research centers


Search results: Found 179

Listing 1 - 10 of 179 << page
of 18
>>
Sort by

Article
Using Simulated Annealing to solve the DNA Fragment Assembly Problem
حل مشكلة الانقسام البسيط لـ DNA باستخدام التحاسبات التأقلمية

Author: Abdul-Wahab S. Ibrahim
Journal: Al-Rafidain University College For Sciences مجلة كلية الرافدين الجامعة للعلوم ISSN: 16816870 Year: 2010 Issue: 26 Pages: 25-34
Publisher: Rafidain University College كلية الرافدين الجامعة

Loading...
Loading...
Abstract

Different ways have used to solve the problem of simple division of DNA and the results have been obtained by the researchers varied between good results and the other did not reach the desired results. In this research, has been proposed to use the formulation of a new method to change any form by use of heating, which relies on the principle of physics idea was to bring the heat for metals and thus gradually change shape to form the required start as high a temperature and decreasing gradually to get the required form of the metal. Applying the same principle we enable for getting simple solution to the problem of the division of DNA and the results are excellent, where it is given the value of high temperature in the beginning process of the division of several divisions to stop and start a gradual decline in the value of the temperature to get to stopping of the division.

لقد استخدمت طرق مختلفة لحل مشكلة الانقسام البسيط للـ DNA وكانت النتائج التي حصل عليها الباحثون متفاوتة ما بين نتائج جيدة واخرى لم تصل الى النتائج المطلوبة. وفي بحثنا هذا تم استخدام طريقة جديدة تدعى صياغة او تغيير أي شكل باستخدام الحرارة, حيث تعتمد فكرتها على مبدأ فيزياوي هو تسليط حرارة على المعادن وبالتالي تدريجيا يتغير شكلها الى الشكل المطلوب حيث تبدأ بدرجة حرارة عالية وتتناقص تدريجيا الى ان نحصل على الشكل المطلوب للمعدن. وبتطبيق نفس المبدأ اسستطعنا حل مشكلة الانقسام البسيط للـ DNA وبنتائج ممتازة, حيث يتم اعطاء قيمة حرارة عالية في البداية تتم عملية انقسام عديدة وتبدأ الانقسامات بالتوقف تدريجيا بهبوط قيمة درجة الحرارة الى ان يحصل التوقف بعدعدد من دورات الانقسام.

Keywords

DNA --- DNA


Article
ROLE OF DNA INTEGRITY OF SPERMATOZOA IN MALE INFERTILITY

Author: Ali F Al-Hashimi علي فؤاد الهاشمي
Journal: IRAQI JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES المجلة العراقية للعلوم الطبية ISSN: P16816579,E22244719 Year: 2012 Volume: 10 Issue: 1 Pages: 4-11
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Background Classical semen analysis gives an approximate evaluation of the functional competence of spermatozoa, but not the quality of sperm DNA. With the advent of assisted reproductive technologies (ART), the concern over using damaged DNA has become apparent.Objective To clarify the role of DNA integrity and maturity of ejaculated spermatozoa in male infertility.MethodsA randomly selected group of 50 nonazoospermic infertile patients with a history of infertility of at least 1 year duration were included in this study. Whereas control group consisted of semen samples obtained from healthy volunteers of proven fertility (n = 27). Two main assays were studied in ejaculated spermatozoa: The green Acridine Orange (AO) fluorescence test that measures DNA integrity and the terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated deoxyuridine triphosphate-nick end labeling (TUNEL)- based ApopTag® technology that assesses DNA fragmentation as a late apoptotic marker. Results were compared with the standard sperm characteristics (concentration, motility and morphology) between infertile patients as well as some patients' subgroups against control donors.Results Significant low levels of green AO fluorescent spermatozoa were observed in all patients and patient's subgroups with asthenoteratozoospermia and oligoasthenoteratozoospermia (P = 0.00001). High percentages of TUNEL-positive spermatozoa were significantly noticed, against control donors, in all patients as well as asthenoteratozoospermic and oligoasthenoteratozoo-spermic infertile patients. Interestingly, normozoospermic patients had a significantly low percentage of green AO fluorescent spermatozoa and high levels of TUNEL-positive spermatozoa versus control donors (P = 0.0005, P = 0.0069, respectively).Conclusion From this study, it can be concluded that male infertility is associated with high rates of DNA damage in the spermatozoa, and that sperm DNA damage analysis could reveal a buried deformity of sperm nuclear DNA in infertile men classified as idiopathic, having apparently normal standard sperm parameters.Keywords DNA denaturation, DNA fragmentation, acridine orange, TUNEL.


Article
Compression of two genomic DNA extraction methods from Sheep blood
مقارنة بين طريقتين لاستخلاص الحامض النووي الـ DNA من دم الاغنام

Author: اسماعيل ابراهيم حسن و سعد توفيق رشيد
Journal: Tikrit Journal for Agricultural Sciences مجلة تكريت للعلوم الزراعية ISSN: 18131646 Year: 2013 Volume: 13 Issue: عدد خاص بمؤتمر الزراعة والطب البيطري Pages: 128-133
Publisher: Tikrit University جامعة تكريت

Loading...
Loading...
Abstract

The DNA is the major factor that responsible of transporting genetic code and biochemical reactions because of that the researcher show specific interest about the methods of extraction and purification of it to be used in different techniques like genetic engineering and gene therapy as well as improving animals and plant production, our study was about evaluation of two DNA extraction methods from sheep blood to know the best one of them. The first method was the modified organic method by using Sodium Perchlorat instead of organic solvent (Ethanol, chloroform), The other method was the enzymatic method by using proteinase K, The modified method is depend on utilization of the sodium perchlorat advantage that come from its cheap price and low storage and shipping requirements, The result show that the modified method give a good DNA yield and need relatively short time while the enzymatic method give an excellent DNA yield.

يعد الحامض النووي الـ DNA العنصر الاساسي المسؤول عن نقل المعلومات الوراثية والتفاعلات الكيمائية الحيوية فقد اولى الباحثون اهتماماً خاصاً بطرق عزله وتنقيته لاستخدامه في مجالات واسعة مثل الهندسة الوراثية والعلاجات الجينية وتحسين الانتاج الحيواني والنباتي لذا تناولت الدراسة معرفة افضل الطرق لاستخلاص الـ DNA من دم الاغنام، حيث استخدمت طريقتين الاولى كانت عضوية باستخدام مادة بيروكلوريدات الصوديوم (Sodium perchlorate) كبديل للمذيبات العضويه الايثانول والكلوروفورم اما الثانية فهي اللاعضوية التي تستخدم الانزيم proteinase k))، وتعتمد الطريقة المعدلة على الاستفادة من محاسن بيروكلوريدات الصوديوم التي تتميز برخص سعرها مقارنةً مع الانزيم proteinase k)) وكذلك بسهولة خزنها وحفضها ونقلها وسهولة استخدامها، اوضحت نتائج الدراسة ان الطريقة العضوية المعدلة كانت لها نتائج جيدة من حيث كميه و نقاوة الـ DNA مقارنة مع الطريقة الاعضوية التي كانت نتائج نقاوتها اعلى


Article
Biodiversity and Genetic Relationships to the Species for the genus Gladiolus L. (Iridaceae) Wild Growing in Iraq Using RAPD-PCR Technique
التنوع والعلاقات الوراثية لانواع جنس Gladiolus L. (Iridaceae ) النامية برياً في العراق باستعمال تقنية RAPD – PCR

Loading...
Loading...
Abstract

This study observed the genetic diversity and relationships among 4 species belonging to genus Gladiolus L. , by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique , the study includes extraction of genomic DNA from the dray leaves by using commercial kit . 4 random primers used the produced of many polymorphic bands among the 4 species , it was also possible to fined the DNA fingerprint of all studied species.Through the appearance of a number of bands that were unique to each species.Genetic distances ranged from 0.10 to 0.86, and used cluster analysis were performed to construct dendrogram.Cluster analysis grouped the 4 species Into tow main clusters depending on their ancestor and their morphological and anatomical traits. Depending on the results of this study and other such as anatomical and palynologycal studies we can record a new species in Iraq belonging to genus Gladiolus, it is G. anatolicus.

بينت هذه الدراسة التنوع والعلاقات الوراثية بين 4 انواع تابعة لجنس Gladiolus L. البري باستعمال مؤشرات الدنا DNAفي تقنية التضخيم العشوائي متعدد الاشكال لسلسلة الدنا RAPD، شملت الدراسة استخلاص الدنا المجيني Genomic DNA من الاوراق النباتية الجافة باستعمال عدة استخلاص دنا النباتات ، وتم استعمال 4 بوادئ Primers عشوائية انتجت عدد من الحزم متعددة الاشكال Polymorphic بين الانواع الاربعة المدروسة ، كذلك تم تحديد البصمة الوراثية لجميع الانواع من خلال ظهور عدد من الحزم الفريدة Unique bands ، وتم تحديد البعد الوراثي بين الانواع اذ تراوح بين 0.10 الى 0.86 ، فضلا عن استعمال التحليل العنقودي لبناء شجرة التنوع الوراثي اذ تكوّنت الشجرة من مجموعتين رئيسيتين تعتمد على سلفهم وصفاتهم المظهرية والتشريحية وبالاعتماد على نتائج هذه الدراسة ونتائج دراسات اخرى كالتشريح وحبوب اللقاح تم تسجيل نوع جديد في العراق ضمن هذا الجنس هوBoiss. G.anatolicus .


Article
Cryptography Operation Using DNA Computing

Authors: د. سلمان محمود سلمان --- د. عماد عيسى عبد الكريم
Journal: Iraqi Journal of Information Technology المجلة العراقية لتكنولوجيا المعلومات ISSN: 19948638/26640600 Year: 2014 Volume: 6 Issue: 1 اللغة الانكليزية Pages: 28-43
Publisher: iraqi association of information الجمعية العراقية لتكنولوجيا المعلومات

Loading...
Loading...
Abstract

There are many encryption algorithms using DNA properties have been Introduced. Most of these algorithms used the well-known binary operation called Exclusive-OR operation to give the algorithm some difficulties for the Cryptanalysis of breaking the algorithm. Exclusive – OR has nothing related to DNA or its properties. It is required to find an operation which makes use of the idea of the XOR operation but using DNA properties and others. This DNA encryption algorithm becomes more powerful thanusing binary XOR

هناك عدة طرق تشفير بأستخدام خواص الحمض النووي DNA قد قدمت. معظم هذه الطرق تستخدمعملية معروفة في النظام الثنائي تسمى Exclusive – OR لكي تعطي لطريقة التشفير صعوبة في كسر الشفرة ان عملية Exclusive – OR ليست لها علاقة لا بالحمض النووي ولا بخواصه. لقد اصبح مطلوبا ايجاد عملية تستفيد من فكرة عملية XOR ولكنها تستخدم خواص الحمض النووى .ان طرق التشفير هذه ستستخدم خواص الحمض النووى لتصبح اكثر قوة من تلك التى تستخدم XOR الاعتيادية


Article
Microsoft Message Queue Technique for Distributed Inter Net Architecture (DNA) Models
استخدام تقنية مايكروسوفت لطابور الرسائل لبناء نموذج موزع متداخل

Author: Taif S. Hassan طيف سامي حسن
Journal: Al-Ma'mon College Journal مجلة كلية المامون ISSN: 19924453 Year: 2010 Issue: 16 Pages: 291-305
Publisher: AlMamon University College كلية المامون الجامعة

Loading...
Loading...
Abstract

The Distributor interNetwork Architecture (DNA) strategy is an efficient road map that gave the developer sufficient degree of freedom to choose the most suitable methods and tools in order to build distributed application. One of the important DNA models that could be designed is based on the Microsoft Message Queue Technology. The MSMQ works efficiently with the huge amount of data that could be processed asynchronously and also it protects the communication channel from the bottleneck that could occur. The MSMQ works in the middle tier of the DNA model. It built a queue builds which will accept data from one side and keep it until the receiving side requests it. The byte stream of sending data is divided into frames. Each frame consists of many fields; the first field will be used to identify the required process (adding record, deleting record, modifying record, and query record). The paper introduces an adaptive DNA model, with main tier of the Microsoft Message Queue technique.

ان تقنية التركيب المتداخل الشبكات الموزع DNA قد رسمت خارطة طريق فعالة لغرض اعطاء المطور درجة معقولة من الحريه في اختيار الطرق والادوات المناسبة لغرض بناء تطبيق موزع كفوء وفعال. من اهم الموديلات DNA التي يمكن ان تبنى تعتمد على تكنولوجيا طابور مايكروسوفت للرسائل MSMQ . ان MSMQ يعمل بكفاءة في معالجة كم هائل من المعلومات، والتي يمكن ان تعالج بطريقة غير متزامنة (Asynchronous) وكذلك تقدم حماية لقناة الاتصال من اي اختناق يمكن ان يحدث . ان MSMQ تعمل في الطبقة الوسطى في التركيب العام DNA حيث تقوم ببناء منطقة خزن (طابور) والذي يوفر الخدمات كارسال البيانات واستلامها من جهة او اكثر من جهة. كذلك يمكن للطابور ان يحتفظ بالمعلومات المستلمه الى ان يتم طلبها من عميل او جهاز خادم اخر. تم تشفير المعلومات المرسلة او المستلمه لتشكل اطارات (Frames) والتي تتألف من مجاميع من البيانات وكل مجموعة تكون مقسمة الى حقول. كل حقل يميز نوعاً معيناً من المعلومات فالحقل الاول يمكن اعتباره كمحدد للعملية (Process ID) التي يراد تنفيذها في قاعدة البيانات كاضافة حقل او حذف حقل او تعديل حقل او استعلام عن حقل. ان البحث يقدم موديل مطور للتقنية DNA ومن اهم اجزائه تقنية MSMQ الكفوءة.


Article
ISOLATION OF PLASMID DNA FROM STREPTOMYCES SP. BACTERIA AND ESCHERICHIA COLI PBR322 TRANSFORMATION
عزل الــ DNA البلازميدي من بكتريا Streptomyces sp. ونقله الى Escherichia coli pBR332

Loading...
Loading...
Abstract

The local Streptomyces sp. strain showed an ability to produce antimicrobial metabolite active against standard strains, in primary and secondary screening. The produced antibiotic was extracted, purified and identified as a peptide antibiotic produced about 1.4g/L in 7 days incubation period, and its LD50 was 5500. There was an inverse effect for orange acridine dye on the grown colonies number of S. sp., the 28 g/ml dye concentration was chosen as the best concentration because it led to colonies killing by 95%. Plasmid DNA extracted from S. sp. and then transformed to E. coli pBR 322, the E. coli pBR 322 showed negative results against the standard strains in primary screening before plasmid DNA transformation, while transformed E. coli pBR322 showed positive results. The antibiotic produced by trans. E. coli pBR322 was extracted, purified and identified by the same ways, which gave the same antibiotic produced by S. sp. with an increase of 2.2 g/L in the quantity and shorter period of time (2 days).

اظهرت العزلة المحلي Streptomyces sp. القدرة على انتاج مادة ذات فعالية مضادة للجراثيم القياسية في الغربلة الاولية والثانوية, تم عزل وتنقية وتشخيص المضاد المنتج وكان ذوطبيعة ببتيدية وامتلك نصف جرعة قاتلة 5500 ملغم/كلغم, وانتج بكمية محدودة 1.4غم/لتر في سبعة أيام. اظهرت نتائج المعاملة بالاكردين ان عدد المستعمرات النامية يتناسب عكسيا مع كمية الاكردين المضافة للوسط ، حيث بلغت 95%نسبة القتل عند تركيز 28μg/ml حيث تم اختياره كتركيز افضل لترحيل البلازميد. استخلص الـDNA البلازميدي من S. sp.. ومن ثم نقل البلازميد الى بكتريا الـE. coli pBR322 حيث اظهرت هذه البكتريا صفة انتاج مضاد بكتيري في الغربلة الاولية لم تكن تمتلكها قبل عملية النقل. ومن ثم تم عزل, تنقية وتشخيص المضاد المنتج من الـE. coli pBR322 trans. بنفس الطريقة المستعملة لعزل, تنقية وتشخيص المضاد المنتج من S. sp. ، وكان هذا المضاد هو نفس المضاد المنتج من بكتريا S. sp. وبكمية اكبر2.2غم/لتر في فترة زمنية قصيرة (يومين).

Keywords

Peptide --- DNA --- Fungi


Article
In vivo lung injury caused by Pseudomonas aeruginosa DNA
تلف الرئة الناتج عن دنا بكتريا Pseudomonas aeruginosa داخل الجسم الحي

Author: Harith Jabbar Fahad Al-Mathkhury حارث جبار فهد المذخوري
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2012 Volume: 53 Issue: 4 Pages: 794-798
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Noticeable inflammatory reactions in rats lungs were caused by DNA isolated from Pseudomonas aeruginosa include infiltration of macrophages, neutrophiles and lymphocytes. Additionally, fibromuscular hypertrophy of smooth muscles in respiratory bronchiols was seen as well. Since lung homogenate shows no bacterial growth in all samples. Consequently, these inflammatory signs were attributed to DNA effect rather than any other cause. In conclusion, apart from live bacteria, P. aeruginosa DNA has the ability to cause inflammatory response in rat model airways.

تسبب دنا بكتريا Pseudomonas aeruginosa تفاعلات التهابية ملحوظة في رئات الجرذان تضمنت ارتشاح خلايا البلعم الكبير و الخلايا العدلة والخلايا اللمفاوية. علاوة على تضخم عضلي ليفي في العضلات الملساء في القصيبات الهوائية. بما ان متجانس الرئة لم يظهر اي نمو بكتيري في العينات جميعها، فان هذه العلامات الالتهابية لابد ان تعزى الى تأثير الدنا وليس الى اي سبب اخر. من الممكن ان نستنتج ان دنا P. aeruginosa له القدرة على احداث استجابة التهابية في المجرى التنفسي للجرذان دون الحاجة الى تواجد البكتريا الحية.

Keywords

lung --- Pseudomonas aeruginosa --- DNA


Article
DNA analysis and the legal weight of the legal issues of proof (comparative study)
تحليل البصمة الوراثية ومدى حجيتها القانونية في مسائل الاثبات القانوني (دراسة مقارنة)

Author: enas hashem rashed ايناس هاشم رشيد
Journal: Risalat al-huquq Journal مجلة رسالة الحقوق ISSN: 20752032 Year: 2012 Issue: 2 Pages: 213-236
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

DNA evidence and its role in the legalIs the Bassa Genetic day of the most important evidence of proof in terms which to prove the ratios of the child to his biological father or to prove the identity of the perpetrators of crimes as well as the identification of missing persons in earthquakes and disasters through the examination of hair or blood, or the remains of the bone, so we divided our research into two allocated first to examine the role of DNA to prove descent, then we have dedicated the second

ان التطورات العلمية الهائلة التي يشهدها العالم اليوم خاصة فيما يتعلق بالهندسة الجينية ، او البصمة الوراثية تجعلنا تقف مبهورين امام عظمة الله – سبحانه وتعالى – على خلق هذا العقل البشري العبقري ‘ فلقد كشفت هذه الدراسات خبايا الخلايا البشرية ورسمت خارطة الانسان الجينية ، وشخصت بعض الامراض الوراثية التي اثقلت كاهله وخلصته منها ، وهذه هي المرحلة التاريخية الجديدة وهي مرحلة ال DNA .والتي لعبت دورا اساسيا في اثبات النسب في كثير من القضايا ، وكذلك الكشف عن هوية مرتكبي الجرائم ، من خلال تحليل الحمض النووي المستخلص من المخلفات البشرية ( الدم ، العرق ، بقايا العظام ، والشعر ، وغيرها ) .


Article
DATA COMPRESSION FOR DNA SEQUENCE
ضغط البيانات لمتوالية الحمض النووي

Author: Asaad Sumoom Daghal أسعد سموم دغل
Journal: Al-Qadisiyah Journal for Engineering Sciences مجلة القادسية للعلوم الهندسية ISSN: 19984456 Year: 2013 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 26-34
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

DNA Sequences making up any organism comprise the basic blueprint of that organism so that understanding and analyzing different genes within sequences has become an extremely important task. Biologists are producing huge volumes of DNA sequences every day that makes genome sequence database growing exponentially. The databases such as Gen-Bank represent millions of DNA sequences filling many thousands of gigabytes computer storage capacity. Hence an efficient algorithm to compress DNA sequence is required. In this paper compression algorithm which is called “Huffman code tree” is used to code and compress DNA sequences. Depending upon this algorithm we assigning binary bit codes (0 and 1) for each base (A, T, C, and G). After assigning the bases by bit codes, we determine the code for each base. Code for each base is determined by tracing out the path from the root of the tree to the leaf that represents that base. Huffman code provides a variable code length. In fact the codes for characters having a higher frequency of occurrence are shorter than those codes for characters having lower frequency. So this algorithm compress DNA sequences better than from old method (fixed length) if we assigning 2 bits per base. From analysis the results, average code length (1.62 bits/base) can be achieved using this algorithm. For a higher compression ratio advised to use other compression method with the proposed method such as the learning automata.

تشكل متواليات الحمض النووي لأي كائن حي يشمل المخطط الأساسي لهذا الكائن بحيث أن فهم وتحليل الجينات المختلفة ضمن المتواليات أصبحت مهمة هامة للغاية. في كل يوم ينتج علماء الأحياء كميات ضخمة من تسلسل الحمض النووي , هذا ما يجعل قاعدة بيانات الجينوم متزايدة باطراد. قواعد البيانات مثل بنك الجينات تمثل الملايين من تسلسل الحمض النووي التي تحتاج سعة خزن قد تصل إلى عدة آلاف من الغيغابايت من سعة الكمبيوتر. وبالتالي مطلوب خوارزمية فعالة لضغط تسلسل الحمض النووي. في هذا البحث خوارزمية الضغط المستخدمة التي تسمى "رمز شجرة هوفمان " يستخدم لترميز وضغط تسلسل الحمض النووي. اعتمادا على هذه الخوارزمية يتم تأشير رمز قطعة ثنائي (0 و 1) لكل قاعدة (A, T, C, G ). بعد تأشير الرموز للقواعد نجد الرمز لكل قاعدة. يتم إيجاد الرمز لكل قاعدة عن طريق تتبع المسار من جذر الشجرة إلى الورقة التي تمثل تلك القاعدة.ترميز هوفمان يوفر طول رمز متغير. في الحقيقة الرموز لشخصيات التي لها تكرار عالي للظهور يكون تمثيلها بطول أقصر من الرموز للحروف التي لها تكرار قليل. لذلك فأن الخوارزمية المقترحة تضغط متواليات الحمض النووي أفضل من الطرقة القديمة(طول ثابت) إذا نحن استخدمنا 2 قطعة لكل قاعدة. ومن تحليل النتائج, معدل طول رمز 1.62 بت لكل قاعدة يمكن انجازه باستخدام الخوارزمية المقترحة . للحصول على نسبة ضغط أفضل, ينصح باستخدام طريقة أخرى مثلا التعلم الآلي مع الطريقة المستخدمة.

Keywords

DNA --- Huffman Code --- Compression

Listing 1 - 10 of 179 << page
of 18
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (179)


Language

English (141)

Arabic (19)

Arabic and English (15)


Year
From To Submit

2019 (10)

2018 (30)

2017 (22)

2016 (26)

2015 (14)

More...