research centers


Search results: Found 8

Listing 1 - 8 of 8
Sort by

Article
Expression Of Xylose Reductase Enzyme From Spathaspora passalidarum In Saccharomyces cerevisiae.
كلونة وتعبير إنزيم Xylose Reductase من passalidarum في Saccharomyces cerevisiae

Loading...
Loading...
Abstract

Baker’s yeast (Saccharomyces cerevisiae) has been genetically engineered to ferment the pentose sugar xylose present in lignocellulosic biomass. One of the reactions controlling the rate of xylose utilization is catalyzed by xylose reductase (XR).The current study describes xylose reductase from Spathasporapassalidarum with NADH preference. According to JGI site the gene coding for this enzyme contains 954 nucleotides and it consists of 317 amino acids. The restriction sites for the enzymes SacII and NotI located on the 5´ termini for both the forward and reverse specific primers were designed using Lasergen 9.0 program. The genomic DNA was isolated and purified from S .passalidarum. Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify this gene. The amplified gene was cloned into pSN303 plasmid resulting of the pYIM1 plasmid and then transformed into Escherichia coli. This plasmid was reisolated from E. coli, sequenced,and finally transformed into S. cerevisiae. The yeast transformants carrying pYIM1 plasmid named YJTY1. The specific activity of enzyme was 1.55 and 0.48 U/mg on NADH and NADPH respectively for YJTY1. This enzyme has a natural preference for NADH which makes it a good candidate for combination with NAD+ dependent xylitol dehydrogenase which may enable S. cerevisiae to utilize xylose under anaerobic conditions and convert it to ethanol.

خميرة الخبزSaccharomyces cerevisiae حورت وراثيا لتخمر الزايلوز السكر الخماسي الموجود في الكتلة الحيوية اللكنوسيليلوزية. احد التفاعلات المسيطرة على استغلال الزايلوز يتم بواسطة إنزيم Xylose Reductase .الدراسة الحالية توصف إنزيم Xylose Reductaseمن Spathaspora passalidarum مع تفضيل للNADH . طبقا لموقع JGIفان الجين المشفر لهذا الانزيم يحتوي 954 قاعدة نايتروجينية ويحتوي على 317 حامض اميني. صممت مواقع القطع للانزيمين SacII و NotI الواقعة في الطرف النهائي 5 لكل من البادئ الأمامي والخلفي بواسطة برنامج Lasergen 9.0 . عزل الدنا الجينومي ونقي من S. passalidarum. ضخم هذا الجين بواسطة PCR . كلون الجين المضخم في البلازميد pSN303 لينتج البلازميدpYIM1 وحول الى بكتيريا Escherichia coli. عزل البلازميد مرة اخرى من E.coli وحدد تعاقبه واخيرا حول الى S. cerevisiae . المتحولات التي تحمل البلازميد pYIM1 سميت YJTY1. الفعالية النوعية للإنزيم كانت 1,55و 0,48 وحدة/ملغم على NADH وNADPH على التعاقب للسلالة. YJTY1 هذا الانزيم له تفضيل طبيعي للNADH الذي يجعله مرشح جيد لمزجه مع xylitol dehydrogenase المعتمد على NAD+ الذي يمكن أن يجعل cerevisiae S. قادرة على استغلال الزايلوز في الظروف اللاهوائية وتحويله إلى ايثانول


Article
The legality of human cloning in the Criminal Code
مشروعية الاستنساخ البشري

Author: Nassir Kuraimish Khudur ناصر كريمش خضر
Journal: The Law Journal for Researches and studies مجلة القانون للدراسات والبحوث القانونية ISSN: 20724934 Year: 2011 Issue: 3 Pages: 116-163
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

Is human cloning at this time a large scientific interest, about the cloning debate legal and jurisprudential not yet been finalized. Human cloning is cloning or to be a copy of a human being exactly the same in terms of genetic characteristics, physiological and formal to another human being.There are also other type of cloning a human therapeutic cloning is not intended to form a full human being, but the members of the clone of it as medicine. That both types of cloning raises legal questions that need to answer. So all of this research was to identify the specialized nature of the law of human cloning, then the statement of the legal point of view it.Position Statement on the Iraqi legislature availing according to the general rules of the legislation.

يحظى الاستنساخ البشري فـي هـذا الـوقت باهتمام علمي كبير، ويـدور حـول الاستنساخ جدل قانوني وفقهي لـم يحسم بـعـد. والاستنساخ البشري هـو التنسيل أو أن تكون للكائن البشري نسخة مطابقة تماما مـن حيث الخصائص الـوراثية والفسيولوجية والشكلية لكائن بشري آخر.وهنالك أيضا النوع الآخر مـن الاستنساخ وهـو الاستنساخ البشري العلاجي الـذي لا يهدف إلـى تكوين كائن بشري كامل وإنما استنساخ أعضاء مـنـه كوسيلة علاجية. هـذا الاستنساخ بنوعيه يطرح التساؤلات القانونية الـتـي تحتاج إلـى جواب.لذلك كـلـه كـان هـذا البحث لتعريف المتخصص بالقانون ماهية الاستنساخ البشري، ثـم بيان وجهة النظر القانونية فيـه. وبيان موقف المشرع العراقي بخصوصه على وفق القواعد العامة للتشريع.


Article
Cloning, Expression and Purification of Putative Isovaleryl-CoA Dehydrogenase from Paracoccus denitrificans Pd1222
أستنسال وتعبير وتنقية الانزيم المفترض Isovaleryl-CoA dehydrogenase من بكتريا Paracoccus denitrificans Pd1222

Authors: Rafid M. Karim رافد محمد كريم --- Abdulkareem Jasim Hashim عبد الكريم جاسم هاشم
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 2B Pages: 1142-1149
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In Paracoccus denitrificans Pd1222 bacterium, Pden_3633 encoding gene has been nominated to encode for Isovaleryl CoA dehydrogenase (IVDH) [1], the enzyme which involve in leucine catabolism pathway. In this study, this putative IVDH was investigated. IVDH encoding gene from P. denitrificans Pd1222 in addition to desired features for cloning, expression and purification have been designed and synthesized. The synthetic coding sequence was expressed in Escherichia coli. The enzyme was purified as a Strep-Tagged protein with a total protein 220.5 mg. An apparent molecular weight of 42.9 kDa was determined on SDS gel. Amino acid alignment showed a very high similarity (91-96%) with corresponding IVDH from several other Paracoccus species. As for genera other than Paracoccus; Roseovarius mucosus, Catellibacterium nectariphilum and Oceanicola nanhaiensis recorded the highest similarity (85-86%), Suggesting that these mentioned species all have similar IVDH.

الجين Pden_3633 هو احد الجينات المرشحة للتشفير عن انزيم Isovaleryl-CoA dehydrogenase (IVDH) [1], احد الانزيمات المشاركة في مسار هدم الحامض الاميني الليوسين. في هذه الدراسة تم التحري عن هذا الانزيم المفترض, اذ تم تصميم وتصنيع جين IVDH من P. denitrificans Pd1222 ليشتمل على الصفات المرغوبة للأستنسال والتعبير والتنقية. تم الحصول على ناتج تعبير التتبعات الصناعية في بكتريا E. coli. نقي الانزيم كبروتين مرتبط Strep-Tagged IVDH بقيمة بروتين كلي 220.5 ملغم, كما اظهر الانزيم وزنا جزيئيا قدر ب 42.9 كيلو دالتون على هلام SDS. أظهر تطابق الأحماض الأمينية تشابهات عالية جدا مع انزيمات IVDH المفترضة في العديد من أنواع Paracoccus (% 91-96), اما بالنسبة للأنواع من غير جنس Paracoccus فقد سجلت كلا من Roseovarius mucosus و Catellibacterium nectariphilum و Oceanicola nanhaiensis أعلى نسب تشابهات (% 85-86 ) مما يوحي بأن جميع هذه الانواع المذكوره لها IVDH متشابه.


Article
DETECTION OF BETA-GLOBIN GENE FRAGMENTUSING POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)TECHNIQUE AND TRIAL FOR ITS CLONING
استخدام تقنية التفاعل التسلسلي للبوليمريز للتحري عن قطعة من جينالجلوبين- بيتا ومحاولة أستنسالها

Authors: عبدالحسين مويت الفيصل --- نورفؤاد كاظم الشماع
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2010 Volume: 9 Issue: 4 Pages: 741-752
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

الخلاصة
Beta من أجل تعقب جين الجلوبين بيتا Human genomic library بنيت مكتبة وراثية بشرية
بإ ستعمال Kb 21 كيلو قاعدة - بحجم يتراوح بين 18 DNA بإستعمال قطع حامض نووي globin gene
التي أستعملت بحيوية قدرها Competent E. coli HB و البكتريا المؤهلة 101 pBR البلازميد 322
710 خلية و بكفاءة x 1010 خلية/مليلتر. بلغ حجم المكتبة الوراثية البشرية التي تم بناؤها 4.25 x4.5
% أستنسال عالية بلغت 84.70 % . كما كانت نسبة المستعمرات البكتيرية ذات البلازميدات الهجينة 0.08
810 خلية / 0.2 x 1010 خلية ) التي بلغت كفاءة التحول فيها 2.12 x من عدد البكتريا المؤهلة الحية ( 4.5
x أن حجم المكتبة الوراثية البشرية التي تم بناؤها يساوي 4.25 .DNA مايكروغرام من الحامض النووي
510 خلية اللازمة لوجود جين x 710 خلية وهو أكبر من حجم المكتبة الوراثية المفترض أنشاؤها 1.4
الجلوبين بيتا بأحتمالية 95 %. أستخلص أكثر من 120 عينة حامض نووي بلازميدي هجين من المكتبة
Polymerase chain الوراثية من أجل تعقب جين الجلوبين بيتا بإستعمال تقنية تفاعل سلسلة البوليميريز
بينت نتائج هذا التفاعل بوجود . IVSI-6N و Cod-39N وأستعمال بادئتين للموقعين reaction-PCR
في عينة واحدة من عينات البلازميدات الهجينة فيما فشلت جميع Cod-39N نتيجة إيجابية مع الموقع
مما يؤكد بأن قطعة الحامض النووي البشرية IVSI-6N العينات الأخرى في الحصول على نتيجة مع الموقع
لا تحتوي على جين الجلوبين بيتا كاملا. كما لا يعرف بالضبط فيما أذا Cod-39N التي تم فيها تعقب الموقع
كانت هذه القطعة تحتوي على مواقع أخرى لنفس الجين مما يتطلب أستعمال أعداد أخرى من المواقع للتأكد

الخلاصةBeta من أجل تعقب جين الجلوبين بيتا Human genomic library بنيت مكتبة وراثية بشريةبإ ستعمال Kb 21 كيلو قاعدة - بحجم يتراوح بين 18 DNA بإستعمال قطع حامض نووي globin geneالتي أستعملت بحيوية قدرها Competent E. coli HB و البكتريا المؤهلة 101 pBR البلازميد 322710 خلية و بكفاءة x 1010 خلية/مليلتر. بلغ حجم المكتبة الوراثية البشرية التي تم بناؤها 4.25 x4.5% أستنسال عالية بلغت 84.70 % . كما كانت نسبة المستعمرات البكتيرية ذات البلازميدات الهجينة 0.08810 خلية / 0.2 x 1010 خلية ) التي بلغت كفاءة التحول فيها 2.12 x من عدد البكتريا المؤهلة الحية ( 4.5x أن حجم المكتبة الوراثية البشرية التي تم بناؤها يساوي 4.25 .DNA مايكروغرام من الحامض النووي510 خلية اللازمة لوجود جين x 710 خلية وهو أكبر من حجم المكتبة الوراثية المفترض أنشاؤها 1.4الجلوبين بيتا بأحتمالية 95 %. أستخلص أكثر من 120 عينة حامض نووي بلازميدي هجين من المكتبةPolymerase chain الوراثية من أجل تعقب جين الجلوبين بيتا بإستعمال تقنية تفاعل سلسلة البوليميريزبينت نتائج هذا التفاعل بوجود . IVSI-6N و Cod-39N وأستعمال بادئتين للموقعين reaction-PCRفي عينة واحدة من عينات البلازميدات الهجينة فيما فشلت جميع Cod-39N نتيجة إيجابية مع الموقعمما يؤكد بأن قطعة الحامض النووي البشرية IVSI-6N العينات الأخرى في الحصول على نتيجة مع الموقعلا تحتوي على جين الجلوبين بيتا كاملا. كما لا يعرف بالضبط فيما أذا Cod-39N التي تم فيها تعقب الموقعكانت هذه القطعة تحتوي على مواقع أخرى لنفس الجين مما يتطلب أستعمال أعداد أخرى من المواقع للتأكدمن ذلك.PDF

Keywords

Beta globin gene --- Cloning --- PCR --- E. coli --- pBR322


Article
EFFECT OF PLASMID SIZE ON THE TRANSFORMATION OF E.COLI HB101
تأثير حجم البلازميد على تحول بكتريا القولون E.coli HB101

Author: Abdul Hussain Moyet Al-Faisal
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2006 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 123-131
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Plasmids are one of the most common vectors used in cloning. Many factorshave been repotted to affect the bacterial transformation by plasmids. Thispaper an attempt to find the effect of plasmid size on the transformationefficiency of E.coli HB101. Our results showed that the small sized Plasmidsmore effective in transforming of the bacteria E.coli HBCOL was) (4.1-4.8kbthan the large ones (5.7-6kb). The transformation efficiency with the small sizedplasmids reaches between 6×610-7×610 comparing with 4.1 ×105- 4.6×105 of thelarge sized plasmid.We conclude that the small sized plasmids are more suitable to use in cloningthan large sized plasmids.

تعتبر البلازميدات من المواد الوراثية الشائعة الاستخدام في الهندسة الوراثية وتختلف هذه في حجمهامن بلازميد الى نوع اخر. ومن خلال الابحاث العلمية التي أجريت سابقا فانه لوحظ وجود عوامل كثيرةتؤثر على فعالية هذه البلازميدات كنواقل في الهندسة الوراثية ومن هذه العوامل حجم البلازميدات وتأثيرذلك على كفاءة التحول في الخلايا المضيفة.6-4.10 كيلو قاعدة ) واستخدام ألسلاله ) pSp في هذا البحث تم استخدام أحجام مختلفة من البلازميدكمضيف . E.coli من بكتريا القولون HBIOIأوضحت النتائج بان حجم البلازميدات ذو أهمية كبيرة في تحديد كفاءة تحول بكتريا القولون حيث7 ) مقارنة x106 - 6x كانت كفاءة التحول عالية في البكتريا عند استخدام بلازميدات صغيرة الحجم ( 1066.0 كيلو قاعدة ) وهو - 4.6 في البلازميدات كبيرة الحجم ( 5.70 x105 - 4.1x بكفاءة تحول تبلغ 105مايوضح بان البلازميدات صغيرة الحجم أفضل كنوا قل في الهندسة الوراثية من تلك الكبيرة الحجم لأنهاتوفر كفاءة تحول اعلى .PDF


Article
Cloning of Copper resistance gene (copA) that Presence in Novel Genomic Island of Acinetobacter baumannii A92
كلونه جين النحاس المتواجد في الجزيرة الوراثية الفريده المتواجدة في بكتريا Acinetobacter baumannii A92

Authors: Suhad Saad سهاد سعد محمود --- Alice k. Melconian اليس كريكور اغوب --- Ali H.Ad'hiah علي حسين دحيه --- kumar Rajakumar كومار راجا كومار
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2014 Volume: 55 Issue: 2Supplement Pages: 722-728
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to detect weather copA gene(copper resistance gene ) presence in A.baumannii A92 genome(AbaR genomic islands). The full genomic sequence of A.baumannii A92 not published in NCBI genome similarity was detected between two strains so the sequence of A.baumanniiIS-116(Genebank-AMGF0100000.1 ) was used to design the primers that were used for amplify of copA gene of A.baumannii A92. Two primers contain two sites for restriction enzymes (KpnI,XohI) and PWSK29 vector were used in the cloning, double digestion has been performed for vector and gene. Then the re-ligation was completed to form recombinant molecule,after that, transformation have been performed for the recombinant molecule by using chemical competent E.coli DH5α. Finally ,the transformant cells were incubated for 16-18hr at 37°C, the white positive colony that contain recombinant vector was appeared . After that, the success of cloning was confirmed by using colony PCR method for white colony by using copA-F with M13-R(universal primer) primers ,the results of colony PCR confirmed the presence of insert gene by appearing of inserted band.

اجريت الدراسه للكشف عن تواجد جين مقاومه عنصر النحاس في موروث (جينوم) بكتريا Acinetobacter baumannii A92 .بسبب عدم تواجد التتابعات الكاملة لجينومA92 A.baumannii في موقع NCBI لذلك تم الاعتماد على تتابعات بكتريا A.baumanniiIS-116 Gene bank-AMGF0100000.1 )) حيث وجد تشابه بين تتابعات المادة الوراثية للعزلتين لتصميم البادئات التي استخدمت في تضخيم الجين .حيث تم تصنيع بادئين يحتويان على موقعين للأنزيمات القاطعة (KpnI,XohI) وكذلك تم استخدام الناقل PWSK29 كناقل استنسال ،بعد اكمال عمليه الهضم للجين المراد استنساله وناقل الكلونه تم اجراء تفاعل الربط بين الجين والناقل لتكوين الجزيئه الهجينه ثم بعد ذالك تم ادخال الجزيئة الهجينة الى خلايا بكتريا E.coli DH5α المؤهلة بواسطه عمليه التحول (transformation ) واخيرا تم حضن الخلايا البكتريه المتحولة لمده 16-18 ساعه في 37 م وبعد انتهاء مده الحضن تم الحصول على خلايا بيضاء اللون الحاملة للجزيئة الهجينة .للتأكد من نجاح عمليه الاستنسال وتواجد الجزيئة الهجينة ، تم استخدام تضاعف السلسة للخلايا باستخدام بادئcop-R والبادئ العام M13-R(universal primer) وقد بينت نتائج التفاعل لل colony-PCR على الجل وجود الجين المحشور من خلال ظهور حزمه ( 2484 زوج قاعدي) الجين المحشور.


Article
Cloning and Expression of Staphylokinase gene produced from Staphylococcus aureus in E. coli DH5α
كلونة وتعبير جين Staphylokinase المنتج من بكتريا Staphylococcus aureus في بكتريا E. coli DH5α

Authors: H. K. Buniya حارث كامل بنية --- H. A. Farhan حسن عطية فرحان
Journal: Al-Anbar Journal of Veterinary Sciences مجلة الانبار للعلوم البيطرية ISSN: 19996527 Year: 2016 Volume: 9 Issue: 2 Pages: 7-14
Publisher: University of Fallujah جامعة الفلوجة

Loading...
Loading...
Abstract

We selected two local bacterial isolated (A2 and A5) for Stahylococcus aureus according its high ability to produce Staphylokinase. The Chromosomal DNA isolated and used as a template to amplified sak gene. By polymerase Chain Reaction (PCR) we obtained 490 base pair DNA fragment, and ligated with linearized pRSETA cloning vector to produced pRSETA-sak recombinant DNA. The ligation products were transformed into E. coli DH5α. sak gene successful to produced target protein and gave positive result in caseinolytic assy. Then using Extracted DNA plamid as a template to amplified sak gene again

انتخبت العزلتان المحليتان (A2 وA5) من بين 12 عزلة من بكتريا المكورات العنقوديةStaphylococcus aureus لقدرتها العالية على انتاج بروتين الستافلوكاينييز. تم عزل الدنا الكروموسومي للعزلات المنتخبة واستخدم كقالب لبناء الجين sak. واستخدمت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR في الحصول على قطعة دنا بحجم 490 زوج قاعدي. تم ربط قطعة الدنا على ناقل الكلونة pRSETA باستخدم انزيم T4 DNA Ligase للحصول على قطعة الدنا الهجينة pRSETA-sak ثم ادخالها الى السلالة E. coli DH5α بطريقة التحول الوراثي. نجح الجين sak في التعبير داخل الخلايا المتحولة وانتاج بروتين Staphylokinase بعد الحصول على نتيجة موجبة لاختبار الكازئيين اضافة الى استخادم الدنا البلازميدي المستخلص من السلالة المتحولة كقالب لبناء الجين sak مرة اخرى


Article
Cloning and gene expression equine leukocyte α-interferon in cells of Escherichia Coli
استنساخ تعبير جين الانترفيرون الفا من كريات الدم البيضاء للحصان في بكتريا القولون Escherichia Coli

Loading...
Loading...
Abstract

Interferon’splays role in innate immune responses through upregulation of costimulatory molecules and induction of proinflammatory cytokines.interferons including interferon alpha (IFNA). The present study characterized IFNA cDNA and predicted protein.The interferon’s play a great role in protection from infections, which have been called by microorganisms, and also have powerful antiproliferation and immunomodulation activity.The purposes of study:cloning andexpression of horse leukocyte interferonand purification the product protein. The results and discussion : In the result we isolated (DNA) from equine leukocyte in blood, which was using in the quality of matrix for amplification of α-interferon gene with PCR HELP, and isolation gene α-interferon and transformation in vector puc18 and expression vector PET24b (+) and recombinant plasmid was transformed into E. coli strain BL21( codon plus 440) induction with IPTG.The results showed the protein having the same molecular weight as horse interferon alphaabout 18.5 kDa.

الانترفيرونات تلعب دورا في الاستجابة المناعية الفطرية من خلال اعادة التنظيم وتحفيز السايتوكاينيز من خلال تكوينها مضادات للفايروسات ومضادات التكاثر ولها دورا كبيرا في الحماية من العدوى بواسطة الكائنات الحية الدقيقة، ولها نشاط مناعي.الغرض من الدراسة: استنساخ والتعبير الجيني لجين الانترفيرون الفا وتنقية البروتين المنتج.النتائج والمناقشة: تم عزل (DNA) من الكريات البيض في دم الخيول، وتضخيم جين الانترفيرون المعزول من الدنا بمساعدةPCR، ومن ثم التحول في ناقل puc18 تم التحول البكتيري بواسطة ناقلPET24b(+). البلازميد الهجين ينقل إلى سلالة الاي كولايBL21 (440) والتحفيز بواسطة اضافة IPTG. أظهرت النتائج ان البروتين المنتج بواسطة بكتريا الاي كولي له نفس الوزن الجزيئي للانترفيرون الفا للخيول بمايقارب18.5 كيلو دالتون.

Listing 1 - 8 of 8
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (8)


Language

English (4)

Arabic (2)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2016 (2)

2014 (1)

2013 (2)

2011 (1)

2010 (1)

More...