research centers


Search results: Found 5

Listing 1 - 5 of 5
Sort by

Article
Isolation and molecular characterization of Vibrio fluvialis from diarrheal children in Nasiriyha City

Authors: Hawraa A .mohammed --- Ezat H.Mezal --- Zaman kaream hanan
Journal: JOURNAL OF THI-QAR SCIENCE مجلة علوم ذي قار ISSN: 19918690 Year: 2018 Volume: 6 Issue: 4 Pages: 28-34
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

The objective of this study was to investigate the incidence, molecular features, as well as the antimicrobial susceptibilities of Vibrio.fluvialis isolated from diarrheal (children) in Nasiriya city from (July 2016 to February2017) . A total of (20) samples of Vibrio. fluvialis were collected and analyzed by bacteriological, molecular and antimicrobial methods. Green and yellow bacterial colonies were recovered on thiosulfate citrate bile salt sucrose agar plates. The phenotypic characteristics of the isolates, including morphological, physiological and biochemical traits were determined and confirmed using API 20E system. Following isolation, the 16S rRNA gene specific for the genus Vibrio.fluvailis was investigated by using PCR. Antimicrobial susceptibility to 10 antimicrobial agents was determined by the disc agar-diffusion method .In this study the isolates were more resistance to polymaxin B (70%) & streptomycin (65%) and tetracycline (60%),while doxycycline was (60%) ,ampicillin and chloramphenicol (55%) ,while trimethoprim was resistance (50%).while was more sensitative to Nalidixic acid &Azithromycin (35%)and ciprofloxacin (45%). The study showed an increase presences of Vibrio.fluvialis in diarrheal children &ahight resistance of many antimicrobial agent that importance to find suitable methods to control the infection transmission.


Article
Molecular characterization of Pseudomonas aeruginosa Isolates Isolated from Clinical Patients by Using RAPD-PCR Technique.
التوصيف الجزيئي لعزلات Pseudomonas aeruginosa معزولة من مرضى سريرين باستخدام تقنية RAPD-PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of the present study was the molecular characterization and the evaluation of variability and genetic relationship of six Pseudomonas aeruginosa isolates using PCR-based Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. A total number of 86 samples were collected from patients that hospitalized in Tikrit Teaching Hospital in Tikrit city. These samples were taken from patients basing on the sources of infections, the isolates were taken from: wounds, ear, burns, urine, sputum, and eyes infections. Using enrichment, selective media, and biochemical tests, that characterized and identified as P. aeruginosa. Genomic DNA was extracted from six P. aeruginosa isolates isolated from these different sources. These genomic DNA samples were found to have a suitable concentration and purity for RAPD-PCR analysis. RAPD-PCR technique was performed using 15 different Operon random primers. Eleven primers gave successful amplification results in repeated experiments. As a result, the total number of amplified bands was 270 and the total number of polymorphic bands was 234. The highest number of polymorphic bands (39 bands) was produced by primer OPX-01. The primer efficiency ranged from 3.70 (primer OPA-11) to 14.44 (primer OPX-01) and the discriminatory value ranged from 1.70% (primer OPA-11) to 16.66% (primer OPX-01). In addition, genetic distance and cluster analysis among different P. aeruginosa isolates were estimated by using UPGMA computer program basing on RAPD-PCR banding patterns that obtained in this study. These results suggesting that possible and frequent occurrence of mutations in DNA sequencing P. aeruginosa bacteria from different sources and locations. This study has proved existence genetic differences (DNA polymorphism) among the six P. aeruginosa isolates isolated from different sources. Therefore, we can say that RAPD technique could be an efficient technique for studying the molecular characterization and the epidemiology of P. aeruginosa bacteria.

هدفت هذه الدراسة إلى إجراء التوصيف الجزيئي وتقييم درجة التباين والعلاقة الوراثية لست عزلات من بكتريا Pseudomonas aeruginosa باستخدام تقنية RAPD-PCRالمعتمدة على التضخيم العشوائي المتعدد الأشكال لسلسة ألدنا. جمعت 86 عينة من المرضى الوافدين إلى مستشفى تكريت التعليمي في مدينة تكريت. أخذت هذه العينات من مصادر مختلفة واعتمادا" على مصدر الإصابة أخذت العزلات من الجروح،الأذن،الحروق،البول،البلغم والعيون. عزلت وشخصت بكتريا P. aeruginosa باستخدام الأوساط الاغنائية والانتخابية بالإضافة إلى الاختبارات الكيموحيوية. تم عزل ألدنا المجيني بنجاح من عزلات P. aeruginosaالستة المعزولة من مصادر مختلفة بتركيز ونقاوة مناسبة لاستعماله في تفاعلات تقنية .RAPD-PCR أنجزت تقنية RAPD-PCR باستخدام 15 بادئ عشوائي مختلف وأظهرت النتائج أن 11 بادئا" أعطت نتائج ناجحة من التجارب المتكررة.كنتيجة، العدد الكلي للحزم المتضاعفة كان270 والعدد الكلي للحزم المتباينة كان 234 حزمة. أعلى عدد من الحزم المتباينة أنتج من قبل البادئ OPX-01(39 حزمة)، تراوحت كفاءة البادئات مابين 3.7 للبادئ OPA-11 إلى 14.44 للبادئ OPX-01، أما قوة التباين فتراوحت مابين 1.7% للبادئ OPA-11 إلى 16.66% للبادئ .OPX-01 بالإضافة إلى، تحديد البعد الوراثي والتباين العرقي لعزلات P. aeruginosa باستخدام برنامج UPGMA الحاسوبي اعتمادا" على أنماط التضاعف المستحصلة من هذه الدراسة باستخدام تقنية التضاعف العشوائي متعدد الأشكال لسلسة ألدنا (RAPD-PCR ).تقترح هذه النتائج حدوث تغيرات وطفرات وراثية محتملة ومتكررة في تسلسل ألدنا لبكتريا P. aeruginosa من المصادر والمناطق المختلفة. أثبتت هذه الدراسة بوضوح وجود اختلافات وراثية على مستوى ألدنا بين عزلات P. aeruginosa الستة المعزولة من المصادر المختلفة. لذلك يمكن القول أن تقنية RAPD-PCR تقنية فعالة لدراسة التوصيف الجزيئي ووبائية بكتريا P. aeruginosa.


Article
MOLECULAR AND MORPHOLOGIGAL CHARACTERIZATION FOR SOME CARNATIONSPECIES(Dianthusspp.).
التوصيف الجزيئي والمظهري لبعض انواع القرنفل

Author: Janan K. Hussein جَنان قاسم حسين
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2015 Volume: 46 Issue: 5 Pages: 793-801
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The study includedtwo phases, the first one was carried out at one of Baghdad nurseries on 15/9/2013 sowing the seeds of 12 species ofDianthusspp.( D.caryophyllus, D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus, D. monspessulanus, D. pavonius, D. deltoids, D. japonicas and D. seguieri)to study some of the qualities phenotypic, and the second phase was carried out atbiotechnology and tissue culture laboratories /College of Agriculture/University ofRazi/Kermanshah/Iran . TheAmplified Fragment Length Polymorphism(AFLP) based on Polymerase Chain Reaction (PCR) with seven primers was implemented. The results of the phenotypic characteristics of the species studied, and there are considerable differences between them where the variation coefficient (C.V.)was very high in all the traits and reached the top rated 85.09 for a number of branches /plant , 57.66 for the number of flowers / plant, 45.08 flower diameter, 32.51 for plant height and 28.66 dry weight of vegetative part . DNA analysis showed that the primers gave a 397 bands including 324 polymorphic bandsand 81.59% polymorphic bands, this confirms the existence of Genetic Distance between the species of Dianthus studied . High Genetic Distance 0.28% D. barbatu and D. caryophyllusand lowest Genetic Distance0.08% betweenD. chinensis and D. japonicas.

تضمنت الدراسة مرحلتين الاولى حقلية نفذت في احد مشاتل بغداد بتاريخ 013-9-152 بزراعة بذور 12نوع من القرنفلspp.Dianthus(D. caryophyllus,D. chinensis, D. gratianopolitanus, D. barbatus, D. balbisii, D. repens, D. alpinus , D. monspessulanus , D. pavonius , D. deltoids ,D. japonicasوD. seguieri)لدراسة بعض الصفات المظهرية لها, والمرحلة الثانية مختبرية نفذت في مختبرات الزراعة النسيجية والتقانات الاحيائية-كلية الزراعة-جامعة الرازي-كرمنشاه-ايران.استخدمت تقانة تبايناتاطوال القطعالمتضاعفة (AFLP)Amplified Fragment Length Polymorphism المعتمدة على تقانة PCRPolymerase Chain Reactionوبسبعة توليفات من البادئات. بينت نتائج الصفات المظهرية للأنواع المدروسة وجود اختلافات كبيرة فيمابينها حيث كان معامل التغاير(C.V.)عالي جدا في جميع الصفات المدروسةوبلغ اعلاها 85.09 لعدد الافرع الرئيسة, 57.66لعدد الازهار-نبات, 45.08قطر الزهرة , 32.51لارتفاع النبات و 28.66للوزن الجاف للمجموع الخضري. اظهر تحليل البصمة الوراثية ان توليفة البادئات السبعة المعتمدة اعطت397 حزمة كان منها 324حزمة متباينة وبنسبة تباين 81.59% وهذا يؤكد وجود تباعد وراثي بين انواع القرنفل المدروسة اذ بلغ اعلاها0.28% بين النوعين D. barbatusوD.caryophyllusفي حين اعطى النوعين D. chinensis و D. japonicas اقل نسبة للبعد الوراثي وبلغت 0.08%.


Article
Phenotypic and molecular characterization of Streptococcus mutans bacteria isolated from the mouth and test their ability to form biofilms and their resistance to antibiotics
التوصيف المظهري والجزيئي لبكتريا Streptococcus mutans المعزولة من الفم وإختبار قدرتها على تكوين الأغشية الحيوية ومقاومتها للمضادات الحيوية

Author: Wafaa A. J. Al-Kaaby وفاء عبد الواحد جحيل الكعبي
Journal: journal of al-qadisiyah for pure science(quarterly) مجلة القادسية للعلوم الصرفة (فصلية). ISSN: 19972490 Year: 2016 Volume: 2 Issue: 21 Pages: 151-168
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 479 bacterial isolates were collect from 409 swabs from the teeth surfaces teeth and gingiva of the auditors admitted to the centers specialist and dental clinics in Al-Diwaniya city for different ages by specialist doctor on period from 1/11/2012 AC till 1/3/2013 AC. Bacterial isolates diagnosed by Vitek compact 2 system to positive and negative gram stain head it Streptococcus spp. by highest percentage of 31.52%, followed by Staphylococcus spp. by 20.45% and Lactobacillus spp. by 12.52% and Candida spp. by 10.64%, and follow then some germs that made a few percentages compared to the bacteria mentioned, also S. mutans obtain among microbial species isolated from teeth surfaces and gingiva frequency highest in the number of isolates (56 isolate) and tested their on biofilm formations; then 44 isolation (44.64%) high formations, 16 isolation (28.57%) medium formations and 15 isolation (26.79%) non biofilm formations. The impact of carbohydrates appear apparent on S. mutans isolates in biofilm formations on bio-growth medium; then amounted to the presence of sucrose 35.71%, followed by glucose with fructose together in the medium (25.00%) then glucose (16.07%) and fructose (12.50%), while the percentage of carbohydrates absence in the growth medium 10.71%.The drug sensitivity of S. mutans isolates were tested trend 11 antibiotic by using disks diffusion method which showed that the resistance of isolates to antibiotics was higher than the sensitivity of her as well as they were increase after biofilm formations; where resistant isolates convey to Erythromycin before and after biofilm formations (98.21 and 94.64)%, Amoxicillin (85.71)% each for both, and Ampicillin (80.35 and 83.92)%, Nalidixic acid (80.35 and 87.50)%, Cefotaxime (69.64 and 75.00)%, Chloramphenicol (69.64 and 89.28)%, Amoxicillin-Clavulanic acid (58.92 and 76.78)%, Gentamicin (57.14 and 78.57)%, Tetracycline (55.35 and 66.07)% each respectively, while showed high sensitivity to Amikacin (25.00 and 48.21)% and Trimethoprim sulfamethaxale (7.14 and 19.64)% each, respectively. 12 isolates elected tested from the 56 isolates of S. mutans; as a biofilm producer and more resistant to antibiotics and were containing 16s RNA gene was representing diagnostic gene for these bacteria using polymerase chain reaction (PCR) technique, results also showed DNA sequences of the conservative gene (16s rRNA) in isolates of S. mutans biofilm formations and by means of phylogenetic tree analysis for that gene, the similarity appeared between S. mutans local strain with Spain standard strain (AJ554208.1) in 14 and 15 nucleotide locations.

تم عزل 479 عزلة بكتيرية من 409 مسحة من سطوح الأسنان واللثة للمرضى المراجعين من كِلا الجنسين وبأعمارٍ مختلفة للمراكز التخصصية وعيادات الأسنان في مدينة الديوانية بعد أن شُخصوا سريرياً بإلتهابات الفم (الأسنان واللثة) من قِبل الأطباء المختصين للمدة من 1/11/2012م ولغاية 1/3/2013م.شُخِّصت العزلات البكتيرية بإستخدام جهاز الفايتك إلى موجبة وسالبة لصبغة ﮔرام تصدرتها بكتريا المكورات السبحيَّة Streptococcus spp. بأعلى نسبة بلغت 31.52% تلتها بكتريا المكورات العنقودية Staphylococcus spp. بنسبة 20.45% وبكتريا عُصيات الحليب Lactobacillus spp. بنسبة 12.52% ثم خميرة Candida spp. بنسبة 10.64%, وتوالت بعدها بعض البكتريا التي أحرزت نسباً قليلةً مقارنةً بالبكتريا المذكورة, كما أحرزت بكتريا المكورات السـبحيَّة الغشائية Streptococcus mutans من بين الأنواع البكتيرية المعزولة من سطوح الأسنان واللثة أعلى تردداً في عدد العزلات (56 عزلة) واُختُبِرت قدرتها جميعها على تكوين الغشاء الحيوي؛ إذ كانت 44 عزلة (44.64%) عالية التكوين لهُ و 16 عزلة (28.57%) متوسطة التكوين و 15 عزلة (26.79%) عديمة التكوين للغشاء الحيوي. وظهرَ تأثير الكربوهيدرات واضحاً على عزلات S. mutans في تكوينها للغشاء الحيوي على وسط النمو؛ إذ بلغت نسبتها بوجود السكروز 35.71% تلاهُ الكلوكوز مع الفركتوز معاً في الوسط نفسه بنسبة 25.00% ثم الكلوكوز (16.07%) والفركتوز (12.50%), بينما بلغت نسبتها بغياب الكربوهيدرات في وسط النمو 10.71%.اُختُبِرت الحساسية الدوائية لعزلات S. mutans تجاه 11 مضاداً حيوياً بإستخدام طريقة الإنتشار بالأقراص التي أوضحت أنَّ مقاومة العزلات للمضادات الحيوية كانت أعلى من حساسيتها لها إضافةً إلى أنها إزدادت بعد تكوينها للغشاء الحيوي؛ حيث بلغت مقاومة العزلات لمضاد الإرثرومايسين قبل وبعد تكوينها للغشاء الحيوي (98.21 و 94.64)% والأموكسيسيلين (85.71)% لِكلٍ منهما والأمبيسيلين (80.35 و 83.92)% وحامض الناليدسك (80.35 و 87.50)% والسيفوتاكسيم (69.64 و 75.00)% والكلورامفينيكول (69.64 و 89.28)% والأموكسيسيلين – حامض الكلافيولانك (58.92 و 76.78)% والجنتامايسين (57.14 و 78.57)% والتتراسايكلين (55.35 و 66.07)% لِكلٍ منهما على التوالي, فيما أظهرت حساسيتها العالية لِمضادي الأميكاسين (25.00 و 48.21)% والترايميثوبرايم سلفاميثاكسيل (7.14 و 19.64)% لِكلٍ منهما على التوالي.إختُبِرت 12 عزلة منتخبة من 56 عزلة من S. mutans؛ بإعتبارها منتجةً للغشاء الحيوي وأكثر مقاومةً للمضادات الحيوية وإمتلاكها لمورثة 16S rRNA التي تُمثّل المورثة التشخيصيّة لها بإستعمال تقنية تفاعل سلسلة إنزيم البلمرة (PCR), كما بيَّنت نتائج تتابع تسلسل الحامض النووي DNA للموَّرث المحافظ (16S rRNA) في عزلات S. mutans المكونة للأغشية الحيوي وبوساطة تحليل الشجرة الوراثية لذلك الموَّرث, ظهرَ تشابهً بين سلالة S. mutans المحلية مع السلالة القياسية الأسبانية (AJ554208.1) في الموقعين النيوكليوتيدين 14 و 15.


Article
Molecular Genotyping of Infectious Bursal Disease virus (IBDV) Isolated from layer Flocks in Iraq
التنميط الجيني الجزيئي لفايروس التهاب الجراب المعدي المعزولة من قطعان الدجاج البياض في العراق

Loading...
Loading...
Abstract

Recently highly pathogenic strains of IBDV have been appeared causing great economic losses. In this research IBDV has been isolated in Iraq successfully from seven samples from different Layer flocks (32 field) in different Iraqi provinces. Bursa of fabricia samples were assessed using reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) for the presence of IBDV adoption VP2 gene. All seven tested samples were positive. Rapid test was conducted for the all samples to identify positive cases of IBD. Seven positive samples were selected to isolate IBDV showed 350bp by the use of conventional RT-PCR technique as assurance to the presence of IBDV. Histological sections of the bursa of fabricia showed the presence of necrosis, depletion of the follicles and the some hetrophil infiltration, these features were consider pathognomic for IBDV infection. The virus has been isolated by injected bursal suspension in embryonated chicken eggs. CAM has been collected and examined by AGPT to confirm the existence of IBDV. After confirming the presence of the virus by RT-PCR sequence analysis by application of PCR products for the seven samples. All seven selected samples very virulent vvIBDV. Genotyping of Iraqi vvIBDV strains showed a gradual evolution of the IBDV in Iraq, where they were not closely linked to the previous isolated Iraqi strains

ظهرت سلالات شديدة العدوى في الفترة الأخيرة من IBDVتسببت في خسائر اقتصادية كبيرة. في هذا البحث تم عزل IBDV في العراق بنجاح من سبع عينات من حقول بياض مختلفة 32 حقل في المحافظات العراقية المختلفة. تم تقييم جراب فابريشيا للعينات باستخدام (RT-PCR) لوجود IBDV باعتماد جين VP2. وكانت جميع العينات السبعة المختبرة إيجابية. وأجري الاختبار السريع لجميع العينات لتحديد الحالات الإيجابية لمرض التهاب جراب فابريشيا المعدي. أظهرت العينات السبعة الموجبة350bp عن طريق استخدام تقنية RT-PCR التقليدية للتأكد من وجودIBDV . وأظهرت المقاطع النسيجية من الجراب فابريشيا وجود نخر، ونضوب بصيلات وارتشاح بعض خلايا الهتروفيل, هذه الميزات ذكرت آنفا للإصابة IBDV. وقد تم عزل الفيروس عن طريق حقن عالق جراب فابريشيا في أجنة بيض الدجاج. وقد تم جمع CAM وفحصها من بواسطة AGPT لتأكيد من وجود IBDV. بعد التأكد من وجود الفايروس بواسطة RT-PCR اجري التحليل التسلسلي PCR products للعينات السبعة. تميزت جميع العينات السبعة ضارية جدا vvIBDV. اكد التنميط الجيني للعترات vvIBDV العراقية وجود تطور تدريجي لفايروس التهاب جراب فابريشيا العدي في العراق, حيث أنها لم ترتبط ارتباط وثيق بالعترات العراقية المعزولة سابقا.

Listing 1 - 5 of 5
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (5)


Language

Arabic (2)

English (2)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2018 (1)

2016 (2)

2015 (1)

2012 (1)