research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Spectral Properties, Reconstitution and Kinetics of Paracoccous denitrificans Isovaleryl-CoA Dehydrogenase
الصفات الطيفية وأعادة تشكيل وتقدير الثوابت الحركية لأنزيم Isovaleryl-CoA Dehydrogenase من بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222

Authors: Rafid M. Karim رافد محمد كريم --- Abdulkareem Jasim Hashim عبد الكريم جاسم هاشم
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 2A Pages: 886-892
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Isovaleryl CoA dehydrogenase (IVDH) is a flavoprotein that introduce a trans-double bond between C2 and C3 of the isovaleryl CoA substrate, an intermediate in leucine catabolism pathway. Interrogation of the Paracoccus denitrificans Pd1222 genome has identified Pden_3633 gene as a candidate to encode for IVDH. In previous study by Rafid et al (under the publishing), this putative IVDH was expressed in E. coli and purified as N-terminal Strep-tagged protein. In current study, spectral properties of the purified IVDH were conducted and the results showed that the enzyme was obtained as an apoprotein. For this reason, IVDH has been reconstituted by incubation with flavin adenine dinucleotide (FAD) and the experiment showed that the ratio 1: 20% (IVDH: FAD molar excess) was achieved fully reconstitution. Furthermore, kinetic parameters of the reconstituted IVDH were studied and the enzyme exhibited a specific activity for isovaleryl-CoA substrate while Vmax and KM were estimated to be 600 mU mg-1 and 7.13 μM respectively. Finally, gel filtration by using HiLoad 16/60 Superdex 200 column was performed to investigate the quaternary structure of the recombinant IVDH. An apparent molecular weight of 171640 Da was determined.

ينتمي انزيم Isovalery-CoA Dehydrogenase (IVDH) الى مجموعة flavoproteins والذي يعمل على ادخال اصرة مزدوجة نوع ترانس بين ذرتي الكاربون 2 و3 لمادة التفاعل Isovaleryl-CoA, وهو مركب وسطي ينتج خلال مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. تم خلال استجوات جينوم بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222 تشخيص الجين Pden_3633 على انه احد الجينات المرشحة للتشفير عن أنزيم IVDH. وفي دراسة سابقة استطاع رافد وجماعته (تحت النشر) من الحصول على ناتج تعبير هذا الانزيم المفترض في بكتريا E. coli ونقي كبروتين مرتبط N-terminal strep-tagged protein. تم التعرف في الدراسة الحالية على الصفات الطيفية للانزيم ودلت النتائج على انه بهيئة لب بروتين apoprotein لهذا السبب اعيد تشكيله من خلال الحضن مع FAD وأظهرت التجربة ان النسبة التي حققت أعادة تشكيل لكامل الأنزيم كانت 1: 20% (FAD: IVDH) مولار زيادة. كذلك قدرت الثوابت الحركية لأنزيم reconstituted IVDH, أذ أظهر الأنزيم فعالية نوعية تجاه مادة التفاعل isovaleryl-CoA وقد كانت قيم كل من ثابت ميكالس (Km) والسرعة القصوى (Vmax) 600 ملي وحدة/ ملغم و 7.13 مايكرومول على التوالي. وأخيرا تم التحري عن التركيب الرباعي للأنزيم المؤتلف IVDHبطريقة كروماتوكرافيا الترشيح بالهلام وبأستخدام عمود HiLoad 16/60 Superdex 200 أذ أظهر الأنزيم وزنا جزيئيا قدر ب 171640 دالتون.ينتمي انزيم Isovalery-CoA Dehydrogenase (IVDH) الى مجموعة flavoproteins والذي يعمل على ادخال اصرة مزدوجة نوع ترانس بين ذرتي الكاربون 2 و3 لمادة التفاعل Isovaleryl-CoA, وهو مركب وسطي ينتج خلال مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. تم خلال استجوات جينوم بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222 تشخيص الجين Pden_3633 على انه احد الجينات المرشحة للتشفير عن أنزيم IVDH. وفي دراسة سابقة استطاع رافد وجماعته (تحت النشر) من الحصول على ناتج تعبير هذا الانزيم المفترض في بكتريا E. coli ونقي كبروتين مرتبط N-terminal strep-tagged protein. تم التعرف في الدراسة الحالية على الصفات الطيفية للانزيم ودلت النتائج على انه بهيئة لب بروتين apoprotein لهذا السبب اعيد تشكيله من خلال الحضن مع FAD وأظهرت التجربة ان النسبة التي حققت أعادة تشكيل لكامل الأنزيم كانت 1: 20% (FAD: IVDH) مولار زيادة. كذلك قدرت الثوابت الحركية لأنزيم reconstituted IVDH, أذ أظهر الأنزيم فعالية نوعية تجاه مادة التفاعل isovaleryl-CoA وقد كانت قيم كل من ثابت ميكالس (Km) والسرعة القصوى (Vmax) 600 ملي وحدة/ ملغم و 7.13 مايكرومول على التوالي. وأخيرا تم التحري عن التركيب الرباعي للأنزيم المؤتلف IVDHبطريقة كروماتوكرافيا الترشيح بالهلام وبأستخدام عمود HiLoad 16/60 Superdex 200 أذ أظهر الأنزيم وزنا جزيئيا قدر ب 171640 دالتون.


Article
Cloning, Expression and Purification of Putative Isovaleryl-CoA Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans Pd1222
أستنسال وتعبير وتنقية الانزيم المفترض Isovaleryl-CoA dehydrogenase من بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222

Authors: Rafid M. Karim رافد محمد كريم --- Abdulkareem Jasim Hashim عبد الكريم جاسم هاشم
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 2B Pages: 1142-1149
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In Paracoccus denitrificans Pd1222 bacterium, Pden_3633 encoding gene has been nominated to encode for Isovaleryl CoA dehydrogenase (IVDH) [1], the enzyme which involve in leucine catabolism pathway. In this study, this putative IVDH was investigated. IVDH encoding gene from P. denitrificans Pd1222 in addition to desired features for cloning, expression and purification have been designed and synthesized. The synthetic coding sequence was expressed in Escherichia coli. The enzyme was purified as a Strep-Tagged protein with a total protein 220.5 mg. An apparent molecular weight of 42.9 kDa was determined on SDS gel. Amino acid alignment showed a very high similarity (91-96%) with corresponding IVDH from several other Paracoccus species. As for genera other than Paracoccus; Roseovarius mucosus, Catellibacterium nectariphilum and Oceanicola nanhaiensis recorded the highest similarity (85-86%), Suggesting that these mentioned species all have similar IVDH.

الجين Pden_3633 هو احد الجينات المرشحة للتشفير عن انزيم Isovaleryl-CoA dehydrogenase (IVDH) [1], احد الانزيمات المشاركة في مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. في هذه الدراسة تم التحري عن هذا الانزيم المفترض, اذ تم تصميم وتصنيع جين IVDH من P. denitrificans Pd1222 ليشتمل على الصفات المرغوبة للأستنسال والتعبير والتنقية. تم الحصول على ناتج تعبير التتبعات الصناعية في بكتريا E. coli. نقي الانزيم كبروتين مرتبط Strep-Tagged IVDH بقيمة بروتين كلي 220.5 ملغم, كما اظهر الانزيم وزنا جزيئيا قدر ب 42.9 كيلو دالتون على هلام SDS. أظهر تطابق الأحماض الأمينية تشابهات عالية جدا مع انزيمات IVDH المفترضة في العديد من أنواع Paracoccus (% 91-96), اما بالنسبة للأنواع من غير جنس Paracoccus فقد سجلت كلا من Roseovarius mucosus و Catellibacterium nectariphilum و Oceanicola nanhaiensis أعلى نسب تشابهات (% 85-86 ) مما يوحي بأن جميع هذه الانواع المذكوره لها IVDH متشابه.


Article
The study of variations in lipid profile and GLP-1 enzyme levels of obese in sample of Iraqi population
دراسة التغايرات في مستويات مرتسم الدهون وانزيم GLP-1 للمصابين بالبدانة في عينة من المجتمع العراقي

Loading...
Loading...
Abstract

The present study conducted on 120 males obese and 50 healthy males, their age ranged from 20-50 years. The patients were divided into 3 groups based on Body Mass Index (BMI) and Central Obesity (CO.); it has noticed that there is a significant relation between both indexes. Effect of the obesity on the lipid profile was investigated, the results showed that there is an elevated in TG, TC, LDL-C, VLDL-C and lowered in HDL-C for all three obesity groups compare with control group. Also, Significant differences (P≤0.05) revealed in TG, TC, LDL-C and VLDL-C among three obesity groups and the greatest differences recorded in group III obesity (279.52±1.10, 261.02±1.13, 169.32±1.81, and 55.08±1.33 mg/dl respectively) followed by group II obesity (216.58±1.79, 228.20±1.28, 135.41±1.21 and 40.34±1.17 mg/dl respectively) and then group I obesity (152.00±1.81, 168.47±1.11, 104.33±1.99 and 27.90±1.46 mg/dl respectively). No significant differences observed in HDL-C among groups I, II and III obesity (34.23±1.59, 36.65±1.78, 35.08±1.12 mg/dl respectively). The study included investigate for serum GLP-1 enzyme levels, a lowered in GLP-1 levels was observed in groups I, II and III obesity (39.33±1.31, 35.58±1.87, 35.56±1.66 pM respectively) compare with control (62.50±1.50 pM). Besides having a highly significant correlation (P≤0.01) between GLP-1 level and both indexes (BMI and CO.) in which an elevated in BMI and CO. were correlated to an lowered in GLP-1 level.

اجريت الدراسة على 120 فرد من الذكور المصابين بالبدانة و 50 فرد من الذكور الاصحاء ، تراوحت اعمارهم من 20-50 سنة ، تم تقسيم المصابين الى ثلاث مجاميع اعتماداً على مؤشر كتلة الجسم BMI والبدانة المركزية CO. اذ لوحظ وجود علاقة ارتباط معنوية بين المؤشرين . تم التحري عن تأثير البدانة على مستويات مرتسم الدهون واظهرت النتائج بارتفاع TG ،TC ، LDL-C و VLDL-C وانخفاض HDL-C لمجاميع البدانة الثلاثة مقارنة مع مجموعة السيطرة ، كذلك وجدت فروق معنوية P≤0.05 فيTG ،TC ، LDL-C و VLDL-C بين مجاميع البدانة الثلاثة وكانت اعلى ما يكون في مجموعة البدانة III اذ كانت (279.52±1.10 mg/dl ، 261.02±1.13 ، 169.32±1.81 ، 55.08±1.33 على التوالي) يليها مجموعة البدانة II(216.58±1.79 mg/dl ، 228.20±1.28 ، 135.41±1.21 ، 40.34±1.17 على التوالي) ومن ثم مجموعة البدانة I (152.00±1.81 mg/dl ، 168.47±1.11، 104.33±1.99 ، 27.90±1.46 على التوالي) ، في حين لم توجد فروق معنوية في HDL-C بين مجاميع البدانة الثلاثة اذ كانت (34.23±1.59 mg/dl ، 36.65±1.78 ، 35.08±1.12 على التوالي) . كذلك شملت الدراسة التحري عن مستويات GLP-1 اذ انخفضت قيمة انزيم GLP-1 للمجاميع الثلاثة وكانت (39.33±1.31 pM ، 35.58±1.87 ، 35.56±1.66 على التوالي) مقارنة مع مجموعة السيطرة (62.50±1.50 pM) . بالإضافة الى وجود علاقة ارتباط عالية المعنوية P≤0.01 بين الانزيم ومؤشر كتلة الجسم BMI والبدانة المركزية CO. اذ ان ارتفاع قيمة كلا المؤشرين كان مصحوبا بانخفاض قيمة الانزيم .

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (2)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2016 (2)

2015 (1)