research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Watershed Transform Based on Clustering Techniques to Extract Brain Tumors in MRI
استخدام تحويل الحد الفاصل المعتمد على تقنيات العنقدة لاستخراج أورام الدماغ في صور الرنين المغناطيسي

Author: Rabab Saadoon Abdoon رباب سعدون عبدون
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 1B Pages: 540-551
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In this work, watershed transform method was implemented to detect and extract tumors and abnormalities in MRI brain skull stripped images. An adaptive technique has been proposed to improve the performance of this method.Watershed transform algorithm based on clustering techniques: K-Means and FCM were implemented to reduce the oversegmentation problem. The K-Means and FCM clustered images were utilized as input images to the watershed algorithm as well as of the original image. The relative surface area of the extracted tumor region was calculated for each application. The results showed that watershed trnsform algorithm succeedeed to detect and extract the brain tumor regions very well according to the consult of a specialist doctor after viewing the resultant images. The adaptive technique, watershed based on clustered segmented image, improved the performance of the watershed transform and reduced the oversegmentation problem, and the utilizing of bilateral smoothing improves this result.

لقد تم في هذا العمل تطبيق تحويل الحد الفاصل (watershed) للكشف عن واستخراج الأورام والأنسجة غير الطبيعية في صور الرنين المغناطيسية للدماغ بعد إزالة عظام الجمجمة. وقد تم اقتراح تقنية مطورة لتحسين أداء هذه الطريقة, وهذه التقنية هي خوارزمية تحويل احد الفاصل المعتمدة على تقنيات العنقدة (K-Means and FCM) للحد من مشكلة oversegmentation. استخدمت الصور المقسمة باستخدام K-Means and FCM كصور داخلة بالإضافة إلى الصور الأصلية. كما تم حساب المساحة النسبية لمنطقة الورم المستخلصة لكل تطبيق. وأظهرت النتائج أن خوارزمية تحويل الحد الفاصل قد نجحت بالكشف عن واستخراج مناطق الورم بشكل جيد للغاية طبقا لاستشارة الطبيب المختص بعد عرض النتائج عليه. ان التقنية المطورة, تحويل الحد الفاصل المستند على الصور المقسمة باستخدام تقنيات العنقدة، قد حسنت من أداء تحويل watershed وقللت من مشكلة oversegmentation، كما وأن استخدام التنعيم بواسطة مرشح الثنائي قد ساهم في تحسين هذه النتيجة.

Keywords


Article
Extraction of Brain Tumor in Coronal MRI Sliced Images by Implementing Active Contour and Different Segmentation Techniques
إستخلاص أورام الدماغ من شرائح صور الرنين المغناطيسي ذات الاتجاه الامامي بواسطة المنحني النشط وتقنيات تجزئة مختلفة

Author: Rabab Saadoon Abdoon رباب سعدون عبدون
Journal: Journal of Kufa - physics مجلة الكوفة للفيزياء ISSN: 20775830 Year: 2016 Volume: 8 Issue: 2 Pages: 45-51
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Many segmentation methods were proposed to process medical images for diagnosis purposes. In this work, two stages were achieved to extract tumor region of three MRI sliced brain images of coronal orientation. Active contour algorithm was implemented as first step to extract brain matter of T2W_FLAIR modality MRI images for the first time to avoid interference of tumor gray values with skull. The second stage involved implementing four segmentation techniques to extract tumor regions. First technique was utilizing contrast adjustment process after presenting analysis study of this operation to select an adequate gray level range to be stretched. Second method is an adaptive technique, which is contour based method, to isolate and extract tumor regions. The third and fourth methods were K-Means and FCM. The surface and relative surface area of the extracted tumor regions were calculated. The results of extracting brain matter proved high quality performance of active contour algorithm with its adaptive initialization element. The adequate gray level range that deduced from the proposed analysis of contrast adjusting process is [0.6 0.7]. In addition, the results of the proposed contour based technique present good isolation and extraction of tumor regions. The four implemented techniques are adequate to extract tumor regions correctly without overlapping with skull as declared from the results. This work was implemented by utilizing the facilities of Mat lab programing system.

لقد اقترح العديد من طرق التجزئة لمعالجة الصور الطبية لأغراض تشخيصية. في هذا العمل انجزت مرحلتين لغرض إستخلاص مناطق الورم لثلاث شرائح من صور الرنين المغناطيسي ذات الاتجاه الامامي. نفذت خوارزمية المنحني النشط كخطوة اولى لاستخلاص المادة الدماغية من صور الرنين المغناطيسي ذات النمط T2W_FLAIR للمرة الاولى لتجنب التداخل ما بين القيم الرمادية لمناطق الورم و الجمجمة والمرحلة الثانية تتضمن تنفيذ أربع تقنيات تجزئة لغرض استخلاص مناطق الورم. التقنية الاولى إستخدام عملية تعديل التباين بعد تقديم دراسة تحليلية لغرض الحصول على أنسب مدى مستويات رمادية لغرض توسيعها. والطريقة الثانية هي طريقة مطورة مستندة على المنحني المغلق لغرض عزل واستخلاص مناطق الورم. أما الطريقتان الثالثة والرابعة فهما متوسطات كي و متوسط سي المضبب. كما حسبت المساحة السطحية والمساحة السطحية النسبية لمناطق الورم المستخلصة. وقد بينت النتائج الأداء عالي الجودة لخوارزمية المنحني النشط بعنصر تشغيله المطور لعزل المادة الدماغية. إن مدى المستويات الرمادية المناسب الذي توصل إليه هو]0.6-0.7[. إضافة الى ذلك، إن نتائج تقنية المنحني المغلق المقترحة أظهرت عزل وإستخلاص جيدين لمناطق الورم. إن التقنيات الأربعة المطبقة كانت سديدة في إستخلاص مناطق الورم وبشكل صحيح من دون تراكب مع الجمجمة وكما كشفت النتائج عن ذلك. وقد تم تنفيذ هذا العمل بالاستفادة من تسهيلات النظام البرمجي الماتلاب.


Article
Generation of Three Dimensions Image of Tumor Regions in Sagittal and Coronal Orientations MRI of Brain
توليد صورة ثلاثية الأبعاد لمناطق الورم في صور الرنين المغناطيسي ذات المقاطع الجانبية والأمامية الإتجاه للدماغ

Author: Rabab Saadoon Abdoon رباب سعدون عبدون
Journal: Journal of Kufa - physics مجلة الكوفة للفيزياء ISSN: 20775830 Year: 2017 Volume: 9 Issue: 1 Pages: 1-7
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

The anatomy information that provided by MRI made it an indispensable tool for diagnosis purposes in present. There are three orientations of acquiring the sliced images of brain in MRI, which are: sagittal; coronal and axial. So it is a vital task to find out an effective and adequate technique for processing and segmenting MRI sliced images of the three orientations modalities to detect and extract tumors in these images. In this work, a simple and effective technique that, it adequate to segment sagittal and coronal orientations, is proposed. This technique is one of the enhancement methods that based on the histogram of the image. Besides, morphological operations were proposed to isolate and extract the tumor regions adequately from successive sliced MRI images of brain of a patient suffer from brain tumor, to utilize them later in generating three dimensions image of the extracted tumor. In addition, the location of the tumor was determined and hold completely within the contouring map of the patient’s head for the two adopted orientations. The importance of this work involving that, this process gives the surgeon a better view seen for the tumor from different orientations to enable him to find out an optimal path to reach the tumor with minimum damage of the surrounding tissues. This work was achieved by the aid of Mat Lab programming system.

إن المعلومات التشريحية الغنية التي يحصل عليها من التصوير بالرنين المغناطيسي جعلها طريقة لا غنى عنها لأغراض التشخيص في الوقت الحاضر. توجد ثلاثة اتجاهات للشرائح الصورية المستخلصة من التصوير بالرنين المغناطيسي للدماغ وهي: الجانبية، والأمامية، والعرضية. لذا فمن المهم التوصل إلى طرق معالجة وتقسيم صورية تكون كفوءة في الكشف عن واستخلاص الأورام في الشرائح الصورية بالرنين المغناطيسي المختلفة الاتجاهات والأنماط. في هذا العمل اقترحت طريقة تقسيم مبسطة وكفوءة تصلح لمعالجة الاتجاهات الجانبية والأمامية المقطع للشرائح الصورية. وتعد هذه الطريقة أحد تقنيات التحسين المعتمدة على المخطط التكراري للصور. كما اقترحت بعض العمليات المورفولوجية لغرض المساعدة وبكفاءة في عزل واستخلاص مناطق الورم من شرائح صورية متسلسلة لدماغ أحد المرضى يعاني من ورم في الدماغ، لغرض استخدامها فيما بعد لتوليد صورة ثلاثية البعد لهذا الورم. بالاضافة الى ذلك لقد حدد مكان الورم وأسقط حجم الورم كاملا داخل الخارطة الكنتورية لرأس المريض وللاتجاهين المتبنين. وتكمن أهمية هذا العمل في كونها تساعد الطبيب الجراح في امتلاك رؤية واضحة للورم ومن جميع الاتجاهات ليتمكن من إتباع أمثل الطرق وصولا إلى منطقة الورم وبأدنى ضرر ممكن بالأنسجة الدماغية المحيطة. لقد أنجز هذا العمل بالأستعانة بالنظام البرمجي الماتلاب.

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (2)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2017 (1)

2016 (2)