research centers


Search results: Found 2

Listing 1 - 2 of 2
Sort by

Article
Detection of Pseudomonas aeruginosa in Clinical Samples Using PCR Targeting ETA and gyrB Genes
الكشف عن السلالات المرضية لبكتريا Pseudomonas aeruginosa باستهداف جيني الضراوة ETA و gyrB

Authors: Khulod Ibraheem Hassan خلود ابراهيم حسن --- Saman Rafeeq Abdullah سامان رفيق عبدالله
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2018 Volume: 15 Issue: 4 Pages: 401-405
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Pseudomonas aeruginosa has variety of virulence factors that contribute to its pathogenicity. Therefore, rapid detection with high accuracy and specificity is very important in the control of this pathogenic bacterium. To evaluate the accuracy and specificity of Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, ETA and gyrB genes were targeted to detect pathogenic strains of P. aeruginosa. Seventy swab samples were taken from patients with infected wounds and burns in two hospitals in Erbil and Koya cities in Iraq. The isolates were traditionally identified using phenotypic methods, and DNA was extracted from the positive samples, to apply PCR using the species specific primers targeting ETA, the gene encoding for exotoxin A, and gyrB gene. The results of this study indicate that 100% of P. aeruginosa isolates harbored the gyrB gene, whereas 74% of these isolates harbored ETA gene. However, the specificity of PCR for detection of P. aeruginosa based on the both genes was 100%, since no amplified product obtained using DNA extracted from other bacterial species. Hence by considering the importance of rapid detection of this bacterium due to the presence of problems in biochemical methods, PCR targeting multiple virulence genes is suggested in identification of pathogenic strains of P. aeruginosa isolated from some infections which should speed diagnosis of an antimicrobial therapy.

تمتلك بكتريا Pseudomonas aeruginosa مجموعة متنوعة من عوامل الضراوة التي قد تساهم في قدرتها المرضية، لذلك فإن الكشف السريع بدقة عالية يلعب دورا حاسما في السيطرة على هذه البكتيريا المسببة للأمراض. ان الهدف من هذه الدراسة هو تقييم دقة تقانة تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) ، باستهداف جيني ETA و gyrB ، وذلك للكشف عن السلالات المرضيه لبكتريا P. aeruginosa. وولتحقيق ذلك ، تم أخذ 70 مسحة من المرضى المصابين بالجروح الملتهبة، والحروق من مستشفيين في مدينتي أربيل وكويا في العراق . شخصت العزلات باستخدام الطريقة التقليديه المعتمدة على الصفات المظهريه والصفات الكيموحية، بعدها استخدمت الطرق الجزيئيه في التشخيص بعد استخلاص الحمض النووي من العينات الموجبة للصفات السابقة، وذلك لتطبيق تفاعل اتفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) باستخدام البادئات النوعية المحددة للنوع والتي تستهدف الجين ETA والجين الـ gyrB . اظهرت نتائج هذه الدراسة إلى وجودحزمة تمثل القطعة المتضاعفة من الجينgyrB في جميع العينات المدروسة في حين تم الكشف عن وجود الجين ETA في 74% من العينات عند تطبيق تفاعلاتPCR . إلا أن تخصص ال PCR وباستهداف كلا الجينين لتشخيص بكتريا P. aeruginosa كانت 100٪ وذلك بسبب عدم الحصول على اي قطعه متضاعفة باستخدام DNA المستخرج من أنواع بكتيرية أخرى ، لذلك و لاهميه الكشف السريع عن هذه البكتيريا بسبب وجود مشاكل في الطرق التقليديه البطيئة تعد تقنيةPCR التي تكشف عن اكثر من جين ضروريه جدا في تشخيص السلالات المرضية من P. aeruginosa والتي تساهم بدورها في تحديد المضاد البكتري الفعال لتلك البكتريا.


Article
Assessment of Taxonomic Relationship Between Some Taxa of Clinopodium, Hymenocrater. and Melissa of Lamiaceae in Iraqi Kurdistan Region using RAPD Marker
تقدير العلاقة الوراثية بين بعض المراتب لتصنيفية لاجنا التابعة لعائلة ال Melissa وال Clinopodium ، Hymenocrater في اقليم كردستان العراق باستخدام مؤشرات ال Lamiaceae RAPD

Loading...
Loading...
Abstract

To resolve genetic relationships among traditionally recognized taxa at the molecular level, , Random Amplified Polymorphic DNA( RAPD) marker was used for Taxonomic relationship and genetic diversity among six taxa of Lamiaceae family including four taxa of Clinopodium (C. vulgare subsp. vulgare, C. congstum, and C. umbrosum) and two taxa of Hymenocrater (H. longiflorus, H. bitiominosus) and one of (Melissa Melissa officinalis subsp. officinalis) some were described for the first time in Kurdistan region of Iraq. DNA was extracted from the leaves of these taxa, using a modified protocol because these kinds of plants are having polyphenols and other secondary metabolites which directly or indirectly interfere with the enzymatic reactions. Only five primers from the ten universal primers of RAPD analysis gave reproducible polymorphic bands among the studied taxa . Out of thirty bands produced seventeen were monomorphic and the rest were polymorphic, which can be used to discriminate between the studied taxa. There were monomorphic bands within the species of the genus Clinopodium which shared all the amplified products (except one) using the ten primers in this study. The presence of specific band in any taxa , indicates the genetic distinctness of them so as the missing bands in one taxa , which may be used in the taxa differentiation. Species of Hymenocrater have the most sharing bands and discriminating from the other studied genera using RAPD marker and so was Melissa officinalis subsp. officinalis, which have unique profile and discriminated from the other studied taxa using RAPD marker.

لايجاد العلاقة الوراثية بين سبعة مراتب تصنيفية تابعة لعائلة ال Lamiaceae على المستوى الجزيئي تم اعتماد التفاعل التضاعفي العشوائي لسلسة ال DNA اي ال RAPD والتي شملت ثلاثة مراتب من الجنس ال (C. Clinopodium vulgare subsp. vulgare, C. congstum, C. vulgare subsp. arundanum) ونوعين من ال Hymenocrater (H. longiflorus, H. bitiominosus) ونويع واحد من الجنس Melissa (Melissa officinalis subsp.fficinalis ) , والتي بعضها تدرس لاول مرة في اقليم كوردستان العراق . تم استخلاص ال DNA من العينات باستخدام طريقة معتمدة على مادة ال CTAB وذلك لاحتواء هذا النوع من النباتات ذات الاستخدامات الطبية على كمية عالية من المواد الفينولية والتي تتداخل مع تفاعلات ال PCR اللاحقة . خمسة بادئات من البادئات العشرة المستخدمة في تطبيقات ال RAPD اعطت نتائج متباينة بين المراتب المدروسة ,حيث من مجموع ثلاثون حزمة (قطعة دنا متضاعفة) سبعة عشر حزمة كانت متشابهة والبقية اي ثلاثة عشر حزمة كانت متباينة بين المراتب التصنيفية المدروسة والتي استخدمت للتمييز بينها .اذ تم الحصول على حزم مشتركة بين المراتب التصنيفية التابعة للجنس الواحد كتلك المراتب التابعة للجنس Clinopodium وكذلك بين الانواع التابعة للجنس Hymenocrater والتي اشتركت بجميع الحزم الناتجة باستخدام جميع البادئات عدا حزمة واحدة .ان وجود حزمة معينة في مرتبة تصنيفية معينة فقط يدل على تميزتلك المرتبة عن باقي المراتب المدروسة كذلك غياب حزمة معينة عنها يدل على تميزتلك المرتبة عن باقي المراتب المدروسة كذلك غياب حزمة معينة عنها يدل على تميزها وقد امكن ايجاد حزم معينة لتمييز الانواع التابعة للجنس Hymenocrater عن باقي المراتب التصنيفية وكذلك امكن تميز النويع التابع للجنس Melissa بغياب حزمة مميزة فيها باستخدام مؤشرات ال RAPD .

Listing 1 - 2 of 2
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (2)


Language

English (2)


Year
From To Submit

2018 (1)

2016 (1)