research centers


Search results: Found 7

Listing 1 - 7 of 7
Sort by

Article
GENETIC DIVERSITY ANALYSIS FOR NUMBER OF DATE PALM VARIETIES IN AL-ANBAR USING THE RAPD-PCR TECHNIQUE
تحليل التنوع الوراثي لعدد من أصناف نخيل التمر في الأنبار باستخدام مؤشر RAPD-PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The present study deals with the application of RAPD markers to study ten varieties of date palm in order to determine the genetic relationship and genetic distance among them. also aimed to determine the DNA fingerprinting for some of them. DNA was isolated from fresh leaves of date palm trees using CTAB method. The purity of DNA is ( 1.6-1.85 ) RAPD reactions had been conducted by using 12 primers. Three of them had not been detected, i.e. link sites which include OPN-16, OPZ-7 and OPF-10. Other nine primers show 617 bands 200 of them are main bands and 417 are a variety of Polymorphic bands. The primer OPW 13 has recorded the highest number of binding sites that makes 89 bands. The lower number of binding sites noticed 48 bands of the primer OPN 14. The ( Jouzi) cultivar has recorded the highest number of binding sites making 7 bands. The variety (Barban), however, is characterized with having the least number of binding sites by 40 bands.The results of genetic distance of the RAPD interactions had revealed that the minimum value of the genetic distance (0.0966) are between the two cultivar ( Ashrasee 8) and ( Dakwani 9), the highest value of genetic distance is (0.3214) between the two varieties ( Uwainat Ayyub 6) and ( Braban10). According to these values and regarding to genetic relationship , ten varieties had been classified into three main groups, the first group had included the variety( Ashrasi 8), ( Dakwani 9) and (Braban 10). The second group includes the two varieties ( Um Balaleez 2) and ( Asabia Alaroos 5). The third group includes two single varieties that include ( Assabia Alaroos 5) and ( Jouzi 4) and ( Maya 7). The second group includes the varieties ( Tibarzal, ( Khiarah 3) and( Uwaynat Ayyub 6)

تناولت الدراسة تحليل التنوع الوراثي من خلال تحديد العلاقة الوراثية والبعد الوراثي بين عشرة أصناف من نخيل التمر, مع تحديد البصمة الوراثية لبعض الأصناف باستخدام مؤشر الـRAPD.استخلص الـ DNA من الأوراق الفتية لأصناف النخيل المدروسة باستخدام طريقة CTAB , بنقاوة تراوحت ( 1.85-1.6 ) وانتجت تفاعلات الـRAPD ان هناك ثلاث بادئات من اصل 12 بادئا لم تُظهر أي موقع ارتباط وهي OPF-10 و OPN-16 و OPZ-7 , أما التسع الباقية فقد أظهرت 617 حزمة, منها 200 حزمة عامة بنسبة مئوية 32.41 % و417 حزمة متباينة بنسبة مئوية 67.58 % , وسجل البادئ OPW-13 أعلى عدد من مواقع الارتباط , بواقع 89 حزمة وبنسبة مئوية 14.42 % , و أقل عدد مواقع ارتباط فكانت 48 حزمة بنسبة مئوية 7.77% في البادئ OPN-14 , وسجل الصنف جوزي (4) أعلى عدد من مواقع الارتباط بواقع 70 حزمة بنسبة مئوية 11.34 % , أما الصنف بربن (10) فامتاز بامتلاكه اقل عدد من مواقع الارتباط بـ 40 حزمة وبنسبة مئوية 6.48 % .أظهرت نتائج البعد الوراثي لتفاعلات الـ RAPD أن أقل قيمة للبعد الوراثي ( 0.0966 ) كانت بين الصنفين أشرسي(8) ودكواني(9) و أعلى قيمة بعد وراثي كانت ( 0.3241) بين الصنفين عوينة أيوب (6) وبربن ((10 وبالاستناد إلى هذه القيم تم ايجاد العلاقة الوراثية حيث قسمت الأصناف العشرة إلى ثلاث مجاميع رئيسية ضمت المجموعة الاولى الأصناف أشرسي (8) , دكواني(9) وبربن ( 10 ) أما المجموعة الثانية فضمت الصنفين أم بلاليز (2) وأصابع العروس (5) و المجموعة الثالثة فضمت مجموعتين فرعيتين شملت الأولى الصنفين جوزي (4) ومايع (7) والثانية شملت الأصناف تبرزل (1) , خيارة(3) وعوينة أيوب (6) .


Article
Genetic Diversity Assessment of Some Citrus Species Cultivated in Iraq Based on RAPD Molecular Marker.
الوراثية تقييم التنوع من بعض أنواع الحمضيات المزروعة في العراق بناء على RAPD الجزيئية ماركر.

Authors: Iqbal Harbi Mohammed Al-Zaidi اقبال الزبيدي --- SalwaJaberAbdulah Al-Awadi سلوى جابر --- Ali.Saeed.Atiyah.AL-Janabi علي سعيد الجنابي
Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2016 Issue: Special Second International Scientific Conference for the Life Sciences Pages: 23-30
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Genotyping of six Citrus accessions was carried out using RAPD marker .The genetic variability among the six Citrus accessions was estimated using six decamer RAPD primers. Five primers generated reproducible and easily storable RAPD profiles with a number of amplified DNA fragments ranging from nine to 12 ,the primer OPA – 17 was negative results . The total number of amplicons detected was 50, including unique bands reached seven polymorphism were 34,this represents a level of polymorphism of 68.33% and an average number of 6.8 polymorphic bands per primer. a maximum numbers of amplicons was amplified with primer OPA-18 reached 12 while the minimum number of fragments was amplified with primers OPA-12 and OPN-16 reached 9 respectively. The highest number of polymorphic bands reached 8 were obtained with primer OPN-16 and OPA-01respectively, while the highest number of monomorphic bands reached 3 was obtained with primer OPA-12 and OPS-147 with percentage reached 33.33% and 30 respectively. RAPD markers detected genetic distance and similarity , a maximum genetic distance value was observed between sour orange (SO) and sweet orange (OR) reached 0.578 with less similarity value reached 42%, a minimum genetic distance value was observed between sweet orange (OR) and mandarin (MA) reached 0.316 with high similarity value reached 69% . The similarity matrices were employed in the cluster analysis to generate a dendrogram using the UPGMA method. The cluster tree analysis showed that the citrus species were broadly divided into two main groups A and B. A group including two species were troyercitronge (TC) and sour orange (SO) with genetic similarity reached 56%. B group was divided into two sub-cluster B1 and B2 with genetic similarity reached 51%. The first sub-cluster (B1) including only citrone(CI) species but the second sub-cluster (B2) divided into two groups( B2A and B2B),the first group (B2A) included sweet orange (OR) and mandarin (MA) with high genetic similarity reached 69%, and second group (B2B) included volkamer lemon (VL) species only.

أجريت التنميط الجيني لستة انضمام الحمضيات خارج باستخدام علامة RAPD قدرت. والتباين الوراثي بين الانضمامات الحمضيات ستة باستخدام ستة الاشعال RAPD decamer. ولدت خمسة الاشعال الشخصية RAPD استنساخه وللتخزين بسهولة مع عدد من شظايا تضخيم الحمض النووي التي تتراوح بين تسعة إلى 12، وقانون التلوث النفطي التمهيدي - كان 17 نتائج سلبية. وكان العدد الإجمالي للamplicons الكشف عن 50، بما في ذلك وصلت عصابات فريدة كانت سبعة التعدد 34، وهذا يمثل مستوى من تعدد الأشكال من 68.33٪ ومتوسط ​​عدد 6.8 عصابات متعددة الأشكال في التمهيدي. وقد تضخمت أعداد أقصاها amplicons مع التمهيدي الذي تم التوصل إليه OPA 18 12 في حين تم تضخيم العدد الأدنى من شظايا مع الاشعال OPA-12 و OPN-16 وصلت 9 على التوالي. تم الحصول عليها بلغ أعلى عدد من عصابات متعددة الأشكال 8 مع التمهيدي OPN-16 وقانون التلوث النفطي، 01respectively، في حين بلغ أعلى عدد من العصابات monomorphic تم الحصول عليها 3 مع التمهيدي OPA-12 و OPS-147 بنسبة وصلت 33.33٪ و 30 على التوالي. علامات RAPD الكشف عن المسافة الوراثية والتشابه، لوحظ أقصى قيمة المسافة الجينية بين البرتقال الحامض (SO) والبرتقال الحلو (أو) قد بلغ 0.578 مع أقل قيمة التشابه صلت إلى 42٪، لوحظ الحد الأدنى قيمة المسافة الجينية بين البرتقال الحلو (أو) واليوسفي (MA) بلغ 0.316 مع قيمة تشابه عالية وصلت 69٪. تم توظيف المصفوفات التشابه في التحليل العنقودي لتوليد dendrogram باستخدام طريقة UPGMA. أظهر تحليل شجرة الكتلة التي الأنواع الحمضيات وتنقسم إلى مجموعتين رئيسيتين ألف وباء وكانت مجموعة من بينهم اثنان من الأنواع troyercitronge (TC) والبرتقال الحامض (SO) مع التشابه الجيني وصلت 56٪. تم تقسيم المجموعة (ب) إلى قسمين B1 مجموعة فرعية وB2 مع التشابه الجيني وصلت 51٪. أول المجموعة الفرعية (B1) بما في ذلك citrone فقط (CI) الأنواع ولكن المجموعة الفرعية الثانية (B2) وتنقسم الى مجموعتين (B2A وB2B)، ضمت المجموعة الأولى (B2A) البرتقال الحلو (أو) واليوسفي (MA ) مع التشابه الجيني عالية وصلت 69٪، وشملت المجموعة الثانية (B2B) volkamer الليمون (VL) أنواع فقط.


Article
دراسة الاختلافات الوراثية لأنواع نبات الداودي باستخدام مؤشرات AFLP

Author: جَنان قاسم حسين
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2012 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 32-39
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

The study was carried out at biotechnology laboratories- GCSAR- Syria in summer season 2010. The Amplified Fragment Length Polymorphism )AFLP( based on Polymerase Chain Reaction )PCR( with five primers were applied, was used to estimate fingerprinting and Genetic Distance for five cultivars of Chrysanthemum spp. )Incurved, Spidery, Reflexed, Anemone and Pompon(. Phases of work included, the isolation and purification of DNA plant parts and DNA polymorphisms were scored within amplified fragments by electrophoresis. The genetic analyses by using AFLP and Genetic Distance for Chrysanthemum cultivars genetic variability were determinately. High Genetic Distance Chrysanthemum cultivars (45.1%) in AFLP markers was registered between the two cultivars (Pompon X Incurved) and were found the lowest Genetic Distance )17.8%) between (Reflexed X Incurved) .

نفذت التجربة في مختبرات التقانات الاحيائية – الهيئة العامة للبحوث العلمية الزراعية - الجمهورية العربية السورية في صيف 2010. استخدمت تقانة تباينات أطوال القطع المتضاعفةAmplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) المعتمدة على تقانة PCR وبخمسة ازواج من البادئات، لايجاد البصمة الوراثية والنسبة المئوية للبعد الوراثي لخمسة انواع من نبات الداودي .Chrysanthemum spp (الكروية، العنكبوتية، المفتوحة، الانيمون والبنبون). تضمنت مراحل العمل عزل وتنقية DNA الاجزاء النباتية ثم الكشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل نوع بعد ترحيل العينات بجهاز الترحيل الكهربائي. بينت نتائج التحليل الوراثي بمؤشرات AFLP وبعد حساب النسبة المئوية للبعد الوراثي بين الانواع وجود تغايرات وراثية فيها، اذ بلغت اعلى نسبة مئوية للبعد الوراثي 45.1% بين النوعين بنبون والكروية، واقلها 17.8% بين النوعين المفتوحة والكروية.


Article
Analysis of Genetic Diversity in Maize(Zeamays L.)Varieties Using Simple Sequence Repeat(SSR)Markers

Authors: Nidhal AbdulHusseinAl-Badeiry --- Ali Hmood Al-Saadi --- Thamer Khadhair Merza
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 6 Pages: 1768-1779
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 41 alleles were detected among the tested varieties using 10 Simple Sequence Repeat (SSR) loci distributed on 9 chromosomes of maize.The molecular size of bands obtained from amplification of SSR products ranged from 91 to 288 bp. Alleles ranged from one in umc1653 to ten in bnlg1189 loci. The values of heterozygosity for each locus varied from 0.46 for umc1641 and umc1069 loci to 0.88 for bnlg1189 locus with a mean of 0.55. The polymorphic information content (PIC) values for the SSR loci ranged from 0.17 to 0.85, with an average of 0.44. The highest PIC values were observed in primers bnlg1017 (0.85) and umc1038 (0.79) and the lowest PIC values was observed in primer umc1946 (0.17).The study revealed that, the lowest genetic distance was (0.2410) between varieties IPA 5011 (lane 6) and Sarah (lane 8), while, the highest genetic distance was (0.7853) between varieties DKC 6120 (lane 15) and Manlcet (lane 19). The genetic similarity values ranging from (0.2147 to 0.7590) depending upon the genetic distance values that ranging from (0.2410 to 0.7853), which indicate the larger diversity with percentage of (24 to 78%) among the tested varieties. Analysis of the obtained results from genetic distances and Neighbor-joining dendrogram (unrooted tree) revealed that, the 20 tested maize varieties can be grouped into two major groups: one small cluster A containing 4 varieties and a large cluster B containing 16 varieties. The results obtained in this study may assist maize cultivation and in maize breeding programes.

تم الكشف عن 41 من الأليلات بين الأصناف باستعمال 10 من المواقع الوراثية ذات التتابع المتكرر البسيط (SSR) Simple Sequence Repeat والمنتشرة على تسعة من كروموسومات الذرة الصفراء. وتراوح الحجم الجزيئي للحزم الناتجة من تضاعف المواقع الوراثية للـ SSR من 91 إلى 288 زوج قاعدي. وتراوح عدد الأليلات في المواقع الوراثية من أليل واحد في umc1653 إلى عشرة أليلات في الموقع الوراثي bnlg1189. ووجد أن قيم التغاير الزايكوتي heterozygosity لكل موقع تراوح من0.46 في (umc1641) إلى 0.88 في (bnlg1189) وبمعدل قدره 0.55. تراوحت قيم محتوى المعلومات متعددة الأشكال (PIC) polymorphic information content لكل موقع وراثي من0.17 إلى 0.85، وبمعدل قدره 0.44. ولوحظ أن أعلى قيمة للــ PIC كانت للبادئين bnlg1017 (0.85) وumc1038 (0.79) في حين كانت أقل قيمة في البادئ umc1946 (0.17). توصلت الدراسة من خلال هذا المؤشر الجزيئي إلى أن أقل بعد وراثي هو(0.2410) والذي حصل بين الصنفينIPA 5011 (رقم 6) والصنف سارة (رقم 8)، بينما وجدت أكبر بعد وراثي هو (0.7853) بين الصنفين DKC 6120 (رقم 15) و Manlcet (رقم 19). وعلى أساس قيم البعد الوراثي تم إيجاد قيم التشابه الوراثي التي تراوحت من 0.2147 إلى 0.7590، والتي تشير الى التنوع الكبير الذي نسبته (24 إلى 78%) بين الأصناف المدروسة. كشف تحليل النتائج التي تم الحصول عليها من البعد الوراثي وشجرة العلاقة الوراثية Neighbor-joining dendrogram إلى أن كل الأصناف قيد الدراسة توزعت إلى مجموعتين رئيسيتين: مجموعة واحدة صغيرة تدعى A تحتوي على أربعة أصناف، ومجموعة كبيرة تدعى B تحتوي على ستة عشر صنفا. النتائج التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة يمكن أن تساعد في زراعة الذرة الصفراء وبرامج تربيتها.


Article
Genetic Diversity of Iraqi of Common Reed Phragmitesaustralis by Using RAPD Technique
دراسة التنوع الوراثي للقصب البري Phragmites australis في العراق بإعتماد تقنية RAPD

Loading...
Loading...
Abstract

Genetic diversity was studied in 31 Iraqi common reed samples , which were collected from Iraqi marshes in Basrah , Messan and Thi-Qar provinces and also from different areas in Baghdad province . Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique was used for evaluation of genetic diversity between collected samples . Seven primers were used for polymorphism detecting between common reed samples . The results revealed 102 bands for the all samples when RAPD-PCR was used . The percentage rate for the monomorphic bands is 6.86% , while the percentage rate for the polymorphic bands is 93.13% , and the numbers of these bands are ranging between 10 to 17 for each used primer .The UBC1 primergave the highest number of polymorphic bands with 17 bands , while the M13 and Op-B01 primers gave the lowest number of polymorphic bands with 10 bands . The mean value of polymorphic bands is 13.5 for each used primer , while the percentage mean ratio for polymorphism is 92.67% , ranging between 71.42% for M13 primer and 100% forUBC1 and Op-B11 primers . The results of dendrogram analysis for the RAPD data by using unweighted pair-group method with arithmetic average (UPGMA) were showed that almost common reed samples were distributed in six main groups with 60% in similarity . These six groups showed coincidence with their geographic area . The samples which collected from one location or from same province were clustered in one group , while the Meshab and Sallal (Basrah) isolated samples were segregated from the other samples . The genetic variations between isolated common reeds have advantage in weeds control by using chemical or other methods .

دُرس التنوع الوراثي لـ (31) عينة من القصب البري Phragmites australisجُمعت من أهوار العراق المنتشرة في البصرة , وميسان , وذي قار فضلاً عن عينات من محافظة بغداد لتحديد درجة القرابة فيما بينها وذلك باعتماد تقانة التضاعف العشوائي للـ DNAمتعدد الأشكال ((RAPDRandom amplified polymorphic DNA. أثبتت البادئات السبعة المستعملة فعاليتها بإعطاء تعددية شكلية Polymorphism بين العينات المدروسة , ونجم عن إستعمال هذه البادئات مجتمعة عدد من الحزم بلغ (102) حزمة توزعت بين31 عينة قصب ; (6.86 %) منها كانتMonomorphic , أما الـ (93.13 %) البقية فكانت Polymorphic متعددة الأشكال أو متباينة التي تراوحت أعدادها بين (17-10) حزمة للبادئ الواحد . البادئ (UBC1) أعطى أعلى عدد من الحزم متعددة الاشكال (17) حزمة , في حين أعطى البادئان (M13, Op-B01) أقل عدد من الحزم متعددة الأشكال (10) حزم , وبلغ معدل الحزم متعددة الأشكال (13.5) حزمة لكل بادئ . أما معدل النسبه المئوية للتباين أو التعدد الشكلي Polymorphismفقد كانت (92.67%) تراوحت بين 71.42% للبادئ M13 و 100% للبادئان Op-B11 ,UBC1 . أوضحت نتائج التحليل العنقودي المعتمد على تحليل بيانات RAPD بإعتماد طريقة UPGMAانضمام عينات القصب في ست مجاميع رئيسة بدرجة تشابه 60% لأغلب العينات , كما بيَن مخطط التحليل العنقودي (شجرة القرابة) أن هناك توافقاً ما بين المجموعات المتشكلة والموقع أو البعد الجغرافي لها وأن العينات المعزولة من موقع واحد أو محافظة واحدة في الأكثر تجمعت في مجموعة واحدة فضلاً عنانعزال عينات القصب المأخوذة من المسحب والصلال (البصرة)عن بقية العينات . إن هذه الاختلافات بين عينات القصب البري قد يكون لها أهميه كبيرة فياسلوب مكافحة هذا النبات من حيث إستعمال المواد الكيميائية أو طرائق أخرى للسيطرة عليه


Article
تقانة SSR-PCR في تعيين التنوع الوراثي لثمار الفلفل الحلو Capsicum annuum L. لعينات محلية ومستوردة في العراق

Loading...
Loading...
Abstract

SSR-PCR technique for detecting the genetic diversity of Capsicum annuum L. in local and imported samples in Iraq Ihsan A. Hussein and Shaymaa S. Mahdi*Department of Biology, College of Education for Pure Science - Ibn - Al-Haithim, University of BaghdadAbstractGenetic variation was studied in 22 local and imported samples collected from local Iraqi market by using Single sequence repeat (SSR-PCR). Six primers set were used in this study. These primers produced 33 bands. Molecular weights of these bands ranged between 100 bp to 1500 bp. The number of polymorphic bands is 24, whereas the number of monomorphic bands is 9. The results of Dendrogram of the studied samples depended on SSR-PCR results by using Jaccard coefficient for genetic similarity was distributed the samples into 10 groups. This Dendrogram revealed a higher similarity between Iraqi/Balad green bell pepper and Iraqi/Yousifia green bell pepper with 1 value. This value is the highest between samples in comparison with lowest values (0.35), which are found in Spanish long green. There are another high values were revealed between Jordanian yellow and red bell pepper with 0.98 value. Also, other high similarity values revealed between and Iraqi/ Souwyera green bell pepper and Italian green bell pepper with 0.94 values. Italian orange bell pepper and Iraqi/ Balad and Yousifia green bell pepper (the two samples in same subgroup) showed similarity with 0.88 values. The Italian and Iranian red bell pepper showed similarity with 0.72 values. The three main groups showed dissimilarity with 0.26 values. The genetic distance between studied samples by using Euclidean coefficient revealed the highest values between Iraqi/Balad and Yousifia green bell pepper with Iranian orange bell pepper with 5.656 values, in comparison with the lowest genetic distance between Jordanian green and yellow bell pepper with 1.0 value. The other samples showed genetic distance between 1 and 5.656. Keywords: Genetic variation, Capsicum annuum L. , SSR, Bell pepper* This work is a part of Ph.D thesis for the second researcher.

درس التباين الوراثي في 22 عينة محلية ومستوردة من ثمار الفلفل الحلو التي جمعت من الأسواق المحلية العراقية باعتماد تقانة تكرار التسلسل البسيط Single sequence repeat (SSR-PCR). استعملت ستة بوادئ في هذه الدراسة وأن هذه البوادئ قد انتجت 33 حزمة كان جميعها ذات حجمً جزيئي يتراوح بين 100 زوج قاعدة واكثر من 1500 زوج قاعدة، كان منها 24 حزمة متعددة الأشكال Polymorphic bands، بينما كان 9 حزم منها احادية الشكل Monomorphic bands. رسمت شجرة القرابة الوراثية اعتماداً على النتائج المتحصلة من البادئات وباستعمال تقانة SSR-PCR لعينات ثمار الفلفل الحلو المدروسة وباستعمال مقياس Jaccard للتشابه الوراثي. بينت النتائج بأن العينات قد توزعت ضمن التحليل العنقودي في عشر مجاميع رئيسة. لقد اوضح هذا المخطط وجود تشابه عال بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد واليوسفية الأخضر وبنسبة 1 وهي اعلى قيمة تشابه بالمقارنة مع اقل تشابه لعينة الفلفل الأسباني الطويل الأخضر وبقيمة 0.35. نسبة التشابه العالية قد ظهرت ايضاً بين ثمار الفلفل الحلو الأردني الأصفر والأحمر وبقيمة 0.98 وكذلك بين ثمار الفلفل الحلو العراقي/صويرة الأخضر وثمار الفلفل الحلو الأيطالي الأخضر وبقيمة 0.94. ثمار الفلفل الحلو الأيطالي البرتقالي والعراقي/بلد واليوسفية الأخضر (يقعان في نفس تحت المجموعة) اظهرا تشابهاً وبقيمة 0.88. ثمار الفلفل الحلو الأيطالي الأحمر والأيراني الأحمر قد اظهرا تشابهاً بقيمة 0.72. المجاميع الرئيسة الثلاثة الأولى قد اظهرت تشابهاً بعيداً عن بقية العينات الأخرى وبقيمة 0.26. قدر البعد الوراثي بين عينات ثمار الفلفل الحلو المدروسة اعتماداً على نسبة التشابه باستعمال معامل أحصائي هو Euclidean coefficient. اظهرت النتائج بأن اعلى قيمة بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو العراقي/بلد الأخضر والفلفل العراقي/يوسفية الأخضر وعينة الفلفل الأيراني البرتقالي وبقيمة 5.656، بينما كان اقل بعد وراثي بين عينتي ثمار الفلفل الحلو الأردني الأخضر والأردني الأصفر إذ كانت القيمة مساوية إلى 1.0. بقية عينات ثمار الفلفل الحلو المدروسة فقد تراوحت قيم ابعادها الوراثية بين 1.0 و5.656. الكلمات المفتاحية: التباين الوراثي، Capsicum annuum L. ، تكرار التسلسل البسيط SSR , الفلفل الحلو الجرسي


Article
Genetic Diversity of Some Tomato Lycopersicon esculentum Mill Varieties in Iraq Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers

Authors: Attyaf jameel thamir --- Ali Hmood Al-Saadi --- Muhssin Chilab Abbass
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 9 Pages: 2351-2342
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to evaluate the genetic diversity among 19 tomato varieties (determinate and indeterminate) cultivated in Iraq using polymerase chain reaction based DNA markers (PCR based DNA markers) ; Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) .To achieve PCR reactions ,total genomic DNA was isolated from fresh leaves (2 weeks old).The average yields of DNA were in the range of 100-295 ng/μl with a purity ranging between 1.8-1.9.RAPDs amplifications were performed for varieties fingerprinting by testing 27 Operon primers. DNA polymorphisms among varieties were scored within detectable amplified fragments (their numbers and molecular weight) after agarose gel electrophoresis and staining by ethidium bromide. These 27 primers produced 442 of main bands,out of which 312 were polymorphic bands (70.5%) and 70 were monomorphic (15.8%) across all tested varieties. Each selected primer produced between 60 bands (OPA-14) to 290 bands (OPD-13). DNA amplification products ranged in their size from 250 bp ( OPA-01, OPU-14, OPX-15,OPX-19,OPT-08( to 2755 bp (OPX-18). The highest number of polymorphic bands (21 bands) was produced by primer OPU-03 while, the lowest number of polymorphic bands (3 band) was produced by both primers OPA-14 and OPB-17. The primers varied in their capacity in producing polymorphic amplified profiles among studied tomato varieties which individually reflected variety specific DNA profiles (fingerprints). The most important primers for this purpose were primers that produced more variety specific DNA profiles, such as OPD-13, OPT-08, OPW-04, OPA-04, OPA-15, OPB-18, OPU-03, OPC-09.The highest value of discrimination among varieties in this study was obtained by primer OPU-03 while the lowest discrimination value was produced by both primers OPA-14 and OPB-17.The primer efficiency ranged from 0.13 in (primer OPC-09) to 0.02 in (primer OPB-17). The lowest genetic distance was (0.2294) between varieties Oula and Shadylady, while, the highest genetic distance was (0.9459) between varieties Fotton and Special pack. Cluster analysis (phylogenetic tree) by unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA) based dendrogram revealed that they were two main genetic groups (major clusters). The first small major clusters included four (4 varieties) while the second large major cluster included (15 varieties ). The overall analysis of the results show that RAPDs markers are powerful tool in fingerprinting and revealing the genetic relationships among tomato varieties.The relationship among varieties was not concern to their morphological characters and geographical origins

أجريت الدراسة الحالية لتقدير التنوع الوراثي ل 19 صنف من اصناف الطماطة ( المحدودة وغير المحدودة النمو ) المستزرعة في العراق باستخدام مؤشرات الدنا (DNA Markers) المعتمدة على تفاعلات البلمرة المتسلسلة Polymerase Chain Reaction (PCR ) وهي مؤشرات التفاعل التضاعفي العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة الدنا Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) . لتنفيذ تفاعلات ال PCR تم عزل دنا المجين (Genomic DNA) من أوراق الطماطة الفتية (بعمر أسبوعين) و الحصول على كمية من الدنا تراوحت بين 100-295 نانوغرام/مايكروليتر وبنقاوة تراوحت بين 1.8-1.9.اجريت تفاعلات ال RAPDs للحصول على بصمة للاصناف المدروسة باختبار 27 بادئ والكشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل صنف (أعدادها وأحجامها الجزيئية) بعد تصبيغ و ترحيل نواتج التضاعف للعينات على هلام الأكآروز.أعطى 27 بادئ نواتج تضاعف متباينة بين الأصناف المدروسة بلغت 312 حزمة متباينة 70.5%)Polymorphic bands) و70 حزمة وحيدة الشكل bands monomorphic (15.8%) من أصل2 44 حزمة رئيسية main band. تباينت اعداد الحزم المتضاعفة ما بين 60 حزمة (OPA-14) إلى 290 حزمة (OPD-13). وتراوح حجم النواتج المتضاعفة للدنا بين 250 زوج قاعدي , OPA-01, OPU-14, OPX-15) OPX-19,OPT-08) إلى 2755 زوج قاعدي (OPX-18). أكبر عدد من الحزم المتباينة (21 حزمة) نتجت بواسطة البادئ OPU-03 في حين ظهر أن أقل عدد من الحزم المتباينة (3 حزم) كان للبادئين OPB-17 وOPA-14 . وقد اختلفت البادئات في قدرتها على إيجاد أنواع مختلفة من النسق بين الأصناف المدروسة polymorphic RAPD profile أمكن من خلالها إيجاد البصمة الوراثية للأصناف قيد الدراسة من الطماطة والتي تعكس ملامح متنوعة فردية محددة الحمض النووي (البصمات). والبادئات الأكثر أهمية لهذا الغرض هي تلك التي تنتج المزيد من DNA profiles متنوعة محددة، مثل OPD-13، OPT-08، OPW-04،,OPA-04 ,OPA-15 OPB-18 , OPU-03 و .OPC-09 ووجد في هذه الدراسة بأن البادئ OPU-03 كان له أعلى قيمة في القدرة على التمييز ،بينما اظهر كل من البادئين) OPB-17وOPA-14) اقل قيمة كما و تراوحت كفاءة البوادئ بين 0.13 للبادئ (OPC-09) إلى 0.02 في البادئ (17 OPB-).وكان أقل بعد وراثي هو (0.2294) بين صنفي الطماطة Oula و Shadylady ، بينما اعلى بعد وراثي هو (0.9459) بين الصنفين Fotton و Special packوكشف التحليل التجميعي (شجرة النشوء والتطور) من خلال طريقة unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA ) أي المعتمد على شجرة العلاقات التطورية إلى اثنين من المجموعات الوراثية الرئيسية.الاولى صغيرة ضمت 4 اصناف والثانية كبيرة ضمت 15 صنف .أظهر التحليل العام للنتائج أن كل من المؤشر الوراثي المعروف بال RAPD يعد اداة قوية لتحديد البصمة والكشف عن العلاقات الوراثية بين أصناف الطماطة . لم تظهر العلاقات بين الاصناف المدروسة ارتباطا بالموقع الجغرافي والصفات المظهرية.

Listing 1 - 7 of 7
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (7)


Language

Arabic (3)

English (3)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2016 (2)

2014 (4)

2012 (1)