research centers


Search results: Found 5

Listing 1 - 5 of 5
Sort by

Article
Phylogenetic Analysis of MERSCoV in Human and Camels in Iraq
التحليل الوراثي لل MERSCoV في الإنسان والجمال في العراق

Authors: Mohsen A. Alrodhan محسن نعمة الروضان --- Saba F. Al salihi صبا فلاح الصالحي
Journal: Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية ISSN: 18170153 Year: 2017 Volume: 13 Issue: 23 Pages: 151-159
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

The present study was conducted to evaluate the genetic relationship among Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSCoV) of human and camels origin at the period from October 2015 to February 2016.One hundred samples were collected from camel and 100 from human. Nighty four from nasal swabs and six from oropharyngeal swabs Camel samples secerned by immunochromatographic assay (ICA) for detection of viral antigen. The total percentage of ICA positivity was 28%. Human and camel samples subjected to Revers transcription real time- PCR and carried out by RNA extraction by using specific primers and Taq- Man-Probe for detection of nucleocapsid gene 113 bp. The total positive result in camels were 15% ,there was no significant difference between sex and type of samples, in relation to the age group the results showed that age group more than ten years of camel was the heights percent. With significant difference at P<0.05. According to the months of the year October recorded the highest infection rate with significant difference at p<0.05. the result of RT-qPCR according to the regions of study showed that Al-shinafyah in western borders of Iraq-Saudi was the highest infection rate 35% .On the other hand ,100 human 81 nasal swabs and 19 bronchial lavage samples were collected from pilgrims and non-pilgrims. The total positive result was 5%. The pilgrims recorded the highest infection rate. The results of conventional PCR by using specific primers for detection of Nucleocapsid gene (217 bp) of MERSCoV. The results were confirmative. Three human and 11 camel positive samples were used in further sequencing and phylogenetic analysis by extraction and purification of the PCR products. Our clones sequence submitted in GenBank-NCBI for accession number. The phylogenetic tree construction and analysis results showed that most of Iraqi variants of camel and human were located in clade-B in which Saudi Arabia strains were clustered. One of our clones (MERS-Iq.2Huh) of accession number KX150500.1 was located in clade-A in the same branch of Jordanian strain while bat corona virus, SARS corona and neoromica corona virus was out group clustered in separated branch.

أجريت هذه الدراسة لتقييم العلاقة الوراثية بين فيروس كورونا المتلازمة التنفسية في الشرق الأوسط (MERSCoV) من أصل إنسان وجمال في الفترة من أكتوبر 2015 إلى فبراير 2016. تم جمع مائة عينة من الإبل و 100 من الإنسان. أربعة من كل ليلة من مسحات الأنف وستة من مسحات الفم والبلعوم عينات من الإبل المخلل بواسطة الفحص المناعي (ICA) للكشف عن المستضد الفيروسي. وكانت النسبة المئوية لإيجابية ICA 28 ٪. عينات من البشر والجمال تخضع لنسخ Revers في الوقت الحقيقي- PCR ونفذت بواسطة استخراج الحمض النووي الريبي باستخدام بادئات محددة و Taq- Man-Probe للكشف عن الجين النووي النواة 113 bp. بلغت النتيجة الإيجابية الكلية للإبل 15٪ ، ولم يكن هناك فرق كبير بين الجنس ونوع العينات ، فيما يتعلق بالفئة العمرية ، أظهرت النتائج أن الفئة العمرية لأكثر من عشر سنوات من الإبل هي النسبة المئوية المرتفعة. مع اختلاف كبير في P <0.05. وفقًا لأشهر العام ، سجل شهر أكتوبر أعلى معدل إصابة بفارق كبير عند P <0.05. أظهرت نتيجة RT-qPCR وفقًا لمناطق الدراسة أن الشنافية في الحدود الغربية للعراق-السعودية كانت أعلى نسبة إصابة بنسبة 35٪. ومن ناحية أخرى ، تم جمع 100 قطعة بشرية من 81 مسحة للأنف و 19 عينة لغسل الشعب الهوائية من الحجاج وغير الحجاج. وكانت النتيجة الإيجابية الإجمالية 5 ٪. سجل الحجاج أعلى نسبة إصابة. نتائج PCR التقليدية باستخدام الاشعال محددة للكشف عن الجين Nucleocapsid (217 سنة مضت) من MERSCoV. وكانت النتائج مؤكدة. تم استخدام ثلاث عينات إنسانية و 11 عينة من الإبل في تحليل التسلسل والنشوء عن طريق استخلاص وتنقية منتجات PCR. تم إرسال تسلسل النسخ لدينا في GenBank-NCBI لرقم الانضمام.أوضحت نتائج تحليل شجرة التكاثر وتحليلها أن معظم المتغيرات العراقية من الإبل والبشر كانت موجودة في clade-B حيث تم تجميع سلالات المملكة العربية السعودية. يوجد واحد من الحيوانات المستنسخة (MERS-Iq.2Huh) من رقم المدخل KX150500.1 في clade-A في نفس الفرع من السلالة الأردنية بينما كان فيروس الخفافيش corona و SARS corona وفيروس neoromica corona خارج المجموعة في فرع منفصل.


Article
Phylogenetic study of Theileria lestoquardi based on 18SrRNA gene Isolated from sheep in the middle region of Iraq
دراسة الشجرة الوراثية لطفيلي Theileria lestoqurdi للجين 18S rRNA المعزول من الاغنام في المنطقة الوسطى من العراق

Loading...
Loading...
Abstract

Theileriosis is parasitic infection causes by obligate intracellular protozoa of the genus Theileria. T. lestoquardi is the most virulent species in sheep and goats which causes a severe disease with a high morbidity and mortality rate. In this study the phylogenetic relationships between two local isolate of T. lestoquardi and nine T. lestoquardi global isolates as well as Babesia ovis out-group isolate were analyzed using the 18S rRNA gene sequence. The multiple sequence alignment analysis and neighbor joining phylogenetic tree analysis were performed by using ClustalW multiple sequence alignment online based analysis of 1098bp 18S rRNA gene was amplified by polymerase chain reaction. Phylogenetic analysis results of these gene sequences revealed that T. lestoquardi local isolates were closely related to T. lestoquardi Iran isolate (JQ917458.1) and two Iraq Kurdistan isolates (KC778786.1 and KC778785.1) more than other countries. This study represents the first report on the use of molecular phylogeny to classify T. lestoquardi obtained in Middle Region of Iraq.

يعد داء الثايليريا من الامراض المتسبب عن طفيلي من جنس Theileria.، وهي طفيليات من الاوالي داخل خلوي اجبارية المعيشة ويعتبر النوع T. lestoquardi والذي يصيب الاغنام والماعز من الانواع الاكثر ضراوة كما ينتج عنه مرضا شديدا مع ارتفاع في نسبة الاصابة والهلاكات. تناولت هذه الدراسة تحليل علاقات النشوء والتطور بين اثنين من العزلات المحلية من T. lestoquardi وتسعة من العزلات العالمية T. lestoquardi وكذلك Babesia ovis خارج المجموعة باستخدام تتابع الجين 18S rRNA. استخدم تحليل الترتيب الجيني المتعدد وشجرة العلاقة الوراثية الجينية بواسطة برنامج ClustalW عبر الانترنيت اعتمادا على الناتج 1098 زوج قاعدي للجين 18S rRNA نتيجة تفاعل السلسلة المتبلمرة التقليدي. بينت نتائج دراسة شجرة العلاقة الوراثية الجينية للجين 18S rRNA ان العزلات المحلية لطفيلي T. lestoquard كانت متطابقة تماما مع العزلة الايرانية لطفيلي T. lestoquard والتي تحمل الرقم التسلسلي (JQ917458.1) وكذلك كانت متطابقة مع العزلتين من اقليم كردستان العراق ذات الارقام التسلسلية (KC778786.1 and KC778785.1) اكثر من بقية عزلات بعض الدول التي استخدمت للمقارنة في التحليل. وتعد هذه الدراسة هي الاولى من نوعها في استخدام الشجرة التطورية الجينية الوراثية لتصنيف T. lestoquardi المعزول من المنطقة الوسطى في العراق.


Article
Molecular detection and phylogenetic analysis of Coxiella burnetii in goats milk

Author: Hayder N. Ayyez
Journal: Al-Qadisiyah Journal of Veterinary Medicine Sciences مجلة القادسية لعلوم الطب البيطري ISSN: 18185746 23134429 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 1 Pages: 75-78
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Over the last years, the number Coxiella burnetii infections increased throughout the wourld. A molecular detection and phylogenetic analysis were performed in Al-Diwaniayh city in which the first phylogenetic documentation of C.burnetii reported in this area with accession numbers KY576802, KY576803, KY576804 and KY576805. Molecular detection and phylogenetic analysis of C.burnetii targeting the transposase gene partial sequence was done on the milk samples from 50 apperently healthy goats. DNA sequence was amplified in 6 out of 50 (12%) milk samples collected from different regions of Al Diwaniya city. Four of these amplicons were submitted to sequences analysis and gave 99% nucleotides sequence similarity. Also the amplicon sequences of local strain were compared with global C.burnetti sequences in NCBI which revealed close related to NCBI-Blast C.burnetii transposase gene of Indian (AB84899.1) and Brazilian (JF970261.1) strains, whereas there was genetic variation to NCBI-Blast C.burnetii transposase gene for USA (DQ379976.1), Portugal (EU009657.1) and Taiwan (EU000273.1). This work confirm goats infection and shedding the C. burnetii in Al-Diwaniayh, Iraq and determined the phylogenetic tree of local strain of this bacterium.


Article
Phylogenetic analysis of cpn60 gene from locally isolated Acinetobacter baumannii
التحليل الوراثي لجين cpn60 من بكتريا Acinetobacter baumannii المعزولة محلياً

Author: Alaa Salim Hamzah علاء سالم حمزة
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2018 Volume: 59 Issue: 1A Pages: 9-15
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to analysis phylogenetic tree of the gene cpn60 in Acinetobacter baumannii that was identified in Baghdad. Study included collection two hundred specimens (fifty from UTI, fifty from wound infection , fifty from respiratory tract infection and fifty from otitis infections) . In primary laboratory diagnosis and confirmed by using VITEK- 2 Compact system, twenty isolates of this bacterium were indentified (10%) from total specimens. Extraction of geneteic material to detect target gene by amplification this target gene. DNA sequencing of all isolates was done. Then alignment of sequencing in NCBI and draw phylogenetic tree by use Geneious 9 software among sequence of locally isolates . The results in phylogenetic tree of cpn60 gene in locally isolates showed 4 groups of isolates different with difference source of isolation. Then phylogenetic tree for locally isolates and high identity global isolates in gene bank was drew and its results showed 12 locally isolates not identity with standard isolates. So, chosen isolate (AE_29) isolate from these 12 isolates and documented in national GenBank as anew isolate under accession number (LOCUS KY818056 ) of nucleotides sequence and protein ID "ARV90994.1" .

هدفت هذه الدراسة لتحليل الشجرة الوراثية للجين cpn60 من بكتريا Acinetobacterbaumannii المعزولة من اربع مصادر سريرية مختلفة في بغداد . جمعت 200 عينة تضمنت 50 عينة من الأدرار و50 عينة من الجروح و50 عينة من القشع و50 عينة من التهاب الأذن . وبعد اكمال التشخيص الاولي وتأكيد التشخيص بإستخدام VITEK- 2 Compact systemتم الحصول على 20 عزلة بكترية من اصل 200 عينة وبنسبة 10% . تمت عملية استخلاص الدنا ومن ثم تضخيم الجين بإستخدام برايمرات خاصة . اجريت عملية تسلسل التعاقبات النيوكليوتيدية ومن ثم مطابقتها مع الـNCBI و بأستخدام برنامج Geneious 9 رسمت الشجرة الوراثية من تسلسلات العزلات المحلية . اظهرت نتائج الشجرة الوراثية للجين cpn60أن العزلات المحلية شكلت اربع مجاميع مختلفه من العزلات البكتيرية تختلف بأختلاف موقع العزل . وقد رسمت الشجرة الوراثية مرة اخرى بين العزلات المحلية والعزلات العالمية الأكثر تطابقاً معها والمثبتة في بنك الجينات العالمي واظهرت نتائج مقارنة العزلات المحلية مع العزلات القياسيةوجود 12 عزلة محلية لا تتطابق مع العزلات القياسية .لذلك تم اختيار واحدة من هذه العزلات وهي (AE_29) لتسجل في بنك الجينات العالمي كعزلة جديدة حيث تم تسجيل تسلسل القواعد النتروجينية تحت الرقم التسلسلي (LOCUS KY818056) وتسلسل الاحماض الأمينية المشفرة لها تحت الرقم التسلسلي (protein ID "ARV90994.1") .


Article
Molecular Characteristics and Clinical Relevance of Cytotoxin‑Associated Genes A and E of Helicobacter pylori from Patients with Gastric Diseases

Author: Ahmed L. Hamad, Haidar A. Shamran1, Jasim Muhsin Al‑Maliki2, Ibrahim A. Mahmood3
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2019 Volume: 16 Issue: 2 Pages: 156-162
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Helicobacter pylori colonizes about a half of the world’s population. It possesses several genes that associated with virulence,among which are cytotoxin‑associated antigen (CagA) and cytotoxin‑associated gene E (CagE) genes within the cag pathogenicity island.These genes encode for proteins involved in the pathogenicity of the bacteria. Objective: This study aimed to investigate the prevalenceof CagA and CagE genes among H. pylori isolates from patients with different gastric pathologies and for phylogenetic analysis of theisolated bacteria according to gene sequence. Materials and Methods: A total of 104 gastric biopsies were collected for patients sufferingfrom different gastric pathologies. DNA was extracted from these biopsies, and a conventional polymerase chain reaction (PCR) wasperformed to amplify the gene fragments corresponding CagA and CagE genes using specific primers. PCR product of selected samples ofpositive for CagE was undergone direct sequencing. The result of sequences was aligned with reference sequences in National Center forBiotechnology Information (NCBI), and the phylogenetic tree was constructed. Results: Out of 104 isolates of H. pylori, 89/104 (85.58%)were found to have either CagA, CagE, or both genes. The frequencies of CagA, CagE, and coexistence of both genes were 71.15%,46.15%, and 31.73%, respectively. The phylogenetic tree revealed two main clades, one of which involved isolates 6 and 9 as separatedisolates and another clade involved all other isolates. The isolate 4 clustered with AY153111.1 and AP014523.1, the isolate 3 clusteredwith AY153124.1, the isolate 5 clustered with LC339073.1 and LC339017.1, the isolates 7 and 11 clustered with EU090726.1, the isolate2 clustered with AB191082.1, the isolate 10 clustered very close to LC339004.1 and less close to LS483488.1, while the isolate 1 clusteredwith AP017334.1. Conclusion: CagA and CagE genes are highly prevalence among H. pylori isolate from gastric pathologies from Iraqipatients.

Listing 1 - 5 of 5
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (5)


Language

English (5)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (1)

2017 (2)

2016 (1)