research centers


Search results: Found 5

Listing 1 - 5 of 5
Sort by

Article
Application of Low pH as a Curing Agent of Plasmid DNA in Streptomyces as Compared with other Agents
الأس الهيدروجيني المنخفض محيدا لمحتوى الـ DNA البلازميدي لجرثومة Streptomyces مقارنه بمحيدات أخرى

Author: Rayan M. Faisal ريان مازن فيصل
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2010 Volume: 21 Issue: 1A Pages: 40-53
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Fourteen strain of Streptomyces were obtained from a previous study and their identity was ascertained by using slide culture method that showed their aerial and earthy hyphae. Antibiotic susceptibility of the strains towards Nalidixic acid, Ampicillin, Chloramphenicol, Cefalexin, Rifamycin and Gentamycin were tested and the four most resistant were selected for subsequent analysis. Spontaneous curing was obtained as a control sample and we noticed (0-4%) curing percentage, after treatment of the isolates with acidic pH we noticed (22-100%) curing percentages towards the antibiotics understudy .Then we used various chemical and physical curing agents to compare them with acidic pH treatment. We found that elevated temperature, acridine orange (50g/ml), (100g/ml), SDS (50g/ml) and (100g/ml) had the ability to cure the isolates at various percentages (4-60%), (0-20%), (0-12%), (0-6%), (4-20%) respectively. This indicated that using the acidic pH has an effective curing ability to cure the plasmid DNA of Streptomyces much better than other well known curing agents .Low pH is also much easier and safer to handle as compared with chemical compounds that can be mutagenic to chromosomal DNA and harmful to the researcher himself .

أخذت 14 سلالة من جرثومة Streptomyces من دراسة سابقة وجرى التأكد من التشخيص ثانيةً بإعادة زرعها على مزرعة الشريحة لملاحظة شكل الغزل الهوائي والأرضي لها، أختبر مقاومتها تجاه المضادات الحيوية حامض النالدكسيك والامبسلين والكلورامفينيكول والسيفالكسين والريفامايسين والجنتامايسين واستناداً لاختلاف المقاومة تم اختيار 4 سلالات الأكثر مقاومة للمضادات قيد الدراسة. أجري التحييد التلقائي لهذه السلالات كنموذج سيطرة وكانت نسبة التحييد (0 – 4%) ثم أجري التحييد باستخدام الأس الهيدروجيني ألحامضي(pH) إذ حصلنا على نسب تحييد (22 – 100%) تجاه المضادات الحيوية قيد الدراسة ثم استخدم محيدات فيزياوية وكيمياوية لإجراء مقارنة مع التحييد بالأس الهيدروجيني ألحامضي إذ استخدمت درجة الحرارة والاكردين البرتقالي بتركيز 100 µg/ ml , 50 µg/ ml ومادة الـ SDS بتركيز 100 µg/ ml , 50 µg/ ml إذ حصلنا على نسب تحييد (4 – 60%) و (0 – 20%) و (0 – 12%) و (0 – 6%) و (4 – 20%) على التوالي مما يثبت بأن استخدام الأس الهيدروجيني الحامضي له تأثير تحييدي أقوى في تحييد محتوى الـ DNA البلازميدي لجرثومة Streptomyces من بقية المحيدات شائعة الاستخدام بالإضافة إلى سهولة التعامل معه مقارنة بالمحيدات الكيمياوية التي بعضها يكون مطفراً للـ DNA الكروموسومي للبكتريا وفيه مخاطر أيضا على الباحث نفسه.

Keywords


Article
Detection of Sex Pheromone Production in Isolates of Enterococcus faecalis that Increases Conjugation Frequency
الكشف عن إنتاج الفيرمونات الجنسية في عزلات جرثومة Enterococcus faecalis والتي تزيد من تردد الاقتران

Author: Rayan M. Faisal ريان مازن فيصل
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2012 Volume: 23 Issue: 3E Pages: 50-57
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Eight isolates of Enterococcus faecalis previously identified by API20 strep for Enterococci from diarrheal cases were used in the present study. Resistance towards ampicillin, cefalexin, tetracycline, chloramphenicol, gentamicin, erythromycin, streptomycin and nalidixic acid was determined and the results showed different antibiotic resistance pattern. The presence of a conjugation system in Enterococcus isolates was determined by mating with plasmid free strain of E.coli JM83, the results indicated the presence of conjugative system in isolates number 3,4,6 and 7 corresponded with the transfer of antibiotic resistance genes for cefalexin, tetracycline, gentamicin and nalidixic acid to recipient strain of E.coli JM83 at a frequency of (0.24 - 0.55×10-7) which may indicate the presence of an F plasmid in these isolates. The ability of the Enterococcus isolates to produce sex pheromone was detected by treating the conjugation mixture of the isolates 3,4,6 and 7 with E.coli JM83 with pheromones isolated from the isolates 1,2,5 and 8 separately. The results showed the ability of the pheromone isolated from isolate 2 to increase the conjugation frequency to (0.16×10-5) between isolate 6 and the recipient strain of E.coli JM83 which indicates the presence of a pheromone-responsive plasmid in the isolate 6 that is induced with the pheromone produced by isolate 2.

استخدمت في هذه الدراسة 8 عزلات تعود للنوع E. faecalis مشخصة مسبقا باستخدام فحص API20strep الخاص بجرثومة Enterococcus والمعزولة من حالات اسهال. فحصت قابلية مقاومة العزلات تجاه مضادات الامبسلين والسيفالكسين والتتراسايكلين والكلورامفينيكول والجنتامايسين والارثرومايسين والستربتومايسين وحامض النالدكسيك، و أوضحت النتائج ظهور تباين في مقاومة العزلات للمضادات قيد الدراسة. حدد امتلاك العزلات قيد الدراسة لنظام اقتران من خلال إجراء الاقتران بينها وبين العزلة القياسية E. coli JM83 الخالية من البلازميدات حيث اتضح امتلاك العزلات 3 و 4 و 6 و 7 لبلازميدات الخصوبة والتي رافقها انتقال مورثات المقاومة لمضادات السيفالكسين والتتراسايكلين والجنتامايسين وحامض النالدكسيك إلى السلالة القياسية E. coli JM83 وتراوح تردد الاقتران بين ( 0.27-0.55 × 10-7 ) مما قد يشير لامتلاك هذه العزلات بلازميدات الخصوبة. شخصت قدرة عزلات جرثومة Enterococcus على إنتاج الفيرمونات الجنسية من خلال معاملة مزيج الاقتران للعزلات 3 و 4 و 6 و 7 مع السلالة القياسية بالفيرمونات المعزولة من العزلات 1 و 2 و 5 و 8 كلا على حدة، أظهرت النتائج قدرة الفيرمون المعزول من العزلة 2 على رفع تردد الاقتران إلى (0.16× 10-5) بين العزلة 6 والسلالة القياسية E. coli JM83 مما يدل على امتلاك العزلة 6 بلازميدات مستجيبة للفيرمون يمكن تحفيزها بالفيرمون المنتج من العزلة 2.


Article
The Application of the Mutagen Nitrous Acid to Improve the Free Living Nitrogen Fixation Ability of Azotobacter spp.
استخدام المطفر حامض النتروز في تحسين عمل بكتريا spp. Azotobacter المثبتة للنتروجين بصورة حرة

Author: Rayan M. Faisal ريان مازن فيصل
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2013 Volume: 24 Issue: 1E Pages: 44-54
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Three previously isolated Azotobacter spp. were obtained from a previous study and their identification and sensitivity were confirmed to seven different antibiotics. They showed resistance against chloramphenicol (C15) and nalidixic acid (NA30) but all were sensitive to ampicillin (AM50), tetracycline (TE15), cefalexin (CL30), rifamycin (RA10) and streptomycin (S50). Plasmid DNA electrophoresis revealed that isolates contain a single band of DNA with a m.wt. of 14kb. The isolates were mutagenized by nitrous acid at a concentration of 0.05M for 10 min which gave mutations at a percentage of (12-21%), (8-18%) and (2-8%) towards (C15), (NA30) and (S50) respectively, (6-20%) of the mutagenized isolates showed an ability to grow at 42oC and (18%) of the isolate A3 showed inability to fix nitrogen. Three mutagenized colonies from each isolate were selected depending on its mutation frequency, all were able to fix nitrogen, had the ability to grow on 42oC and carried one or more antibiotic mutation. The amount of ammonia excreted in µg/ml at 28,37 and 42oC was recorded at intervals of three days for 15 days for the three wild type and all selected mutagenized isolates. The best amount of ammonia excreted was at 37oC at the 12th day of incubation for the mutagenized isolate A2, 15 that was 12.0, 12.5 and 7.5µg/ml at 28,37 and 42oC respectively. All mutagenized isolates had the ability to excrete ammonia at 42oC at a percentage of (4.5- 7.5)µg/ml therefore these mutagenized isolates could be used as bio-fertilizers in Iraqi soils that are affected to such temperatures for many periods of the year.

تم الحصول على ثلاث عزلات من جرثومة Azotobacter spp.من دراسة سابقة، اختبرت حساسيتها لسبعة مضادات حيوية ولوحظ ان الجميع مقاومة للكلورامفينيكول وحامض النالدكسيك وحساسة تجاه الامبسلين والتتراسايكلين والسيفالكسين والريفامايسين والستربتومايسين. اظهرت نتائج الترحيل الكهربائي احتواء عزلاتنا قيد الدراسة على حزمة مفردة من البلازميد بوزن جزيئي 14 كيلو قاعدة. طفرت هذه العزلات باستخدام حامض النتروز بتركيز (M 0.05) لمدة 10 دقائق والذي اعطى نسب تطفير (12-21%) و (8-18%) و (2-8%) تجاه المضادات الكلورامفينيكول وحامض النالدكسيك والستربتومايسين على التوالي. كما لوحظ نسبة تطفير (6-20%) لمستعمرات مقاومة للحرارة 420م وكانت نسبة التطفير في مورثات تثبيت النتروجين (18%) في العزلة A3 في حين لم يلاحظ هذا في بقية العزلات. انتخبت ثلاث عزلات مطفرةمن كل عزلة اصلية قيد الدراسة اعتمادا على تردد الطفرات فيها بحيث كانت كل العزلات المنتخبة قادرة على تثبيت النتروجين ومقاومة لدرجة حرارة 420م ومطفرة لواحد او اكثر من المضادات الحيوية، وتم تقدير كمية الامونيا المفرزة بالمايكروغرام / مل كل ثلاثة ايام للعزلات المطفرة المنتخبة ومقارنتها بالاصلية عند الدرجات الحرارية 28 و 37 و 420م حيث كان اعلى افراز للامونيا في اليوم الثاني عشر عند درجة حرارة 370م بالنسبة للعزلة المطفرة A2,15 والذي بلغ 12.0 و 12.5 و7.5 مليكروغرام/ مل في الدرجات الحرارية 28 و 37 و 420م على التوالي كما تمكنت العزلات المطفرة من النمو على 420م وافراز الامونيا بتراكيز تراوحت بين (4.5-7.5µg/ml) مما يمكن الاستفادة من هذه العزلات المطفرة باعتبارها مخصبات بايولوجية يمكن اضافتها الى الترب العراقية والتي تصل حرارتها الى 420م لاوقات طويلة من السنة.


Article
DETERMINING THE CELLULASE GENE LOCATION OF SOME PSEUDOMONAS SPECIES ISOLATED FROM SOIL AND STUDYING THE POSSIBILITY TO INCREASE CELLULASE DEGRADATION BY PLASMID DNA AMPLIFICATION TECHNIQUE
تعيين مواقع المورثات المحللة للسليلوز في بعض الأنواع العائدة لجنس Pseudomonas ودراسة إمكانية زيادة قدرة التحلل بإستعمال تقنية تضخيم محتوى الـDNA البلازميدي

Author: Rayan M. Faisal ريان مازن فيصل
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 2 Pages: 151-162
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Twenty six cellulose-degrading bacterial isolates were isolated from different soil samples from Nineveh governorate, these isolates were checked for antibiotic resistance towards Tetracycline, Nalidixic acid, Cefalexin, Ampicillin and Chloramphenicol, according to their resistance pattern eight of them were chosen for diagnosis. The study found that all these isolates belonged to Pseudomonas putida. Curing by elevated temperature was carried out to identify the cellulose degradation gene location, curing percentage of some isolates were between (4-31%) which may give a fact that these isolates may carry cellulose genes on their plasmids. On the other hand some isolates failed to be cured probably because their cellulose genes were chromosomal. Plasmid amplification by 150µg/ml chloramphenicol was studied for all isolates that carried plasmid for cellulose degradation, we found that the isolate (19) had the ability to amplify its plasmid content. Certification that cellulase plasmids were amplified was done by comparing the CO2 evolution for the original and the amplified isolate per week.

تم عزل 26 عزلة محللة للسليلوز من ترب مختلفة في محافظة نينوى فحصت هذه العزلات تجاه مقاومتها للمُضادات الحيوية التتراسايكلين وحامض النالدكسيك والسيفالكسين والأمبسلين والكلورامفينيكول وإعتماداً على مقاومتها للمُضادات الحيوية أنتخبت ثمأن عزلات لغرض تشخيصها ولوحظ أن جميعها تعود للنوع Pseudomonas putida . أُجري تحييد محتوى الـ DNA البلازميدي لهذه العزلات بإستعمال درجة حرارة °45م كعامل محيد وذلك لغرض الكشف عن مواقع المورثات المحللة للسليلوز إذ تم الحصول على نسب تحييد تراوحت بين (%31-4) لبعض العزلات مما يعتبر مؤشراً على حمل هذه المورثات على جزيئات بلازميدية بينما لم يعطي البعض الاخر نسبة تحييد مما يدل على حملها على الكروموسوم. درست قابلية التضخيم البلازميدي للعزلات التي تحمل مورثات السليلوز بلازميديا بإُستعمال تركيز 150 مايكروغرام/مليلتر من مضاد الكلورامفينيكول ولوحظ أن العزلة ذات الرمز19 كأن لها القدرة على تضخيم محتواها البلازميدي وتم التأكد من أن البلازميدات التي تحمل مورثات تحلل السليلوز هي التي حصل لها التضخيم وليس غيرها من خلال إجراء مقارنة بين العزلة الاصلية والعزلة المضخمة محتواها البلازميدي من حيث كمية الـ CO2المتحرر مقارنة بالزمن.


Article
Determining the location of some Antibiotic- Coding Genes in Streptomyces spp
تعيين مواقع المورثات المنتجة للمضادات الحيوية في جرثومة spp. Streptomyces

Authors: Essra G. Al-Sammak اسراء غانم السماك --- Khalid D. Ahmed خالد دحام احمد --- Rayan M. Faisal ريان مازن فيصل
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2009 Volume: 20 Issue: 1A Pages: 11-22
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Twelve isolates belonging to the species streptomyces antibioticus(3), S. albus (2), S. streptovaticillium(1), and S. purpureus (5) were checked for their ability to resist different antibiotics. The results showed variation in their pattern of antibiotic resistance. The antibiotic production ability of these isolates was tested and it was found that five of them are antibiotic producers while the rest were not. Two methods were used to determine the location of genes encoding antibiotics, conjugation and plasmid curing. Conjugation between each of the isolates of streptomyces as donars and the laboratory strain E. coli JM83 as a recipient produced no transconjugant colonies capable of antibiotic production .Treating the original donar isolates with ethidium bromide (25µg/ml), showed that 40% of the isolate (4) lost their ability to produce antibiotics. This result suggests that the genes encoding antibiotic production are located on the plasmid DNA.Failure of curing colonies towards antibiotic production in the isolates 1,8 may indicate that antibiotic resistant trait is located on the chromosomal DNA in these isolates.

اخذت 12 عزلة مشخصة سابقا تابعة للانواع (3) Streptomyces antibioticus وS. albus (3) و(1) S . streptovaticillium و(5) S. pupureus المعزولة من التربة. اختبرت مقاومتها تجاه مضادات حيوية مختلفة واظهرت النتائج تباينا في المقاومة بين العزلات قيد الدراسة، ثم اختبرت قدرة هذه السلالات على انتاج المضاد ضد بعض الجراثيم الموجبة والسالبة لصبغة كرام ولوحظ من بينها خمسة عزلات منتجة للمضاد. استخدمت طريقتان في تعيين مواقع المورثات المنتجة للمضادات الحيوية الاولى بالاقتران بين العزلات قيد الدراسة وسلالة المختبرية E . coli JM83. اذ لم تحمل المستعمرات المقترنة صفة انتاج المضاد، والثانية بتحييد محتوى الـ DNA البلازميدي للعزلات التي نجحت بالاقتران كواهب باستخدام المحييد بروميد الايثيديوم بتركيز (25g/ml). تم التأكد من ان العزلة (4) تمتلك بلازميدات تشفر لصفة انتاج المضادات الحيوية بعد الحصول على نسبة تحييد 40%. أما العزلتان 1 و 8 فتحملان هذه المورثات على الكروموسوم لعدم حدوث تحييد لهذه الصفة في كلتا العزلتين.

Listing 1 - 5 of 5
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (5)


Language

Arabic (3)

English (2)


Year
From To Submit

2013 (1)

2012 (2)

2010 (1)

2009 (1)