research centers


Search results: Found 420

Listing 1 - 10 of 420 << page
of 42
>>
Sort by

Article
Sensitivity Study of Different Varieties of Tomato by Using PCR Technique
د ا رسة حساسية أصناف مختمفة من الطماطة باستعمال تقنية ال PC

Loading...
Loading...
Abstract

Polymerase chain reaction has been used to diagnose the tomato yellow leaf curl virus for the firsttime in different varieties of tomato in some tomato-growing areas in Iraq including Basrah, Maysan, Karbala,Baghdad Provinces to confirm the presence of the virus. It has been shown that there are dissimilaritiesamong varieties of tomato for infection by TYLCV. Besides,infected varieties Result also shown that this virus has recorded in some varieties of tomato for the first timein maysan Province. استخدمت تقنية PCR لأول مرة في الكشف عن الفايروس TYLCV في أصناف مختمفة من الطماطة في بعض مناطق ز ا رعةالطماطة في الع ا رق، شممت محافظة البصرة وميسان وكربلاء وبغداد لمتأكد من وجود الفايروس اظير خلاليا الاختبار تفاوت الأصناف المختمفةفي إصابتيا بالفايروس TYLCV إذ لوحظ ظيور الحزم المتوقعة (~ 400) زوج قاعدي في الأصناف المصابة بالفايروس باستخدام بادئاتخاصة و سجل الفايروس لأول مرة في محافظة ميسان عمى أصناف من الطماطة.

Keywords

PCR ، TYLCV


Article
Clinical Profile and Outcome of Pandemic Influenza A (H1N1) Virus in Child‘s Central Teaching Hospital
لمحة سريرية و حصيلة وباء فايروس الانفلونزا A (H1N1) في مستشفى الطفل المركزي التعليمي

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract:Background: Influenza virus infection (H1N1), although an old disease, gets a great concern in 2009 because of pandemic infection. Objectives: The aim of this study is to describe epidemiological, demographic, clinical and laboratory characteristics and outcome of children infected with 2009 H1N1 influenza virus and attended the Child‘s Central Teaching Hospital in Baghdad. Methods: The study was conducted on 90 patients with influenza-like illness aged 1mon to 16yr during time period from 1st of October till 31st of December 2009. Epidemiological, clinical and laboratory data were reported. For each patient 2 nasal and 2 throat swabs and a single blood sample were collected and sent to Central Health Laboratory for RT-PCR (Real Time Polymerase Chain Reaction).Results: The mean age of these children was 7.5±3.5 yr. The diagnosis of 2009 H1N1 Influenza were confirmed in 60 patients, of which 65% were >6yr old, 35% were <6yr old and no case reported below 1month. Male: female ratio in PCR positive group was 1.2:1, and was 1.3:1 in PCR negative group. Most of children were from urban area in both groups. Contact history was positive only in 3 cases in PCR positive group and 2 cases in PCR negative group. High grade fever was the most common symptom, followed by cough and rhinorrhea. Of the 42/60 patients of PCR positive group who underwent chest radiography during evaluation, 22 (56.3%) patients had findings consistent with lower respiratory tract infection. Antiviral therapy was initiated in 57/60 (95%) patients. Hospitalization was required in 42 (70%) of PCR positive patients. Mean length of hospitalization was 5.5±2.5 days. All PCR negative patients improved while in PCR positive patients only 2 (3.3%) children developed acute respiratory failure and died.Conclusions: Adolescents affected more by H1N1 Influenza followed by school age group. Both sexes equally affected. The H1N1/09 influenza was most common in urban area. Clinical features and routine laboratory investigations in children with swine origin influenza were passed as a simple influenza virus infection like symptoms. Severe co-morbid conditions, respiratory distress, vomiting, wheezing, diarrhea, and infiltrates/consolidation on chest radiograph were most criteria for admission.Key Words: H1N1 infection, PCR positive, PCR negative مقدمة: رغم ان مرض فايروس الانفلونزا (H1N1) هو مرض قديم، الا انه قد حظي باهتمام كبير في العام 2009 بسبب الوباء الذي نتج عن هذا المرض.الهدف من الدراسة: ان الغرض من هذه الدراسة هو رسم الصفات الوبائية والديموغرافية والسريرية والمعملية والحصيلة الناتجة للاطفال الذين اصيبوا بفايروس الانفلونزا (H1N1) 2009 ممن راجعوا مستشفى الطفل المركزي التعليمي في بغداد.طرق البحث: تم إجراء الدراسة على 90مريضاً كانوا يعانون من اعراض مشابهه للانفلونزا، تتراوح اعمارهم ما بين شهر واحد الى 16سنة و ذلك للفترة الممتدة ما بين الاول من شهر تشرين الاول ولغاية الحادي والثلاثين من شهر كانون الثاني من عام 2009. تم توثيق المعلومات الوبائية و السريرية والمعملية لكل مريض كما اخذت مسحتين من الانف و مسحتين من البلعوم اضافة الى جمع عينة من الدم من كل مريض وتم ارسال العينات الى مختبر الصحة المركزي لغرض اجراء فحص RT-PCR ( تفاعل البلمرة التتابعي ذو الوقت الحقيقي Real Time Polymerase Chain Reaction)النتائج: كان معدل اعمار الاطفال موضوع البحث هو (7,5 ± 3,5 سنة) و قد تم تأكيد الاصابة بمرض الانفلونزا (H1N1) 2009 لدى 60 طفلاً منهم ، حيث كان 65٪ من المصابين هم اكبر من ست سنوات و35٪ منهم دون الست سنوات بينما لم تسجل أي حالة اصابة للاطفال دون عمر شهر واحد. وكانت نسبة اصابة الذكور للاناث هي 1,2: 1 في مجموعة PCR الموجب بينما كانت 1,3: 1 في مجموعة PCR السالب. معظم الاطفال موضوع البحث هم من سكنه المناطق الحضرية بالنسبة لكلتا المجموعتين. تم تسجيل 3حالات تماس مع اشخاص مصابين في مجموعة PCR الموجب وتسجيل حالتين في مجموعة PCR السالب، لقد وجد ان ارتفاع درجة حرارة الجسم هو العارض الأكثر شيوعاً و يليه في ذلك السعال ثم جريان الانف. من بين 42من اصل60 مصابا من مجموعة PCR الموجب و الذين اخذت لهم الفحوصات الشعاعية، وجد ان 22 (56٪) من المصابين كانت لديهم علامات تتفق مع اصابتهم بالتهاب المجاري التنفسية السفلى، اعطي العلاج المضاد للفايروسات الى 57(90٪) من المصابين واحتاج 42 (70٪) من المصابين الى ان يدخلوا الى المستشفى وكان معدل رقود المريض في المستشفى 5,5±2,5 ايام. جميع الاطفال ضمن مجموعة PCR السالب اكتسبوا الشفاء التام واخرجوا من المستشفى بينما توفي طفلان (3,3٪) من مجموعة PCR الموجب حيث اصيبوا بفشل التنفس الحاد ثم توفوا.الاستنتاجات: لقد جاءت الاعراض السريرية و النتائج المختبرية الروتينية للاطفال المصابين بالانفلونزا التي عرفت اصلا بانفلونزا الخنازير بصورة مشابهة للاطفال المصابين بالانفلونزا الاعتيادية البسيطة، المراهقون هم المجموعة الاكثر اصابة بانفلونزا (H1N1) يليهم في ذلك الاطفال في عمر المدرسة بينما تساوى كلا الجنسين في الاصابة. اكثر الاصابات بانفلونزا (H1N1) 2009 كانت في المناطق الحضرية. ان حالات المراضة المصاحبة و عسر التنفس و التقيؤ و الصفير و الاسهال و ظهور الترسبات/التماسكات على اشعة الصدر كانت من اكثر معايير الدخول الى المستشفى.


Article
Comparative diagnostic study of Klebsiella usingApi20E System and the device vitek2 and PCR
دراسة تشخيصية مقارنة لجراثيم الكليبسيلا باستخدام نظام الـ Api20Eوجهاز الـvitek2 وجهاز الـ PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The current Study included 273 samples colected from models of different clinical Samples (urine , Stool, blood , sputum, and swabs from the vagina ,wounds, ear and throat) which have been get on 30 (10.98% ) isolates of Klebsiella from total of various clinical samples. The rate of Klebsiella from urine samples was 26.6% of the total 30 samples and The isolation rate from stool and blood sampls was 16.6%, while in wound infection the rat was (13.3%). Klebsiella isolated from vaginal swabs with (10%), and with respect to ear infections the percentage of isolation that have emerged in this study are (3.33%) and isolated rate from the throat and sputum was (6.6%). After a Diagnosis results have shown the prevalence of K.pneumoniae with rate(23 with76.66%) followed by K.oxytoca rate (5with16.66%) and 2 K.terrigena isolates with( 6.66%) of the total 30 isolates. Twenty isolates were selected belonging to the species K.pneumoniae and K.oxytoca which diagnosed by Api20E for rediagnosing by(PCR and viteke2) , and the results of the diagnostic system Vitek2 showd that the Klebsiella which have been previously diagnosed byApi20E system (90%) K.pneumoniae and (10%) K.oxytoca while the genetic diagnosis results showed 80% of the isolates belonged to the type of the K.pneumoniae and 20% of isolates belonging to K.oxytoca ضمـنت الـدراسة الحالية جـمع 273 عـينة من نماذج مرضية مخـتلـفة شملت (الإدرار، الـبراز، الدم، القشع ، مسحات من المهبل ‘الجروح، الأذن والحنجرة) ومن خلالها تم الحـصول عـلى 30عـزلة لجـراثـيم الـKlebsiella بنسبة )10.98%( من مجموع النماذج المرضية المختلفة إذ تم عزل جرثومة الـKlebsiella من عينات الإدرار بنسبة) 26.6% ( من مجموع 30 وكانت نسبة الجرثومة في البرازوالدم 16.6% اما بالنسبة لاخماج الجروح كانت نسبة العزل للجرثومة (13.3%(وتم عزل جرثومة الـKlebsiella من المسحات المهبلية بنسبة (10% ) وفيما يخص أخماج الأذن فإن النسبة المئوية لعزل الجرثومة التي ظهرت في هذه الدراسة كانت (3.33%) وعزلت الجرثومة من الحنجرة و القشع بنسبة (6.6%) . بينت نتائج التشخيص شيوع النوع K.pneumoniae بنسبة أعلى من بقية الأنواع إذ بلغ عددها 23 وبنسبة (76.66%) تليها عزلات الـK.oxytoca التي كانت عددها 5وبنسبة (16.66%) من ثم عزلات الـK.terrigenaالتي بلغ عددها 2 وبنسبة ( 6.66%) من مجموع 30عزلة . تم اختيار 20 عزلة تابعة لنوعي الـ K.pneumoniae و K.oxytoca والمشخصة مسبقا بنظام الـApi 20 E وتم تشخيصها بالطرائق التشخيصية (Vitek2،PCR) كانت نتائج التشخيص بنظام الـ2Vitek لعزلات الـKlebsiella التي تم تشخيصها مسبقا بنظام الـApi20E(90%)K.pneumoniae و(10%) K.oxytoca اما في التشخيص الجيني فقد أبدت النتائج أن( 80% ) من العزلات كانت تابعة لنوع الـ K.pneumoniae و)20% ) من العزلات تابعة لنوع الـK.oxytoca. وتم الاستنتاج بان نتيجة التشخيص بنظام الـPCR كانت اقرب لنتائج نظام الـ APi20E وابعد من نتائج نظام الـVitek2


Article
Frequencies of GSTM1 and GSTT1 Polymorphisms in Iraqi Population
تكرار تعدد الاشكال الوراثية للجينين GSTM1 و GSTT1 في المجتمع العراقي

Loading...
Loading...
Abstract

The glutathione S-transferase (GST) family of enzymes has a vital role in phase II of biotransformation of environmental carcinogens, pollutants, drugs and other xenobiotics. GSTs are polymorphic, with the type and frequency of polymorphism being ethnically dependent. Polymorphisms in GSTs genes have been shown to be associated with susceptibility to disease and disease outcome. The frequencies of GSTM1 and GSTT1 polymorphisms are determined in 160 Iraqi volunteers who had been residents of different areas of Baghdad and Basrah. Blood was collected and DNA extracted by proteinase K/SDS digestion. GSTM1 and GSTT1 polymorphisms were analyzed by a PCR-Multiplex procedure.The multiplex PCR protocol was used to simultaneously analyze the presence or absence of gstm1and gstt1 genes. The Albumin gene was used as an internal control(350 bp) whereas the presence of the GSTM1 and GSTT1 genes was identified by 215 and 480 bp fragments, respectively. Although these assays do not distinguish between heterozygote and homozygote positive genotypes, they conclusively identify the null genotypes ( the genes are completely deleted). The genetic analysis showed that the deletion percentage in the samples was 30% (GSTM1 13.1% and null genotype 10% and 6.9 % for GSTT1) as compared to 70% that was normal. The detected deletions in our population(30% )appear to be lower than or similar to the frequencies of these polymorphisms in other Western countries. But they are lower than those found in Asia العائلة الانزيمية Glutathion S-transferase (GSTs) لها دور حيوي في الطور الثاني من تفاعلات التحول الحيوي للمسرطنات البيئية والملوثات والادوية والسموم الاخرى . وتعتبر من الجينات المتعددة الاشكال الوراثية ويعتمد تكرارها على الاصول الاثنية في المجتمعات المختلفة وقد لوحظ ارتباط هذه الجينات مع مجموعة من الامراض المختلفة.لقد درس تكرار الاشكال الوراثية للجينين GSTT1 و GSTM1في هذه الدراسة ل 160 فردا عراقيا من بغداد والبصرة . جمعت عينات الدم من هؤلاء المتطوعين واستخلص DNA منها بطريقة Proteinase K / SDS ودرس تعدد الاشكال الوراثية في الجينين المذكورين بتقنية Multiplex- PCR .استخدمت هذه التقنية للتعرف على وجود او فقدان الجينين GSTT1 و GSTM1 . استخدم الجين البومين Albumin كسيطرة داخلية وكان حجمه (340 bp) بينما عرف وجود الجينين GSTM1 و GSTT1 بالقطعتين 215 و480 bp على التوالي . لقد اظهر التحليل الوراثي والاحصائي ان 30% من عينات الدراسه كانت فاقده لاحد الجينين او كليهما (GSTM1 13.1% ، GSTT1 6.9% و 10% لكليهما ) بينما كان 70% من الاشخاص طبيعين أي يمتلكون الجينين .ان ماتوصلت اليه نتائج الدراسه تبين ان فقدان هذين الجينين في مجتمعنا العراقي تبدو اقل او مشابهة لتكرار الجينين في المجتمعات الغربية لكنها كانت اقل من تكرارها في المجتمعات الاسيوية .

Keywords

Multiplex PCR --- GSTM1 --- GSTT1 .


Article
PRODUCTION OF POLYGALACTURONASE FROM THERMOSTABLE MOLD ASPERGILLUS NIGER 1- ISOLATION AND SCREENING THE ENZYME PRODUCER THERMOSTABLE MOLDS AND IDENTIFYING THE PRODUCER ONE
إنتاج أنزيم POLGALACTYRONASE من العفن ASPERGILLUS NIGER المتحمل للحرارة1-عزل وغربلة الأعفان المتحملة للحرارة والمنتجة للأنزيم وتشخيص العزلة الأكثر إنتاجاً

Authors: Mohammed O. Muhyalddin محمد عمر محي الدين --- Rukaibaa A. Chechan رقيباء علي جيجان
Journal: The Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530 24100862 Year: 2013 Volume: 44 Issue: 1 Pages: 97-105
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 147 isolates of pectin hydrolysis enzymes producer molds were isolated from various sources(soil and decayed vegetables and fruit) using Czapek Dox Agar using 3% pectin as the sole carbon source by adding of 1M Hcl at PH5 and submitted to primary and secondary screening at 40 CO to select the best isolate that produces the highest level of polygalacturonase. It was found that 7 isolates were good producer but the isolate which designated TP4 was the highest producer one. The source of this isolate was deteriorated orange and identified as Aspergillus niger according to morphological, biochemical and molecular analysis which was achieved using PCR (Polymerase Chain Reactions) technique. This isolate was nominated as Aspergillus niger TP4 for distinguishing it from any other isolates used for production the same enzyme. This part of study was aimed to investigate the optimal condition of production the enzyme Polygalacturonase from Aspergillus niger TP4 by solid state fermentation using different wastes available locally. It was found that the higher level of production could be achieved on wheat bran and sunflower head extract moistened with water at a ratio 3:1 with an initial pH 5 inoculated with 107 spores/gm during an incubation time of 4 days at 4 C0.the polygalacturonase activity was assay by measuring reducing groups The productivity under these conditions was 325.45 unit/gm using wheat bran and 242.28 unit/gm using sunflower head with an increase estimated about 124.7% and 120.8% respectively in relationship with productivity before of the optimization. تم الحصول على 146 من الأعفان المنتجة للأنزيمات المحللة للبكتين من مصادر متنوعة (التربة والخضروات والفواكه التالفة) باستخدام وسط العزل والمتمثل بوسط جابك دوكس المحور Czapek Dox Agar كوسط لعزل الاعفان باستبدال مصدر الكاربون فيه ببكتين التفاح وبتركيز 3 %, عدل الرقم الهيدروجيني للوسط على5 بمحلول 1 مولار حامض وأخضعت لعمليتي الغربلة الأولية والثانوية بغية انتقاء أكثرها مقدرة على أنتاج الأنزيم في 40 م0. فتبين أن سبع عزلات منها تميزت بقابليتها على إنتاج الأنزيم بنسبة تفوق غيرها. وأن العزلة التي رمز لهاTP4 ومصدرها ثمرة البرتقال التالفة، هي أكثرها إنتاجاً. و أظهرت فحوص التشخيص المورفولوجية والجزيئية وباستخدام سلسلة تفاعلات البلمرة الأنزيميةPCR (Polymerase Chain Reactions) أنها تعود الى العفن Aspergillus niger ورمز لها TP4) ) تمييزاً لها عن غيرها من العزلات المستخدمة لإنتاج الأنزيم نفسه كما استهدفت هــذه التجربة تعيين الظروف المثلى لإنتاج أنزيم Polygalacturonase من العفن Aspergillus niger TP4 وبطريقة تخمرات الحالة الصلبة تحققت أعلى إنتاجية باستخدام نخالة الحنطة ورؤوس زهرة الشمس المرطبة بنسبة 1:3 والملقحة بـمعدل 107 بوغ /غم من الوسط وبرقم هيدروجيني ابتدائي 5 بعد مدة حضن بلغت أربعة أيام عند 40 مº. جرى تقدير فعالية انزيم Polygalacturonase بولى كالاكتيورونيك باتباع طريقة 5,3 – ثنائى نايتروسالسليك حيث بلغت إنتاجية الأنزيم 325.45 وحدة /غم من وسط نخالة الحنطة و242.28 وحدة/غم من وسط زهرة الشمس وبزيادة قدرت بحوالي 124.7 % و120.8% نسبة الى الإنتاجية لما قبل تحديد الظروف المثلى ولكلا الوسطين على التوالي.


Article
Screening of Human Cytomegalovirus (CMV) in Diabetic Patients in Najaf Governorate

Authors: Zainab Hemeed Al-Heidery --- Heider H. Abbas --- Saif Jabbar Yasir
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2013 Volume: 10 Issue: 1 Pages: 236-244
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of current study was to study the relationship between the virus and diabetes mellitus through detection of human cytomegalovirus (HCMV) infection in diabetic patients in Najaf governorate by screening of anti-human cytomegalovirus IgM antibodies in the serum of diabetic patients by using of ELISA technique and detection of human cytomegalovirus DNA in blood samples by using of PCR technique. Blood samples collected from 140 diabetic patients randomly. ELISA technique was used to know the activity of humeral immunity among patients through detection of anti-HCMV IgM antibodies, where the result showed that IgM profile was positive in 49 patients(35 %). Regarding PCR technique, the study showed that among 140 diabetic patients gave positive results in 27 patients(19.2%); In contrast, the results of control group were negative for anti-HCMV IgM antibodies in both ELISA and PCR technique. This study concluded that the higher prevalence of seropositivity for human CMV in diabetic patients comparing with normal individuals which means that cytomegalovirus patients with diabetic were at high risk for CMV infections. A higher prevalence of CMV antibodies was observed in diabetic patients of all age-groups as compared with control group. لقد كان هدف الدراسة معرفة العلاقة بين فايــــــروس (سي أم في) و مرضى السكري(مجموعة الدراسة) من خــلال التحــــري عن وجود الاصابة بالفايــــــــروس في مرضى السكري في محافظة النجــــــف بواســـــطة اجراء مســح لوجود الاجسام المضادة نوع( آي جي أم) في مصول مرضـــــــى السكري باستخدام تقنيــــــــــة (الاليزا), وكذلك من خــلال اجراء مسـح لوجود الحامض النــــووي(دي أن أي) لفايروس (سي أم في) في عينات دم نفس المــرضى باستخدام تقنية (بي سي آر) . تم خلال الدراسة جمع 140عينة دم بصورة عشوائية من مرضى السكري في مدينة الصدر الطبية في النجـــف. لقد استخدمت تقنية (الالـــــيزا) لمعرفة فعالية المناعة الخلطية بين المرضى من خلال كشـف وجود الاجسام المضـادة نوع (آي جي أم) والتي كانت نتيجته وجود 49 حالة موجبة (35 %) بينما اظهرت نتائج الدراســــة باســتخدام تقنيــة (بي سي آر) وجود 27 حالة موجبة (19.2 %) بينما أظهرت نتائـــج الدراســـــــة عدم وجود أي حالة موجبـــة في مجموعة السيطرة باستخدام كلا التقنيتين. لقد اظهرت الدراسة أن انتشـــــــار فايروس (سي أم في) في مجموعة الدراسة (مرضى السكري) كان أعلى بالمقارنة بمجموعة السيطرة مما يعني أن مرضى السكري أكثر خطورة للإصابة بفايروس (سي أم في) كما لوحظ أن وجود الاجســام المضادة لفايروس في دم مرضى السكري( مجموعة الدراسة) كان أكثر انتشارا في جميع الفئات العمرية مقارنة بمجموعة السيطرة

Keywords

HCMV --- Diabetic --- ELISA --- PCR.


Article
Identification And Diagnosis Of Cutaneous Leishmaninsis By Polymerase Chain Reaction Assay (Pcr) In Najaf Alashraf Province
تحدید وتشخیص اللشمانیا الجلدیة باستخدام تفاعل سلسلة انزیم البلمرة في محافظة النجف الأشرف

Authors: Haitham Mohammed Alawadi --- Ban Shakir Alshukur
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2013 Volume: 3 Issue: 2 Pages: 1-6
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Objective: The present study aimed to determine the effectiveness of a polymerase chain reaction (PCR)technique for identification and differentiation of the cutaneous leishmaniasis parasite in clinical samplecollected from lesion exudates patients.Methodology: The (115) sample were examined by smear slid preparation culture on RPMI 1640 and NNNthen DNA isolation. The DNA of the promastigote were amplified by PCR including primers selected onrepetitive KDNA for identification of leishmania species.The data was analyzed by using frequency andpercentage.Results: The PCR result showed that two species of leishmania (L. major with 620 bp and L. tropica with 800bp) exist.Conclusion: It is concluded from the present study that the PCR technique has high specificity and sensitivityduring the differentiation between Cutaneous Leishmanial species in comparing with conventional methods.Recommendation: The PCR technique can be use it to diagnosis and differentiation between different type ofCutaneous Leishmaniasis. في الكشف والتفریق بین أنواع طفیلیات PCR الھدف: تھدف الدراسة الحالیة إلى تحدید فعالیة استخدام تقنیة سلسلة تفاعل الإنزیم المتبلمراللشمانیا الجلدیة في العینات السریریة المأخوذة من المصابین بطفیلي اللشمانیا الجلدیة .المنھجیة: تم فحص العینات المأخوذة من ( 115 ) مریض مصابین بالآفة الجلدیة باستخدام المسحة الزجاجیة والزرع ألمختبري على الوسطوأستخدم الوسائل الاحصائیة من نسبة مئویة وتكرار . (RPMI والتكثیر على الوسط الزرعي( 1640 (NNN) ألزرعيفي الطور أمامي السوط من العینات المأخوذة من الأوساط الزرعیة بأستخدام بادئات خاصة للجین المشفر ال DNA النتائج: تم تضخیم اللطفیلي اللشمانیا . أظھرت الدراسة بأن ھناك نوعین لطفیلي اللشمانیا الجلدیة احدھما (Kinetoplast kDNA ) للبائنة الحركیة المسمى DNAووزنھا الجزیئي ( 800 ) زوجا قاعدیا في العینات المجمعة من (L. tropica) ووزنھا الجزیئي ( 620 ) زوجاً قاعدیا والأخرى (L. major)المصابین بھذا الطفیلي.ذا حساسیة وخصوصیة عالیة عند التفریق بین أنواع اللشمانیا الجلدیة عند PCR الاستنتاج: نستنتج من الدراسة الحالیة أن استخدام تقنیة المقارنتھا بالطرق التقلیدیة وقد بینت النتائج المستحصلة من ھذه التقنیة أن ھنالك نوعین من طفیلي اللشمانیا الجلدیة للمصابین تم التحري عنھا فيمحافظة النجف الاشرف .في التشخیص والتفریق بین انواع اللشمانیا الجلدیة .


Article
GENETIC DIVERSITY ANALYSIS OF ANOPHELES STEPHENSI IN CENTRAL AND SOUTHERN OF IRAQ USING PCR BASED TECHNOLOGY
تحليل التنوع الوراثي لبعوض Anopheles stephensi في وسط وجنوب العراق باستخدام تقنيات التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا

Author: شمال عبدالله المفتي
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2009 Volume: 8 Issue: 1 Pages: 473-484
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

A diagnostic polymerase chain reaction (PCR) assay using species-specific primers and direct sequencing was used to identify members of the Anopheles species in the central and southern regions in Republic of Iraq. Specimens were collected from 8 provinces during 2 seasonal activities in 2006–2007, identified morphologically and subjected to PCR assay and direct sequencing. Results showed that one species, Anopheles stephensi, was present in the study area. This was confirmed by the high similarity (98%–100%) of their sequences with those available in the International GenBank (IGB). The molecular data and relative distribution of this species in relation to their vectorial capacity and the epidemiology of malaria in the region were discussed. The sequence of this species was submitted in the IGB in No. Bankit1046145 and Bankit1046146 then fixed as new record in lraq according to the IGB in No. EU346652 and EU346653 respectively أستخدمت المقايسة التشخيصية بالتفاعل التضاعفي لسلسلة الدناPCR باستعمال بادئات النوع المتخصص والتعيين المباشر للتتابعات Sequencing لنماذج من بعوض الانوفيلس المأخوذ من وسط وجنوب العراق. جمعت العينات من ثماني محافظات خلال فصلين من النشاط لعامي 2006-2007. أجري التشخيص المظهري والمقايسة بالتفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا مع التحديد المباشر للتتابعات. أظهرت النتائج ان نوعاً واحداً من الانوفيلس (Anopheles stephensi ) موجود في منطقة الدراسة. تم تأكيد هذه النتائج بالتشابه الشديد(98%- 99%) من تتابعاته مع ماهو متوفر في بنك الجينات العالمي. نوقشت المعطيات الجزيئية والتوزيع النسبي لهذا النوع فيما يتعلق بقدرتها على نقل العدوى بوبائيه الملاريا في تلك المنطقة. تم وضع نتائج التتابعات في بنك الجينات العالمي تحت الرقمين Bankit1046145 و Bankit104614, وبعد تدقيقها من قبل بنك الجينات العالمي تم تثبيتها كتسجيل جديد في العراق تحت الرقمين EU346652 و EU346653 على التوالي.


Article
PCR in Comparison with Culture Methods for The Diagnosis of Candida albicans Responsible for Candidemia in Leukemic Patients
طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل في تشخيص تعطن الدم بداء المبيضات البيضاء بالمقارنة مع طريقة الزرع لتشخيص فطر المبيضات البيضاء

Authors: Saba Sabeeh صبا صبيح --- Azhar A. F. Al-Attraqhchi ازهار عبد الفتاح الاطرقجي --- Elham Al-Aswad الهام الاسود
Journal: Diyala Journal of Medicine مجلة ديالى الطبية ISSN: 97642219 Year: 2013 Volume: 5 Issue: 2 Pages: 29-35
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Currently, candidemia infections represent an increasing cause of morbidity and mortality in seriously ill hospitalized patients. Because the accurate diagnosis of candidiasis remains difficult, fast and reliable assay for characterization of fungal pathogens is critical for the early initiation of adequate antifungal therapy and/or for introduction of preventive measures.Objective: To detect candidemia in leukemic patients by molecular methods in comparing with golden standard method(culture method).Materials and methods: A total of 60 leukemic patients were included in this study. Clinical type and other demographic data were recorded. Blood samples were taken from each patient, culture; germ tube formation and carbohydrate fermentation were done for each sample. DNA extraction and polymerase chain reaction (PCR) were used for detection of Candida albicansin cultured bottles. This study was conducted on leukemic patients admitted to four different hospitals in Baghdad city from September 2010 to March 2011. Sixty patients suffering from acute lymphoid (ALL) and myeloid (AML) leukemia were included in this study. The age of patients were ranging between 3-46 years old. Twenty five apparently healthy individuals were enrolled in this study as control group. Three milliliters of blood were collected from each patient; 1.5 ml was inoculated in 20 ml Brain heart infusion broth (Cruikshank. 1975). The rest of blood (1.5ml) was stored in -20ᴼC for further analysis. Blood cultures were incubated at 37°C for 10 days, and examined daily for growth. DNA purification kit was purchased from QIAGENE®Company. This method was used for the purification of genomic DNA from fresh or frozen samples of 1 ml overnight yeast cultures by using the GentraPuregene Yeast/Bact. Kit. PCR was performed to detect Candida albicans species through the amplification of specific gene (αINT1) Results: Only one positive culture result out of 60 samples was obtained for Candida sp., (1.7%). PCR results showed that there were only three out of sixty were positive for C. albicans (5%). In this study we obtained only one positive sample according to culture, while three samples only gave positive results according to PCR method. These results suggest that molecular analysis of candidemia is more sensitive and less time consuming than culture and other conventional methods.Conclusions: From this study, we concluded the following:1.The rate of candidemia was 1.7% among leukemic patients, according to culture results.2.Only 5% of blood cultures was positive according to PCR.3.PCR results showed 100% sensitivity and 96.6% specificity and it is rapid, easy, reliable and also applicable in clinical laboratory for identification of medically important حالياً الإصاباتَ بداء المبيضات منتشرةوبنسب متزايدةبالاخص للمرضى الراقدين في المستشفيات. ولأن التشخيصَ الدقيقَ لداءفطرالمبيّضاتِ يَبْقىصعبَ ,لذلك يتطلب اجراء فحوصات سريعة وموثوقة لمعرفة الأسباب المرضية الفطريةِ لغرض العلاج المبكر او لغرض الوقاية.لقد تم شمل 60 مريضا بسرطان الدم في هذه الدراسةِ. اخذت عينات دم مِنْ كُلّ مريض، وتم زراعته بوسط Sabourauds agar الفطري،وتم اختبار تشكيل الإنبوبِ الفطري وإختمارِ الكربوهيدراتِ. تم أستخلاص الحامض النووي الرايبي منقوص الاوكسجين وتفاعل البلمرةالمتسلسل (PCR) لفطر المبيضيات البيضاء.أظهرت النتائج بأنّ هنالك عينةِ دمّ وحيدةِ إيجابيةَ للزرع الفطري. وبواسطة عينات اخذت من القناني المزروعة، كان هنالك 3 عيناتَ ايجابية لأستخلاص الحامض النووي الرايبي منقوص الاوكسجين وتفاعل البلمرةالمتسلسل (PCR) لفطرِالمبيّضات البيضاء. وكانت الطريقة الاخيرة(PCR) هي الاكثر حساسية لكشف داء المبيضيات في الدم .نقترح استخدام طريقة البلمرة في تشخيص مرض اللوكيميا او اي مرض داخلي تسسببه هذه الفطريات بدل طريقة الزرع الكلاسيكبة كونها غير دقيقة نتيجة حدوث التلوث بالجراثيم الاخرى عند زرع عينة الدم كما انها تستهلك موادا كثيرة لان كل عينة يجب ان يعاد زرعها يوميا ولمدة شهر كامل الى ان يتم الحصول على النتيجة النهائية.

Keywords

Candidemia --- PCR --- Candida albicans.


Article
أنتقال الجينات المشفرة لمقاومة المضاد الحياتي الفانكومايسين بين عزلات بكتريا Enterococcus spp. داخل وخارج الجسم الحي

Author: محمد فرج المرجاني
Journal: Al-Mustansiriyah Journal of Science مجلة علوم المستنصرية ISSN: 1814635X Year: 2014 Volume: 25 Issue: 3 Pages: 47-56
Publisher: Al-Mustansyriah University الجامعة المستنصرية

Loading...
Loading...
Abstract

Total of (33) Enterococcus isolates were taken from hospitalized patients. The highest number of Enterococcus isolates wers isolated from Urine (30 isolates) followed by blood (3 isolates ), 20 isolates belong to E. faecalis and 10 isolates belong to E. faecium . The Antimicrobials susceptibility test by using the discs method, it has been found that there is a clear variation in the resistance of isolates were studied for the used antibiotics , as it was found that the E. faecalis isolates were highly sensitive to Ampicillin and Imipenem, all isolates were resistant to Oxacillin. The Vancomycin susceptibility test for all isolates was done and results showed that (25)% of E. faecalis isolates and (40)% of E. faecium isolates were resistant to this antibiotic. Minimum Inhibitory concentrations(MICs) for vancomycin were determined, vancomycin resistant E. faecium isolates had MICs between (4-64) μg/ml, while vancomycin resistant E. faecalis isolates had MICs (4 -512) μg/ml. The detection of plasmid DNA in Vancomycin – Resistant Enterococcus (VRE) isolates by gel electrophoresis showed that some of these isolates had plasmid bands with different sizes. The bacterial conjugation experiments among Enterococcus isolates had gained success in transfer of vancomycin resistance among the isolates by in vitro and in vivo conjugation.The detection of van genes by Polymerase Chain Reaction showed that all isolates with MICs ≥ (64) μg/ml have vanA genotype, while Two isolates with MIC (32) μg/ml have vanB genotype . حصلنا على (33) عزلة تعود لجنس Enterococcus من الراقدين بالمستشفيات بواقع (30) عزلة من عينات الإدرار و (3) عزلات من عينات الدم، أما على مستوى النوع فقد شخصت (20) عزلة تعود للنوع E. faecalis و(10) عزلات تعود للنوع E. faecium . أظهرت نتائج فحص الحساسية للمضادات المايكروبية فعالية كل من مضادي Imipenem و Ampicillin تجاه عزلات بكتريا E. faecalis، أما بكتريا E. faecium فقد أظهرت عزلاتها حساسية عالية تجاه مضاد Imipenem. فضلا عن ذلك فقد أظهرت العزلات جميعها مقاومة لمضاد Oxacillin. من جهه اخرى كانت (25)% من عزلات بكتريا E. faecalis مقاومة للفانكومايسين ، بينما بلغت نسبة المقاومة لهذا المضاد (40)% بين عزلات بكتريا E. faecium. حدد التراكيز المثبط الدنيا (MICs) للفانكومايسين بين العزلات المقاومة لهذا المضاد بطريقة التخفيف بالوسط السائل، أذ تراوحت قيم MIC لعزلات بكتريا E. faecalis بين (4-512) مايكروغراممل، أما بالنسبة لبكتريا E.faecium فتراوحت قيم MIC لعزلاتهــــا بين (4-64) مايكروغــراممـــل. بيَنت نتائج التحري عن الدنا البلازميدي بالترحيل الكهربائي في هلام الأكاروز لعدد من عزلات بكتريا المكورات المعوية المقاومة للفانكومايسين ((Vancomycin –resistant Enterococcus (VRE)) إحتواء بعض هذه العزلات على حزم بلازميدية مختلفة الأحجام. أجريت عمليات الإقتران البكتيري خارج الجسم الحي In vitro)) وداخل الجسم الحي In vivo) )، وأظهرت النتائج نجاح عمليات الإقتران، إذ لوحظ إنتقال صفة مقاومة الفانكومايسين بين الخلايا قيد الدراسة الامر الذي قد يعزى الى إحتمالية كون جينات هذه الصفة محمولة على بلازميدات إقترانية تُسهل إنتقالها عبر الإنتقال الأفقي من خلية لأخرى ضمن النوع نفسه أو الأنواع الأخرى

Listing 1 - 10 of 420 << page
of 42
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (419)

journal (1)


Language

English (291)

Arabic (68)

Arabic and English (39)


Year
From To Submit

2018 (14)

2017 (71)

2016 (83)

2015 (69)

2014 (67)

More...