research centers


Search results: Found 1

Listing 1 - 1 of 1
Sort by

Article
Molecular Detection of EGFR Mutation in Lung Cancer Using Bioinformatics Database with PCR Technique
الكشف الجزيئي لطفرة EGFR في سرطان الرئة باستخدام قاعدة بيانات معلومات حيوية مع تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل

Authors: Ayad Mohammed Ali أياد محمد علي --- Kameran Mohammed Ali كامران محمد علي
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2017 Volume: 13 Issue: 2 - part 1 Pages: 226-242
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study was to design a new model of polymerase chain reaction (PCR) based diagnostic method using mouse genome for one rare epidermal growth factor receptor (EGFR) gene mutations with diagnostic and prognostic values in lung cancer (this mutation are not covered by commercial test kits). From the systematic database search, one rare mutations identified which is within the tyrosine kinase (TK) domain of EGFR, with an insertion mutation in exon 20 namely A763_Y764insFQEA. For designing primers to detect the targeted regions surrounding the rare mutations, Primer3 Plus was carried out to design two sets of PCR primers for exon 20 of mouse EGFR gene. UCSC (University of California Santa Cruz) in silico PCR testing along with BLASTN search were used for primer specificity in terms of predicted target location (chromosome 11 for exon 20) and predicted amplicon sizes (276 bp for exon 20). PCR was partially optimised for the exon 20 with the presence of expected amplicon bands, along with unspecific and primer-dimer bands. The amplicon was sequenced and revealed the presence of the mutation. The mutation of interest selected was A763_Y764insFQEA (insertion of phenylalanine, glutamine, glutamic acid and alanine in between codon 763 and 764) in exon 20, the mutation was in the kinase domain of EGFR. The Identification and Analysis for rare mutations via this way is sensitive, simple, accurate and inexpensive technique. It is used as genetic markers for allelic and mutational sequence variation.

هدفت هذه الدراسة هو تصميم نموذج جديد لتقنية التشخيص المعتمد على تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) باستخدام جينوم الفأر لاحد الطفرات الجينية النادرة لمستقبل عامل نمو الادمة (EGFR) مع القيم التشخيصية والنذيرية في سرطان الرئة (هذه الطفرة لم تغطى باستخدام عدد تجارية). من البحث في نظام قاعدة البيانات، حددت واحدة من الطفرات النادرة التي تقع ضمن نطاق انزيم التيروسين كاينيز (TK) من EGFR كطفرة مدرجة في اكسون 20 وهي .A763_Y764insFQEA لتصميم الشعيلة للكشف عن المناطق المستهدفة المحيطة الطفرات النادرة نفذت Primer3 Plus لتصميم مجموعتين من شعيلات لاكسون 20 من جين EGFR للفار. استخدمت تقنية جامعة كاليفورنيا سانت كروز (UCSC) في silico PCR مع البحث BLASTN لخصوصية الشعيلات من حيث تنبأ الموقع المستهدف (الكروموسوم 11 لاكسون 20) وتوقع حجم الامبليكون بـ (276 لاكسون 20) و حسنت جزئيا تقنية PCR للاكسون 20 مع وجود حزم امبليكون متوقعة، جنبا إلى جنب مع الخطوط غير محددة. حيث الامبليكون تسلسل وكشف وجود الطفرة. وكانت الطفرة المهم اختيارها كانتA763_Y764insFQEA المدرج من الفنيل الأنين، الجلوتامين، حمض الجلوتاميك وألالنين بين كودون 763 و 764 في اكسون 20، كانت طفرة في المجال كاينيز من .EGFR ان تحديد وتحليل الطفرات النادرة باستخدام هذه التقنية كانت حساسة وبسيطة ودقيقة و غير مكلفة، وهو يستخدم كدلائل وراثية لمختلف التسلسلات الأليلة والطفرية.

Listing 1 - 1 of 1
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (1)


Language

English (1)


Year
From To Submit

2017 (1)