research centers


Search results: Found 1

Listing 1 - 1 of 1
Sort by

Article
IN SILICO STUDY FOR PREDICTION OF DRUGTARGETS IN HELICOBACTER PYLORI
Helicobacter pylori دراسة حاسوب للتنبؤ بالأهداف الدوائية للبكتريا

Author: زينب هاتف عباس الركابي
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2010 Volume: 9 Issue: 4 Pages: 753-769
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

.ABSTRACT
In Silico Study, was conducted to search and predict essential biotargets which
might be as drug targets in Helicobacter pylori. Gene sequences (Protein sequences)
of the bacterium and its host (Homo sapiens) were retrieved from the Database for
Essential Genes (DEG) (http://tubic.tju.edu.cn/deg/).
The retrieved sequences were subjected to alignment process using BLASTP
2.2.23+(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG
_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq ) with
different bioinformatic parameters and different matrices such as
PAM70,BLOSUM62 at different levels of E-values "0.001, 0.01, 0.05" to estimate
the essential bacterial genes that non-homologous with the human. Results showed
that 55 genes out of 323 essential bacterial genes have no homology with human
essential genes (118). The products of these genes (55 genes) were subjected to
programs to estimate the cellular location such as PSORTb v.3.0
(http://www.psort.org/psortb/index.html) and TMHMM
(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/). The two programs showed that 22%
of non-homologous genes (12 protein) were associated with cell membrane, 24%
(13 protein) had unknown location, and the rest 54% (30 protein) were found in
the cytoplasm. It could be predicted that the membrane proteins might be good
targets for vaccine development and as well for antibiotics affected the cell
membrane.

الخلاصةللبحث عن الأهداف الحيوية التي يمكن أن تصلح أن In Silico تم إجراء دراسة على الحاسوبتم جمع تواليات الجينات الأساسية .Helicobacter pylori تكون أهدافاً دوائية في بكتريامن قاعدة المعلومات (Homo sapiens) (البروتينات الأساسية) للبكتريا ومضيفها الإنسانأُخضعت نواتج الجينات الأساسية .(http://tubic.tju.edu.cn/deg) للجينات الأساسيةBLASTP للبكتريا والإنسان لعمليات الإصطفاف بإستعمال+ 2.2.23http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=لتحديد . blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seqالبروتينات الأساسية غير المتشابهة للبكتريا مع بروتينات المضيف لتمثل أهدافاً دوائية وبإستعمال مؤشراتE-value وبقيم توقع مختلفة المستويات "PAM70,BLOSUM مختلفة من إذ المصفوفات " 620.05,0.01,0.001 ". أسفرت مجمل النتائج على إن هناك 55 جين من جينات البكتريا الأساسية " 323 " غير "متشابهة مع جينات الإنسان الأساسية " 118 ". أُخضعت البروتينات غير المتشابه لبرامج تحديد الموقع مثلTMHMM و (http://www.psort.org/psortb/index.html) PSORTb v.3.012 بروتين) هي بروتينات ) % وكانت النتائج 22 ،(/http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM)30 بروتين) فكانت من ) % 13 بروتين) بروتينات غير محددة الموقع، أما الباقي 54 ) % غشائية و 24البروتينات السايتوبلازمية. يتوقع أن تكون البروتينات الغشائية أهدافاً جيدة سواء لإنتاج اللقاحات الوقائية أوالمضادات الحيوية التي تعمل على الأغشية. تهدف الدراسة محاولة إيجاد أهدافاً جديدة للأدوية نظراً لكونالبكتريا أصبحت مقاومة للمضادات والأدوية المستعملة في الوقت الحاضر

Listing 1 - 1 of 1
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (1)


Language

Arabic (1)


Year
From To Submit

2010 (1)