research centers


Search results: Found 6

Listing 1 - 6 of 6
Sort by

Article
Molecular detection of Proteus mirabilis using PCR technique among urinary tract infection patients
التشخيص الجزيئي لبكتيريا Proteus mirabilis باستخدام تقنية التفاعل السلسلي البلمري بين المرضى المصابين بالتهاب المسالك البولية

Author: Munther Adnan1 Ismail Hussein Aziz2 Mahdi Saber Al-Deresawi3
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2014 Volume: 13 Issue: 2-2 Pages: 35-47
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The study included isolation and diagnosis of bacteria Proteus mirabilis from patients suffering from urinary tract infection (UTI) with different types (simple and complicated cases) and from clinical urinary tract infected patients. Isolated of bacteria from (UTI) infected patients and from patient urinary tract catheter which was used in complicated cases and from defective urinary tract patients. Three hundred and ten (310) samples from (UTI) patients in different hospitals of Baghdad and Al-Kut. From period 1/1/2013 to 1/8/2013. The results observe (218) positive isolates for bacteriological exam and by the biochemical tests and Api appear Proteus spp (17.88 %) and P. mirabilis ( 92.3%) but P. vulgaris(7.7) %. PCR by used specific primer (16SrRNA) for detected genus Proteus and to differentiate it from other enterobacteria used (UreR) primer to detect the genome which was controlled for urease enzyme production. The results of primer UreR observe 36 isolates were positive. Results of the Nitrogen bases sequence of the PCR technology of the samples in this study revealed consistency reaching up to 98 % with the Nitrogen bases sequence of the UreR gene present in the P. mirabilis strain of the WHO. This study presented high specificity and sensitivity for the diagnosis of P. mirabilis using the PCR technology which is cheaper and faster than the conventional methods currently used in the hospitals and laboratories.

تضمنت هذه الدراسة عزل وتشخيص لبكتريا Proteus mirabilis من مرضى يعانون من التهابات في المسالك البولية على مختلف انواعها ( البسيطة والمعقدة) ومن انابيب القسطرة البولية التي تستخدم في حالات الالتهابات المعقدة والتشوهات الخلقية في اعضاء الجهاز البولي .تم جمع (310) عينة أدرار لمرضى يعانون من التهابات المسالك البولية من مستشفيات مختلفة لمدينتي بغداد والكوت للمدة من 1-1-2013 الى 1-8-2013 . أظهرت النتائج وجود (218) عزلة كانت موجبة للفحص البكتريولوجي ,وعند اكمال تشخيص العزلات البكتيرية السالبة لصبغة كرام بالطرق الكيموحيوية واستخدام انظمة Api التشخيصية أظهرت بكتريا Proteus spp. نسبة عزل (17.88%) وبلغت نسبة عزل P. mirabilis ( 92,30%) اما نسبة عزل P. vulgaris فكانت ( 7.7% ).استخدم تفاعل سلسلة البلمرة (PCR) باستعمال بادئات نوعية (specific primer) (16SrRNA) للكشف عن وجود جنس المتقلبات Proteus spp وتمييزها عن باقي البكتريا المعوية وكذلك أستخدام بادئات نوعية متخصصة للكشف عن وجود الجينات (ureR). وأظهر تنتائج التشخيص الوراثي بآستعمال بوادئ متخصصة للجين ureRالخاص بهذه الدراسة عن وجود 36عينة أعطت نتائج موجبة لعينات الأدرار كذلك سجلت نتائج دراسة تسلسل القواعد النتروجينية لنواتج تقنية PCR للعينات قيد الدراسة تطابقاً يصل الــى (% 98) مع تسلسل القواعد النتروجينية لجين ureR الموجودة في عزلة P.mirabilis العائدة لمنظمة الصحة العالميةWHO 9. 3 .


Article
Identification of Streptococcus mutans from Human Dental Plaque and Dental Caries Using 16SrRNA Gene
تشخيص بكتريا Streptococcus mutans من عينات تسوس الاسنان واللعاب باستخدام جين 16SrRNA

Authors: Adhraa S. Flayyih عذراء صالح فليح --- Hayfa H. Hassani هيفاء هادي حساني --- Mohammed H. Wali محمد حسين والي
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 1C Pages: 552-557
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

One hundred and sixty samples from saliva and dental plaque were sellected from patients with caries active at ages from (4-65) years from Umm Qasr Primary School and Al-Ameria Specialist Dental Center in Baghdad. 15 isolates belong to Streptococcus mutans were identified by biochemical tests and Vitek 2 compact system while 22 isolates identified by using Polymerase Chain Reaction ﴾PCR﴿ techniques and sequencing of 16SrRNA with 120 bp by using 16SrRNA the result confermed that these isolates were belong to S.mutans

جمعت مائة وستون عينة من اللعاب و الاسنان المتسوسة من مرضى يعانون من تسوس الاسنان باعمارمختلفة تراوحت بين (4-65) سنة عند مراجعتهم مركز العامرية التخصصي لطب الاسنان ومن طلبة مدرسة ام قصر الابتدائية , شخصت خمسة عشر عزلة بانها S. mutans بالاختبارات الكيمو حيوية ونظام الفايتك -2 بينما 22 عزلة شخصت باستخدام تقنية سلسلة تفاعل البلمرة الPCR وجين 16SrRNA بحجم120 زوج قاعدة واثبتت النتائج ان هذه العزلات تعود الى S.mutans.


Article
Molecular Identification of Locally Isolated Bacteria from Soil in Thiqar Governorate and Ability to Produced Antibiotics

Authors: Rahman Laibi Chelab --- Noor Muhammad Al-ghezy
Journal: Journal of Education for Pure Science مجلة التربية للعلوم الصرفة ISSN: 20736592 Year: 2018 Volume: 8 Issue: 1 Pages: 220-236
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

AbstractThe objective of this study was to isolate and diagnose local bacterial isolates producedantimicrobials from some soil in Thiqar governorate and detecting the presence of 16SrRNA geneusing DNA Sequence technique. The study included collected 25 soil samples from different regionsof Thiqar Governorate, 13 bacterial isolates wasisolated depending on shapes and colors, RL1 andRL2.These isolates were identified by biochemical tests. They were identified as Bacillus isolatesand were also identified using Vitek 2. The technique was able to diagnose only 7 isolates. Theisolates were then tested to produce antimicrobial agents against 5 known bacterial pathogensKlebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Pseudomonasaeruginosa, Staphylococcus aureus,Salmonella typhi. Most isolates showed a positive result against these pathogenic bacteria and thenisolated 9 isolates using 16SrRNA gene for PCR products. All isolates were positive for this gene.After treatment for each isolate using Mega 6 program, and obtained new isolate and get codeMF423696 after matching them with NCBI. And 5 isolates were selected for the purpose ofcompleting the study. The antibiotic was then extraction by centrifugation at 10.000 cycles / minutefor 15 minutes and then filtered using 0.22μm micrometer filter. It was used to inhibit the pathogenicbacteria. A set of specific reagents was carried out to identify the active substances found in theextract including detection of phenols, flavonoids, amines, and saponins. All isolates were positivefor phenols, flavonoids, amines, and saponins except RL2 that showed negative to this test.

الخلاصةمحلیة منتجة للمضادات الحیاتیة من بعض ترب محافظة ذي Bacillus spp. تھدف الدراسة الحالیة إلى عزل و تشخیص عزلاتإذ تضمنت الدراسة جمع 25 عینة تربة من مناطق DNA Sequence 16 بإستعمال تقنیة SrRNA قار و الكشف عن وجود جینمختلفة من محافظة ذي قار و ھي الرفاعي و النصر و الشطرة و الغراف و الناصریة و تم عزل 13 عزلة بكتیریة اعتمادا علىشخصت البكتریا باستعمال .RL و 2 RL اشكال و الوان المستعمرات بالإضافة إلى عزلتین مشخصتین جینیا مسبقا ھما 1الاختبارات الكیموحیویة و جھاز الفایتكإذ تمكنت ھذه التقنیة من تشخیص 7عزلات فقط . اختبرتجمیع العزلات لمعرفة قدرتھا علىالمزروع بأحد أنواع البكتریا Mueller- Hinton إنتاج المواد ضد میكروبیة بأخذ أقراص من العزلات ووضعھا على وسطStaphylococcus و Salmonella typhi و P. mirabilis و P. aeruginosa و K. pneumonia المرضیة و التي تضمنتإذ أعطت بعض العزلات API20 Strip و API20 E و المشخصة باستعمالمجموعة من الإخباراتالكیموحیویةو نظام aureus16 و كانت جمیع العینات نتیجة موجبة لھذا الجین و تم SrRNA نتیجة موجبة و بعضھا سالبة. شخصت 9 عینات باستعمال جینو تم اختیار 5عزلات منتجة للمضادات الحیویة لغرض MF تسجیل عزلة بكتیریة جدیدة في البنك الجیني و اعطیت الكود 423696إجراء الدراسة. استخلص المضاد الحیاتي بنبذ وسط الإنتاج في جھاز الطرد المركزي بسرعة 10.000 دورة̸ دقیقة لمدة 15 دقیقةثم رشح المستخلص بواسطة اوراق ترشیح بحجم 0.22 مایكرولیتر و استعمل المستخلص لمعرفة فعالیتھ التثبیطیة ضد البكتریاالمرضیة المختارة للدراسة. استعملت مجموعة من الكواشف للكشف عن المواد الفعالة الموجودة في المستخلص من أھمھا الكشفعن الفینولاتوالفلافینویدات و الامینات والصابونیات


Article
Detection of acquired resistance genes for vancomycin in local isolates Escherichia coli and its relationship with other resistance models
الكشف عن جينات المقاومة المكتسبة للفانكومايسين في العزلات المحلية Escherichia coli وعلاقتها مع طرز المقاومة الأخرى

Loading...
Loading...
Abstract

This study included the collection of 374 samples (distributed according to the source of collection ) as clinical samples (urine, wounds, burns, feces) from Ibn – Al – Baladi childbirth Hospital, AL- Yarmouk Teaching Hospital and Imam Ali Hospital in Baghdad, from both genders of different ages. As well as environmental samples (Tigris river water in Baghdad and soil samples) were collected from Baghdad region at the same period. The bacterial isolation and identification were conducted on a total of 77 isolates of Escherichia coli (20.58%) after their testing on culture media , microscopic examination with the biochemical tests by using Api – 20 E and VITEK2. The results of sensitivity test against vancomycin showed that 73 isolates of Escherichia coli resistant (94.18%) and 4 isolates with intermediate resistance (5.19%) were performed on Muller-Hanton agar using disk diffusion method . Chromosomal and plasmid DNA were extracted for 31 isolates in a molecular techniques for precise identification. Molecular detection was achieved for all isolates ( of various pathogens ) by using a specific 16SrRNA gene . Owing to the resistance and sensitivity results obtained with the method diagnosis,29 clinical and 2 environmental samples were selected for detection and molecular study . This molecular study detected the vancomycin resistance genes of Enterobacteriaceae in Iraq for the first time . Both chromosomal and plasmid DNA were used in PCR technique to diagnose the Vancomycin resistance genes by using specific primers (VanA,VanB,VanC) . Results of the electrophoresis on agarose gel cleared that all isolated Escherichia coli possessed resistance gene on their plasmid DNA or chromosomal DNA or on both of them with variable ratios .

شملـت هذهِ الدراسـة جمـع 374 عينة سريريـة )الادرار، الجروح، الحروق، خروج) من مستشفـى ابن البلـدي للولادة، مستشفـى اليرموك التعليمـي ومستشفـى الامـام علـي فـي بغـداد وغير سريرية (ماء نهر دجلـة في بغداد و تربـة حدائق ) ومـن كـلا الجنسيـن ومـن مختلـف الأعمـار للتحـري عـن وجـود بكتريـا Escherichia coli اذ تم عزل وتشخيـص 77 عزلـة لبكتريـا Escherichia coli وبنسبة 20.58%، استنادا الى الفحوصـات الزرعيـة والمجهريـة والكيمـوحيـويـة ونظـام Api-20 E وجهـاز. VITEK2 اجري اختبـار الحساسيـة لجميع عزلات البكتريـا للمضـاد الحيـوي الفانكومايسيـن على وسـط آكـار مـولـر- هنتـون بـإستعمـال طريقـة الانتشـار بالأقـراص، و اظهرت النتـائـج 73 عزلـة لبكتريـا Escherichia coli المقاومـة ونسبـة مقاوتهـا 94.81% و4 عزلات Escherichia coli ذات المقاومة المتوسطـة وبنسبـة 5.19% و لغرض التشخيص الدقيق للعزلات بالطرائق الجزيئية ، تـم استخـلاص الدنـا الكـروموسومـي والبلازميـدي للعزلات المنتخبه (الحاوية على بلازميدات ) (31 عزلـة) ، اذ استـخـدم بـادئ نوعـي متخصص لجيـن 16SrRNA لتشخيـص بكتريـا Escherichia coli المعزولة وكانت نسبـة ظهـور هـذا الجيـن 100% و علـى ضـوء نتـائـج المقاومـة والحساسـيـة للمضـاد الحيـوي الفانكومايسيـن والتشخيص الجزيئي، تـمَ اختيـار 29 عزلـة سريريـة وعزلتيـن بيئية لبكتريـا Escherichia coli لغـرض الكشـف والدراسة الجزيئية ولأول مـرة بالقطـر عـن الجينـات المقاومـة للفانكومايسيـن فـي هـذهِ البكتريا التابعـة للعائلـة المعويـة، واستخـدمَ كـل من الدنـا الكروموسومـي والبلازميـدي فـي تقنيـة تفاعـل البلمـرة المتسلسل (PCR) ، اذ تم التحـري عن الجينـات المقاومـة للفانكومايسيـن لهـذهِ العزلات البكتيريـة، بإستخـدام بادئـات نوعيـة متخصصة لجينات المقاومـة لهـذا المضـاد (VanC, VanB, VanA) و أظهـرت نتائـج الترحيـل الكهربائـي علـى هـلام الاكاروز امتـلاك البكتريا المعزولـة ولأول مـرة بالقطـر لجميع جينات المقاومـة (VanA VanC, VanB,) على الدنـا البلازميـدي او الكروموسومـي او البلازميـدي والكروموسومـي معـاً وبنسب متباينه.


Article
MOLECULAR DETECTION OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA ISOLATED FROM MINCED MEAT AND STUDIES THE PYOCYANIN EFFECTIVENESS ON PATHOGENIC BACTERIA
الكشف الجزيئي لبكتريا Pseudomonas aeruginosa المعزولة من اللحم المثروم ودراسة الفعالية البيولوجية لمادة البايوسيانين ضد البكتريا المرضية

Author: D. A. Qasim دعاء عادل قاسم
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2019 Volume: 50 Issue: 4 Pages: 1199-1207
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to collected Minced meat from the local markets in Baghdad governorate during 2018, and examined for the presence of Pseudomonas aeruginosa, in order to extract and purify pyocyanin and examined it as an antimicrobial activity against pathogenic bacteria in foods. Fifteen isolates were isolated from 50 samples and identified as P. aeruginosa using the API20E system and finally confirmed with PCR using 16SrRNA gene. Four tested media were used for the production of pigment after incubation within 72 h, One strain which given a vigorous pigmentation was chosen and extracted with chloroform and HCl then analyzed with Gas chromatography (GC-Mass) which showed a sharp peak at the time of acquisition of 27.13 minutes at the chromatographic analysis recognized with mass spectrometry as Hemipyocanin (alpha-hydroxy phenazine) which produced molecular ion with intensive peak at 205 m/z. Agar well diffusion technique was applied for estimating the antimicrobial activity of purified (pyocyanin) with variable concentrations (25, 50, 75 and 100 mg/ml) which monitored toward Gram-negative and Gram-positive bacteria that isolated of minced meat. Escherichia coli and staphylococcus aureus was the most affected with pyocyanin were followed by Serratia marcescens and Klebsiella sp. at the same level. While Enterobacter sp, Bacillus cereus, Proteus mirabilis, and Proteus vulgaris showed intermediate sensitivity, the Pseudomonas fluorescens was shown low sensitivity to pyocyanin.

هدفت الدراسة الى جمع اللحوم المفرومة من الأسواق المحلية في محافظة بغداد خلال عام 2018 ، وبحثت عن وجود الزائفة الزنجارية، من أجل استخراج وتنقية البيوسيانين وفحصها كمضاد للميكروبات ضد البكتيريا المسببة للأمراض في الاغذية. تم عزل 15 عزلة من 50 عينة وتم تحديدها على أنها P. aeruginosa باستخدام نظام API20E وأخيراً تم تأكيدها باستخدام PCR باستخدام جين 16SrRNA. تم استخدام أربعة اوساط زرعيةلانتاج الصبغة بعد الحضانة خلال 72 ساعة، اختيرت سلالة واحدة تعطى تصبغًا قويًا واستخلصت بأستعمال الكلوروفورم و HCl ثم تحليلها باستخدام تحليل كروماتوجراف الغاز (GC-Mass) الذي أظهر ذروة حادة في وقت الاستحواذ 27.13 دقيقة و التحليل الكروماتوغرافي للغاز الذي تم تحديده بواسطة تحليل الطيف الكتلي باعتباره alpha-Hydroxy phenazine (Hemipyocanin) والذي أعطى ذروة جزيئية مكثفة عند 205 m / z. استعملت طريقة الزرع إلانتشار في الحفر لتقييم النشاط المضاد للميكروبات للنقى (البيوسيانين) بتركيزات مختلفة (25 ، 50 ، 75 و 100 ملغ / مل) وفعاليتها ضد البكتيريا الموجبة لصبغة جرام والغرام سالبة المعزولة من اللحم المفروم. كانت البكتيريا الأكثر تحسس للبيوسيانين Escherichia coli و staphylococcus aureus تليها Serratia marcescens و Klebsiella sp في نفس المستوى. بينما أظهرت البكتريا المعوية Enterobacter sp ، Bacillus cereus و Proteus mirabilis و Proteus vulgaris حساسية متوسطة، أظهر ال Pseudomonas ـ fluorescens حساسية ضعيفة للبيوسيانين.


Article
دراسة التباين الجزيئي للعزلات المرضية لبكتريا الزوائف الزنجارية لجينات ,phzM , toxA ,pvdE 16srRNA الخاصة بالضراوة والصفات التشخيصية

Loading...
Loading...
Abstract

This study includes collection of 438 clinical samples from Ramadi Educational Hospital and 50 of soil samples in period from Nov. 2014 to Feb. 2015, to isolate Pseudomonas aeruginosa and the resulted isolates were divided into 40 clinical isolates form burns, wounds , urine and ear inflammation, and 10 from soil.Antiobiotic sensitivity test were done against 12 antibiotic discs for all 50 selected isolates by disc diffusion method, and the results indicated that all clinical isolates were resistance to three types of antibiotics(Penicillin, Ampicillin, Amoxicilline) while they varied in their resistance to other antibiotics. The soil isolates were 100% sensitive to all antibiotics except for penicillin and ampicillin were resistance with 60%and 70% respectively.Also the molecular variation for these isolates for virulence factors were detected and the characterization of bacteria was confirmed by checking 16SrRNA gene, after the specific primers were designed for each gene of virulence which included pvdE, toxA, and phzM also specific primer for 16SrRNA was designed. The results showed that the characterization of bacteria was confirmed by 16SrRNA gene detection and sequence and the isolates contain the virulence genes had some polymorphism in comparison with those in NCBI.

تضمنت الدراسة الحالية جمع 438 عينة سريرية من مستشفى الرمادي التعليمي العام و 50 عينة من التربة خلال المدة الممتدة من تشرين الثاني 2014 ولغاية أشباط 2015 للتحري عن وجود بكتريا Pseudomonas aeruginosa وقسمت العينات حسب مصدر عزلها الى 40 عينة من الحروق و الجروح و الأدرار و من التهابات الأذن و 10 عينة من التربة . أجري فحص أختبار الحساسية لجميع العزلات البكتيرية المنتخبة والبالغ عددها 50 عزلة أتجاه 12 نوع من المضادات الحيوية بطريقة الأنتشار على الأطباق وكانت جميع العزلات المنتخبة من الحالات المرضية مقاومة لثلاثة أنواع من هذه المضادات وبنسبة 100% وهي Penicillin , Ampicillin , Amoxicilline في حين تباينت هذه العزلات في مقاومتها لبقية المضادات الحيوية . كما أبدت العزلات المنتخبة من التربة حساسية عالية أتجاه جميع هذه المضادات وبنسبة 100% ماعدا مضادين Penicillin , Ampicillin وبنسبة 60 % و 70 % على التوالي .كما تم التحري عن التباين الجزيئي لهذه العزلات في جينات الضراوة وتم تاكيد التشخيص باستخدام الملعم الجزيئي 16srRNA بعد ان تم تصميم البرايمرات الخاصة لكل جين من جينـات عوامـل الضـراوة والجينـات التشـخيصية لهذه الـعزلات البكتيرية بأستخدام البادئات phzM , tox A , 16s rRNA , pvdE , أظهرت نتائج الترحيل الكهربائي في هلام الاگاروز أمتلاك جميع عزلات بكتريا Pseudomonas aeruginosa على جينات عوامل الضراوة واحتوت بعض الجينات على تغايرات في بعض القواعد مقارنة بالموجود في موقع NCBI في حين تم تاكيد التشخيص باستخدام 16SrRNA .

Listing 1 - 6 of 6
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (6)


Language

Arabic (3)

English (3)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (1)

2017 (1)

2016 (1)

2015 (1)

More...