research centers


Search results: Found 16

Listing 1 - 10 of 16 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Morphological, Biochemical and Molecular Characterization of Ten Rhizobial Bacteria Isolates.
دراسة الصفات المظهرية والكيموحياتية و الوراثية لعشر عزلات من بكتريا الرايزوبيا

Authors: Neamat .J. Al-Judy نعمت جميل الجودي --- Raffal Essmaeil Majeed
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2013 Volume: 54 Issue: 2 Pages: 280-287
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was done in biotechnology laboratories in the national center of organic farming /ministry of agriculture where ten of Rhizobial isolates and strain studied were either local isolate from chickpea root nodules or non- local (Syrian and Turkish) obtained from ICARDA.These isolates were identified and characterized on the basis of colonies morphology and biochemical tests including gram staining, catalase and oxidase tests. The Genetic diversity among the isolates was assessed by RAPD(Randum Amplified Polynorphic DNA)-PCR(Polynerase Chain Reaction) finger printing by using five primers. The RAPD result showed high ability to detect genetic polymorphism in Rhizobia and have the ability to generated unique bands (marker) especially in Shiekhan 3(10)bands Mosle(8)bands isolates that isolated from chickpea plants .

تمت الدراسة الحالية في مختبرات التقانات الإحيائية في المركز الوطني للزراعة العضوية التابع لوزارة الزراعة حيث تضمنت دراسة عشر عزلات و سلالات من بكتريا الرايزوبيا ، تضمنت عزلات محلية عزلت من العقد الجذرية لنبات الحمص والباقلاء أو غير محلية ذات مصدر سوري أو تركي تم الحصول عليها من منظمه ايكاردا. شخصت العزلات بالاعتماد على المظهر الخارجي والفحوصات الكيموحياتيه عن طريق صبغة كرام و فحصي الأوكسيديز والكاتاليز.درست التغايرات الوراثية للبكتريا على اساس تقنيه ال RAPD-PCR باستخدام خمسه بادئات حيث اظهرت هذه التقنية قدره عاليه للتحري عن التباين الوراثي في الرايزوبيا وقدره البادئات على إظهار حزم مميزه للعزلة وكانت أكثر العزلات التي ظهرت فيها هذه الحزم هي شيخان 3 (10)حزم وموصل (8) حزم والتي عزلت من نباتات الحمص.

Keywords

Rhizobium --- molecular --- RAPD-PCR --- Biochemical


Article
Molecular characterization of Pseudomonas aeruginosa Isolates Isolated from Clinical Patients by Using RAPD-PCR Technique.
التوصيف الجزيئي لعزلات Pseudomonas aeruginosa معزولة من مرضى سريرين باستخدام تقنية RAPD-PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of the present study was the molecular characterization and the evaluation of variability and genetic relationship of six Pseudomonas aeruginosa isolates using PCR-based Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. A total number of 86 samples were collected from patients that hospitalized in Tikrit Teaching Hospital in Tikrit city. These samples were taken from patients basing on the sources of infections, the isolates were taken from: wounds, ear, burns, urine, sputum, and eyes infections. Using enrichment, selective media, and biochemical tests, that characterized and identified as P. aeruginosa. Genomic DNA was extracted from six P. aeruginosa isolates isolated from these different sources. These genomic DNA samples were found to have a suitable concentration and purity for RAPD-PCR analysis. RAPD-PCR technique was performed using 15 different Operon random primers. Eleven primers gave successful amplification results in repeated experiments. As a result, the total number of amplified bands was 270 and the total number of polymorphic bands was 234. The highest number of polymorphic bands (39 bands) was produced by primer OPX-01. The primer efficiency ranged from 3.70 (primer OPA-11) to 14.44 (primer OPX-01) and the discriminatory value ranged from 1.70% (primer OPA-11) to 16.66% (primer OPX-01). In addition, genetic distance and cluster analysis among different P. aeruginosa isolates were estimated by using UPGMA computer program basing on RAPD-PCR banding patterns that obtained in this study. These results suggesting that possible and frequent occurrence of mutations in DNA sequencing P. aeruginosa bacteria from different sources and locations. This study has proved existence genetic differences (DNA polymorphism) among the six P. aeruginosa isolates isolated from different sources. Therefore, we can say that RAPD technique could be an efficient technique for studying the molecular characterization and the epidemiology of P. aeruginosa bacteria.

هدفت هذه الدراسة إلى إجراء التوصيف الجزيئي وتقييم درجة التباين والعلاقة الوراثية لست عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa باستخدام تقنية RAPD-PCRالمعتمدة على التضخيم العشوائي المتعدد الأشكال لسلسة ألدنا. جمعت 86 عينة من المرضى الوافدين إلى مستشفى تكريت التعليمي في مدينة تكريت. أخذت هذه العينات من مصادر مختلفة واعتمادا" على مصدر الإصابة أخذت العزلات من الجروح،الأذن،الحروق،البول،البلغم والعيون. عزلت وشخصت بكتريا P. aeruginosa باستخدام الأوساط الاغنائية والانتخابية بالإضافة إلى الاختبارات الكيموحيوية. تم عزل ألدنا المجيني بنجاح من عزلات P. aeruginosaالستة المعزولة من مصادر مختلفة بتركيز ونقاوة مناسبة لاستعماله في تفاعلات تقنية .RAPD-PCR أنجزت تقنية RAPD-PCR باستخدام 15 بادئ عشوائي مختلف وأظهرت النتائج أن 11 بادئا" أعطت نتائج ناجحة من التجارب المتكررة.كنتيجة، العدد الكلي للحزم المتضاعفة كان270 والعدد الكلي للحزم المتباينة كان 234 حزمة. أعلى عدد من الحزم المتباينة أنتج من قبل البادئ OPX-01(39 حزمة)، تراوحت كفاءة البادئات مابين 3.7 للبادئ OPA-11 إلى 14.44 للبادئ OPX-01، أما قوة التباين فتراوحت مابين 1.7% للبادئ OPA-11 إلى 16.66% للبادئ .OPX-01 بالإضافة إلى، تحديد البعد الوراثي والتباين العرقي لعزلات P. aeruginosa باستخدام برنامج UPGMA الحاسوبي اعتمادا" على أنماط التضاعف المستحصلة من هذه الدراسة باستخدام تقنية التضاعف العشوائي متعدد الأشكال لسلسة ألدنا (RAPD-PCR ).تقترح هذه النتائج حدوث تغيرات وطفرات وراثية محتملة ومتكررة في تسلسل ألدنا لبكتريا P. aeruginosa من المصادر والمناطق المختلفة. أثبتت هذه الدراسة بوضوح وجود اختلافات وراثية على مستوى ألدنا بين عزلات P. aeruginosa الستة المعزولة من المصادر المختلفة. لذلك يمكن القول أن تقنية RAPD-PCR تقنية فعالة لدراسة التوصيف الجزيئي ووبائية بكتريا P. aeruginosa.


Article
Isolation and Identification of Lactobacillus Using Biochemical and Molecular Methods

Author: Balqees Yehya Soofy , Khalid Daham Ahmed
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2019 Volume: 18 Issue: 2 Pages: 116-125
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The present study includes isolation of fifteen isolates of lactic acid bacteria )LAB) from animals milk (cows, sheeps and human's milk). These isolates were identified using morphological and biochemical tests, the results revealed that all the isolates belong to the Lactobacillus genus. In addition, the genetic variations were analyzed among these bacterial isolates by polymerase chain reaction technique random ampilification of polymorphic DNA (RAPD PCR) and the results, showed that diversity among these isolates exist at high level which may be related to the source of these bacteria.


Article
Molecular Investigation of Genetic Polymorphisms in Type 2 Diabetic Patients Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD-PCR)
التحري الجزيئي عن التغايرات الوراثيه في مرضى السكري نوع 2 بأستخدام تضاعف الدنا متعدد الاشكال العشوائي لانزيم بلمرة الحامض النووي

Loading...
Loading...
Abstract

To find DNA markers associated with Type 2 diabetes mellitus (T2D) using RAPD-PCR (Random amplified polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction). Peripheral blood samples were collected from 12 unrelated Iraqis with type 2 diabetes mellitus and 10 apparently healthy individuals (control subjects). DNA was extracted and amplified using RAPD-PCR. Out of the 16 primers used, 3 did not produce amplification patterns. Seven primers produced monomorphic bands while 6 primers namely A10, A18, C5, D20, R3 and R4 produced polymorphic DNA profiles. The highest discriminatory power was produced by primers A18 and D20 reaching 25%. Primer D20 produced the highest number of bands (16) and largest molecular weight band 2.470Kb whilst primer A10 produced the lowest number of bands (3) and primer R4 the smallest molecular weight band of 0.296Kb. Furthermore a band of 1.056 Kb was produced by primer R4 with frequency of 100% in diabetic patients and total absence in control subjects. The total length of the genome screened was approximately 118.661Kb, 40% of which represent polymorphisms. In conclusion Polymorphisms between diabetic patients and control subjects can be detected by RAPD-PCR and DNA markers associated with type 2 diabetes mellitus can be found using the same technique.

تهدف هذه الدراسه الى ايجاد مؤشرات وراثيه من الحامض النووي ذات علاقه بداء السكري من النوع الثاني بأستخدام تضاعف الحامض النووي متعدد الاشكال العشو ائي لانزيم بلمرة الحامض النووي. جمعت نماذج من الدم المحيطي لاثني عشر مريضا بداء السكري النوع الثاني لاتربط بينهم علاقه قربى و عشرة اشخاص اصحاء بالنسبه للمرض كنماذج سيطره بعد استخلاص الحامض النووي وتكثيره بتفاعل البلمره. من بين الـ 16 بادئا التي أستخدمت في هذه الدراسه, ثلاثه بادئات لم تعطي اي نتيجه تضاعف, فيمااعطت سبعة بادئات نمط تضاعفي غيرمتغايرفي حين اعطت ستة بادئات نمط تضاعفي متعدد الاشكال وهي 10A, 18A, 5C, 20D, 3R و 4R. سجلت اعلى قوه تمييزية بين البادئات للبادئ 18A و 20D حيث وصلت الى 25% و اعطى البادئ 20D اكبر عدد من الحزم (16حزمه) كذلك اعطى اكبر حجم بين الحزم المتضاعفه 2.470 كيلو قاعده بينما اعطى البادئ 10A اقل عدد من الحزم و سجلت للبادئ 4R اصغر حزمه متضاعفه بحجم 0.296 كيلو قاعده. اضافة الى ذلك انتجت حزمه من للبادئ 4R بتكرار 100% في مرضى السكري و غابت تماما في نماذج السيطره .تم التحري عن ما يقرب 118.661 كيلو قاعده من الحامض النووي الكلي للانسان مثلت 40% منها تغايرات وراثيه.نستنتج بانه يمكن التحري عن التغايرات الوراثيه في مرضى السكري نوع 2 باستخدام طريقه تضاعف الحامض النووي متعدد الاشكال العشوائي لانزيم بلمرة الحامض النووي كما وانه بالامكان ايجاد مؤشرات وراثية من الحامض النووي لمرضى السكري نوع 2 بأستخدام نفس التقنيه.


Article
Genetic Diversity Analysis for a Number of Broad Bean (Vicia faba) Genotypes and Their Di Alleles Hybrids Using RAPD-PCR Markers
تحليل التنوع الوراثي لعدد من التراكيب الوراثية لنبات الباقلاء (Vicia faba) وهجنها الفردية باستخدام تقانة الـRAPD-PCR

Authors: Rafae Z .Mukhlif Al-Sugmiany رافع زيدان مخلف السكماني --- Jassim M. Azez. AL-Joburi جاسم محمد عزيز الجبوري --- Akeel H. Ali Al-Assie عقيل حسين علي العاصي
Journal: Tikrit Journal for Agricultural Sciences مجلة تكريت للعلوم الزراعية ISSN: 18131646 Year: 2017 Volume: 17 Issue: وقائع المؤتمر العلمي السادس للعلوم الزراعية Pages: 579-595
Publisher: Tikrit University جامعة تكريت

Loading...
Loading...
Abstract

In this study, eight Vicia faba genotypes from ICARDA as parents and their 28 half di alleles hybrids, carried in order to determine the DNA fingerprinting and genetic distance of these genotypes and hybrids. The concentration and purity of isolated DNA was in required rang. RAPD marker used in this study with 17 primers produced 132 loci, 119 loci of them were mix bands between parents & hybrids and 13 loci were main bands for all, which represent 90% and 10% respectively. Primers OPP-01, OPG-11and OPW-09 had the highest number of loci was 12, while the primer OPC-05 gave the lowest number of loci was only four. Those primers produced 2272 bands with all samples (parents and hybrids), (432) of them were main bands and 1840 were polymorphism bands represent 19% and 81% respectively. In general, the primers produced 10 unique bands and 8 were absent. Depending on the genetic distance, results show three different status of the hybrids, the first one has same distance between the parents, whilst the second hybrids were nearby to either parent and away from the others, as for the third hybrids case are move away of both parents genetically, and this shows that the hybrid has not inherit genetic material regularly from the both parents.

استخدم في هذه الدراسة ثمان تراكيب وراثية من منظمة ICARDA كآباء و(28) هجيناً فردياً ناتج من التهجين التبادلي النصفي لنفس الاباء، وذلك لتحليل تنوعها الوراثي من خلال تحديد البصمة الوراثية والبعد الوراثي لها ، تم عزل الـDNA من الاوراق والحصول على التركيز والنقاوة المطلوبة ، كما استخدمت في هذه الدراسة (17) بادئا لمؤشرات الـRAPD، أنتجت تلك البادئات (132) موقع تعرفي كان منها (119) موقع أنتج حزم متباينة بين الاباء والهجن بنسبة 90% من مجموع المواقع و(13) موقع أنتج حزم عامة لجميع الهجن و أباءها وبنسبة 10%. وأنتجت البادئات (OPP-01،OPG-11،OPW-09) أعلى عدد للمواقع بلغ (12) موقع أما البادئ OPC-05 فقد أعطى أقل عدد من المواقع بلغ (4) مواقع. أنتجت تلك البادئات (2272) حزمة لجميع العينات (الآباء و الهجن) توزعت على نوعين من الحزم فكان منها (432) حزمة عامة بنسبة 19% من مجموع الحزم و (1840) حزمة متباينة بنسبة 81% من مجموع الحزم، وأنتجت أغلب البادئات حزما مميزة للهجن كان مجموعها (18) حزمة كان منها (10) حزم فريدة و(8) حزم غائبة. و يتضح من خلال نتائج البعد الوراثي أن الهجين الناتج يكون بثلاث حالات الحالة الاولى يقترب الهجين الى الابوين ويكون وسطاً بينهما، وفي الحالة الثانية يقترب الهجين من أحد الابوين ويبتعد عن الأخر، أما الحالة الثالثة هي ابتعاد الهجين من كلا الابوين وراثياً وهذا يدل على أن الهجين لم يورث جيناته بانتظام من كلاهما.


Article
Effect of Adding Grinded Flax Seed to The Diet on Productive Performance and Some Hematological Traits in Different Lines of Local Quails
تأثير اضافة مستويات مختلفة من بذور الكتان المطحون في بعض الصفات الانتاجية والدمية لثلاث خطوط من طائر السمان

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to investigate the effect of a dietary supplementation with two levels of powdered flax seed and the impact of different quails' lines and the influence of diet × line on the productive performance, and some hematological traits. A total of 162 laying quail in three lines of color as white (W); black (B); and yellowish brown (Y) were randomly distributed into three treatment groups with three replicates/treatment/line T0: control (standard diet); T1 and T2 were standard diet supplemented with 3% and 6% flax seed powder (FSP), respectively. The results upon the overall period of rearing showed that: both FI (g/bird/d) and FCR (g feed: g egg) were the lowest in T1 group than both T2 and T0 groups. HDEP (%) and egg mass (g/ hen/d) of T1 group were significantly higher than other groups. Hematological results explain that T1 group owned significantly higher RBC and HCT (%) than both control and T2 groups. Genetic distance results showed that genetic similarity values range between 0.795 to 0.800. According to the UPGMA dendogram test the white line was the most distant than other two lines genetically. Genetic variation refers to the good genetic resources in the local quail. This study is one of the few studies on determining the effect of interaction between diet and line in the local quail in Kurdistan Region of Iraq, also it represents the first study in Erbil province that depending on the use of RAPD - PCR as a tool to genetic diversity for local quail. Generally, can be concluded and recommended that using 3% flaxseed powder has satisfactorily impacts on performance and health in different local quails' lines.

أجريت هذه الدراسة لمعرفة تأثير إضافة مستويين من بذور الكتان المطحون وتأثير اختلاف خطوط السمان المحلي بالإضافة الى التداخل بينهما (العليقة × الخطوط) على الاداء الانتاجي وبعض الصفات الدموية. تم توزيع 162 طائر من طيور السمان الى ثلاث خطوط حسب اللون: أبيض (W) ، أسود (B) ، والبني المصفر(Y) عشوائيا على ثلاث معاملات بواقع 3 مكررات/ معاملة/لون خط. غذيت الطيور على ثلاث انواع من العلائق T0: معاملة السيطرة ؛ اما المعاملتين T1 و T2 فقد اضيف لهما مطحون بذور الكتان ً بنسبة 3٪ و 6٪ على التوالى.طول فترة التجربة أظهرت النتائج بان الاضافة للمعاملة الاولى T1 ادت الى تقليل كل من معدل استهلاك العلف وكفاءة التحويل الغذائي معنويا مقارنة بمعاملة السيطرة والمعاملة الثانية. المعاملة الاولى T1 رفعت معنويا كلا من نسبة انتاج البيض اليوميHDEP% وكتلة البيض، مقارنة بكلتا المعاملتين المقارنة و المعاملة الثانية T2. كانت نتائج صفات الدم المتمثلة بعدد كريات الدم الحمراء RBC و الهيماتوكريت HCT الاعلى معنويا في المعاملة الاولى T1 مقارنة بالمجموعتين الاخريتين. أوضحت نتائج المسافة الوراثية أن قيم التشابه الوراثي تتراوح بين 0.795 إلى 0.800. اعتمادا على UPGMA dendogram تبين بأن الخط الابيض كان الاكثر بعدا من الخطين الاخرين وراثيا. الاختلافات الجينية تشير إلى الموارد الوراثية الجيدة في خطوط السمان المحلي. تعتبر هذه الدراسة واحدة من الدراسات القليلة عن تحديد أثر التفاعل بين النظام الغذائي والخط في السمان المحلي في إقليم كردستان العراق، كما أنها تمثل أول دراسة في محافظة أربيل تعتمد على استخدام RAPD - PCR كأداة إلى التنوع الوراثي للسمان المحلي. بشكل عام، نستنتج ونوصي باستخدام مطحون بذور الكتان بنسبة 3٪ لما له من تأثير مرض وايجابي على الأداء الانتاجي والصحي في مختلف خطوط السمان المحلية.


Article
Evaluation of Random Amplified Polymorphic DNA as a Genetic Indicator of Salt Tolerance in Iraqi Wheat
تقييم التضاعف العشوائي متعدد الإشكال لسلسله الدنا للاستدلال على أصناف الحنطة المتحملة للملوحة في العراق

Author: Rawaa Ali Zahid رواء علي زاهد
Journal: Tikrit Journal of Pure Science مجلة تكريت للعلوم الصرفة ISSN: 18131662 Year: 2011 Volume: 16 Issue: 4 Pages: 12-18
Publisher: Tikrit University جامعة تكريت

Loading...
Loading...
Abstract

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was utilized in order to generate information on polymorphism, genetic relatedness and diversity in two local salt tolerant wheat varieties Dijlah and Furat collected from different locations in Iraq( Latyfia, Twaitha and Hasoa) compared to three local non-salt tolerant varieties Tahdi, Tamose2 and Nakhoa for breeding purposes. Out of the 23 random decamer primers used, 15 primers produced monomorphic and polymorphic amplification patterns. Primers A11 and N16b showed the highest efficiency of 0.069, primer A11also showed the highest discriminatory power of 24.3%. Data obtained were used find the genetic distance and construct the dendogram. There was 26% polymorphism between the studied cultivars. In addition to that we were able to fingerprint seven cultivars.

استخدمت تقنيه التضاعف العشوائي متعدد الاشكال لسلسله الدنا للكشف عن التباينات الوراثيه و التقارب الوراثي و التنوع في صنفين متحملين للملوحه(دجله والفرات) والتي جمعت من مواقع مختلفه من جنوب وجنوب شرق بغداد (اللطيفيه,التويثه والحصوه) وقورنت بثلاثه اصناف محليه غير متحمله للملوحه (تحدي, تموز 2و نخوه ) و ذلك لاغراض التربيه. تم استخدام 23 بادئا عشوائيا مختلفا, 15منها انتجت انماط تكثير متجانسه و متغايره . البادئات 11А,b16N اظهرت اعلى كفاءة تكثير كما وان البادئ 11А أظهر اعلى قوه تمييزيه بلغت 24.3% . المعلومات التي تم الحصول عليها استخدمت لايجاد التباعد الوراثي وتركيب مخطط التحليل التجميعي حيث وجد ان هناك 26% تغاير وراثي بين الاصناف المدروسه كما وتم تحديد البصمه الوراثيه لسبعه اصناف من قبل عده بادئات.


Article
Antimicrobial resistance pattern and RAPD profile of Salmonella Ohio isolated from broiler farms in Al-Najaf and Al-Muthana provinces
نمط المقاومة للمضادات الجرثومية و هيئة الـRAPD لجراثيم السالمونيلا اوهايو المعزولة من مزارع دجاج اللحم في محافظة النجف الأشرف والمثنى

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract: The present study aimed to investigate the molecular epidemiology and resistance patterns of S. Ohio isolates. All the Ohio isolates were resistant to more than three of the antibiotics, upto 10 antimicrobial agents. Overall, the highest proportions were found for resistance to the following agents: Tetracycline (100%), Nalidixic acid (94.7%), Doxycycline (94.7%), low level resistance to Ciprofloxacin (89.4%),Kanamycin (84.2%), Sulphafurazole (78.9%), and Co-Trimoxazole(52.6%).A total of 11 (DI = 0.958) antimicrobial resistance patterns were observed among 19 isolates of S. Ohio, with a MAR index value ranged between 0.2 to 0.43. The frequency of resistance to Te/Cip/Na/Dox was found in 17 (90%) of the 19 MDR S. Ohio isolates. Genotyping of S. Ohio isolates using 10-mer arbitrary primer, p1254 revealed five RAPD types, denoted by English letters from A to E yielding DI of 0.53, whereas RAPD analysis with primer OPA-4 discriminated only four patterns which assigned F to I (figure), yielding DI of 0.44. When the results of RAPD (with two primers) and antibiotic susceptibility tests are combined, 19 isolates of S. Ohio could be divided into 12 different profiles (DI=0.97). The finding of this study indicated that the broiler chicken can serve as a zoonotic reservoir of MDR bacteria which can be transmitted to human. This is an important implication for human health, because infections with MDR bacteria are difficult to treat and often requires expensive and long term therapy. The RAPD technique can be a useful tool for the analysis of S. Ohio strains. The method might be used as easy, faster, and cost-effective tool for molecular epidemiology research in each laboratory.

الخلاصة: تهدف الدراسة الحالية الى استقصاء الوبائية الجزيئية وأنماط المقاومة لجراثيم السالمونيلا اوهايو. أظهرت الدراسة إن جميع عزلات الأوهايو مقاومة لأكثر من ثلاثة من المضادات الحيوية المدروسة، وقد تصل الى لـ 10من المضادات الحيوية. عموماً ، فان أعلى نسب المقاومة كانت للتتراسايكلين (100%)، حامض الناليدكسك (94,78%)، الدوكسي سايكلين (94,78%) ،المستوى المنخفض من المقاومة للسايبروفلوكساسين (89.4%)،الكنامايسين (84,2%)، السلفا (78,9%)، و الكوترايموكسازول (52,6%). أظهرت عزلات S. Ohio (19 عزلة) احد عشر نمطاً مختلفاً من انماط المقاومة المتعددة للمضادات ( معدل مؤشر التنوع DI=0,958). وقد تراوحت قيمة مؤشر المقاومة المتعددة (MAR) ما بين 0,2 – 0,43. كما لوحظ أن تكرار المقاومة المتعدة للمضادات (التتراسايكلين، سايبروفلوكساسين، حامض الناليدكسك، و الدوكسي سايكلين) قد تكرر في 17 (90%) عزلة من أصل 19 عزلة S. Ohio متعددة المقاومة. أظهر التنميط الجيني لعزلات S. Ohio باستخدام بادئ 1254p، لتقنية الRAPD، وجود خمسة أنماط جينية أعطية حروف انكليزية من أ الى هـ وكانت قيمة مؤشر التنوع للتقنية (DI=0,53)، بينما تم الحصول على أربعة أنماط جينية (و إلى ي) فقط وبمؤشر تنوع DI=0,44 وذلك باستخدام بادئ (OPA-4). ارتفعت قيمة مؤشر التنوع إلى 0,97 حينما تم دمج نتائج تقنية ال RAPD ( باستخدام البادئين معاً) ونتائج فحص المضادات الحيوية وبذلك فقد تنوعت سلالات ال S. Ohio إلى 12 صورة مختلفة. أشارت نتائج هذه الدراسة ان فروج اللحم يمكن إن يكون مضيف خازن للجراثيم المشتركة متعددة المقاومة والتي يمكن أن تنتقل للإنسان، وهذا يتضمن خطراً على صحة الإنسان لأن الإصابة بهذه الجراثيم تكون صعبة العلاج وغالبا ما تحتاج إلى فترة علاج طويلة ومكلفة. إن تقنية الـ RAPD يمكن استخدامها بشكل عملي ومفيد في تحليل سلالات الـ S. Ohio. و يمكن استخدامها لأجراء البحوث الوبائية داخل كل مختبر على حدة وذلك لرخصها وسهولتها.


Article
GENETIC DIVERSITY ANALYSIS FOR NUMBER OF DATE PALM VARIETIES IN AL-ANBAR USING THE RAPD-PCR TECHNIQUE
تحليل التنوع الوراثي لعدد من أصناف نخيل التمر في الأنبار باستخدام مؤشر RAPD-PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The present study deals with the application of RAPD markers to study ten varieties of date palm in order to determine the genetic relationship and genetic distance among them. also aimed to determine the DNA fingerprinting for some of them. DNA was isolated from fresh leaves of date palm trees using CTAB method. The purity of DNA is ( 1.6-1.85 ) RAPD reactions had been conducted by using 12 primers. Three of them had not been detected, i.e. link sites which include OPN-16, OPZ-7 and OPF-10. Other nine primers show 617 bands 200 of them are main bands and 417 are a variety of Polymorphic bands. The primer OPW 13 has recorded the highest number of binding sites that makes 89 bands. The lower number of binding sites noticed 48 bands of the primer OPN 14. The ( Jouzi) cultivar has recorded the highest number of binding sites making 7 bands. The variety (Barban), however, is characterized with having the least number of binding sites by 40 bands.The results of genetic distance of the RAPD interactions had revealed that the minimum value of the genetic distance (0.0966) are between the two cultivar ( Ashrasee 8) and ( Dakwani 9), the highest value of genetic distance is (0.3214) between the two varieties ( Uwainat Ayyub 6) and ( Braban10). According to these values and regarding to genetic relationship , ten varieties had been classified into three main groups, the first group had included the variety( Ashrasi 8), ( Dakwani 9) and (Braban 10). The second group includes the two varieties ( Um Balaleez 2) and ( Asabia Alaroos 5). The third group includes two single varieties that include ( Assabia Alaroos 5) and ( Jouzi 4) and ( Maya 7). The second group includes the varieties ( Tibarzal, ( Khiarah 3) and( Uwaynat Ayyub 6)

تناولت الدراسة تحليل التنوع الوراثي من خلال تحديد العلاقة الوراثية والبعد الوراثي بين عشرة أصناف من نخيل التمر, مع تحديد البصمة الوراثية لبعض الأصناف باستخدام مؤشر الـRAPD.استخلص الـ DNA من الأوراق الفتية لأصناف النخيل المدروسة باستخدام طريقة CTAB , بنقاوة تراوحت ( 1.85-1.6 ) وانتجت تفاعلات الـRAPD ان هناك ثلاث بادئات من اصل 12 بادئا لم تُظهر أي موقع ارتباط وهي OPF-10 و OPN-16 و OPZ-7 , أما التسع الباقية فقد أظهرت 617 حزمة, منها 200 حزمة عامة بنسبة مئوية 32.41 % و417 حزمة متباينة بنسبة مئوية 67.58 % , وسجل البادئ OPW-13 أعلى عدد من مواقع الارتباط , بواقع 89 حزمة وبنسبة مئوية 14.42 % , و أقل عدد مواقع ارتباط فكانت 48 حزمة بنسبة مئوية 7.77% في البادئ OPN-14 , وسجل الصنف جوزي (4) أعلى عدد من مواقع الارتباط بواقع 70 حزمة بنسبة مئوية 11.34 % , أما الصنف بربن (10) فامتاز بامتلاكه اقل عدد من مواقع الارتباط بـ 40 حزمة وبنسبة مئوية 6.48 % .أظهرت نتائج البعد الوراثي لتفاعلات الـ RAPD أن أقل قيمة للبعد الوراثي ( 0.0966 ) كانت بين الصنفين أشرسي(8) ودكواني(9) و أعلى قيمة بعد وراثي كانت ( 0.3241) بين الصنفين عوينة أيوب (6) وبربن ((10 وبالاستناد إلى هذه القيم تم ايجاد العلاقة الوراثية حيث قسمت الأصناف العشرة إلى ثلاث مجاميع رئيسية ضمت المجموعة الاولى الأصناف أشرسي (8) , دكواني(9) وبربن ( 10 ) أما المجموعة الثانية فضمت الصنفين أم بلاليز (2) وأصابع العروس (5) و المجموعة الثالثة فضمت مجموعتين فرعيتين شملت الأولى الصنفين جوزي (4) ومايع (7) والثانية شملت الأصناف تبرزل (1) , خيارة(3) وعوينة أيوب (6) .


Article
Molecular identification of Fusarium spp. isolated from tomato plant in Iraq and China

Authors: Iman S. Al-Jaafari --- Adnan I. Al-Badran --- Mohammed A. Fayyadh
Journal: Basrah Journal of Agricultural Sciences مجلة البصرة للعلوم الزراعية ISSN: 18175868 Year: 2017 Volume: 30 Issue: 1 Pages: 65-72
Publisher: Basrah University جامعة البصرة

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to identify Fusarium spp isolated from tomato plant in Iraq and China. 12 isolates from Iraq and four isolates from China were used in this study. Based on Morphological characteristics (color, growth pattern, Macro and Micro-conidia shape) high differences between Fusarium isolates were found. Sensitivity test to the fungicide carbendazim revealed that one third of isolates(4/12) from Iraq had EC50 values over than 1000µg/ml indicated that many Iraqi isolates have developed resistance to carbendazim. Based on ITS sequences, Fusarium isolates which were isolated from Iraq and China were identified as follow, isolates 1, 3, 5, 6, 7, 10 were identified as Fusarium oxysporum, isolates 8, 11 as F. solani, isolates 12, M1 and M3 as F. moniliforme, isolates 2, M2 and M4 as F. proliferatum, F. chlamydosporum and F. kyushuense respectively. Isolates from1-12 were isolated from Iraq while M1-M4 from China.

Keywords

RAPD-PCR --- Fusarium spp. --- tomato plant --- Iraq --- China.

Listing 1 - 10 of 16 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (16)


Language

English (13)

Arabic (3)


Year
From To Submit

2019 (2)

2018 (2)

2017 (3)

2016 (1)

2015 (1)

More...