research centers


Search results: Found 12

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Genotyping of Staphylococcus aureus Isolates Based on Methicillin-Resistance Genes and its Relatedness to some Putative Virulence Factors
التنميط الوراثي لعزلات بكتريا المكورات العنقودية الذهبية على اساس الموروثات المشفرة للمقاومة للمثيسلين وعلاقتها ببعض عوامل الضراوة الشائعة

Authors: Nuha. J. Kandala نهى جوزيف قندلا --- Mahammad Abdulateef محمد عبد اللطيف --- Nadia Imad ناديه عماد
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2017 Volume: 58 Issue: 2A Pages: 626-638
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The emergence and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) was a public health problem worldwide that causes nosocomial and community infections. Forty three isolates (71.66%) were characterized as S.aureus, were isolated from 60 different clinical specimens (blood, nose, wound, urine and vaginal) collected from patients from different hospitals of Baghdad. All isolates were resistant (100%) to Aztreonam, Carbenicillin, Cifixime, Cefoxitin, Ceftazidime, and showed high resistance to each of Methicillin, Oxacillin, Ampicillin and Penicillin . the MRSA isolates were typed based on (SCCmec) typing ,the result revealed that SCCmecIVa was the most common in isolates (41.86%), following type IVc (20.93%), type II(16.27%). Virulence factors were identified to detect genes encoding for Hlg,Pvl,ClfA,Tsst-1 and Eta, and the result showed the most prevalent gene was hlg (65.11%), following pvl (53.48%), clfA (51.16%), tsst-1(18.60%),eta (11.62%). The virulence genes profiles were observed, and the most frequent was clfA-hlg-pvl (23.25%), clfA-hlg-pvl-tsst-1 (6.97%),clfA-hlg-tsst-1(4.65%).Analysis of genetic similarity relationship, showed the isolates of S.aureus were classified into two main clusters . This result indicates that there a diversity in virulence genes profiles among MRSA isolates according to SCCmec types, and SCCmec IVa carried hlg, pvl , clfA genes was the most prevalent in Baghdad hospital isolates .

يعد انتشار العزلات المقاومة للمثسيلين من بكتريا المكورات العنقودية الذهبية مشكلة صحية خطيرة في العالم مسببة ظهور اصابات في المستشفيات والمجتمع تم الحصول على 43 %(71.66) عزلة بكتيرية تعود الى بكتريا S. aureus من مجموع 60 عينة, جمعت من عينات سريريه مختلفة شملت (الدم, الانف, الجروح, الادرار, المهبل) وبنسب تواجد مختلفة كانت % (60, 66.66, 71.42, 77.77, 90) على التوالي, من مستشفيات مدينة بغداد .أجري اختبار فحص الحساسية لبكتريا S. aureus تجاه 19 مضادﺁ حيويآ , اظهرت النتائج أن جميع العزلات كانت مقاومة (%100) للمضادات Aztreonam Carbenicillin, Cifixime Cefoxitin, Ceftazidime, . واظهرت هذة العزلات مقاومة عالية لكل من المضادات الاتية Methicillin, Oxacillin, Ampicillin Penicillin . أجري التحليل الجزيئي لانواع SCCmec لعزلات MRSA باستخدام 8بادئات متخصصة وقد أظهرت النتائج أن النوع SCCmecIVa (% 41.86)هو أكثر شيوعآ في عزلاتMRSA ويتبعه النوع type IVc (% 20.93) (%16.27) type II,والانواع type III, type IVd, typeVبنسبة (%2.32) , بينما لم يتم الكشف عن النوع typeI والنوع typeIVd في عزلات MRSA. أجري التحليل الجزيئي للمورثات المشفرة لعوامل الضراوة ا باستخدام 5 بادئات متخصصة للمورثات المشفرة إلى Pvl, Hlg, Eta, ClfA, Tsst-1 . أنتجت هذة البادئات حزمة واحدة ذي وزن جزيئي(433bp) للمورث المشفر pvl و535bp)) hlg eta (190bp), clfA(292bp), و 559bp)) TSST-1.أوضحت النتائج أن المورث المشفر hlg هو اكثر انتشارآ (%65.11)مقارنة مع المورثات المشفرة لعوامل الضراوة الاخرى (pvl clfA,,TSST-1 eta) حيث اظهرت انتشارآ بنسب 11.62, 18.60, 51.16, 53.48)) %على التوالي. تم التحري عن العلاقة بين الانواع SCCmec لعزلات MRSA والمورثات المشفرة لعوامل الضراوة , أوضحت النتائج بأن انتشار المورثات المشفرة لعوامل الضراوة كان مختلفآ ضمن انواع عزلات SCCmec واكثر الانواع شيوعا clfA-hlg-pvl (23.25%), clfA-hlg-pvl-tsst-1 (6.97%),clfA-hlg-tsst-1(4.65 . أوضحت نتائج التحليل الوراثي لعلاقة التشابه بين العزلات والتي قسمت الى مجموعتين اساسية بأن هنالك تنوع في المورثات المشفرة لعوامل الضراوة ضمن عزلات MRSA اعتمادآ على الانواع SCCmec , حيث وجدت أن معظم عزلات النوع SCCmec Iva تحمل أكثر من مورث مشفر للضراوة وأن معظم عزلات النوع SCCmec IVc تحمل مورثآ واحدآ , بينما معظم عزلات النوع SCCmec II لم تحمل مورثات مشفرة للضراوة .أشارت النتائج بأن النوع أكثر أنتشارآ كان النوع SCCmec Iva الحامل للمورثات المشفرة لعوامل الضراوة hlg, pvl, clfA في عزلات مستشفيات بغداد.


Article
Detection of Some SalmonellaEnteritidisVirulence Genes by Multiplex-PCR Assay Using Two Different DNA Extraction Methods

Authors: Kareem T. Al-Kaaby كريم الكعبي --- Ahmed H. Al-Dabhaw أحمد الذبحاوي --- Hayder M.Samaka حيدر سمكة
Journal: Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية ISSN: 18170153 Year: 2014 Volume: 10 Issue: 18 Pages: 63-70
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study was screeningsome Salmonella genus-specific virulence genes by multiplex-PCR technique using a group of primers targeting InvA,SipB,SpiA,CdtB,PefA genes using two different DNA extraction methods. A total of fifteen Salmonella isolates from patient's stool samples were collected. Suspected colonies onHiChromeRajhans (HCR) Medium and XLD medium were selected, and biochemical and serological tests were then performed for identification of Salmonella. Identification of Salmonella serotypes was done in Central Public Health Laboratory (CPHL) with O and H antisera. Extraction of bacterial genome was down by boiling method and salting out method using commercial kit (Wizard® Genomic DNA purification Kit). The results showed that all screened genes (chromosomally and plasmid-mediated) were found in all tested SalmonellaEnteritidis strains except cdtB gene which is thought to be limited only to certain SalmonellaTyphi andS.Paratyphi A strains. Moreover,the presence of pefA gene could be depending on host-adapted serovars. Boiling extraction method and commercial kit both gave a good result in multiplex-PCR technique. In conclusion, the results from this study of occurrence of SPIs genes support previous studies suggesting that these virulence genes are widely distributed among Salmonella and required for full Salmonella virulence, in addition, the boiling method was good, easy and specific method for multiplex-PCR technique.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد بعض مورثات الفوعة الخاصة بجرثومة السالمونيلا باستخدام طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل والمتعدد وبواسطة مجموعة من البوادئ الخاصة بالمورثات (InvA, SipB, SpiA, CdtB, PefA) وباستخدام طريقتين مختلفتين لاستخلاص المادة الوراثية. خمسة عشر عزلة من جرثومة السالمونيلا عزلت من عينات براز من حالات مرضية، نميت جرثومة السالمونيلا على الاوساط التقليدية ومن ثم نقيت على وسط (HiChrome Rajhans) ووسط (XLD) كاوساط انتقائية، تم اجراء التفاعلات الكيماحوية والمصلية لغرض تاكيد التشيخص ومن ثم اجري التصنيف المصلي في مختبر الصحة المركزي وباستخدام المستضدات (O)و(H). استخلاص المادة الوراثية تم باستخدام طريقة الغلي وطريقة الاستخلاص بالمحاليل الملحية وباستخدام عدة تجارية (Wizard® Genomic DNA purification Kit). النتائج اظهرت ان جميع مورثات الدراسة (المرتبطة بالكروموسوم او البلازميد) كانت موجودة في جميع عزلات السالمونيلا انتريدس التي شملتها الدراسة عدا المورثة (cdtB) واالتي يعتقد انها مقتصرة على بعض عزلات السالمونيلا تايفي والسالمونيلا باراتايفي ، كما ان وجود المورثة (pefA) يرتبط ببعض العزلات المستوطنة والمتكيفة للمضيف. اظهرت الطريقتين المستخدمتين لاستخلاص المادة الوراثية (طريقة الغلي وطريقة المحاليل الملحية) اظهرتا نتائج جيدة باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل والمتعدد. ان هذه الدراسة تؤكد نتائج الدراسات السابقة من ان مورثات (SPIs) واسعة الانتشار بين عزلات السالمونيلا المرضية ومرتبطة بفوعة هذا الجرثوم كما ان طريقة الغلي في استخلاص المادة الوراثية جيدة وسهلة وكفؤة للاستخدام بتفاعل البلمرة المتسلسل والمتعدد.


Article
Virulence Genes Profile of Escherichia coli Isolated from Urinary Catheterized and Non-Catheterized Patients
الملف الشخصي لعوامل الفوعة لبكتريا Escherichia coli المعزولة من مرضى القثطرة البولية وغير القثطرة

Authors: Saba Nazeih Abdul-Ghaffar صبا نزيه عبد الغفار --- Rasmia Abed Abu-Risha رسمية عبد ابو ريشة
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2017 Volume: 58 Issue: 2B Pages: 820-835
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The severity of UTI produced by E. coli is due to the expression of a wide spectrum of virulence factors. In this study the role of E. coli virulence determinants in the pathogenesis of UTI in urinary catheterized and non-catheterized patients has been evaluated. The isolates were recovered from 129 patients admitted to the hospital. Virulence genes of E. coli were detected by polymerase chain reaction analysis for the prevalence of these virulence factors. The targeted genetic determinants were those coding for Type 1 fimbriae, Pyelonephritis-Associated Pili (PAP), Antigen 43 (Ag43), α-Hemolysin and Aerobactin siderophores among the studied isolates. The prevalence of genes fimH, papC, ang43, hlyA and iutA were 88.37%, 72.09%, 18.60%, 51.16% and 79.06% respectively. The fimH gene with 88.37% had a highest prevalence of virulence genes in patients with UTIs. Statistically in the present study, there was no significant difference in the prevalence of genes profiles of E. coli isolates causing UTI in non-catheterized and catheterized patients. However, all the studied strains exhibited 16 virulence gene patterns; among the strains isolated from patients with urinary catheter showed multitude and greatest diversity of genes patterns than strains from non-catheterized patients.

ان شدة التهاب المجاري البولية المتسببة من بكتريا E. coli تعود الى انتاجها لطيف واسع من عوامل الفوعة. في هذة الدراسة تم تقييم دور محددات الفوعه لبكتريا E. coli في مرض التهاب المجاري البولية الماخوذة من مرضى القثطرة البوليه وغير الفثطرة البولية. وان العزلات اخذت من 129 من المرضى الذين يرتادون المستشفى. تم تطبيق تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل للتحري عن عوامل الفوعه لبكتريا E. coli ودراسة انتشار عوامل الفوعه هذه. وكان الهدف الجيني لمحددات الفوعة وكانت للجينات المشفرة لانتاج Type 1 fimbriae و Pyelonephritis-Associated Pili (PAP) و Antigen 43 (Ag43) و α-Hemolysin و Aerobactin siderophores ضمن العزلات المدروسة. وكانت نسبه انتشار الجينات fimH و papC و ang43 و hlyA و iutA هي 88٫37٪ و 72٫09٪ و 18٫60٪ و 51٫16٪ و 79٫06٪ على التوالي. وكان الجين fimH بنسبة وجوده 88٫37٪ اكثر انتشارا بين عوامل الفوعة لمرضى خمج المجاري البولية. تبين من خلال التحليل الاحصائي لهذه الدراسة عدم وجود اي فرق معنوي في انتشار التكوين الجيني لعزلات بكتريا E. coli المسببة لمرض خمج المجاري البولية لكلا من مرضى القثطرة وغير القثطرة البولية. واظهرت العزلات في هذه الدراسة 16 نمطا جينيا وكانت السلالات المعزولة من مرضى القثطرة البولية اكثر واكبر تباينا في الانماط الجينية بمقارنتها بعزلات غير القثطرة البولية.


Article
Molecular Study of Virulence Genes of Staphylococcus aureus Isolates from Various Clinical Origins by PCR

Authors: Zahraa Mohammed Al-Taee --- Ghazi Munem Aziz --- Ali Hussein Al-Marzoqi --- Lena Fadhil Hamza
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 3 Pages: 677-688
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Staphylococci pathogen was blamable for a huge scale of infections in human because of their invention of secreted and other cell-surface related virulence factors that regulate by various genes. This study was carrying out to realize the frequency of Staphylococcus species in Hillah city using specific genes for that purpose.PCR technique was applied to amplify the staphylococcal virulence genes like sea, see, eta, tst, coa, nuc, seb, femA, mecA, etb, cna, fib and fnbA, and they determined either multiplex or uniplex PCRs depending on the sizes of the PCR products amplicons.Out of 229 collected samples from different clinical sources, only 100Staphylococcus aureus (43.7%) were revealed. According to phenotypic and biochemical tests, the isolates can be distributed as follow; Urine 22 (9.6%), Pus 19 (8.3 %), Sputum 12 (5.2%), CSF 4 (1.7%), Blood 32 (14%), Pericardial fluid 9 (3.9%) and Peritoneal fluid 2 (0.9%). From the 13 examined genes, most abundant gene was fib (27 cases) followed by femA (25 cases). While tst gene reported as the least frequently detected gene. S. aureus isolated from Blood infection formed the highest ratio among genes reveals in this study (194; 38.6%) followed by pus infections isolates (120; 23.9%), urine infections isolates (102; 20.3%), sputum isolates (32; 6.4%), Pericardial fluid (28; 5.6%), CSF (19; 3.8%) and finally Peritoneal fluid (8; 1.6%).


Article
Molecular Detection of Some A.hydrophila Toxins and its Antibiotics Resistance Pattern Isolated From Chicken Feces in Thi-Qar Province (Iraq)

Authors: Muslim Dhaher Musa --- Waffa Abdulelah Ahmed2
Journal: Kufa Journal For Veterinary Medical Sciences مجلة الكوفة للعلوم الطبية البيطرية ISSN: 20779798 Year: 2017 Volume: 8 Issue: 1 Pages: 167-180
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

The high isolation rate of virulent A.hydrophila from chicken represent an important public health concern especially when these bacteria exhibit increased antimicrobial resistance to medically important antibiotics, so this study was conducted to isolate A.hydrophila from chicken feces and investigate the presence of some toxins genes and determine their antibiotics resistance profile. Chicken feces were collected from different regions, throughout Thi-Qar province south of Iraq, in period extended from July 2015 to January 2016. A.hydrophila isolates were identified by morphological, biochemical and API20E. These isolated were subjected to PCR assay for confirmation, targeting 16S RNA-23SRNA Intergenic Spacers Region and for detection of important virulence genes including hemolytic toxin Aerolysin (Aero), Heat labile enterotoxin (Alt) and Heat stable enterotoxin (Ast). Twelve A.hydrophial were isolated and identified to species level among 23 Aeromonas spp isolated from chicken fecal samples with overall incidence rate (52.6%). Screening for virulence genes revealed that 10/12 (83.4%) were positive for Aerolysin ( Aero) gene and 9/12( 75%) for Heat labile enterotoxin (Alt ) gene, while none of these isolates were positive for Heat stable enterotoxin (Ast) gene 0/12(0%).The most prevalent genotype was (Aer+ Alt+ Ast_). Antibiogram against 19 antibiotics revealed that, all isolates in showed absolute susceptibility(100%) to Gentamycin, Oflaxacin, Amikacin, Norfloxacin, Imipnem Ciprofloacin. However, multidrug resistance recorded in all isolates, 2 isolates (16.7%) were resistant to eight antibiotics including , Clindamycin, Cephalothin , Vancomycin, Ticacillin-clavulnoc acid, Ceftazidime, Cefoxitin, Trimethoprim-sulfamethaxazon, Azithromycin ,with multidrug resistance index (0.42) , and 5/12 (41.7%) were resistance to seven antibiotics (58.4%) with MDRI( 0.36), four isolates( 33.4%) were resistant to six antibiotics with MDRI ( 0.31), while only one isolates 1/12(8.4%) were resistant to five antibiotic with MDRI (0.26). The present study showed that detection of pathogenic A.hydrophila harboring important virulence genes Aerolysin and Alt with resistance to many clinically important antibiotics is a good indication that chicken feces constitute important source for pathogenic Ahydrophila infecting human that come in contact with chicken and spread of multidrug resistance organisms in environment .


Article
Antimicrobial resistance, Virulence profiles of Salmonella enterica serovar Typhimurium isolated from diarrheal children in Thi-Qar province during 2015
المقاومه للمضادات الحياتيه وملامح الضراوه لبكتريا السالمونيلا تايفيميوريم المعزوله من العينات السريريه للاطفال المصابين بالاسهال في محافظه ذي قار سنه 2015

Authors: Manal B.Saleh منال بادي صالح --- Ezat H. Mezal عزت حسين مزعل --- Zaman K. Hanan زمن كريم حنّان
Journal: JOURNAL OF THI-QAR SCIENCE مجلة علوم ذي قار ISSN: 19918690 Year: 2016 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 3-8
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 14 Salmonella enterica serovar (ser.)Typhimurium isolates were isolated from diarrheal children in Thi-Qar province during 2015.these isolates were subjected to testing and analyzed for antibiotic resistance and virulence genes by using PCR all isolates were sensitive to the Amikacin and Gentamycin, while three isolates resistance to chloramphenicol, and nalidixic acid and one isolates was resistance to Ciprofloxacin in addition to four isolates were resistance to Ampicillin. All isolates were positive for invA and sipB genes, eight isolates were positive to sopB gene as and only three isolates were positive to spvB gene. These results suggest that S. Typhimurium from clinical is virulent and able to cause salmonellosis in human and it may contribute to pathogenesis. This article is a part of master thesis.

تضمنت الدراسه عزل 14 عزله من السالمونيلا التايفيميوريوم المعزوله من العينات السريريه للاطفال المصابين بالاسهال في محافظه ذي قار سنه 2015 وتعرضت هذه العزلات لاختبار وتحليل المقاومه وضراوه الجينات باستعمال ال PCR العادي وكانت جميع العزلات حساسه للجنتامايسين والاميكاسين بينما ثلاثه عزلات كانت مقاومه للكلورامفينيكول و الناليدياكسك اسيد وعزله واحده فقط مقاومه للسبروفلوكساسين بالاضافه الى اربع عزلات مقاومه للامبسلين .وكانت جميع العزلات موجبه للجين InvA والجين SipB وفقط ثلاث عزلات موجبه للجين SopB بينما ثماني عزلات كانت موجبه للجين SpvB . وتشير هذه النتائج ان السالمونيلا تايقيميوريوم هي الاكثر ضراوه و امراضيه للبشر


Article
A Multiplex PCR for Detection of hlyA, papC, and traT genes in multidrug resistance Escherichia coli isolated from pregnant women

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract:Urinary tract infection (UTI) in pregnancy is a common clinical problem which causesmorbidity and, in a small minority of cases, renal damage and chronic renal failure. Urinesamples from three hundred pregnant women were collected from Baghdad TeachingHospital, were examined between January to June 2012 for the presence of bacteria. Theirages ranging from 15 to 50 years. Up to 32.6% (98) of women have a urinary tract infection(UTI). Escherichia coli was detected in 27.5% (27) of all the urine samples.All isolates were screened for some virulence factors: α-haemolysin, adhesion factortype P fimbriae and serum resistance. Multiplex PCR systems were used to detect genesencoding α-hemolysin (hlyA), adhesion P(papC), and traT associated with serum resistance.The results indicated that the occurrence of papC was detected in (18.5%), while traT wasdetected in (96.2%) of isolates on the other hand hlyA can't detected in any E. coli isolates. Allthe isolates were also studied for antibiotic susceptibility pattern using a disc diffusionmethod.The rate of resistance of E. coli Amoxicillin (92.5%), Amoxicillin/Clavulanic acid(89%), Cefotazidime, Cefotaxime and Cefepime (78%), kanamycin (59%), levofloxacin(55.5%), Ciprofloxacin (52%) and showed high degree of sensitivity toward Cefoxitin andImipenem (7% and 0%) respectively. Additionally,17 (62.9%) isolates were multidrugresistant.The finding of this study indicated that the traT widespread among pathogenic E. coliin Iraq. Furthermore it concludes that E. coli is one of the important multidrug resistancecausative agents of urinary tract infection in young women especially during the state ofpregnancy.

الخلاصة:یعد ألتھاب المسالك البولیة عند الحمل مشكلة سریریة شائعة ، وفي حالات ضئیلة تسبب الضرر الكلوي والفشلالكلوي المزمن. تم جمع عینات البول من 300 أمراه حامل من مستشفى بغداد التعلیمي، بین ینایر حتى یونیو 2012للتحري عن البكتریا حیث تراوحت أعمارھن بین 15 إلى 50 سنة.98 ) من النساء مصابات بالتھابات المسالك البولیة. تم الكشف عن ) ٪ اظھرت النتائج ما یصل الى 32.627 ) من مجموع عینات الادرار كذلك تم تحري عن بعض عوامل الضراوة مثل ) ٪ بنسبة 27.5 Escherichia coliومقاومة المصل في جمیع العزلات . استخدم نظام التفاعل التضاعفي لسلسة P ألفا ھیمولایسین، عامل الالتصاق خمل نوعحیث أشارت النتائج إلى أنھ تم الكشف عن .(traT) و (papC) ،(hlyA) الدنا المتعدد للكشف عن جینات عوامل الضراوةفي hlyA بنسبة ( 18.5 ٪) من ناحیة أخرى لم یتم الكشف عن papC بنسبة ( 96.2 ٪) ، في حین تم الكشف عن traT. E. coli عزلاتE. coli أختبرت حساسیة العزلات للمضادات الحیویة باستخدام طریقة انتشار القرص. كان معدل مقاومةAmoxicillin(92.5%), Amoxicillin/Clavulanicacid (89%), Cefotazidime, Cefotaxime, and كالتاليوأظھرت درجة Cefepime (78%), kanamycin (59%), Levofloxacin (55.5%), Ciprofloxacin(52%)7% ) على التوالي . بالإضافة إلى ذلك اظھرت and 0%) Cefoxitin and Imipenem عالیة من الحساسیة تجاه(traT) 17 ). دلت نتائج ھذه الدراسة على أن جین مقاومة المصل ) ٪ العزلات مقاومة متعددة والتي كانت نسبتھا 62.9المسببة للأمراضفي العراق بالتالي من خلال ھذه النتائج E. coli كان من الجینات الاوسع انتشارا بین عزلاتتعتبر واحدة من الانواع البكتیریة المھمة والمتعددة المقاومة المسببة لالتھابات E. coli نستنتج ان بكتریاالمسالك البولیة في النساء الشابات خصوصا خلال فترة الحمل


Article
Molecular Characterization and Antibiotic Susceptibility of Diarrheagenic Escherichia coli from Children

Authors: Tasahel Hamid Al-Dulaimi --- Hawraa Wahab Aziz --- Ali Hussein Al-Marzoqi --- Saad Abd Al-Aziz --- et al.
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 2 Pages: 541-550
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

In Thi Qar there are relatively few studies have been done to reveal and classify diarrheagenic Escherichia coli (DEC) strains among children with diarrhea. This study focused genetically at investigating DEC among hospitalized children under 2 years in Thi Qar city.A total of 200 children (Below 12 years) with diarrhea and 75 without diarrhea were their stools investigated using culture on Mac¬Conkey and EMB agar, and E. coli isolates were examined for detection of diarrheagenic E. coli types, antimicrobial susceptibility pattern. Virulence genes detected using PCR. A multiplex PCR system method was used to detect a species specific gene for E.coli and ten different virulence genes for detection of five pathogroups of DEC namely enteroaggregative- (EAEC), enteropathogenic- (EPEC), enterotoxigenic- (ETEC), enteroinvasive- (EIEC) and enterohemorghagic- Escherichia coli (EHEC).The study has indicated that diarrheagenic E. coli isolates were found mostly in stools of children with diarrhea. DEC diarrhoeagenic E. coli was significantly detected among diarrheic children (44.8%) compared with control children (16.4%). Of the DEC pathotypes examined, EAEC was found in (64.73%), ETEC in (19.5%), EPEC in (10.5%) and EHEC in (5.27%) of diarrheic. Virulence-gene factors in DEC isolated from children with diarrhea and from controls. The distribution of virulence gene was; pCVD432 93.6%, 87.3%; eaeA 64.2%, 8.5%; bfpA 59.1%, 2.05%; stx1 22.8%, 0.8%; stx2 18.6%, 0%; estA1 heat-stable (ST) 8.14%, 1.3%; estA2-4 heat-stable (ST) 14.6%, 0.2%; eltB heat-labile (LT) 43.1%, 0.4% in DEC and control children respectively. This study revealed high incidence of diarrheagenic E. coli isolates and high prevalence of antimicrobial resistance among normal intestinal E. coli with typical EAEC and typical EPEC predominating. The use of primers for both variants of ST useful to detect the sensitivity for detection of ETEC strains of hospitalized children in Thi Qar.


Article
Genetic study of Staphylococcus Aureus Isolates from Different Environmental Source
دراسة جزيئية لبكتريا Staphylococcus aureus المعزولة من مصادر بيئية مختلفة

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Bacteria Staphylococcus aureus are from nurses and serious task because of the ability to cause various types of injuries at different locations of the body, and that pathogenesis has nothing to do with their ability to produce many virulence factors. Objective: To detection of virulence genes for Staphylococcus aureus isolates from different environmental source . Patients and Methods: The study involves isolation and ldentifieation of 60 bacterial isolate ,10 of them was identified as Staphylococcus aureus ,which is collected different environments (soil ,water) . This study focused on the pathogenic bacteria S.aureus which was isolated from the natural sources (soil ,water ) and was compared with S.aureus isolated from clinical samples isolates obtained from different clinical cases from Baquba General Teaching Hospital.Results: This study includes 10 samples of Staphylococcus aureus that isolated from soil and water, 10 samples of Staphylococcus aureus that isolated from hospital, identification it and detection of resistant genes by used Polymerase Chain Reaction technique. 4 isolates were identified genetical by 16srRNA gene and detection of resistant genesfemA, nucby used Polymerase Chain Reaction technique. The results of the genetic identification of the 16srRNA using polymerase chain reaction (PCR), revealed that all S.aureus isolates were positive (100%) and the results of resistant gene femA revealed that among 2 isolated belong to pathogenic S.aureus one isolate contains this gene (50%), whilst 2 isolates belong to S.aureus from the environment do not contain this gene (100%) . The PCR result for the nuc gene indicated that among each 2 isolated belong to pathogenic (clinical) S.aureus isolate one (1) isolate contain this gene (50%), whilst 2 isolates belong to S.aureus from the environment do not contain this gene (100%). Conclusion: Resistant gene femA get found in pathogenic S.aureus one isolate contains this gene , whilst isolates belong to S.aureus from the environment do not contain this gene , the nuc gene get found in pathogenic (clinical) S.aureus isolate one (1) isolate contain this gene , whilst isolates belong to S.aureus from the environment do not contain this gene .

خلفية الدراسة: تعد بكتريا المكورات العنقودية Staphylococci من الممرضات المهمة والخطيرة وذلك بسبب قدرتها على احداث انواع مختلفة من الاصابات في مواقع مختلفة من الجسم ، وأن امراضيتها لها علاقة بقدرتها على انتاج العديد من عوامل الضراوة.اهداف الدراسة: هدفت هذه الدراسة الى الكشف عن جينات الضراوة لبكتريا Staphylococcus aureus المعزولة من بيئات مختلفة.المرضى والطرائق: تضمنت الدراسة عزل وتشخيص 60 عزلة بكتيريا تعود لانواع مختلفة شخصت 10 عزلات لل Staphylococcus aureus تم الحصول عليها من مصادر بيئية مختلفة (تربة ,مياه ) وقد تم التركيز في هذه الدراسة على البكتريا المرضية Staphylococcus aureus المعزولة من مصادر طبيعية ( تربة , مياه ) ومقارنتها مع S.aureus مرضية معزولة من مصادر سريرية مختلفة من مستشفى بعقوبة التعليمي.النتائج: تضمنت هذه الدراسة 10 عزلات Staphylococcus aureus معزولة من الماء و التربة و 10 عزلات Staphylococcus aureus معزولة من المستشفيات و تم التحري عن جينات الضراوة nuc , femA بأستخدام تقنية التفاعل المتسلسل PCR .و قد تم تشخيص 4 عزلات من هذه البكتريا جينيا بواسطة جين 16srRNA و كذلك تم التحري عن جينات الضراوة femA و nuc بأستخدام تقنية التفاعل المتسلسل PCR Polymerase Chain Reaction, كانت نتائج التشخيص الجيني لعزلات S.aureus بواسطة جين 16srRNA إن جميع العزلات كانت موجبة (100%) بينما كانت نتائج التحري عن جين المقاومة femA ان من بين (2) عزلة تعود الى S.aureus المرضية كانت عزلة واحدة تحتوي على هذا الجين وبنسبة (50%), في حين كانت (2) عزلة تعود S.aureus البيئية لا تحتوي على هذا الجين وبنسبة 100)%). كما اظهرت نتائج التحري عن جين nuc ان من بين (2) عزلة تعود الى S.aureus المرضية كانت عزلة واحدة تحتوي على هذا الجين وبنسبة (50%), في حين كانت (2) عزلة تعود S.aureus البيئية لا تحتوي على هذا الجين وبنسبة 100)%) .الاستنتاجات: تحتوي عزلات S.aureus المرضية المعزولة من المستشفيات على جين femA, nuc بينما لم تحتوي عزلات S.aureus المعزولة من البيئة (ماء و تربة) على هذه الجينات .


Article
Detection of, cagA and vacA Helicobacter pylori Virulence Genes in Gastric Biopsies of Patients with Gastroduodenal Disease using Polymerase Chain Reaction (PCR) Technique
التحري عن جينات ضراوة البكتريا الحلزونية ureA, cagA and vacA في خزعات نسيجة من معدة مصابين بأمراض المعدة والاثني عشر باستخدام تقنية تفاعل الكوثرة (PCR)

Loading...
Loading...
Abstract

The objective of current study was to detect the prevalence of Helicobacter pylori by identifying 16SrDNA and to determine the virulence genes (ureA, cagA and vacA) in biopsy specimens from patients suffering gastroduodenal disease using polymerase chain reaction (PCR). Forty samples were obtained by gastroenterologists during endoscopy from gastric antral of suspected individual attending endoscopy unit at Baqubah Teaching Hospital, Diyala, Iraq, during the period from September 2015 to February 2016. According to the endoscopic finding the patients were allocated into four groups of gastroduodenal diseases and control, which include gastritis (GS), duodenal ulcer (DU), gastric ulcer (GU), gastric cancer (GC), their rates were 30% (12), 20% (8), 17.5% (7), 7.5% (3) and 25% (10), respectively. DNA was extracted from the biopsies and subsequently used for PCR detection of H. pylori and the virulence genes using specific primers. The results shows that 60% of samples were positive for H. pylori, of these positive samples, 91,66%, 66.66%, and 48.83%, were shown to have the virulence genes, ureA, cagA, and vacA, respectively. It is important to mention that cagA shown the highest prevalence rate in gastric cancer cases in comparison with vacA gene. further studies are required to study the link between cagA gene and gastroduodenal diseases. In conclusion the result of present study provide important information concerning the prevalence of virulence genes of H. pylori.

هدفت الدراسة الاستدلال على وجود البكتيريا الحلزونية Helicobacter pylori بالكشف عن المورث مشفر الرنا الرايبوسومي 16أس (16SrDNA) وتحديد امتلاك هذه البكتريا لمورثات الفوعة: المورث المشفر للوحدة A من انزيم اليوريز (ureA gene) و المورث المقترن بالسمية الخلوية cagA ومورث تشفير سم التحوصل الخلوي vacA ، في عينات خزعة النسيج من مصابين بأمراض المعدة والاثني عشر باستخدام تفاعل سلسلة أنزيم الكوثرة (PCR). جمعت أربعين خزعة نسيجية بأشراف طبيب الجهاز الهضمي خلال التنظير من غار المعدة من مرضى محالين لوحدة الناظور في مستشفى بعقوبة التعليمي/ ديالى-العراق، خلال الفترة من سبتمبر 2015 إلى فبراير 2016. وفقا لفحص المنظار توزع المرضى الى اربع مجاميع مرضية ومجموعة ضابطة، ضمت التهاب المعدة (GS) وقرحة الاثني عشر (DU)، وقرحة المعدة (GU)، وسرطان المعدة (GC) ، شكلت نسبها 30٪(12)، 20٪ (8) و 17.5٪(7)، 7.5٪(3) و 25٪ (10)على التوالي. استخلص الحمض النووي الريبوزي منقوص الاوكسجين من خزعات النسيج وكشف عن البكتيريا وعن مورثات الفوعة بتقنية تفاعل سلسلة أنزيم الكوثرة PCR باستخدام بادئات محددة. بين الكشف ان 60٪ من خزعات النسيج في الأمراض المذكورة أعلاه موجبة للبكتريا الحلزونية، وكانت معدلات تواجد مورثات الفوعة في العينات الموجبة 91.66٪ و 66.66٪ و 48.83٪ للمورثات ureA gene و cagA gene و vacA gene على التوالي. ومن الأهمية بمكان الإشارة الى ان المورث cagA gene أعطى أعلى نسبة في حالات سرطان المعدة مقارنة بالمورث vacA gene، وخلص إلى احتمال ارتباط المورث بالمرض. ان هذه الدراسة توفر معلومات هامة بشأن انتشار مورثات فوعة البكتريا الحلزونية.

Listing 1 - 10 of 12 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (12)


Language

English (12)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (1)

2017 (4)

2016 (1)

2015 (2)

More...