research centers


Search results: Found 6

Listing 1 - 6 of 6
Sort by

Article
Screening for in Vitro Biofilm Formation Ability of Locally Isolated Uropathogenic Escherichia coli (UPEC)
التحري عن تكوين الاغشية الحيوية خارج الجسم الحي لعزلات محلية لبكتريا E.coli المعزولة من اخماج المسالك البولية

Authors: Abdalla A. Ebraheem عبدالله عبد الرضا ابراهيم --- Shadan A. Alwendawi شادان عباس الونداوي
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 2B Pages: 1310-1314
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Seventy-six urine specimens were collected from of patients suffering from recurrent urinary tract infections (UTIs). Specimens were bacteriologically analyzed, fifty (65.8%) of isolated bacterial strains were belonged to E.coli. 100% of isolated uropathogenic E.coli (UPEC)strains displayed a biofilm positive phenotype under optimized condition using microtiter plate assay. 21 of E.coli strains classified as highly positive biofilm producers (42%), and 29 (58%) as weakly positive biofilm producers.

جمعت 76 عينة ادرار سريرية من مرضى يعانون من خمج المسالك البولية المتكررة, فحصت العينات بكتريولوجيا. وجد ان 50 (65.8%) تعود لبكترياE.coli . أظهرت كل عزلاتE.coli المختبرة القدرة على تكوين الأغشية الحيوية 100% )) بأطباق المعايرة الدقيقة . صنفت 21 عزلة (42%)عالية الانتاجية في تكوين الغشاء الحياتي و 29 (58%) كونها ضعيفة الانتاجية .


Article
Some Virulence Factors Genes and Phylogenic Groups of Uropathogenic Escherichia Coli (UPEC) Isolated from Karbala Patients

Authors: Ahmed K. A AL-Ganimi --- Jawad K.T AL-Khafaji
Journal: Karbala Journal of Medicine مجلة كربلاء الطبية ISSN: 19905483 Year: 2016 Volume: 9 Issue: 1 Pages: 2376-2385
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

background: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is most important causative agent of urinary tract infection (UTI). This disease is still big health problem among human population in spite of scientific progress.Aims: aims of this study were to investigate the isolates of UPEC in patients with UTI, characterize the virulence factors and phylogenic groups among clinical isolates.Materials and Methods: A total of 150 urine specimens were collected from patients with UTI after establishing the diagnosis via investigation and clinical diagnosis in Al-Hussein Hospital, Gynecology and Obstetrics Hospital, and Children Hospital in Karbala province during the period from November 2013 to April 2014. Thirteen stool samples from apparently healthy individuals as control group were included. All E. coli isolates were identified by standard methods. Molecular diagnosis and characterization for virulence and phylogenic genes were detected by Multiplex PCR technique in medical researches laboratory of medical college at Karbala University.Results and Discussion: This study showed that 56/150 patients (37.3%) had UTI due to UPEC. The isolated UPEC were examined for the presence of the adhesion genes (Papc, Afa and Sfa) and the phylogeny groups’ genes by Multiplex PCR assays. The primers encoding virulence genes were tested against to all the 56 UPEC and 13 stool isolates. It was found that 27(48.21%) urine isolates carried just one virulence factor, of them 16(28.57%) isolates carrying papc, 2(3.57%) isolates carrying afa and 9(16.07%) isolates carrying sfa. No isolates out of 56 had carried all the three genes. However, no virulence factor was found in 24 (42.85%) isolates. Pap gene was found mostly in 7 isolates among patients aged (1-10 years) and (21-30 years); while, the prevalence of sfa gene was found in 7 isolates (50%) among patients aged (31-40 years); however, two isolates have afa gene it was in one isolate in each age group (1-10 years) and (41-50 years). The percentage of phylogenic groups of UPEC isolates belonging to B2 followed by D, A and B1, were 39.28%, 33.92%, 16.07% and 10.71% respectively; while in control group the results were A (53.84%), B2 (23.07%), B1 (15.38%) and D (7.69%).Conclusions: Its̓ concluded that the genes of virulence factors of UPEC isolates in patients with UTI were higher than in healthy persons. Significantly, E. coli strains responsible for UTI were far more likely to be members of phylogenic groups B2 or D than A or B1.


Article
A Multiplex PCR for Detection of hlyA, papC, and traT genes in multidrug resistance Escherichia coli isolated from pregnant women

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract:Urinary tract infection (UTI) in pregnancy is a common clinical problem which causesmorbidity and, in a small minority of cases, renal damage and chronic renal failure. Urinesamples from three hundred pregnant women were collected from Baghdad TeachingHospital, were examined between January to June 2012 for the presence of bacteria. Theirages ranging from 15 to 50 years. Up to 32.6% (98) of women have a urinary tract infection(UTI). Escherichia coli was detected in 27.5% (27) of all the urine samples.All isolates were screened for some virulence factors: α-haemolysin, adhesion factortype P fimbriae and serum resistance. Multiplex PCR systems were used to detect genesencoding α-hemolysin (hlyA), adhesion P(papC), and traT associated with serum resistance.The results indicated that the occurrence of papC was detected in (18.5%), while traT wasdetected in (96.2%) of isolates on the other hand hlyA can't detected in any E. coli isolates. Allthe isolates were also studied for antibiotic susceptibility pattern using a disc diffusionmethod.The rate of resistance of E. coli Amoxicillin (92.5%), Amoxicillin/Clavulanic acid(89%), Cefotazidime, Cefotaxime and Cefepime (78%), kanamycin (59%), levofloxacin(55.5%), Ciprofloxacin (52%) and showed high degree of sensitivity toward Cefoxitin andImipenem (7% and 0%) respectively. Additionally,17 (62.9%) isolates were multidrugresistant.The finding of this study indicated that the traT widespread among pathogenic E. coliin Iraq. Furthermore it concludes that E. coli is one of the important multidrug resistancecausative agents of urinary tract infection in young women especially during the state ofpregnancy.

الخلاصة:یعد ألتھاب المسالك البولیة عند الحمل مشكلة سریریة شائعة ، وفي حالات ضئیلة تسبب الضرر الكلوي والفشلالكلوي المزمن. تم جمع عینات البول من 300 أمراه حامل من مستشفى بغداد التعلیمي، بین ینایر حتى یونیو 2012للتحري عن البكتریا حیث تراوحت أعمارھن بین 15 إلى 50 سنة.98 ) من النساء مصابات بالتھابات المسالك البولیة. تم الكشف عن ) ٪ اظھرت النتائج ما یصل الى 32.627 ) من مجموع عینات الادرار كذلك تم تحري عن بعض عوامل الضراوة مثل ) ٪ بنسبة 27.5 Escherichia coliومقاومة المصل في جمیع العزلات . استخدم نظام التفاعل التضاعفي لسلسة P ألفا ھیمولایسین، عامل الالتصاق خمل نوعحیث أشارت النتائج إلى أنھ تم الكشف عن .(traT) و (papC) ،(hlyA) الدنا المتعدد للكشف عن جینات عوامل الضراوةفي hlyA بنسبة ( 18.5 ٪) من ناحیة أخرى لم یتم الكشف عن papC بنسبة ( 96.2 ٪) ، في حین تم الكشف عن traT. E. coli عزلاتE. coli أختبرت حساسیة العزلات للمضادات الحیویة باستخدام طریقة انتشار القرص. كان معدل مقاومةAmoxicillin(92.5%), Amoxicillin/Clavulanicacid (89%), Cefotazidime, Cefotaxime, and كالتاليوأظھرت درجة Cefepime (78%), kanamycin (59%), Levofloxacin (55.5%), Ciprofloxacin(52%)7% ) على التوالي . بالإضافة إلى ذلك اظھرت and 0%) Cefoxitin and Imipenem عالیة من الحساسیة تجاه(traT) 17 ). دلت نتائج ھذه الدراسة على أن جین مقاومة المصل ) ٪ العزلات مقاومة متعددة والتي كانت نسبتھا 62.9المسببة للأمراضفي العراق بالتالي من خلال ھذه النتائج E. coli كان من الجینات الاوسع انتشارا بین عزلاتتعتبر واحدة من الانواع البكتیریة المھمة والمتعددة المقاومة المسببة لالتھابات E. coli نستنتج ان بكتریاالمسالك البولیة في النساء الشابات خصوصا خلال فترة الحمل


Article
Genotypic Study of Two Virulence Factors fimH and kpsMTII in Uropathogenic Escherichia coli Isolates from Children Patients with Urinary Tract Infections
دراسة وراثية لأثنين من عوامل الضراوة fimH و kpsMTII لبكتريا ايشريشيا القولون الممرضة للمجاري البولية والمعزولة من الأطفال المصابين بالتهاب المجاري البولية

Authors: Zaid N. Abass زيد نصيف عباس --- Khalid A. Habib خالد عبد الرزاق حبيب --- Zahraa A. Abed زهراء عباس عبد
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2014 Volume: 11 Issue: 4 Pages: 1475-1480
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Adhesion (type 1 fimbriae) and host defense avoidance mechanisms (capsule or lipopolysaccharide) have been shown to be prevalent in Escherichia coli isolates associated with urinary tract infections. In this work, 50 uropathogenic Escherichia coli (UPEC) isolated from children with urinary tract infections were genotypically characterized by polymerase chain reaction (PCR) assay. We used two genes; fimH and kpsMTII, both of them previously identified in uropathogenic E.coli (UPEC) isolates. The PCR assay results identified fimH (90.0)% and kpsMTII (72.0)% isolates. In the present study, was also demonstrated that these genes may be included in both or one of them within a single isolate.

جمعت 50 عز لة لاشرشيا القولون من ادرار لاطفال يعانون من التھابات المجاري البولية وقد تم استخدام تقنية سلسلة تفاعل البلمرة مع استخدام باد ئات متخصصة للكشف عن جين الضراوة المشفر لبروتينات عامل الالتصاق (النوع الاول من الاهداب fimH ) وجين الضراوة المشفر لبروتينات المحفظة او الغشاء الدهني متعدد السكر ( kpsMTII) وكا نت نسبة و جود جين عامل الالتصاق 90.0 % بينما نسبة وجود الجين المشفر لبروتين المحفظة. 72.0% و اثبتت الدراسة امتلاك بعض العزلات لاحد الجينين بينما وجد كلا الجينين في عزلات اخرى.


Article
Investigation of some virulence factors in pathogenic bacterium Escherichia coli urinary tract *
التحري عن بعض عوامل الفوعة في جرثومة Escherichia coli الممرضة للمسالك البولية *

Authors: haider ali mendiel حيدر علي منديل --- Ahlaam K. N. احلام كاظم نعيم الياسين
Journal: Al-Kufa University Journal for Biology مجلة جامعة الكوفة لعلوم الحياة ISSN: 20738854 23116544 Year: 2016 Issue: العدد الخاص بالمؤتمر العلمي الدولي الثاني لعلوم الحياة / كلية التربية للبنات / جامعة الكوفة / 2016 Pages: 35-44
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed to phenotypic detection of some virulence factors of uropathogenic Escherichia coli (UPEC) associated with urinary tract infection. A total of 150 urine sample have been collected from patient suffering from UTI whom admitted to AL- Najaf AL-Ashraf hospitals from both gender, involved 107 urine samples for female with aged group range between 14-50 years and 43 urine samples from male with age group range between 8-45 years. The results of microscopic, phenotypic and biochemical test showed that only 30 isolates were belong to UPEC in which 24 (22.42%) isolates from female and 6(13.95%) isolates from male. PCR technique has been used to detect the serotype of UPEC by using O15 and O25 serotype gene and the results of gel electrophoresis showed that only 5(16.66%) isolates were belong to O15 by appearing of amplicon with 183 bp while 6(20%) isolates were belong to O25 with 230 bp of amplicon . Phenotypic detection of some virulence factors in UPEC has been carried out. The results revealed that all isolates (100%) were biofilm formation in which the range of optical density (OD) of biofilm formation isolates were 0.12 – 0.4 at 640 nm wave length measured by spectrophotometer. Also the ability of UPEC to produce alkaline phosphotase has been detected by measuring the diameter of phospholytic zone and the results showed that all isolates were alkaline phosphotase producer with 10.33-21 mm phospholytic zone. On the other hand the results indicated that all isolates were capsule producer while they have not the ability to produce protease

هدفت الدراسة الحالية إلى التحري المظهري عن بعض عوامل الفوعة في جرثومة Escheriachia coli الممرضة للمسالك البولية حيث تم جمع 150 عينة إدرار من الأشخاص المصابين باخماج المسالك البولية والمراجعين لمستشفيات النجف الاشرف من كلا الجنسين ، توزعت على 107 عينة إناث واللاتي تتراوح أعمارهن بين 50-14 سنة و 43 عينة ذكور والذين تتراوحت اعمارهم بين 45-8 سنة . اظهرت نتائج التشخيص المظهري و المجهري والاختبارات الكيموحيوية عائديه 30 عزلة لجرثومة E.coli الممرضة للمسالك البولية ( Uropathogenic E.coli (UPEC)) توزعت بين 24 (%22.24) عزلة من الإناث و6 (%13.95) عزلات من الذكور . استخدمت تقنية الـ PCR للتعرف على التنميط المصلي لعزلات UPEC المشخصة باستخدام بادئات النمط المصلي O15 و O25 وأظهرت نتائج الترحيل الكهربائي على هلام الاكاروز أن 5 (% 16.66) عزلات كانت تعود للنمط المصلي O15 وذلك بظهور حزمة ذات حجم جزيئي 183 زوج قاعدي, بينما كانت 6 (% 20) عزلات تعود للنمط المصلي O25 وذلك بظهور حزمة ذات حجم جزيئي 230 زوج قاعدي. أجرى الكشف المظهري عن بعض عوامل الفوعة في جرثومة UPEC ,اذ اظهرت النتائج قابلية جميع العزلات على إنتاج الفيلم الحيوي اذ تراوحت قيم الكثافة الضوئية في عزلات جرثومة UPEC المنتجة للفيلم الحيوي بين (0.4 - 0.120) على طول موجي 640 نانوميتر مقاسا بجهاز المطياف الضوئي. كما تم التحري عن قابلية عزلات جرثومة UPEC على إنتاج إنزيم الفوسفاتيز القلوي وذلك بقياس أقطار منطقة التحلل وبينت النتائج أن جميع العزلات (%100) لها القابلية على إنتاج إنزيم الفوسفاتيز القلوي حيث بلغ معدل أقطار مناطق التحلل (21-10.33) ملم, كما تم الكشف عن قابلية عزلات جرثومة UPEC على إنتاج المحفظة وأوضحت النتائج إن جميع العزلات (%100) كانت لها القابلية على انتاج المحفظة , بينما لم تظهر تلك العزلات القابلية على إنتاج إنزيم البروتيز .


Article
Isolation of Multi Antibiotics Resistance Escherichia coli from urinary tract infection and the Detection of PapC and fimH virulence genes by Polymerase chain reaction Technique
عزل بكتريا Escherichia coli ذات المقاومة المتعددة للمضادات الحيوية من اخماج المسالك البولية وتحديد جينات الضراوة PapC و fimH باستخدام تقنية التفاعل التضاعفي لسلسلة الدنا

Authors: Shaymaa K.Abass شيماء خضر --- Mun,im R. Ali منعم رضوان علي --- Sawsan H.Authman سوسن حسن عثمان
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2014 Volume: 10 Issue: 1 Pages: 112-127
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

One hundred fifty urine samples were collected from urinary tract infections. patient ages is ranging with two days to 73 years, 92 females , 47 males and 11 cases of children for both sex. A total of 65 isolates of E. coli. Drug sensitivity of all E. coli isolates was evaluated using a disc diffusion method. Most E. coli strains showed variable resistance to different antibiotic ,showed high degree of sensitivity towored Nitrofurantoin Ciprofloxacin, Pifloxacin, and Norfloxacin showed the isolates Approximately 100% resistance to Amoxicillin/clavulanic acid and Cloxacillin in all tested isolates. And local isolate showed multidrug resistance range from (28% - 100% ). The expression of adhesion factor type P fimbriae (CAFl, CAFΠ, CAFШ) was determined as followed (89%, 54% , 55%) respectively .As well as adherence of E. coli isolates to uroepithelial cells is showed 100% in the local isolates . A total of 28 UPEC strains were selected for genotypic characterization of virulence factor gene ( fimH and papC) by using PCR to detect the relation between phenotype determine with present gene in all of these isolate . The results indicated that the occurrence of fimH was detected in (71%) of isolates ,while pap C was detected in (79%) of isolates .These results demonstrated the variable phenotypic expression when compared to genotypic detection .

جمعت 150 عينة ادرار من المرضى المصابين بالتهابات المسالك البولية. وتم الحصول على65 عزلة لبكتريا Escherichia coli , تراوحت اعمار المرضى من اطفال بعمر يومين الى 73 سنة , وكانت نسبة الاناث 92 ,الذكور 47 والاطفال 11 لكلا الجنسين . واختبرت حساسية العزلات للمضادات باستخدام طريقة انتشار القرص.اظهرت معظم سلالات E. coli مقاومة متغايرة للمضادات الحيوية , حيث اظهرت العزلات درجة عالية من الحساسية لمضادات Nitrofurantoin و Ciprofloxacin ، Pifloxacin، و Norfloxacin بينما اظهرت العزلات نسبة مقاومة 100% لكل من Amoxicillin / clavulanic acid و Cloxacillin. وكشفت عزلاتنا المحلية عن مقاومة متعددة تراوحت نسبتها بين (100% - 28%) . . كان التعبير عن عامل الالتصاق خمل النوع P (CAFl, CAFΠ, CAFШ) كالاتي (89%, 54% , 55%) على التوالي . بالاضافة الى انه نتائج الالتصاق لعزلات E. coli على الخلايا الطلائية كانت 100% للعزلات المحلية .حددت جينات عومل الضراوة fimH papC لـ28 عزلة من عزلات E. coliالممرضة للمسالك البولية UPECحيث استخدم طريقة PCR للكشف , وتحديد العلاقة بين الصفات المظهرية والكشف عن وجود الجينات في كل هذه العزلات .لاحظنا وجود جينات fimH بنسبة (71%) , بينما pap C بنسبة (79%) . كشفت هذه النتائج اختلاف الكشف المظهري عند مقارنته بالكشف الجيني

Listing 1 - 6 of 6
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (6)


Language

English (5)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2016 (2)

2015 (1)

2014 (2)

2013 (1)