research centers


Search results: Found 57

Listing 1 - 10 of 57 << page
of 6
>>
Sort by

Article
Identification And Diagnosis Of Cutaneous Leishmaninsis By Polymerase Chain Reaction Assay (Pcr) In Najaf Alashraf Province
تحدید وتشخیص اللشمانیا الجلدیة باستخدام تفاعل سلسلة انزیم البلمرة في محافظة النجف الأشرف

Authors: Haitham Mohammed Alawadi --- Ban Shakir Alshukur
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2013 Volume: 3 Issue: 2 Pages: 1-6
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Objective: The present study aimed to determine the effectiveness of a polymerase chain reaction (PCR)technique for identification and differentiation of the cutaneous leishmaniasis parasite in clinical samplecollected from lesion exudates patients.Methodology: The (115) sample were examined by smear slid preparation culture on RPMI 1640 and NNNthen DNA isolation. The DNA of the promastigote were amplified by PCR including primers selected onrepetitive KDNA for identification of leishmania species.The data was analyzed by using frequency andpercentage.Results: The PCR result showed that two species of leishmania (L. major with 620 bp and L. tropica with 800bp) exist.Conclusion: It is concluded from the present study that the PCR technique has high specificity and sensitivityduring the differentiation between Cutaneous Leishmanial species in comparing with conventional methods.Recommendation: The PCR technique can be use it to diagnosis and differentiation between different type ofCutaneous Leishmaniasis.

في الكشف والتفریق بین أنواع طفیلیات PCR الھدف: تھدف الدراسة الحالیة إلى تحدید فعالیة استخدام تقنیة سلسلة تفاعل الإنزیم المتبلمراللشمانیا الجلدیة في العینات السریریة المأخوذة من المصابین بطفیلي اللشمانیا الجلدیة .المنھجیة: تم فحص العینات المأخوذة من ( 115 ) مریض مصابین بالآفة الجلدیة باستخدام المسحة الزجاجیة والزرع ألمختبري على الوسطوأستخدم الوسائل الاحصائیة من نسبة مئویة وتكرار . (RPMI والتكثیر على الوسط الزرعي( 1640 (NNN) ألزرعيفي الطور أمامي السوط من العینات المأخوذة من الأوساط الزرعیة بأستخدام بادئات خاصة للجین المشفر ال DNA النتائج: تم تضخیم اللطفیلي اللشمانیا . أظھرت الدراسة بأن ھناك نوعین لطفیلي اللشمانیا الجلدیة احدھما (Kinetoplast kDNA ) للبائنة الحركیة المسمى DNAووزنھا الجزیئي ( 800 ) زوجا قاعدیا في العینات المجمعة من (L. tropica) ووزنھا الجزیئي ( 620 ) زوجاً قاعدیا والأخرى (L. major)المصابین بھذا الطفیلي.ذا حساسیة وخصوصیة عالیة عند التفریق بین أنواع اللشمانیا الجلدیة عند PCR الاستنتاج: نستنتج من الدراسة الحالیة أن استخدام تقنیة المقارنتھا بالطرق التقلیدیة وقد بینت النتائج المستحصلة من ھذه التقنیة أن ھنالك نوعین من طفیلي اللشمانیا الجلدیة للمصابین تم التحري عنھا فيمحافظة النجف الاشرف .في التشخیص والتفریق بین انواع اللشمانیا الجلدیة .


Article
Molecular Basis of G6PD Deficiency in Babylon : Iraq

Authors: Munaf S. Dauod --- William M. Frankool --- Fadhil J. Al-Touma
Journal: Iraqi National Journal Of Chemistry المجلة العراقية الوطنية لعلوم الكيمياء ISSN: 22236686 Year: 2010 Issue: 39 Pages: 571-588
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

AbstractObjective: The objective of this study was to investigate the molecular basis of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) genes in hyperbilirubinemic neonates in Babylon province of Iraq by using molecular methods (genomic DNA extraction, PCR and RFLP analysis) and then to investigate the type of G6PD variant predominantly present. Methods: The study included a total of 236 full-term male neonates, 183 of them were associated with severe hyperbilirubinemia which were admitted in Teaching Hospital of Pediatric and Maternity / Babylon during 1st , Oct., 2007 to 14th , July, 2008 with age ranged between 1 – 28 days, their TSB levels ≥ 15 mg/dl , while another 53 neonates were used as control group. The blood sample taken from each neonate was divided into two aliquots: the first aliquot was used for hemoglobin (Hb), total and conjugated bilirubin (TSB and SCB), G6PD activity. The second aliquot was used for molecular analysis including genomic DNA extraction and then application of polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) protocols. Results and Discussion: Severe hyperbilirubinemic neonates were screened for erythrocyte G6PD enzyme activity measurements, severe G6PD deficiency was detected in 22 of the total 183 hyperbilirubinemic neonates included and their activity levels was significantly decreased (P < 0.05) to 0.34 ± 0.17 U/g Hb as compared with control value 10.02 ± 1.17 U/g Hb. The incidence of severe G6PD deficiency in neonatal hyperbilirubinemic neonates identified was 12.02 %. TSB levels were markedly elevated to (23.01 ± 5.0 mg/dl), whereas the control value was 0.75 ± 0.23 mg/dl. The mean ± SD values of each of SCB and Hb were significantly lower than that found in controls (P < 0.05) and reached to 0.063 ± 0.036 mg/dl ; 13.32 ± 0.94 g/dl as compared with that found in control neonates 0.19 ± 0.11 mg/dl ; 15.91 ± 1.62 g/dl respectively. Conjugated bilirubin was undetectable in sera of 10 of 22 neonates (45.5%) with severe G6PD deficiency which imply a partial defect of bilirubin conjugation. The molecular part of the study involved the extraction of genomic DNA from hyperbilirubinemic neonates with severe G6PD deficiency which detected by agarose electrophoresis and then amplified by PCR and finally was subjected to digestion by endonuclease restriction enzymes to create RFLP to enable the detection of mutation that caused G6PD deficiency. The overall majority of affected severe G6PD-deficient neonates with hyperbilirubinemia in Babylon province : Iraq were due to G6PD Med variant (C563T, Ser 188 Phe) in which 19 out of 22 (86.4%) have this type of gene mutation, and only one G6PD A- variant (4.55%) (G202A ; A376G mutations) was diagnosed, whereas 2 of 22 (9.1%) remain with unknown G6PD variants. Conclusion: The predominant G6PD gene detected in hyperbilirubinemic neonate with severe G6PD deficiency in Babylon province was G6PD Med.

الخلاصة يعتبر مرض عوز نازعة هيدروجين الكلوكوز- 6- فوسفات (G6PD deficiency) من الأمراض المنتشرة في مناطق مختلفة من دول العالم حيث أن عدد المصابين يتجاوز اﻠـــ 400 مليون من اﻠﺬكور والإناث ومن حديثي الولادة والأعمار الأخرى و يعتبر من الأسباب المؤدية إلى حدوث مرض اليرقان الولادي اﻠﺬي يسبب مضاعفات سريرية خطيرة تؤدي إلى تلف الدماغ ومن ثم الموت. وقد تم تشخيص أكثر من 442 نوع من أنماط الإنزيم (G6PD Variants) باستعمال عدد كبير من التقنيات الحيوية ومنها التقنيات الجزيئية Molecular analytical methods والتي تحدد الطفرات الوراثية التي تحدث في الجينات المسئولة عن التصنيع الحيوي للأنماط المختلفة من الإنزيم . إن أحد أهم أهداف ﻫﺬه الدراسة هو تحديد نسبة انتشار المرض لدى حديثي الولادة من اﻠﺬكور ﺬو النمو الجنيني المتكامل والمصابين بمرض اليرقان الولادي في محافظة بابل وتحديد الطفرات الوراثية في تتابع القواعد النتروجينية للجينات المسئولة عن تصنيع الأنماط الإنزيمية المختلفة (G6PD Variants) والتي تسبب حدوث مرض اليرقان الولادي الحاد باستعمال طرق جزيئية وباستعمال236 عينة من الذكور حديثي الولادة للفترة من 1/ 10 2007/ولغاية 12/ 7/ 2008 ولأعمار تراوحت ما بين 1 – 28 يوما حيث تم توزيعهم إلى مجموعتين اعتمادا على تركيز البيليروبين الكلي TSB وكما يلي:- - المجموعة الأولى وهي مجموعة السيطرة والتي شملت 53 (22.46%) حديث الولادة وكان تركيزالبيليروبين الكلي طبيعيا (1 mg/dl (TSB <. - المجموعة الثانية والتي شملت 183 (77.54%) حديث الولادة مصابين باليرقان الولادي وكان تركيز البيليروبين قد ارتفع وبشدة ≥15 mg /dl) TSB). وتضمنت ﻫﺬه الدراسة متابعة تأثير العوز الحاد للإنزيم على تركيز كل من الهيموكلوبين , البيليروبين الكلي TSB والبيليروبين المقترن SCB في مصل الدم. ولقد وجد أن نشـــــــــــــاط الإنزيم قد انخفض معنويا بشكل حاد في 22 حالة من حالات اليرقان الولادي ووصل إلى IU/g Hb 0.34 ± 0.17 مقارنة مع المعدل الطبيعي وان معدل الـ TSB قد ارتفع إلى 23.01 ± 5.0 mg/dl . وان نسبة انتشار النقص الحاد للإنزيم في محافظة بابل كانت 12.02%) ). وقد اقترن ﺬلك بانخفاض معنوي في تركيز البيليروبين المقترن SCB وﻫﺬا يوضح عدم حدوث عملية الاقتران للبيليروبين في خلايا الكبد لغــــــــرض التخلص منه بسبب عدم نضج ميكانيكية الاقتران إضافة إلى وجود نقص في بعض الإنزيمات المسئولة عن ﺬلك ومنها إنزيم اﻠـــ UGT1A1 . وقد وجد أن هناك ارتباط معنوي(P<0.05) سالب مابين نشاط إنزيم الــ G6PD المنخفض بشدة وتركيز البيليروبين الكلي TSB اﻠﺬي ارتفع إلى أكثر من .15 mg/dl وقد تضمن المحور الجزيئي التحري عن الطفرات الوراثية للقواعد النتروجينية التي تحدث في الجينات المسئولة عن التصنيع الحيوي لإنزيم اﻠـــ G6PD باستعمال التقنيات الجزيئية Molecular Analysis والتي تعتمد على استخلاص جزيئة اﻠـحامض النووي منقوص الأوكسجين Genomic DNA التي تم استخلاصها من دم الذكور حديثي الولادة والمصابين بالنقص الحاد في نشاط إنزيم اﻠـــ G6PD باستعمال طقم خاص تم استيراده من شركة Roche الألمانية ومن ثم متابعة دراسة التحليل الجيني للطفرات الوراثية حيث أخضعت العينات المرضية مع مجموعة السيطرة إلى تفاعل التضاعف التسلسلي Polymerase Chain Reaction للحامض النووي بعدها تم استعمال طريقة الهضم بالأنزيمات المعتمدة (RFLP) للكشف عن الطفرات في الجينات المسئولة عن التصنيع الحيوي لنمطي الإنزيم G6PD Med and G6PD A- . وقد بينت الدراسة أن الطفرات التي تم تشخيصها والتي تحدث في الجينات المسئولة عن التصنيع الحيوي للإنزيم والتي تسبب نقصان حاد في نشاطه الحيوي في مصل الدم باستعمال الطرق الجزيئية ومن ثم إحداث اليرقان الولادي في حديثي الولادة بمحافظة بابل كانت 19 حالة من النمط المتوسطي للإنزيم G6PD Med(C563T) ونسبته% (86.4 ) بينما تم تشخيص حالة مرضية واحدة من النمط الأفريقي G6PD A- (G202A ; A376G) وكانت نسبته هي ( %4.55) ولكن بقيت حالتين (% 9.1) لم يتم تشخيص نوع الطفرة الوراثية في الجين المسئول عن النمط الإنزيمي لهما .


Article
Molecular Basis of G6PD Deficiency in Hyperbilirubinemic Neonates in Middle Euphrates Province : Iraq

Authors: William M. Frankool --- Fadhil Jawad Al-Tu'ma
Journal: Karbala Journal of Medicine مجلة كربلاء الطبية ISSN: 19905483 Year: 2010 Volume: 3 no.3, 4 Issue: 7 Pages: 867-881
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract


Background: Neonates G6PD deficiency screening has been recognized as an essential component of public health care in most developed and some Mediterranean countries. However, such screening is yet to be widely embraced in Iraq. More than 442 variants of G6PD have been identified by various molecular methods. The aim of the present study was to determine the normal values of G6PD and deficiency prevalence of this enzyme in male neonates and then determination of the type molecular variant of G6PD prevalence in Middle Euphrates Province of Iraq.
Objective: The objective of this study was to investigate the molecular basis of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency in hyperbilirubinemic neonates in Middle Euphrates province of Iraq. Molecular methods (genomic DNA extraction, polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism analysis) and then investigate the type of G6PD variant predominantly present have been performed.
Methods: The study included a total of 917 full-term male neonates which were divided into two groups:
The first group which include 704 neonates (76.8%) associated with severe hyperbilirubinemia were admitted in Middle Euphrates Province Teaching Hospitals of Maternity and Pediatrics during 1st Oct., 2007 to 12th July, 2008 with age ranged between 1 – 28 days, their total serum protein , TSB levels ≥ 15 mg/dl.
The second group which include 213 neonates (23.2%) with the same age ranged were used as control group, their TSB levels ˂ 1 mg/dl. The blood sample taken from each neonate was divided into two aliquots: the first aliquot was used for the determination of total and serum conjugated bilirubin (TSB and SCB), and G6PD activity. The second aliquot was used for molecular analyses including genomic DNA extraction and then application of polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) protocols.
Results and Discussion: Severe hyperbilirubinemic neonates were screened for erythrocyte G6PD enzyme activity, severe G6PD deficiency was detected in 75 of 704 hyperbilirubinemic neonates included and their activity levels was significantly decreased (P < 0.05) to less than 10% of that found in control group. Therefore, the incidence of severe G6PD deficiency identified in Middle Euphrates Province of Iraq was 10.65%. TSB levels were markedly elevated to ( ≥ 15 mg/dl), whereas the mean ± SD values of SCB were significantly lower than that found in controls (P < 0.05) , SCB was undetectable in 32 of 75 (42.67%) of hyperbilirubinemic neonates with severe G6PD deficiency which imply a partial defect of bilirubin conjugation. The molecular part of the study involved the extraction of genomic DNA from hyperbilirubinemic neonates with severe G6PD deficiency which was detected by agarose gel electrophoresis and then amplified by PCR and finally was subjected to digestion by endonuclease restriction enzymes to create RFLP and to enable the detection of mutation that caused G6PD deficiency. The majority of affected severe G6PD deficient neonates with hyperbilirubinemia in Middle Euphrates province – Iraq, were due to G6PD Med variant (C563T, Ser 188 Phe) , of such 67 of 75 neonates (89.3%) have this type of mutation, and 5 of 75 (6.67%) have G6PD A- variant (G202A ; A376G mutations), whereas only 3 of 75 (5.3%) remain unknown G6PD variants which require future molecular studies.
Conclusion: The predominant G6PD gene detected in hyperbilirubinemic neonate with severe G6PD deficiency in Middle Euphrates province was G6PD Med.variant.
Keywords : Hyperbilirubinemia, G6PD gene, Polymerase Chain Reaction , RFLP.


Article
Molecular Characterization of Severe G6PD Deficiency in Hyperbilirubinemic Neonates in Karbala : Iraq……

Authors: Fadhil J. Al-Touma --- William M. Frankool
Journal: Karbala Journal of Medicine مجلة كربلاء الطبية ISSN: 19905483 Year: 2009 Volume: 2 no.8, 9 Issue: 5 Pages: 663-680
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

Objective: The objective of this study was to investigate the molecular basis ofglucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) genes in hyperbilirubinemic neonates inKarbala province of Iraq by using molecular methods (genomic DNA extraction, PCRand RFLP analysis) and then to investigate the type of G6PD variant predominantlypresent.Methods: The study included a total of 253 full-term male neonates, 197 of themassociated with severe hyperbilirubinemia which were admitted in Karbala TeachingHospital of Pediatrics during the period from 1st October 2007 to 14th July 2008 withage ranged between 1 – 28 days, their TSB levels ≥ 15 mg/dl, and another 53 neonateswere used as control group. The blood sample taken from each neonate was dividedinto two aliquots: the first aliquot was used for total and conjugated serum bilirubin(TSB and SCB), G6PD activity. The second aliquot was used for molecular analysisincluding genomic DNA extraction and then application of polymerase chain reaction(PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) protocols.Results and Discussion: Severe hyperbilirubinemic neonates were screened forerythrocyte G6PD enzyme activity measurements, severe G6PD deficiency wasdetected in 18 of the total 197 hyperbilirubinemic neonates included and their activitylevels was significantly decreased (P < 0.05) to 0.56 ± 0.32 U/g Hb. The incidence ofsevere G6PD deficiency identified was found 9.14%. TSB levels were markedlyelevated to (20.26 ± 4.96 mg/dl), whereas the mean ± SD values of SCB weresignificantly lower than that found in controls (P < 0.05) and reached to 0.053 ± 0.046mg/dl , and it was undetectable in 5 of 18 neonates (27.78%) with severe G6PDdeficiency which imply a partial defect of bilirubin conjugation. The molecular part ofthe study involved the extraction of genomic DNA from hyperbilirubinemic neonateswith severe G6PD deficiency which detected by agarose electrophoresis and thenamplified by PCR and finally was subjected to digestion by endonuclease restrictionenzymes to create RFLP to enable the detection of mutation that caused G6PDdeficiency. The overall majority of affected severe G6PD neonates withhyperbilirubinemia in Kerbala province : Iraq were due to G6PD Med variant(C563T, Ser 188 Phe) in which 17 out of 18 (94.4%) have this type of mutation, andonly one G6PD A- variant (5.56%) (G202A ; A376G mutations) was diagnosed.Conclusion: The predominant G6PD gene detected in hyperbilirubinemic neonatewith severe G6PD deficiency in Kerbala province was G6PD Med.


Article
The Vallue off Pollymerase Chaiin Reacttiion iin tthe Diiagnosiis off Tubercullous Meniingiittiis iin a Samplle off Iraqii Pattiient

Authors: Akram M. Al-Mahdawi --- Kareem M.Al-Tameemi --- Eman Sh. Al-Obeidy --- ***,Laith Ahmed
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 3 Pages: 382-391
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:Tuberculous meningitis (TBM) is a medical emergency. Early diagnosis is of utmost importance to minimize morbidity and mortality. Polymerase chain reaction (PCR) seems to be a promising test for rapid and early diagnosis of TBM.OBJECTIVE:To investigate whether PCR detects tubercle bacilli in CSF specimens that are missed by direct microscopy and culture, and if so whether PCR has significant diagnostic value compared to conventional methods.METHODS:PCR, culture and acid- fast bacilli (AFB) were performed on CSF samples taken from 43 patients with TBM (based on clinical features and cytochemical parameters of the CSF) and 15 with non- TBM as control group.RESULTS:Of the 43 CSF specimens from highly probable TBM patients, 33 were positive by PCR (76.7%), whereas only 5 was acid-fast microscopy (AFM) positive (11.6%) and 22 were culture positive (55.2%). No positive results were found by AFM, culture or PCR in the non-tuberculous control group.CONCLUSION:The results of this study indicate that application of PCR is extremely useful for the diagnosis of TBM.The PCR is superior to the currently available techniques for the diagnosis of tuberculous meningitis in terms of sensitivity, specificity and rapidity and can play a critical role in the diagnosis of suspected cases.


Article
Direct detection of Entamoeba bovis in calves infected by diarrhea by using Polymerase chain reaction technique
التشخيص المباشر لطفيلي Entamoeba bovis في العجول المصابة بالإسهال باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البلمرة

Author: Amal Hassan Al-shabbani أمال حسن الشباني
Journal: Kufa Journal For Veterinary Medical Sciences مجلة الكوفة للعلوم الطبية البيطرية ISSN: 20779798 Year: 2016 Volume: 7 Issue: 1 Pages: 132-137
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study carried out to direct molecular investigation of Entamoeba bovis from feces samples of calves which suffering from diarrhea that collected from different fields in Al-Diwanyia city by using polymerase chain reaction technique (PCR). This technique was dependent on used specific primers that amplification of small subunit ribosomal RNA gene in Entamoeba bovis. This primers were designed in this study by using NCBI-Genk data base (FN666248.1) and primer 3 plus for primers design. The PCR results were appeared that cattle infected with Entamoeba bovis in percentage of about (36% ) 18 positive samples out of 50 diarrheic samples. We concluded that Entamoeba bovis is important causes of enteric infection in calf whereas, the polymerase chain reaction technique is very specific and rapid assay.

تناولت الدراسة الحالية الفحص الجزيئي المباشر لطفيلي Entamoeba bovisلنماذج البراز للعجول المصابة بالاسهال التي جمعت من حقول مختلفة في مدينة الديوانية باستخدام تقنية تفاعل سلسلة البلمرة . تعتمد هذه التقنية على استخدام بادئات متخصصة التي تقوم بتضخيم الجين الرايبوسومي الصغير في Entamoeba bovis . صممت البرايمرات المستخدمة بالدراسة اعتمادا على موقع بنك الجينات العالمي FN666248.1) (و برنامج تصميم البادئات. اظهرت نتائج تقنية تفاعل سلسلة البلمرة أن نسبة العجول المصابة بطفيلي Entamoeba bovis تشكل )36%( 18 عينة موجبة من أصل 50 عينة براز من عجول مصابة بالإسهال. أوضحت الدراسة الحالية بان طفيلي Entamoeba bovis مسبب مهم للإصابات المعوية في العجول وان تقنية تفاعل سلسلة البلمرة ذات خصوصية وسريعة وتعتبر دراستنا الأولى في العراق.


Article
Molecular characterization of Cryptosporidium spp. in sheep and goat in Al-Qadisiyah province/ Iraq
التشخيص الجزيئي للأبواغ الخبيئة في الأغنام والماعز في محافظة القادسية/ العراق

Loading...
Loading...
Abstract

The present study was conducted during the period from September 2015 until February 2016. 100 fecal samples were collected from 60 sheep and 40 goats for diagnosis of Cryptosporidium parasite from diverse areas in Al-Qadisiyah province. The study amid to know the genetic characters of Cryptosporidium spp. parasite by using a molecular technique such as the nested polymerase chain reaction and DNA sequencing analyzed by phylogenetic tree to identify the parasite species. This study was done on the sheep and goat at first time in the middle region of Iraq and the identified species were recorded in NCBI-Genbank database. In sheep, the results of positive infected samples was (40%) while, in the goats were (32.5%), the DNA sequencing and phylogenetic analysis method based on small ribosomal RNA gene (18s rRNA) for Cryptosporidium species typing. The results were conducted by Neighbor-Joining phylogenetic tree analysis method and the 18s rRNA gene sequences were confirmed by using NCBI-BLAST data analysis in order to compare with NCBI submitted selected references isolates of (18s ribosomal RNA) gene in Cryptosporidium spp. parasites. Our finding in present study appeared to follow spp. (C. parvum, C. hominis, C. andersoni, C. ubiquitum, C. xiaio and C. suis). These identified species which primary affected sheep and goats as mentioned in previous studies when compared with newly Iraq isolates strains.

أجريت الدراسة الحالية خلال المدة من شهر أيلول 2015 ولغاية شهر شباط 2016 حيث جُمعت 100 عينة براز وبواقع 60 عينة من الأغنام و40 عينة من الماعز للتحري عن طفيلي الأبواغ الخبيئة من مختلف مناطق محافظة القادسية، صُممت هذه الدراسة لمعرفة صفات الطفيلي باستعمال بعض التقنيات الجزيئية والتي تضمنت تفاعل السلسلة المتبلمرة المتداخل كذلك استعمال طريقة تحليل ترتيب النيوكليتيدات. وحُدّدِت العلاقات الوراثية التطورية (التحليل الشكلي) للأنواع السائدة وللمرة الأولى في المنطقة الوسطى من العراق وتسجيلها عالميا" في بنك الجينات العالمي، في هذه الدراسة كانت نسبة الإصابة في الأغنام والماعز 40% 32.5% على التوالي باستعمال تفاعل السلسلة المتبلمرة المتداخل. كذلك استعملت الدراسة الحالية تحليل وقراءة ترتيب النيوكليتيدات عشرين نموذج DNA بعد استخلاصها وتنقيتها من هلام الأكاروز للحصول على الترتيب النيوكلوتيدي لجين (18s rRNA) وقد تم مطابقة نتائج تحليل الترتيب النيوكلوتيدي عن طريق الاتحاد الدولي للتقنيات الاحيائية عبر الانترنيت وفُحِصَت وأكِدَت مع عتر الطفيلي المسجلة عالميا" في بنك المورثات العالمي والتي تضمنت أنواع طفيلي الأبواغ الخبيئة وهي C.parvum، C.hominis، C. andersoni ، C.ubiquitum، C.xiaio وC.suis .


Article
SPECIDIC IDENTIFICATION OF CAMPLYLOBACTER JEJUNI USING A PCR ASSAY BASED ON THE HIP-O GENE
التشخيص الدقيق لبكتريا Campylobacte jejuni باستخدام تقنية تفاعل التضاعف المتسلسل للحامض النووي اعتكادا على جين hipO

Authors: NAJIM A. YASSIN نجم عبدالله ياسين --- JALADET MS. JUBRAEL جلادت جبرائيل
Journal: Duhok Medical Journal مجلة دهوك الطبية ISSN: ISSN: 20717334 (online)/ ISSN: 20717326 (Print) Year: 2012 Volume: 6 Issue: 2 Pages: 1-9
Publisher: University of Dohuk جامعة دهوك

Loading...
Loading...
Abstract

Background and objectives In recent years, the use of molecular methods based on polymerase chain reaction amplification may provide an alternative to classical methods and are increasingly applied to the detection and confirmation identification of Campylobacterjejuni cultures directly. The aim of this study was to confirm the identification of phenotypically-identified C. jejuni isolates by polymerase chain reaction assays using a species-specific primer, hipO.Methods From 48 previously phenotypically-identified C. jejuni isolates, 12 isolates were selected according to differences in their sources, biotyping and resistotyping patterns. These isolates were subjected to species-specific polymerase chain reaction assay using hipO primer.Results hipO primer produced appropriate and successful results which yielded amplified products with all selected isolates.Conclusions Using hipO primer makes further confirmation of phenotypically-identified C jejuni by subjection them to species-specific polymerase chain reaction assay with specificity 100%.

خلفیة واهداف البحث: في السنوات الحدیثة بدأ استخدام التقنیات الجزیئیة بلأعتماد على تفاعل التضاعف المتسلسل للحامض النووي عوضا عن الطرق التقلیدیة في مجالات تشخیص البكتریا ولاسیما في تحدید وتشخیص التأكیدي لم ا زرع DNA الهدف من هذا البحث هو لتطبیق التقنیة التضاعف المتسلسل للدنا .Campylobacter jejuni لبكتریا من أجل التشخیص الدقیق والتأكیدي ولتحدید (hipO) باستخدام البادئ المتخصص (Polymerase chain reaction) المشخصة سابقا بالطریقة التقلیدیة والمأخوذة من المصادر المختلفة وذات أنماط C jejuni الهویة النوعیه للجرثومة حیویة ومقاومة مختلفة.المشخصة سابقا بالطریقة التقلیدیة C jejuni طرق البحث: شملت هذه الد ا رسة انتخاب اثنا عشر عزلة من جرثومة اولا من جمیع DNA والمأخوذة من المصادر المختلفة وذات أنماط حیویة ومقاومة مختلفة و تم عزل الدنا الجیني باستخدام البادئ (polymerase chain reaction) DNA العزلات تم اخضاعها لتقنیة التضاعف المتسلسل للدنا .C jejuni من أجل التشخیص الدقیق والتأكیدي ولتحدید الهویة النوعیه للجرثومة (hipO) المتخصص نتائج (hipO) باستخدام البادئ المتخصص C jejuni النتائج: أعطت جمیع العزلات ( 12 ) المنتخبة من جرثومة .(Polymerase chain reaction) DNA تضاعف دقیقة وتفاعلا موجبا تجاه تقنیة التضاعف المتسلسل للدن الاستنتاجات: ونستخلص من هذه الد ا رسه أن تقنیة تضاعف سلسلة الدنا وباستخدام البادئات المتخصصة تكون حساسة و سریعة و یعتمد علیها ومن الممكن أن تكون طریقة مناسبة و على الأقل طریقة ثانویة ومساعدة خصوصا عندما تكون نتیجة الزرع سالبا .ویستفاد منها ایضا لتقصي المسببات الجرثومیة اثناء حدوث التفشیات الوبائیة.


Article
Molecular diagnosis of bcr-abl fusion gene in CML patients using Multiplex-Reverse Transcreptase-Polymerase Chain Reaction
الكشف الوراثي الجزيئي لجين BCR-ABL في مرضى ابيضاض الدم النخاعيني المزمن باستخدام تقنية تفاعل الاستنساخ الرجعي لجينات متعددة – التفاعل المتسلسل لانزيم بلمرة الدنا

Author: Maysaa Abdul Razaq Dhahii د. ميساء عبد الرزاق ضاحي
Journal: IRAQI JOURNALOF COMMUNITY MEDICINE المجلة العراقية لطب المجتمع ISSN: 16845382 Year: 2010 Volume: 23 Issue: 3 Pages: 141-146
Publisher: Al-Mustansyriah University الجامعة المستنصرية

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Chronic myeloid leukemia (CML) is a stem cell disorder results from chromosomal abnormality, Philadelphia chromosome (Ph), which arises from the reciprocal translocation of part of long arm of chromosome 9, in which proto-oncogene ABL gene (ablson) is located, to long arm of chromosome 22, in which BCR gene (break point cluster region) is located forming BCR-ABL fusion gene, a molecular marker of CML. The BCR-ABL gene can be detected using several molecular methods, including southern blotting, fluorescence in situ hybridization (FISH) and Reverse Transcreptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). For its simplicity, rapidity, and sensitivity, RT-PCR is one of the most common techniques used for analyzing whether a target gene is being expressed or not. Objective: This study was designed as a try to apply molecular techniques as conformational diagnosis of BCR-ABL gene and its variants in CML patients. Patients & Methods: Venous blood sample from 34 CML patients, 12 ALL patients, 1 AML patients, 1 CMML patient and 2 healthy individuals were collected. RNA was extracted from these samples using specific kit for this purpose. Molecular screening for the presence of bcr-abl in those samples was done using Multiplex-Single Step-Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (M-SS-RT-PCR). Amplified products were electrophoresid in 1.5% agarose gel. Results: The results showed that all CML patients were positive for bcr-abl while all the others were negative for this gene. Conclusion: qualitative molecular diagnosis of bcr-abl using M-SS-RT-PCR considered as Conformational diagnosis for CML patients before starting treatment.Key Word: CML - BCR/ABL -Multiplex Reverse Transcreptase Polymerase Chain Reaction.

خلفية الدراسة:سرطان الدم المايلودي المزمن ناجم عن اختلال كروموسومي كروموسوم فيلادلفيا والناجم عن انقلاب غير توافقي في جزء من الذراع الطويل للكروموسوم رقم 9 وفيها البوتوجين يسقط فوق الذراع الطويل للكروموسوم رقم 22 وهناك علامات وجود مؤشر جزيئي لسرطان الدم المايلويدي. هذه الاصابة في الجين ممكن كشفه بعدة طرق اسهلها هو باسعمالتفاعل السلسلة البوليمريه أهداف الدراسة:طريقه سريعه وخفيفه للكشف عن الجين الجزيئي المصاب ب(RT-PCR) وتشخيص سرطان الدم المايلودي المزمنطريقة العمل:تم جمع عينات من دم المرضى المصابين بسرطان الدم سرطان الدم المايلودي المزمن34و, سرطان الدم اللمفاوي12 الحاد, سرطان الدم المايلويدي الحاد 1 الميلوما المتعدد 1 واثنا اصحاء. تم استخلاص الحمض النووي RNA باستعمال الطريقة الجديدة للكشف عن الجين وفحص جميع العينات النتائج:ان جميع المصابين بسرطان الدم المايلويدي المزمن كان موجبي الفحص باستعمال PCRبينما جميع المرضى الاخرين والاصحاء كانت سالبهالاستنتاجات:استعمال الطريقة الجديدة هي الامثل لتشخيص المرض قبل البدء بالعلاج


Article
Effect of Dimethylsulfoxide and Betaine on duplex polymerase chain reaction of human beta-globin gene amplification

Author: Zuhair Mohammad Ali Jeddoa
Journal: journal of kerbala university مجلة جامعة كربلاء ISSN: 18130410 Year: 2012 Volume: 10 Issue: 2 Pages: 171-177
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

A variety of additives and enhancing agents can be included in PCR amplifications to increase yield, specificity and consistency of PCR products. Blood samples were collected from (35) apparently healthy individual for DNA extraction and duplex PCR amplification according to the four different PCR component set up include: 1- standard set up (without PCR additives), 2- standard PCR set up plus 5% DMSO, 3- standard PCR set up plus 1M betaine, and 4- standard PCR set up plus 5% DMSO and 1M betaine. The results revealed that the standard optimization condition of duplex PCR amplification is enough to reveal a good PCR amplification of human beta-globin gene, and the studied PCR additives are useful in improvement of amplification in combination of 5 % DMSO and 1 M betaine.

يمكن استعمال العديد من الأضافات والمواد التي تزيد من انتاج سلاسل الحامض النووي منقوص الأوكسجين وزيادة خصوصية تضخيمها في تفاعل السلسلة المتبلمرة (PCR) , , جمعت عينات الدم من 35 شخص سليم مظهريا لغرض اجراء استخلاص الحامض النووي منقوص الأوكسجين ومن ثم تضخيم المنطقة من الجين المشمول بالدراسة باستخدام تفاعل السلسلة المتبلمرة طبقا لأربعة نماذج مختلفة من المواد المستخدمة بالتفاعل والتي شملت: 1-التضخيم باستعمال المواد القياسية ( بدون اضافة محسنات التفاعل), 2- بأضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد , 3- بأضافة 1 مولاري من مادة البيتايين , و4- بأضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد مع 1 مولاري من مادة البيتايين. أظهرت النتائج ان استعمال المواد القياسية في تضخيم المناطق المدروسة من جين الكلوبين – بيتا البشري تكون كافية لأعطاء نتائج جيدة في عملية التضخيم , وان اضافة المحسنات المشمولة بالدراسة ساعدت على زيادة كمية الحامض النووي منقوص الأوكسجين في المناطق المضخمة وخصوصا عند استعمال أضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد مع 1 مولاري من مادة البيتايين .

Listing 1 - 10 of 57 << page
of 6
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (57)


Language

English (42)

Arabic and English (9)

Arabic (5)


Year
From To Submit

2019 (3)

2018 (12)

2017 (7)

2016 (7)

2015 (4)

More...