research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Analysis of Genetic Diversity in Maize(Zeamays L.)Varieties Using Simple Sequence Repeat(SSR)Markers

Authors: Nidhal AbdulHusseinAl-Badeiry --- Ali Hmood Al-Saadi --- Thamer Khadhair Merza
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2014 Volume: 22 Issue: 6 Pages: 1768-1779
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 41 alleles were detected among the tested varieties using 10 Simple Sequence Repeat (SSR) loci distributed on 9 chromosomes of maize.The molecular size of bands obtained from amplification of SSR products ranged from 91 to 288 bp. Alleles ranged from one in umc1653 to ten in bnlg1189 loci. The values of heterozygosity for each locus varied from 0.46 for umc1641 and umc1069 loci to 0.88 for bnlg1189 locus with a mean of 0.55. The polymorphic information content (PIC) values for the SSR loci ranged from 0.17 to 0.85, with an average of 0.44. The highest PIC values were observed in primers bnlg1017 (0.85) and umc1038 (0.79) and the lowest PIC values was observed in primer umc1946 (0.17).The study revealed that, the lowest genetic distance was (0.2410) between varieties IPA 5011 (lane 6) and Sarah (lane 8), while, the highest genetic distance was (0.7853) between varieties DKC 6120 (lane 15) and Manlcet (lane 19). The genetic similarity values ranging from (0.2147 to 0.7590) depending upon the genetic distance values that ranging from (0.2410 to 0.7853), which indicate the larger diversity with percentage of (24 to 78%) among the tested varieties. Analysis of the obtained results from genetic distances and Neighbor-joining dendrogram (unrooted tree) revealed that, the 20 tested maize varieties can be grouped into two major groups: one small cluster A containing 4 varieties and a large cluster B containing 16 varieties. The results obtained in this study may assist maize cultivation and in maize breeding programes.

تم الكشف عن 41 من الأليلات بين الأصناف باستعمال 10 من المواقع الوراثية ذات التتابع المتكرر البسيط (SSR) Simple Sequence Repeat والمنتشرة على تسعة من كروموسومات الذرة الصفراء. وتراوح الحجم الجزيئي للحزم الناتجة من تضاعف المواقع الوراثية للـ SSR من 91 إلى 288 زوج قاعدي. وتراوح عدد الأليلات في المواقع الوراثية من أليل واحد في umc1653 إلى عشرة أليلات في الموقع الوراثي bnlg1189. ووجد أن قيم التغاير الزايكوتي heterozygosity لكل موقع تراوح من0.46 في (umc1641) إلى 0.88 في (bnlg1189) وبمعدل قدره 0.55. تراوحت قيم محتوى المعلومات متعددة الأشكال (PIC) polymorphic information content لكل موقع وراثي من0.17 إلى 0.85، وبمعدل قدره 0.44. ولوحظ أن أعلى قيمة للــ PIC كانت للبادئين bnlg1017 (0.85) وumc1038 (0.79) في حين كانت أقل قيمة في البادئ umc1946 (0.17). توصلت الدراسة من خلال هذا المؤشر الجزيئي إلى أن أقل بعد وراثي هو(0.2410) والذي حصل بين الصنفينIPA 5011 (رقم 6) والصنف سارة (رقم 8)، بينما وجدت أكبر بعد وراثي هو (0.7853) بين الصنفين DKC 6120 (رقم 15) و Manlcet (رقم 19). وعلى أساس قيم البعد الوراثي تم إيجاد قيم التشابه الوراثي التي تراوحت من 0.2147 إلى 0.7590، والتي تشير الى التنوع الكبير الذي نسبته (24 إلى 78%) بين الأصناف المدروسة. كشف تحليل النتائج التي تم الحصول عليها من البعد الوراثي وشجرة العلاقة الوراثية Neighbor-joining dendrogram إلى أن كل الأصناف قيد الدراسة توزعت إلى مجموعتين رئيسيتين: مجموعة واحدة صغيرة تدعى A تحتوي على أربعة أصناف، ومجموعة كبيرة تدعى B تحتوي على ستة عشر صنفا. النتائج التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة يمكن أن تساعد في زراعة الذرة الصفراء وبرامج تربيتها.


Article
Genetic Diversity of Some Tomato Lycopersicon esculentum Mill Varieties in Iraq Using Simple Sequence Repeat (SSR) Markers
التنوع الوراثي لبعض أصناف الطماطم اسكولينتوم مطحنة في العراق عن طريق بسيط تسلسل كرر (SSR) علامات

Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2015 Volume: 7 Issue: 1 Pages: 64-80
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted to evaluate the genetic diversity among 19 tomato varieties (determinate and indeterminate) cultivated in Iraq using polymerase chain reaction based DNA marker (PCR based DNA markers Simple Sequence Repeats (SSRs). To achieve PCR reactions ,total genomic DNA was isolated from fresh leaves (2 weeks old). The average yields of DNA were in the range of 100-295 ng/μl with a purity ranging between 1.8-1.9.A total of 21 alleles were detected among the tested varieties using 5 SSRs loci distributed on 4 chromosomes of tomato. The molecular size of bands obtained from amplification of SSR products ranged from 121 to 247 bp. Alleles ranged from one in (Tom 8-9, Tom 41-42 and Tom 67-68 loci) to twelve in Tom 49-50 locus. The values of heterozygosity for each locus ranged between 0.63 for Tom 31-32 and 0.89 for Tom 49-50 with a mean value of 0.30. The polymorphic information content (PIC) values for the SSR loci ranged from 0.45 in Tom 31-32 to 0.58 in Tom 49-50 loci with an average of 0.21. Each one of (Tom 8-9, Tom 41-42 and Tom 67-68 loci) produce 0.0 value for both heterozygosity and PIC.The study revealed that, The lowest genetic distance was (0.3244) between varieties Kenanh (lane5) and Warda (lane10), while,the highest genetic distance was (0.9177) between varieties Helam (lane3) and Super marimond (lane 16). The genetic similarity values ranging from (0.0823 to 0.6756) depending upon the genetic distance values that ranging from (0.3244 to 0.9177), indicating the largest diversity with percentage of (32 to 91%) among the tested varieties. The analysis of the obtained results from genetic distances and Neighbor-joining dendrogram (unrooted tree) revealed that, the 19 tested tomato varieties can be grouped into two major groups: first cluster include 9 varieties distributed in two subgroups.The second major cluster include 10 varieties which in turn divided into two subgroups.

أجريت الدراسة الحالية لتقدير التنوع الوراثي ل 19 صنف من اصناف الطماطة ( المحدودة وغير المحدودة النمو) المستزرعة في العراق باستخدام مؤشرات الدنا (DNA Markers) المعتمدة على تفاعلات البلمرة المتسلسلة Polymerase Chain Reaction (PCR ) وهي التكرارات المتسلسلة البسيطة Simple Sequence Repeats (SSRs ). لتنفيذ تفاعلات ال PCR تم عزل دنا المجين (Genomic DNA) من أوراق الطماطة الفتية (بعمر أسبوعين) و الحصول على كمية من الدنا تراوحت بين 100-295 نانوغرام/مايكروليتر وبنقاوة تراوحت بين 1.8-1.9.تم الكشف عن 21 من الأليلات بين الأصناف باستعمال 5 من المواقع الوراثية ذات التتابع المتكرر البسيط (SSR) Simple Sequence Repeat والمنتشرة على اربعة من كروموسومات الطماطة. وتراوح الحجم الجزيئي للحزم الناتجة من تضاعف المواقع الوراثية للـ SSR من 121 إلى 247 زوج قاعدي. وتباين عدد الأليلات في المواقع الوراثية من أليل واحد في كل من (Tom 8-9 , Tom 41-42 ,Tom 67-68) إلى اثني عشرأليل في الموقع الوراثي ( (Tom 49-50. ووجد أن قيم التغاير الزايكوتي heterozygosity لكل موقع تراوح من0.63 في (Tom 31-32) إلى0.89 في (Tom 49-50) وبمعدل قدره 0.30. تراوحت قيم محتوى المعلومات متعددة الأشكال (PIC) polymorphic information content لكل موقع وراثي بين 0.45 في الموقع الوراثي (Tom 31-32) إلى 0.58 في الموقع الوراثي ( (Tom 49-50، وبمعدل قدره 0.21. اعطى كل من المواقع الوراثية (Tom 8-9, Tom 41-42, Tom 67-68) قيمة 00. لكل من قيم التغاير الزايكوتي و محتوى المعلومات متعددة الأشكال.توصلت الدراسة من خلال هذا المؤشر الجزيئي إلى أن أقل بعد وراثي هو(0.3244) بين الصنفين Kenanh (رقم 5) والصنف Warda (رقم 10)، بينما كان اعلى بعد وراثي هو (0.9177) بين الصنفين Helam (رقم 3) و Super marimond (رقم 16). وعلى أساس قيم البعد الوراثي تم إيجاد قيم التشابه الوراثي التي تراوحت من 0.0823 الى 0.6756، والتي تشير الى التنوع الكبير الذي نسبته (32 إلى 91%) بين الأصناف المدروسة. اظهر تحليل النتائج التي تم الحصول عليها من البعد الوراثي وشجرة العلاقة الوراثية Neighbor-joining dendrogram إلى أن كل الأصناف المدروسة توزعت إلى مجموعتين رئيسيتين: المجموعة الاولى ضمت 9 أصناف وقسمت هذه بدورها الى مجموعتين فرعيتين اما المجموعة الرئيسية الثانية فتضمنت 10 أصناف قسمت بدورها الي مجموعتين فرعيتين. أظهر التحليل العام للنتائج أن العلاقات الوراثية بين أصناف الطماطة لا علاقة لها بالصفات المظهرية و المنشأ الأصلي


Article
Polymorphism of Microsatellite markers and Their Association with Egg Production Traits in Iraqi Chickens

Authors: Israa Luay AL-jaryan --- Ali Hmood AL-saady --- Fadil Rasul Al-Khafagy
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2018 Volume: 26 Issue: 2 Pages: 225-234
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

The present study was conducted on local Iraqi chickens and two strains of commercial laying hens (ISA Brawn and Ross Hen) as control. To estimate genetic Diversity using microsatellites and their association with egg production traits, three microsatellites markers, located on 1, 5 and E5C10 chromosomes were used in pesent study. A total of 100 varieties of three chicken populations were genotyped for three microsatellite markers by polymerase chain reaction (PCR) to evaluate the genetic Diversity (GD) among populations using Nei Index similarity mean. The present study show that local chicken populations were more diverse than control populations. Genetic Diversity among populations was obtained using Nei Index similarity mean. The present results indicate that the Highest GD among local chickens (0.82) and the lowest GD (0.4) and when comper local chickens with control strains found that the highest GD was (0.76) when comper with ISA Brawn, and (0.702) when comper the study population with Ross Hen strain and the lowest GD was (0.673) when comper with ISA Brawn strain, (0.661) when comper the study population with Ross Hen strain, that’s mean the Three microsatellite genetic markers applied in the present study success to reveal high degree of similarity among the three population used here. The genetic distance revealed that local chickens are mostly related to ISA Brawn strain more than Ross Hen strain.

أجريت الدراسة الحالية لغرض تحديد التنوع الجيني للدجاج العراقي المحلي مقارنة مع اثنتان من السلالات التجارية العالمية للدجاج البياض ( سلالة ISA Brawn و سلالة Ross Hen) كسيطرة باستخدام التوابع الكروموسومية الدقيقة microsatellite و علاقتها مع صفات إنتاج البيض و تم استخدام ثلاثة من التوابع الكروموسومية للكروموسومات 1، 5، E5C10. تضمنت الدراسة 100 عينة من المجتمعات الثلاثة للدواجن و استخدام التوابع الكروموسومية الدقيقة microsatellite لتحديد التنوع الجيني بوساطة تفاعل البلمرة التسلسلي Polymerase Chain Reaction (PCR) للتوابع الكروموسومية. وجد أثناء الدراسة إن مجتمع الدواجن المحلية أكثر اختلافا بالمقارنة مع مجتمعي سلالتي السيطرة. تم قياس الاختلاف الجيني (GD) بين المجتمعات باستخدام دليل Nei للتماثل الجيني . اشارت النتائج الحالية بان أعلى اختلاف جيني (GD) بين مجتمع الدواجن المحلية كان بمقدار (0.82) و اقل اختلاف جيني كان بمقدار (0.4) و عند مقارنة الدواجن المحلية بسلالات السيطرة وجد ان أعلى (GD) كان (0.861) عند مقارنة مجموعة الدراسة مع ISA Brawn و كان (GD) (0.867) عند مقارنة مجموعة الدراسة مع سلالةRoss Hen و أوطئ GD (0.673) عند مقارنة مجموعة الدراسة مع سلالة ISA Brawn و كان GD (0.661) عند مقارنة مجموعة الدراسة مع سلالة Ross Hen، و هذا يعني إن نتائج التوابع الكروموسومية الدقيقة microsatellites الثلاثة المستخدمة في هذه الدراسة كانت ناجحة في الحصول على أعلى درجة تقارب (تماثل) بين المجتمعات الثلاثة المستخدمة في هذه الدراسة.

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (3)


Year
From To Submit

2018 (1)

2015 (1)

2014 (1)