research centers


Search results: Found 20

Listing 1 - 10 of 20 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Molecular identification and characterization and phylogenetic study of six Eimeria species in cattle in Al-Najaf province
التشخيص الجزيئي ودراسة الشجرة الوراثية لستة انواع من طفيلي الايميريا في الابقار في محافظة النجف

Authors: Qasim Jawad Ameer Al-Jubory --- Haidar Mohammed Ali Al-Rubaie
Journal: Euphrates Journal of Agriculture Science مجلة الفرات للعلوم الزراعية ISSN: 38752072 Year: 2016 Volume: 8 Issue: 3 Pages: 83-96
Publisher: Al-kasim University جامعة القاسم الخضراء

Loading...
Loading...
Abstract

The study extended from April 2015 through January 2016 and included 600 cattle with varying age (1 day to 8 years). It was conducted in Al.Najaf province. Direct and flotation methods were used for the diagnosis of Eimeria infection. PCR and phylogentic tree was done for all isolates. Eimeria infection was reported in 211 out of 600 (35.2 %). PCR permitted the isolation of six Eimeria species. Nucleotide sequence was done and phylogenetic tree was established. The percentage of each species was as follows: E. zuernii(53.1%), E. cylindrical (49.3%), E. ellipsoidalis (34.6%), E. bovis(28.0%), E. auburnensis(22.7%) and E. alabamensis(19.4%).The Eimeriabovis, Eimeriaauburnensis, Eimeriacylindrica, and Eimeriazuernii were closely related together. The Eimeriaellipsoidalis appeared less related to other Eimeria species. Whereas, the Eimeriaalabamensis appeared significantly different from other Eimeria species and out off tree.For our knowledge this is the first molecular study done in Iraq for identification and characterization of Eimeria species in cattle. Molecular method can be utilized as a powerful, sensitive tool for the diagnosis of Eimeria infection in cattle, and as a superior substitute to the conventional morphologic methods. Phylogenetic tree analysis of the common six Eimeria species has been disclosed in this study to add to the original Japanese study by Kawahra in 2010.

امتدت فترة العمل منذ شهر نيسان 2015 وحتى شهر كانون الثاني 2016 واجريت هذه الدراسة في محافظة النجف الاشرف. وشملت العينة 600 من الابقار ترواحت اعمارها ما بين يوم وثمان سنوات. تم تشخيص الاصابة بطفيلي الايميريا بواسطة الفحص المجهري المباشر وطريقة التطويف. سجلت الاصابة بطفيلي الايميريا في 211 من النماذج الخاضعه للفحص وبنسبة (35,2%). اظهرت طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) الاصابة بستة انواع من طفيلي الايميريا وهي (E. zuernii (53.1%), E. cylindrical (49.3%), E. ellipsoidalis (34.6%), E. bovis (28.0%), E. auburnensis (22.7%) and E. alabamensis(19.4%).. بعد ذلك اجرى فحص الشجرة الوراثية والذي اظهر ان (Eimeriabovis, Eimeriaauburnensis, Eimeriacylindrica, and Eimeriazuernii) كانت متقاربة جينيا وبصورة كبيرة ولكن ظهر أن (Eimeriaellipsoidalis) بعيدة وراثيا وبصورة ملحوظة عن بقية الانواع في حين كانت(Eimeriaalabamensis) بعيدة جداً عن بقية الانواع. وفقا للمعلومات المتوفرة فان هذه الدراسة تعد فريدة من نوعها في العراق كونها سباقة لاستخدام العزل الجيني والشجرة الوراثية في تشخيص الاصابة بطفيلي الايميريا في المواشي ويعد اضافة للبحث الذي قام به الباحث الياباني كوارا في سنة 2010.

Keywords

Phylogenetic tree --- PCR --- Eimeria


Article
Microscopic identification, molecular and phylogenetic analysis of Babesia species in buffalo from slaughter house in Al-Najaf city of IraqMicroscopic identification, molecular and phylogenetic analysis of Babesia species in buffalo from slaughter house in Al-Najaf city of Iraq
التشخيص المجهري والتحليل الجزيئي والسلالة الوراثية لأنواع طفيلي البابيزيا في الجاموس من مجزرة مدينة النجف في العراق

Authors: R.S. Ateaa رنا سعد عطية --- M.J.A. Alkhaled منصور جدعان علي الخالد
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894/20711255 Year: 2019 Volume: 33 Issue: 2 Pages: 251-258
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Babesia is one of hemoprotozoan parasite transmitted by arthropod vectors which responsible for causing of Babesiosis disease in bovine worldwide. The present study was designed for microscopic identification, molecular, and phylogenetic analysis of Babesia species in buffalo from slaughter house in Al-Najaf city of Iraq. The study performed in three months of summer season (August into September 2017) and animals ages and sex were included in this study. The direct microscopic prevalence results were show highest prevalence of haemoprotozoa prevalence at Babesia sp. 45.74%. The prevalence of Babesia sp. related to animal sex, were show in male 43.48% and female was 52%, with non-significant differences. The Prevalence of Babesia sp. related to age were show 12.50%, 92.86% and 30% in young, adult and old age respectively with significant differences (P<0.05). The prevalence of Babesia sp. related to month of study were show. 28.57%, 62.50% and 42.86 in August, September and October respectively and with non-significant differences. Molecular study results were based on PCR and DNA sequencing method by phylogenetic tree analysis (MEGA 6.0) and NCBI-BLAST Homology Sequence Identity to differentiation Babesia species typing. The Babesia species prevalence results were show identified two Babesia species, high prevalence of Babesia bovis (38.30%) were closed related to NCBI-Blast Babesia bovis (HQ264126.1) with homology sequence identity 97-100% and Babesia bigemina 7.45% were closed related to NCBI-Blast Babesia bigemina (KU206291.1) with homology sequence identity 95-99%, then 43 Babesia species includes (B. bovis and B. bigemina) were submitted into NCBI-Genbank and provided accession numbers (MH503811-MH503853). In conclusion, this study concluded that Phylogenetic tree and homology sequences identity was show accurate in differentiation of Babesia species, and these species can be isolated at from local water buffalo from slaughter house in Al-Najaf city, of Iraq.

طفيلي البابيزيا هو من الطفيليات أوالي المحمولة بالدم تنتقل بواسطة الحشرات مفصلية الأرجل ومسؤولة عن وحدوث إصابات حادة كمرض في الأبقار في جميع أنحاء العالم. صممت الدراسة الحالية للتحري عن طفيلي البابيزيا من نماذج دم الجاموس للمرة الأولى في العراق. باستخدام طرق الفحص المجهري المباشر والطرق التحليل الجزيئي كفحص البي سي ار وتسلسل تتابع الحمض النووي. أنجزت الدراسة في مدة ثلاثة أشهر في موسم الصيف خلال (شهر أب إلى شهر تشرين الأول لسنة 2017). كذلك تضمنت الدراسة علاقة عمر الحيوان وجنسه. أظهرت نتائج نسب الفحص المجهري المباشر وجود نسبة انتشار عالية لأنواع طفيلي البابيزيا بنسبة 45,74% وكانت علاقة نسبة انتشار الطفيليات مع الجنس في طفيلي البابيزيا في الذكور بنسبة 43,48% وفي الإناث بنسبة 52%. أظهرت نتائج الدراسة حسب العمر نسبة انتشار طفيلي البابيزيا بنسبة 12,50% في الصغيرة و92,86% في البالغة و 30% في الحيوانات الكبيرة مع وجود فروقات معنوية بنسبة احتمال اقل من 0,05. أظهرت نتائج الدراسة حسب الفترة نسبة انتشار طفيلي البابيزيا بنسبة 28,57% في شهر اب و62,50% في شهر أيلول و 42,86% في شهر تشرين الأول مع عدم وجود فروقات معنوية. وأظهرت نتائج التحليل الجزيئي وجود نوعيين لطفيلي البابيزيا وهي طفيلي البابيزيا بوفس بنسبة 38,30% بعلاقة جينية متقاربة لطفيلي طفيلي البابيزيا البقرية المسجل (HQ264126.1) مع نسبة تطابق بلغت 97-100%. وطفيلي البابيزيا التوأمية بنسبة 7,45%. بعلاقة جينية متقاربة لطفيلي طفيلي البابيزيا بايجيمنا المسجل (KU206291.1) مع نسبة تطابق بلغت 95-99%. بعد ذلك 43 نوع من أنواع البابيزيا المفرقة سجلت في موقع بنك الجينات للحصول على أرقام تسجيلية من (MH503811-MH503853). في الاستنتاج، استنتجت الدراسة بان تحليل الشجرة الوراثية وفحص التطابق بين القواعد النيتروجينية يعطي تفريق دقيق لأنواع طفيلي البابيزيا والتي يمكن أن تعزل بنسب عالية من جاموس الماء المحلية في محافظة النجف.

Keywords

Babesia --- PCR --- Phylogenetic tree --- Buffalo


Article
Molecular profile of scpA and sdaB virulence genes in Streptococcus pyogenes isolated from pharyngitis
الملف الجزيئي لجينات scpA و sdaB الفوعة في المكورات العقدية المقيحة المعزولة من التهاب البلعوم

Authors: Younus A Kamel يونس كامل --- Khwam R Hussein خوام ريسان حسين --- Saad S Hamim سعد هميم
Journal: Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية ISSN: 18170153 Year: 2017 Volume: 13 Issue: 24 Pages: 67-71
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Group A Streptococci (GAS) or Streptococcus pyogenes is an important pathogen which causes a wide-ranging of diseases for human. This study was carried out in Ear Nose Throat (ENT) department in Al–Habboby Teaching Hospital, Thi-Qar province, south of Iraq during the period from October 2015 to April 2016. Two hundred and ten swabs were collected from patients infected with pharyngitis. 152 (72.3 %) showed positive growth with S. pyogenes. GAS isolates were subjected to detect two virulence genes (scpA and sdaB) by conventional PCR technique using specific primer pairs and DNA sequencing analysis. The sequencing of PCR products produced from bacterial DNA showed significant alignments identities (96-99%) to the S. pyogenes which are located in BLAST-NCBI Genbank. The six sequences of Streptococcus pyogenes scpA and sdaB genes determined in this study have been deposited in the GenBank under the accession numbers MF49318-MF497323. Phylogenetic analysis of S. pyogenes based upon the neighbour-joining of partial scpA and sdaB gene sequences showed that these sequences were derived from Streptococcal genes. In addition, S. pyogenes can produce several exotoxins that have the potential to damage the host tissues either directly or through the stimulation of cytokine production.

المجموعة A العقدية المقيحة (GAS) أو المكورات العقدية المقيحة هي مسببة للأمراض الهامة التي تسبب مجموعة واسعة من الأمراض للإنسان. أجريت هذه الدراسة في قسم الأنف والأذن والحنجرة في مستشفى الحبوبي التعليمي ، بمحافظة ذي قار ، جنوب العراق خلال الفترة من أكتوبر 2015 إلى أبريل 2016. تم جمع مائتي وعشرة مسحات من مرضى التهاب البلعوم . أظهر 152 (72.3 ٪) نموا إيجابيا مع S. الجينات. تعرضوا لعزل الغازات للكشف عن اثنين من جينات الفوعة (scpA و sdaB) بواسطة تقنية PCR التقليدية باستخدام أزواج تمهيدية محددة وتحليل تسلسل الحمض النووي. أظهر تسلسل منتجات PCR المنتجة من الحمض النووي البكتيري هويات محاذاة كبيرة (96-99 ٪) إلى S. الجينات التي تقع في BLAST-NCBI Genbank. تم تسلسل المتسلسلات الستة لجينات العقدية المقيحة scpA و sdaB المحددة في هذه الدراسة في بنك الجينات تحت أرقام الانضمام MF49318-MF497323. أظهر التحليل الوراثي للبكتريا المكورات العنقودية (S. pyogenes) المستندة إلى الانضمام المجاور لمتسلسلات الجينات scpA و sdaB الجزئية أن هذه التسلسلات مشتقة من جينات العقدية. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن أن تنتج الجينات المقيحة عدة ذيفانات خارجية لها القدرة على إتلاف أنسجة العائل إما بشكل مباشر أو من خلال تحفيز إنتاج السيتوكين.


Article
GENOTYPE VERSUS PHENOTYPE TO DETERMINE THE DEFINITIVE IDENTIFICATION OF THE GENERA CHLORELLA BEIJERINCK, 1890 (CHLORELLACEAE) AND COELASTRELLA CHODAT, 1922 (SCENDESMACEAE)
النمط الوراثي مقابل النمط المظهري لتحديد التشخيص النهائي للجنسين Chlorella Beijerinck, 1890 (Chlorellaceae) و Coelastrella Chodat, 1922(Scendesmaceae)

Authors: Ali M. Najem علي مؤيد نجم --- Ghusoon A. Abdulhasan غصون علي عبد الحسن --- Ibrahim J. Abed إبراهيم جابر عبد
Journal: Bulletin of the Iraq Natural History Museum مجلة متحف التاريخ الطبيعي العراقي ISSN: Print ISSN: 10178678, Online ISSN: 23119799 Year: 2018 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 101-111
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Conventional identification of three coccoid green algae isolates was attempted to characterize the studied algae morphologically under compound microscope, which demonstrated confusional phenomenal convergence; all were classified microscopically as the green alga Chlorella vulgaris Beijerinck, 1890. Phylogenetic studies were conducted to settle the argument about the phenotype by studying the genotype. Genotype the promising field in advance classification by using 18S rRNA and compared to GenBank database using to search the related sequences. The determined sequences showed high a similarity to the strains registered in GenBank. Phylogenetic tree of ITS within 18S RNA were analyzed: the phylogram separated into two clusters, the first cluster included C1-ITS-Iraq and C2-ITS-Iraq and put with Coelastrella Chodat, 1922 which was well supported in bootstrap tests (86-100%), while the second cluster included C3-ITS-Iraq and put with C. sorokiniana Shihira and Krauss, 1965, which have bootstrap value 100% with the mentioned species. however, in this study, the green alga Colestrella was identified as new record genus in Iraqi freshwater belonged to the order Sphaeropleales.

اجريت محاوله للتشخيص التقليدي لثلاث عزلات من الطحالب الخضراء الكروية الدقيقة والتي شملت وصف الطحالب المدروسة شكليا تحت المجهر الضوئي المركب والذي أظهر التقارب الهائل فيما بينها، وقد شُخصت جميعها على أساس انها الطحلب الأخضرBeijerinck, 1890 vulgaris .Chlorella أجريت دراسات للتطور الوراثي لتفسير الحجة حول النمط المظهري من خلال دراسة النمط الوراثي والذي يمثل الحقل الواعد في التصنيف باستخدام 18S rRNA ومقارنتها مع قاعدة بيانات بنك الجينات باستخدام البحث في التسلسلات ذات الصلة، اذ أظهرت التسلسلات المحددة تشابهاً عالياً مع السلالات المسجلة في بنك الجينات. جرى تحليل الشجرة التطورية لمنطقة ITS ضمن 18S rRNA؛ وقسم المخطط التطوري إلى مجموعتين، ضمّت المجموعة الأولى العينات C1-ITS-Iraq و C2-ITS-Iraq وتم تشخيصها مع جنس Chodat, 1922 Coelastrella و التي تم دعمها بشكل جيد في اختبارات bootstrap (86-100٪) في حين ضمت المجموعة الثانية عينة C3-ITS-Iraq وضعت مع النوع Shihira and Krauss, 1965 Chlorella sorokiniana وبقيمة bootstrap 100% مع النوع المذكور، علما ان الطحلب Coelastrella قد سُجّل في هذه الدراسة كجنس جديد في المياه العذبة العراقية والعائد الى رتبة .Sphaeropleales


Article
Sequence Variation and Phylogenetic Relationships Among Ten Iraqi Rice Varieties Using RM171 Marker
العلاقات التطوريه والتغاير التسلسلي لعشرة اصناف من الرز العراقي باستعمال مؤشر الرز الوراثي (RM171)

Author: Abdul Kareem Abdulrazak Al-kazaz عبدالكريم عبدالرزاق القزاز
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2014 Volume: 55 Issue: 1 Pages: 145-150
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In the present study rice microsatellite marker (RM 171) was used to evaluate the genetic diversity and determining cultivar identity among ten rice varieties (oryza sativa L.) (Seven local and three commercial varieties). PCR technique was performed using two specific primers. The result showed presence of a band (305bp) DNA sequencing was done to PCR product to detect sequence variation between the ten rice varieties. In order to detect the relationship among all varieties, alignment of RM171 marker sequence was carried out for each variety. Amber and Daawat varieties showed the highest similarity with 98% identity, while the difference (2%) consists of two gaps and two transition mutations (T/C) and (C/T). Furthermore, Amber was aligned with mashkhab-1; 6% variation was noticed includes 5% gaps of 16 nucleotides which are not found in Amber that distributed in four different locations. In addition to the gaps, two transversion mutations were identified (G/C) and (G/T). Phylogenetic relationships among varieties were achieved, which showed that genetic distances were ranged from 0.029 to 1.999 among rice varieties. Cluster analyses grouped the ten varieties into five main clusters depending on their geographic origin, their ancestor and their aroma characteristics and this revealed relatedness between aromatic and non -aromatic with few of independent varieties. The result of this study could be helpful in the future for rice breeding programs.

استخدمت في الدراسه الحاليه مؤشرات وراثيه لتقييم التنوع الوراثي وتحديد التماثل بين الاصناف العشرة تحت الدراسه (سبعه محليه وثلاثه تجاريه ). تم تضخيم ناتج تفاعل البوليمريز التسلسلي (305 bp(باستخدام زوج من البوادى المتخصصه , بعدها تم اجراء تحديد تتابع الأحماض النووية للناتج وذلك لمعرفة التباين في التسلسلات بين اصناف الرز. اجريت المحاذاة بين تسلسلات RM171 لكل صنف وذلك للكشف عن العلاقه بينهما. اظهرت النتائج ان اعلى نسبة تشابه كانت بين صنفي العنبر والدعوات (98%) حيث ان الفرق (2%) يتضمن فجوتين وطفرتين انتقاليه T/C) ) و C/T)), وعند محاذاة صنف العنبر مع المشخاب 1 لوحظ وجود نسبة تغاير (6%) والذي يتضمن (5%) فجوات ل 16 نيوكليوتيده غير موجوده في صنف العنبر والتي وزعت في اربعة مواقع مختلفه .بالاضافه الى الفجوات تم تحديد طفرتين تبادليه(G/Cو G/T). اتضح من خلال علاقات النشوء والتطور ان البعد الوراثي يتراوح بين (0.029_1.999(. قسمت اصتاف الرز العشره الى خمسة مجاميع رئيسه اعتمادا على الاصل الجغرافي و الاسلاف المنحدره منها وصفاتها العطريه . لوحظ وجود علاقه بين الاصناف العطريه ,غير العطريه والاصناف المستقله .يمكن استخدام النتائج المستحصله من هذه الدراسه في برامج تربية و تحسين الرز المستقبليه.


Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
Molecular Study of Two Virulence Genes of Pseudomonas aeruginosa, The Oxa 10 and Tox a with The Comparisons of The Relevant Sequences

Author: Amir Hani Raziq
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2017 Volume: 14 Issue: 1 Pages: 28-38
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Pseudomonas aeruginosa is one of the leading nosocomial pathogens worldwide. Fifty pre-identified local isolates of P. aeruginosa were collected from major hospitals in Duhok and Erbil during the period from April 2015 to September 2015. The isolates were identified by classical biochemical methods and antibiotic sensitivity profiles were also obtained. Molecular investigation started with DNA extraction, confirmatory identification by the detection of 16S rRNA; PCR amplifications were applied to detect the presence of oxa 10 and toxA genes and then sequencing of the resulted PCR products was also performed. The results showed that all the fifty isolates had biochemical profiles characteristic of P. aeruginosa as it was also confirmed by the amplification band of 956 bp relevant to 16S rRNA; and that 50 % of the isolates revealed resistance to imipenem while 98 % of the isolates were resistant to cefepime. Furthermore, oxa10 gene was successfully detected by PCR in 92 % of the isolates with products bands of 760 bp while toxA gene was detected in 84 % of the isolates with an amplification bands of 396 bp. Then the PCR products of randomly selected ten samples (five for oxa 10 gene (designated A1through A5) and another five for tox A gene (designated B1 through B5) were purified by using a commercial PCR product purification kit and sequenced. The results of sequencing were analyzed in the University of Duhok/Scientific Research Center using DNASTAR/Laser Gene software. Regarding oxa10 gene, the results revealed that strains A4 and A5 are much more related when compared with the other strains. While the result of sequencing tox A gene indicated that isolates B2 and B5 are much more related in comparison with the other three isolates and isolate B1 was much more related to the positive control when all the isolates were compared.


Article
The genetic relationship for Klebsiella pneumoniae isolated from human urinary tract and beef
العلاقة الوراثية لجرثومة الكلبيسيلا الرئوية والمعزولة من الجهاز البولي في الإنسان والأبقار

Authors: S.F. Klaif صبا فلاح كليف --- H.H. Nasir حسن حاجم ناصر --- J.N. Sadeq وجنان ناظم صادق
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894/20711255 Year: 2019 Volume: 33 Issue: 1 Pages: 75-80
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

The present study aimed to describe the genetic relationships of zoonotic characterization of Klebsiella pneumoniae isolated from Human urinary tract and beef. The study includes (50) urine samples from human and (50) beef samples. The isolation and identification of Klebsiella pneumonia were done by using enrichment culture method and Vitek 2, then confirmed by PCR technique based on 16S ribosomal RNA gene which designed in this study using NCBI-GenBank (LT599801.1) and DNA sequencing was done on some positive isolates. The results show that Klebsiella pneumoniae was isolated from beef at 38 (76%) and from human at 32 (64%) by vitek2. The PCR technique was show highly sensitive and specific confirmative detection of Klebsiella Pneumonia isolates at Clarify DNA sequencing of a partial sequence of 16S ribosomal RNA gene was shown homology sequence identity highly with NCBI-Blast Klebsiella pneumoniae isolates. The phylogenetic analysis was show clear genetic similarity at (0.5 genetic change) between human and beef in Klebsiella pneumoniae isolates. The gene sequence deposited into NCBI-GenBank accession numbers (MF314450.1, MF314451.1, MF314452.1, MF314453.1). In conclusion, the study presents the first report in Iraq of genetic relationship among K. pneumoniae isolates from beef and humans. Therefore, it is essential to define the role of animals as an important source for the distribution of pathogen related to public health.

الدراسة الحالة تهدف العلاقة الوراثية للأهمية المشتركة للكليبسلا الرئوية التي تصيب الجهاز البولي للانسان ولحوم الأبقار. تضمنت الدراسة جمع 50 عينة من إدرار الإنسان و50 عينة من لحوم الأبقار تم تشخيصها والكشف عنها بواسطة استخدام الصفات الزرعية والاختبارات الكيموحيوية باستخدام فحص الفايتك2و تقنية تفاعل سلسة البلمرة (بي سي ار). باستخدام الجين التشخيصي 16س رايبوسومال ار ان اي الذي صمم في هذه الدراسة باستخدام العترة العالمية التي أخذت من جين البنك العالمي يحمل رقم الانضمام LT599801.1. أظهرت النتائج أن نسبة الإصابة في الأبقار باستخدام فحص الفايتك 38 (76%) في الأبقار في حين نسبة الإصابة في الإنسان 32 (64%). تم استخدام التقنية الجزيئية للتحقق من النتائج وذلك عن طريق استخلاص الحامض النووي الرايبي DNA لبكتريا الكليبسلا الرئوية وقياس تركيزه ونقاوته بواسطة جهاز Nanodrop ليتسنى التحري عن قطعة الجين وذلك باستخدام بادئات primers لبكتريا الكليبسيلا الرئوية والعزلات تم إرسالها لغرض تتابع النيوكلوتيدات وتم الحصول على أرقام الانضمام لعزلتين من الإنسان وعزلتين من الأبقار (MF314450.1, MF314451.1, MF314452.1, MF314453.1) من بنك الجينات العالمي NCBI-Genbank. أظهرت الشجرة الوراثية تشابه بنسبة (99 % -100%) مع العزلات العالمية لكليبسلا الرئوية المعزولة من الإنسان والأبقار. الخلاصة ,الدراسة الحالية تسجل لأول مرة في العراق حيث سجلت العلاقة الوراثية للكليبسلا الرئوية بين الإنسان والأبقار لذلك من الضروري معرفة الدور الحقيقي لدور الأبقار كمصدر في نقل وانتشار الإصابة إلى الإنسان وخطرها على الصحة العامة.


Article
Nad1 gene analysis of Echinococcus granulosus from sheep in Aqrah city, Iraq
تحليل جين nad1 للمشوكة الحبيبية من الأغنام في مدينة عقرة، العراق

Authors: R.N. Hamoo رضاء ناظم حمو --- .G. Mustafa نشأت غالب مصطفى --- S.A. Abdulraheem سمير أحمد عبد الرحيم
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894/20711255 Year: 2019 Volume: 33 Issue: 2 Pages: 341-345
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Echinococcus granulosus (E. granulosus) is a dog tapeworm cestoda; it is larval stage responsible to cystic echinococcosis, one of the most common and dangerous worldwide zoonotic parasitic disease. The aim of this study was the molecular identification of the local strain of E. granulosus isolated from sheep liver slaughtered in the principal abattoir of Aqrah city, Northern of Iraq during Jun-Nov. 2017. In this study, 37 sheep liver infected by E. granulosus, 12 of high DNA purity fertile (have protoscolices) cyst of them were considered. A molecular study conducted on the mitochondrial NADH dehydrogenase 1 (nad1) gene. Results demonstrated that E. granulosus isolates were sheep strain (G1) genotype, with fascinating highly corresponding 95% and 96% to global isolates, particularly to north African and Mediterranean countries, by employing phylogenetic tree analysis. So, the isolates of our project were deposited in Genbank (accession No. MG792129). This study findings provide that the local isolates of E. granulosus from sheep liver in Aqrah city, Northern of Iraq are loyally equivalent to global strains and isolates, in addition, nad1 gene considers a perfect biomarker in a molecular identification and phylogenetic study of this parasite.

ديدان المشوكة الحبيبية هي من الديدان الشريطية التي تصيب الكلاب، ويسبب الطور اليرقي لهذا الطفيلي داء الأكياس المائية، وهو من أكثر الأمراض المشتركة خطورة بين الإنسان والحيوان. هدفت الدراسة الحالية إلى التمييز الجزيئي للعزلة المحلية للطور اليرقي لطفيلي المشوكة الحبيبية، والمعزولة من الأكياس المائية من كبد الأغنام المذبوحة في المجزرة الرئيسية لمدينة عقرة في شمال العراق، خلال الفترة من شهر حزيران - تشرين الثاني لسنة 2017. تم الحصول على 37 كبد مصاب بالأكياس المائية، اختير منها 12 عينة مخصبة (لاحتوائها على الرؤيسات) ولنقاوة DNA العالية فيها، وأجريت الدراسة الجزيئية على جين أنزيم المايتوكوندريا NADH dehydrogenase 1 (nad1). أظهرت النتائج أن العزلة المحلية هي النمط الجيني لعزلة الأغنام (G1)، ومن خلال استعمال نتائج الشجرة التطورية ظهر تقارب كبير 95% و 96% مع العزلات العالمية وخاصة لمناطق شمال أفريقيا والشرق الأوسط. كما تم في هذا البحث تسجيل العزلة المحلية في بنك الجينات العالمي (رمز التسجيل MG792129). نستنتج من هذه الدراسة أن العزلة المحلية للمشوكة الحبيبية المعزولة من كبد الأغنام في مدينة عقرة في شمال العراق لها تشابه كبير مع العزلات العالمية فضلاً عن أن الجين nad1 يعد مؤشر حيوي ممتاز في الدراسة الجزيئية والتطورية لهذا الطفيلي.


Article
Genotyping study of Fasciola gigantica isolated from cattle in Aqrah city, Iraq
دراسة التنميط الجيني للمتورقة العملاقة المعزولة من الماشية في مدينة عقرة، العراق

Authors: R.N. Hamoo رضاء ناظم حمو --- F.S. Al-Rubaye فؤاد إسماعيل الربيعي --- N.G. Mustafa نشأت غالب مصطفى
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894/20711255 Year: 2020 Volume: 34 Issue: 1 Pages: 123-127
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to investigate the 18S rRNA gene of Fasciola gigantica obtained from the liver of cattle live in Aqrah city, Iraq. Fifty-nine Fasciola flukes were collected through routine investigation from livers of naturally infected local cattle (42 cows), from May to August 2017, at the central slaughterhouse of Aqrah city, Kurdistan region of Iraq, the flukes were washed by PBS and then fixed in ethanol. Genomic DNA was extracted, and a 560 bp fragment was amplified by PCR, subsequent by sequencing of PCR products. A remarkable result of this project was the deposition of our gene isolate in GenBank (Accession No. MG786553). However, it was confirmed by the sequence results that isolate species was F. gigantica, and interestingly our samples sequences have alignment match of 100% with many international isolates, without genetic mutations or variations. It is concluded that molecular study could be utilized for both diagnosis and differential diagnosis of parasites with huge precise. Also, an 18S rRNA gene is a perfect fragment for molecular study and phylogenetic analysis of F. gigantica, also our samples have 100% alignment match with universal isolates.

أجريت الدراسة الحالية للكشف عن جين 18S rRNA المعزولة من طفيل المتورقة العملاقة Fasciola gigantica المعزولة من كبد الماشية في مدينة عقرة. تم عزل 59 دودة طفيل خلال الفحص الروتيني في المجزرة المركزية لمدينة عقرة، لكبد 42 بقرة مصابة طبيعياً خلال الفترة مايس - آب 2017. غسلت الديدان المعزولة بمحلول دارئ الفوسفات PBS وثبتت بالايثانول. تم استخلاص الحامض النووي DNA ومن ثم تضخيم قطعة 560bp لجين 18S rRNA باستخدام تقنية تفاعل البلمرة التسلسلي PCR، بعدها أجري دراسة التسلسلات لناتج PCR. العزلة الناتجة تم تسجيلها في بنك الجينات تحت الرقم MG786553، كما أن دراسة التسلسلات أثبتت أن عزلة هذه الدراسة هي طفيل المتورقة العملاقة وتتطابق بشكل كامل 100% مع العديد من العزلات العالمية وبدون وجود طفرات أو تغايرات وراثية. نستنتج من هذا البحث أن الدراسة الجزيئية يمكن أن تستخدم في تشخيص الطفيليات والتمييز بينها وبنسبة دقة عالية جداً، كما أن جين 18S rRNA يعد قطعة DNA مناسبة للدراسة الجزيئية وتحليل تطور السلالات لطفيلي المتورقة العملاقة، وأن العينات التي فحصت في هذه الدراسة كانت متطابقة تماماً مع بعض العزلات العالمية.

Listing 1 - 10 of 20 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (20)


Language

English (18)

Arabic (1)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2020 (4)

2019 (7)

2018 (2)

2017 (3)

2016 (2)

More...