research centers


Search results: Found 10

Listing 1 - 10 of 10
Sort by

Article
ESTIMATION OF GENETIC VARIATIONS IN DIFFERENT TAXA IN BRASSICACEAE BY RAPD AND ISSR ANALYSIS
تقدير التغايرات الوراثية لمراتب تصنيفية مختلفة من العائلة الصليبية باستخدام تحليل RAPD و ISSR

Author: Huda Jasim M. Al-Tameme هدى جاسم محمد التميمي
Journal: Bulletin of the Iraq Natural History Museum مجلة متحف التاريخ الطبيعي العراقي ISSN: Print ISSN: 10178678, Online ISSN: 23119799 Year: 2018 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1-13
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Twelve species from Brassicaceae family were studied using two different molecular techniques: RAPD and ISSR; both of these techniques were used to detect some molecular markers associated with the genotype identification. RAPD results, from using five random primers, revealed 241 amplified fragments, 62 of them were polymorphic (26%). ISSR results showed that out of seven primers, three (ISSR3, UBC807, UBC811) could not amplify the genomic DNA; other primers revealed 183 amplified fragments, 36 of them were polymorphic (20%). The Similarity evidence and dendrogram for the genetic distances of the incorporation between the two techniques showed that the highest similarity was 0.897 between the varieties red cabbage and red ornamental cabbage, meanwhile the lowest similarity index was between the varieties red radish and Green ornamental cabbage (0.169); thus these RAPD and ISSR markers have the possibility for the identification of species or varieties and the description of genetic variation within the varieties. Furthermore, it could be concluded that the Brassicaceae taxa have a suitable amount of genetic variance and a wide range in the genetic principle of the studied genotypes which can be used for output improvement.Keywords: Brassicaceae, Genetic similarity, ISSR, Polymorphism, RAPD.

درست اثنا عشر نوعاً من العائلة الصليبية باستخدام اثنين من التقنيات الجزيئية المختلفةRAPD وISSR ؛ إذ استخدمت كل من هذه التقنيات للكشف عن بعض الواسمات الجزيئية المرتبطة مع تحديد النمط الجيني اذ اظهرت نتائج تضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا RAPD، من استخدام خمسة بادئات عشوائية، تمييز241 حزمة مضخمة، 62 منها كانت متعددة الأشكال (26٪). أظهرت النتائج تكرار التسلسلات البسيطةISSR من أصل سبعة بادئات، ثلاثة (ISSR3، UBC807، UBC811) لم يظهر اي تضخيم للحامض النووي الجيني، وكشفت البادئات الأخرى 183 حزمة مضخمة، 36 منها كانت متعددة الأشكال (20٪) وتبين ان مؤشرات التشابه والمخطط التشجيري للمسافات الوراثية عند الجمع بين الطريقتين أن أعلى التشابه كان 0.897 بين أصناف الملفوف الأحمر والملفوف الزينة الأحمر، بينما ظهر أدنى مؤشر للتشابه بين أنواع الفجل الأحمر والملفوف الزينة الأخضر (0.169)؛ اي ان علامات RAPD وISSR لديها القدرة على تحديد الأنواع / الأصناف وتوصيف الاختلاف الجيني داخل الأصناف أيضا يمكن أن نستنتج أن انواع العائلة الصليبية لها كمية كافية من التنوع الوراثي ومجموعة واسعة في القاعدة الوراثية للتراكيب المستخدمة في الدراسة والتي يمكن استخدامها لتحسين المحاصيل.


Article
Genetic Diversity Among Some Aspergillus flavus Isolates by Using Inter simple sequence repeats (ISSR)
التغايرات الوراثيه بين بعض عزلات Aspergillus flavus بأستخدام تقنيه (ISSR)

Authors: Safa M. Abdulateef صفا مجاهد عبداللطيف --- Mona H. Aljubori منى حمودي الجبوري --- Neamat J. Abdulbaqi نعمت جميل عبدالباقي
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2014 Volume: 55 Issue: 3A Pages: 986-993
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Aspergillus flavus isolates which are considered on conidial shape through microscopic examination and mycelial colour through cultural properties . Primary screening for the ability of A. flavus isolates for aflatoxin production was determined using A.flavus parasiticus agar medium (AFPA) as well , 7 isolates from 11 isolates give a positive result by the presence of bright yellow-orange pigments indicated the presence of aflatoxins. Molecular genetics techniques using DNA polymorphism have been increasingly used to characterize and identify genetic diversity and relationships among eleven A. flavus isolated from different source using the ISSR(inter simple sequence repeats) technique. Three universal primers designed at University of British Columbia (UBC 809 , UBC 810, UBC 811) were produced (18) main bands of these bands, 53 bands were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 100-1,500 bp. The genetic polymorphism value of each primer was ranged between 16.98-74.4%. In terms of unique banding patterns, determine the finger print for one isolate the most characteristic banding pattern was for the isolate number 5 with primer UBS primer No.809. Genetic distances ranged from 0.12599 to 0.93644 among A.flavus isolates. Cluster analyses were performed to construct a dendrogram placed most of the A. flavus was isolated from the different source at the same main group.

عزلات فطر الرشاشيات الخضراءA.flavus) ) تم اعادة تشخيصها اعتماداً على شكل الكونيديات مجهرياً ولون الخيوط الفطريه طبقياً. تم الكشف الاولي لقابليه الفطر على انتاج سم الافلاتوكسين(Aflatoxin B1) بواسطة الاوساط المحفزه لانتاج السم والتي تضمنت الوسط التفريقي(AFPA) ، اثبتت سبعه عزلات من ضمن احد عشر قابليتها على انتاج الافلاتوكسين وذلك بتكوينها حلقه برتقاليه اللون . استخدمت التقنيات الجزئية للكشف عن التغايرات بين العزلات عن طريق التغاير بالدنا، حيث ان تغاير الدنا قد بيًن قابليه العزلات على انتاجها للافلاتوكسين والعلاقات الوراثيه ما بين العزلات ومن اهم هذه التقنيات (ISSR)،استخدمت ثلات بادئات صممت من قبل جامعه(University of British Columbia) التي انتجت 18 حزمة اصلية من ضمنها 58 حزمة متعددة الاشكال و ذات حجم مابين 100-1,500 زوج من القواعد النيتروجينيه وقيمة التغايرات الوراثيه لكل بادئ وضعت بين مدى ومقداره 16.9 – 74.4 % . مصطلح الحزمه المفرده تمثل البصمة الوراثيه للعزل ، حزمة مفرده واحده انتجت من العزله الخامسه للبادئ رقم (UBC809)البعد الوراثي للعزلات كان بين مدى (0.12599-0.93644)، ووضحت العلاقات بين العزل على المخططات العنقوديه (الديندروكرام) الذي ميًز العزلات اعتمادا على مصدر العزل.


Article
Using ISSR markers to build a phylogenetic of Barley Genotypes
استخدام مؤشرات التفاعل الضمني البسيط لبناء الشجرة الوراثية لأصناف الشعير

Author: Zeina S. M. Al_Hadeithi زينه سيف الدين محمد الحديثي
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 2C Pages: 1682-1688
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study is attempts to build a phylogenetic between nine Iraqi barley genotypes based on ISSR-PCR analysis by determine the level of genetic similarity among them. Nine issr primers used in this study produced 41 bands across nine studied varieties. Of these bands, 28 bands were polymorphic and the remaining monomorphic bands were 13. The average polymorphic rate was 70.5% ranged between 25%-100% , and average of polymorphic bands /primer was 4.5.The size of the amplified bands ranged 140-1600 bp. It was generated a 5 unique bands in this study, these bands can be used as a DNA profiling of all studied genotypes. The results were showed Genetic distances ranged between (0.0854-0.9897) among barley varieties. Based on phylogenic tree, a dendrogram were constructed among studied barley varieties, cluster analysis grouped the nine varieties into two main clusters depending on their ancestors and their morphological traits. The use of cultivars from various clusters and sub clusters offer the possibility of obtaining an appropriate genetic variability in hybrid population.

هدفت الدراسه الحاليه الى محاولة بناء شجرة السلالات الوراثية اعتماداً على تسعة مورثات لنبات الشعير العراقي, حيث استعملت المؤشرات الوراثية للتتابع الضمني لتحديد مستوى التشابه الوراثي للأصناف المدروسة. استعملت تسع بادئات ولوحظ ظهور 41 حزمه للأصناف المدروسه, كانت 28 حزمة متباينه في الحجم الجزيئي و 13 حزمة متماثله. وتراوحت نسب التباينات الوراثية بين 25%-100% وبمتوسط 70.5 % وكان معدل الحزم المتباينه لكل بادئ 4.5. تراوح الحجم الجزيئي للحزم المضخمه بين 140-1600 زوج قاعدي, وقد لوحظ ظهور خمس حزم فريده في هذه الدراسه يمكن استخدامها كمؤشر وراثي لدراسة اصناف الشعير المختلفه. اظهرت النتائج قيم البعد الوراثي اذ تراوحت بين (0.0854- 0.9897) لأصناف الشعير المدروسه. واعتمادا على شجرة تطور الطرز الجينية فقد تم بناء التحليل العنقودي لأصناف الشعير والذي جمع الأصناف التسع في مجموعتين رئيستين اعتمادا على اسلافهم وسماتهم الشكليه. استخداما لأصناف من مجاميع متنوعه ومجموعات فرعية توفر إمكانية الحصول على التباين الوراثي المناسب في المجتمع الهجين لنبات الشعير.


Article
Molecular Identification of Aspergillus fumigatus Using ISSR and RAPD Markers
ألتشخيص ألجزيئي لعزلات A.fumigatus بواسطه مؤشرات ال ISSR و الRAPD

Authors: Nawras Kadhim Rassin نورس كاظم رسن --- Neamat J. Al- judy نعمت جميل عبد الباقي --- Batol Imran Dheeb بتول عمران ذيب
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 4A Pages: 2788-2797
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this stud to isolate and identified of A. fumigatus from different sources and study the genetic diversity among these isolates by using RAPD and ISSR markers.Collected 20 samples from 7samples were isolated A. fumigatusisolates were characterized depending on its morphological, then extracted DNA from its.RAPD markersrandomly bandingwith sitesof genome more than ISSR markers where the primer OPN-07 achieved discriminative power (19.1) and 43 bands, while ISSR6 achieved discriminative power (17.1) with 32 bands.ISSR were more efficiency in specific binding then RAPD, ISSR primers has great a binding to production unique band, when 9 primers from 10 primers, ISSR9 was produce (5) unique bands, while RAPD markers was low ability to production unique bands, 3primers from 9 primers were produced unique bands.The dendrogram of RAPD was reverted than isolates number 5 and 7 had the great genetic diversity 0.33361 while the isolates number 5 and 6 had the lowest genetic similarity 0.98521 in contrast with ISSR markers was show isolates number1 and 2 greats genetic diversity 0.97826whilethe isolates number 5 and 7 had the lowest genetic similarity 0.10253.

هدفت هذا الدراسه الى عزل وتشخيص فطر A. fumigatusمن مصادر مختلف ودراسهالتغايرات الوراثيه بين هذا العزلات بٳستخدام مؤشرات التفاعل العشوائي المتعدد ٳلاشكال لسلسله ٲلدنا RAPD ومؤشرات إعاده ٲلسلسله ٲلبسيطه ISSR تم جمع 20 عينه من A. fumigatus من مصادر مختلفه وتم تشخيصها ٳعتماد على صفات المظهر الخارجي. وتم استخلاص الدنا من جميع العينات ولكن تم اختيار 7 عزلات فقط لاجراء تفاعلات ال RAPDوال ISSRعليها.ٳظهرت مؤشرات ال RAPD بٲنها ذات ارتباط عشوائي بمواقع التركيب الجيني اكثر من مؤشرات ال ‚ISSRحيث ان البادئ OPN-07حقق طاقه تمييزيه بلغت 19.1 وناتج عدد حزم عشوائيه بلغ 43 مقارنه مع البادئ ISSR6 الذي حقق طاقه تمييزيه بلغت 17.1و32 حزم عشوائيه .ٲظهرت بادئات مؤشر الISSR قدره عاليه على ٳنتاج حزم مفرده حيث ان 7 بادئات من اصل 9 اظهرت حزمه منفرد بينما كان البادئ ISSR9 هو الاكثر إنتاج للحزم)5 (حزم منفرده بينما بادئات مؤشر الRAPD كانت ذات قدره اقل على إنتاج الحزم المنفرده حيث انتج 3 بادئات فقط من اصل 9 اظهرت حزم منفرده وكان البادئات OPM-20 ,OPL-05 الاكثر ٳنتاج للحزم المنفرده بعدد 2 وهذا يدل على ان مؤشراتISSR ذات كفاءه اعلى من مؤشرات RAPD في الارتباط اكثر تخصص بمواقع مميزه ,اظهرت المخططاتلشجيريه لتقنيه الRAPD اضهرت ان العزله رقم 5مع عزله رقم 7 هي الاكثر تنوع جينيه بلغت 0.33361 بينما العزله رقم 5 مع عزلة رقم 6 كانت الاقل مسافه جينيه بلغت 10.9852 اما في مايخص تقنية ISSRإضهرت أن العزلة رقم 1 وعزلة رقم 2 هي الاكبر تنوع جيني 0.97826 بينما العزلة رقم 5 و عزله رقم 7 هي الاقل تشابه جيني 0.10253.


Article
DETERMINING THE GENETIC FINGERPRINT FOR NUMBER OF (Triticum aestivum ) AGRICULTURAL SPECIES DISTRIBUTE IN AL-ANBAR PROVINCE USING THE ISSR TECHNIQUES MARKER
تحديد البصمة الوراثية لعدد من أصناف الحنطة المنتشرة زراعتها في محافظة الأنبار باستخدام مؤشر الـ ISSR

Loading...
Loading...
Abstract

In this study, We used the ISSR Technique, Its one of the PCR Technique, On the nine local type of Triticum aestivum in AL-anbar Province, to determination of genetic variation relationship between them and Find the Fingerprinting for some types. The DNA Extraction Results From young leaves by using CTAB method showed that purity of DNA was 1.5 – 1.82 and the concentration was 55 – 142.5 ngµl. The ISSR Results revealed 8 of the 10 primers using this study were binding. The 8 primers recorded 404 binding sites ( 126 General bands and 278 various bands ), The highest number for binding was in L1 primer ( 78 band ) while B1 primer was the lowest number ( 30 band ), The high molecular Wight was 2000 bp for H14 primer, On the other band the lowest molecular Wight was 500 bp in E3 primer. The type Latifya ( 1 ) has highest number for binding site with 55 bands 13.613% the type Iraq Shown lowest number of binding site with 39 bands 9.563 % For the unique and absent band , the type ( Tertikely ( 2 ) and Abo Graib ( 4 ) ) and ( latifya ( 1 ) and Hashimya ( 3 ) ) Recording highest and lowest number of band ( 5 and 3 ) respectively, Whereas the type Tamooz 3 ( 7 ) and Ibaa 95 ( 8 ) had no unique and absent bands. For the genetic variation for ISSR, we found the highest value between Tertikely ( 2 ) and Tamooz 2 ( 6 ) was ( 0.4753 ) and the lowest value was ( 0.1707 ) between latifya ( 1 ) and Hashimya ( 3 ) depending for our Results we divided. The Studying to 3 groups, and the Tertikely ( 2 ) type presents the main group between among other type.

استخدمت في الدراسة تقنية من تقنيات الـ PCR وهو مؤشر الـ ISSR وتم تطبيقها على تسعة أصناف محلية من الحنطة المنتشرة زراعتها في محافظة الأنبار لغرض تحديد البعد الوراثي بين الأصناف و إيجاد العلاقة الوراثية بين الأصناف المدروسة مع تحديد البصمة الوراثية لبعض الأصناف , نتائج استخلاص الـ DNA من الأوراق الفتية لنباتات الحنطة وباستخدام طريقة CTAB أوضحت إن الـ DNA المستخلص تراوحت نقاوته من 1.5 ــ 1.82 وتراوح تركيزه بين 142.5 – 55 ng / µl, نتائج تفاعلات الـ ISSR أوضحت إن ثمانية من البادئات العشرة المستخدمة في الدراسة أظهرت نواتج ارتباط , بلغ عدد مواقع الارتباط 404 موقع كانت منها 126 حزمة عامة و 278 حزمة متباينة , سجلت أعلى عدد من مواقع الارتباط في البادئ L1 بـ 78 حزمة أما البادئ B1 فسجل اقل عدد من مواقع الارتباط بـ 30 حزمة , أعلى وزن جزيئي في مواقع الارتباط 2000 bp في البادئ H14 واقل وزن جزيئي كان اقل من 500bp في البادئ E3 , سجل الصنف لطيفية 1 ) ) أعلى عدد من مواقع الارتباط بـ 55 حزمة بنسبه مئوية بلغت 13.613 % واقل عدد من مواقع للارتباط سجل للصنف عراق ( 9 ) بـ 39 حزمة بنسبه مئوية بلغت 9.563 % , سجل الصنف ترتكيلي 2 ) ) و الصنف أبو غريب ( 4 ) أعلى وجود للحزم الفريدة والغائبة بـ 5 حزم وسجل الصنفين لطيفية ) 1 ) و هاشمية ( 3 ) اقل وجود للحزم الفريدة والغائبة بواقع حزمة واحدة فريدة لكل منهما ,أما كل من الصنفين تموز3 ( 7 ) و إباء95 ( 8 ) فلم يتميزا بوجود أي حزمة غائبة أو فريدة , من ملاحظة قيم البعد الوراثي لتفاعلات الـ ISSR نجد أعلى قيمة وهي ( 0.4753 ) بين الصنفين ترتكيلي2) ) و الصنف تموز2 ( 6 ) و اقل قيمة للبعد الوراثي كانت بين الصنفين لطيفية 1 ) ) و هاشمية ( 3 ) بقيمة ( 0.1707 ) , من خلال رسم العلاقة الوراثية قسمت الأصناف إلى ثلاث مجاميع كان الصنف ترتكيلي 2 ) ) يمثل المجموعة الرئيسية بين الأصناف المدروسة .


Article
Assessment of genetic diversity among wheat selectedegenotypese and local varieties for saltetolerance by usingeRAPD and ISSR analysis
تقدير التباين الوراثي بين التراكيب الوراثية المنتخبة والاصناف المحلية لصفة تحمل الملوحة باستخدام تحاليل RAPD و ISSR

Loading...
Loading...
Abstract

Three genotypes of wheat developede for saltetoleranceethroughe plant breeding program and two local cultivars were screened for genetic variation under salinity conditions through RAPD and ISSR markers. Eight selected primers (OP1-06, OPE-16, OPN-07, OPO-17, OPD-20, OPL-05, OPI-01 and OPJ-13) were used in randomeamplifiede polymorphic eDNA (RAPD-PCR reaction) and three selected primers (UBC 809, UBC 810 and UBC 811) were used in ISSR markers. According to the results of the amplification and ISSR markers, the genetic distance and dendogram illustratedegeneticefingerprint and relationshipsebetweeneselected genotypes and local cultivars were determinant. Results revealed that there are genetics differences between the selected genotypes and the local cultivars in some specific segment at different size (bp) with all primers which used in this study, except the result of the primer (OPE-16) showed that there are no bands appeared in all selected genotypes and local cultivars. Other results of RAPD markers showed that there are differences among the selected genotypes in their banding patterns only with primers (OP1-06, OPN-07 and OPO-17) at different size. The results of ISSR markers showed differences that there are also differences between the selected genotypes and local cultivars in specific segment with the three primers which used, the selected genotypes were similar in banding patterns with UBC 809 and UBC 811primers. Genetically, the results showed that all the selected genotypes and local cultivars differed in their genetic distance, variations among the selected genotypes in their genetic distance. In conclusion the selected genotypes (salt tolerant) genetically differed from the local cultivars (salt sensitive).

اجريت دراسة لتقييم صفة تحمل الملوحة في ثلاث تراكيب وراثية مستنبطة لصفة تحمل الملوحة من خلال برامج التربية والتحسين تحت ظروف الشد الملحي وبالمقارنة مع صنفين محليين بأستخدام تقنية RAPD و ISSR. استتخدمت ثمانية بادئات منتخبة هي ( OP1-06 ، OPE-16 ، OPN-07 ، OPO-17 ، OPD-20 ، OPL-05 ، OPI-01 و OPJ-13) في تقنية التغاير الوراثي العشوائي RAPD-PCR واستخدمت ثلاثة بادئات منتخبة اخرى (UBC 809 ، UBC 810 و UBC 811) في تقنية ISSR-PCR. استنادا الى نتائج تقنية RAPD و ISSR تم تقدير البعد الوراثي بين التراكيب الوراثية والاصناف المحلية المستخدمة، اوضحت النتائج بان هناك اختلافات وراثية بين التراكيب الوراثية المنتخبة والاصناف المحلية المستخدمة في بعض الحزم مختلفة الاحجام مع جميع البادئات المستخدمة في هذه الدراسة وما عدا البادئ (OPE-16) لم يظهر اي حزمة في جميع التراكيب الوراثية المنتخبة والاصناف المحلية المستخدمة. ايضا اظهرت نتائج تقنية RAPD-PCR بان هناك اختلافات بين التراكيب المنتخبة في نمط الحزم التي ظهرت في بعض البادئات OPI-06 ، OPN-07 و OPO-17 مختلفة الاحجام. اشارت نتائج مؤشر ISSR بأن هناك ايضا اختلافات بين التراكيب الوراثية المتحملة للملوحة والاصناف المحلية في نمط الحزم التي ظهرت في البادئات الثلاثة المستخدمة. بينما كانت التراكيب الوراثية المنتخبة متشابه في نمط الحزم التي ظهرت مع بادئ UPC 809 و UPC 81. وبشكل عام اظهرت النتائج بان جميع التراكيب الوراثية المنتخبة والاصناف المحلية اختلفت في البعد الوراثي وايضا هناك اختلافات بين التراكيب الوراثية المنتخبة في بعدها الوراثي. وبالتالي واستناداً الى هذه النتائج فان التراكيب الوراثية المنتخبة المتحملة للملوحة اختلفت وراثياً عن الاصناف المحلية الحساسة للملوحة.


Article
Cadmium and lead- induced genotoxicity in date palm (Phoenix dactylifera L.) cv. Barhee
السمية الوراثية للكادميوم والرصاص في نخيل التمر Phoenix dactylifera L.

Loading...
Loading...
Abstract

Genotoxicity of Cadmium (Cd) and Lead (Pb) heavy metals were investigated in date palm (Phoenix dactylifera L.) whole plant in laboratory under controlled conditions. The genotoxic effects were evaluated using protein profile and ISSR molecular markers. Two concentrations of cadmium and lead were selected as 3 and 9 mg/kg for Cd; 100 and 276 mg/ kg for Pb. The results clearly showed that the Cd at two examined concentrations and Pb at low concentration (100 mg/kg) did not induce any changes in genetic materials in terms of protein patterns and ISSR markers when compared with untreated date palm plants (control plants). The high concentration of Pb (276 mg/kg) led to appearance of a new protein fragment (18 KDa), as well as, a disappearance of the fragment of 33 KDa which observed in all treatments. ISSR analysis and Dendrogram revealed the separation of Pb at high concentration in one cluster with the highest genetic distance (0.2 according to Nie and Li's index) than control treatment. In addition, results indicated that genomic template stability (GTS) was significantly affected by Pb at high concentration and reduced to 70% which reflects the genotoxicity of Pb at 276 mg/kg. Our results highlight for the first time the genotoxic effects of Pb at high concentration on date palm genome.

تم دراسة السمية الوراثية للمعادن الثقيلة الكادميوم (Cd) و الرصاص (Pb) في نخيل التمر Phoenix dactylifera L. في المختبر تحت ظروف مسيطر عليها. اذ تم تقييم السمية الوراثية باستخدام النمط البروتيني والبادئات الجزيئية ISSR. تم اختيار اثنين من تركيزات الكادميوم والرصاص هي 3 و 9 ملغم / كغم Cd , 100 و 276 ملغم / كغم Pb. أظهرت النتائج بوضوح أن الكادميوم عند التركيزين المدروسين و Pb عند التركيز المنخفض (100 ملغم / كغم) لم يحدث أي تغير في المواد الوراثية من حيث أنماط البروتين وبادئات ISSR بالمقارنة مع نباتات النخيل غير المعاملة . بينما أدى التركيز المرتفع من الرصاص (276) ملغم / كغم إلى ظهور حزمة بروتينيه جديده (18 كيلو دالتون)، بالإضافة إلى اختفاء حزمة بروتينية (33 كيلو دالتون) لوحظت في جميع المعاملات. وكشف تحليل ISSR و Dendrogram انفراد Pb عند التركيز العالي في مجموعة واحدة مع أعلى مسافة جينية (0.2 وفقا لمؤشر Nie and Li's) من معاملة السيطرة. بالإضافة إلى ذلك ، أشارت النتائج إلى أن ثبات قالب الوراثي (GTS) قد تأثر بشكل ملحوظ بالرصاص عند التركيز العالي وانخفض إلى 70٪ مما يعكس السمية الوراثية لـ Pb عند 276 ملغم / كغم. نتائجنا تسلط الضوء للمرة الأولى على التأثيرات السمية الجينية لتركيز الرصاص في التركيز العالي على جينوم نخيل التمر.


Article
DIAGNOSTIC OF WIREWORM THAT ATTAK POTATO TUBERS BY USING PCR .
.PCR تشخيص الديدان السلكية التي تصيب درنات البطاطا بأستعمال تقنية

Authors: Feryal H. Sadik فريال حسوني صادق --- Redha S. AL – Jorany رضا صكب الجوراني
Journal: Diyala Journal of Agricultural Sciences مجلة ديالى للعلوم الزراعية ISSN: 20739524 Year: 2014 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 89-100
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

Field studies were carried out in the middle of Iraq during 2009 - 2012 todetect and identify the species of genus Agriotes spp that infest Potato tubers(Solanum tubersum L. ) by using Molecular diagnosis Polymerase ChainReaction (PCR) for both adults and larvae . The results showed that there arefive species of Agriotes infest Potato tubers in Spring and Autumn cultivation .These species are :Agriotes brevis (Candeze) , Agriotes lineatus(Linnaeus)Agriotes obscurus (Linnaeus) , Agriotes sputator(Linnaeus)Agriotes ustulatus (Schaller).A genetic diversity within the species of the genus Agriotes was found .

– أجريت دراسة حقلية في وسط العراق للفترة من 2009-12 للكشف وتشخيص أنواع الديدانوتصيب درنات البطاطا وللزراعتين الربيعية والخريفية Agriotes spp السلكية التي تعود الى الجنسللبالغات (Polymerase Chain Reaction PCR) بأستعمال تقانة التفاعل التضاعفي لسلسلة الدناتصيب درنات البطاطا وهذه Agriotes واليرقات . أظهرت النتائج عن وجود خمسة أنواع تعود للجنسالانواع هي :Agriotes lineatus (Linnaeus)، Agriotes brevis (Candeze).Agriotes obscurus (Linnaeus) ، Agriotes sputator (Linnaeus )Agriotes ustulatus (Schaller).. Agriotes آذلك وجد تباعد وراثي بين أنواع الديدان السلكية المشخصة والتابعة للجنس


Article
RAPD and ISSR analyses of Saccharomyces cerevisiae isolates from different sources
تحليل RAPD وISSR ل Saccharomyces cerevisiae المعزولة من مصادر مختلفة

Loading...
Loading...
Abstract

The purpose of this study was to isolate the Saccharomyces cerevisiae present on different fruits and performing RAPD and ISSR analyses to know the genetic interrelationship between different S. cerevisiae isolates. Some fruits namely apple, plum, dates, and peach were used as natural sources for S. cerevisiae isolation. The isolated S. cerevisiae was designated as SUC1, SUC2, SUC3, SUC4, SUC5 respectively. Amplicon fingerprints for the isolated species were obtained by RAPD assay using six different primers and ISSR assay using six different primers. RAPD assay showed the lowest genetic distance (0.1559) between SUC2 and SUC3 isolates whereas ISSR assay showed the lowest genetic distance (0.06899) between SUC4 and SUC5 isolates. Both genetic markers showed the highest genetic distance for SUC1 when compared to the other isolates.

الغرض من هذه الدراسة هو استخدام التحليل الجزيئي RAPD وISSR لعزل الخمائر Saccharomyces cerevisiae الموجودة على ثمار مختلفة تمامًا وتحليل RAPD وISSR من أجل فهم العلاقة الجينية بين العزلات المختلفة. استخدمت بعض الفواكه وعلى وجه التحديد التفاح والبرقوق والتمر والخوخ كمصادر طبيعية لعزل S. cerevisiae بالإضافة الى خميرة الخبز. تم الحصول على بصمات وراثية للأنواع المعزولة بواسطة اختبار RAPD باستخدام ستة بادئات مختلفة تمامًا واجراء تحليل ISSR باستخدام ثمانية أنواع مختلفة من البادئات. تحليل ال RAPD اظهر ان العزلات المأخوذة من خميرة الخبز والتفاح لها اقل بعد وراثي 0.1559. تحليل ال ISSR اظهر ان العزلات المأخوذة من البرقوق والخوخ لها اقل بعد وراثي 0.06899. كلا المؤشرين اظهر ان العزلات المأخوذة من التمر لها اعلى بعد وراثي مع العزلات الأخرى.


Article
Study genetic diversity between trichophyton rubrum isolates using ISSR and RAPD markers
دراسة التغايرات الوراثيه بين عزلات الفطر Trichophyton rubrumبواسطه مؤشرات الـ ISSR و RAPD

Loading...
Loading...
Abstract

The present study included detection of genetic variability, and identification of genetic relationship and finding a fingerprint of the ten clinical isolates related to Trichophyton rubrum using RAPD and ISSR markers. The experiment was carried out and the results performed using six primer of the RAPD markers these primers showed 239 amplified band , out of these band 90 of them was considered as a main band, and 149 was Polymorphic band , the largest number of bands was 30 in the isolate TR6 and less number of bands in the isolate TR7. The results clear the value of genetic diversity based on RAPD analysis the lowest value of genetic diversity (0.13005) between the isolate TR3 and TR9while the highest genetic diversity (0.55941) was between the isolates TR5 and TR8. The analysis of the relationship shows that there are three main groups: the first group include isolate TR8, while the second group included three isolates are isolate TR2, isolate TR10 and isolates TR3, The third group included three subgroups included the first isolate TR1,isolates TR4 and second isolate TR3 and isolate TR9 and the third included the isolate TR5 and isolates TR6.The results of ISSR experiments: the use six a primers in the of the ISSR showed 192 bands, in the isolate of Trichophyton rubrum, two of these primers showed monomorphic bands (in number and location) and six primers showed monomorphic and polymorphic bands, while one showed only polymorphic bands among Trichophyton rubrum isolates. And the largest number of bands was 24 in the TR5 and less number of bands 16 in isolate TR3 and isolate TR8 were finding DNA fingerprint to isolate TR1, isolate TR5, and isolate TR3. The ISSR markers showed lowest genetic polymorphism was (0.05561) between the isolates TR2 and isolate TR7 and the largest genetic distance was (0.40501) between the isolate TR4 and isolate TR8. The analysis of the relationship of genetic showed that there are three groups key first included isolates and only one isolate TR8 and the second involving isolates TR2 and isolate TR7, isolate TR4 and isolate TR3, while the group included three sub-groups, the first included isolate TR1 and isolate TR6, and the second involving isolate TR5, isolate TR10 and isolate TR9. The results confirmed the efficiency markers of the RAPD and ISSR in contrast, find a genetic fingerprint to the isolates of Trichophyton rubrum, and these markers differ in mechanical detection contrast, and coverage is Genome. Therefore Complementary to each other, although the ISSR markers were more efficient in terms of the number of binding sites in each type of the isolates of Trichophyton rubrum and so can the initiator of the discovery of a much larger area from Genome.

تم في هذه الدراسة تحديد العلاقة الوراثية ، تحديد البعد الوراثي، وإيجاد البصمة الوراثية لعشرة عزلات من الفطر Trichophyton rubrum باستخدام مؤشرات RAPD وISSR. حيث درست تفاعلات الـ RAPD باستخدام 6 بادئات واظهرت البادئات 239 حزمة، منها 90 حزمة رئيسيهmain band و 149 حزمة متباينة Polymorphic band , وكان اكبر عدد من مواقع الارتباط 30 موقع في العزله (6)، وأقل عدد من كان 20 موقع في العزله (7) . واستثمرت تلك النتائج لدراسة التباين الوراثي بين العزلات الداخلة في الدراسة.ظهر من خلال نتائج البعد الوراثي لتفاعلات الـ RAPD ان اقل قيمة كانت (0.13005) بين العزله (3) و (9) ،وأعلى قيمة كانت (0.55941) بين العزلات (5) و (8) .بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك ثلاث مجاميع رئيسة ضمت الاولى العزله رقم (8) ،اما المجموعة الثانية فقد ضمت ثلاثة عزلات من الفطر هي (2) و(10) و(7)، وشملت المجموعة الثالثة ثلاث مجاميع فرعية ضمت الاولى العزله (1) و(4)، والثانية العزلات (3) و(9)،والثالثة العزلات (5) و (6) . اما نتائج تفاعلات الـ ISSR والتي استخدام فيها 6 بادئات أظهرت 192 حزمة، حزماً متماثلة في البادئين ISSR2وISSR9، واربع أظهرت حزم متباينة ومتماثلة، بينما اظهر البادئ ISSR10 حزما متباينة فقط بين انواع عزلات الفطرTrichophyton rubrum. واكبر عدد من الحزم ظهر كان 24 في العزله (5) واقل عدد من الحزم 16 في العزلتين (3) و (8) ، وتم ايجاد البصمة الوراثية لـلعزله (1) (5) و (8). وأظهرت مؤشرات الـ ISSR ان اقل بعد وراثي كان (0.05561) بين العزلتين (2) و (7)، واكبر بعد وراثي كان (0.40501) بين عزلتي الفطرTrichophyton rubrum(4) و (8) . اما تحليل العلاقة الوراثية فأظهر ان هناك ثلاث مجاميع رئيسة ، الاولى ضمت عزله واحده فقط هي (8) ، والثانية ضمت (2) و(7) و (4) و (3) بينما ضمت المجموعة الثالثة مجموعتين فرعيتين ، الأولى ضمت العزلتين (1) و(6)، والثانية ضمت (5) و(10) و(9). وقد اكدت النتائج كفاءة مؤشرات الـ RAPD و ISSR في ايجاد التباين والبصمة الوراثية لعزلات الفطرTrichophyton rubrum، وان هذه المؤشرات تختلف في ميكانيكية اكتشاف التباين، وتغطية المجين ، لذلك تعـتبر مكملة لبعضها، بالرغم من ان بعض بادئات مؤشر الـ ISSR كانت اكثر كفاءة من حيث عدد مواقع الارتباط المتباينة بين عزلات الفطر Trichophyton rubrum.

Listing 1 - 10 of 10
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (10)


Language

English (6)

Arabic and English (2)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2018 (5)

2015 (2)

2014 (3)