research centers


Search results: Found 7

Listing 1 - 7 of 7
Sort by

Article
Assessment of Genetic Variations Associated With Susceptibility to Psoriasis Among Iraqi Population

Authors: Mohammad Sabri A. Razzaq --- Mohammad A. K. Al-Saadi --- Mohanad Mohsin Ahmed --- Abeer Thaher Naji
Journal: Karbala Journal of Medicine مجلة كربلاء الطبية ISSN: 19905483 Year: 2015 Volume: 8 Issue: 1 Pages: 2049-2055
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

background: Psoriasis is an immune –mediated, chronic hyperproliferative disease ofthe skin. Genetic association studies have identified multiple psoriasis risk loci;however, the frequency of variations at these loci differs quite strikingly among the populations, suggesting heterogeneity in the genetic susceptibility to psoriasis.Aim of the study: to assess the possible association of selected genetic variants with psoriasis among Iraqis.Methodology: In this case-control study, 50 psoriasis patients and 40 control subjects were enrolled. Peripheral blood was obtained from all patients and control subject and used for extraction of genomic DNA. Amplification Refractory Mutation System (ARMS- PCR) was used to detect 3 SNPs in IL-20RA(Rs1184860, Rs1167846 and Rs1167849), whereas convention PCR was used to assess deletions in late cornified envelope 3B and late certified envelope 3C (LCE3B and LCE3C) genes.Results and Discussion: Nine haplotypes were identified by SNPs atIL-20RA gene; the haplotype TTA (Rs1184860, Rs1167846 and Rs1167849, respectively) was associated with psoriasis 19(38%), whereas the CTA haplotype had a protective effect 12(30%). The frequencies of LCE3B deletion in both patients and control groups were 14(28%) and 20(50%) respectively, while the frequencies of LCE3C deletion were 16(32%) and 20(50%) among patients and control respectively. Statistical analysis revealed a significant association between LCE3B deletion and susceptibility to the psoriasis (P < 0.05). The frequencies of homozygous deletion (LCE3B_LCE3C del) in both patients and control groups were 13(26%) and 9(22.5%) respectively. The statistical analysis had revealed a non significant (P > 0.05) association between LCE3C deletion and homozygous deletion (LCE3B_LCE3C del) with susceptibility to psoriasis.Conclusion:The haplotype TTA of IL-20RA gene has a role in the susceptibility to the psoriasis among Iraqi population.In addition, no association was found between LCE3B_LCE3C deletion and psoriasis in Iraqi population.

Keywords

psoriasis --- IL-20RA --- LCE3C --- LCE3B --- SNPs --- deletion


Article
Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients
التحري عن الطفرات الوراثية ضمن الجين GABRB3 و المرتبطة بالتوحد في مرضى توحد عراقيين

Loading...
Loading...
Abstract

This study was aimed to detect and identify genetic mutations in γ-aminobutyric acid receptor β3 subunit encoding gene (GABRB3) and its association with autism spectrum disorders. Forty autistic patients and 25 non-autistic as control group (5 unaffected sibling and 20 unrelated) with age range from 3 – 10 years were included in this study. Chromosomal DNA was extracted from blood samples followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of two targeted regions which include: (exon2-intron2-exon3) region and (exon 6) region of GABRB3 for subsequent DNA sequencing. Identical bands related to the targeted regions were present in all samples. A sample of PCR products of patients and controls were sequenced. Sequencing results revealed the presence of four different single nucleotide polymorphism (SNPs) in four autistic patients (one SNP in exon2, two SNPs in intron 1 and one SNP in the beginning of intron 3) while four different autistic samples and three from control group had no mutations along this region. Exon 6 showed 100 % sequence identity in all samples (seven autistic and three from control group). The translation of nucleotides sequences into amino acid sequence revealed that the SNP in exon 2 caused a change of amino acid in the polypeptide sequence by changing the codon (AGA) which codes for arginine to (AAA) which codes for lysine. The online software tool, RaptorX was used for the prediction of the three dimensional structure of the polypeptides in which exon 2 carrying one SNP (30 a.a.) showed that 5 (16%) positions predicted as disordered, while the structure prediction of polypeptide translated from exon 3 was not obtained due to its small length (22 a.a.). Structure prediction of polypeptide of exon 6 (46 a.a.) showed that (0%) positions predicted as disordered, considering its lack of mutations. These results suggest the association of the detected SNPs with autism, especially the SNP located in exon 2 considering that it changed the polypeptide three dimensional structure, thus it could possibly alter its function. All SNPs are reported for the first time in this study except the one in intron 3 (rs755863611) which was previously reported.

اجريت هذه الدراسة بهدف التحري عن الطفرات الوراثية في الجين GABRB3 الذي يشفر للوحدة الثانوية بيتا 3 ضمن مستقبل الحامض كاما- امينوبيوتيريك في مرضى طيف التوحد. شملت الدراسة اربعين طفل مصاب بالتوحد و خمس و عشرون اخرين غير مصابين بالتوحد كمجموعة سيطرة ( خمس منهم من اشقاء الاطفال المصابين بالتوحد و عشرون اخرون غرباء) بمعدل عمر يتراوح بين 3 – 10 سنوات. تم استخلاص الحامض النووي منقوص الاوكسجين DNA من عينات دم المشتركين بالدراسة ، و استعملت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR لتضخيم منطقتين ضمن الجين و هي (exon2-intron2-exon3) و (exon 6) و حدد تسلسل القواعد النتروجينية لهذه المناطق لعدد من العينات و لوحظ ظهور اربع تباينات فردية متعددة الاشكال للنيوكليوتيدة (SNP) في اربع عينات لمرضى التوحد (الاول ضمن المنطقة المشفرة exon 2 و اثنان ضمن المنطقة الغير مشفرة intron 1 و الاخير في المنطقة الغير مشفرة intron 3) في حين لم يلاحظ وجود اي تباين من نوع SNP ضمن هذه المناطق في اربع عينات لمرضى التوحد و ثلاث عينات من مجموعة السيطرة. أما بالنسبة للمنطقة المشفرة exon 6 ، فان تتابع القواعد النتروجينية جاء مطابقا بنسبة 100 % مع قاعدة البيانات NCBI ضمن هذه المناطق و لجميع العينات التي تم تحديد التتابع لها ( 7 عينات مرضى توحد و 3 عينات من مجموعة السيطرة ). كشفت عملية ترجمة تسلسل القواعد النتروجينية للاحماض الامينية المشفرة لها عن ان التباين ضمن منطقة exon 2 قد سبب حدوث تغيير في حامض اميني ضمن سلسلة الببتيد المتعدد حيث تغير الكودون (AGA) و الذي يشفر للحامض الاميني الأرجنين الى الكودون (AAA) و الذي يشفر للحامض الاميني اللايسين. استعمل برنامج RaptorX للتنبؤ بالتركيب الثلاثي الابعاد لسلاسل الببتيد المترجمة من كل من المناطق المشفرة و أظهرت نتائج التنبؤ وجود 5 مواقع (16%) غير منتظمة ضمن منطقة exon 2 والمكونة من 30 حامض اميني ، بينما لم تحتوي منطقة exon 6 و المكونة من 46 حامض اميني على اي مناطق غير منتظمة ضمن التركيب الذي تم التنبؤ به لكونها خالية من التباين او الطفرات، اما بالنسبة للمنطقة exon 3 فلكونها قصيرة السلسلة الببتيدية (22 حتامض اميني ) فانه يصعب الحصول على تنبؤ لتركيبها الثلاثي الابعاد .من خلال هذه النتائج يمكن الإشارة الى وجود ارتباط بين التباينات و مرض التوحد و خصوصا الطفرة ضمن المنطقة المشفرة exon 2 بعد الاخذ بالاعتبار كونها سببت حدوث تغيير في تسلسل الببتيد المتعدد و بالتالي تغيير التركيب ثلاثي الابعاد للبروتين مما قد يؤثر على وظيفته. تم التوصل لهذه التباينات (SNPs) لاول مرة ضمن هذه الدراسة ما عدا التباين (rs755863611) ضمن منطقة intron 3 .


Article
USING THE BURIED HERBICIDE METHOD TO CONDUCT GENOME WIDE ASSOCIATION MAPPING FOR ROOT DEPTH IN RICE*
استخدام طريقة دفن مبيد الأعشاب لرسم الخارطة الوراثية لصفة عمق الجذور في الرز

Authors: Z. K. Kadhum زينب كريم كاظم --- A. H. Price آدم برايس --- D. Robinson ديفد ربنسون
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2014 Volume: 45 Issue: 8 - special issue Pages: 940-955
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Rice (Oryza sativa L.) is one of the main staple foods of the world. With the increase of population and the deficit of irrigation water, the increase in rice production that is predicted will be dependent on areas prone to drought. Root depth is important for plant growth and survival during drought because of its role in facilitating water uptake from deep soil layers. By advances in genomics, the plant root systems can be linked to quantitative trait locus (QTLs) information to achieve a most beneficial design of root system architecture. There is a demand to develop and validate techniques that permit estimation of the root system. Therefore, a buried herbicide method at depth 30 cm was used in this study to assess root trait in a total of 325 rice cultivars, allowing high resolution genetic mapping. Using efficient mixed model statistical analysis for genome wide association, four associations were detected two on chromosome 1 and one on each of chromosome 4 and 6. Positional candidate genes underneath QTLs were examined bioinformatically and through the literature revealing several interesting genes which may offer potential for developing drought resistant rice cultivars. Therefore, developing a cost effective high-throughput system that can measure traits related to drought avoidance on a large number of plants would aid genetic studies in breeding and gene identification.

يعد محصول الرز (Oryza sativa L.) واحد من اهم المحاصيل الغذائية في العالم. نظرا لزيادة عدد السكان وشحة المياه في العالم لاسيما في المناطق الزراعيه المائلة للجفاف اصبح من الضروري النظر في تطوير زيادة انتاج المحاصيل الزراعيه في هذه المناطق. يلعب عمق الجذور دور مهم في امتصاص الماء من طبقات التربة العميقة وادامة نمو النبات خلال فترات الجفاف. بالنظر للتقدم العلمي في مجال الوراثه اصبح بالإمكان ربط الصفات الظاهرية للنظام الجذري الى الصفات الكمية (QTLs) من اجل تطوير كفائة النظام الجذري في امتصاص الماء. لذلك اصبح من الضروري تطوير تقنيات تسمح بتقيم الصفات الظاهريه للنظام الجذري. احدى التقنيات التي استخدمت في هذه الدراسة هي طريقة دفن مبيد الاعشاب Diuron على عمق 30 سم لتقييم عمق الجذور ل325 صنف من الرز ثم تحليل البيانات احصائيا باستخدام efficient mixed model analyses. كشفت نتائج التحليل عن اربع مواقع للصفات الكمية لها علاقة بصفة عمق الجذور اثنان على كروموسوم 1 وواحد على كل من كروموسوم 4 و6. فضلا عن ذلك, فقد تم تحديد واختبار الجينات المرشحة تحت هذه المواقع التي يعتقد لها دور مهم جدا لصفة عمق الجذور في محصول الرز من خلال الابحاث العلمية المنشورة. لذلك ايجاد طريقة اقتصادية قليلة الكلفة, سهلة, يتم فيها تقييم اعداد كبيره من اصناف الرز وربط الصفات الظاهرية مع الصفات الكمية تعد من الاهداف المهمة لمربي النبات في مجال مقاومة الجفاف.


Article
Detection of SCN1A Gene Polymorphisms in Epilepsy Children

Author: Laith Abdul Hassan Mohamed-Jawad1
Journal: Almuthanna Journal of Pure Science (MJPS) مجلة المثنى للعلوم الصرفة ISSN: 22263284 Year: 2017 Volume: 4 Issue: 2
Publisher: Al-Muthanna University جامعة المثنى

Loading...
Loading...
Abstract

Febrile seizure is a common convulsions occur in children from 5 months to 6 years of age whose sufferingfrom high temperature. A total of 50 children with febrile seizures and 50 normal control are included in this study.RFLP used to identify the A/G polymorphisms of the SCN1A gene on chromosome 2q24. Results showed that thegenotype proportions and allele frequencies for SCN1A c.3184 A/G in both groups are not significantly. Proportions ofA homozygote, A/G heterozygote, and G homozygote for SCN1A c.3184 A/G were as follows: in patients with FSs,20%, 50%, and 30%, respectively compared to controls (24%, 62%, and 14%, respectively). The allele A and Gfrequencies for SCN1A c.3184 A/G in patients with FSs was 45% and 55% respectively compared to control group. Thefrequency of AG genotype of SCN1A c.3184 A/G polymorphism was non-significant in FSs compared to control group.There was increased in glucose, phosphorus levels and decrease in sodium, chloride levels. The results do not suggestthat SCN1A p. Thr 1067 Ala or c.3184A/G (rs2298771) are susceptibility factors for febrile seizures and the fever playsan important role in causing disturbances in electrolyte balance.


Article
Efficacy of Sliver nanoparticle against pathogenic yeast:Cryptococcus neoformans invivo

Author: Neeran Obied Jasim
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 9 Pages: 2641-2635
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

The objective of this study was to clarify the antifungal efficiency of silver nanoparticles (SNPs) against one of pathogenic yeast ,Cryptococcus neoformans that causes pulmonary cryptococcosis .Nostril experimental exposure of male albino rats to a dose of untreated yeast suspension and adose of treated yeast with SNPs , amphoterin B ,and SNPs combined with amphoterine B (gi,gii,giii and giv) respectively .Results show that SNPs have high antifungal activity against Cryptococcus neoformans ,this is indicated by results of histological effects which show that the histological changes that emerged in lung tissues in control group (gi) had eased or disappeared and these tissues began to rectore natural forms when treated with SNPs and antifungal (gi,giii,giv).Also,there are a significant increase in IFN- g levels and (WBC , RBC ,PLT) count in control group (gi) compared with treated groups (gii,giii,giv), This confirms the effectiveness of inhibitory of SNPs.

كان الهدف من هذه الدراسة هو توضيح الكفاءة المضادة للفطريات من لجزيئات الفضة النانوية ضد واحدة من الخميرة الممرضة، المستخفية المورمة التي تسبب المستخفيات الرئوي ان.Nostril التعرض التجريبي لذكور الجرذان البيضاء لجرعة من معلق الخميرة تعليق غير المعالجة وجرعة من الخميرة المعاملة بتلك الجزيئات مع amphoterin B، بينت النتائج أن جزيئات الفضة النانوية لها نشاط مضاد للفطريات عالي ضد المستخفية المورمة، وهذا ما تشير إليه نتائج الآثار النسيجية والتي تظهر أن التغيرات النسيجية التي ظهرت في أنسجة الرئة في المجموعة الضابطة (GI) قد خفت أو اختفت، وبدأت هذه الأنسجة تستعيد الأشكال الطبيعية عندما تعامل مع جزيئات الفضة ومضاد للفطريات (GI، GIII، GIV). أيضا، هناك زيادة كبيرة في مستويات IFN- وWBC ، RBC، PLT في المجموعة الضابطة (GI) مقارنة مع المجموعات المعالجة (GII، GIII، GIV)، وهذا يؤكد فعالية المثبطة لجزيئات الفضة النانوية .


Article
Study of SNPs in the promoter region of IL-6 gene and other inflammatory markers as predictors of acute appendicitis in Iraqi patients
دراسة تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة في منطقة الباديء لجين IL-6 وغيرها من علامات الالتهاب كمتنبئ لالتهاب الزائدة الدودية الحاد في مرضى عراقيين

Author: Rand Muhammed Abdul-Hussain Al-Hussaini رند محمد عبد الحسين الحسيني
Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2016 Volume: 8 Issue: 2 Pages: 383-391
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study was done to find out if the SNPs (-174G/C) in the regulatory (promoter) region of IL-6 gene can be considered as helpful marker and contribute in the prediction of acute appendicitis combined with other inflammatory marker like WBC count and serum CRP levels in 86 Iraqi patients admitted to emergency department of Alsader Teaching Hospital in Al-Najaf province with clinical and physical diagnosis of acute appendicitis, and 40 healthy individuals without any inflammatory disorders or clinical manifestation of any disease as control group. The distribution of patients according to gender and age showed higher incidence rates in male and in the second age group (16-22years) respectively, but without significant differences (p˃0.05). This study also showed that the patients had significantly (p<0.05) higher mean WBC counts and CRP when compared to controls. Finally, allelic distributions of SNPs (-174G/C) in the promoter region of IL-6 gene showed no significant difference (p˃0.05) between acute appendicitis patients and controls. That means polymorphism plays no role in acute appendicitis prediction so this SNPs cannot use to confirm the clinical and physical diagnosis of acute appendicitis, while other inflammatory markers (WBC count and serum CRP levels) were useful in the prediction of acute appendicitis in Iraqi population.

أجريت هذه الدراسة لمعرفة ما إذا كان تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (-174 (G / C) في المنطقة التنظيمية (الباديء) لجين IL-6 يمكن اعتباره علامة مفيدة وتسهم في التنبؤ لالتهاب الزائدة الدودية الحاد جنبا إلى جنب مع علامة التهابات أخرى مثل عدد كرات الدم البيضاء ومستويات بروتين CRP في الدم في 86 من المرضى العراقيين الداخلين في قسم الطوارئ في مستشفى الصدر التعليمي في محافظة النجف الذين أظهر التشخيص السريري والجسدي اصابتهم بالتهاب الزائدة الدودية الحاد، و 40 من الأشخاص الأصحاء دون أي اضطرابات التهابية أو مظاهر سريرية من أي مرض كمجموعة سيطرة. أظهر توزيع المرضى وفقا لنوع الجنس والسن ارتفاع معدلات الإصابة في الذكور وفي الفئة العمرية الثانية (16-22 سنة) ولكن دون فرق معنوي(p˃0.05) . كما أظهرت هذه الدراسة أن المرضى لديهم ارتفاع معنوي (p˃0.05) في معدل عدد كريات الدم البيضاء و بروتين CRP بالمقارنة مع السيطرة. وأخيرا أظهرت التوزيعات الأليلية لتعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (-174G / C) في منطقة الباديء لجين IL-6 عدم وجود فرق معنوي (p˃0.05) بين مرضى التهاب الزائدة الدودية الحاد و السيطرة. وهذا يعني أن تعدد الأشكال الجيني لا يلعب أي دور في التنبؤ لالتهاب الزائدة الدودية الحاد لذلك فان تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة لا يمكن استخدامها لتأكيد التشخيص السريري والجسدي لالتهاب الزائدة الدودية الحاد، بينما كانت العلامات الأخرى للالتهاب (معدل اعداد كريات الدم البيضاء و مستويات CRP المصلي) مفيدة في التنبؤ لالتهاب الزائدة الدودية الحاد في المجتمع العراقي.


Article
Single Nucleotide Polymorphism SNP Analysis of Exon6FollistatinGene Relatedtopolycystic Ovarian Syndrome inThiQar Governorate.

Author: EnasAbd-AlkareemJabaar
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2018 Volume: 26 Issue: 4 Pages: 293-307
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Follistatin has been identifiedas a nominee gene for polycystic ovary syndrome (PCOS) from relationship studies.Acting to control the developmentof ovarian follicles and as an antagonist to aromatase action, changes in Follistatinrole or expression may affect main features of PCOS alteration.The aim of the recent study was to study the association of FST gene to define if genomicdifferencesarerelated with phenotypic structures of PCOS patients in a case–control suggestion study.Methods:This study involved 30 women with PCOS and 20 healthy women, whowerematched by their ageand anthropometric and biochemical profiles.The study was designed to examine theseparation of deoxyribonucleic acid (DNA), and genotype analysis was done for all the study participants using PCR-SNP.Results:Polymorphisms (SNPs) in the exon 6 FST gene region were determined for PCOS patients and controls, it was found that PCOS patientshad17 SNP in different samples, and after performing amino acid sequences alignment for these SNPs, it was observed that the last two SNPs of sample C12 constituted a non-synonym mutation, and the functional conformation of the produced FST gene weremodified with regard to exon 6 in the genotype C12. When this exonic SNP appears in the three-dimensional structure of the resulting proteins of C12 genotypes, the positively charged amino acid, Asp, is converted into another positively charged amino acid, His, in position 331 of the whole amino acid sequence of FST protein.The conclusionis that this, in turn doesn’t change the final phenotypic manifestation of the protein, and there was no alteration in the phenotypes of the PCOS patients.

يعرف الفولستاتينعلى انه من اكثر الجينات ارتباطا بمرض تكيس المبايض اذ انه يعمل على السيطرة على نمو الحويصلات المبيض وكذلك السيطرة على فعالية انزيم الاروماتيز وان أي تغيير في هذا الجين يؤدي الى زيادة امراضية النساء المصابات بتكيس المبايض وان الهدف من الدراسة الحالية هو دراسة العلاقة بين الجين المذكور ومرض تكيس المبايض مقارنة مع النساء الطبيعيات.تضمنت هذ الدراسة 30 امراة مصابة بتكيس المبايض و20 امراة غير مصابة و تمت المقارنة بينهن من الناحية المظهرية وقياس المعايير الهرمونية وكذلك دراسة التغيرات الجينية.لقد وجد من نتائج الدراسة ان النساء المصابات بتكيس المبايض يعانين من الزيادة في الوزن وكذلك ظهور شعر في مناطق غير مرغوب بها وزيادة في هرمون اللوتيني ونقصان في الهرمون المولد للحويصلات اما من الناحية الجينية فقد لوحظ وجود 17 تغير جيني عند النساء المصابات بتكيس المبايض وبعد مطابقة هذه التغيرات الجينية مع التغيرات المحتملة في البروتين وجد ان فقط 2 من التغيرات الجينية التي تسمى الطفرة الوراثية الصامتة التي تؤدي الى التغير من بروتين موجب الشحنة الى بروتين موجب الشحنة ايضا الا انه هذا التغير لا يؤثر على التغيرات المظهرية او امراضية تكيس المبايض .

Listing 1 - 7 of 7
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (7)


Language

English (7)


Year
From To Submit

2018 (1)

2017 (1)

2016 (2)

2015 (1)

2014 (2)