research centers


Search results: Found 14

Listing 1 - 10 of 14 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Genetic aspects of Ambler class C, extended spectrum and metallo-beta-lactamases among beta-lactam resistant Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia

Author: Mushtak T. S. AL-Ouqaili مشتاق طالب
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2005 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 40-47
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Objective : To detect the role of Ambler class C(AmpC), Extended Spectrum (ESBL) and metallo-B-lactamases in the resistance of Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia to P-lactams and whether the genetic expression of these enzymes are encoded by conjugative plasmids DNA or chromosomal DNA .Method : The National Committee for Clinical Laboratory standard AmpC and ESBLs screening and phenotypic confirmatory tests were performed for 25 isolates of Escherichia coli and 18 isolates of Klebsiellae pneumonia . Plasmid profile analysis and curing experiments were performed . Plasmid DNA recombination for resistant genes was carried out by conjugation . Results : Initially, 17(68.0%), 11(61.1%) isolates off coli and K pneumonia respectively demonstrated a clavulanic acid (CA) effect by double disk synergy and 15(60.0%), 10(55.6%) isolates of Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia respectively demonstrated a CA effect by broth microdilution technique . The genes encoding for ESBL in 13 (86.7%), 9(90.0%) isolates of ESBL producing Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia respectively were carried by conjugative plasmids while this genetic elements were encoded for 3(30.0%), 3(37.5%) of AmpC plasmids isolates of Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia respectively . Further, the resistant genes encoding for metallo-p-lactamase in one isolate of Escherichia coli was carried by conjugative plasmid. Conclusions: The study concluded that ESBLs and AmpC cephalosporinases play an essential role in the resistance of Escherichia coli and Klebsiellae pneumonia to P-lactams and in the lesser extent metallo-p-lactamase. Further, isolation of plasmid DNA revealed that most of the isolates examined harbored more than one plasmid Furthermore, conjugative plasmids were found to be the main genetic elements encoding for ESBLs produced by Escherichia coli followed by Klebsiellae pneumonia and the lesser extent to AmpC producing strains of the same bacteria respectively while the B-lactamases production for the remaining isolates is suggested to be under non-conjugative plasmids or chromosomal control .

ان الهدف من هذه الدراسة هو لتحديد دور انزيمات البيتالاكتاميز من نوع امبلر صنف C والميتالو في بكتيريا الايشيريشيا القولونية المقاومة لمضادات البيتالاكتام والعناصر الوراثية المشفرة لإنتاجها . انجزت اختبارات المسح الاولية والاختبارات المظهرية التأكيدية المعتمدة من قبل الجمعية الدولية للمقاييس المختبرية السريرية لـ25 عزلة للايشيريشيا القولونية و15 عزلة للكبسيلا الرئوية . تم اجراء تقنيات عزل البلازميدات وتحييدها . اجريت عملية نقل البلازميدات بطريقة الاقتران الوراثي . اظهرت النتائج بأن 17(68%) 11(61%) من عزلات الايشيريشيا القولونية والكبسيلا الرئوية على التوالي تأثير حامض الكلافيولانك بطريقة تازر الاقراص الثنائية فيما اظهرت 15(60%) و10(55.6) هذا التأثير بواسطة التخافيف الدقيقة في المرق المغذي. ان الجينات المسؤولة عن انتاج انزيمات البيتالاكتاميز واسعة النطاق لـ13 (86.7%) و9(90%) من عزلات الايشيريشيا القولونية والكبسيلا الرئوية المنتجة لهذا النوع من الانزيمات كان محمولاً بلازميدات اقترانية فيما شفرت هذه البلازميدات شفرت لـ3 (30%) , 3(37.5%) من العزلات اعلاه المنتجة لأنزيمات امبلر صنف C وعزلة واحدة من الايشيريشيا القولونية المنتجة لأنزيم الميتالوبيتالاكتاميز . تستنتج الدراسة بأن انزيمات البيتالاكتاميز الواسعة النطاق , امبلر صنف C تلعب دوراً اساسياً في مقاومة للايشيريشيا القولونية والكبسيلا الرئوية لمضادات البيتالاكتاميز كذلك فقد وجد بأن البلازميدات الاقترانية كانت العنصر الوراثي الرئيسي المشفر لأنزيمات البيتالاكتاميز واسعة النطاق وبدرجة اقل لأنزيمات امبلر المنتجة من قبل عزلات الدراسة . اظهرت الدراسة بروز عزلة مقاومة لمضادات البيتالاكتام منتجة لأنزيمات الميتالولاكتاميز بواسطة بلازميد اقتراني .


Article
Crystalline biofilm produced by Proteus mirabilis: an overview on their formation assays and antimicrobials interaction
الغشاء الحيوي البلوري المنتج من بكتريا المتقلبات :- نظرة عامة عن طرق تكوينه وتداخله مع المضادات الماياكروبية

Authors: Shaymaa H.M. Al-Kubaisy --- Mushtak T.S. Al-Ouqaili
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2008 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 33-42
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract:
Objective: The aim of this study was to detect biofilm formation by study isolates of Proteus mirabilis qualitatively and quantitatively. Furthermore, depending on minimal inhibitory concentration (MICs) value and in term of biofilm inhibitory concentration (BIC) and minimal biofilm eradication concentration (MBEC), biofilm antimicrobial susceptibility test for selected antimicrobial agents against the study isolates was detected.
Patients and methods: Qualitative biofilm formation assays (tube method and Foley-catheter assay) and quantitative assay by spectrophotometric method with ELISA reader were achieved against 15 isolates of Proteus mirabilis. Planktonic and biofilm antimicrobial susceptibility tests were performed.
Results: Out of 15 isolates of Proteus mirabilis, biofilms were produced in all these isolates (100%) in both of tube and Foley-catheter method. In the spectrophotometric method, our results showed that, all study isolates produced biofilm strongly in the glucose-supplemented media. Our result showed that minimal inhibitory concentrations were 12.5 ±10.1 µg/ml, 46.4 ±23.7 µg/ml and 9.6 ±3.3 µg/ml for ciprofloxacin, piperacillin and amikacin respectively against logarithmic phase planktonic cells of Proteus mirabilis. Also, biofilm inhibitory concentrations and minimal biofilm eradication concentrations for selected antimicrobial agents were reached 50-100 X folds higher than MICs to inhibit and eradicate Proteus mirabilis biofilm.
Conclusion: It is suggested that biofilm production was affected by the presence of glucose in the culture media. Furthermore, in biofilm antimicrobial susceptibility test, the biofilm producer isolates of Proteus mirabilis required 50-100 X folds higher than MIC for the same isolates at planktonic state to inhibit and eradicate bacterial biofilm from the surface of catheters.
Key words: Crystalline biofilm, formation, antimicrobial interaction.

أن هدف الدراسة هو تحديد تكوين غشاء الغشاء الحيوي في عزلات الدراسة من المتقلبات Proteus mirabilis كمًا ونوعًا بالإضافة إلى تحديد حساسية البكتريا المنتجة للغشاء الحيوي للمضادات الميكروبية من خلال مقاييس التراكيز المثبطة والمزيلة للغشاء الحيوي. تم عزل 25 عزلة من المرضى الراقدين في مستشفى الرمادي العام. تم قياس تكوين الغشاء الحيوي بطريقتين الطريقة النوعية (طريقة الأنابيب) والطريقة الكمية (المطياف الضوئي باستخدام قارئ الاليزا) والتي أنجزت تحت ظرفين تجريبين (لوسط المغذي المعزز بالكلوكوز والوسط المغذي الخالي من الكلوكوز). أظهرت النتائج إن عزلات الدراسة كانت منتجه للغشاء الحيوي بنسبة 100%. في كلا الطريقتين النوعية وهكذا الحال بالطريقة الكمية . أظهرت النتائج بان التراكيز المثبط الأدنى ( (MIC للسبروفلوكساسين والببراسيلين والاميكاسين لعزلات الدراسة كانت µg/ml 12.5 ±10.1, µg/ml 46.4 ±23.7 and 9.6 ±3.3µg/ml مايكروغرام/مل على التوالي فيما احتاجت التراكيز المثبطة للغشاء الحيوي والمزيلة له من خمسين الى مائة ضعف التركيز المثبط الأدنى المقاس في الجزء السابق من الدراسة. عزلات التي خضعت للدراسة من المتقلبات كانت منتجه لتكوين الغشاء الحيوي بكل الطرق المستخدمة الكمية والنوعية والأخيرة أظهرت دقة عالية جدا في تحديد الالتصاق البكتيري على سطح الأطباق ونوصي باستخدامها في حين كانت التراكيز المثبطة والمزيلة للغشاء الحيوي المطلوبة من خمسين إلى مائة ضعف التراكيز المثبطة الدنيا لإزالة الغشاء الحيوي للبكتريا الملتصقة على سطوح الأطباق.

Keywords


Article
Urinary tract infection : Significant bacteruria and candiduria in diabetics and non-diabetic patients

Authors: Mushtak T.S. AL-ouqaili --- Evan L.K. Al-Kaki
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2005 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 34-39
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

and their susceptibility tests to selected antimicrobials in both diabetics and non-diabetic patients. Methods : A total of 134 urine specimens, 66(49.3%) were obtained from patient admitted to Ramadi General Hospital in Ramadi and 68(50.7%) from the community setting during the period from April to September 2002. General Urine Analysis and semi-quantitative culture technique of urine were performed .Result : Out of 134 urine cultures, 121(90.3%) showed significant bacteruria . Thirty nine out of 56(69.5%) of hospitalized patients and 13 out of 65(20%) of non- hospitalized patients were diabetics while the remaining were non-diabetics . Further, in diabetic community acquired infection (CA) , Escherichia coli was the most common 10(76.9%) while Klebsiella spp . 15(38.5%) was the most common isolate in hospital acquired infection (HA) . In non-diabetics, Escherichia coli was the most common in both CA and HA, 24(38.0%) and 4(20%) respectively. Furthermore, significant candiduria was found in diabetic HA 11(28.2%) and 9(81.8%) of them harboring urinary catheter in contrast with non-diabetic HA, 6(30%). The isolated bacteria in both groups showed resistance to ampicillin, and sensitivity to aminoglycosides and ciprofloxacin .Conclusion : In diabetic patients, Escherichia coli was the most common organism isolated in CA while Klebsiella spp . was the commonest isolate in HA. In non-diabetics, Escherichia coli was the most common organism isolate from both CA and HA. Candida albicans was the commonest cause of candiduria in diabetic HA. Further, aminoglycosides and ciprofloxacin can be used empirically to treat both types of infection in diabetics and non-diabetics .

اجريت هذه الدراسة لتحديد المسببات المرضية لالتهابات المجاري البولية البكتيرية منها والفطرية وتحديد حساسية الادوية لكل المرضى المصابين وغير المصابين بداء السكري . تم جمع 134 عينة ادرار , 66(49.3%) عينة من المرضى الراقدين في مستشفى الرمادي العام و68(50.7%) من المرضى خارج المستشفى . تم اجراء الفحص العام للإدرار قبل عملية زرع العينات حيث تم زرعها بالطريقة الشبه كمية ومن ثم تحديد المسبب المرضي البكتيري منها والفطري . اظهرت 138 عينة نمواً جرثومياً توزعت كالتالي 121 عزلة بكتيرية و17 عزلة فطرية كانت للايشيريشية القولونية 10(76.6%) تمثل غالبية البكتيريا المعزولة من المرضى المصابين بداء السكر الوافدين من خارج المستشفى بينما كانت الكلبسيلا 5 (38.5) تمثل غالبية البكتيريا المعزولة من المرضى المصابين بالداء السكري الراقدين في المستشفى في حين اظهرت النتائج انه في المرضى الغير مصابين بالداء السكري كانت الايشيريشيا القولونية تمثل الغالبية العظمى في كل من المرضى الراقدين في المستشفى والوافدين من خارجها 64(20%) , 24(38%) وعلى التوالي . كانت نسبة الحساسية للسبروفلوكساسين عالية جداً مقارنة بالمضادات الحيوية الاخرى ويأتي بعدها الاماينوكلايكوسايد والجيل الثالث للسيفالوسبورينات بينما اظهرت العزلات مقاومة واضحة ضد البنسلينات


Article
Microbiological aspects of chronic suppurative otitis media in Ramadi city

Authors: Ahmed Nasrat Al-Juboori --- Mushtak T. S. AL-Ouqaili
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2005 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 48-52
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Objective : To determine the microbiological causative agents of chronic suppurative otitis media (CSOM ) AMONG PATIENTS IN Ramadi city and antimicrobial susceptibility surveillance pattern to the most frequently used antimicrobial agents . Patients and Methods : Seventy-two patients visited E.N.T. Unit of Saddam General Hospital in Ramadi were clinically diagnosed with CSOM. The specimens were obtained directly from the ear under direct vision and cultured under aerobic, facultative anaerobic , and anaerobic condition. Antimicrobial susceptibility tests were performed by using standardized Kirbey-Bauer disk diffusion test. Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 25923 were used as internal quality control isolates .Results: Out of 87 isolates, A bacterial isolates obtained in 78(89.7) isolates . Among the bacterial causative agents, the most common bacteria isolated were Pseudomonas aeruginosa in 30% , followed by Staphylococcus aureus in 21.8% , anaerobic Bacteroides fragilis in 13.8% , Klebsiellae pneumonia in 9.2% , Proteus vulgaris in 4.6% and others . A total of 9(10.3%) fugal isolates , Aspergilus niger was 5.7%, and Candida albicans in 4.6% The above cultured isolates were found either single or in mixed culture from, no growth was obtained in 4(5.5%) cases . Ciprofloxacin sensitivity ratio was the highest among other antimicrobial agents. Conclusions: Pseudomonas aeruginosa was the predominant bacteria isolated from patients with CSOM followed by Staphylococcus aureus , anaerobic Bacteroides fragilis and the fungi respectively . Ciprofloxacin was the potent antimicrobial In vitro, through the high inhibition ratio to most of the bacteria followed by third generation cephalosporins and aminoglycosides . The use of systemic anti-anaerobic drugs combined with an anti-anaerobic drugs combined with an anti-aerobic drugs is worthy of a clinical trial, on the other hand the addition of an antifungal to the preparation of local antibiotics may by beneficial .

اجريت هذه الدراسة في مستشفى الرمادي في مدينة الرمادي حيث تم اخذ المسحات من 72 مريضاً كانوا يعانون من التهاب الاذن الوسطى القيحي المزمن , اجريت عملية زرع عينات في اوساط زرع هوائية , لاهوائية اختبارية ولا هوائية . اجري بعد ذلك فحص الحساسية للمضادات الحيوية للعزلات البكتيرية باستعمال طريقة انتشار الاقراص القياسية (طريقة كيربي باور) ام تظهر 4(5.5%) عينات نمو جرثومياً توزعت كالتالي 78(89.7%) عزلة بكتيرية و 9(10.3%) عزلة فطرية كانت الزوائف الزنجارية 26(30%) تمثل غالبية البكتيريا المعزولة وتأتي بعدها بصورة متعاقبة المكورات العنقودية الذهبية 19(21.8%) البكترويد فراجلس 12(13.8%) الكبسيلا 8(9.2%) المتقلبات 4(4.6%) وبكتيريا اخرى لقد كانت نسبة الحساسية للبسروفلوكساسين عالية جداً مقارنة بالمضادات الحيوية الاخرى ويأتي بعدها الجيل الثالث للسيفالوسبورين والامينوكلايكوسايد لذلك فأن استعمال خليط مضادات البكتيريا اللاهوائية مع مضادات البكتيريا اللاهوائية مع مضادات البكتيريا الهوائية ومضادات الفطريات له اهمية بالغة في علاج هذه الالتهابات .

Keywords

otitis media --- supurative --- ramadi


Article
CLINICAL AND MICROBIOLOGICAL ASPECTS OF IMPETIGO IN RAMADI CITY
الجوانب السريرية والمايكروبايولوجية لمرض (impetigo) في مدينة الرمادي.

Loading...
Loading...
Abstract

The aims of this study was to detect the clinical and microbiological criteria used in the diagnosis of impetigo addition to understand the susceptibility pattern of the bacterial causative agents of impetigo to selected antimicrobial agents.
A total of Fourty five patients infected with impetigo were included in this study. Microbiological examination was performed based on direct examination, staining with Gram stain, biochemical test and culture. The antimicrobial susceptibility test was performed by standardized Kirbey-Bauer disc diffusion method.
Out of 45 specimens obtained, 15(33.3%) were diagnosed bullous impetigo and 30 (66.7%) as impetigo contagiosa. Out of 30 patients of non bullous impetigo, 25 (83.3%) were appeared as a primary infection while five (16.7%) of them followed other infection like scabies. The study results showed that Staphylococci were the main bacterial causative agents of bullous impetigo. In non-bullous impetigo, staphylococci isolated in 17 cases and Streptococcus pyogenes in 10 (33.3%) of patients. With regard to antimicrobial susceptibility tests, staphylococcal isolates were appeared 100% of sensitivity against ciprofloxacin, vancomycin, rifampicin and amikacin. Cloxacillin alone and ampicillin/cloxacillin combination revealed resistance in 4 (28.6) and 3 (21.4%) respectively. Three (12%) of isolates were resistant to third generation cephalosporines (cefotaxime, ceftriaxone and ceftazidime) respectively.
Staphylococci were the main bacterial causative agents of bullous impetigo while in non-bullous impetigo, Streptococcus pyogenes in addition to staphylococci predominantly S aureus were the predominant causative agents. Further, ciprofloxacin, vancomycin, rifampicin and amikacin were the most effective antimicrobial agents against study isolates of S aureus.

إن أهداف هذه الدراسة هي لتحديد الوسائل السريرية والمايكروبايولوجية في تشخيص مرضومدى حساسية البكتريا المسببة له للمضادات الحياتية. شملت الدراسة السريرية 45 مريض (impetigo)مصابين بهذا المرض. استندت اختبارات المايكروبايولوجي على الاختبارات المباشرة والصبغ بملون كرامواختبارات الكيمياء الحياتية والميكروبية. أنجز فحص الحساسية للمضادات باستخدام طريقة انتشار15 شخصت كامبيتيغو ( الأقراص كيربي –باور. أظهرت نتائج الدراسة بانه من مجموع 45 عينة (% 33.325 ( 66.7 %) شخصت بالشكل غير القيحي من المرض. من النوع الثاني ظهر بان (% 83.3 ) قيحي و 305 خمجا ثانويا. بينت الدراسة بان بكتريا العنقوديات كانت ( يمثلون خمج أولي في حين مثل (% 16.7الأكثر سيادة في الشكل القيحي من المرض في حين عزلت الاخيرة في 17 عينة، وبكتريا المسبحياتالقيحية في 10 حالات في الشكل غير القيحي من المرض. أظهرت فحوصات الحساسية الدوائية بان بكترياالعنقوديات كانت حساسة للمضادات السبروفلوكساسين والفانكومايسين والريفامبيسين والاميكاسين بنسبة4 و 3 ( %100 . في حين أظهرت هذه البكتريا مقاومة الى الكلوكساسيلين والامبيكلوكس في ( 28.612 %) من البكتريا العنقودية مقاومة الى السيفوتاكسيم ) 21.4% )على التوالي كما أظهرت 3 )والسيفترياكسون والسيفتازيديم. تستنتج الدراسة بان بكتريا العنقوديات كانت الأكثر سيادة في الشكلالقيحي من المرض في حين عزلت الاخيرة وبكتريا المسبحيات القيحية في الشكل غير القيحي من المرض.كذلك تظهر الدراسة بان السبروفلوكساسين والفانكومايسين والريفامبيسين والاميكاسين هي الأكثر تأثيرافي البكتريا العنقودية المسببة لهذا المرض.


Article
Detection of Human Papilloma Virus in Iraqi Patients with Breast Cancer

Authors: Ala'a A. AL-Mansour --- Salim R. AL-Obaidy --- Mushtak T. S. AL-Ouqaili
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 4 Pages: 471-478
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:It is well realized that breast cancer is the most terrifying cancer for females, the commonest malignancy and the second leading cause of cancer death in women. Recent studies suggested that the association of viral infection with breast cancer pathogenesis such as Epstein Barr virus and mouse mammary tumor virus. In addition, human papilloma virus DNA sequences have been isolated. There is relationship between human papilloma virus and other neoplasms (anogenital, skin and 99.7% of cervicouterine carcinomas).OBJECTIVE:This study has been undertaken for detecting high risk group HPV genotypes in breast carcinoma in different provinces in Iraq depending on molecular technique.PATIENTS AND METHODS:A total of 59 patients include both sexes (male and female) diagnosed histopathologically as having breast cancer were included and studied during the period from January to August, 2010 in different regions in Iraq. In addition to 20 cases of benign breast lesion used as a control group. Theses samples were represented by formalin-fixed paraffin embedded blocks and fresh frozen tissue. A multiplex PCR analysis were done for the DNA extracted from these samples.RESULT:The mean age in this study was 45.5 years. Ninety three percentage were female and the remaining were male. Fourty percentage of tumor present in the right side, 59.3% removed by lumpectomy. Eighty six percentage were found to have infiltrating ductal carcinoma followed by infiltrating lobular carcinoma (13.8%). Twelve HPV genotypes were used in this study which of high risk group including (16,13,33,35,18,45,39,59,52,56,58 and 66). HPV type 39,59 and 52 were demonstrated among those patients and the result show about 16.9% of our patients (10 out of 59) had positive HPV demonstrated by PCR in their breast tissue and 83.1% (49 out of 59) were negative for HPV. All the benign breast cases were negative for HPV except one case of fibrocystic disease which was positive for HPV type 39 which was not significant (p value ˃0.05).CONCLUSION:The study concluded that high risk group Human Papiloma virus genotypes 39, 59 and 52 genotype were present in breast cancer tissue in Iraqi patients


Article
Advanced and conventional Molecular techniques in the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae in patients with pneumoniae
تقنيات بيولوجية جزيئية متقدمة و تقليدية للكشف عن بكتريا المفطورات الرئوية في المرضى المصابين بالتهاب القناة التنفسية

Authors: Nidhal A.Mohammed نضال عبد المهيمن --- Mushtak T.S. Al-Ouqaili مشتاق طالب صالح --- Muntaha M.Hassan منتهى مداح حسن
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2013 Volume: 11 Issue: 1 Pages: 37-46
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Background:-M. pneumoniae is an important human pathogen that produces community-acquired respiratory tract infection. Diagnosis of M. pneumoniae infection is challenging and crucial for the timely initiation of the effective antibiotic therapy.Objective: This study has been undertaken to detect M. pneumoniae in respiratory samples (throat swabs, throat wash and sputum) in patients with respiratory tract infection qualitatively by conventional polymerase chain reaction (PCR). Also, more advanced one, real time PCR was used to determine mycoplasmal target gene qualitatively and quantitatively. Patients and methods: The study was performed on Seventy-five patients and thirty healthy subjects as control. Human genomic DNA was extracted and M. pneumoniae target gene (lipoprotein gene) was amplified using conventional PCR. Negative, positive controls and internal controls were involved in each experimental run. The amplified products were analyzed in 2% agarose gel and visualized using Red safe staining. In real time PCR, specific primer and probe mix depending on TaqMan® principle was used to detect P1 adhesion gene through FAM channel. A fluorogenic probe was included in the same reaction mixture which consists of a DNA probe labeled with a 5`-dye and a 3`-quencher. During PCR amplification. Data were analyzed using Smart-cycler software and M. pneumoniae DNA copy number was estimated from the cross point threshold relative to positive standard.Results: Thirty five patients (45.5%) were positive by PCR and Thirty two (42.6 %) were positive by Real-time PCR. The highest rate of infection by using two molecular methods was of less than 20 years of age. The quantity of M. pneumoniae DNA target gene in positive Real-time PCR was ranged between 10-2000copies/µl.Conclusion: The study concluded that both of molecular techniques conventional and real-time PCR are a rapid, reliable and ideal in diagnosis of M. pneumoniae using throat swabs, throat wash and sputum samples

Background:-M. pneumoniae is an important human pathogen that produces community-acquired respiratory tract infection. Diagnosis of M. pneumoniae infection is challenging and crucial for the timely initiation of the effective antibiotic therapy.Objective: This study has been undertaken to detect M. pneumoniae in respiratory samples (throat swabs, throat wash and sputum) in patients with respiratory tract infection qualitatively by conventional polymerase chain reaction (PCR). Also, more advanced one, real time PCR was used to determine mycoplasmal target gene qualitatively and quantitatively. Patients and methods: The study was performed on Seventy-five patients and thirty healthy subjects as control. Human genomic DNA was extracted and M. pneumoniae target gene (lipoprotein gene) was amplified using conventional PCR. Negative, positive controls and internal controls were involved in each experimental run. The amplified products were analyzed in 2% agarose gel and visualized using Red safe staining. In real time PCR, specific primer and probe mix depending on TaqMan® principle was used to detect P1 adhesion gene through FAM channel. A fluorogenic probe was included in the same reaction mixture which consists of a DNA probe labeled with a 5`-dye and a 3`-quencher. During PCR amplification. Data were analyzed using Smart-cycler software and M. pneumoniae DNA copy number was estimated from the cross point threshold relative to positive standard.Results: Thirty five patients (45.5%) were positive by PCR and Thirty two (42.6 %) were positive by Real-time PCR. The highest rate of infection by using two molecular methods was of less than 20 years of age. The quantity of M. pneumoniae DNA target gene in positive Real-time PCR was ranged between 10-2000copies/µl.Conclusion: The study concluded that both of molecular techniques conventional and real-time PCR are a rapid, reliable and ideal in diagnosis of M. pneumoniae using throat swabs, throat wash and sputum samples


Article
Advanced and conventional molecular techniques in the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae in patients with respiratory tract infection
تقنيات بيولوجية جزيئية متقدمة و تقليدية للكشف عن بكتريا المفطورات الرئوية في المرضى المصابين بالتهاب القناة التنفسية

Loading...
Loading...
Abstract

Background:-M. pneumoniae is an important human pathogen that produces community-acquired respiratory tract infection. Diagnosis of M. pneumoniae infection is challenging and crucial for the timely initiation of the effective antibiotic therapy.Objective: This study has been undertaken to detect M. pneumoniae in respiratory samples (throat swabs, throat wash and sputum) in patients with respiratory tract infection qualitatively by conventional polymerase chain reaction (PCR). Also, more advanced one, real time PCR was used to determine mycoplasmal target gene qualitatively and quantitatively. Patients and methods: The study was performed on Seventy-five patients and thirty healthy subject as control. Genomic DNA was extracted and M. pneumoniae target gene (lipoprotein gene) was amplified using conventional PCR. Negative, positive controls and internal controls were involved in each experimental run. The amplified products were analyzed in 2% agarose gel and visualized using Red safe staining. In real time PCR, specific primer and probe mix depending on TaqMan® principle was used to detect P1 adhesion gene through FAM channel. A fluorogenic probe was included in the same reaction mixture which consists of a DNA probe labeled with a 5`-dye and a 3`-quencher. During PCR amplification Data were analyzed using Smart-cycler software and M. pneumoniae DNA copy number was estimated from the cross point threshold relative to positive standard.Results: Thirty five patients(45.5%) were positive by PCR and Thirty two (42.6 %) were positive by Real-time PCR. The highest rate of infection by using tow molecular methods were of less than 20 years of age. The quantity of M. pneumoniae DNA target gene in positive Real-time PCR were ranged between 10-2000copies/µl.Conclusion: The study concluded that both of molecular techniques conventional and real-time PCR are a rapid, reliable and ideal in diagnosis of M. pneumoniae using throat swabs, throat wash and sputum samples.Key word: Mycoplasma pneumoniae, PCR , Real-time PCR

الخلاصة:خلفية الدراسة :- بكتريا المفطورات الرئوية من الممرضات المهمة للإنسان والتي تسبب إصابات القناة التنفسية المكتسبة من المجتمع. تشخيص الإصابة بهذه البكتريا ليست سهلة وكذلك حاسمة من اجل اختيار الوقت المناسب للبدء بالمضادات الحيوية.هدف الدراسة:- صممت هذه الدراسة للكشف عن بكتريا المفطورات الرئوية في العينات المأخوذة من القناة التنفسية (مسحة الحنجرة, غسيل الحنجرة, البلغم) للمرضى المصابين بالتهاب القناة التنفسية باستخدام الفحوصات النوعية كتفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي. كذلك للفحص الكمي لتفاعل البلمرة المتسلسل للكشف عن وتقييس ألجين الهدف لبكتريا المفطورات الرئوية نوعيا وكميا.المرضى وطرق العمل:-أنجزت الدراسة على 75مريضا و30 شخصا سليما كعينة للسيطرة. تم استخلاص الحامض النووي ( دنا) من العينات التنفسية البشرية , والجين (lipoprotein gene ) تم تضخيمه باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي. فحص السيطرة تم إدراجه في كل تجربة. الناتج المضخم تم الكشف عنه بالترحيل الكهربائي باستخدام جل الاكاروز (2% ) وتم توضيحه باستخدام صبغة ( Red safe ). تم استخدام برايمر وبروب خاص بتقنية ( TaqMan®) من خلال قناة. FAM البيانات تم تحليلها باستخدام برامج للعقل الإلكتروني الخاصة بجهاز Smart-cycler, عدد نسخ الحامض النووي منقوص الأوكسجين دنا تم تقديرها من خلال نقاط التقاطع بين حد العتبة لكل دورة و التراكيز القياسية.النتائج: أربعة وثلاثين مريضا (45.5% ) أظهروا نتائج موجبة لفحص البلمرة المتسلسل, بينما اظهر 32 مريضا ( 42.6 %) نتيجة موجبة للفحص الكمي لتفاعل البلمرة المتسلسل. النسبة الأعلى للإصابة باستخدام كلا الفحصين الجزيئيين كانت للفئة العمرية الأقل من 20 سنة. كمية الحامض النووي دنا لبكتريا المفطورات الرئوية في النماذج التي أعطت نتيجة موجبة للفحص الكمي لتفاعل البلمرة المتسلسل تراوحت بين 10-2000 نسخة / مايكرولتر.الاستنتاجات:- تبين من الدراسة الحالية ان كلا من الفحوص الجزيئية المستخدمة كتفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي و الفحص الكمي لتفاعل البلمرة المتسلسل تمتاز بأنها سريعة, موثوقة وكذلك مناسبة لتشخيص بكتريا المفطورات الرئوية باستخدام العينات التنفسية (مسحة الحنجرة, غسيل الحنجرة, البلغم).مفتاح الكلمات: بكتريا المفطورات الرئوية, فحص البلمرة المتسلسل, الفحص الكمي لتفاعل البلمرة المتسلسل


Article
In Term of Molecular Technique, Taxonomic and Diagnostic Aspects of Chronic Human Brucellosis in Ramadi City
حقائق تصنيفية وتشخيصية لحمى مالطا الانسان المزمنة في مدينة الرمادي اعتمادا على التقنية الجزيئية

Authors: Ban H. K. Al- Khater بان خلف الخاطر --- Dr. Mushtak T. S. Al- Ouqaili مشتاق طالب العكيلي --- Dr. Salah N. Al- Anii صلاح نوري العاني
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 1 Pages: 1-12
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Background: The diagnosis of chronic brucellosis is frequently difficult to establish. The disease may clinically mimic any infectious and noninfectious disease. This study has been laid down to evaluate PCR technique in the diagnosis of chronic brucellosis in comparison to conventional techniques.Patients and methods:- One Hundred Forty Four peripheral blood samples obtained from tow group: one hundred twenty four samples from patients with highly suspicion brucellosis and twenty samples from healthy volunteers. The samples were tested by serology using Rose Bengal test (RBT), serum agglutination test (SAT) and 2- Mercapto-ethanol. Blood culture using monophasic blood culture technique, Castaneda biphasic blood culture technique and lysis centrifugation blood culture method. Also, the samples submitted to polymerase chain reaction using primer sets (B4 and B5) to amplify a 223- bp region coding for 31- kDa Brucella antigen was achieved. Furthermore all positive PCR samples were submitted to PCR cocktail to differentiate Brucella species.Results:- Out of 124 (86.1%) blood samples from patients with chronic brucellosis, 36 (29.03%) showed strong positive for RBT. On the other hand, 61 (49.2%) cases were positive when SAT≥1/320, 104 (83.9%) cases revealed positive results when the SAT titer ≥1/160 and 118 (95.2%) represented positive cases when SAT titer ≥1/80. Also all blood samples submitted to mono and biphasic blood culture technique were 50 (40.3%) and 64 (51.6%) represented positive results respectively, while only 40 blood samples were submitted to lysis centrifugation blood culture technique, 35 (87.5%) revealed positive results. Also, 103 (83.1%) showed positive results for PCR. Out of these cases, 77 (74.8%) represented positive results (B. melitensis), while 26 (25.2%) showed negative cases. Finally, among the twenty (13.9%) controls, serological test, blood culture and PCR were negative.Conclusions:- The study suggested that combination of Rose Bengal test and serum agglutination test ensured the diagnosis of brucellosis. Also Castaneda biphasic blood culture method had improved the rate of isolation and reduce the period of incubation. Further, lysis centrifugation blood culture technique showed increase in the rate of isolation especially in chronic stage. On the other hand, the current study suggested that PCR has several advantages over the conventional methods for the diagnosis of human brucellosis such as speed, safety, high sensitivity and specificity. Furthermore, PCR is very specific and highly sensitive technique that can be used not only for detection of Brucella antigen in any stage of the disease but also in differentiating Brucella species by using PCR cocktail which used different sets of primers.

الخلاصة:-يعد مرض حمى مالطا من الامراض المستوطنة في العراق و العديد من بلدان العالم. مرض حمى مالطا هو مرض انتقالي zoonosis ينتقل الى الانسان بطرق متعددة و متنوعه. أن تشخيص هذا المرض يحمل الكثير من التحديات خصوصا في الطور المزمن. تضمنت الدراسة الحالية محاوله المقارنة بين طرق مختبرية متنوعة لتشخيص المرض اخذين بنظر الاعتبار الدقة و السرعة في اجراء الاختبارات. اجريت الدراسة على 144 عينة دم محيطي منها 20 عينة مقارنه و 124 عينة أخذت من مرضى مراجعين لمختبرات الاحياء المجهرية في مدينة الرمادي والمتوقع اصابتهم بالمرض.خضعت هذه العينات في الجزء المصلي من هذه الدراسة لاختبار الروزبنكال و كانت النتائج موزعه على اربع مجاميع هي: تلازن قوي, تلازن متوسط القوة, تلازن ضعيف وحالات تحمل النتيجة السالبة بواقع 36, 60, 20, 8 على التوالي. فيما يتعلق باختبار التلازن الانبوبي القياسي عندما اعتمد التخفيف 1/320 ≥ STA كحد تشخيصي موجب فأن 61(49.2%) مريض أعطوا نتائج موجبة وعندما أعتمد التخفيف 1/160 ≥ فأن 104 (83.87%) اعطوا نتيجة موجبة. اما عندما اعتمد التخفيف ≥1/80 فأن 118 (95.2%) أعطوا نتيجة موجبة. بالنسبة لاختبار 2- ميركابتوايثانول كان عدد الحالات الموجبة 89(71.8%).في هذه الدراسة خضعت جميع العينات لتقنية زرع الدم احادي الطور وثنائي الطور وقد عزلت جرثومة البروسيلا من 50(40.3%) و 64(51.6%) على التوالي. خضع جزء من العينات لطريقة زرع الدم المتحلل بواسطة الطرد المركزي و كانت النتائج موجبة في 35 (87.5%) من مجموع 40 حالة. خضعت جميع العينات في الجزء البيولوجي من هذه الدراسة لتقنية تضاعف البلمرة التسلسلي و كانت النتائج موجبه في 103 (83%) حالة. استخدمت ايضا تقنية خليط تضاعف البلمرة التسلسلي لتمييز انواع جرثومة البروسيلا من خلال استخدام مجموعات متنوعة من البرايمرات وكانت 77 (74.8%) منها تمثل Brucella melitensis ولم يظهر وجود ل Brucella abortus في هذه العينات. تبين من خلال هذه الدراسة انه من الضروري اجراء اختبار ثاني مكمل لاختبار روز بنكال و هو الاختبار الأنبوبي القياسي لتأكيد الاصابة. كما و تستنتج الدراسة ان تقنية زرع الدم ثنائي الطور حسنت نسبة العزل و خفضت فترة الحضن. كذلك اظهرت تقنية زرع الدم المتحلل بواسطة الطرد المركزي زيادة في نسبة العزل في الطور المزمن من المرض. علاوة على ذلك فأن لاختبار تضاعف البلمرة التسلسلي عدة محاسن بالمقارنة مع الطرق التقليدية الاخرى في تشخيص حمى مالطا المزمنة لدى الانسان مثل السرعة, الامان, الحساسية و النوعية العالية للاختبار. بالإضافة الى ذلك فأن اختبار تضاعف البلمرة التسلسلي يستخدم في تشخيص جرثومة حمى مالطا الانسان في أي طور من اطوار المرض وكذلك يستخدم كاختبار تمييزي بين انواع جرثومة حمى مالطا بواسطة استخدام خلائط البرايمرات.


Article
Molecular and Bacteriological Detection of Multi-drug resistant and Metallo- β -Lactamase Producer Acinetobacter baumannii in Ramadi City, West of Iraq
الكشف البكتريولوجي الجزيئي عن المقاومة المتعددة و انزيمات الميتالو بيتا لاكتميز المنتجة من قبل الـ Acinetobacter baumannii في مدينة الرمادي غربي العراق

Authors: Mushtak T. S. Al- Ouqaili مشتاق طالب صالح --- Ahmed Sa’doun Jal’oot احمد سعدون جلعوط --- Amin Suleiman Badawy امين سليمان بدوي
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2016 Volume: 13 Issue: 1 Pages: 1-13
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Background: One leading factor responsible for resistance in Acinetobacter baumannii, is the production of carbapenamases like metallo-β-lactamases (MBLs), which hydrolyze a variety of β-lactams including penicillin, cephalosporins and carbapenems. This study aims to evaluate phenotypic method against genotypic, PCR as gold standard test among carbapenem resistant A. baumannii for identifying MBL producers.Patients and Methods: One hundred and eighty-eight of 213 patients were culture positive (88.26%). Forty-four Acinetobacter baumannii clinical isolates were chosen for this study. Phenotypic expression of MBL was detected by IPM-EDTA-disk synergy test and presence of blaIMP-1 and blaIMP was detected by PCR for all metallo- β -lactamase producing Acinetobacter baumannii.Results: Forty-one (93.2%) isolates of Acinetobacter baumannii (out of 44 isolates) were found to be MBL producers by IPM-EDTA-disk synergy test. Thirty-five (80%) Acinetobacter baumannii of 44 presumptive MBL producer isolates (with isolates were negative for MBL producer in phenotypic method used as control) were positive for bla IMP-1 gene by PCR, while twelve (27.3%) Acinetobacter baumannii out of 44 presumptive MBL producer isolates (with isolates were negative for MBL producer in phenotypic method used as control) were positive for blaIMP gene by PCR. The coexistence of blaIMP-1 with blaIMP genes in present study 25% (11/44) of cases.Conclusion: Most isolates of Acinetobacter baumannii were found to be metallo beta-lactamase (MBL) producers using IPM-EDTA-disk synergy test. Further, isolates of A. baumannii have been produced MBL gene (bla IMP-1). It seems to be the major mechanism of resistance among Iraqi nosocomial isolates of A. baumannii.

الخلفية : احد العوامل المهمة والمسؤولة عن المقاومة عند بكتريا Acinetobacter baumannii هو إنتاج انزيمات carbapenamase خاصة انزيمات metallo-β-lactamases (MBLs) التي تحلل انواع مختلفة من β-lactams منها البنسلينات والسيفالوسبورينات والكاربيبنمات. الهدف : تهدف هذه الدراسة إلى تقييم الخواص الشكلية(المظهرية) مقابل الخواص الوراثية، باستخدام تقنية تفاعل الكوثرة (PCR) كاختبار اساسي لبكتريا A. baumannii المقاومة للكاربيبنم من اجل تشخيص انتاج انزيمات Metallo-β-lactamases (MBLs). المواد وطرق العمل : وضَّحت نتائج زرع 213 مريض ،أن نسبة الإصابة الفعلية بالخمج عند المرضى 188مريضاً (88,3%). وقد تم إختيار44عزلة من بكتريا Acinetobacter baumannii لإجراء الدراسة الحالية. تم الكشف عن الخواص المظهرية للعزلات المنتجة لأنزيمات الميتالو بيتا لاكتميز قيد الدراسة بواسطة اختبار التآزر المزدوج بين IPM-EDTA،في حين استخدمت تقنية PCR لتضخيم جينات blaIMP-1 and blaIMP للكشف الجيني عن الانزيمات المذكورة اعلاه.النتائج : أظهرت نتائج الاختبار التأكيدي لإنتاج انزيمات الميتالو-بيتا-لاكتميز ان احدى واربعين عزلة من اصل اربع واربعين (93.2%) من عزلات Acinetobacter baumannii كانت منتجة لأنزيمات الميتالو-بيتا-لاكتميز بواسطة اختبار التآزر المزدوج بين IPM-EDTA ، في حين كانت العزلات الثلاثة المتبقية غير منتجة للأنزيمات المذكورة أعلاه. استهدفت الدراسة الحالية الكشف عن الجينات المشفرة لمقاومة مضاد الـ carbapenem باستخدام تقنية تفاعل الكوثرة (PCR) لتضخيم الجينات ( blaIMP-1 و blaIMP)، اذ كانت 35 عزلة من أصل 44 (80%) من بكتريا Acinetobacter baumannii المنتجة ابتدائياً لأنزيمات الميتالو-بيتا-لاكتميز موجبة لجين blaIMP-1 ،في حين كانت اثنتا عشرة عزلة من أصل اربع واربعين (27.3%) من العزلات أعلاه موجبة للجين blaIMP. كما بينت نتائج الدراسة الحالية ان نسبة 25% (11 من أصل 44) من عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii امتلكت نوعين من آليات المقاومة (blaIMP + blaIMP-1) لمضاد carbapenem.الاستنتاج: استنتجت الدراسة الحالية إن أغلب عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii كانت منتجة لأنزيمات الميتالو-بيتا-لاكتميز بواسطة اختبار التآزر المزدوج بين IPM-EDTA. كذلك أثبتت الدراسة الحالية ان أغلب عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii المنتجة لأنزيمات الميتالو-بيتا-لاكتميز امتلكت جين blaIMP-1 ، ويمثل الجين أعلاه الميكانيكية الرئيسية للمقاومة بين عزلات Acinetobacter baumannii المنتشرة في المستشفيات العراقية.

Listing 1 - 10 of 14 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (14)


Language

English (11)

Arabic (2)


Year
From To Submit

2018 (1)

2017 (3)

2016 (1)

2015 (1)

2014 (1)

More...