research centers


Search results: Found 12

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Identification and quantification of Chimerism in bone marrow transplants leukemic patients
تحديد وتقدير كمية الكايميرا لمرضى نقل نخاع العظم المصابين بابيضاض الدم الحاد

Loading...
Loading...
Abstract

Quantification of chimerism after bone marrow transplantation is essential for evaluation the successful of engraftment after allogenic stem cells transplantation. The aim of this work is to use STR typing test for identification and quantification the chimerism in bone marrow transplant patients. Two patients subjected to bone marrow transplantation were analyzed. DNA extracted from patients (recipient) blood, cheek swabs and donor cheek swabs. Quantifiler Real time PCR kit was used for DNA quantification. Powerplex21 kit was used for amplification STR loci. STR profiling was performed by Genetic analyzer. DNA extraction and quantification were successfully performed with suitable quantity and purity. STR loci fully amplified and analyzed. In both cases recipient and Donor shared alleles with no DNA mixtures. Few loci showed Type 3 chimerism. In conclusion the results showed that the test successfully identify used for identification and quantification of chimerism in recipient patients. List of abbreviation: DNA= Deoxyribonucleic acid, STR- short tandem repeat, SCT= stem cells transplantation.

ان تقدير كمية الكايميرا (Chimerism) بعد عملية نقل النخاع العظمي مهمة لتقييم نجاح النقل بعد نقل الخلايا الجذعية . يهدف البحث الى استخدام فحص STR Typing لتحديد وحساب كمية الكايميرا لمريضين مصابين بمرض ابيضاض الدم الحاد المنقول لهم نخاع العظم . تم عزل وتنقية الحمض النووي من دم المريض (المستلم) ومن الخلايا الظهارية المبطنة للفم . وكذلك من الخلايا الظهارية المبطنة للفم للشخص الواهب. تم قياس كمية الحمض النووي باستخدام تقنية تفاعل البلمرة اللحظي. وتم تضخيم مواقع ال (STR)باستخدام العدة Powerplex 21. تم عزل وتحديد كمية الحمض النووي بنجاح. كذلك تم تضخييم وتحليل المواقع الوراثية بشكل كامل . لوحظ وجود اليلات مشتركة مع عدم وجود اي خليط للواهب والمستلم . اظهرت بعض المواقع النوع الثالث للكايميرا . اظهرت الدراسة نجاح تحديد وتقدير كمية الكايميرا للمرضى .


Article
Evaluation the Suitability of Saliva for DNA Profiling Analysis in Comparative with Blood Samples

Author: Dhuha Salim Namaa
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2016 Volume: 19 Issue: 4 Pages: 127-134
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Collection, preservation and analysis of body fluids are important aspect of forensic science. Isolated DNA from saliva has become an attractive alternative to the use of blood-derived DNA in performance characteristics. The objectives of this study were to determine the suitability of saliva for DNA profiling analysis and compare blood and saliva as biological source in the performance characteristics. Saliva and buccal swab (as the reference source of genomic DNA) samples were collected from 7 healthy volunteers. The saliva samples were taken with different volumes (100, 200, 300, 400) μl of whole saliva. On the other hand, blood and saliva samples were collected from 25 healthy volunteers in a comparative study. Extraction of DNA was done by Phenol Chloroform method. The results showed difference in the mean DNA concentration which was quantified by using Real-Time PCR from various volumes of saliva samples (100, 200, 300, 400) μl recording (1.23, 2.21, 3.40, 8.24) ng / μl respectively. The mean allele’s percentage of 15 STR loci that appeared in profile of different volumes mentioned above were (73.3, 83.7, 89.5, 99.04)% respectively. The mean DNA concentration and the purity from saliva and blood samples were measured by using nonadrop spectrophotometer recording (10.736, 51.164) ng/ μl (1.64, 1.72) respectively. It is concluded that, saliva samples can be taken at different volumes in the field of criminal research instead of the traditional a way of taking blood samples.

يعد جمع وحفظ وتحليل سوائل الجسم جانبا مهما في العلمالجنائي، حيث أصبح الحامض النووي ال ا ريبوزي منقصوصالاوكسجين )الدنا( المعزول من اللعاب بديلا جيدا عن الدمفي الد ا رسات الجينية ويستخدم الآن على نطاق واسع فيالعديد من التطبيقات. الهدف من هذه الد ا رسة اولا، هو تحديدمدى ملائمة اللعاب لاستخلاص الحامض النووي و إمكانيةاستخدامه لتضخيم المؤش ا رت الجسمية الخاصة بتحديدالتتابعات الو ا رثية الجنائية بالاعتماد على اخذ مسحة فمويةباعتبارها المصدر الرئيسي للمقارنة. ثانيا، المقارنة بين الدمواللعاب كمصدر بايولوجي من حيث خصائص الأداء)جمع العينة، حفظ العينة ...الخ(. تم جمع عينات منالمسحة الفموية واللعاب من 7 متطوعين، العينات أخذتبأحجام مختلفة من اللعاب من كل متطوعDhuha Salim Namaa134044,044,044,044 ( ميكرولتر وبالتالي فإن العدد (النهائي للعينات التي استخدمت في هذه الد ا رسة 02 عينة،كذلك تم جمع عينات من الدم واللعاب من 02 متطوعاكد ا رسة لمقارنة الخصائص. استخلصت العينات بالاعتمادعلى طريقة الفينول الكلوروفورم. أظهرت النتائج وجودفرق في ت ا ركيز الحامض النووي المستخلص عندالحصول على نتائج الحامض النووي الكمي باستخدامتقنية Real time - PCR بااحجام مختلفة لعينات اللعاب،044( 200 ، 300 ،0.00 ، 044 ( ميكرولتر ) 0.00 ،2.00 ( نانوغ ا رم/ ميكرولتر على التوالي، كذلك في ،0.04نتائج تضخم المؤش ا رت الجسمية الخاصة بتحديد التتابعاتالو ا رثية الجنائية باستخدام جهاز التحليل الو ا رثي حيث ظهرت، نتائج النسبة المئوية لعينات اللعاب باحجام مختلفة ) 70.040 ...(٪ على التوالي في 02 موقع. تم ، 2..2 ،20.7تقييم الحامض النووي وفق التركيز والنقاوة وامكانية استخدامهلاغ ا رض التحليلات الو ا رثية بالنسبة لعينات الدم واللعاب حيثتم قياسها باستخدام جهاز الطيف المرئي ) (Nano drop)0.10 ، 04.701 ( نانوغ ا رم/ ميكرولتر ) 0.70 ،20.010(على التوالي. ويستنتج من هذه الد ا رسة امكانية استخداماللعاب في مجال البحث الجنائي وامكانية الحصول علىالهوية الو ا رثية باحجام مختلفة من عينات اللعاب، بالاضافةالى امكانية الاستغناء عن اخذ عينات من الدم واستبدالهابعينات اللعاب.الكلمات المفتاحية: اللعاب، الدم، الحامض النووي، المؤش ا رتالجسمية الخاصة بتحديد التتابعات الو ا رثية الجنائية.

Keywords

saliva --- blood --- genomic DNA --- STR


Article
Extraction and Quantification of DNA from Touched Cell Phones Surfaces

Loading...
Loading...
Abstract

Touched mobile surfaces became part of crime scene evidences which analyzed by forensic scientists. The minimal amount of DNA required for full STR profile is 0.2-0.5ng. The aim of this work is to quantitate the amount of DNA isolated from three touched mobiles brands (iPhone, Samsung, and Sony) surfaces using Organic and Chelex DNA extraction methods. The results showed that organic method extract more DNA than Chelex from Samsung mobile surface and fewer amounts from iPhone and Sony. Quantification of DNA by Real time PCR was more accurate with quantities near the minimal amount required for full profile analysis. STR analysis showed a partial DNA profile recovered from all cell phones brands. The results indicate the possibility of obtain suitable quantities of DNA from cell phone surface.

Keywords

Forensic --- DNA --- STR --- Mobile --- Scene.


Article
Medico-Legal Applications of Multiplex STR System to Show Allel Frequencies of D16S 539, D13S317, and D7S820 in Iraqis

Authors: Hussein Mahmood Gazi --- Mohammed Shafik Tawfeek --- Nabeel Ghazi Hashim --- Hayder Hadi Lazim
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2010 Volume: 9 Issue: 4 Pages: 542-548
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:Disputed paternity is one of the most important medico-legal problems in Iraq. In addition toidentification of unknown corpses. Paternity cases are resolved by doing ABO typing and HLAserotyping and both are less accurate than DNA typing. To our knowledge this is the first study of suchtype in Iraq.OBJCTIVE:To show the medico-legal importance of determination of allel frequencies in Iraqi population.SUBJECTS AND METHODS:Whole blood was obtained in EDTA tubes by venepuncture from 38 individuals. The DNA was extractedusing the Wizard Genomic DNA Purification Kit and the quantity was estimated by UV-absorbance. Themultiplex analysis of D16S539, D7S720, and D13S317 was performed using the Gene Print STRMultiplex system. Amplification was performed in eppendorf thermal cycler. The PCR products weretyped by vertical electrophoresis on 0.4 mm thick 7% denaturing polyacrylamide gel and silver staining.RESULTS:In our study the DNA fingerprinting test has high accuracy rate.CONCLUSION:Since the DNA typing is the most accurate method so it can be routinely used as a paternity test, it is theonly test that can meet the increasingly imperative demand to resolve the social and judicial problemsinvolved in paternity suits and other medico-legal problems.


Article
Internal Validation Guide of the Amp F_STR Identifiler PCR by Using Quantifiler™ Y Human Male DNA Quantification for Use Forensic Laboratories

Author: Mohammed Mahdi AL-Zubaidi
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2015 Volume: 18 Issue: 4 Pages: 110-117
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Fifty samples of buccal swabs were collected from male oral cavity, then genomic DNA was extracted from each sample by two methods, the manual organic phenol chloroform methods and prepfiler forensic extraction kit methods.The concentration of genomic DNA extracted was measured by using Quantifiler® Duo Kit throughout detection the SRY (FAM™-labeled probe), RPPH1(VIC®-labeled probe) and an Internal Positive Control-IPC (NED™-labeled probe).Results showed that the concentration of genomic DNA in buccal swab was ranged between 0.26 and 9.422 ng/ul. these samples work with a serial dilution decimal, as well as PCR .Then introduced to the device 3130xl Genetic Analyzer 16-capillary array system, The results showed that the concentrations is preferable which is located between 25-50 pg, as this did not appear in the concentrations of any problems and the emergence of the peaks clearly Compared with the ALLELIC ladder and positive control, After the election concentrations were chosen Thresholds, Peak amplitude thresholds.

جمعت خمسين عينة من اشخاص اصحاء بواسطة مسحة الفم اجري لها استخلاص بطريقتين الاولى هي التقليدية (فينول كلوروفورم( والطريقة الثانية هي استخدام عدة جاهزة من شركة(Applied Biosystems). بعد استخلاص العينات اجري لها قياس التركيز بواسطة عدة QuantifilerTM human DNA quantitation kit)) التي تتكون من ثلاث بروبات لغرض قياس تركيز DNA. اظهرت نتائج قياس تركيز العينات بانه يتراوح من 0.26-9.422 بيكو غرام. اجريت لها تخافيف عشرية لغرض اختيار التركيز الامثل قبل ادخالها في جهاز الترحيل في الانابيب الشعرية اظهرت النتائج ان افضل تركيز اعطى نتائج خالية من المشاكل التي عادة تصاحب العمل في المجال الجنائي هو من 25-50 بكيوغرام مقارنة مع العينة القياسية. ثم بعدها اختيار خط العتبة الذي ظهرت عندة نتائج جيدة وكذلك اختيار ارتفاع العمود الامثل اذ يمكن اعتمادها في مجال عمل المختبرات الجنائية.


Article
Generation of STR Profile From Touched Glass Surface.

Author: Mohammed M. Al-Zubaidi, Majeed A. Sabbah
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 2 Pages: 48-54
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Crime scene investigation involves analysis of surfaces for criminal traces. Touch DNA analysis now one of the essential tests performed for criminal identification. The aim of this study was to investigate the possibility of generation STR profile from touched glass surface. Window glass surface was touched with clean hand for 15 seconds then a double buccal swab methods used to collect possible skin cells. DNA extraction was performed using Chelex method then quantified by real time PCR. Quantified DNA amplified by STR kit (Minifiler) then analyzed using ABI 3130XL genetic analyzer. The results showed that the extracted DNA was quantified and analyzed successfully to give intact STR profile. These results indicated the capability of generating full DNA STR profile from glass surface using Chelex method.

Keywords

Touch DNA --- Glass --- STR --- Minifiler --- forensic.


Article
Revealed of A novel Allele in Wasit – Iraqi Population
الكشف عن اليلات جديدة في المجتمع العراقي / محافظة واسط

Loading...
Loading...
Abstract

The developments in forensic DNA technology have led us to perform this study in Iraqi population as reference database of autosomal Short Tandem Repeat (aSTR) DNA markers . A total of 120 unrelated individuals from Wasit province were analyzed at 15 STR DNA markers. Allele frequencies of DNA typing loci included in the AmpFlSTR1 IdentifilerTM PCR Amplification Kit panel from Applied Biosystems (D3S1358, vWA, FGA, D8S1179, D21S11, D18S51, D5S818, D13S317, D7S820, TH01, TPOX, CSF1PO, D19S433, D2S1338, D16S539) and several forensic efficiency statistical parameters were estimated from all the sample. the combined Matching Probability (CMP) using the 15 STR genetic loci in Iraqi population was estimated at 1 in 2.08286E-18 and the Combined Discrimination Power (CDP) was greater than 0.9999999 ,Combined Exclusion Probability (CEP) was 0.98350917 which should be sufficient for the identification of any individual.

التطور السريع الذي حدث في التقنيات المتعلقة بالحمض النووي العدلي في العالم يدفعنا لاجراء البحوث التي تدعم هذا التوجه سيما وان الابحاث في العراق التي تخص هذا الموضوع لا تواكب التطور العالمي الحديث , لذا بدأنا بمحافظة واسط ببناء قاعدة بيانات للكشف عن المؤشرات الجسمية الخاصة بهذه الشريحة من المجتمع العراقي autosomal Short Tandem Repeat (STR) .تم جمع 120 عينة من متطوعين (لا تربطهم اي صلة قرابة ) حصرا من محافظة واسط الجنوبية , المؤشرات التي تم تحليلها هي 15 موقع منتشر على الكروموسومات الجسمية هذه المواقع هي: (D3S1358, vWA, FGA, D8S1179, D21S11, D18S51, D5S818, D13S317, D7S820, TH01, TPOX, CSF1PO, D19S433, D2S1338, D16S539). عدة قوانين اساسية استعملت في التحليل النتائج على جميع المواقع منها درجة التقارب بين العينات (CMP), وكانت النتائج تشير الى 1 من اصل 2.08286E-18 وكذلك وقوة التطابق بين العينات 0.999999. كما كانت دقة الاحتمالية كانت 0.98350917 وهذه النتائج يجب ان تكون مطابقة عند اي عمل .


Article
Comparison between Two Different DNA Extraction Techniques Taken from Buccal Swabs Suitable for Genetic Analyzer

Author: Halah Khalid Ibrahim Al-Sammarraie
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2016 Volume: 19 Issue: 3 Pages: 108-113
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed to validate two DNA extraction methods collected from buccal cells to gain a genomic DNA and to determine the effect of process time (from collection time to amplification). Total number of 116 buccal swab samples from unrelated healthy volunteers were subjected to DNA extraction by using two methods: modified (phenol chloroform) (Organic) and Prep Filer Forensic DNA Extraction kit. DNA was evaluated according to the: quantity, integrity and suitability for genetic analysis. The DNA yield and purity were measured by Nano drop Spectrophotometer. Organic method was modified from the classical method (addition Dithiothreitol to lysis buffer), The purity average values increased from 1.4 to 1.6 and it had the highest average concentration (73.3ng/µl) while the highest purity was observed in Prep Filer Forensic DNA Extraction kit with average (1.82). Delayed in sample processing effect both quantity and integrity of the extracted DNA. All samples were genetically analyzed at 16 STR with amelogenin (DNA markers) included in the Amp FlSTR® Identifiler™ PCR Amplification Kit panel from Applied Biosystems. Buccal cell swabs were very good source of genomic DNA especially for large population studies.

هدفت هذه الدراسة الى تقييم تقنيتين مختلفتين لاستخلاص الحمض النووي الجينومي من خلايا الظهارية المبطنة للفم ولتحدديد تاثير الوقت (من جمع العينة الى تضخيمها). جمعت 116 عينة ظهارية من بطانة الفم من اشخاص متطوعين لا تربطهم صلة قرابة اذ استخلصت بطريقيتن: العضوية (فينول كلورفورم) المحورة وعدة مختبرية متخصصة وهـــي: Prep Filer Forensic DNA Extraction kit تـم تقييم الحمض النووي وفق الكمية والنوعية وامكانية استخدامه لاغراض التحليلات الوراثية. تم قياس حصيلة ونقاوة الحمض النووي باستخدام جهاز الطيف المرئي ((Nano drop.حورت الطريقة العضوية عن الطريقة التقليدية باضافة مادة Dithiotheritol الى محلول بفر التحليل. زادت معدل النقاوة المستحصلة من 1.4 الى 1.6 ومعدل التركيز 73.3 نانوغرام/ مايكروليتر بينما اعلى قيمة نقاوة كانت باستخدام العدة التجارية وبمعدل 1.82. ان تاخير عملية استخلاص العينة اثر على تركيزها وتكاملها.كل العينات المستخلصة تم تحليلها وراثيا باستعمال عدة تضخيمية لمؤشرات جسمية خاصة لتحديد التتابعات الوراثية الجنائية. اظهرت الدراسة ان عينات الخلايا الظهارية المبطنة للفم تعتبر مصدرا فعالا للحصول على حمض نووي جينومي خاصة للدراسات المجتمعية الكبيرة.


Article
Short Tandem Repeat Typing Using Endogenous DNA Isolated from Human Fingernail

Author: Miriam Jasim Shehab
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2018 Volume: 21 Issue: 1 Pages: 104-110
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Genomic DNA was isolated from variable biological sources. Nails contain genomic DNA but there is limitation in isolating of genetic material from this tissue due to the special composition and structure of this tissue in which DNA embedded in keratinized cells. This study aimed to investigate the capability of using DNA that isolated from fingernails in forensic analysis. Thirty fingernails clipping were collected from three groups (10 fingernail samples for children, 10 fingernail samples for adolescent and 10 fingernail samples for adult) in addition to thirty buccal swabs collected from the same volunteers as reference samples. Both fingernail clipping and buccal swabs were subjected to DNA extraction using phenol/chloroform extraction. All samples were typed for fifteen autosomal STR loci along with amelogenin, using the Applied Biosystems AmpFiSTR® Identifiler™ kit. Our finding showed that input of 5 mg nail material (1 to 2 of fingernail clippings) gives a variable yield of DNA concentration also there was no significant difference in The mean of concentration for samples that isolated from whole fingernail and those isolated from fingernail after cut into small pieces for children groups while there were significant difference for adult and adolescent groups (0.107702, 0.07544 and 0.000192 respectively). Also the allele’s percentage of STR profiles for three age groups was fluctuated among (100, 33.3, 53.3, 66.6, 73.3, 86.6, and 93.3%).


Article
INTEGRATED BIOMETRIC DNA IDENTIFICATION SYSTEM
نظام متكامل لتحديد الحمض النووي البيومتري

Loading...
Loading...
Abstract

In this paper an integrated biometric identification system based on STR/DNA profiles databasehas been proposed, each profile composed of 20 autosomal loci and Amelogenin. The objective of this researchpaper is to design and implement a search engine in such a way that enhance the speediness of searching formatches for Target Profile (TP) regardless, the profile is partial or optimum. This is accomplished by utilizingthe alleles distribution nature for the population of interest. In this research more than 15 million profiles weresimulated to test the system reliability, accuracy, and speed. The result shows that the proposed system isimproving the speed of matching about 72% and all tested profiles were identified successfully.

في هذه الورقة نظام متكامل لتحديد الهوية البيومترية يستند إلى قاعدة بيانات الملامح المتعلقة بالمعاملات المشبوهة/الحمض النوويوقد اقترح، كل ملف شخصي يتكون من 20 موضع أوتوسومي وAmelogenin. الهدف من هذا البحثورقة لتصميم وتنفيذ محرك البحث في مثل هذه الطريقة التي تعزز سرعة البحث عنالتطابقات لملف تعريف الهدف (TP) بغض النظر عن ملف التعريف الجزئي أو الأمثل. ويتم ذلك من خلال الاستفادة منطبيعة توزيع الأليلات للسكان من الفائدة. في هذا البحث كان أكثر من 15 مليون ملامحمحاكاة لاختبار موثوقية النظام ودقته وسرعته. وتبين النتيجة أن النظام المقترح هوتحسين سرعة مطابقة حوالي 72٪ وتم تحديد جميع التشكيلات الجانبية التي تم اختبارها بنجاح.

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (12)


Language

English (10)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (3)

2017 (2)

2016 (3)

2015 (2)

More...