research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Molecular epidemiology analysis of Salmonella enterica serotype Typhi used Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE)
التحليل الوبائي الجزيئي لبكتريا Salmonella enterica serotype Typhi بأستخدام جهاز الترحيل الكهربائي ذا الحقل النبضي

Loading...
Loading...
Abstract

Strain typing is an integral part of molecular epidemiology used to discern the clonality of Salmonella Typhi involved in local epidemics. The purpose of this study is to identify sporadic Salmonella enterica serotype Typhi by conventional and molecular methods that include characterization by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) and to present molecular epidemiology analysis. Thirty isolstes of Salmonella typhi from sporadic clinical cases of typhoid fever were obtained. They represent cases from Baghdad, Basra, Babylon and Diala provinces during the period between June 2005 to July 2006. Two biotypes were obtained, 26 isolates under biotype I and four under biotype II. Two antibiogram patterns were obtained: twenty-nine isolates were susceptible to all antibiotic used while the remaining isolate was of different pattern. Plasmid profiling allowed little or no differentiation amongst these isolates. Only 4 (13.3%) isolates were found to contain plasmids which were of three patterns, the majority of strains 26 (86.7%) isolates did not show any plasmid. BOX-PCR fingerprinting has revealed 9 distinct patterns.Cluster analysis by UPGMA based dendrogram revealed six clusters with 90% similarity. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of digested chromosomal DNAs from these Salmonella Typhi isolates was performed using the restriction endonucleases XbaI (5'-TCTAGA-3') and SpeI (5'-ACTAGT-3'). XbaI-based analysis was superior to SpeI restriction patterns. PFGE fingerprinting with XbaI restriction have yielded sixteen distinct patterns. Cluster analysis by UPGMA based dendrogram revealed seven clusters with 90% similarity. PFGE fingerprinting with the comparative use of the XbaI and SpeI endonucleases have proved high discriminatory value to other molecular methods and a helpful tool for the epidemiological typing of Salmonella Typhi isolates.

تم الحصول على ثلاثين عزلة لبكتريا Salmonella enterica serotype Typhi من محافظات مختلفة من العراق شملت بغداد ، بابل ، البصرة، ديالى من عينات دم لمرضى يعانون من حمى التايفوئيد , شخصت العزلات في مختبرات الصحةالعامة المركزي خلال الفترة الزمنية المحصورة بين حزيران2005 و تموز2006 . التنميط المظهري شمل على التنميط الحيوي Biotype باستخدام عدة التشخيص API 20E حيث تبين وجود نمطين من انماط الحياتية تضمن الاول26 عزلة بنسبة % 86.7 بينما الثاني تضمن 4 عزلات بنسبة %13.3. التنميط الاخر و المعتمد على حساسية العزلات للمضادات الحياتية، اظهر أن 29 عزلة كانت حساسة لجميع مضادات الحياة المستعملة و هيamikacin, ampicillin, ceftriaxone, ciprofloxacin, gentamicin) chloramphenicol, tetracycline, trimethoprim-sulfamethoxazole, nalidixic acid ) بينما أظهرت أن عزلة واحدة مفاومة ل nalidixic acid مما يتبين وجود نمطين من انماط التثبيط الحياتي و كان النمط الاول بنسبة%96.7. التنميط الجيني شمل على المحتوى البلازميديplasmid profile لقد تبين ان هذه الطريقة لم تظهر اختلافات بين العزلات و التي يمكن اعتمادها لغرض المقارنة ولتحديد الانماط والكشف عن مدى التشابه وبائيا بينها، و قد لوحظ وجود 4عزلات فقط تمتلك لبلازميدات و بثلاث أنماط مختلفة بينما 26 عزلة عدم امتلاكها للبلازميدات.استعملت تقنية BOX-PCR للكشف عن مدى تكرار مناطق بين الجينات ومدى اختلافها بين العزلات و قد لوحظ تكرار حزم من DNAتراوح عددها من 11-2 حزمة و بحجم جزيئي يتراوح ما بين 1500-200 زوج فاعدي و حيث تم الحصول على 9 انماط مختلفة و بينت نتائج التحليل الاحصائي ان معامل التشابه Dice Coefficient كان 1-0.33 . تم تحليل البيانات اعتماداً على UPGM حيث اظهرت نتائج التحليل التجميعي , بأن نسبة التشابة %90 لستة مجاميع و وجود علاقة بين هذه المجاميع وقد تمت مناقشتها من الناحية الوبائية. اعطى التحليل الكروموسومي بواسطة جهاز الترحيل الكهربائي ذا الحقل النابض ( Electrophoresis (Pulsed Field Gel توزيعا مناسبا للقطع الكروموسومية المهضومة بواسطة الانزيمين القاطعين XbaI وI Spe و ظهر الانزيم الاول تفوقا بشكل واضح حيث اعطى 16 نمطا بينما تم الحصول على 5 انماط للانزيم الثاني. اظهرت نتائج تقطيع الكروموسوم بانزيم XbaIاحتواء الانماط لعدد من الحزم تراوحت 15-2 حزمة من DNA من مجموع العزلات بحجم جزيئي يتراوح ما بين 550-50كيلو زوج قاعدي و بينت نتائج التحليل الاحصائي ان معامل التشابه Dice Coefficient كان 1- 0.13 و تم تحليل البيانات اعتماداً على الـ UPGMA نسبة التشابة %90 لسبعة مجاميع و لوحظ وجود اختلاف جيني كبير بين عزلات ا لبكتريا مع امتلاك هذه العزلات لنفس النمط المصلي خلال مدة العزل والاماكن مختلفة وهذا يدل على وجود علاقة وبائية بين العزلات. ان تقنية الترحيل الكهربائي في الحقل النابض المعتمد على هضم الدنا بواسطة انزيمين هاضمين قد اظهرت تفوقا واضحا في التفريق بين العزلات المدروسة و هذا التفوق راجع الى دراسة المقارنة لنتائج هظم الدنا بانزيمين مختلفين. وبهذا اثبتت هذه الطريقة فاعليتها كوسيلة تنميط وبائية مقارنة بالطرق الاخرى مثل الكشف عن المحتوى البلازميدي .


Article
Multiplex PCR for Identification of Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A by Selective Amplification of tyv, prt, viaB, fliC-d and fliC-a Genes
استخدام تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا لكشف بكتريا Salmonella enterica serovars Typhi و Paratyphi A بالتحري عن الجينات tyv, prt, viaB, fliC-d, fliC-a

Loading...
Loading...
Abstract

Salmonellosis is responsible for large number of infections in both human and animals. Salmonella enterica serovar Typhi is a causative agent of typhoid fever and Salmonella enterica serovar Paratyphi A is a causative agent of paratyphoid fever. Conventional methods of isolation of Salmonella strains take 4-6 days to complete and are therefore laborious and require substiantial manpower. Therefore development of a PCR assay that can target multiple genes for rapid detection of S. Typhi and S.Paratyphi A. Methods: Synthetic primers for O, H, and Vi antigen genes, tyv , prt , fliC-d, fliC-a, and viaB, were used for the rapid identification of S. Typhi and Paratyphi A with Multiplex PCR. Results: All the clinical isolates examined were accurately identified by this PCR technique, that differentiated S. Typhi and Paratyphi A, based on size and number of amplified fragments. S. enterica serovar Typhi, yielded four bands of tyv(tyvelose epimerase gene, 615bp),prt (paratose gene, 258bp),flic-d(phage-1 flagellin gene for d- antigen 750bp) and viaB ( vi antigen gene, 439bp); S.enterica serovar Paratyphi A yielded only two bands prt (paratose gene, 258bp) and flic-a (phage-1 flagellin gene for a- antigen 329bp). Conclusion: These data indicate that multiplex PCR is a potentially valuable tool for rapid diagnosis of Salmonella enterica serovar Typhi and Paratyphi A from clinical isolates.

السالمونيلا تايفي هو العامل المسبب لحمى التيفوئيد والسالمونيلا باراتايفي هو العامل المسبب لحمى الباراتايفي .تم تشخيص و تفرقة هذه العزلات على المستوى الجزيئي لغرض تقليل الوقت و الكلفة في تشخيص لحمى التايفوئيد و الباراتايفي, باستخدام تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا Multiplex-PCR)) و الذي سيزيد من امكانية التشخيص المتكامل السريع لهذه البكتريا حيث تم التحري عن وجود او غياب خمسة أنواع من جينات هذه البكتريا (, ViaB tvy , prt, fliC-d, flic-a). طريقة العمل: صممت بادئات تركيبية لمستضدات O و Hوvi و المشفرة لجينات ، tyv، prt، flic-d،flic-a، وviaB، و قد أستخدمت هذه البادئات للكشف السريع عن السالمونيلا تايفي مع السالمونيلا باراتايفي باستخدام تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا Multiplex-PCR)). النتائج: أظهرت النتائج دقة البادئات في الكشف عن الجينات المدروسة في جميع العزلات السريريةباستخدام هذه التفنية مما تمكنا من التفريق بين السالمونيلا تايفي والسالمونيلا باراتايفي، استنادا إلى حجم وعدد من الحزم المضخمة. فبالنسبة للسالمونيلا تايفي، أظهرت أربعة حزم من) tyv tyvelose epimerase جين ، 615bp) ، prte paratose) جين ،(258bp ، flic-d (بالعاثية-1 جين flagellin للمستضد (750bp وviaB ( viمستضد الجينات، ; (439bp و بالنسة للسالمونيلا باراتايفي أظهرت فقط حزمتين prt) paratose جين، ( 258bp و flic-a (بالعاثية-1 جين flagellin عن مستضد (329bp .الاستنتاج: هذه البيانات تشير إلى أن تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا Multiplex-PCR))هي تقنية ذات قيمة عالية للتشخيص السريع لبكتريا السالمونيلا تايفي والسالمونيلا باراتايفي من العزلات السريرية.


Article
Genotyping of High-risk Human Papilloma virus (HPV) among Iraqi women in Baghdad by Multiplex PCR
كشف فايروس الورم الحليمي البشري عالية الخطورة بين النساء العراقيات في بغداد باستخدام تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

Human papilloma virus (HPV) infection is a causative factor for cervical cancer. Early detection of high risk HPV types might help to identify women at high risk of cervical cancer. The aim of the present study was to determine the occurrence ofhigh risk HPV infection in population of Iraqi women in Baghdad by using Multiplex PCR determine the percentage and genotyping of Human Papilloma Virus and to put the best prevention and control program in Iraqi women. Study started at January 2009 to March 2010, cervical samples were collected from 856 women aged 16–70. HPV DNA amplification was performed using HPV High Risk Typing PCR Kit test for qualitative detection and genotyping of HPV types 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 56, 58, 59, 66 in the cervical swabs. HPV was detected in 106 ( 12,38% ) of the study population, with a range of 16-70 years age groups. Results showed that the overall HPV prevalence twelve genotypes were identified, including HPV-33 (18.60%), HPV-35 (18.60%), HPV-56 (18.60%) ,HPV-39(10.85%), HPV-52 (10.08%), HPV-18 (7.75%), HPV-16 (4.65%), HPV-59 (4.65%), HPV-58(2.32%), HPV-31 (1.55%), HPV-45(1.55% ) and HPV-66( 0.77%). Of 856, 218 women was also tested by pap smear , with normal cytology was 198 ( 90.83%), 24(12.12%) of them were HPV positive, those with abnormal cytology was 20 (9.17 %), 5( 25%)of them was HPV positive. In this study unlike other epidemiological studies, HPV33,35,56 was the most frequent type (55.8%) in Baghdad, followed by HPV39, HPV52, HPV18, HPV16.

فايروس الورم الحليمي البشري (HPV) هوالعامل المسبب لسرطان عنق الرحم، وان الكشف المبكر عن أنواع فايروس الورم الحليمي البشري عالي المخاطر قد تساعد على تحديد النساء المعرضات عالية الخطورة من سرطان عنق الرحم. وكان الهدف من هذه الدراسة لتحديد خطر حدوث عدوى فايروس الورم الحليمي البشري في عدد السكان من النساء العراقيات في بغداد باستخدام PCR لتحديد نسبة والتنميط الجيني لفايروس الورم الحليمي البشري(HPV) ووضع أفضل برنامج للوقاية والسيطرة على المرض، بدأت الدراسة في كانون الثاني 2009 إلى مارس 2010، تم جمع عينات من عنق الرحم من856 امراة والتي تتراوح أعمارهم بين -1670 سنة، وتم إجراء كشف فايروس الورم الحليمي البشري HPV DNA باستخدام تقنية تفاعل التضاعف المتعدد لسلسلة الدنا (Multiplex- PCR) للكشف النوعي والتنميط الجيني لأنواع فايروس الورم الحليمي البشري 16، 18، 31، 33، 35، 39، 45، 52، 56، 58، 59،66 في مسحات عنق الرحم. النتائج: فيروس الورم الحليمي البشري تم الكشف106 (12.38)% حالة من الدراسة الحالية، مع مجموعة واسعة من الفئات العمرية 16-70 سنة. وأظهرت النتائج أن معدل انتشار فايروس الورم الحليمي البشري (الاثنى عشر من الأنماط الجينية ): فيروس الورم الحليمي البشري (18.60%) 33-، فيروس الورم الحليمي البشري35- (18.60%)، فيروس الورم الحليمي البشري(18.60 %) 56-، فيروس الورم الحليمي البشري (10.85 %) 39 - فيروس الورم الحليمي البشري 52 (10.08%) ، فيروس الورم الحليمي البشري18- (7.75%) فيروس الورم الحليمي البشري16- (4.65%) فيروس الورم الحليمي البشري59- (4.65%) فيروس الورم الحليمي البشري (2.32%)58 -، فيروس الورم الحليمي البشري %) 31- (1.55فيروس الورم الحليمي البشري45- (1.55%) وفيروس الورم الحليمي البشري66- (0.77%) من 856. تم اختبار218 امرأة أيضا عن طريق مسحة pap smear وقد اظهرت النتائج ان 198 (90.83%) كانت حالة الطبيعية, 24 (12.12%) منهم كانت إيجابية لفيروس الورم الحليمي البشري و20 (9.17% ) كانوا حالة غير طبيعية, 5%) (25 منهم كانت إيجابية لفيروس الورم الحليمي البشري. في هذه الدراسة على عكس الدراسات الوبائية الأخرى 56، 35 ، HPV33، كان النوع الاكثر شيوعا (55.8%) في بغداد، تليها HPV-39 ، HPV-52، HPV-18،HPV-16 .

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (3)


Year
From To Submit

2015 (1)

2014 (2)