research centers


Search results: Found 4

Listing 1 - 4 of 4
Sort by

Article
Molecular Detection of Shigella spp. and Entamoeba histolytica Causing Bacillary and Amoebic Dysentery Among Children in Ramadi City
التشخيص الجزيئي لجرثومة الشيغلا وطفيلي المتحولة الحالة للنسيج المسببة للزحار العصوي والاميبي بين اطفال مدينة الرمادي

Authors: Noor Al-Huda Abdullah Bahr Al-Jnabee نورالهدى عبدالله بحر فياض الجنابي --- Mushtak T.S. AL-Ouqaili مشتاق طالب صالح العكيلي
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2017 Volume: 14 Issue: 1 Pages: 64-74
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Background and objective:- Dysentery as any episode of diarrhea in which there is blood in loose and watery stool, there are different types of pathogens that can cause acute dysentery, including Shigella spp. and Entamoeba histolytica. The aims of this study was to isolate Shigella spp. and Entamoeba histolytica causing both bacillary and amoebic dysentery respectively, in children less than five years of age by conventional techniques. Also, molecular detection of Shigella spp. and Entamoeba histolytica was achieved. Patients and methods:- One hundred and forty five stool specimens obtained from children were admitted Maternity and Child Teaching Hospital in Ramadi with acute diarrhea with the mean age (2.168±12.571) were enrolled in the study from January 2014 to March 2015. PCR was used to amplify specific oligonucleotide sequences with 320 base pair coding for (ial) gene for Shigella spp. and Entamoeba histolytica (16S-rRNA) gene with 439 base pair.Results:- The stool specimens had been taken from 145 patients divided into 75(51.7%) patients yielded amoebic dysentery and others 70(48.3%) from these with bacillary dysentery. In the molecular part of this study molecular part of study, our results showed that 30 out of 75(40%) extracted DNA for E. histolytica were produced strong bands revealed positivity of PCR technique while the other 45(60%) were negative. The result of PCR technique among Shigella spp. revealed that 30 out of 70(42.86%) were positive and in contrast 40/70 (57.14%) samples were negative.Conclusion:- The study suggested that PCR has several advantages over the conventional methods for the diagnosis of bacillary and amoebic dysentery such as safety, high sensitivity and specificity. Our results demonstrated that the value of using a combination of traditional and molecular techniques in the diagnosis of diarrheal disease in this population. This study has been providing comparable results of microscopy and PCR, none of these methods can detect all positives alone. According to our findings, microscopy is a simple analysis, but it is subjective, needs experience to evaluate and should be combined with complimentary methods such as antigen detection and PCR for identification of the species to avoid false and/ or insufficient diagnosis and treatment applications.

الزحار هو نوع من الاسهال يكون بشكل مائي او رخو مصحوب بدم, تسببه انواع مختلفة من الممرضات, كجرثومة الشيغلا والمتحولة الحالة للنسيج. ان الهدف من الدراسة هو عزل جرثومة الشيغلا وجمع المتحولة الحالة للنسيج المسببة للزحار العصوي والاميبي على التوالي في الاطفال الاقل من خمس سنوات من العمر في مدينة الرمادي باستخدام التقنيات الاعتيادية وتقنية تفاعل الكوثرة. تضمنت الدراسة 145 مريض من كلا الجنسين وبأعمار مختلفة تراوحت بين يوم الى خمس سنوات, كانوا يعانون من الاسهال الحاد وكانوا راقدين في مستشفى النسائية والاطفال التعليمي في مدينة الرمادي خلال الفترة من كانون الثاني 2014 الى اذار 2015. وباستخدام تفاعل الكوثرة لتضخيم الجين المستهدف من جرثومة الشيغلا بحجم (320 بيس بير) شفر لموقع مرتبط ببلازميد الضراوة لسبعين عينة خروج مستخلصة منها مادة الدي ان اي. بينما خضعت 75 عينة الاخرى للاستخلاص ايضا و لتضخيم جين (16 وحدة للحامض النووي الرايبوزي الرايبوزوملي) وبحجم (439 بيس بير) للمتحولة الحالة للنسيج. قسمت العينات الى 75 (51,7%) مريض يشتبه بإصابتهم بالزحار الاميبي وبقية العينات وهي 70 عينة (48,3%) يشتبه بإصابتهم بالزحار العصوي. اظهر التشخيص الجزيئي للدراسة انه حوالي 30 من اصل 75 (40%) عينة من الحامض النووي الدي ان اي موجبة للمتحولة الحالة للنسيج بينما 45 (60%) عينة كانت سالبة, كذلك استنتجت الدراسة ان 30 (42,86%) من اصل 70 عينة كانت موجبة لجرثومة الشيغلا المسببة للزحار العصوي والبقية 40 (57,14%) عينة كانت سالبة. نستنتج من ذلك بأن لتفاعل الكوثرة فوائد اكثر من الطرق الاعتيادية كالدقة العالية والنقاوة والحماية والحساسية, ويستفاد منها في دراسة الانتشار و في التمييز بين الانواع الممرضة وغير الممرضة. ان الطرق الاعتيادية كالمايكروسكوب هي طرق بسيطة لكن غير موضوعية وتحتاج الى متمرس محنك للحصول على نتائج دقيقة مقارنة بالتشخيصات الاخرى كالمولد المضاد (تفاعل مناعي) وتفاعل الكوثرة وكذلك لتجنب التشخيص الكاذب والغير دقيق.


Article
EVALUATION OF PLASMID-MEDIATED QUINOLONE RESISTANCE ASSOCIATED WITH THE QNR GENES IN CLINICAL ISOLATES OF SHIGELLA SPP. IN BAGHDAD

Loading...
Loading...
Abstract

Background:Although quinolone resistance results mostly from chromosomal mutations in Enterobacteriaceae, it may also be mediated by plasmid-encoded qnr determinants. Shigella harboring the novel qnr plasmid-mediated mechanism of quinolone resistance has been described worldwide.Objective:To understand the distribution of serogroup of Shigella spp, as well as antimicrobial susceptibility and to investigate the plasmid mediated quinolone-resistant qnr genes in clinical isolates of Shigella spp. resistant to quinolone.Methods:Fifty nine clinical isolates of Shigella spp. were collected from two hospitals in Baghdad. Antimicrobial susceptibility tests were performed using disk diffusion test and minimum inhibitory concentration. The isolates were screened for the plasmid-mediated qnr genes of qnrA, qnrB, and qnrS by Multiplex polymerase chain reaction.Results:The isolation rate of Shigella spp. was 14% and observed to be high among children < 10 years and low in teenagers and adults. The highest percentage was Sh. flexneri (54.2%) followed by Sh. sonnei (37.3%) then Sh. dysenteriae (8.5%), while no Sh. boydii was found in this study. Antimicrobial susceptibility tests revealed that 54.23% and 49.2% of both Sh. flexneri and Sh. sonnei were resistant to nalidixic acid and ciprofloxacin, respectively, while Sh. dysenteriae isolates were fully susceptible to these antibiotics. The minimum inhibitory concentration value of resistant isolates of Sh. flexneri and Sh. sonnei ranged between 2-64 μg/ml and 32-512 μg/ml for ciprofloxacin and nalidixic acid, respectively. Multiplex polymerase chain reaction amplification of plasmid-borne qnrA, qnrB, qnrS genes revealed that the overall percentage of qnr-genes were (52.9%) distributed as (29.4%) qnrA, (20.6%) qnrS and (2.94%) qnrB detected alone or in combination. The genes were identified in (44.1%, 15/34) of quinolone resistance Shigella isolates.Conclusion:To our knowledge, this is the first report detected fluoroquinolone resistance due to the qnr gene among Shigella isolates in Iraq which is indicated that plasmid-mediated quinolone resistance has emerged in Iraqi pediatric patients.Keywords:Drug resistance, Shigella spp., Plasmid; Quinolone, qnr


Article
Detection of Shigella Spp. In the Locally Produced Broilers Freeze in Diyala
عزل بكتريا Shigella في ذبائح فروج اللحم المجمدة المنتج محليا في محافظة ديالى

Author: Shukr M. Yaseen شكر محمود ياسين
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2016 Volume: 12 Issue: 2 Pages: 11-19
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

The study conducted to indicate the contamination degree in the locally produced of broilers freeze meat that caused of food poisoning by determined of Shigella SPP bacteria, and its effect in public health with experimentally comparative measurements of Shigella spp. 60 samples of locally produced broilers were been collected, 30 samples to each summer (July – August) and winter (December – January) to investigate their microbial load of this bacteria. The results showed in all summer and winter samples were differential significant (p<0.01) microbial count of Shigella spp .and we showed the same significant (p<0.01) of CFU/ g of shigella bacteria count from summer neither than winter.

هدفت الدراسة الى معرفة درجة تلوث منتجات اللحوم البيضاء لذبائح فروج اللحم المجمدة المنتجة محليا في محافظة ديالى بأعداد بكتيريا Shigella المسببة للتسمم الغذائي الملوثة لهذه المنتجات وتأثيرها في الصحة العامة, جمعت 60 عينة من منتجات لحوم ذبائح فروج اللحم المنتج من قبل المربين المحليين وبمعدل 30 عينة لكل من الموسم الصيفي لشهر (تموز و آب) والموسم الشتوي لشهر (كانون الأول و كانون الثاني) لدراسة محتواها البكتيري من بكتيريا Shigella . اظهرت النتائج ان هناك فرقا معنويا ( p<0.01 ) في عينات كلا الموسمين الصيفي والشتوي . وهناك ايضا فرقا معنويا (P<0.01) في معدلات العد الكلي لبكتيريا CFU/g) Shigella وحدة تكوين المستعمرات / غرام) للموسم الصيفي عن الموسم الشتوي.


Article
Molecular characterization of extended spectrum β-lactamase (ESBL) producing Shigella species isolated from patients with bacillary dysentery in Iraq.
الخصائص الجزيئية لانزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف الَمُنتَجَة في انواع من جرثومة الشيجيلا المعزولة من مرضى مصابين بالزحار العصوي في العراق

Author: Thanaa R. Abd Al-Rahman ثناء رشيد عبد الرحمن
Journal: Journal of the Faculty of Medicine مجلة كلية الطب ISSN: 00419419 Year: 2013 Volume: 55 Issue: 3 Pages: 244-249
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Extended-spectrum β-lactamases (ESBLs), including cefotaximases (CTX-M), mediate resistance to extended spectrum cephalosporins and significantly compromise the treatment tools for Shigellosis.Objective: To determine the ESBLs production by Shigella spp. and its role in the resistance to third generation cephalosporins and to determine the occurrence of plasmid- borne blaCTX genes in ESBLS Shigella isolates by Multiplex PCR.Methods: Susceptibility of 59 clinical Shigella isolates was tested by disk diffusion method to six antimicrobial agents. Presence of ESBLs was established by the combination disk method. Minimum inhibitory concentration of β-lactams was determined by agar dilution method for resistant isolates, and then ESBL producers were subjected to plasmid extraction and PCR experiments.Results: Overall isolates had high rate of resistance to Ampicillin (84.7%), Tetracycline (84.7%), Co-trimoxazole(72.9%) and Cefotaxime(69.5%). Moderate to Ceftriaxone (52.5%) and low rate of resistance to Ceftazidime(30.5%). The MIC value of resistant isolates of S. sonnei and S. flexneri for CTX and CRO ranged from (64-512 μg/ml) for both, and (32-256 μg/ml) for CAZ, whereas S. dysenteriae exhibit only high level resistance MIC (256 μg/ml) for CTX, low level resistance (64 μg/ml) for CRO and complete susceptibility to CAZ. 31 of 41 (75.6 %) of Shigella spp. were β-lactamase producers, of these (82.6%) were S. flexneri, (68.8%) S. sonnei, and one S. dysenteriae isolate. The results of PCR amplification of bla CTX gene groups showed that blaCTX-M genes were identified in (74.19%) ESBLs isolates distributed as 14(45.16%) S.flexneri isolates, 9(29.03%) S. sonnei, while no gene was detected in ESBLs S. dysenteriae isolate. The prevalence of bla CTX-M I, bla CTX-M II (TOHO 1) and blaCTX-M III, were ( 54.8%, 16.1% and 3.2% ) respectively. Non of the isolates carried more than one type.Conclusion: The occurrence of plasmid- borne blaCTX genes in ESBLS Shigella isolates are increasing in Iraq with co-resistance to some other classes of antibioticsKey words: Cephalosporines Resistance, Shigella spp., Plasmid; ESBLs, CTX-M.

انزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف ومن ضمنها الانزيم المحلل للسيفوتاكسيم (CTX-M ) تكون مسؤولة عن المقاومة للسيفالوسبورينات واسعة الطيف مما يؤدي الى افشال العلاج لمرضى الزحار العصوي بشكل ملحوظ.الهدف:لتحديد الانواع المنتجة من جرثومة الشيجيلا لانزيمات البيتالاكتاميز ودور هذه الانزيمات في المقاومة للجيل الثالث من السيفالوسبورينات واسعة الطيف والمرتبطة بجينات السي تس اكس((CTX-M المحمولة على البلازميدات باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البوليميريزالمتعددة ((Multiplex PCR .طرق العمل :تم اجراء اختبار الحساسية لستة مضادات حياتية على 59 جرثومة شيجيلا باستخدام طريقة انتشارالقرص في الهلام ومن ثم تم الكشف عن الانواع المنتجة لانزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف بطريقة الاقراص المركبة. استخدمت طريقة التخفيف الثنائي في الهلام لتحديد التركيز المثبط الأدنى لعزلات الشيجيلا المقاومة لمجموعة من البيتا لاكتام والتي شملت (Cefotaxime Ceftraixone وCeftazidime) ثم تم استخلاص البلازميدات التي استخدمت للكشف عن جينات السي تي اكس بطريقة تفاعل سلسلة البوليميريزالمتعددة.النتائج : اظهرت النتائج مقاومة عالية بنسبة ( 84.7%) لمضادي Ampicillin و Tetracycline ونسبة (%72.9) و (%69.5) لمضادي Co-trimoxazoleو Cefotaxime على التوالي. اما المقاومة للمضادي Ceftazidime, Ceftraixone فتراوحت بين المتوسطة الى المنخفضة وبنسب (52.5%) و( (30.5على التوالي.تراوحت قيمة التركيز المثبط الادنى بين (ml/µg 512-64) لمضادي CTX وCRO وبين (256-32 (ml/µg لمضاد CAZ لجرثومتي الشيجيلا فلكسنيري والشيجيلاسوني . اما نوع الشيجيلا ديزنتري فقط اظهر مقاومة عالية (256 ml/µg) لمضاد Cefotaxime ومستوى مقاومة واطئة(64 ml/µg ) لمضاد Ceftraixone وحساسية كاملة لمضاد .Ceftazidimeتم الكشف عن انتاج انزيم البيتا لاكتاميز في احدى واربعين عزلة مقاومة لواحدة او اكثر من سبورينات الجيل الثالث واظهرت الدراسة ان 31(75.6 %) من العزلات كانت منتجة لهذا الانزيم منها 19(82.6 %) نوع شيجيلا فلكسنيري و11(68.6%) نوع شيجيلا سوني اضافة الى عزلة واحدة من نوع شيجيلا ديزنتري. الكشف الجيني لمحددات المقاومة بتقنية ال PCR المتعددة اظهر وجودالجينات في 23 (74.19%) من العزلات المنتجة للانزيم الواسع الطيف وبنسبة(45.16%) في شيجيلا فلكسنيري و29.03%)) شيجيلا سوني بينما لم يتم الحصول على الجينات في عزلة الشيجيلا ديزنتري . ايضا اظهرت النتائج ان الجينات المتمثلة بالمجموعة الاولى, blaCTX-M I المجموعة الثانية M II ( TOHO1) blaCTX - , المجموعة الثالثة blaCTX-M III وجدت بنسب (54.8% , 16.1% (%3. 2 ,على التوالي, ولم تحمل اي من العزلات اكثر من مجموعة.الاستنتاجات :تزايد المقاومة لمضادات البيتا لاكتمز نتيجة لانزيمات البيتالاكتاميز الواسعة الطيف ذات المحددات الجينية المحمولة على البلازميدات في انواع من جراثيم الشيجيلا في العراق وتزامن وجودها مع المقاومة لاصناف اخرى من المضادات الحياتية .مفتاح الكلمات :مقاومة سيفالوسبورينيس،انواع ا لشيجيلا. ، بلازميد؛ انزيمات البيتا لاكتاميز الواسعة الطيف ، جينات سي تي إكس - إم.

Listing 1 - 4 of 4
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (4)


Language

English (3)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2017 (1)

2016 (1)

2015 (1)

2013 (1)