research centers


Search results: Found 5

Listing 1 - 5 of 5
Sort by

Article
MOLECULAR CHARACTERIZATION OF OLIVE CULTIVARS IN IRAQ USING AFLP MARKERS
التوصيف الجزيئي لبعض أصناف الزيتون المزروعة في العراق باستعمال المؤشرات الوراثية AFLP

Loading...
Loading...
Abstract

Amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis was used to study the genotype relation among ten different olives varieties from al- zafrania and al-mosel station ministry of agriculture/Iraq Shami, Sorani, Manzanilla ,Kaissy, Arbequine ,Jlot, Baaskika ,Dahkan, Nabali, Khodeir , Nine primers combinations were used which produced about 250 amplified fragment. . One hundred and forty fife of these loci (59.8%) were polymorphic over all the genotypes tested. Dendrogram and matrix of similarity were obtained by the Unweighted Pair-GroupMethod analysis (UPGMA).study showed four group 1 : Jlot , Dahkan , Kiassy, Basskika 2 : Manzanilla, Khodeiri, Sorani, 3 : Nabali, Arbequine 4 : Shami . AFLP has a powerful tool for detecting genetic relationship among cultivars , and help in known the pedigree of relatives and ancestors .

استعملت تقنية AFLP لدراسة علاقة النمط الوراثي بين عشرة أصناف مختلفة من الزيتون من محطتي الزعفرانية والموصل التابعة لوزارة الزراعة العراقية وهي : شامي ,صوراني , منزانيلا , قيسي اربكوين , لبيب , بعشيقي , دهكان , نيبالي , خضيري . كما استعملت تسعة توليفات من البادئات أنتجت 250 حزمة 145 منها متعددة الأشكال وهذا التعدد يمثل 59.8% من جميع الأصناف المدروسة . اظهر المخطط البياني للتشابه بين الأصناف والمعتمد على تحليل (UPGMA) اربعة مجاميع شملت الأولى الأصناف : لبيب , دهكان ,قيسي , بعشيقي والثانية :الأصناف منزانيلا ,خضيري , صوراني والثالثة : نيبالي , اربكوين والرابعة : صنف الشامي . خلصت الدراسة إلى ان تقنية AFLP مفيدة جدا في تحديد العلاقات الوراثية بين الأصناف المتقاربة ومعرفة أصولها .

Keywords

Olive --- PCR --- AFLP --- Molecular Markers


Article
GENETIC RELATIONSHIP ASSESSMENT AMONG STAPHYLOCOCCUS AUREUS ISOLATES IN KURDISTAN REGION-IRAQ USING AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (AFLP) MARKERS
تقيم العلاقة الوراثية بين عزلات Staphylococcus aureus في منطقة كوردستان -العراق باستخدام مؤشرات تباين اطول قطع الدنا المتضاعفة (AFLP)

Authors: JALADET M. S. JUBRAEL جلادت جبرائيل --- NARMEEN S. MERZA نرمين ميرزا
Journal: Duhok Medical Journal مجلة دهوك الطبية ISSN: ISSN: 20717334 (online)/ ISSN: 20717326 (Print) Year: 2010 Volume: 4 Issue: 1 Pages: 51-59
Publisher: University of Dohuk جامعة دهوك

Loading...
Loading...
Abstract

Background AFLP-PCR is a highly sensitive and reproducible tool used in molecular biology to detect DNA polymorphisms and had become widely used for the identification of genetic variation and phylogentic studies of many organisms including strains of Pathogenic bacteria. Staphylococcus aureus is one of the most important pathogens causing nosocomial and community acquired infection. Typing of St. aureus strains is necessary for properepidemiological investigation of both sources and modes of the spread of different strains andsubsequently, to design appropriate prevention and control measures.Aim The use of AFLP markers to evaluate the phylogenetic diversity and genetic distanceamong isolates collected from different sites of infection in different geographical places inKurdistan Region-Iraq.Methods Eight isolates were collected from three major hospitals in Kurdistan region in Iraqincluding ( Dr. Khalid General Hospital in Koya city, Teaching Hospital in Erbil city andAzadi General Hospital in Duhok city) these isolates were isolated from Urine, skin and burninfections. These isolates were subjected to AFLP-PCR markers using different combinationof selective primers PstI/True91.Results The values of genetic distance among eight isolates ranged from (1.289 to 0.320). It was clear that the lowest genetic distance (0.5025) was found between isolates number 7 and 8 which were isolated from urine and burn infections in Erbil respectively, whereas the highest genetic distance (1.5090) was found between isolates number 5 and 7 representing burn sample from Duhok and urine sample from Erbil respectively. Phylogenetic diversityanalysis among different S. aureus isolates. Indicated that all eight isolates were classified completely into four major genetic groups named as Sa-1, Sa-2, Sa-3 and Sa-4. The first group included sub-division number 1, 5 and 3. The second group included sub-division number 2 and 6. The third group included sub-divisions number 7 and 8. The fourth group included sub-division number 4.Conclusions AFLP banding pattern revealed a high degree of DNA polymorphisms among the selected isolates which could clearly be noticed. The high polymorphism was reflected in a high genetic variation among the geographically isolated strains of St aureus

الخمفية: جعجبر يؤشراث جبب اطوال كطع اهد بٌ اهيجضبعفت ف غب تٍ اهدشبش تٍ و اهلدرة هودضول عوي جٌبئج خببجت جشجخدى نبداة ف اهبب وٍهوج اهجز ئٍ لانجشبف )PCR( الاخجلافبث ف اهد بٌ واضبدث واشعت الاشجخداى ف جشخصٍ الاخجلافبث اهوراخ تٍ ودراشبث اهعلاكبث اهوراخ تٍ هوعد دٍ ي د حٍ جعجبر واددة Staphylococcus aureus اهنبئ بٌث ي ضي هٌب اهبنجر بٍ اهيرض تٍ وي هٌب اهينوراث اهع لٌود تٍ ي اهى اهييرضبث اهيشببت عدوى اهيشجشف بٍث واهيججيع اهينجشبت. ا ج يٌ طٍ اهعزلاث ضرور ف اهجدر اهوببئ اهشو ىٍ هنلا ي اهيضبدر وطرق الا جٌشبر وببهجبه وضع ك بٍشبث هووكب تٍ واهش طٍرة.هجل ىٍٍ اهجبب بٌٍث وجدد دٍ اهبعد اهوراخ ب عزلاث اهينوراث اهع لٌود تٍ واهج جيعث AFLP الاهداف: اشجخداى يؤشراث ي اضبببث يخجوفت وي بٌطق جغراف تٍ يخجوفت ف نردشجب اهعراق.هواد وطرق البحج: جيعث خيب تٌٍ عزلاث وي خلاح يشجشف بٍث عبيت ف نردشجب اهعراق وجشيل )يششفي خبهد اهعبى ف نو بٍ, اهيشجشفي اهجعو يٍ اهعبى ف ارب لٍ ويشجشفي ازاد اهعبى ف دهوم(. أخذث هذ اهعزلاث ي اضبببث ببشجخداى يز جٍ AFLP-PCR يخجوفت ي هٌب الادرار, اهجود واضبببث اهدروق وكد خضعث هذ اهعزلاث اهي يؤشراث . PstI/True ي ببدئبث يخجوفت يخجبرة 91 0.320 ونب اكل بعد وراخ 0.525 ب - الىثبئج: نب ثٌ ك يٍت اهبعد اهوراخ ب اهعزلاث ججراوح يبب 9.289 عزهت ركى 7 و 8 اهيأخوذة ي الادرار واهدروق ف ف يششفي ارب لٍ عوي اهجواه .ٌ ايب اعوي بعد وراخ نب 9.5090 ب عزهت ركى 5و 7 اهيأخوذة ي اضببت اهدروق ي يشجشفي دهوم والادرار ي ارب لٍ. ف جدو لٍ اهعلاكت و Sa 1, Sa3 , Sa اهوراخ تٍ اظهرث ا اهعزلاث اهخيب تٌٍ كشيث اهي اربع يجبي عٍ اشبش تٍ شي ثٍ نبلاج 2 كشيث اهي يجيوعج Sa شيوث خلاح يجبي عٍ خب وٌ تٍ 9,5 و 3 ايب اهيجيوعت اهخب تٌٍ 2 Sa اهيجيوعت الاوهي 1 .Sa4فلد شيوث Sa فشيوث يجيوعج خب وٌ جٍ 7و 8 واهيجيوعت اهرابعت 4 Sa خب وٌ جٍ 2و 6 ايب اهيجيوعت اهخبهخت 3 . يجيوعت خب وٌ تٍ واددة ه ركى 4 ظٍهر درجت عبه تٍ ي اهجبب بٌٍث عوي يشجوى اهد بٌ ب اهعزلاث اهيخجبرة واهج AFLP الاسثىثبجبت: طراز اهدزى هل ي اهيين يلادظجهب بشنل واضخ . ا هذ الاخجلافبث جعنس اهجبب اهوراخ ب اهعزلاث اهيبخوذة ي يضبدر يخجوفت.


Article
THE GENETIC VARIATION BETWEEN MORPHOLOGICAL AND MOLECULAR MARKERS IN CUCURBITA PEPO L. BY USING MULTIPLE CORRELATION AND PCA
التباين الوراثي بين المؤشرات المظهرية والجزيئية في قرع الكوسة باستخدام الارتباط المتعدد والمكونات الرئيسة

Author: M. S. Elias مريم سامي الياس
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2014 Volume: 45 Issue: 5 Pages: 488-494
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

A multiple correlation was used between 15 inbreds of Cucurbita pepo L., depending on the results of morphological markers, and then described clustering by using principal component analysis. It was found that M, C and F inbreds were with a low correlation, while the other inbreds associated with a highest correlation to each other of (r = 0.87**) .Result of PCA (based on morphological markers) divided to several clusters. The first cluster included the number of branches, number of female flowers, number of fruits per plant, yield per plant and the sex ratio. The second cluster included plant height, number of leafs and number of male flowers. The third cluster included the date of first harvest, fruit weight and number of nodes and the fourth cluster included the length and shape of the fruits, while we find not correlation to each of the markers of fruit diameter and the ratio of fruit set. The result of the PCA (based on the results of molecular markers) absence correlation A and B pure lines with others, while the others inbreds correlate with each other within one cluster divided several clusters. The first cluster included C and D pure lines. The second cluster included K, N and O pure lines. The third cluster included E, F, G, H and J inbreds. It was found that the correlation coefficient between the morphological markers and molecular markers of low correlation and non significant (r = 0.02), which shows a low correlation between cluster analysis of molecular markers and cluster analysis of morphological markers. Accordingly, finding correlation coefficients and principal component analysis were useful to have a comprehensive understanding of genetic variations among inbreds before crossing program.

حُددت علاقة الارتباط بين خمس عشرة سلالة نقية من قرع الكوسة بالاعتماد على نتائج المؤشرات المظهرية للنمو الخضري والزهري والحاصل بأستخدام الارتباط المتعدد . وصفت المؤشرات عنقوديا ً بأستخدام تحليل المكونات الرئيسةPCA)). وجد ان السلالات M و C و F ذات ارتباط غير معنوي في حين ارتبطت بقية السلالات بارتباط عالي المعنوية مع بعضها البعض (**0.87r=). كما اظهرت نتائج PCA التي حُسبت على اساس المؤشرات المظهرية تفرعها الى عناقيد عدة . شمل العنقود الاول عدد الفروع المثمرة وعدد الازهار الانثوية وعدد الثمار للنبات وحاصل النبات الواحد والنسبة الجنسية , وشمل العنقود الثاني طول النبات وعدد الاوراق وعدد الازهار الذكرية, وضم العنقود الثالث عدد الايام لموعد الجنية الاولى ووزن الثمرة وعدد العقد قبل اول زهرة انثوية , وشمل العنقود الرابع طول وشكل الثمرة .لم يظهر ارتباط معنوي بين مؤشري قطر الثمرة ونسبة العقد . اظهرت نتائج PCA التي حُسبت على اساس نتائج المؤشرات الجزيئية عدم ارتباط السلالتين A وB مع بقية السلالات الاخرى في حين ارتبطت بقية السلالات مع بعضها ضمن عنقود رئيس ٍ واحد قُسم الى عناقيد ثانوية عدة , شمل العنقود الاول ارتباط السلالتين D وC وشمل العنقود الثاني السلالات O وN وK وضم العنقود الثالث السلالات E وF وG وH وJ. لوحظ ان معامل الارتباط بين المؤشرات المظهرية والمؤشرات الجزيئية ذات قيمة ارتباط غير معنوي وموجب (r=0.02) مما يشير الى وجود ضعف الارتباط بين المخطط العنقودي للمؤشرات الجزيئية والمخطط العنقودي للمؤشرات المظهرية للسلالات المذكورة. عليه فأن ايجاد الارتباط وتحليل المكونات الرئيسة يفيد في الحصول على صورة شاملة ومحيطة على مستوى التنوع الوراثي للحصول على هوية وراثية دقيقة على كافة مستويات النبات المظهرية والجزيئية.


Article
MOLECULAR AND MORPHOLOGIGAL CHARACTERIZATION FOR SOME CARNATIONSPECIES(Dianthusspp.).
التوصيف الجزيئي والمظهري لبعض انواع القرنفل

Author: Janan K. Hussein جَنان قاسم حسين
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2015 Volume: 46 Issue: 5 Pages: 793-801
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The study includedtwo phases, the first one was carried out at one of Baghdad nurseries on 15/9/2013 sowing the seeds of 12 species ofDianthusspp.( D.caryophyllus, D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus, D. monspessulanus, D. pavonius, D. deltoids, D. japonicas and D. seguieri)to study some of the qualities phenotypic, and the second phase was carried out atbiotechnology and tissue culture laboratories /College of Agriculture/University ofRazi/Kermanshah/Iran . TheAmplified Fragment Length Polymorphism(AFLP) based on Polymerase Chain Reaction (PCR) with seven primers was implemented. The results of the phenotypic characteristics of the species studied, and there are considerable differences between them where the variation coefficient (C.V.)was very high in all the traits and reached the top rated 85.09 for a number of branches /plant , 57.66 for the number of flowers / plant, 45.08 flower diameter, 32.51 for plant height and 28.66 dry weight of vegetative part . DNA analysis showed that the primers gave a 397 bands including 324 polymorphic bandsand 81.59% polymorphic bands, this confirms the existence of Genetic Distance between the species of Dianthus studied . High Genetic Distance 0.28% D. barbatu and D. caryophyllusand lowest Genetic Distance0.08% betweenD. chinensis and D. japonicas.

تضمنت الدراسة مرحلتين الاولى حقلية نفذت في احد مشاتل بغداد بتاريخ 013-9-152 بزراعة بذور 12نوع من القرنفلspp.Dianthus(D. caryophyllus,D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus , D. monspessulanus , D. pavonius , D. deltoids ,D. japonicasوD. seguieri)لدراسة بعض الصفات المظهرية لها, والمرحلة الثانية مختبرية نفذت في مختبرات الزراعة النسيجية والتقانات الاحيائية-كلية الزراعة-جامعة الرازي-كرمنشاه-ايران.استخدمت تقانة تبايناتاطوال القطعالمتضاعفة (AFLP)Amplified Fragment Length Polymorphism المعتمدة على تقانة PCRPolymerase Chain Reactionوبسبعة توليفات من البادئات. بينت نتائج الصفات المظهرية للأنواع المدروسة وجود اختلافات كبيرة فيمابينها حيث كان معامل التغاير(C.V.)عالي جدا في جميع الصفات المدروسةوبلغ اعلاها 85.09 لعدد الافرع الرئيسة, 57.66لعدد الازهار-نبات, 45.08قطر الزهرة , 32.51لارتفاع النبات و 28.66للوزن الجاف للمجموع الخضري. اظهر تحليل البصمة الوراثية ان توليفة البادئات السبعة المعتمدة اعطت397 حزمة كان منها 324حزمة متباينة وبنسبة تباين 81.59% وهذا يؤكد وجود تباعد وراثي بين انواع القرنفل المدروسة اذ بلغ اعلاها0.28% بين النوعين D. barbatusوD.caryophyllusفي حين اعطى النوعين D. chinensis و D. japonicas اقل نسبة للبعد الوراثي وبلغت 0.08%.


Article
دراسة الاختلافات الوراثية لأنواع نبات الداودي باستخدام مؤشرات AFLP

Author: جَنان قاسم حسين
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2012 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 32-39
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

The study was carried out at biotechnology laboratories- GCSAR- Syria in summer season 2010. The Amplified Fragment Length Polymorphism )AFLP( based on Polymerase Chain Reaction )PCR( with five primers were applied, was used to estimate fingerprinting and Genetic Distance for five cultivars of Chrysanthemum spp. )Incurved, Spidery, Reflexed, Anemone and Pompon(. Phases of work included, the isolation and purification of DNA plant parts and DNA polymorphisms were scored within amplified fragments by electrophoresis. The genetic analyses by using AFLP and Genetic Distance for Chrysanthemum cultivars genetic variability were determinately. High Genetic Distance Chrysanthemum cultivars (45.1%) in AFLP markers was registered between the two cultivars (Pompon X Incurved) and were found the lowest Genetic Distance )17.8%) between (Reflexed X Incurved) .

نفذت التجربة في مختبرات التقانات الاحيائية – الهيئة العامة للبحوث العلمية الزراعية - الجمهورية العربية السورية في صيف 2010. استخدمت تقانة تباينات أطوال القطع المتضاعفةAmplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) المعتمدة على تقانة PCR وبخمسة ازواج من البادئات، لايجاد البصمة الوراثية والنسبة المئوية للبعد الوراثي لخمسة انواع من نبات الداودي .Chrysanthemum spp (الكروية، العنكبوتية، المفتوحة، الانيمون والبنبون). تضمنت مراحل العمل عزل وتنقية DNA الاجزاء النباتية ثم الكشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لكل نوع بعد ترحيل العينات بجهاز الترحيل الكهربائي. بينت نتائج التحليل الوراثي بمؤشرات AFLP وبعد حساب النسبة المئوية للبعد الوراثي بين الانواع وجود تغايرات وراثية فيها، اذ بلغت اعلى نسبة مئوية للبعد الوراثي 45.1% بين النوعين بنبون والكروية، واقلها 17.8% بين النوعين المفتوحة والكروية.

Listing 1 - 5 of 5
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (5)


Language

Arabic (3)

Arabic and English (1)

English (1)


Year
From To Submit

2015 (1)

2014 (1)

2012 (2)

2010 (1)