was determined.

ينتمي انزيم Isovalery-CoA Dehydrogenase (IVDH) الى مجموعة flavoproteins والذي يعمل على ادخال اصرة مزدوجة نوع ترانس بين ذرتي الكاربون 2 و3 لمادة التفاعل Isovaleryl-CoA, وهو مركب وسطي ينتج خلال مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. تم خلال استجوات جينوم بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222 تشخيص الجين Pden_3633 على انه احد الجينات المرشحة للتشفير عن أنزيم IVDH. وفي دراسة سابقة استطاع رافد وجماعته (تحت النشر) من الحصول على ناتج تعبير هذا الانزيم المفترض في بكتريا E. coli ونقي كبروتين مرتبط N-terminal strep-tagged protein. تم التعرف في الدراسة الحالية على الصفات الطيفية للانزيم ودلت النتائج على انه بهيئة لب بروتين apoprotein لهذا السبب اعيد تشكيله من خلال الحضن مع FAD وأظهرت التجربة ان النسبة التي حققت أعادة تشكيل لكامل الأنزيم كانت 1: 20% (FAD: IVDH) مولار زيادة. كذلك قدرت الثوابت الحركية لأنزيم reconstituted IVDH, أذ أظهر الأنزيم فعالية نوعية تجاه مادة التفاعل isovaleryl-CoA وقد كانت قيم كل من ثابت ميكالس (Km) والسرعة القصوى (Vmax) 600 ملي وحدة/ ملغم و 7.13 مايكرومول على التوالي. وأخيرا تم التحري عن التركيب الرباعي للأنزيم المؤتلف IVDHبطريقة كروماتوكرافيا الترشيح بالهلام وبأستخدام عمود HiLoad 16/60 Superdex 200 أذ أظهر الأنزيم وزنا جزيئيا قدر ب 171640 دالتون.ينتمي انزيم Isovalery-CoA Dehydrogenase (IVDH) الى مجموعة flavoproteins والذي يعمل على ادخال اصرة مزدوجة نوع ترانس بين ذرتي الكاربون 2 و3 لمادة التفاعل Isovaleryl-CoA, وهو مركب وسطي ينتج خلال مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. تم خلال استجوات جينوم بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222 تشخيص الجين Pden_3633 على انه احد الجينات المرشحة للتشفير عن أنزيم IVDH. وفي دراسة سابقة استطاع رافد وجماعته (تحت النشر) من الحصول على ناتج تعبير هذا الانزيم المفترض في بكتريا E. coli ونقي كبروتين مرتبط N-terminal strep-tagged protein. تم التعرف في الدراسة الحالية على الصفات الطيفية للانزيم ودلت النتائج على انه بهيئة لب بروتين apoprotein لهذا السبب اعيد تشكيله من خلال الحضن مع FAD وأظهرت التجربة ان النسبة التي حققت أعادة تشكيل لكامل الأنزيم كانت 1: 20% (FAD: IVDH) مولار زيادة. كذلك قدرت الثوابت الحركية لأنزيم reconstituted IVDH, أذ أظهر الأنزيم فعالية نوعية تجاه مادة التفاعل isovaleryl-CoA وقد كانت قيم كل من ثابت ميكالس (Km) والسرعة القصوى (Vmax) 600 ملي وحدة/ ملغم و 7.13 مايكرومول على التوالي. وأخيرا تم التحري عن التركيب الرباعي للأنزيم المؤتلف IVDHبطريقة كروماتوكرافيا الترشيح بالهلام وبأستخدام عمود HiLoad 16/60 Superdex 200 أذ أظهر الأنزيم وزنا جزيئيا قدر ب 171640 دالتون.


Article
Cloning, Expression and Purification of Putative Isovaleryl-CoA Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans Pd1222
أستنسال وتعبير وتنقية الانزيم المفترض Isovaleryl-CoA dehydrogenase من بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222

Authors: Rafid M. Karim رافد محمد كريم --- Abdulkareem Jasim Hashim عبد الكريم جاسم هاشم
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 2B Pages: 1142-1149
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In Paracoccus denitrificans Pd1222 bacterium, Pden_3633 encoding gene has been nominated to encode for Isovaleryl CoA dehydrogenase (IVDH) [1], the enzyme which involve in leucine catabolism pathway. In this study, this putative IVDH was investigated. IVDH encoding gene from P. denitrificans Pd1222 in addition to desired features for cloning, expression and purification have been designed and synthesized. The synthetic coding sequence was expressed in Escherichia coli. The enzyme was purified as a Strep-Tagged protein with a total protein 220.5 mg. An apparent molecular weight of 42.9 kDa was determined on SDS gel. Amino acid alignment showed a very high similarity (91-96%) with corresponding IVDH from several other Paracoccus species. As for genera other than Paracoccus; Roseovarius mucosus, Catellibacterium nectariphilum and Oceanicola nanhaiensis recorded the highest similarity (85-86%), Suggesting that these mentioned species all have similar IVDH.

الجين Pden_3633 هو احد الجينات المرشحة للتشفير عن انزيم Isovaleryl-CoA dehydrogenase (IVDH) [1], احد الانزيمات المشاركة في مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. في هذه الدراسة تم التحري عن هذا الانزيم المفترض, اذ تم تصميم وتصنيع جين IVDH من P. denitrificans Pd1222 ليشتمل على الصفات المرغوبة للأستنسال والتعبير والتنقية. تم الحصول على ناتج تعبير التتبعات الصناعية في بكتريا E. coli. نقي الانزيم كبروتين مرتبط Strep-Tagged IVDH بقيمة بروتين كلي 220.5 ملغم, كما اظهر الانزيم وزنا جزيئيا قدر ب 42.9 كيلو دالتون على هلام SDS. أظهر تطابق الأحماض الأمينية تشابهات عالية جدا مع انزيمات IVDH المفترضة في العديد من أنواع Paracoccus (% 91-96), اما بالنسبة للأنواع من غير جنس Paracoccus فقد سجلت كلا من Roseovarius mucosus و Catellibacterium nectariphilum و Oceanicola nanhaiensis أعلى نسب تشابهات (% 85-86 ) مما يوحي بأن جميع هذه الانواع المذكوره لها IVDH متشابه.


Article
Decolorization of textile dyes by partially purified Pleurotus ostreatus laccase
Pleurotus ostreatus ازالة اصباغ النسيج بوساطة انزيم اللاكييز المنقى جزئيا من العزلة

Loading...
Loading...
Abstract

Pleurotus ostreatus produced 2.93 U/mg of laccase in solid state fermentation (SSF) using barley bran as substrate under optimum conditions. The optimum SSF conditions were: pH 6.5; temperature, 25Cº; inoculums size 3.5 mm and moisture content, 1:1.5 w/v. Laccase was partially purified 8.29 fold with specific activity 17.5 U/mg by ion exchange chromatography after curd enzyme concentrated by dialysis against the solid sucrose. Partially purified laccase had an optimum pH of 6.5 and was stable in the pH range from 6.5 to 7.5. The optimum temperature was 45 Cº and it displayed considerable stability within the range 15 to 45 Cº with 1h incubation as well as The ability of partial purified laccase to decolorize of textile dyes showed that the blue H3R dye was completely decolorized in all concentrations within first min while yellow FG and red 3B dyes were decolorized in different percentage.

الفطر Pleurotus ostreatus ينتج 2.93 وحدهملغم من انزيم اللاكيز في تخمرات الحاله الصلبه باستخدام نخالة الشعير كمادة أساس تحث ظروف مثلى . الظروف المثلى باستخدام تخمرات الحاله الصلبه كانت: الداله الحامضية 6.5, درجة الحراره 25م , حجم اللقاح 3.5ملم و محتوى الرطوبة 1:1.5 وزنحجم. انزيم اللاكيز تم تنقيته جزئيا 8.29 مرات بفعالية نوعية 17.5 وحده ملغم باستخدام كروموتوغرافيا التبادل الايوني بعد تركيز الانزيم الخام باستخدام الفرز الغشائي باتجاه السكروز. الدالة الحامضية لانزيم اللاكيز المنقى جزئيا هو 6.5 وثباتيته تتراوح بين 6.5-7.5. درجة الحراره المثلى للانزيم 45م وأظهر ثباتيه كبيره ضمن الدرجات 15-45م بفترة حضن ساعه واحده. قابلية انزيم اللاكيز المنقى جزئيا على ازالة الصبغات المعقده أظهرت ان الصبغه الزرقاء H3R تمت ازالتها بصورة كامله في التراكيز خلال الدقيقة الاولى بينما الصبغة الصفراء FGوالحمراء 3Bتمت ازالتها بنسب مختلفة .

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (3)


Year
From To Submit

2016 (2)

2014 (1)