research centers


Search results: Found 13

Listing 1 - 10 of 13 << page
of 2
>>
Sort by

Article
MOLECULAR DETECTION OF IVSINT.6 MUTATION ASSOCIATED WITH ß -THALASSAEMIA IN IRAQI POPULATION
الكشف الجزيئي عن الطفرةIVSIn.6 المرتبطة بمرض بيتا- ثلاسيميا في المجتمع العراقي

Author: جودت نوري
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2010 Volume: 9 Issue: 1 Pages: 82-86
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was conducted in the Institute of Genetic Engineering and Biotechnology for Postgraduate Studies, University of Baghdad from August 2007 to March 2008, it is an attempt to determine ethnic distribution of IVSInt.6 mutation associated with β-thalassaemia in Iraqi population. Ninety EDTA blood samples of clinically thalassaemic patients including Arab, Turkman and Kurd were collected from two thalassaemic center in Iraq. Also blood sample from 30 apparently healthy individuals were collected as a control group. The DNA samples were subjected for molecular detection of IVSInt.6 β-thalassaemia mutation by Amplification Refractory Mutation System (ARMS) based on Polymerase Chain Reaction (PCR). It was found that the ethnic specificity of the studied mutation were reported for the first time within Iraqi population. The ethological distribution of the positive diagnosed mutation showed that the studied mutation was detected only in 10(33.33%) Turkman patients, while it was not detected in Arab and Kurds.

أجريت هذه الدراسة في معهد الهندسة الوراثية والتقنيات الإحيائية للدراسات العليا للمدة من آب 2007 ولغاية آذار 2008 وهي محاولة لتحديد التوزيع العرقي لإحدى الطفرات المصاحبة لفقر دم البحر الأبيض المتوسط (الثلاسيميا– بيتا) في المجتمع العراقي. جمعت عينات الدم في أنابيب تحتوي على مانع التخثر من 90 مصاب سريرياً بالثلاسيميا_ بيتا(عرب وتركمان وكرد )من مركزي ثلاسيميا في العراق في بغداد و كركوك. جمعت عينات الدم أيضاً من 30 شخص من الأصحاء ظاهرياً كمجموعة سيطرة. تم إستخلاص الحامض النووي وأجري التشخيص للطفرة المصاحبة للثلاسيميا– بيتا على الحامض النووي بإستعمال تقنيةARMS-PCR . بينت الدراسة أن الخصوصية العرقية التركمانية للطفرة التي تم دراستها قد سجلت لأول مرة في العراق. وأظهر التوزيع العرقي للطفرة المشخصة أن 10مرضى(33.33%) من التركمان مصابين بهذه الطفرة بينما لم تسجل الطفرة في كلاً من العرب والكرد مما يشير إلى الإختلاف العرقي بينهم.


Article
Molecular detection of bacteriocin producing Lactic acid bacteria from fermented milk in Alnajaf
الكشف الجزيئي عن بكتريا حامض اللاكتيك المنتجة للبكتريوسين المعزولة من الالبان في محافظة النجف

Author: . Nawfal Hussein Aldujaili
Journal: journal of kerbala university مجلة جامعة كربلاء ISSN: 18130410 Year: 2014 Volume: 12 Issue: 2 Pages: 56-61
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

Bacteriocins are ribosomal synthesized antimicrobial peptides produced by one bacterium that are active against other bacteria, either in the same species (narrow spectrum), or across genera (broad spectrum).Thirty isolates of Lactic acid bacteria obtained from fermented milk and Yoghurt from various locations in Alnajaf were analyzed by PCR to rapid screening of pediocin, plantaricin and enterocin genes that present on the bacterial chromosome or on plasmidsMultiplex PCR method was used to detect the presence of bacteriocin gene by using specific primers to amplify a fragment from bacteriocin structural gene. Eighteen strains produced one of the PCR fragments with specific primers. Highest frequency of occurrence 11(61.1%) of isolates produced fragment of 428 bp indicate to presence of plantaricin gene, 5 (27.8%) produced fragment of 332 bp indicate to presence of pediocin gene whereas 2(11.1%) produced fragments of 412 bp indicate to presence of enterocin gene. The agar well diffusion methods was used to detect the selected strains with antibacterial activities against P. aeruginosa . The supernatant of the thirty LAB screened for bacteriocin production, eighteen (60%) were gave inhibition zones (12-20mm) onto the indicator pathogenic strain. Among LAB isolates, strain M5 plantaricin producer the most effective antibacterial compounds against P. aeruginosa. (20 mm as diameter of inhibition). The LAB isolates were: Lactobacillus plantarum, Pediococcus and Enterococcus. L. plantarum had the highest frequency of occurrence 11(61.1%), while, Pediococcus and Enterococcus had 5 (27.8%) and 2(11.1%) respectively.

البكتريوسين هي ببتيدات رايبوسومية الصنع لها فعالية ضد الاحياء المجهرية تنتج من قبل بكتريا ولها تاثير فعال ضد بكتريا اخرى من نفس النوع (فعالية محددة ) او ضد اجناس اخرى (فعالية واسعة) .تم الحصول على ثلاثين عزلة من بكتريا حامض اللاكتيك من اللبن المتخمر والمعلب من مناطق متعددة في محافظة النجف .اجريت غربلة سريعة لمعرفة قابلية العزلات على انتاج البكتريوسين pediocin و plantaricinو enterocin من خلال الكشف عن جينات هذه البكتريوسنات باستعمال تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل مع بادئات خاصة بها .اظهرت النتائج ان ثمانية عشر فقط من العزلات المدروسة اظهرت احدى الحزم الخاصة .اذ كانت 11 (61.1%) عزلة اظهرت حزمة بطول 428 زوج قاعدي والتي تشير الى وجود جين ال plantaricin وهي النسبة الاعلى .و 5(27.8 %) منها اظهرت حزم بطول 332 زوج قاعدي والتي تشير الى وجود جين ال pediocin . فيما كان 2 (11.1 %) منها اظهرت حزمة بطول 412 زوج قاعدي مما تشير الى وجود جين ال enterocin .كما استعملت طريقة الانتشار بحفر الاكار لتاكيد فعالية البكتريوسينات المنتجة من بكتريا حامض اللاكتيك ضد بكتريا ممرضة Pseudomonas aeruginosa


Article
Molecular and Bacteriological Detection of Some Bacterial Vaginosis Associate Bacteria in Women
التشخيص الجزيئي والبكتريولوجي لبعض أنواع البكتريا المرتبطة بالتهابات المهبل عند النساء

Authors: Khawlah Abdulameer Abed خولة عبد الامير --- Nuha Joseph Kandala نهى جوزيف قندلا
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2016 Volume: 57 Issue: 3B Pages: 1926-1936
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Bacterial vaginosis (BV) is one of the most common genital infections among women in the childbearing age. Many novel, fastidious and uncultivated bacterial species are related with BV. These are called bacterial vaginosis associated bacteria (BVAB), present in trace amount and have a significant role in the infection. A total of 80 vaginal swabs were obtained from 80 pregnant and non-pregnant women. Samples were collected from different hospitals in Baghdad city and Al-Kut city.Clinically, 60 sample among 80 were gave positive results depending on Nugent score and Amsel criteria ,the Bacteriologicall test showed the percentages of gram negative bacteria (E.coli ,K.pneumoniae, P.mirabilis, Ps.aeruginosaand A. baumanniiwere) were (38.3 ,28.3, 26.6,20,16.6,15)% respectively, while, the percentages of gram positive bacteria ( Lactobacillus spp., S. epidermidis , S. aureus, S. agalactiae and S. faecaliswere( 100, 46.6, 38.3,18.3 ,11.6)% respectively.The results of molecular detection revealed that the specific primers amplified in 48 sample of vaginal swabs and produced a single band with a molecular weight of 210 bp for G. vaginalisgene, and 9 samples of vaginal swabs for Leptotrichia/Sneathia gene and produced a single band with a molecular weight of 320bp,3While negative results for other bacteria such as Atopobiumvaginae and Bacterial Vagionosis Associated Bacteria 1,2,3 ( BVAB1, BVAB2 and BVAB3) .The results of LactobacillusSpp., showed that among 60 samples of LactobacillusSpp., 28 isolates (46.66%) were L. acidophilus and the PCR product appeared as a single DNA band with a molecular weight of 192bp,while 32 isolates (53.33%) were L. fermentum,the PCR product appeared as single DNA band with a molecular weight of 600 bp. Sequencing of 16s rRNA of G.vaginalisand L.fermentumwasagreed with PCR identification give similar identity in percentages (87.5 and 100)% respectively with the standard strains in NCBI web site. While for Leptotrichia spp. it differs and related to modified nucleic acid bacteria in comparison with NCBI web site and hence is considered as a novel BV associated bacteria in vagina.

يعد التهاب المهبل البكتيري من أكثر الأمراض التناسلية شيوعا ويصيب النساء في سن البلوغ. بعض أنواع البكتريا التي تتصف بكونها نادرة, شرهة و غير قابلة للزرع لها علاقة بهذا المرض, هذه البكتريا تسمى (البكتريا المرتبطة بالتهاب المهبل), حيث توجد باعداد قليلة وتلعب دورا مهما في الإصابة.تم الحصول على 80 عينة سريريه من 80 امرأة. جمعت العينات من مستشفى اليرموك في مدينة بغداد ومستشفيي الزهراء والكوت في مدينة الكوت . ثمانون امرأة خضعت لهذه الدراسة, ستون منها تم اختيارها كحالة مرضية اعتمادا على اختبار (Amsel criteria ,Nugent Score). اظهرت نتائج التشخيص البكتريولوجي للمسحات المهبلية تواجد انواع مختلفة من البكتريا السالبة لصبغة كرام( K.pneumoniae, P.mirabilis, P.aeruginosa and Acinetobacter spp.) ) بنسب (28,3, 26,6, 20 , 16,6 , 15) % على التوالي اما البكتريا الموجبة لصبغة كرام فكانت (Lactobacillus spp ,S. epidermidis , S. aureus , Streptococcus agalactiae and Enterococcus faecalis) بنسب(100 46,6, 38,3 , 18,3 , 11,6) %على التوالي. اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي باستخدام تقنية PCR للكشف عن ستة انواع من البكتريا النادرة و الغير مستزرعة احتواء 48 عينة على حزمة مفردة بحجم حزيئي (210 ) زوج قاعدي تابعة الى بكتريا Gardnerella vaginalis,, بينما 9 عينات تحتوي على بكتريا Leptotrichia اذ اظهرت حزمة مفردة يحجم جزيئي (320) زوج قاعدي. بينما اظهرت النتائج عدم تواجد باقي الانواع المدروسة Atopobium vaginae والانواع المرتبطة بالمهبل Bacteria 1,2,3 BVAB1, BVAB2 and BVAB3)). واظهرت نتائج بكتريا Lactobacillus spp تواجد بكتريا Lactobacillus acidophilus في 28عينة اذ اعطت حزمة مفردة بحجم 192 زوج قاعدي. بينما 32 عينة اعطت نتيجة ايجابية لبكتريا Lactobacillus fermentum بظهور حزمة مفردة بحجم 600 زوج قاعدي. تم مقارنة نتائج التتابع للجين المتخصص لبكتريا , Gardnerella vaginalis Leptotrichia spp.و L.fermentum بوساطة قاعدة بيانات المركز القومي للمعلومات الحيوي ( NCBI ) وقد اشارت النتائج بأن Gardnerella vaginalis , L.fermentum لديها نسبة تماثل ( 92و 87,5) % مقارنة بالسلالات المعزولة عالميا, بينما Leptotrichia spp لا تتماثل وعدت نوع جديد من الانواع المعزولة من المهبل .


Article
Molecular Detection of Pseudomonas aeruginosa and Study the Effect of Fresh Garlic juice on Some Virulence Factors of this Bacteria.
التشخيص الجزيئي لبكتيريا الزوائف الزنجارية ودراسة تأثير مستخلص الثوم الطازج على بعض عومل الضراوة لهذه البكتيريا.

Loading...
Loading...
Abstract

The present study included the collection of 169 samples from various clinical and environmental sources for investigation of existence of Pseudomonas aeruginosa in those sources, the clinical samples collected from some hospitals in Baghdad city and included 126 samples of wound, burns, cystic fibrosis, ear infections and urinary tract infections (35, 52,4, 22 and 13) samples respectively, while environmental samples were distributed by 25 samples from soil, and 18 samples from wastewater and some swamps. Samples were identified based on the morphological and microscopical characteristics of the colonies when they were culturing in a number of culture media as well as biochemical tests. The molecular detection was used to confirm diagnostic test for the isolates based on the 16SrRNA gene, as a detection gene, which has specific sequences for DNA of P.aeruginosa bacteria.The results of molecular detection showed that 51 isolates belong to target bacteria were distributed as 20 of burns, 9 isolates of wounds, 7 isolates of ear infection, 4 isolates of cystic fibrosis, 2 isolates of urinary tract infection, 5 isolates of soil and 4 isolates of water. The results of phenotypic detection of some virulence factors showed that 49 isolates with percent (95%) produced beta-hemolysis, while 46 isolates (90%) showed variance in the strength of pycocyanin production with a absorbance ranging from (0 to 0.52) at 690 nm, and 47 (92%) of isolates were producing protease enzyme, 44 (86%) of the isolates showed a differences in their ability to biofilm formation. As a result of the increased resistance of P.aeruginosa bacteria towards antibiotics, it is became a problem in the treatment of the infectious diseases caused by this bacteria therefore, the current study focused on the use of fresh garlic extract towards of some virulence factors because it being easy and commonly used. The results of the statistical analysis showed a significant difference when P-value (<0.05) in the production of some virulence factors, the isolates lost their ability to form biofilm, and decreased their ability to produce protease enzyme, and pyocyanin pigment, while did not affect the production of hemolycin.

تضمنت الدراسة الحالية جمع 169 عينة من مصادر سريرية وبيئية متنوعه لغرض التحري عن وجود بكتيريا P.aeruginosa في تلك المصادر ، حيث جمعت العينات السريرية من بعض مستشفيات بغداد وتضمنت 126 عينة من اخماج الحروق والجروج والتهاب الاذن والتهاب المجاري البولية والتليف الكيسي بواقع ( 52 , 35 , 22 , 13, 4) عينة على التوالي، اما العينات البيئية فقد توزعت بواقع 25 عينة من التربة و18 عينة من مياه الصرف الصحي وبعض المستنقعات. شُخصت العينات بالاعتماد على صفات المستعمرات المظهرية والمجهرية عند تنميتها في عدد من الاوساط الزرعية فضلا عن الفحوصات البايوكيميائية. تم استخدام التشخيص الجزيئي كتشخيص تأكيدي للعزلات على المستوى الجيني بالاعتماد على الجين التشخيصي 16SrRNAوالذي يحمل تتابعات خاصة ببكتيريا P.aeruginosa اظهرت نتائج النتشخيص النهائي ان 51 عزلة تعود للبكتيريا المستهدفة توزعت بواقع 20 من حالات الحروق و9 عزلات للجروح و7 عزلات لألتهاب الاذن و4 عزلات للتليف الكيسي وعزلتين تعود لألتهاب المجاري البولية و5 عزلات من التربة و 4 عزلات من المياه. وبينت نتائج الكشف عن بعض عوامل الضراوة بصورة مظهرية ان /5149 عزلة وبنسبة (95% ) كانت منتجة لأنزيم الهيمولايسين (beta-hemolysis) ، في حين كانت /5146 عزلة بنسبة (90% ) كانت منتجة لصبغة البايوسيانين بشده متباينة وبامتصاصية تراوحت بين صفر و0.52 عند طول موجي 690 نانومتر ، بينما كانت/5147 عزلة منتجة لأنزيم البروتييز الحال للبروتين وبنسبة (92%) ،كما أظهرت العزلات تبايناً في قابليتها على تكوين الغشاء الحيوي حيث كانت العزلات المكونة للغشاء 44 عزلة (86%). ونتيجة لأزدياد مقاومة بكتيريا P.aeruginosa للمضادات الحيوية اصبحت مشكلة تحيل دون معالجة الاخماج المتسببة عنها ، لذلك ركزت الدراسة الحالية على استخدام مستخلص الثوم الطازج تجاه بعض عوامل الضراوة كونه سهل الاستخدام وشائع الاستعمال ، حيث بينت نتائج التحليل الاحصائي وجود فرق معنوي في انتاج بعض عوامل الضراوة حيث فقدت العزلات قابليتها على تكوين الغشاء الحيوي ،كما انخفضت قابليتها على انتاج انزيم البروتييز، في حين لم يتأثر انتاج الهيمولايسين.


Article
Molecular Diagnosis of Chlamydia pneumoniae in Coronary Heart disease Patients in Diyala City

Author: Hanaa N. Abdullah1 , Mohammed Abduldaim Salih2 , Esra F. Al-Azawi3
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 4 Pages: 79-88
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Chlamydia pneumoniae has been highly associated with & implicated in the procoagulatory & inflammatory component of atherosclerosis. The present study has been designed to detect C. pneumoniae DNA and C. pneumoniae IgG and IgM antibodies among Iraqi patients with coronary heart disease and the association between the bacterium and risk factors. The study involved 71 patients diagnosed with (angina, myocardial infarction and atherosclerosis) and 30 healthy controls. Out from 71 patients, 28.2% were smoking, 26.8% were diabetic and 45.1% were hypertensive. Detection of anti- C. pneumoniae IgM and IgG antibodies was done by Enzyme-Linked Immunosorbent assay. C. pneumoniae IgG antibodies were detected in 57.7% of patients and 14.6% of healthy controls, while seropositivity of C.pneumoniae IgM antibodies were detected in 9.9% patients. DNA were extracted from blood samples and PCR was used for detection of the C. pneumoniae genes. Thirty DNA samples of the coronary heart disease patients were amplified by PCR using three genes 16SrRNA with 194bp and outer membrane protein (OMP) and were included as internal with 239bp and outer with 499bp both specific gene for C. pneumoniae. The results of all genes revealed that 10 patients (33.3%) were positive , while it was negative for all control group.

Keywords

C. pneumoniae --- CHD --- Molecular detection --- PCR.


Article
Molecular detection of Hemolycin in Escherichia coli and attempt to inhibition by using the Probiotics
الكشف الجزيئي عن الهيمولايسين في بكترياE.coli ومحاولة التثبيط بأستخدام المعززات الحيوية

Author: Halah A. A. Al-Hadithi هالة عبد الخالق عوض الحديثي
Journal: Tikrit Journal of Pure Science مجلة تكريت للعلوم الصرفة ISSN: 18131662 Year: 2018 Volume: 23 Issue: 6 Pages: 79-90
Publisher: Tikrit University جامعة تكريت

Loading...
Loading...
Abstract

The current study included of (60) urine samples were collected from patients suffering from urinary tract infection in Tikrit Hospital during the period from April 2017 to June 2017 The results of identification showed that among (49) at percentage (81.6 %) positive samples were found (24) of samples with percentage (48.97 %) were Escherichia coli isolates . The susceptibility of isolates to avariety of antibiotics has been investigated, the results revealed that the isolates were (100%) resistant to (Erythromycin and Nalidixic acid), also these isolates have the highest percentage of resistant to Ceftriaxone (91.6%), Cephalothin (95.8%), Ampicillin sulbactam (91.6%), Nitrofurantoin (87.5%), where as isolates have shown lowest percentage of resistant to Chloramphenicol (12.5), Trimethoprime (20.83%). antagonistic activity of four types of probiotics bacteria against (24) isolates Escheriachia coli were performed. Results showed that all probiotics types have inhibition activity against E.coli isolates and the diameter of inhibition zone was highest (20.8 mm) when probiotic L.casei used ,while Bifido.bifidum showed less inhibitory activity against E.coli isolates with (14.5mm)of inhibition zoneIn this study the Polymerase chain reaction technique (PCR) were used for detection of hemolysin gene (hly A). Two primers ( hlyA) with 561 bp and (hlyA) with 1177 bp were used for this purpose. The results were shown that only (62.5%) and (50%) of 24 E.coli isolates were carried the genes hlyA (561bp), hly A (1177bp) respectively. Furthermore the investigate of molecular influence of probiotics on hemolysin genes were done by using PCR. The results showed some of them lost hly A gene after treating with probiotics. In conclusion, hemolysin toxin gene is important virulence factor for uropathogenic E.coli and using PCR technique was appeared highly specific,very sensitive method, more than it serves as asuitable molecular diagnostic tool for detection UPEC producing hemolysin toxin .

تضمنت الدراسة الحالية جمع (60) عينة ادرار من المرضى المصابين بألتهاب المجاري البولية في مستشفى تكريت وللفترة من شهر نيسان 2017م ولغاية شهر حزيران 2017 م، وقد أظهرت نتائج التشخيص أن من بين (49) عينة بنسبة (81.6%) وجدت عزلات بكتريا Escherichia coli في (24) عينة بنسبة (48.97%). وقد تم التحري عن حساسية العزلات تجاه أنواع مختلفة من المضادات الحيوية، وقد كشفت النتائج مقاومة العزلات بنسبة (100%) تجاه المضادين (Erythromycin , Nalidixic acid )، وقد امتلكت العزلات نسبة مقاومة عالية تجاه المضادات Ceftriaxone (91.6%), Cephalothin (95.8%), Ampicillin sulbactam (91.6%), Nitrofurantoin (87.5%). بينما أظهرت العزلات نسبة مقاومة واطئة تجاه Chloramphenicol (%12.5) ,Trimethoprime (20.83%).، كما تم أختبار الفعالية التضادية لأربعة أنواع من المعززات الحيوية تجاه (24) عزلة من بكتريا E.coli ، وقد أظهرت النتائج أمتلاك جميع المعززات الحيوية للفعالية التضادية تجاه عزلات E.coli ، وقد أعطى أعلى قطر تثبيط ((20.8 ملم عند أستخدام بكتريا Lactobacillus casei ، بينما أظهرت بكتريا Bifidobacterium . bifidum أنها أقل فعالية تثبيطية تجاه عزلات E.coli مع قطر تثبيط ( (14.5ملم. أستخدمت في هذه الدراسة تقنية الPCR للكشف عن جين الهيمولايسين hly A))، وقد أستخدم أثنين من هذه البادئات النوعية (hly A (561 bp، hly A ( 1177bp)، وقد أظهرت النتائج أن (62.5%) و ((50% من مجموع (24) عزلة من بكترياE.coli تمتلك جين hly A(561bp)، hly A (1177bp)بالتتابع. أضافة الى ذلك، تم التحري عن التأثير الجزيئي للمعززات الحيوية على جين الهيمولايسين بأستعمالPCR . وقد أظهرت النتائج أن بعض من هذه العزلات قد فقدت الجين hly A بعد المعاملة بالمعززات الحيوية، يستنتج من ذلك أن جين ذيفان الهيمولايسين هو عامل ضراوة مهم للمرض البولي E.coli وأن أستعمال تقنية الPCR تعد طريقة جدا حساسة وذات خصوصية عالية، وأكثر من ذلك أنها تعد أداة تشخيصية جزيئية مناسبة للكشف عن ذيفان الهيمولايسين الذي ينتجه الممرض البولي.


Article
Isolation and Identification of Salmonella enteritidis using bacteriological and molecular technique from calves with diarrhea in Diwanihyia city

Authors: Asseel A. Saeed --- Khetam. Qaid --- Saba. falah
Journal: Kufa Journal For Veterinary Medical Sciences مجلة الكوفة للعلوم الطبية البيطرية ISSN: 20779798 Year: 2016 Volume: 7 Issue: 2 Pages: 71-78
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Salmonella enteritidis is an important foodborne pathogen that affects the human health by conception animal products and it was considered as a worldwide public health hazard. This study was conduct to investigated the prevalence of S. enteritidis, in calves with diarrhea in farm of AL- Diwanihyia city basis of molecular properties of this bacterium . A total of 91 samples were collected from December 2013 to May 2014, in different farms in the al Diwanihyia city . the pathogen was isolated by using microbiological and biochemical tests. the DNA extraction was done by genomic DNA kit according to the manufacturer’s instruction (USA) and PCR was performed via the specific primers of SefA- -F and SeA-R of the SefA gene. Amplified fragments of the 210 bp were observed in 12 of the total 91 stool samples isolates. This study recommends that the identification of these pathogens by PCR technique can be replaced with traditional bacteriological tools. The PCR method is a rapid approach for recognizing and identifying the S. enteritidis infections in diarrheic calves.


Article
Molecular detection and phylogenetic analysis of Coxiella burnetii in goats milk

Author: Hayder N. Ayyez
Journal: Al-Qadisiyah Journal of Veterinary Medicine Sciences مجلة القادسية لعلوم الطب البيطري ISSN: 18185746 23134429 Year: 2017 Volume: 16 Issue: 1 Pages: 75-78
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Over the last years, the number Coxiella burnetii infections increased throughout the wourld. A molecular detection and phylogenetic analysis were performed in Al-Diwaniayh city in which the first phylogenetic documentation of C.burnetii reported in this area with accession numbers KY576802, KY576803, KY576804 and KY576805. Molecular detection and phylogenetic analysis of C.burnetii targeting the transposase gene partial sequence was done on the milk samples from 50 apperently healthy goats. DNA sequence was amplified in 6 out of 50 (12%) milk samples collected from different regions of Al Diwaniya city. Four of these amplicons were submitted to sequences analysis and gave 99% nucleotides sequence similarity. Also the amplicon sequences of local strain were compared with global C.burnetti sequences in NCBI which revealed close related to NCBI-Blast C.burnetii transposase gene of Indian (AB84899.1) and Brazilian (JF970261.1) strains, whereas there was genetic variation to NCBI-Blast C.burnetii transposase gene for USA (DQ379976.1), Portugal (EU009657.1) and Taiwan (EU000273.1). This work confirm goats infection and shedding the C. burnetii in Al-Diwaniayh, Iraq and determined the phylogenetic tree of local strain of this bacterium.


Article
Molecular Detection of Helicobacter pylori Infection in Gastric Biopsy Specimens by PCR

Authors: Haider Ali AlNaji --- Rabab Omran --- Ali AlSherify
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2018 Volume: 26 Issue: 2 Pages: 109-118
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Infection with Helicobacter pylori is associated with the development of different gastric disorders. Clinical outcome of H. pylori infection related to virulence factors that encoded by genes of this bacteria that can be used in a molecular detection such as the housekeeping genes; ureA and ureC. 16S rRNA is also used in bacterial diagnosis.Seventy-five patients with dyspeptic symptoms sent to esophago- gastroduodenal scope (OGD) unit at Merjan Hospital in Babylon Province. They were diagnosed by specialist physicians and selected in the current study and were classified 43 patients had gastritis, 23 patients had peptic ulcer disease(PUD), 3 had growth like mass non cancer and 6 were normal as negative control. The results of multiplex PCR and monoplex PCR revealed that a total of 49 (65.3%) cases were found positive for H. pylori by 16S rRNA and ureA, whereas ureC primer is less sensitive for bacterial detection.

ترتبط اخماج بكتريا Helicobacter pylori بتطور حالات التهابات المعدة والقرحة التي لها علاقة بعوامل الضراوة للبكتريا وهذه العوامل تشفر لها جينات البكتريا التي يمكن استعمالها في التحري عن وجود البكتريا فضلا عن 16S rRNA. تم جمع 75 عينة من المرضى اللذين لهم اعراض سوء الهضم والمراجعين لودة تنظير الجهاز الهضمي في مستشفى مرجان في محافظة بابل. وتم فحص المرضى واخذ العينات منهم من قبل أطباء أخصائيين. شملت الحالات 43 حالة التهاب المعدة و23 حالة لديهم القرحة المعدية و ثلاث حالات لديهم نمو ورمي و6 حالات عادية استعملت كسيطرة سالبة .اظهرت النتائج لفحص multiplex PCR وPCR باستعمال بادئ منفرد بان 65,3 % من الحالات موجبة لجينين 16S rRNA & ureA في حين اظهر البادئ ureC حساسية اقل في التشخيص.


Article
Identification of Staphylococcus aureus that Isolated from Cosmetics Products and Detection resistant Genes by used Specialized molecular Markers
تشخيص بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة من مستحضرات التجميل و الكشف عن جينات المقاومة بأستعمال معلمات جزيئية متخصصة

Loading...
Loading...
Abstract

Background:Cosmetics as well as (Make-up) are used to enhance the appearance or odor of the body and many cosmetics are designed to be placed on the face or hair. Cosmetics is an essential substance of growth and development of many types of micro-organisms because they contain nutrients facilitate the growth of these organisms.Objective: Identification of Staphylococcus aureus by used 16srRNA gene and detection of virulence genes etb , mec A.Patients and Methods: This study includes 100 samples of cosmetic products which are the Compact powder , Foundation , Lipstick and Mascara . Isolated Staphylococcus aureus , identification it and detection of resistant genes by used Polymerase Chain Reaction technique. Results: 35 isolates were identified as Staphylococcus aureus . 4 isolates were identified genetical by 16srRNA gene and 3 isolates detection of resistant genes mecA, etb by used Polymerase Chain Reaction technique. The results of the genetic identification of the 16srRNA using (PCR) , revealed that all S.aureus isolates which were 4 were positive and the results of resistant genes mec A and etb revealed that all S.aureus isolates which were 3 isolates were containing mec A gene depending on the appearance of band asize of(300 base pair) in the agarose gel and all S.aureus isolates were not containing etb gene . Conclusion: It was observed that all S. aureus isolates were resistant for methicillin and that all S.aureus isolates have not Endothelin receptor Type B .

خلفية الدراسة: مستحضرات التجميل (الماكياج) هي تستعمل لتحسين المظهر و الرائحة للجسم و ان العديد من مستحضرات التجميل صممت لكي توضع على الوجه او الشعرو تعتبر مستحضرات التجميل مادة أساسية لنمو الاحياء المجهرية لاحتوائها على مواد مغذية تسهل نمو الاحياء المجهرية . اهداف الدراسة: هدفت هذه الدراسة الى تشخيص بكتريا Staphylococcus aureus بأستخدام جين 16srRNA و الكشف عن جينات المقاومة mes A, etb.المرضى والطرائق: شملت الدراسة 100 عينة من مستحضرات التجميل تضمنت (المسحوق المضغوط و كريم الاساس و احمر الشفاه و الماسكارا) وتم عزل بكتريا Staphylococcus aureus عن طريق اخذ 1غم من العينة و اجراء التخافيف باستعمال وسط مرق الصويا و من ثم زرعها على وسط اكار الصويا و تشخيصها و التحري عن جينات الضراوة فيها بأستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل.النتائج: تم عزل 35 عزلة تعود لبكتريا Staphylococcus aureus . و قد تم تشخيص 4 عزلات من هذه البكتريا جينيا بواسطة جين 16srRNA و كذلك تم التحري عن جينات الضراوة mec A و etb ل 3 عزلات بأستخدام تقنية التفاعل المتسلسل PCR Polymerase Chain Reaction, كانت نتائج التشخيص الجيني ل 4 عزلات S.aureus بواسطة جين 16srRNAتشير الى إن جميع العزلات كانت موجبة وكذلك بينت نتائج التحري عن جينات المقاومة mecA و etb الخاصة ببكتريا S.aureus إن جميع عزلات S.aureus البالغ عددها 3 عزلات جميعها حاوية على جين mecA واعتمادا على ظهور حزمة بحجم 300bp زوج قاعدي في هلام الاكاروز,بينماكانت جميع عزلات S.aureus كانت غير حاوية على جين etb .الاستنتاجات : جميع عزلات S.aureus مقاومة للمثيسيلين بينما كانت جميع عزلات بكتريا S.aureus غير حاوية على مستقبلات Endothelin نوع B .

Listing 1 - 10 of 13 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (13)


Language

English (13)


Year
From To Submit

2019 (2)

2018 (3)

2017 (3)

2016 (2)

2014 (2)

More...