research centers


Search results: Found 8

Listing 1 - 8 of 8
Sort by

Article
Molecular Identification and Phylogenetic Analysis of Rotavirus in Children Suffered from diarrhea under Five Years Old in Thi-Qar Provience, of Iraq
تشخيص جزيئي و تحليل الشجرة الوراثية لفيروس الدوار المعزول من الاطفال دون سن الخامسة في محافظة ذي قار

Authors: Basim A. Jarullah2 --- Mohammed N. Fenjan
Journal: Journal of Education for Pure Science مجلة التربية للعلوم الصرفة ISSN: 20736592 Year: 2019 Volume: 9 Issue: 1 Pages: 82-91
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

AbstractThe objective of this study is to determine the frequency of the one most important enteric viruses (rotavirus group A) in stool specimens of children aged less than five years, The age ,sex related distribution, seasonal pattern and clinical symptoms. A total of 100 fecal specimens (including 63 males and 37 females) are collected from infants and children under five years of age in Thi-Qar Province south of Iraq during Five Months (From November 2017 To March2018). According to diarrhea suffered children which revealed that 45% are caused by Rotavirus, the frequency of male children patients with diarrhea caused by rotavirus was higher than their female. The samples are categorized into eight groups according to the age of the children: 1-5 months, 6-10 months, 11-15months, 16-20 months, 21-25 months, 26-30 months, 31-35 months and 36-40 months. Age specific frequency in children patients with diarrhea, caused by rotavirus is high in aged 11-15 months. According to results the percentage of infection with rotavirus show that 16 (35.6%) children are fed on Breast feeding, 22 (48.9%) children are fed on bottle feeding and 7 (15.6%) children are fed on mixed feeding. RT-qPCR is performed for detection of Rotavirus based on VP6 gene. Also RT-PCR technique is performed on some positive isolates in RT-qPCR method that used for Rotavirus genotyping by using DNA sequencing analysis. In Rotavirus phylogenetic tree analysis, results are show that the local Rotavirus isolate (IQ-C1) are closed related to NCBI-Blast Rotavirus (JQ069617.1) (EF472951.1).

الخلاصةهذه الدراسة صممت لتحديد واحد من الفيروسات المعوية الأكثر أهميةrotavirus) ) في عينات البراز في الأطفال الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات. وزعت العينات تبعا للعمر,الجنس,الموسم,مكان المعيشة والعلامات السريرية. المجموع الكلي لعينات البراز كان 100عينة(63 ذكور و 37إناث) والتي جمعت من الأطفال والرضع في محافظة ذي قار جنوب العراق خلال 5أشهر من شهر تشرين الثاني 2017إلى آذار 2018. وجد ان نسبة الأطفال الذين يعانون من الإسهال الناتج عن الإصابة ب rotavirus كانت 45% حيث ان الإصابة الأكثر تكرار كانت في الذكور مقارنة مع الإناث. صنفت العينات الى 8 مجموعات تبعا الى اعمار الاطفال من 5-1شهر, من 10-6 شهر 15-11شهر, 20-16شهر,25-21 شهر, 30-26 شهر, 35-31 شهر, 40-36 شهر حيث ان العمر الأكثر عرضة للاصابة بهذا الفايروس كان 11-15 شهر. تبعا للنتائج كانت نسبة الإصابة ب rotavirus بالاعتماد على نوع التغذية ((16 طفل (35.6%) تغذيتهم كانت طبيعية, (22) طفل 48.9%)) كانت تغذيتهم صناعية و(7) أطفال (15.6%) كانت تغذيتهم مختلطة. تم استخدام جهاز RT-qPCR لتحديد الفايروس بالاعتماد على جينات المحفظة للفيروس وأيضا استخدمت تقنية conventional RT.PCR على العينات التي كانت موجبة باستخدام تقنية RT.qPCR لمعرفة التتابع النيوكليوتيدي بطريقة DNA sequencing. اظهرت نتائج تحليل الشجرة الوراثية لل rotavirusللعزلات المحلية علاقة مقربة منNCBl-Blast rotavirus (JQ069617.1)(EF472951.1).


Article
Diagnosis of reovirus infection in broiler breeders flocks by using PCR technique in Erbil province
تشخيص الإصابة بفيروس الريو في أمهات فروج اللحم باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل في محافظة أربيل

Author: F.A. Isihak فنار ابلحد اسحق
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894/20711255 Year: 2020 Volume: 34 Issue: 1 Pages: 77-81
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

Avian reoviruses can infect birds without any clinical signs of infection, the infection may associate with different manifestations including viral arthritis/tenosynovitis and malabsorption syndrome. The objective of this study was to use advance methods representing by molecular methods (RT-PCR, RT-qPCR) in the diagnosis of ARV infection in broiler breeders' flocks. A 4 flocks of broiler breeders (ROSS breed) 39 weeks age with approximately 10% morbidity rate due to Avian Reovirus (ARV). The clinical examination of 16 infected birds revealed unilateral lameness and swelling of hock joint. Blood samples were collected from wing vein of infected birds. Sera were tested for antibodies titer against ARV and Mycoplasma synoviae (MS). 5 of 16 positive samples were selected randomly for amplification by RT-PCR and RT-qPCR. The results showed in postmortem examination of infected birds, unilateral arthritis with visible joint lesions. Antibodies titer measured by ELISA in the sera of birds after 4 and 20 weeks of infection with ARV was positive and high. In RT- PCR 1 of 5 samples gave positive reaction for amplification while in RT-qPCR all five samples gave positive results for amplification in comparison with +ve and -ve control.

تعد مجموعة فيروسات الریو ذات أهمية اقتصادية لصناعة الدواجن ویمكن أن تصيب الطيور دون أن تحدث أية علامات للمرض، ولكنها ترتبط أيضاً مع مجموعة متنوعة من الإصابات المرضیة بما في ذلك التهاب المفاصل الفيروسي والأمراض المعویة ومتلازمة سوء الامتصاص. تضمنت الدراسة أربعة قطعان من أمهات فروج اللحم من سلالة روز بعمر 39 أسبوعاً مع معدل إصابة 10٪ تقريباً بسبب فيروس الریو. أظهر الفحوصات السريرية الى 16 طائر مصاب بوجود العرج أحادي الجانب وتورم مفصل العرقوب. تم جمع عينات الدم من الوريد الجناحي للطيور المصابة. تم اختبار عينات المصل للكشف عن الأجسام المضادة ضد فيروس الريو والمايكوبلازما. تم اختيار خمس عينات موجبة عشوائيا للفحص بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل بنوعيه RT-PCR و RRT-PCR. وأظهرت النتائج في الفحص العياني للطيور المصابة والنافقة وجود التهاب المفاصل أحادي الجانب مع آفات واضحة في المفصل. كان معيار الأجسام المضادة والمقاسة بواسطة اختبار الاليزا في مصل الطيور بعد 4 و 20 أسبوعا من الخمج بفيروس الريو إيجابية وعالية. وفي اختبار RT-PCR التقليدي فان عينة واحدة من اصل خمس عينات أعطت نتيجة إيجابية للتضخيم، بينما في اختبار RRT-PCR أعطت كل العينات الخمسة نتائج إيجابية للتضخيم بالمقارنة مع السيطرة الموجبة والسالبة. نستنتج من الدراسة الحالية أن الخمج بفيروس الریو هو العامل المسبب في التهاب المفاصل في هذه القطعان وأن RRT-PCR هو أداة حساسة للغاية في تشخيص الإصابة بفيروس الريو مقارنة باختبار RT-PCR.

Keywords

Reovirus --- Broiler breeders --- RT-PCR --- RT-qPCR


Article
Detection of Norovirus and Rotavirus in Children under Five Years During Winter 2012-2013 in Mosul Province

Authors: Nadira Salman Mohamed --- Mohammed Fadhel Hameed --- Haider Khadum Al-Rubai
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2016 Volume: 19 Issue: 3 Pages: 101-107
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

The identifying the viral agents such as norovirus genogroup I (NVGI), norovirus genogroup II (NVGII) and rotavirus (RV) is critical to the development of effective preventive measures. This study aimed to determine the prevalence of common enteric viruses in children <5 years old presented with diarrhea in Mosul Governorate. Due to the lack of recent reports on surveillance of ro¬tavirus and norovirus infection in, One hundred fecal samples were collected between December 2012 to March 2013 from children <5 years of age who presented with acute gastroenteritis in the Al-Salam hospital and Al-Madena clinical laboratory in Mosul .All samples were tested for rotavirus using latex agglutination test, and norovirus using (RT-qPCR) for NVGI and NVGII. Enteric viruses were detected in 42 out of the 100 (42%) children who presented with acute diarrhea. In that 42 samples positive for enteric viruses, at least one viral agent was found. NVGII was the most frequent virus identified in 24cases (57.14%), followed by rotavirus in 14 cases (33.33%), and NVGI in 4 cases (9.52%). The result demonstrated a high prevalence infection with the both viruses in age group under 1years with high incidence of 22 Bottle-Feed 22 cases (52.37%).Norovirus and Rotavirus co-infection was occurred in 9 cases presented 21.24% of all cases.

أن تحديد العوامل الفيروسية مثل فيروس النورو النمط الأول (NVGI) والنمط الثاني (NVGII) والفيروس ألعجلي (RV) أمر بالغ الأهمية لوضع تدابير وقائية فعالة. هذه الدراسة تهدف إلى تحديد مدى انتشار الفيروسات المعوية الشائعة في الأطفال دون 5 سنوات من العمر الذين يعانون الإسهال في محافظة الموصل ونتيجة لعدم وجود تقارير على مراقبة عدوى فيروس النورو والفيروس ألعجلي في الموصل، تم جمع مائة عينات البراز بين ديسمبر 2012 إلى مارس 2013 من الأطفال دون الخامسة من العمر المصابين بالتهاب المعدة والأمعاء الحاد في مستشفى السلام و ومختبر المدينة في الموصل والتحري عن الفيروس ألعجلي باستخدام اختبار تراص اللاتكس، والتحري عن فيروس النورو بنمطيه NVGI و NVGII بتقنية تفاعل البلمرة التسلسلي الآني وتم الكشف عن الفيروسات المعوية في 42 عينة من أصل 100 (42٪) في الأطفال المصابين بالإسهال الحاد في 42 عينة موجبة بوجود احد الفيروسات المعوية. كان النمط الفيروس NVGII الأكثر شيوعا بينهم أذ تم تحديده في 24 حالة (57.14٪)، تلاه الفيروس ألعجلي في 14 حالة (33.33٪)، وNVGI في 4 حالات (9.52٪.( أظهرت نتيجة العدوى انتشار عالي للفيروسات على حد سواء في الفئة العمرية أقل من 1 سنة مع ارتفاع معدل الإصابة في تغذية الزجاجة 22 حالة (52.37٪) وقد وجدت الإصابات المشتركة بكلا الفيروسين ألعجلي والنورو في 9 حالات (21.24٪) من جميع الحالات.


Article
MicroRNA-92gene expression in epithelial ovarian cancer using a novel Real-Time Polymerase change reaction

Author: Shoroq Mohammed AL-Temimi
Journal: Muthanna Medical Journal مجلة المثنى الطبية ISSN: 2226146x Year: 2016 Volume: 3 Issue: 1 Pages: 23-33
Publisher: Al-Muthanna University جامعة المثنى

Loading...
Loading...
Abstract

MiR–92 is one of six miRs encoded by the miR-17-92 cluster and its one of the best-characterized oncogenic miR clusters. A role for miR-92 in the pathogenesis of human cancers has been implicated by the high incidence of amplification in multiple neoplasm. The objective of this study is to estimation the miR-92 gene expression levels in both fresh tissues and serum ofsame ovarian cancer patients by using stem-loop follow by Taq-Man Real Time PCR (RT-PCR) technique and correlate the miR-92 gene expression with stages and lymph node involvement of ovarian cancer patients. Stem-Loop RT-PCR was performed to identify the level of miR-92 gene expression in both fresh tissues and serum of same ovarian cancer patients. The expression levels of miR-92 relative to mRNA of GAPDH were determined by using the livak method. Mean fold change of miR-92 was statistical significantly higher in ovarian cancer from precancerous tissues. Mean fold change of serum miR-92 gene expression was higher statistical significantly difference from healthy control , mean fold change of miR-92 in advance stage( III,IV) was higher statistical significantly difference from that early stage (I,II) and mean fold change of miR‑92 in patient with positive lymph node was higher statistical significantly difference from that of negative lymph node .There was no significant associationbetween gene expression of miR-92 and age of patients. Together we concluded that the over-expression of miR-92 were observed in serum patients with epithelial ovarian cancer compared with healthy controls, and miR-92 gene expression levels increased with lymph node involvement and advance stage of epithelial ovarian cancer.


Article
Effect of D-Mannose on Gene Expression of Neuraminidase Produced from Different Clinical Isolates of Pseudomonas aeruginosa
تاثير دي- مانوز على التعبير الجيني للنيورامينيديز المنتج من بعض العزلات السريرية لبكتريا Pseudomonas aeruginosa

Authors: Zina Hashem Shehab زينة هاشم شهاب --- Bahaa Abdullah Laftaah AL-Rubaii بهاء عبدالله لفته الربيعي
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2019 Volume: 16 Issue: 2 Pages: 291-298
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The present work aimed to investigate the neuraminidase (nan1) gene expression in 32 different clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa to explore the role of the enzyme in different types of infection and might give a better understanding of host cell-pathogens interaction. In addition, the effect of monosaccharide D-mannose on neuraminidase gene expression in eight isolates was studied by utilizing a reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). The results demonstrated that the highest expression of nan1 gene was in otitis samples (208,913.81) which were significantly higher than that from other infections (P < 0.01). While, the concentrations of gene copies obtained from urine, sputum and burns samples were 93,535.34, 92,254.64 and 74,029.63respectively. While the least expression in wound samples (32,017.06). This suggests that neuraminidase in ear samples might be more virulent and invasive followed by that from urine, sputum, burns and wounds samples. The considerable interest of addition D-mannose significantly reduced the rate of neuraminidase activity reached fivefold in some isolates. This indicates that D-mannose down regulates nan1 gene expression. Hence, this sugar could be used in the development of potential new antibacterial agents where it acts as a competitive neuraminidase inhibitors.

هدفت الدراسة الحالية الى التحري عن التعبير الجيني لانزيم النيورامينيداز nan1 في 32 عزلة سريرية مختلفة من بكتريا Pseudomonas aeruginosa لفهم دور الإنزيم في أنواع الاصابات المختلفة والذي يمكن أن يعطي فهما أفضل للتفاعل بين الكائن الممرض والخلية المضيفة. وكذلك دراسة تأثيرالسكر الاحادي D-mannoseعلى التعبير الجيني للنيورامينيداز في ثمانية عزلات بطريقة الاستنساخ المعاكس الكمي- تفاعل انزيم البلمرة المتسلسل (RT-qPCR). أظهرت النتائج الحالية أن أعلى تعبير لجين nan1 زاد معنويا في عينات التهاب الأذن وكان ( (208,913.81بينما كانت التراكيزلنسخ الجين 93,535.34 , 92,254.64 و 74,029.63 التي تم الحصول عليها من عينات الادرار ,القشع والحروق على التوالي وكان أقل تعبيرللجين في عينات الجروح ( (32,017.06.هذا يشير إلى أن دور النورامينيداز في عينات الأذن قد يكون أكثرضراوة واجتياحا متبوعًا بدوره في عينات الادرار و القشع وغيرهامن العينات. إن الفائدة الكبيرة من إضافة سكر D-mannose كانت معنوية في تقليل معدل فعالية النورامينيداز الذي انخفض الى خمسة أضعاف في بعض العزلات . هذا يشير إلى أن D-mannose قلل من تعبير الجين nan1 الذي يمكن استخدامه في تطوير عوامل جديدة محتملة مضادة للجراثيم التي تعمل كمثبطات تنافسية للنيورامينيديز.


Article
Circulating microRNA-182 overexpression as a biomarker for breast cancer

Author: Shoroq Mohammed AL-Temimi شروق محمد التميمي
Journal: Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية ISSN: 18170153 Year: 2015 Volume: 11 Issue: 20 Pages: 1-10
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Background:- MiR-182 is one of the most frequently studied cancer-related gene miRs and plays a crucial role in tumorigenesis , progression and may become a potential therapeutic target and biomarker of tumor diagnosis and prognosis.Aim of study:-Estimation of miR-182 gene expression levels in both fresh tissues and serum of same breast cancer patients by using stem-loop follow by Taq-Man real time PCR (RT-PCR) technique and correlate the miR-182 gene expression with ER,PR and Her-2 by IHC technique .Material and methods:- Stem-loop RT-PCR was performed to identify the level of miR-182 gene expression in both fresh tissues and serum of same breast cancer patients . The expression levels of miR-182 relative to mRNA of GAPDH were determined using the livak method . IHC were done for ER,PR and HER-2 .Results:- Mean fold change of miR-182 was statistical significantly higher in breast cancer from paraneoplastic tissues , mean fold change of miR-182 was statistical significantly higher in serum of patients from apparently healthy control and miR‑182 serum level of patients with ER,PR positive was statistical significantly lower compared with the negative patients.Conclusion:- The miR‑182 as a new original diagnostic and prognostic biomarker for breast cancer

يهدف البحث الى دراسة التعبير المعلمة الجزيئية ( miR-182) في نسيج الثدي السرطاني وفي مصلالدم لنفس لمريضة لمعرفة )زيادة اونقصان( على اعتبارها متغير حقيقي عن النسيج الطبيعي وعوامل التنبؤ لسرطانالثدي ولمعرفة ترابط هذا التغير مع ثوابت أخرى مثل عمر المريض وماركرات اخرى . هذه الدراسة هي دراسةتجريبية من الشهر الثالث سنة 3102 الى الشهر الاول سنه 3102 . تم اخذ اربعين زوجا من عينات سرطان الثديومن النسيج الطبيعي حول سرطان الثدي من النساء اللواتي تم استئصال الورم بسبب السرطان وهذه العينات تماخذها في صالة العمليات وكانت العينات طازجة وتم اخذ مصل الدم من نفس المريضات ومن نساء سليمات . تماستخلاص شريط ال RNA ثم بعد ذلك تم فحص جزيئة ال (miR-182) وتم تطبيق الواسم المناعي النسيجيالكيمياوي IHC لهرمون الاستروجين و البروجستين مع her-2 في العينات التي تم وضعها في بلوكات الشمع .جميع الحالات كانت جزيئة ال ( miR-182) مرتفعة في النسيج السرطاني عن ماهو في النسيج الطبيعي وكانت هذهالجزيئة عالية في مصل الدم مريضة سرطان الثدي بلمقارنة مع النساء السليمات كما انه توجد علاقة واضحة معالتعبير الجيني لهرمون الاستروجين والبروجستين مما يدل على ان المعلمة الجزيئية (miR-182) تلعب دورأساسي في تشخيص سرطان الثدي وتشخيص تغير الجيني لهذه المعلمة الجزيية التي تحتاج الى علاج جيني .

Keywords

Breast cancer --- miR-182 --- RT-qPCR --- ER --- PR and HER-2 --- IHC


Article
Reliable Reference Gene for Normalization of RT-qPCR Data in Human Cancer Cell Lines
Subjected to Gene Knockdown.

Author: Inam J. Lafta
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 2 Pages: 55-66
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Quantitative real-time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) has become a valuable molecular technique in biomedical research. The selection of suitable endogenous reference genes is necessary for normalization of target gene expression in RT-qPCR experiments. The aim of this study was to determine the suitability of each 18S rRNA and ACTB as internal control genes for normalization of RT-qPCR data in some human cell lines transfected with small interfering RNA (siRNA). Four cancer cell lines including MCF-7, T47D, MDA-MB-231 and Hela cells along with HEK293 representing an embryonic cell line were depleted of E2F6 using siRNA specific for E2F6 compared to negative control cells, which were transfected with siRNA not specific for any gene. Using RT-qPCR, Ct (threshold cycle) values of 18S and ACTB were determined in transfected cells and compared with control cells. In the selection of the above cell lines, 18S was identified as the most stably expressed reference gene than ACTB in gene knockdown experiments.


Article
Serum MicroRNA-21 High Level Expression in Breast Cancer in Relation to Advance Stage

Author: Shoroq Mohammed AL-Temimi *, Adel Mosa AL-Rekabi **
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 1 Pages: 9-17
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:MiR-21 plays an important role in tumor formation and development , and it has been shown to be a key regulator of oncogenic processes and it may be a useful biomarker for breast cancer .OBJECTIVE: Estimation of miR-21 gene expression levels in both fresh tissues and serum of same breast cancer patients before and after operation by using stem-loop followed by Taq-Man Real Time PCR (RT-PCR) technique and correlate the miR-21 gene expression with stages of breast cancer and lymph node involvement. MATERIAL AND METHODS:Stem-loop RT-PCR was performed to identify the level of miR-21 gene expression in both fresh tissues and serum of same breast cancer patients before and after operation . The expression levels of miR-21 relative to mRNA of GAPDH were determined by using the livak method. RESULTS:Mean fold change of miR-21 was significantly higher in breast cancer than that of paracancerous tissues . Before operation ,the mean fold change of serum miR-21gene expression significantly statistical difference from healthy control ,the mean fold change of miR-21 in advance stage( III,IV) was significantly higher than that early stage (I,II) and mean fold change of miR‑21 in positive lymph node was higher than that of negative lymph node . After operation the mean fold change of serum miR-21gene expression was significantly higher than healthy control .A statistically significant difference was noted between advance stage with lymph node involvement and early stage with negative lymph node involvement .In contrast , the mean fold change of serum miR-21 was significantly lower from that before operation .CONCLUSION:Circulating miR-21 before and after operation can serve as a good biomarker for breast cancer detection and progression .

Listing 1 - 8 of 8
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (8)


Language

English (7)


Year
From To Submit

2020 (1)

2019 (2)

2017 (2)

2016 (2)

2015 (1)