research centers


Search results: Found 1

Listing 1 - 1 of 1
Sort by

Article
Genetic Diversity of Some Tomato Lycopersicon esculentum Mill Varieties in Iraq Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers

Authors: Attyaf jameel thamir --- Ali Hmood Al-Saadi --- Muhssin Chilab Abbass
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 9 Pages: 2351-2342
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to evaluate the genetic diversity among 19 tomato varieties (determinate and indeterminate) cultivated in Iraq using polymerase chain reaction based DNA markers (PCR based DNA markers) ; Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) .To achieve PCR reactions ,total genomic DNA was isolated from fresh leaves (2 weeks old).The average yields of DNA were in the range of 100-295 ng/μl with a purity ranging between 1.8-1.9.RAPDs amplifications were performed for varieties fingerprinting by testing 27 Operon primers. DNA polymorphisms among varieties were scored within detectable amplified fragments (their numbers and molecular weight) after agarose gel electrophoresis and staining by ethidium bromide. These 27 primers produced 442 of main bands,out of which 312 were polymorphic bands (70.5%) and 70 were monomorphic (15.8%) across all tested varieties. Each selected primer produced between 60 bands (OPA-14) to 290 bands (OPD-13). DNA amplification products ranged in their size from 250 bp ( OPA-01, OPU-14, OPX-15,OPX-19,OPT-08( to 2755 bp (OPX-18). The highest number of polymorphic bands (21 bands) was produced by primer OPU-03 while, the lowest number of polymorphic bands (3 band) was produced by both primers OPA-14 and OPB-17. The primers varied in their capacity in producing polymorphic amplified profiles among studied tomato varieties which individually reflected variety specific DNA profiles (fingerprints). The most important primers for this purpose were primers that produced more variety specific DNA profiles, such as OPD-13, OPT-08, OPW-04, OPA-04, OPA-15, OPB-18, OPU-03, OPC-09.The highest value of discrimination among varieties in this study was obtained by primer OPU-03 while the lowest discrimination value was produced by both primers OPA-14 and OPB-17.The primer efficiency ranged from 0.13 in (primer OPC-09) to 0.02 in (primer OPB-17). The lowest genetic distance was (0.2294) between varieties Oula and Shadylady, while, the highest genetic distance was (0.9459) between varieties Fotton and Special pack. Cluster analysis (phylogenetic tree) by unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA) based dendrogram revealed that they were two main genetic groups (major clusters). The first small major clusters included four (4 varieties) while the second large major cluster included (15 varieties ). The overall analysis of the results show that RAPDs markers are powerful tool in fingerprinting and revealing the genetic relationships among tomato varieties.The relationship among varieties was not concern to their morphological characters and geographical origins

أجريت الدراسة الحالية لتقدير التنوع الوراثي ل 19 صنف من اصناف الطماطة ( المحدودة وغير المحدودة النمو ) المستزرعة في العراق باستخدام مؤشرات الدنا (DNA Markers) المعتمدة على تفاعلات البلمرة المتسلسلة Polymerase Chain Reaction (PCR ) وهي مؤشرات التفاعل التضاعفي العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة الدنا Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) . لتنفيذ تفاعلات ال PCR تم عزل دنا المجين (Genomic DNA) من أوراق الطماطة الفتية (بعمر أسبوعين) و الحصول على كمية من الدنا تراوحت بين 100-295 نانوغرام/مايكروليتر وبنقاوة تراوحت بين 1.8-1.9.اجريت تفاعلات ال RAPDs للحصول على بصمة للاصناف المدروسة باختبار 27 بادئ والكشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل صنف (أعدادها وأحجامها الجزيئية) بعد تصبيغ و ترحيل نواتج التضاعف للعينات على هلام الأكآروز.أعطى 27 بادئ نواتج تضاعف متباينة بين الأصناف المدروسة بلغت 312 حزمة متباينة 70.5%)Polymorphic bands) و70 حزمة وحيدة الشكل bands monomorphic (15.8%) من أصل2 44 حزمة رئيسية main band. تباينت اعداد الحزم المتضاعفة ما بين 60 حزمة (OPA-14) إلى 290 حزمة (OPD-13). وتراوح حجم النواتج المتضاعفة للدنا بين 250 زوج قاعدي , OPA-01, OPU-14, OPX-15) OPX-19,OPT-08) إلى 2755 زوج قاعدي (OPX-18). أكبر عدد من الحزم المتباينة (21 حزمة) نتجت بواسطة البادئ OPU-03 في حين ظهر أن أقل عدد من الحزم المتباينة (3 حزم) كان للبادئين OPB-17 وOPA-14 . وقد اختلفت البادئات في قدرتها على إيجاد أنواع مختلفة من النسق بين الأصناف المدروسة polymorphic RAPD profile أمكن من خلالها إيجاد البصمة الوراثية للأصناف قيد الدراسة من الطماطة والتي تعكس ملامح متنوعة فردية محددة الحمض النووي (البصمات). والبادئات الأكثر أهمية لهذا الغرض هي تلك التي تنتج المزيد من DNA profiles متنوعة محددة، مثل OPD-13، OPT-08، OPW-04،,OPA-04 ,OPA-15 OPB-18 , OPU-03 و .OPC-09 ووجد في هذه الدراسة بأن البادئ OPU-03 كان له أعلى قيمة في القدرة على التمييز ،بينما اظهر كل من البادئين) OPB-17وOPA-14) اقل قيمة كما و تراوحت كفاءة البوادئ بين 0.13 للبادئ (OPC-09) إلى 0.02 في البادئ (17 OPB-).وكان أقل بعد وراثي هو (0.2294) بين صنفي الطماطة Oula و Shadylady ، بينما اعلى بعد وراثي هو (0.9459) بين الصنفين Fotton و Special packوكشف التحليل التجميعي (شجرة النشوء والتطور) من خلال طريقة unweighted pair-group method of arithmetic means (UPGMA ) أي المعتمد على شجرة العلاقات التطورية إلى اثنين من المجموعات الوراثية الرئيسية.الاولى صغيرة ضمت 4 اصناف والثانية كبيرة ضمت 15 صنف .أظهر التحليل العام للنتائج أن كل من المؤشر الوراثي المعروف بال RAPD يعد اداة قوية لتحديد البصمة والكشف عن العلاقات الوراثية بين أصناف الطماطة . لم تظهر العلاقات بين الاصناف المدروسة ارتباطا بالموقع الجغرافي والصفات المظهرية.

Listing 1 - 1 of 1
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (1)


Language

English (1)


Year
From To Submit

2014 (1)