research centers


Search results: Found 4

Listing 1 - 4 of 4
Sort by

Article
Studying The Spreading Of Genus Saprolegnia In Waters Of Diwaniyah Province And Characterization The Molecularly
دراسة مسحية لأنواع الجنس Saprolegnia في مياه محافظة الديوانية وتوصيفها جزيئيا

Author: Majid Kadhim Aboud ماجد كاظم عبود الشبلي
Journal: Al-Qadisiyah Journal of pure science(quarterly) مجلة القادسية للعلوم الصرفة (فصلية). ISSN: 19972490 Year: 2017 Volume: 22 Issue: 1 Pages: 129-141
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

The present study is concerned with isolation and identification of some aquatic fungi,including its species of Saprolegnia in the waters of Al-Diwaniyah province and molecularcharacterization. The study is regarded as the first in Iraq according to the information available tous. Two species, Saprolegnia parasitica and Saprolegnia ferax, have been isolated from rivers,lakes and fish. The physical and chemical environmental characteristics have been measured. Thetypes above have been examined to extract the DNA. The (PCR) technique has been used toexamine the presence of proteases enzyme. The results of isolation and identification showed that the percentage of the two types were64% in rivers areas 40% in the lakes areas and 50% in fish. The rates represented the examinedsamples which were 60 samples. The S. parasitica species is more apparently found during(February, 2014), the number of samples was 12, the less presence of this species in (April, 2014),where the number of sample, was 3. The S. ferax species is more apparently presented in(February, 2014), the number of samples was 10. The less presence was in (April, 2014), thenumber of samples was 2. The results showed that the number of isolation of Saprolegnia speciesin study area was 6 in rivers, 2 in lakes, and 3 in fish. The second species, S. ferax showed number of isolations which were 10 in rivers, 8 in lakes,and 2 in fish. The PCR examination has used to detect the rDNA gene which responsible for proteases geneand whether it is found in the two species of fungi. The express way has been used to extract DNAand according to the instructions of manufacturer company. The concentrations of DNA in firstspecies were 121.8-73.0 mcg/microliter and purity 1.87-1.80 .In the second species theconcentrations ofDNAwere 2360.4-166.9 mcg/microliter and purity 2-1.75. The standard rateaccording to the instructions of company is 1.8, this has been measured by using the NanodropSpectrophotometer and reading the absorbing with wave length 260-280 nm and the efficiency ofmethod used and molecular confirmation for fungi species and the determination of fungi speciesaccording to the sources of fungi isolation, which one of them is more spread in the study area andwhich one is more infections for fish. The S. parasitica species was less spread in rivers withpercentage of 66.6%. And the percentage of the in lakes and fish was 100%. The second speciesS.ferax was more spread in rivers with percentage of 70%.The percentage of the in lakes 62% andfish was 100%. The results, by using PCR technique, showed that the percentage of protease in first specieswas 25% in rivers. In lakes and fish was 100% .Concerning the second species, the percentage ofenzyme was 42% in rivers, 40%in lakes, and 50% in fish. It can be concluded that there is a diversity in fungi species with respect to study areas andenzyme secretion in the stages of fungi infection. The enzyme is more apparently found inS.parasitica species compared with S.ferax species.

تضمنت الدراسة عزل الفطرين وهما Parasitic Saprolegnia و Ferax Saprolegnia ومـن الأنهـار والبحيـرات والأسماك ، وتم قياس الخصائص البيئية الفيزيائية والكيميائية ثم جرى استخلاص الـ DNA ولغرض أجراء فحص التأكد من وجود أنزيم Proteases فيهما باستخدام تقنية الـ PCR Reaction Chain Polymerase لأنهما كانا الأكثر عزلاً في مناطق الدراسة علمـا أن الدراسة الحالية هي الأولى من نوعها في العراق. أظهرت نتائج العزل والتشخيص النسبة المئوية لظهور النوعين المذكورين في أعلاه في مواقع الدراسـة (الأنهـار 64% وفـي البحيرات 40% وفي حالة الأسماك 50% ) وتمثلت هذه النسب من خلال عدد العينات المفحوصة والبالغة 60 عينة ، إذ كـان النـوع parasitica.S أكثر تردداً في ظهوره خلال شهر شباط 2014 وكان عدد العينات 12 أما أقل تردد لظهوره فكان في شهر نيسان 2014إذ كان عدد العينات 3 ، أما النوع ferax.S فكان أكثر تردداً لظهوره في شهر شباط 2014 وكان عدد العينات 10 أما اقل تردد لظهورهفكان في شهر نيسان 2014 إذ كان عدد العينات 2 ، وأظهرت نتائج الدراسة عدد العزلات من جنس Saprolegnia في مواقع الدراسةإذ كان عدد عزلات النوع parasitica.S في الموقع الأول وهو الأنهار 6 عزلة والموقع الثاني وهو البحيرات 2 عزلة والعزل المباشرمن الأسماك فكان عدد العزلات هو 3 أما النوع الثاني ferax.S كان عدد عزلاته المتواجدة في الأنهار 10 عزلة وفي البحيرات 8 عزلةأما في حالة العزل المباشر من الأسماك فكان عدد العزلات 2 . أظهرت نتائج التشخيص باستخدام فحص الـ PCR للتحري عن فطر Saprolegnia عن طريق استخدام البادئات الخاصة بجين الــ gene rDNA والتحري عن جين Proteases وبيان وجوده في نوعين من الفطر المذكور وهما parasitica.S و ferax.S وقد استعملت الطريقة السريعة لاستخلاص الـ DNA وحسب تعليمات الشركة المصنعة وتم الحصول على DNA بتركيز في النوع الأول 0,73-8,121 مايكرو غرام/مايكروليتر وبنقاوة 80,1-87,1 أما النوع الثاني فكان تركيز الــ DNA 9,166-4,2360 مايكرو غرام/مايكروليتر وبنقاوة 75,1-2 وكانت نسبة النقاوة 8,1 ، إذ كان النوع parasitica.S أقل انتشاراً في الأنهار بنسبة 6.66% وفي البحيرات والأسماك بنسبة 100%. بينما النوع ferax.S كان أكثر انتشاراً وبنسبة 70%، أما في البحيرات كان بنسبة 62% وفي الأسماك بنسبة 100%. بينت نتائج الدراسة باستخدام تقنية الـ( PCR ) وجود الأنزيم المحلل للبروتين Protease في النوع الأول في الأنهار 25% وفي البحيرات والأسماك 100% أما النوع الثاني فكانت نسبة وجود الأنزيم فيه في الأنهار 42% وفي البحيرات 40% أما في الأسماك فكانت النسبة 50%. نستنتج من الدراسة الحالية تباين وجود الأنواع الفطرية في مواقع الدراسة وإفراز الأنزيم Protease في مراحل الإصـابة الفط ريـة وكذلك فان الأنزيم يتواجد بنسبة أكبر في النوع parasitica.S مقارنة مع النوع ferax.S .


Article
Molecular identification of Pasteurella multocida and their serotypes isolated from cattle and sheep in Diwanyia city
التوصيف الجزيئي لجرثومة Pasteurella multocida وأنماطها المصلية المعزولة من الأبقار والأغنام في مدينة الديوانية

Authors: J. N. Sadik جنان ناظم صادق --- A.H. Al-Hamdany عدنان حمد الحمداني --- Q. H.Kshash قاسم حليم كشاش
Journal: Al-Qadisiyah Journal of Veterinary Medicine Sciences مجلة القادسية لعلوم الطب البيطري ISSN: 18185746 23134429 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 2 Pages: 66-76
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Due to the multi-similarities in phenotypic and biochemical characteristics among genera belong to pasteurellaceae , this study was aimed to isolate and diagnosis of (Pasteurella multocida) that cause respiratory infection in cattle and sheep by using routine methods (culture and biochemical) , then used of molecular method as a diagnostic confirmatory, in addition to conduct the serotyping by using polymerase chain reaction , The study included acollection of (150) samples of infected lungs and smears of nasal , tonsils swabs of cattle and sheep for the period 1-11-2010 and up to 1- 4-2011 of farm animals and various massacres in the city of Diwaniya.Samples were cultured on the blood agar and MacConkey agar and Trypticase Soya agar then diagnosed after pure isolation of colonies using phenotypic and biochemical methods.The results of polymerase chain reaction (PCR) as confirmatory test isolates after extraction of DNA from isolates and amplification of specific known as KMT-1the presence of asingle band for the amount of amplified DNA with amolecular weight of 460bp.For the purpose serotyping of isolates germ of Pasteurella multocida using PCR, the capsule specific primer (CAPA, CAPB, CAPD, CAPE, CAPF)were used showed that the serotype (B) was the dominat in cattle , with molecular weight (760pb) while type (A) the dominat in sheep with molecular weight (1044pb).The Coclusion , the result of molecular level of identification and serotyping gave ahigh sensitivity (97) % and specificity (82.05) % when compared with its routine diagnostic in cattle and sheep.

بالنظر الى التشابه الكبير في الصفات المظهرية والكيموحيوية للأجناس التي تنتمي الى عائلة (Pasteurellaceae) فقد هدفت الدراسة الى عزل و تشخيص جرثومة Pasteurella multocidaالمسببة للأصابات التنفسية في الأبقار والأغنام والعديد من الحيوانات الأخرى بٱستخدام الطرائق الروتينية (الزرع والاختبارات الكيموحيوية) ثم ٱستخدام الطرائق الجزيئية كوسيلة تشخيصية توكيدية مع إجراء تنميط مصلي لهذه العزلات بأستخدام بادئات نوعية بٱستخدام تقنية تفاعل السلسلة المتبلمرة , إذْ اشتملت الدراسة على جمع 150 نموذج من الرئات المصابة والمسحات الأنفية ومسحات اللوزتين من الأبقار والأغنام للمدة 1 / 11 / 2010 ولغاية1 / /4 2011 من حظائر حيوانية ومجازر مختلفة في مدينة الديوانية . تم زرع العينات على (وسط اكار الدم ووسط الماكونكي ووسط تربتون الصويا) تم شخصت العينات بعد العزل مظهرياً بٱستخدام الطرائق الزرعية والكيموحيوية للمستعمرات النامية .أظهرت نتائج تفاعل السلسلة المتبلمرة (PCR) كفحص توكيدي للعزلات بعد أستخلاص ال DNA من العزلات وتضخيمه بٱستخدام بادئات نوعية للجرثومة والتي تعرف ب 1 KMT-وجود حزمة واحـدة ل DNA المضخم مقدارها 460 زوجاً قاعدياً.ولغرض تنميط عزلات جرثومة ال Pasteurella multocidaبٱستخدام((PCR ,استخدمت بادئات نوعية بالمحفظة CAPA,CAPB,CAPD,CAPE,CAPF)) إذْ اظهرت النتائج الى ان النمط المصلي (B) للجرثومة هو السائد في الأبقار وذو وزن جزيئي 760 زوجاً قاعدياً في حين كان النمط المصلي A)) هو السائد في الأغنام وذو وزن جزيئي 1044 زوجاًً قاعدياً وقد خلصت الدراسة الى أن نتائج التشخيص الجزيئي للجرثومة بأستخدام ال(PCR) وأنماطها المصلية كانت ذات حساسية (%97) وخصوصية (82.05) عالية عند مقارنتها مع التشخيص الروتيني لها في الأبقار والأغنام .


Article
MOLECULAR AND MORPHOLOGIGAL CHARACTERIZATION FOR SOME CARNATIONSPECIES(Dianthusspp.).
التوصيف الجزيئي والمظهري لبعض انواع القرنفل

Author: Janan K. Hussein جَنان قاسم حسين
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2015 Volume: 46 Issue: 5 Pages: 793-801
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The study includedtwo phases, the first one was carried out at one of Baghdad nurseries on 15/9/2013 sowing the seeds of 12 species ofDianthusspp.( D.caryophyllus, D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus, D. monspessulanus, D. pavonius, D. deltoids, D. japonicas and D. seguieri)to study some of the qualities phenotypic, and the second phase was carried out atbiotechnology and tissue culture laboratories /College of Agriculture/University ofRazi/Kermanshah/Iran . TheAmplified Fragment Length Polymorphism(AFLP) based on Polymerase Chain Reaction (PCR) with seven primers was implemented. The results of the phenotypic characteristics of the species studied, and there are considerable differences between them where the variation coefficient (C.V.)was very high in all the traits and reached the top rated 85.09 for a number of branches /plant , 57.66 for the number of flowers / plant, 45.08 flower diameter, 32.51 for plant height and 28.66 dry weight of vegetative part . DNA analysis showed that the primers gave a 397 bands including 324 polymorphic bandsand 81.59% polymorphic bands, this confirms the existence of Genetic Distance between the species of Dianthus studied . High Genetic Distance 0.28% D. barbatu and D. caryophyllusand lowest Genetic Distance0.08% betweenD. chinensis and D. japonicas.

تضمنت الدراسة مرحلتين الاولى حقلية نفذت في احد مشاتل بغداد بتاريخ 013-9-152 بزراعة بذور 12نوع من القرنفلspp.Dianthus(D. caryophyllus,D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus , D. monspessulanus , D. pavonius , D. deltoids ,D. japonicasوD. seguieri)لدراسة بعض الصفات المظهرية لها, والمرحلة الثانية مختبرية نفذت في مختبرات الزراعة النسيجية والتقانات الاحيائية-كلية الزراعة-جامعة الرازي-كرمنشاه-ايران.استخدمت تقانة تبايناتاطوال القطعالمتضاعفة (AFLP)Amplified Fragment Length Polymorphism المعتمدة على تقانة PCRPolymerase Chain Reactionوبسبعة توليفات من البادئات. بينت نتائج الصفات المظهرية للأنواع المدروسة وجود اختلافات كبيرة فيمابينها حيث كان معامل التغاير(C.V.)عالي جدا في جميع الصفات المدروسةوبلغ اعلاها 85.09 لعدد الافرع الرئيسة, 57.66لعدد الازهار-نبات, 45.08قطر الزهرة , 32.51لارتفاع النبات و 28.66للوزن الجاف للمجموع الخضري. اظهر تحليل البصمة الوراثية ان توليفة البادئات السبعة المعتمدة اعطت397 حزمة كان منها 324حزمة متباينة وبنسبة تباين 81.59% وهذا يؤكد وجود تباعد وراثي بين انواع القرنفل المدروسة اذ بلغ اعلاها0.28% بين النوعين D. barbatusوD.caryophyllusفي حين اعطى النوعين D. chinensis و D. japonicas اقل نسبة للبعد الوراثي وبلغت 0.08%.


Article
Phenotypic and molecular characterization of Streptococcus mutans bacteria isolated from the mouth and test their ability to form biofilms and their resistance to antibiotics
التوصيف المظهري والجزيئي لبكتريا Streptococcus mutans المعزولة من الفم وإختبار قدرتها على تكوين الأغشية الحيوية ومقاومتها للمضادات الحيوية

Author: Wafaa A. J. Al-Kaaby وفاء عبد الواحد جحيل الكعبي
Journal: Al-Qadisiyah Journal of pure science(quarterly) مجلة القادسية للعلوم الصرفة (فصلية). ISSN: 19972490 Year: 2016 Volume: 2 Issue: 21 Pages: 151-168
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 479 bacterial isolates were collect from 409 swabs from the teeth surfaces teeth and gingiva of the auditors admitted to the centers specialist and dental clinics in Al-Diwaniya city for different ages by specialist doctor on period from 1/11/2012 AC till 1/3/2013 AC. Bacterial isolates diagnosed by Vitek compact 2 system to positive and negative gram stain head it Streptococcus spp. by highest percentage of 31.52%, followed by Staphylococcus spp. by 20.45% and Lactobacillus spp. by 12.52% and Candida spp. by 10.64%, and follow then some germs that made a few percentages compared to the bacteria mentioned, also S. mutans obtain among microbial species isolated from teeth surfaces and gingiva frequency highest in the number of isolates (56 isolate) and tested their on biofilm formations; then 44 isolation (44.64%) high formations, 16 isolation (28.57%) medium formations and 15 isolation (26.79%) non biofilm formations. The impact of carbohydrates appear apparent on S. mutans isolates in biofilm formations on bio-growth medium; then amounted to the presence of sucrose 35.71%, followed by glucose with fructose together in the medium (25.00%) then glucose (16.07%) and fructose (12.50%), while the percentage of carbohydrates absence in the growth medium 10.71%.The drug sensitivity of S. mutans isolates were tested trend 11 antibiotic by using disks diffusion method which showed that the resistance of isolates to antibiotics was higher than the sensitivity of her as well as they were increase after biofilm formations; where resistant isolates convey to Erythromycin before and after biofilm formations (98.21 and 94.64)%, Amoxicillin (85.71)% each for both, and Ampicillin (80.35 and 83.92)%, Nalidixic acid (80.35 and 87.50)%, Cefotaxime (69.64 and 75.00)%, Chloramphenicol (69.64 and 89.28)%, Amoxicillin-Clavulanic acid (58.92 and 76.78)%, Gentamicin (57.14 and 78.57)%, Tetracycline (55.35 and 66.07)% each respectively, while showed high sensitivity to Amikacin (25.00 and 48.21)% and Trimethoprim sulfamethaxale (7.14 and 19.64)% each, respectively. 12 isolates elected tested from the 56 isolates of S. mutans; as a biofilm producer and more resistant to antibiotics and were containing 16s RNA gene was representing diagnostic gene for these bacteria using polymerase chain reaction (PCR) technique, results also showed DNA sequences of the conservative gene (16s rRNA) in isolates of S. mutans biofilm formations and by means of phylogenetic tree analysis for that gene, the similarity appeared between S. mutans local strain with Spain standard strain (AJ554208.1) in 14 and 15 nucleotide locations.

تم عزل 479 عزلة بكتيرية من 409 مسحة من سطوح الأسنان واللثة للمرضى المراجعين من كِلا الجنسين وبأعمارٍ مختلفة للمراكز التخصصية وعيادات الأسنان في مدينة الديوانية بعد أن شُخصوا سريرياً بإلتهابات الفم (الأسنان واللثة) من قِبل الأطباء المختصين للمدة من 1/11/2012م ولغاية 1/3/2013م.شُخِّصت العزلات البكتيرية بإستخدام جهاز الفايتك إلى موجبة وسالبة لصبغة ﮔرام تصدرتها بكتريا المكورات السبحيَّة Streptococcus spp. بأعلى نسبة بلغت 31.52% تلتها بكتريا المكورات العنقودية Staphylococcus spp. بنسبة 20.45% وبكتريا عُصيات الحليب Lactobacillus spp. بنسبة 12.52% ثم خميرة Candida spp. بنسبة 10.64%, وتوالت بعدها بعض البكتريا التي أحرزت نسباً قليلةً مقارنةً بالبكتريا المذكورة, كما أحرزت بكتريا المكورات السـبحيَّة الغشائية Streptococcus mutans من بين الأنواع البكتيرية المعزولة من سطوح الأسنان واللثة أعلى تردداً في عدد العزلات (56 عزلة) واُختُبِرت قدرتها جميعها على تكوين الغشاء الحيوي؛ إذ كانت 44 عزلة (44.64%) عالية التكوين لهُ و 16 عزلة (28.57%) متوسطة التكوين و 15 عزلة (26.79%) عديمة التكوين للغشاء الحيوي. وظهرَ تأثير الكربوهيدرات واضحاً على عزلات S. mutans في تكوينها للغشاء الحيوي على وسط النمو؛ إذ بلغت نسبتها بوجود السكروز 35.71% تلاهُ الكلوكوز مع الفركتوز معاً في الوسط نفسه بنسبة 25.00% ثم الكلوكوز (16.07%) والفركتوز (12.50%), بينما بلغت نسبتها بغياب الكربوهيدرات في وسط النمو 10.71%.اُختُبِرت الحساسية الدوائية لعزلات S. mutans تجاه 11 مضاداً حيوياً بإستخدام طريقة الإنتشار بالأقراص التي أوضحت أنَّ مقاومة العزلات للمضادات الحيوية كانت أعلى من حساسيتها لها إضافةً إلى أنها إزدادت بعد تكوينها للغشاء الحيوي؛ حيث بلغت مقاومة العزلات لمضاد الإرثرومايسين قبل وبعد تكوينها للغشاء الحيوي (98.21 و 94.64)% والأموكسيسيلين (85.71)% لِكلٍ منهما والأمبيسيلين (80.35 و 83.92)% وحامض الناليدسك (80.35 و 87.50)% والسيفوتاكسيم (69.64 و 75.00)% والكلورامفينيكول (69.64 و 89.28)% والأموكسيسيلين – حامض الكلافيولانك (58.92 و 76.78)% والجنتامايسين (57.14 و 78.57)% والتتراسايكلين (55.35 و 66.07)% لِكلٍ منهما على التوالي, فيما أظهرت حساسيتها العالية لِمضادي الأميكاسين (25.00 و 48.21)% والترايميثوبرايم سلفاميثاكسيل (7.14 و 19.64)% لِكلٍ منهما على التوالي.إختُبِرت 12 عزلة منتخبة من 56 عزلة من S. mutans؛ بإعتبارها منتجةً للغشاء الحيوي وأكثر مقاومةً للمضادات الحيوية وإمتلاكها لمورثة 16S rRNA التي تُمثّل المورثة التشخيصيّة لها بإستعمال تقنية تفاعل سلسلة إنزيم البلمرة (PCR), كما بيَّنت نتائج تتابع تسلسل الحامض النووي DNA للموَّرث المحافظ (16S rRNA) في عزلات S. mutans المكونة للأغشية الحيوي وبوساطة تحليل الشجرة الوراثية لذلك الموَّرث, ظهرَ تشابهً بين سلالة S. mutans المحلية مع السلالة القياسية الأسبانية (AJ554208.1) في الموقعين النيوكليوتيدين 14 و 15.

Listing 1 - 4 of 4
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (4)


Language

Arabic (4)


Year
From To Submit

2017 (1)

2016 (1)

2015 (1)

2012 (1)