research centers


Search results: Found 2

Listing 1 - 2 of 2
Sort by

Article
Detection of Exotoxin A gene in Pseudomonas aeruginosa from Clinical and Environmental samples

Authors: Wathiq Abbas Al-Daraghi --- Zaid Husamuldeen Abdullah
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2013 Volume: 16 Issue: 2 Pages: 167-172
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

PCR was used to detect Pseudomonas aeruginosa from clinical and environmental samples by amplifying a 396-bp region of the exotoxin A (ETA) structural gene sequence. Specific primer amplified ETA – positive P. aeruginosa DNA, whereas other species of Pseudomonas and GC-rich bacteria did not yield any 396-bp fragment. The specificity of the assay was 1% (just one isolate from 100 isolates used in this study(,this gene is not present in these isolates which means that these isolates do not have the ability to produce the Exo A toxin. With this PCR method, ETA – positive P. aeruginosa was detected only in one water sample in comparison with the use of the 16SrDNA gene which yielded 100% positive results of all tested isolates. This PCR method is rapid and more accurate than other diagnostic methods for the identification of P. aeruginosa strains, and it can be used to detect a low level of P. aeruginosa from different samples without using a selective medium or additional biochemical tests.

استخدمت تقنية الـ PCR للتحري عن بكتريا الـ Pseudomonas aeruginosa مِن العيناتِ السريريةِ والبيئيةِ بتَضْخيم منطقة حجمها 396bp من تسلسل السلسلة الهيكليةِ للجين exotoxin A (ETA) . يقوم بادئ متخصص بتضخيم الجين في البكتريا الموجبة لوجود الجين فيها, بينما الانواع الاخرى لجنس السيدوموناس وغيرها من البكتريا الغنية بمحتوى القواعد GC لاتعطي أي ناتج للتضخيم . يبلغ التخصص لهذه الطريقة 1 % فقط (فقط عزلة واحدة من مئة عزلة استخدمت في هذه الدراسة), امكانية عدم وجود الجين في السلالات قيد التحري والذي يعني انها غير قادرة على انتاج هذا النوع من السموم (Exo A toxin) . مع طريقة التضخيم هذه,تم فقط الكشف عن وجود عزلة واحدة موجبة لوجود الجين هذا فيها في عينة ماء واحدة فقط بالمقارنة مع تم استحصاله من نتائج لتضخيم الجين 16SrDNA gene الخاص بهذه البكتريا والذي اعطى نتائج ايجابية بنسبة 100% . تعتبر تقنية الـ PCR طريقة سريعة واكثر دقة من طرق التشخيص الاخرى للتحري عن بكتريا الـ Pseudomonas aeruginosa, وهي ممكن ان يستفاد منها حتى في كشف الكميات القليلة جدا من البكتريا في النماذج المختلفة من دون الحاجة لاستخدام اوساط اختيارية للنوع المعين او دون اللجوء لاجراء الاختبارات البيوكيميائية التقليدية.

Keywords


Article
Use of PCR to Detection Pseudomonas aeruginosa from Clinical Samples in Hilla Teaching Hospital

Authors: Alaa Makki Gabar --- Wathiq Abbas Al-Daraghi
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2016 Volume: 24 Issue: 5 Pages: 1414-1420
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Wounds, burns, urinary tract infection (UTI) and ear infections are often difficult to treat due to various bacterial pathogens. Pseudomonas aeruginosa is one of the common invaders of this infection . Precise diagnosis of this etiological agent in this infection is of critical importance particularly in treatment of problematic cases. The existing diagnostic methods have certain limitations particularly related to specificity. This study was aimed to reliable diagnosis of P. aeruginosa from samples enrichment in nutrient broth PCR was used to detect P. aeruginosa with two primers targeted one gene saved in housekeeping gene (gyr b). The first primer (gyr b190) amplified 190-bp fragment , whereas other bacteria did not yield any 190-bp fragment. The specificity of the assay was 100% . PCR method depending on primer gyr b190 is rapid and more accurate than other diagnostic methods for the identification of P. aeruginosa strains, and it can be used to detect P. aeruginosa from clinical samples without using a selective medium or additional biochemical tests. While second primer gyr b222 amplified gyr b with fragment 222bp only when using a selective medium, but in nutrient broth get false negative.

الجروح، والحروق، والتهاب المسالك البولية (UTI)، والتهاب الأذن غالبا ما يصعب علاجها ويرجع ذلك الى مختلف مسببات الأمراض البكتيرية. الزائفة الزنجارية Pseudomonas aeruginosa هي واحدة من الغزاة المشتركة لهذه العدوى. التشخيص الدقيق لهذا العامل المسبب للمرض في هذه الالتهابات ذو أهمية حاسمة خاصة في علاج الحالات المستعصية . الأساليب التشخيصية الموجودة لديها بعض القيود المتعلقة بشكل خاص للخصوصية. وتهدف هذه الدراسة إلى تشخيص موثوق للزائفة الزنجارية من عينات نميت في وسط معزز للنمو(Nutrient broth). تم استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل PCR للكشف الزائفة الزنجارية مع اثنين من البوادء استهدفت أحد الجينات المحفوظة (Housekeeping genes) وهو (gyr b gene ). البادء الأول (gyr b190) ضخم قطعه قدرها 190 bp، في حين أن البكتيريا الأخرى لم تسفر عن أي قطعة عند 190 bp. كانت خصوصية الفحص 100٪. طريقة PCR التي اعتمدت على البادء gyr b190 سريعة وأكثر دقة من الطرق التشخيصية الأخرى لتحديد سلالات الزائفة الزنجارية ، ويمكن استخدامه للكشف عن الزائفة الزنجارية من العينات السريرية دون استخدام وسيلة انتقائية أو الاختبارات البيوكيميائية إلاضافية. في حين البادء الثاني gyr b222 ضخم قطعه قدرها 222bp فقط عند استخدام اوساط زرعية انتقائية ، ولكن في الاوساط المعززة للنمو اعطى نتيجة سلبية كاذبة.

Listing 1 - 2 of 2
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (2)


Language

English (1)


Year
From To Submit

2016 (1)

2013 (1)