research centers


Search results: Found 2

Listing 1 - 2 of 2
Sort by

Article
IN SILICO STUDY FOR PREDICTION OF DRUGTARGETS IN HELICOBACTER PYLORI
Helicobacter pylori دراسة حاسوب للتنبؤ بالأهداف الدوائية للبكتريا

Author: زينب هاتف عباس الركابي
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2010 Volume: 9 Issue: 4 Pages: 753-769
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

.ABSTRACT
In Silico Study, was conducted to search and predict essential biotargets which
might be as drug targets in Helicobacter pylori. Gene sequences (Protein sequences)
of the bacterium and its host (Homo sapiens) were retrieved from the Database for
Essential Genes (DEG) (http://tubic.tju.edu.cn/deg/).
The retrieved sequences were subjected to alignment process using BLASTP
2.2.23+(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG
_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq ) with
different bioinformatic parameters and different matrices such as
PAM70,BLOSUM62 at different levels of E-values "0.001, 0.01, 0.05" to estimate
the essential bacterial genes that non-homologous with the human. Results showed
that 55 genes out of 323 essential bacterial genes have no homology with human
essential genes (118). The products of these genes (55 genes) were subjected to
programs to estimate the cellular location such as PSORTb v.3.0
(http://www.psort.org/psortb/index.html) and TMHMM
(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/). The two programs showed that 22%
of non-homologous genes (12 protein) were associated with cell membrane, 24%
(13 protein) had unknown location, and the rest 54% (30 protein) were found in
the cytoplasm. It could be predicted that the membrane proteins might be good
targets for vaccine development and as well for antibiotics affected the cell
membrane.

الخلاصةللبحث عن الأهداف الحيوية التي يمكن أن تصلح أن In Silico تم إجراء دراسة على الحاسوبتم جمع تواليات الجينات الأساسية .Helicobacter pylori تكون أهدافاً دوائية في بكتريامن قاعدة المعلومات (Homo sapiens) (البروتينات الأساسية) للبكتريا ومضيفها الإنسانأُخضعت نواتج الجينات الأساسية .(http://tubic.tju.edu.cn/deg) للجينات الأساسيةBLASTP للبكتريا والإنسان لعمليات الإصطفاف بإستعمال+ 2.2.23http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=لتحديد . blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seqالبروتينات الأساسية غير المتشابهة للبكتريا مع بروتينات المضيف لتمثل أهدافاً دوائية وبإستعمال مؤشراتE-value وبقيم توقع مختلفة المستويات "PAM70,BLOSUM مختلفة من إذ المصفوفات " 620.05,0.01,0.001 ". أسفرت مجمل النتائج على إن هناك 55 جين من جينات البكتريا الأساسية " 323 " غير "متشابهة مع جينات الإنسان الأساسية " 118 ". أُخضعت البروتينات غير المتشابه لبرامج تحديد الموقع مثلTMHMM و (http://www.psort.org/psortb/index.html) PSORTb v.3.012 بروتين) هي بروتينات ) % وكانت النتائج 22 ،(/http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM)30 بروتين) فكانت من ) % 13 بروتين) بروتينات غير محددة الموقع، أما الباقي 54 ) % غشائية و 24البروتينات السايتوبلازمية. يتوقع أن تكون البروتينات الغشائية أهدافاً جيدة سواء لإنتاج اللقاحات الوقائية أوالمضادات الحيوية التي تعمل على الأغشية. تهدف الدراسة محاولة إيجاد أهدافاً جديدة للأدوية نظراً لكونالبكتريا أصبحت مقاومة للمضادات والأدوية المستعملة في الوقت الحاضر


Article
PREDICTION OFALLERGENICITY OF CRY PROTEINS PRODUCED BY BACILLUS THURINGIENSIS USINGBIOINFORMATIC TOOLS
التنبؤ بقابلیة تولید الحساسیة لسموم Cry Bacillus المنتجة من البكتریا thuringiensis بإستعمال وسائل المعلوماتیة الحیویة

Author: زهرة محمود الخفاجي زینب هاتف عباس الركابي
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2011 Volume: 10 Issue: 2 Pages: 186-202
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACTBioinformatics performs a lot of tools for biological studies, among thoseprediction of allergenicity. The study carried out to predict allergenicity of Crytoxins produced by Bacillus thuringiensis which their genes are used in productionof plants resist to insects. Five hundreds and eleven Cry protein sequences weredownloaded from NCBI. The proteins subjected to investigation of theircomposition of amino acids and molecular weights, estimation of pI and netcharge, pepsin digestion at pH 1.2 and >2.0 and estimation of hydrophobicity.Results revealed that proteins are greatly different in their number of amino acidswhich ranged from 78-1825 residues and MW 8587.42-251932.0 Dalton. The pIwas 4.36-10.16 and was proportional to the net charge of proteins. UsingAllermatchTM program recommended by FAO/WHO, output pointed to similarityof 0.78%(4 out of 513) of protein to those of IgE epitopes of documented allergens.Similarity >35% over 80 amino acids window revealed that 3.72% (19 out of 513)of Cry proteins similar to known allergens. Using Allergen online website which isslightly different from AllermatchTM showed no similarity with allergens(included in its databases). Using specialized program for IgE epitopes i.e; AlgPredrevealed no similarity as well

الخلاصةتوفر المعلوماتیة الحیویة الكثیر من الوسائل للدراسات الحیویة ومنها دراسة القابلیة على تولید الحساسیة.المنتجة من البكتریا Cry أُستعملت في الدراسة الحالیة وسائل المعلوماتیة الحیویة للبحث عن قابلیة السموموالمستعملة جیناتها في هندسة النباتات لمقاومة الحشرات على تولید الحساسیة. Bacillus thuringiensisمسجلة بشكل رسمي. NCBI مختلفة من موقع Cry تم الحصول على 513 توالي لبروتیناتأخضعت البروتینات لعدة برامج حاسوب لدراسة بعض المواصفات منها عدد الحوامض الأمینیة، الوزنpH وصافي الشحنة على البروتین وقابلیة هضم البروتینات بالببسین عند رقم هیدروجین PI الجزیئي و1.2 و< 2.0 ). وكذلك حساب ك ا رهیة البروتینات للماء ثم أُخضعت لبرامج حدس الحساسیة مثل )أوضحت النتائج إختلاف البروتینات .FAO/WHO المستعمل من قبل المنظمات المختصة AllermatchTMفي عدد الحوامض الامینیة المكونة لها والتي تمتد من 78 حامض أمیني (وزن جزیئي 8587.42 دالتون) الىبین 4.36 الى 10.16 pI بروتین یحوي على 1825 حامض أمیني (وزن جزیئي 251932 دالتون) وت ا روحتAllermatchTM وصافي شحنة البروتین. أشارت برامج التنبؤ بالحساسیة مثل pI وكانت العلاقة طردیة بین4 من 513 ) من البروتینات تحوي على حواتم ) % (المعتمد من قبل منظمة الصحة العالمیة) الى ان 0.78في حین كان المؤشر الآخر وهو تشابه أكثر من 35 % من IgE مشابه للمحسسات الموثقة التي ترتبط الى19 من 513 ) من البروتینات تشابه المحسسات. )% قطع مكونة من 80 حامض أمیني قد أشار الى أن 3.72الذي یختلف قلیلاً عن البرنامج أعلاه فلم یسجل أي تشابة مع AllergenOline أما إستعمال موقعفقد IgE المتخصص بالبحث عن الحواتم التي ترتبط الى AlgPred المحسسات وكذلك أستعمال البرنامجأعطت نتائج سالبة أیضاً

Listing 1 - 2 of 2
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (2)


Language

Arabic (2)


Year
From To Submit

2011 (1)

2010 (1)