research centers


Search results: Found 1

Listing 1 - 1 of 1
Sort by

Article
Genotyping of Klebsiella spp. isolated from different clinical sources
التنميط الجيني لبكتريا Klebsiella spp المعزولة من مصادر سريرية مختلفة

Authors: Dalal S. Al- Rubaye دلال صالح الربيعي --- Heba Mohammed Hamza هبة محمد حمزة --- Thanaa R. Abdulrahman ثناء رشيد عبد الرحمن
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 3B Pages: 1937-1951
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 172 clinical were obtained over 6 months. Klebsiella spp. was detected in 58 (33.7%) samples with a high percentage 29 (50%) in urine in female and low percentage 1(1.7%) in pus and burn swabs in male, and the vaginal swab was 1(1.7%). The female to male ratio was 3.1:1. PCR detection showed that 51(87.93%) out of 58 produce 108 bp. product with rpoB specific primer that represented K. pneumonia. Whereas 7(12.07%) showed PCR product with 343 bp by K. oxytoca specific primer (peh X), furthermore, the sequences of two selected isolates showed that the species related to K. oxytoca strain CAV1335, and to K. oxytoca strain CAV1374. Five selected isolates were re-tested by the gyr A primer, all were showed specific band product with 441bp. Sequencing blast analysis for these isolates showed that one was related to K. pneumoniae subsp. pneumoniae strain RJF999, two isolates related to K. pneumoniae strain 17265 GyrA, one related to K. oxytoca strain 7102 GyrA and one related to K. pneumonia isolate 103 GyrA gene. Phylogenetic tree analysis showed the relation of 3 K. pneumoniae isolates to USA and UK strains and one with the Asian strains, and 2 K. oxytoca isolates have a relation within the Iranian strains and one has a genetic variation.

جمعت 172 عينة سريرية على مدى اكثر من ستة أشهر، وتم الكشف عن الكليبسيلا في 58 (33.7%) عينة وكانت اعلى نسبة 29 (50%) في عينات الادرار في النساء, واقل نسبة 1 (1.7%) من مسحات القيح والجروح في الدكور وبنفس النسبة في مسحات المهبل. وأشارت النتائج إلى أن نسبة عزلات الكليبسيلا في الإناث إلى الذكور هي 1:3.1. اظهر فحص انزيم البلمرة المتسلسل أن نسبة 51 (87.98%) من اصل 58 باستخدام بادئ rpo B قطعه بحجم 108 والتي تشير الى pneumoniae K. . بينما اظهرت 7(12.07%) قطعة بحجم 343 بأستخدام بادئ pehx الخاص ببكتيريا K.oxytoca وكان تطابق تسلسل القواعد النتروجينية لعزلتين منتخبتين منها الى انها ترجع الى K. oxytoca strain CAV1374و K. oxytoca strain CAV1335 تم اختبار خمس عزلات منتخبة باستخدام بادئ gyra واظهرت قطعة بحجم 441 باستخدام طريقة انزيم البلمرة المتسلسل للقواعد النتروجينة الى ان واحدة تعود الى K. pneumoniae subsp. Pneumonia strain RJF999 واثنين الى K. pneumonia strain 17265 GyrA وواحدة K.oxytoca strain 7102 GyrA وواحدة الى K.pneumonia isolate 103 . اظهر فحص شجرة العائلة الى ان ثلاث عزلات من K.pneumoniaقريبة بصفاتها من العزلات الامريكية والبريطانية وواحدة قريبة من صفات العزلات الاسيوية بينما كانت عزلتين K.oxytoca قريبة بصفاتها من العزلات الايرانية وعزلة واحدة مغايرة وذات صفات جينية بعيدة.

Keywords

K.oxytoca --- PCR --- sequencing --- phylogeny

Listing 1 - 1 of 1
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (1)


Language

English (1)


Year
From To Submit

2016 (1)